####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS304_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS304_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 72 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 102 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 65 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 47 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 21 107 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 49 67 116 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 103 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 67 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 56 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 56 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 79 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 73 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 65 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 11 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 25 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 25 93 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 70 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 24 121 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 64 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 67 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 56 109 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 45 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 30 50 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 8 59 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 115 124 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 85.19 91.85 95.56 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.48 0.59 0.69 0.78 0.82 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.95 0.95 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.591 0 0.031 0.031 0.614 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.524 0 0.035 0.129 1.076 90.909 84.040 1.076 LGA W 167 W 167 0.300 0 0.201 0.224 0.608 95.455 98.701 0.466 LGA I 168 I 168 1.015 0 0.178 1.561 3.397 77.727 60.455 2.286 LGA S 169 S 169 1.380 0 0.574 0.635 3.001 53.636 48.788 2.757 LGA G 170 G 170 1.784 0 0.058 0.058 1.950 54.545 54.545 - LGA L 171 L 171 1.155 0 0.045 1.397 5.890 65.455 45.455 3.093 LGA A 172 A 172 0.610 0 0.015 0.024 0.822 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.221 0 0.000 0.229 0.643 100.000 97.403 0.643 LGA Y 174 Y 174 0.422 0 0.021 0.215 1.441 100.000 85.303 1.441 LGA G 175 G 175 0.317 0 0.066 0.066 0.354 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.337 0 0.000 0.174 0.531 100.000 96.970 0.221 LGA Q 177 Q 177 0.589 0 0.057 0.283 1.110 86.364 82.020 0.725 LGA L 178 L 178 0.433 0 0.131 0.200 1.638 90.909 82.500 1.638 LGA N 179 N 179 1.187 0 0.166 0.646 4.754 62.273 37.500 4.754 LGA K 180 K 180 4.009 0 0.283 0.966 13.647 19.091 8.485 13.647 LGA K 181 K 181 1.612 0 0.459 0.959 10.186 74.091 34.343 10.186 LGA T 182 T 182 0.726 0 0.028 1.117 3.385 77.727 68.052 3.385 LGA S 183 S 183 0.872 0 0.110 0.097 1.247 78.182 73.939 1.184 LGA K 184 K 184 0.885 0 0.075 0.875 2.724 77.727 70.303 2.724 LGA L 185 L 185 0.332 0 0.069 0.076 0.556 95.455 97.727 0.397 LGA D 186 D 186 0.161 0 0.030 0.150 0.824 100.000 97.727 0.331 LGA P 187 P 187 0.532 0 0.037 0.076 1.139 82.273 84.675 0.663 LGA V 188 V 188 0.765 0 0.012 0.015 0.869 81.818 81.818 0.869 LGA E 189 E 189 0.779 0 0.031 0.208 0.819 81.818 81.818 0.774 