####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS304_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS304_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 102 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 8 60 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 60 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 33 104 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 31 55 85 105 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 98 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 64 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 62 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 62 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 85 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 84 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 69 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 62 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 16 88 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 30 64 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 24 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 57 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 74 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 61 109 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 83 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 10 116 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 22 116 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 89 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.93 81.48 89.63 94.07 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.44 0.59 0.71 0.85 0.93 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.01 1.01 1.01 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.522 0 0.030 0.030 0.627 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.522 0 0.041 0.119 0.922 86.364 83.838 0.922 LGA W 167 W 167 0.420 0 0.208 0.245 0.586 100.000 92.208 0.566 LGA I 168 I 168 0.973 0 0.184 1.454 3.344 77.727 62.273 2.034 LGA S 169 S 169 1.403 0 0.455 0.429 2.196 65.455 58.485 2.196 LGA G 170 G 170 1.996 0 0.071 0.071 1.996 50.909 50.909 - LGA L 171 L 171 1.086 0 0.060 1.417 5.719 65.455 46.591 2.970 LGA A 172 A 172 0.627 0 0.016 0.023 0.818 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.302 0 0.019 0.229 0.489 100.000 100.000 0.489 LGA Y 174 Y 174 0.463 0 0.026 0.217 1.370 95.455 85.152 1.370 LGA G 175 G 175 0.207 0 0.062 0.062 0.291 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.182 0 0.000 0.161 0.436 100.000 100.000 0.153 LGA Q 177 Q 177 0.396 0 0.060 0.268 0.973 100.000 95.960 0.668 LGA L 178 L 178 0.352 0 0.127 0.211 1.849 90.909 82.500 1.849 LGA N 179 N 179 1.253 0 0.164 0.651 4.747 59.091 35.909 4.747 LGA K 180 K 180 4.058 0 0.282 0.961 13.579 19.091 8.485 13.579 LGA K 181 K 181 1.567 0 0.455 0.964 10.207 65.909 30.707 10.207 LGA T 182 T 182 0.859 0 0.023 1.117 3.598 77.727 64.935 3.598 LGA S 183 S 183 0.881 0 0.106 0.094 1.260 78.182 73.939 1.164 LGA K 184 K 184 0.962 0 0.076 0.870 2.817 73.636 68.485 2.817 LGA L 185 L 185 0.476 0 0.070 0.076 0.710 90.909 93.182 0.558 LGA D 186 D 186 0.206 0 0.027 0.153 0.985 100.000 95.455 0.487 LGA P 187 P 187 0.464 0 0.037 0.078 0.977 90.909 89.610 0.639 LGA V 188 V 188 0.590 0 0.011 0.020 0.660 81.818 81.818 0.660 LGA E 189 E 189 0.594 0 0.035 0.218 0.678 81.818 83.838 0.678 LGA D 190 D 190 0.590 0 0.039 0.049 0.949 90.909 86.364 0.949 LGA E 191 E 191 0.373 0 0.000 0.010 0.620 100.000 91.919 0.620 LGA A 192 A 192 0.252 0 0.008 0.000 0.321 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.264 0 0.043 0.094 0.526 100.000 95.960 0.526 LGA V 194 V 194 0.263 0 0.000 0.038 0.407 100.000 