####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS304_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS304_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 70 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 105 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 11 105 122 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 86 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 24 106 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 51 78 106 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 103 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 70 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 59 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 32 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 85 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 87 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 71 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 64 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 23 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 23 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 23 93 120 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 30 56 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 26 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 69 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 58 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 71 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 29 82 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 77 122 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 88 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.19 82.96 91.11 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.45 0.58 0.72 0.77 0.81 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.466 0 0.032 0.032 0.524 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.433 0 0.030 0.172 1.211 95.455 90.101 1.211 LGA W 167 W 167 0.327 0 0.213 0.234 0.526 95.455 98.701 0.450 LGA I 168 I 168 0.841 0 0.060 0.833 2.088 81.818 70.227 1.264 LGA S 169 S 169 1.296 0 0.558 0.586 2.768 55.909 54.242 1.990 LGA G 170 G 170 1.570 0 0.101 0.101 1.840 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.011 0 0.044 1.381 5.594 69.545 48.636 2.853 LGA A 172 A 172 0.579 0 0.006 0.023 0.765 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.227 0 0.000 0.230 0.510 100.000 97.403 0.510 LGA Y 174 Y 174 0.445 0 0.000 0.212 1.366 100.000 86.667 1.366 LGA G 175 G 175 0.220 0 0.062 0.062 0.321 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.231 0 0.000 0.173 0.469 100.000 100.000 0.195 LGA Q 177 Q 177 0.436 0 0.060 0.279 1.128 100.000 92.121 0.611 LGA L 178 L 178 0.351 0 0.129 0.186 1.719 90.909 82.500 1.719 LGA N 179 N 179 1.247 0 0.163 0.640 4.759 59.091 35.909 4.759 LGA K 180 K 180 4.143 0 0.286 0.965 13.674 13.182 5.859 13.674 LGA K 181 K 181 1.509 0 0.461 0.977 10.287 70.000 33.333 10.287 LGA T 182 T 182 0.804 0 0.030 1.116 3.497 77.727 68.052 3.497 LGA S 183 S 183 0.864 0 0.115 0.102 1.249 78.182 73.939 1.165 LGA K 184 K 184 0.906 0 0.073 0.879 2.759 77.727 70.303 2.759 LGA L 185 L 185 0.409 0 0.068 0.076 0.659 95.455 95.455 0.523 LGA D 186 D 186 0.166 0 0.036 0.152 0.950 100.000 95.455 0.474 LGA P 187 P 187 0.494 0 0.027 0.071 1.022 86.818 87.273 0.667 LGA V 188 V 188 0.677 0 0.022 0.024 0.744 81.818 81.818 0.744 LGA E 189 E 189 0.632 0 0.034 0.201 0.740 81.818 81.818 0.571 LGA D 190 D 190 0.560 0 0.031 0.045 