LGA D 190 D 190 0.737 0 0.025 0.041 1.143 81.818 75.682 1.143 LGA E 191 E 191 0.487 0 0.000 0.019 0.715 95.455 87.879 0.715 LGA A 192 A 192 0.325 0 0.029 0.028 0.398 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.359 0 0.048 0.088 0.688 100.000 91.919 0.638 LGA V 194 V 194 0.313 0 0.000 0.038 0.449 100.000 100.000 0.449 LGA V 195 V 195 0.151 0 0.000 0.003 0.278 100.000 100.000 0.142 LGA Q 196 Q 196 0.229 0 0.018 0.255 1.269 100.000 90.303 1.089 LGA L 197 L 197 0.345 0 0.000 0.050 0.470 100.000 100.000 0.470 LGA I 198 I 198 0.234 0 0.048 0.075 0.364 100.000 100.000 0.333 LGA F 199 F 199 0.237 0 0.018 0.045 0.277 100.000 100.000 0.117 LGA N 200 N 200 0.333 0 0.020 0.907 3.115 100.000 83.182 3.115 LGA I 201 I 201 0.155 0 0.013 0.038 0.208 100.000 100.000 0.031 LGA F 202 F 202 0.174 0 0.011 0.012 0.262 100.000 100.000 0.221 LGA L 203 L 203 0.357 0 0.019 0.060 0.736 100.000 93.182 0.736 LGA N 204 N 204 0.351 0 0.000 0.094 1.171 100.000 88.864 0.913 LGA G 205 G 205 0.316 0 0.039 0.039 0.422 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.424 0 0.017 0.122 0.702 90.909 93.182 0.366 LGA N 207 N 207 0.830 0 0.000 0.179 1.459 81.818 75.682 1.012 LGA G 208 G 208 0.975 0 0.077 0.077 1.427 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.171 0 0.058 0.155 2.336 65.455 59.192 2.336 LGA D 210 D 210 1.154 0 0.056 0.690 1.736 69.545 65.909 1.736 LGA Y 211 Y 211 1.696 0 0.117 0.581 2.036 54.545 51.061 1.787 LGA S 212 S 212 2.225 0 0.637 0.775 5.855 36.364 26.061 5.855 LGA Y 213 Y 213 3.053 0 0.168 1.109 14.468 39.545 13.333 14.468 LGA A 215 A 215 1.001 0 0.202 0.220 1.998 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.397 0 0.000 0.143 0.507 100.000 97.727 0.507 LGA A 217 A 217 0.284 0 0.055 0.066 0.353 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.460 0 0.023 0.123 1.218 100.000 91.212 1.218 LGA H 219 H 219 0.321 0 0.000 0.090 0.686 100.000 94.545 0.686 LGA L 220 L 220 0.262 0 0.000 0.082 0.443 100.000 100.000 0.443 LGA T 221 T 221 0.212 0 0.000 0.034 0.304 100.000 100.000 0.124 LGA N 222 N 222 0.344 0 0.043 0.055 0.525 95.455 97.727 0.419 LGA L 223 L 223 0.537 0 0.039 0.062 0.780 86.364 84.091 0.676 LGA Q 224 Q 224 0.534 0 0.045 0.192 1.020 90.909 84.040 0.836 LGA I 225 I 225 0.464 0 0.045 0.105 0.505 100.000 97.727 0.210 LGA P 226 P 226 0.497 0 0.036 0.062 0.721 90.909 87.013 0.721 LGA T 227 T 227 0.432 0 0.037 0.064 0.533 100.000 97.403 0.533 LGA P 228 P 228 0.594 0 0.083 0.090 0.597 86.364 89.610 0.491 LGA S 229 S 229 0.693 0 0.151 0.162 0.808 81.818 84.848 0.410 LGA G 230 G 230 0.751 0 0.062 0.062 1.063 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.227 0 0.028 0.495 1.278 100.000 92.121 1.278 LGA K 232 K 232 0.290 0 0.074 0.250 0.747 95.455 95.960 0.747 LGA R 233 R 233 0.178 0 0.031 1.107 5.729 100.000 55.537 3.480 LGA W 234 W 234 0.226 0 0.042 0.132 0.623 100.000 93.506 0.612 LGA N 235 N 235 0.456 0 0.018 0.549 2.225 100.000 83.409 2.225 LGA Q 236 Q 236 0.532 0 0.000 0.850 3.262 90.909 66.061 3.262 LGA Y 237 Y 237 0.580 0 0.058 0.130 0.861 81.818 81.818 0.861 LGA T 238 T 238 0.340 0 0.000 0.031 0.398 100.000 100.000 0.348 LGA I 239 I 239 0.281 0 0.020 0.110 0.357 100.000 100.000 0.357 LGA K 240 K 240 0.553 0 0.035 0.192 2.707 95.455 71.717 2.707 LGA A 241 A 241 0.410 0 0.088 0.093 0.576 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.026 0 0.040 0.065 0.220 100.000 100.000 0.137 LGA L 243 L 243 0.174 0 0.033 0.052 0.459 100.000 