####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS294_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS294_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 63 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 32 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 71 124 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 63 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 106 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 27 110 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 95 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 63 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 76 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 73 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 69 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 76 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 12 105 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 19 38 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 27 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 60 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 80 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 69 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 42 118 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 29 77 122 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 34 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 119 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 88.15 93.33 97.78 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.48 0.57 0.69 0.69 0.74 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.89 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.461 0 0.031 0.031 0.461 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.338 0 0.028 0.134 0.886 100.000 95.960 0.886 LGA W 167 W 167 0.239 0 0.217 0.235 0.611 95.455 98.701 0.390 LGA I 168 I 168 0.786 0 0.016 0.673 1.684 81.818 71.818 1.165 LGA S 169 S 169 1.611 0 0.412 0.386 3.164 70.000 56.061 3.164 LGA G 170 G 170 1.775 0 0.100 0.100 1.775 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.825 0 0.090 1.397 6.087 77.727 49.773 3.615 LGA A 172 A 172 0.344 0 0.006 0.012 0.504 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.103 0 0.016 0.221 0.586 100.000 97.403 0.586 LGA Y 174 Y 174 0.367 0 0.023 0.225 1.458 100.000 85.303 1.458 LGA G 175 G 175 0.303 0 0.066 0.066 0.397 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.383 0 0.006 0.163 0.477 100.000 100.000 0.228 LGA Q 177 Q 177 0.684 0 0.023 1.139 4.383 86.364 65.657 0.726 LGA L 178 L 178 0.344 0 0.131 0.204 1.684 86.364 80.227 1.684 LGA N 179 N 179 1.401 0 0.169 0.658 4.986 62.273 37.500 4.986 LGA K 180 K 180 3.965 0 0.283 0.967 13.393 20.455 9.091 13.393 LGA K 181 K 181 1.756 0 0.458 1.153 11.943 65.909 30.505 11.943 LGA T 182 T 182 0.947 0 0.013 1.121 3.491 73.636 63.636 3.491 LGA S 183 S 183 0.628 0 0.101 0.091 1.015 86.364 82.121 0.920 LGA K 184 K 184 0.669 0 0.074 0.864 2.805 86.364 74.141 2.805 LGA L 185 L 185 0.326 0 0.069 0.080 0.648 95.455 97.727 0.412 LGA D 186 D 186 0.303 0 0.043 0.151 0.817 100.000 97.727 0.337 LGA P 187 P 187 0.629 0 0.024 0.367 1.350 82.273 82.078 0.723 LGA V 188 V 188 0.865 0 0.000 0.021 0.939 81.818 81.818 0.939 LGA E 189 E 189 0.755 0 0.044 0.206 0.836 81.818 81.818 0.670 LGA D 190 D 190 0.653 0 0.035 0.052 1.059 86.364 82.045 1.059 LGA E 191 E 191 0.434 0 0.027 0.029 0.818 95.455 87.879 0.818 LGA A 192 A 192 0.327 0 0.021 0.019 0.428 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.292 0 0.045 0.083 0.635 100.000 91.919 0.519 LGA V 194 V 194 0.218 0 0.000 0.034 0.332 100.000 100.000 0.332 LGA V 195 V 195 0.140 0 0.000 0.000 