0.897 90.909 86.364 0.897 LGA E 191 E 191 0.361 0 0.000 0.032 0.614 100.000 91.919 0.572 LGA A 192 A 192 0.301 0 0.028 0.025 0.379 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.281 0 0.047 0.087 0.534 100.000 95.960 0.442 LGA V 194 V 194 0.233 0 0.008 0.039 0.339 100.000 100.000 0.339 LGA V 195 V 195 0.153 0 0.000 0.000 0.237 100.000 100.000 0.174 LGA Q 196 Q 196 0.204 0 0.020 0.260 1.264 100.000 90.303 1.095 LGA L 197 L 197 0.271 0 0.000 0.036 0.336 100.000 100.000 0.328 LGA I 198 I 198 0.237 0 0.043 0.072 0.373 100.000 100.000 0.311 LGA F 199 F 199 0.286 0 0.018 0.045 0.328 100.000 100.000 0.210 LGA N 200 N 200 0.355 0 0.035 1.081 3.585 100.000 76.591 3.585 LGA I 201 I 201 0.178 0 0.000 0.039 0.262 100.000 100.000 0.041 LGA F 202 F 202 0.255 0 0.000 0.027 0.330 100.000 100.000 0.316 LGA L 203 L 203 0.352 0 0.024 0.065 0.625 100.000 95.455 0.614 LGA N 204 N 204 0.312 0 0.000 0.096 1.125 100.000 88.864 0.828 LGA G 205 G 205 0.467 0 0.043 0.043 0.548 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.601 0 0.026 0.077 0.914 81.818 90.909 0.144 LGA N 207 N 207 1.057 0 0.018 0.186 1.738 69.545 65.682 1.253 LGA G 208 G 208 1.178 0 0.082 0.082 1.663 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.325 0 0.053 0.153 2.646 65.455 54.949 2.646 LGA D 210 D 210 1.299 0 0.057 0.758 1.990 65.455 61.818 1.590 LGA Y 211 Y 211 1.819 0 0.128 0.578 2.016 54.545 51.061 1.689 LGA S 212 S 212 2.347 0 0.639 0.777 5.953 36.364 26.061 5.953 LGA Y 213 Y 213 3.024 0 0.168 1.093 14.556 39.545 13.333 14.556 LGA A 215 A 215 1.019 0 0.198 0.216 1.983 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.372 0 0.000 0.147 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA A 217 A 217 0.265 0 0.049 0.062 0.333 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.465 0 0.010 0.103 1.180 100.000 91.212 1.180 LGA H 219 H 219 0.290 0 0.000 0.083 0.639 100.000 94.545 0.639 LGA L 220 L 220 0.237 0 0.000 0.078 0.432 100.000 100.000 0.432 LGA T 221 T 221 0.215 0 0.000 0.034 0.359 100.000 100.000 0.155 LGA N 222 N 222 0.376 0 0.047 0.070 0.593 95.455 97.727 0.447 LGA L 223 L 223 0.532 0 0.031 0.069 0.811 86.364 84.091 0.661 LGA Q 224 Q 224 0.472 0 0.040 0.153 0.906 95.455 89.899 0.783 LGA I 225 I 225 0.428 0 0.043 0.103 0.441 100.000 100.000 0.149 LGA P 226 P 226 0.403 0 0.033 0.062 0.649 100.000 94.805 0.649 LGA T 227 T 227 0.312 0 0.037 0.078 0.455 100.000 100.000 0.455 LGA P 228 P 228 0.477 0 0.081 0.089 0.479 100.000 100.000 0.398 LGA S 229 S 229 0.535 0 0.149 0.156 0.726 86.364 90.909 0.260 LGA G 230 G 230 0.693 0 0.058 0.058 1.143 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.298 0 0.032 0.490 1.359 100.000 92.121 1.359 LGA K 232 K 232 0.352 0 0.094 0.259 0.687 95.455 95.960 0.554 LGA R 233 R 233 0.217 0 0.038 1.090 5.644 100.000 54.876 3.618 LGA W 234 W 234 0.358 0 0.036 0.133 0.534 100.000 98.701 0.453 LGA N 235 N 235 0.530 0 0.017 0.560 2.347 90.909 78.864 2.347 LGA Q 236 Q 236 0.562 0 0.000 0.812 3.055 95.455 72.525 3.055 LGA Y 237 Y 237 0.493 0 0.060 0.166 0.878 95.455 86.364 0.800 LGA T 238 T 238 0.318 0 0.000 0.041 0.362 100.000 100.000 0.331 LGA I 239 I 239 0.237 0 0.024 0.112 0.392 100.000 100.000 0.392 LGA K 240 K 240 0.449 0 0.026 0.205 2.532 100.000 73.737 2.532 LGA A 241 A 241 0.265 0 0.081 0.086 0.394 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.163 0 0.044 0.065 0.280 100.000 100.000 0.223 LGA L 243 L 243 0.243 0 0.039 0.059 0.554 95.455 97.727 