100.000 0.235 LGA Q 244 Q 244 0.155 0 0.047 0.224 0.811 100.000 95.960 0.655 LGA N 245 N 245 0.171 0 0.018 0.090 0.517 100.000 97.727 0.517 LGA E 246 E 246 0.188 0 0.033 0.489 1.454 100.000 94.141 0.991 LGA V 247 V 247 0.193 0 0.000 0.042 0.341 100.000 100.000 0.286 LGA Y 248 Y 248 0.294 0 0.031 0.121 1.075 100.000 91.061 1.075 LGA I 249 I 249 0.215 0 0.013 0.028 0.348 100.000 100.000 0.325 LGA G 250 G 250 0.158 0 0.053 0.053 0.264 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.180 0 0.037 0.044 0.324 100.000 100.000 0.223 LGA V 252 V 252 0.338 0 0.050 0.110 0.703 95.455 94.805 0.703 LGA K 253 K 253 0.442 0 0.060 0.141 0.750 100.000 89.899 0.595 LGA Y 254 Y 254 0.477 0 0.029 0.220 1.968 100.000 77.424 1.968 LGA K 255 K 255 0.645 0 0.000 0.155 1.312 81.818 80.000 1.312 LGA V 256 V 256 0.838 0 0.057 0.064 0.874 81.818 81.818 0.811 LGA R 257 R 257 0.940 0 0.098 1.066 5.084 77.727 55.207 2.870 LGA E 258 E 258 1.059 0 0.046 0.352 2.065 69.545 64.242 2.065 LGA K 259 K 259 1.594 0 0.052 0.197 2.106 54.545 49.697 2.075 LGA T 260 T 260 1.695 0 0.000 0.084 2.115 47.727 49.091 1.611 LGA K 261 K 261 2.523 0 0.024 0.178 3.479 30.000 26.465 3.479 LGA D 262 D 262 2.402 0 0.023 0.843 3.534 38.182 28.864 3.513 LGA G 263 G 263 2.233 0 0.014 0.014 2.233 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.503 0 0.105 0.439 1.640 54.545 58.990 1.171 LGA R 265 R 265 1.402 0 0.064 0.949 4.693 65.455 50.909 4.693 LGA T 266 T 266 1.154 0 0.041 0.064 1.299 73.636 70.130 1.114 LGA I 267 I 267 0.745 0 0.034 0.075 1.065 81.818 79.773 1.065 LGA R 268 R 268 0.410 0 0.026 0.965 2.577 100.000 87.273 2.577 LGA P 269 P 269 0.169 0 0.003 0.023 0.408 100.000 100.000 0.408 LGA E 270 E 270 0.446 0 0.000 0.259 1.156 95.455 86.061 1.156 LGA K 271 K 271 0.767 0 0.057 0.738 5.191 81.818 51.717 5.191 LGA E 272 E 272 0.522 0 0.047 0.131 1.544 90.909 76.970 1.544 LGA Q 273 Q 273 0.202 0 0.042 0.095 0.486 100.000 100.000 0.486 LGA I 274 I 274 0.183 0 0.038 0.105 0.674 100.000 97.727 0.674 LGA V 275 V 275 0.239 0 0.012 0.043 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA V 276 V 276 0.264 0 0.055 0.062 0.584 100.000 97.403 0.398 LGA Q 277 Q 277 0.165 0 0.047 0.589 2.841 100.000 79.596 2.841 LGA D 278 D 278 0.178 0 0.029 0.235 0.776 100.000 97.727 0.776 LGA A 279 A 279 0.219 0 0.019 0.030 0.295 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.172 0 0.028 0.216 0.543 100.000 98.182 0.460 LGA A 281 A 281 0.301 0 0.032 0.031 0.414 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.272 0 0.050 0.059 0.370 100.000 100.000 0.370 LGA I 283 I 283 0.467 0 0.044 0.067 0.714 90.909 90.909 0.507 LGA I 284 I 284 0.372 0 0.013 0.073 0.385 100.000 100.000 0.251 LGA D 285 D 285 0.523 0 0.027 0.230 1.092 95.455 88.864 1.092 LGA K 286 K 286 0.541 0 0.000 0.255 1.247 81.818 80.000 1.247 LGA E 287 E 287 0.733 0 0.022 0.282 2.247 81.818 70.101 1.774 LGA Q 288 Q 288 0.524 0 0.017 0.532 1.546 90.909 76.970 1.496 LGA F 289 F 289 0.238 0 0.032 0.122 0.518 100.000 98.347 0.454 LGA Q 290 Q 290 0.451 0 0.023 0.900 3.208 100.000 74.545 3.208 LGA Q 291 Q 291 0.405 0 0.026 0.111 0.792 100.000 91.919 0.760 LGA S 292 S 292 0.102 0 0.051 0.058 0.258 100.000 100.000 0.169 LGA Q 293 Q 293 0.403 0 0.000 0.213 0.756 90.909 89.899 0.756 LGA V 294 V 294 0.589 0 0.038 0.063 0.808 86.364 84.416 0.765 LGA K 295 K 295 0.222 0 0.044 0.179 0.760 95.455 93.939 0.715 LGA I 296 I 296 0.725 0 0.018 0.081 1.261 78.182 84.545 0.406 LGA A 