0.251 100.000 100.000 0.169 LGA Q 196 Q 196 0.194 0 0.021 0.253 1.268 100.000 90.303 1.074 LGA L 197 L 197 0.229 0 0.000 0.037 0.269 100.000 100.000 0.269 LGA I 198 I 198 0.192 0 0.039 0.073 0.349 100.000 100.000 0.261 LGA F 199 F 199 0.244 0 0.014 0.035 0.316 100.000 100.000 0.158 LGA N 200 N 200 0.370 0 0.031 1.097 3.545 100.000 76.591 3.545 LGA I 201 I 201 0.258 0 0.012 0.043 0.308 100.000 100.000 0.207 LGA F 202 F 202 0.199 0 0.000 0.014 0.299 100.000 100.000 0.206 LGA L 203 L 203 0.314 0 0.020 0.065 0.565 100.000 95.455 0.514 LGA N 204 N 204 0.330 0 0.009 0.111 1.011 100.000 91.136 0.803 LGA G 205 G 205 0.141 0 0.047 0.047 0.228 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.193 0 0.043 0.068 0.797 100.000 95.455 0.797 LGA N 207 N 207 0.426 0 0.033 0.190 1.402 100.000 88.864 0.775 LGA G 208 G 208 0.505 0 0.078 0.078 1.123 82.273 82.273 - LGA K 209 K 209 0.895 0 0.034 0.628 2.109 81.818 75.354 1.294 LGA D 210 D 210 0.920 0 0.080 0.634 1.900 81.818 75.909 1.900 LGA Y 211 Y 211 1.381 0 0.112 0.602 1.938 65.455 60.606 1.569 LGA S 212 S 212 2.042 0 0.641 0.782 5.724 45.455 32.121 5.724 LGA Y 213 Y 213 3.103 0 0.161 1.109 14.592 36.364 12.121 14.592 LGA A 215 A 215 0.752 0 0.192 0.209 1.869 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.355 0 0.000 0.141 0.622 100.000 95.455 0.622 LGA A 217 A 217 0.269 0 0.043 0.055 0.355 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.485 0 0.017 0.112 1.196 100.000 91.212 1.196 LGA H 219 H 219 0.280 0 0.000 0.077 0.642 100.000 96.364 0.624 LGA L 220 L 220 0.272 0 0.000 0.071 0.351 100.000 100.000 0.330 LGA T 221 T 221 0.335 0 0.000 0.025 0.518 95.455 97.403 0.323 LGA N 222 N 222 0.624 0 0.039 0.067 0.867 81.818 81.818 0.594 LGA L 223 L 223 0.684 0 0.040 0.066 0.997 81.818 81.818 0.694 LGA Q 224 Q 224 0.519 0 0.042 0.152 0.887 86.364 85.859 0.830 LGA I 225 I 225 0.463 0 0.050 0.103 0.510 100.000 97.727 0.166 LGA P 226 P 226 0.442 0 0.033 0.063 0.724 90.909 87.013 0.724 LGA T 227 T 227 0.459 0 0.037 0.076 0.612 90.909 92.208 0.612 LGA P 228 P 228 0.691 0 0.084 0.090 0.728 81.818 81.818 0.583 LGA S 229 S 229 0.818 0 0.150 0.157 0.910 81.818 81.818 0.533 LGA G 230 G 230 0.868 0 0.062 0.062 1.162 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.415 0 0.029 0.452 1.213 95.455 84.242 0.816 LGA K 232 K 232 0.437 0 0.086 0.243 0.699 95.455 93.939 0.546 LGA R 233 R 233 0.508 0 0.034 1.109 6.470 90.909 47.603 4.349 LGA W 234 W 234 0.531 0 0.038 0.141 0.615 81.818 88.312 0.544 LGA N 235 N 235 0.683 0 0.016 0.411 1.802 81.818 75.909 1.802 LGA Q 236 Q 236 0.663 0 0.000 1.252 4.810 81.818 57.980 4.810 LGA Y 237 Y 237 0.628 0 0.044 1.524 9.289 81.818 38.939 9.289 LGA T 238 T 238 0.420 0 0.023 0.041 0.464 100.000 100.000 0.464 LGA I 239 I 239 0.399 0 0.026 0.096 0.411 100.000 100.000 0.336 LGA K 240 K 240 0.606 0 0.031 0.175 2.590 95.455 71.717 2.590 LGA A 241 A 241 0.440 0 0.083 0.088 0.538 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.115 0 0.038 0.060 0.176 100.000 100.000 0.117 LGA L 243 L 243 0.130 0 0.025 0.046 0.392 100.000 100.000 0.228 LGA Q 244 Q 244 0.048 0 0.034 0.218 0.921 100.000 93.939 0.693 LGA N 245 N 245 0.099 0 0.018 0.078 0.435 100.000 100.000 0.435 LGA E 246 E 246 0.140 0 0.026 0.441 1.389 100.000 92.121 0.930 LGA V 247 V 247 0.154 0 0.006 0.037 0.269 100.000 100.000 0.237 LGA Y 248 Y 248 0.234 0 0.035 0.119 1.036 100.000 91.061 1.036 LGA I 249 I 249 0.146 0 0.010 0.025 0.199 100.000 100.000 0.160 LGA G 250 G 250 0.203 0 0.052 0.052 0.221 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.152 0 0.035 0.043 0.321 100.000 100.000 0.223 LGA V 252 V 252 0.279 0 0.047 0.119 0.594 100.000 