0.226 LGA Q 244 Q 244 0.154 0 0.043 0.232 1.021 100.000 92.121 0.841 LGA N 245 N 245 0.186 0 0.023 0.091 0.544 100.000 97.727 0.544 LGA E 246 E 246 0.228 0 0.034 0.472 1.533 100.000 90.505 0.957 LGA V 247 V 247 0.247 0 0.004 0.040 0.365 100.000 100.000 0.357 LGA Y 248 Y 248 0.343 0 0.037 0.117 1.104 100.000 88.030 1.104 LGA I 249 I 249 0.237 0 0.006 0.028 0.292 100.000 100.000 0.234 LGA G 250 G 250 0.223 0 0.053 0.053 0.244 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.147 0 0.037 0.044 0.288 100.000 100.000 0.226 LGA V 252 V 252 0.293 0 0.046 0.113 0.646 100.000 97.403 0.646 LGA K 253 K 253 0.441 0 0.061 0.125 0.779 100.000 89.899 0.720 LGA Y 254 Y 254 0.608 0 0.030 0.230 2.444 90.909 69.394 2.444 LGA K 255 K 255 0.837 0 0.000 0.154 1.360 81.818 80.000 1.360 LGA V 256 V 256 0.978 0 0.048 0.058 1.122 73.636 77.143 0.954 LGA R 257 R 257 1.212 0 0.099 1.069 6.200 65.455 42.314 3.693 LGA E 258 E 258 1.253 0 0.052 0.342 2.180 61.818 57.576 2.180 LGA K 259 K 259 1.780 0 0.056 0.244 2.111 50.909 48.081 1.774 LGA T 260 T 260 1.601 0 0.017 0.185 1.997 50.909 50.909 1.582 LGA K 261 K 261 2.275 0 0.032 0.260 3.708 38.636 31.717 3.708 LGA D 262 D 262 2.068 0 0.018 0.185 2.068 38.182 50.000 1.188 LGA G 263 G 263 2.265 0 0.000 0.000 2.289 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.687 0 0.112 0.302 1.941 50.909 57.576 0.960 LGA R 265 R 265 1.541 0 0.065 0.946 4.815 61.818 47.273 4.815 LGA T 266 T 266 1.309 0 0.048 0.075 1.438 65.455 65.455 1.213 LGA I 267 I 267 0.935 0 0.032 0.070 1.110 73.636 75.682 1.047 LGA R 268 R 268 0.553 0 0.020 0.959 2.708 90.909 77.355 2.708 LGA P 269 P 269 0.262 0 0.013 0.026 0.428 100.000 100.000 0.423 LGA E 270 E 270 0.435 0 0.020 0.213 1.078 100.000 86.263 1.078 LGA K 271 K 271 0.590 0 0.085 0.731 4.517 95.455 60.808 4.473 LGA E 272 E 272 0.416 0 0.055 0.135 1.719 100.000 82.828 1.719 LGA Q 273 Q 273 0.227 0 0.044 0.098 0.564 100.000 97.980 0.564 LGA I 274 I 274 0.201 0 0.031 0.102 0.813 100.000 97.727 0.813 LGA V 275 V 275 0.222 0 0.009 0.038 0.479 100.000 100.000 0.433 LGA V 276 V 276 0.192 0 0.060 0.066 0.470 100.000 100.000 0.276 LGA Q 277 Q 277 0.042 0 0.046 0.584 2.861 100.000 79.596 2.861 LGA D 278 D 278 0.035 0 0.028 0.230 0.781 100.000 97.727 0.781 LGA A 279 A 279 0.082 0 0.000 0.019 0.140 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.137 0 0.031 0.214 0.590 100.000 98.182 0.469 LGA A 281 A 281 0.319 0 0.032 0.030 0.413 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.277 0 0.042 0.052 0.380 100.000 100.000 0.380 LGA I 283 I 283 0.436 0 0.041 0.057 0.663 95.455 95.455 0.487 LGA I 284 I 284 0.325 0 0.000 0.064 0.325 100.000 100.000 0.216 LGA D 285 D 285 0.377 0 0.023 0.111 0.686 100.000 97.727 0.686 LGA K 286 K 286 0.344 0 0.000 0.247 1.316 100.000 90.101 1.316 LGA E 287 E 287 0.510 0 0.020 0.285 2.092 95.455 76.162 1.660 LGA Q 288 Q 288 0.450 0 0.018 0.501 1.404 100.000 84.444 1.404 LGA F 289 F 289 0.247 0 0.025 0.106 0.527 100.000 98.347 0.470 LGA Q 290 Q 290 0.324 0 0.034 1.217 3.829 100.000 70.303 3.829 LGA Q 291 Q 291 0.239 0 0.039 0.123 0.569 100.000 95.960 0.569 LGA S 292 S 292 0.173 0 0.046 0.059 0.204 100.000 100.000 0.204 LGA Q 293 Q 293 0.240 0 0.000 0.227 0.668 100.000 95.960 0.668 LGA V 294 V 294 0.356 0 0.034 0.059 0.500 100.000 97.403 0.491 LGA K 295 K 295 0.286 0 0.045 0.166 0.933 95.455 89.899 0.933 LGA I 296 I 296 0.623 0 0.019 0.076 1.064 82.273 88.864 0.226 LGA A 297 A 297 1.022 0 0.104 