297 A 297 1.303 0 0.103 0.119 2.035 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 0.913 0 0.005 0.189 1.971 66.364 78.636 0.998 LGA K 299 K 299 3.436 0 0.296 0.666 14.062 39.545 17.576 14.062 LGA V 300 V 300 1.775 0 0.154 0.427 4.343 54.545 35.325 4.343 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.935 0.890 1.801 86.862 81.296 67.976 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.185 97.674 13.037 LGA_LOCAL RMSD: 0.935 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.936 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.935 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.671059 * X + 0.734588 * Y + -0.100306 * Z + 151.692200 Y_new = -0.732470 * X + 0.635936 * Y + -0.243051 * Z + 149.560257 Z_new = -0.114754 * X + 0.236572 * Y + 0.964813 * Z + 143.774765 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.829125 0.115007 0.240456 [DEG: -47.5054 6.5894 13.7771 ] ZXZ: -0.391402 0.266063 -0.451632 [DEG: -22.4257 15.2443 -25.8766 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS304_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS304_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.674 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS304_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 153.783 184.981 153.292 1.00 85.80 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.222 185.733 154.424 1.00 85.85 C ATOM 1347 C GLY 165 151.700 185.634 154.565 1.00 87.25 C ATOM 1348 O GLY 165 151.095 186.430 155.280 1.00 84.62 O ATOM 1349 N LYS 166 151.060 184.673 153.895 1.00 86.87 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.616 184.438 153.995 1.00 86.72 C ATOM 1351 C LYS 166 149.298 183.650 155.272 1.00 87.37 C ATOM 1352 O LYS 166 150.014 182.721 155.640 1.00 85.39 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.076 183.739 152.729 1.00 85.26 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.248 184.590 151.448 1.00 82.10 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.694 183.926 150.178 1.00 79.08 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.891 184.858 148.969 1.00 73.93 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.425 184.307 147.666 1.00 67.26 N ATOM 1358 N TRP 167 148.196 184.001 155.936 1.00 87.51 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.717 183.276 157.113 1.00 88.12 C ATOM 1360 C TRP 167 146.861 182.085 156.689 1.00 87.66 C ATOM 1361 O TRP 167 145.786 182.253 156.119 1.00 84.92 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.950 184.218 158.032 1.00 87.46 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.579 183.589 159.336 1.00 87.58 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.430 182.934 159.606 1.00 84.63 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.391 183.516 160.552 1.00 86.12 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.465 182.467 160.917 1.00 84.34 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.647 182.802 161.524 1.00 85.45 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.669 183.991 160.906 1.00 85.26 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.166 182.560 162.818 1.00 84.83 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.178 183.754 162.191 1.00 83.44 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.431 183.040 163.135 1.00 82.78 C ATOM 1372 N ILE 168 147.322 180.888 156.991 1.00 85.03 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.704 179.620 156.574 1.00 83.26 