97.403 0.594 LGA K 253 K 253 0.467 0 0.065 0.138 0.855 100.000 89.899 0.731 LGA Y 254 Y 254 0.501 0 0.031 0.226 2.351 95.455 70.909 2.351 LGA K 255 K 255 0.645 0 0.000 0.176 1.207 81.818 80.000 1.207 LGA V 256 V 256 0.935 0 0.047 0.060 1.071 73.636 77.143 0.922 LGA R 257 R 257 1.132 0 0.097 1.087 6.094 65.455 44.298 3.517 LGA E 258 E 258 0.951 0 0.060 0.261 1.486 73.636 70.909 1.486 LGA K 259 K 259 1.315 0 0.049 0.233 1.664 65.455 62.222 1.316 LGA T 260 T 260 1.011 0 0.012 0.142 1.453 65.455 70.130 0.891 LGA K 261 K 261 1.815 0 0.021 0.312 3.885 51.364 39.798 3.885 LGA D 262 D 262 1.383 0 0.023 0.069 1.463 65.455 71.591 0.687 LGA G 263 G 263 1.633 0 0.000 0.000 1.733 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.205 0 0.092 0.286 1.933 65.455 62.222 1.333 LGA R 265 R 265 1.148 0 0.076 0.933 4.807 65.455 48.595 4.807 LGA T 266 T 266 0.985 0 0.045 0.071 1.070 77.727 79.481 0.839 LGA I 267 I 267 0.716 0 0.031 0.066 0.865 81.818 81.818 0.841 LGA R 268 R 268 0.290 0 0.021 1.040 3.012 100.000 79.504 3.012 LGA P 269 P 269 0.398 0 0.000 0.021 0.482 100.000 100.000 0.254 LGA E 270 E 270 0.750 0 0.020 0.665 1.439 81.818 76.364 1.260 LGA K 271 K 271 0.844 0 0.066 0.715 5.296 81.818 51.515 5.296 LGA E 272 E 272 0.404 0 0.055 0.138 1.171 95.455 88.081 1.171 LGA Q 273 Q 273 0.155 0 0.038 0.092 0.644 100.000 97.980 0.644 LGA I 274 I 274 0.075 0 0.036 0.102 0.633 100.000 97.727 0.633 LGA V 275 V 275 0.300 0 0.000 0.027 0.500 100.000 97.403 0.497 LGA V 276 V 276 0.237 0 0.058 0.065 0.496 100.000 100.000 0.292 LGA Q 277 Q 277 0.057 0 0.039 0.592 2.878 100.000 79.596 2.878 LGA D 278 D 278 0.116 0 0.032 0.239 0.840 100.000 97.727 0.840 LGA A 279 A 279 0.078 0 0.000 0.019 0.163 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.261 0 0.028 0.204 0.612 100.000 98.182 0.483 LGA A 281 A 281 0.375 0 0.030 0.028 0.458 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.238 0 0.043 0.055 0.308 100.000 100.000 0.308 LGA I 283 I 283 0.372 0 0.046 0.053 0.625 95.455 95.455 0.405 LGA I 284 I 284 0.247 0 0.000 0.073 0.247 100.000 100.000 0.186 LGA D 285 D 285 0.301 0 0.022 0.033 0.444 100.000 100.000 0.423 LGA K 286 K 286 0.298 0 0.000 0.238 1.344 100.000 92.121 1.344 LGA E 287 E 287 0.517 0 0.011 0.307 2.178 95.455 79.394 1.255 LGA Q 288 Q 288 0.491 0 0.025 0.522 1.460 100.000 84.444 1.460 LGA F 289 F 289 0.125 0 0.027 0.128 0.370 100.000 100.000 0.315 LGA Q 290 Q 290 0.191 0 0.027 0.130 0.433 100.000 100.000 0.433 LGA Q 291 Q 291 0.247 0 0.040 0.103 0.674 100.000 93.939 0.505 LGA S 292 S 292 0.188 0 0.051 0.053 0.260 100.000 100.000 0.260 LGA Q 293 Q 293 0.155 0 0.011 0.228 0.629 100.000 97.980 0.629 LGA V 294 V 294 0.200 0 0.038 0.043 0.508 100.000 97.403 0.423 LGA K 295 K 295 0.384 0 0.051 0.181 0.705 95.455 91.919 0.464 LGA I 296 I 296 0.547 0 0.018 0.076 0.911 86.364 90.909 0.267 LGA A 297 A 297 0.783 0 0.114 0.131 1.362 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.981 0 0.045 0.331 2.462 64.545 54.545 2.151 LGA K 299 K 299 4.244 0 0.364 0.683 14.668 24.545 10.909 14.668 LGA V 300 V 300 2.064 0 0.044 0.083 4.185 35.909 25.455 3.581 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.890 0.829 1.892 88.502 82.642 69.916 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 96.481 98.174 13.634 LGA_LOCAL RMSD: 0.890 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.890 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.890 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.489666 * X + 0.790255 * Y + -0.368407 * Z + 153.490021 Y_new = -0.598404 * X + 0.611899 * Y + 0.517197 * Z + 149.105301 Z_new = 0.634145 * X + -0.032798 * Y + 0.772518 * Z + 141.749649 