0.118 1.724 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.844 0 0.000 0.301 2.092 63.182 70.455 0.988 LGA K 299 K 299 3.302 0 0.330 0.703 13.611 39.545 17.576 13.611 LGA V 300 V 300 1.693 0 0.133 0.132 4.170 47.727 31.429 4.009 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.927 0.890 1.793 87.535 82.027 69.534 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.815 97.495 13.144 LGA_LOCAL RMSD: 0.927 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.927 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.927 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.348617 * X + -0.920362 * Y + -0.177200 * Z + 152.814896 Y_new = 0.472781 * X + 0.335925 * Y + -0.814637 * Z + 149.167206 Z_new = 0.809287 * X + 0.200219 * Y + 0.552239 * Z + 142.706955 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.935424 -0.942937 0.347819 [DEG: 53.5959 -54.0263 19.9286 ] ZXZ: -0.214184 0.985749 1.328264 [DEG: -12.2718 56.4793 76.1039 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS304_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS304_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.495 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS304_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 153.929 185.002 153.326 1.00 86.34 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.344 185.724 154.467 1.00 86.46 C ATOM 1347 C GLY 165 151.823 185.600 154.591 1.00 87.88 C ATOM 1348 O GLY 165 151.199 186.380 155.311 1.00 85.31 O ATOM 1349 N LYS 166 151.200 184.642 153.903 1.00 87.37 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.760 184.384 154.004 1.00 87.21 C ATOM 1351 C LYS 166 149.449 183.582 155.274 1.00 87.99 C ATOM 1352 O LYS 166 150.185 182.673 155.650 1.00 85.95 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.225 183.691 152.730 1.00 85.77 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.388 184.549 151.453 1.00 82.57 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.759 183.922 150.196 1.00 79.46 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.943 184.855 148.986 1.00 74.31 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.307 184.386 147.721 1.00 67.54 N ATOM 1358 N TRP 167 148.328 183.893 155.925 1.00 88.03 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.855 183.159 157.103 1.00 88.63 C ATOM 1360 C TRP 167 147.019 181.952 156.674 1.00 88.17 C ATOM 1361 O TRP 167 145.969 182.100 156.054 1.00 85.40 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.067 184.093 158.010 1.00 87.95 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.708 183.474 159.322 1.00 88.14 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.572 182.805 159.602 1.00 85.30 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.521 183.428 160.538 1.00 86.75 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.615 182.350 160.914 1.00 84.99 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.788 182.711 161.516 1.00 86.10 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.787 183.931 160.889 1.00 86.