100.000 0.407 LGA V 195 V 195 0.152 0 0.000 0.000 0.221 100.000 100.000 0.165 LGA Q 196 Q 196 0.157 0 0.023 0.257 1.205 100.000 92.121 0.972 LGA L 197 L 197 0.284 0 0.000 0.040 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA I 198 I 198 0.262 0 0.039 0.070 0.402 100.000 100.000 0.348 LGA F 199 F 199 0.254 0 0.014 0.040 0.280 100.000 100.000 0.182 LGA N 200 N 200 0.302 0 0.032 1.012 3.438 100.000 77.500 3.438 LGA I 201 I 201 0.154 0 0.000 0.030 0.235 100.000 100.000 0.100 LGA F 202 F 202 0.233 0 0.000 0.020 0.293 100.000 100.000 0.283 LGA L 203 L 203 0.281 0 0.010 0.064 0.531 100.000 95.455 0.504 LGA N 204 N 204 0.297 0 0.000 0.093 1.109 100.000 88.864 0.759 LGA G 205 G 205 0.582 0 0.040 0.040 0.653 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.699 0 0.027 0.110 1.011 77.727 86.591 0.172 LGA N 207 N 207 1.183 0 0.000 0.194 1.840 65.455 63.636 1.358 LGA G 208 G 208 1.292 0 0.083 0.083 1.772 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.417 0 0.052 0.158 2.385 65.455 57.576 2.385 LGA D 210 D 210 1.412 0 0.079 0.749 1.602 65.455 63.864 1.524 LGA Y 211 Y 211 1.965 0 0.124 0.599 2.155 50.909 48.788 1.793 LGA S 212 S 212 2.403 0 0.639 0.779 5.931 36.364 26.061 5.931 LGA Y 213 Y 213 3.075 0 0.165 1.087 14.547 39.545 13.333 14.547 LGA A 215 A 215 1.176 0 0.191 0.209 2.103 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.481 0 0.000 0.147 0.576 95.455 95.455 0.440 LGA A 217 A 217 0.374 0 0.047 0.058 0.430 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.549 0 0.022 0.100 1.217 90.909 85.152 1.217 LGA H 219 H 219 0.402 0 0.000 0.091 0.801 100.000 92.727 0.801 LGA L 220 L 220 0.301 0 0.000 0.084 0.470 100.000 100.000 0.470 LGA T 221 T 221 0.262 0 0.000 0.030 0.306 100.000 100.000 0.202 LGA N 222 N 222 0.315 0 0.046 0.072 0.475 100.000 100.000 0.475 LGA L 223 L 223 0.520 0 0.043 0.069 0.792 86.364 84.091 0.743 LGA Q 224 Q 224 0.520 0 0.042 0.163 1.059 90.909 86.061 0.793 LGA I 225 I 225 0.444 0 0.053 0.100 0.475 100.000 100.000 0.229 LGA P 226 P 226 0.470 0 0.028 0.060 0.694 90.909 87.013 0.694 LGA T 227 T 227 0.377 0 0.042 0.076 0.512 100.000 97.403 0.512 LGA P 228 P 228 0.513 0 0.079 0.089 0.513 95.455 94.805 0.458 LGA S 229 S 229 0.573 0 0.143 0.152 0.846 81.818 87.879 0.370 LGA G 230 G 230 0.686 0 0.051 0.051 1.075 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.194 0 0.031 0.485 1.403 100.000 92.121 1.403 LGA K 232 K 232 0.181 0 0.082 0.251 0.927 95.455 95.960 0.927 LGA R 233 R 233 0.034 0 0.020 1.112 5.775 100.000 54.876 3.729 LGA W 234 W 234 0.297 0 0.043 0.126 0.552 100.000 96.104 0.514 LGA N 235 N 235 0.510 0 0.008 0.558 2.393 95.455 81.136 2.393 LGA Q 236 Q 236 0.476 0 0.000 0.862 3.335 100.000 74.545 3.335 LGA Y 237 Y 237 0.481 0 0.059 0.155 0.706 95.455 86.364 0.652 LGA T 238 T 238 0.310 0 0.000 0.037 0.330 100.000 100.000 0.330 LGA I 239 I 239 0.152 0 0.024 0.115 0.424 100.000 100.000 0.424 LGA K 240 K 240 0.393 0 0.028 0.204 2.444 100.000 76.566 2.444 LGA A 241 A 241 0.243 0 0.081 0.087 0.418 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.132 0 0.046 0.071 0.248 100.000 100.000 0.236 LGA L 243 L 243 0.245 0 0.033 0.057 0.544 95.455 97.727 0.257 LGA Q 244 Q 244 0.181 0 0.043 0.239 0.921 100.000 93.939 0.790 LGA N 245 N 245 0.216 0 0.000 0.089 0.564 100.000 97.727 0.564 LGA E 246 E 246 0.294 0 0.029 0.477 1.467 100.000 94.141 0.870 LGA V 247 V 247 0.299 0 0.009 0.034 0.334 100.000 100.000 0.329 LGA Y 248 Y 248 0.363 0 0.038 0.121 1.183 100.000 88.030 1.183 LGA I 249 I 249 0.259 0 0.015 0.025 0.331 100.000 100.000 0.308 LGA G 250 G 250 0.221 0 0.052 0.052 0.324 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.243 0 0.033 0.039 