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.885004 -0.686903 -0.042430 [DEG: -50.7070 -39.3566 -2.4311 ] ZXZ: -2.522649 0.687999 1.622470 [DEG: -144.5372 39.4195 92.9607 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS294_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS294_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 98.174 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS294_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.977 185.072 153.365 1.00 86.60 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.392 185.817 154.487 1.00 86.75 C ATOM 1347 C GLY 165 151.870 185.697 154.608 1.00 88.15 C ATOM 1348 O GLY 165 151.248 186.481 155.324 1.00 85.67 O ATOM 1349 N LYS 166 151.245 184.737 153.926 1.00 87.97 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.804 184.483 154.015 1.00 87.82 C ATOM 1351 C LYS 166 149.482 183.680 155.284 1.00 88.57 C ATOM 1352 O LYS 166 150.218 182.768 155.664 1.00 86.71 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.288 183.788 152.735 1.00 86.57 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.464 184.654 151.463 1.00 83.66 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.942 183.991 150.177 1.00 80.67 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.156 184.938 148.983 1.00 75.51 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.696 184.414 147.665 1.00 68.56 N ATOM 1358 N TRP 167 148.360 183.995 155.923 1.00 88.63 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.868 183.258 157.093 1.00 89.04 C ATOM 1360 C TRP 167 147.030 182.058 156.654 1.00 88.46 C ATOM 1361 O TRP 167 145.994 182.217 156.012 1.00 85.66 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.077 184.188 158.001 1.00 88.25 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.719 183.563 159.309 1.00 88.22 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.577 182.896 159.588 1.00 85.32 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.538 183.503 160.522 1.00 86.75 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.807 182.786 161.500 1.00 86.00 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.811 183.995 160.871 1.00 85.80 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.626 182.433 160.900 1.00 85.04 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.332 182.554 162.792 1.00 85.56 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GLY 170 142.995 178.404 162.186 1.00 77.04 C ATOM 1388 C GLY 170 142.375 179.800 162.166 1.00 79.85 C ATOM 1389 O GLY 170 142.276 180.454 161.131 1.00 76.62 O ATOM 1390 N LEU 171 141.930 180.232 163.355 1.00 81.19 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.464 181.596 163.571 1.00 81.15 C ATOM 1392 C LEU 171 142.654 182.556 163.530 1.00 82.70 C ATOM 1393 O LEU 171 143.754 182.209 163.963 1.00 81.03 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.725 181.689 164.916 1.00 78.17 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.361 180.971 164.922 1.00 73.85 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 138.871 180.776 166.352 1.00 68.37 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.292 181.767 164.156 1.00 67.21 C ATOM 1398 N ALA 172 142.395 183.767 163.047 1.00 85.04 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.359 184.850 163.153 1.00 85.41 C ATOM 1400 C ALA 172 143.690 185.128 164.635 1.00 86.36 C ATOM 1401 O ALA 172 142.812 184.977 165.491 1.00 84.69 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.784 186.084 162.452 1.00 83.51 C ATOM 1403 N PRO 173 144.920 185.516 164.957 1.00 87.45 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.273 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