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.310 182.485 162.812 1.00 85.58 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.299 183.710 162.177 1.00 84.24 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.566 182.989 163.123 1.00 83.58 C ATOM 1372 N ILE 168 147.480 180.759 157.017 1.00 85.51 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.897 179.482 156.567 1.00 83.65 C ATOM 1374 C ILE 168 146.362 178.653 157.743 1.00 82.34 C ATOM 1375 O ILE 168 145.665 177.659 157.558 1.00 76.40 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.943 178.682 155.757 1.00 80.54 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.748 179.583 154.786 1.00 76.53 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.262 177.568 154.946 1.00 73.85 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.961 178.863 154.210 1.00 70.07 C ATOM 1380 N SER 169 146.694 179.051 158.957 1.00 82.52 N ATOM 1381 CA SER 169 146.218 178.421 160.185 1.00 81.07 C ATOM 1382 C SER 169 144.735 178.731 160.437 1.00 80.25 C ATOM 1383 O SER 169 144.091 179.416 159.649 1.00 74.17 O ATOM 1384 CB SER 169 147.113 178.838 161.346 1.00 77.42 C ATOM 1385 OG SER 169 148.426 178.370 161.132 1.00 72.49 O ATOM 1386 N GLY 170 144.175 178.199 161.523 1.00 76.79 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.752 178.344 161.841 1.00 76.21 C ATOM 1388 C GLY 170 142.333 179.768 162.204 1.00 79.17 C ATOM 1389 O GLY 170 142.296 180.653 161.362 1.00 75.87 O ATOM 1390 N LEU 171 142.003 179.986 163.487 1.00 80.79 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.612 181.310 163.978 1.00 80.55 C ATOM 1392 C LEU 171 142.781 182.290 163.865 1.00 82.04 C ATOM 1393 O LEU 171 143.909 181.964 164.242 1.00 80.00 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.130 181.202 165.436 1.00 77.35 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.784 180.475 165.593 1.00 73.07 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.564 180.080 167.047 1.00 67.35 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.611 181.360 165.152 1.00 66.17 C ATOM 1398 N ALA 172 142.485 183.493 163.385 1.00 84.24 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.427 184.599 163.433 1.00 84.70 C ATOM 1400 C ALA 172 143.796 184.927 164.896 1.00 85.88 C ATOM 1401 O ALA 172 142.960 184.746 165.788 1.00 84.24 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.809 185.804 162.714 1.00 82.80 C ATOM 1403 N PRO 173 145.024 185.381 165.172 1.00 87.29 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.400 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1.00 87.00 O ATOM 1422 N GLY 175 143.519 190.685 167.883 1.00 88.86 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.994 191.930 167.274 1.00 88.92 C ATOM 1424 C GLY 175 144.038 191.912 165.748 1.00 90.36 C ATOM 1425 O GLY 175 144.176 192.968 165.131 1.00 87.79 O ATOM 1426 N TYR 176 143.898 190.742 165.128 1.00 90.78 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.891 190.587 163.677 1.00 91.22 C ATOM 1428 C TYR 176 142.663 189.816 163.188 1.00 91.00 C ATOM 1429 O TYR 176 142.140 188.930 163.863 1.00 89.33 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.169 189.887 163.216 1.00 91.23 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.438 190.688 163.404 1.00 91.90 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.806 191.671 162.472 1.00 86.52 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.280 190.439 164.507 1.00 86.80 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.995 192.392 162.621 1.00 85.56 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.473 191.157 164.668 1.00 85.89 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.832 192.132 163.719 1.00 90.24 C ATOM 1437 OH TYR 176 150.001 192.830 163.867 1.00 89.30 O ATOM 1438 N GLN 177 142.248 190.107 161.959 1.00 90.21 N ATOM 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