0.369 100.000 100.000 0.289 LGA V 252 V 252 0.382 0 0.045 0.108 0.688 100.000 97.403 0.688 LGA K 253 K 253 0.490 0 0.060 0.134 0.748 95.455 87.879 0.658 LGA Y 254 Y 254 0.591 0 0.027 0.224 2.090 90.909 70.606 2.090 LGA K 255 K 255 0.802 0 0.000 0.172 1.545 81.818 74.747 1.545 LGA V 256 V 256 0.934 0 0.048 0.059 1.021 77.727 79.481 0.940 LGA R 257 R 257 1.155 0 0.098 1.058 5.298 65.455 47.934 2.735 LGA E 258 E 258 1.410 0 0.045 0.278 2.247 58.182 54.343 2.247 LGA K 259 K 259 2.033 0 0.052 0.179 2.532 47.727 41.212 2.489 LGA T 260 T 260 1.972 0 0.022 0.167 2.396 44.545 45.455 1.883 LGA K 261 K 261 2.585 0 0.040 0.146 3.054 27.727 26.465 3.050 LGA D 262 D 262 2.444 0 0.028 0.228 2.535 35.455 43.409 1.506 LGA G 263 G 263 2.611 0 0.000 0.000 2.611 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.993 0 0.116 0.313 2.169 44.545 48.283 1.099 LGA R 265 R 265 1.790 0 0.068 0.941 4.577 50.909 45.455 4.577 LGA T 266 T 266 1.565 0 0.044 0.069 1.705 58.182 55.065 1.536 LGA I 267 I 267 1.060 0 0.023 0.065 1.315 69.545 69.545 1.315 LGA R 268 R 268 0.649 0 0.026 0.969 2.633 90.909 77.355 2.633 LGA P 269 P 269 0.239 0 0.000 0.025 0.521 100.000 94.805 0.514 LGA E 270 E 270 0.254 0 0.000 0.244 1.122 100.000 88.283 1.122 LGA K 271 K 271 0.623 0 0.066 0.712 4.959 86.364 53.939 4.959 LGA E 272 E 272 0.572 0 0.054 0.173 1.944 90.909 75.354 1.944 LGA Q 273 Q 273 0.256 0 0.038 0.090 0.413 100.000 100.000 0.413 LGA I 274 I 274 0.203 0 0.034 0.101 0.760 100.000 97.727 0.760 LGA V 275 V 275 0.216 0 0.000 0.034 0.422 100.000 100.000 0.416 LGA V 276 V 276 0.254 0 0.059 0.066 0.555 100.000 97.403 0.385 LGA Q 277 Q 277 0.140 0 0.049 0.575 2.666 100.000 79.596 2.666 LGA D 278 D 278 0.111 0 0.040 0.193 0.712 100.000 97.727 0.712 LGA A 279 A 279 0.181 0 0.015 0.025 0.224 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.121 0 0.027 0.227 0.613 100.000 96.364 0.533 LGA A 281 A 281 0.254 0 0.027 0.022 0.362 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.239 0 0.049 0.058 0.370 100.000 100.000 0.370 LGA I 283 I 283 0.375 0 0.053 0.060 0.635 95.455 93.182 0.513 LGA I 284 I 284 0.301 0 0.020 0.088 0.329 100.000 100.000 0.260 LGA D 285 D 285 0.586 0 0.072 0.893 3.371 90.909 70.682 1.642 LGA K 286 K 286 0.480 0 0.000 0.255 1.195 100.000 88.081 1.195 LGA E 287 E 287 0.419 0 0.029 0.324 1.824 100.000 88.687 0.805 LGA Q 288 Q 288 0.240 0 0.018 0.237 1.377 100.000 88.485 1.356 LGA F 289 F 289 0.226 0 0.025 0.115 0.586 100.000 96.694 0.533 LGA Q 290 Q 290 0.353 0 0.026 0.134 0.436 100.000 100.000 0.436 LGA Q 291 Q 291 0.205 0 0.040 0.130 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA S 292 S 292 0.112 0 0.042 0.056 0.285 100.000 100.000 0.083 LGA Q 293 Q 293 0.366 0 0.000 0.218 0.737 95.455 91.919 0.737 LGA V 294 V 294 0.472 0 0.036 0.049 0.630 95.455 92.208 0.535 LGA K 295 K 295 0.332 0 0.052 0.184 0.859 90.909 91.919 0.582 LGA I 296 I 296 0.740 0 0.012 0.069 1.192 82.273 86.591 0.384 LGA A 297 A 297 1.163 0 0.102 0.117 1.822 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.783 0 0.000 0.128 1.975 66.364 72.045 0.871 LGA K 299 K 299 3.267 0 0.348 0.635 13.740 43.182 19.192 13.740 LGA V 300 V 300 1.883 0 0.142 0.153 4.559 54.545 33.766 4.559 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.991 0.943 1.809 86.391 81.019 69.015 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 93.889 97.157 12.369 LGA_LOCAL RMSD: 0.991 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.991 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.991 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.647980 * X + -0.456457 * Y + -0.609729 * Z + 158.753372 Y_new = 0.320848 * X + 0.562451 * Y + -0.762040 * Z + 155.518402 Z_new = 0.690781 * X + -0.689417 * Y + -0.218004 * Z + 141.588974 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.681831 -0.762568 -1.877061 [DEG: 153.6576 -43.6920 -107.5477 ] ZXZ: -0.674818 1.790565 2.355206 [DEG: -38.6642 102.5918 134.9434 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS304_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS304_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.157 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS304_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 153.840 184.966 153.427 1.00 86.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.269 185.686 154.573 1.00 86.15 C ATOM 1347 C GLY 165 151.748 185.558 154.708 1.00 87.57 C ATOM 1348 O GLY 165 151.129 186.327 155.444 1.00 85.02 O ATOM 1349 N LYS 166 151.126 184.607 154.015 1.00 87.18 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.688 184.348 154.113 1.00 87.02 C ATOM 1351 C LYS 166 149.382 183.539 155.378 1.00 87.76 C ATOM 1352 O LYS 166 150.102 182.605 155.727 1.00 85.76 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.159 183.658 152.835 1.00 85.55 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.295 184.543 151.573 1.00 82.37 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.794 183.882 150.278 1.00 79.30 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.954 184.860 149.099 1.00 74.14 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.590 184.315 147.762 1.00 67.40 N ATOM 1358 N TRP 167 148.288 183.882 156.056 1.00 87.91 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.819 183.149 157.233 1.00 88.52 C ATOM 1360 C TRP 167 146.946 181.969 156.810 1.00 88.05 C ATOM 1361 O TRP 167 145.878 182.151 156.232 1.00 85.30 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.070 184.090 158.166 1.00 87.84 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.728 183.461 159.477 1.00 88.02 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.596 182.779 159.758 1.00 85.13 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.552 183.409 160.684 1.00 86.60 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.656 182.312 161.070 1.00 84.84 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.834 182.679 161.664 1.00 85.96 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.818 183.918 161.026 1.00 85.81 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.370 182.449 162.955 1.00 85.39 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.345 183.693 162.308 1.00 83.99 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.625 182.961 163.257 1.00 83.35 C ATOM 1372 N ILE 168 147.394 180.770 157.124 1.00 85.33 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.780 179.513 156.676 1.00 83.56 C ATOM 1374 C ILE 168 146.440 178.556 157.828 1.00 82.34 C ATOM 1375 O ILE 168 146.138 177.382 157.606 1.00 76.45 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.662 178.826 155.617 1.00 80.40 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.169 178.888 155.976 1.00 76.28 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.391 179.421 154.233 1.00 73.56 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.019 177.975 155.101 1.00 69.84 C ATOM 1380 N SER 169 146.488 179.058 159.050 1.00 82.51 N ATOM 1381 CA SER 169 146.189 178.300 160.259 1.00 80.95 C ATOM 1382 C SER 169 144.931 178.846 160.925 1.00 79.67 C ATOM 1383 O SER 169 144.752 180.050 160.974 1.00 73.35 O ATOM 1384 CB SER 169 147.367 178.382 161.224 1.00 77.54 C ATOM 1385 OG SER 169 148.546 177.881 160.630 1.00 72.66 O ATOM 1386 N GLY 170 144.076 177.958 161.427 1.00 76.95 N ATOM 1387 CA 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