C ATOM 1374 C ILE 168 146.331 178.711 157.752 1.00 81.74 C ATOM 1375 O ILE 168 146.000 177.536 157.570 1.00 75.75 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.619 178.890 155.574 1.00 80.12 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.016 178.647 156.176 1.00 76.10 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.711 179.684 154.258 1.00 73.51 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.827 177.638 155.375 1.00 69.73 C ATOM 1380 N SER 169 146.407 179.241 158.960 1.00 81.71 N ATOM 1381 CA SER 169 146.015 178.564 160.199 1.00 80.29 C ATOM 1382 C SER 169 144.517 178.728 160.480 1.00 79.47 C ATOM 1383 O SER 169 143.771 179.211 159.634 1.00 73.25 O ATOM 1384 CB SER 169 146.889 179.078 161.343 1.00 76.39 C ATOM 1385 OG SER 169 147.844 178.122 161.698 1.00 71.42 O ATOM 1386 N GLY 170 144.064 178.298 161.656 1.00 75.99 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.667 178.402 162.074 1.00 75.32 C ATOM 1388 C GLY 170 142.223 179.840 162.351 1.00 78.25 C ATOM 1389 O GLY 170 142.249 180.690 161.471 1.00 74.81 O ATOM 1390 N LEU 171 141.806 180.108 163.597 1.00 79.79 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.413 181.452 164.021 1.00 79.45 C ATOM 1392 C LEU 171 142.590 182.422 163.889 1.00 80.92 C ATOM 1393 O LEU 171 143.714 182.095 164.274 1.00 78.86 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.911 181.405 165.475 1.00 76.13 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.543 180.711 165.628 1.00 71.88 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.323 180.284 167.072 1.00 66.63 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.393 181.638 165.219 1.00 65.33 C ATOM 1398 N ALA 172 142.303 183.617 163.381 1.00 83.23 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.260 184.712 163.413 1.00 83.81 C ATOM 1400 C ALA 172 143.631 185.053 164.872 1.00 84.96 C ATOM 1401 O ALA 172 142.785 184.901 165.761 1.00 83.35 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.656 185.916 162.677 1.00 81.90 C ATOM 1403 N PRO 173 144.868 185.485 165.149 1.00 86.35 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.249 185.932 166.485 1.00 86.81 C ATOM 1405 C PRO 173 144.439 187.168 166.888 1.00 87.44 C ATOM 1406 O PRO 173 143.998 187.943 166.038 1.00 86.06 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.749 186.210 166.406 1.00 85.26 C ATOM 1408 CG PRO 173 146.967 186.563 164.939 1.00 82.02 C ATOM 1409 CD PRO 173 145.953 185.688 164.203 1.00 84.95 C ATOM 1410 N TYR 174 144.245 187.355 168.186 1.00 88.77 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.531 188.514 168.716 1.00 89.10 C ATOM 1412 C TYR 174 144.202 189.815 168.265 1.00 89.00 C ATOM 1413 O TYR 174 145.423 189.896 168.258 1.00 87.01 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.477 188.405 170.239 1.00 88.87 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.625 189.466 170.889 1.00 89.67 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.217 190.495 171.643 1.00 83.22 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.225 189.430 170.740 1.00 83.74 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.415 191.475 172.251 1.00 82.48 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.419 190.408 171.340 1.00 82.87 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.017 191.429 172.096 1.00 87.26 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.227 192.388 172.677 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