####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS294_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS294_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 107 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 20 76 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 55 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 17 104 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 5 5 112 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 112 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 20 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 53 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 53 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 73 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 73 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 7 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 20 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 14 31 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 25 121 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 72 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 68 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 36 115 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 30 91 111 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 31 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 118 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 87.41 93.33 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.47 0.60 0.67 0.72 0.76 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.94 0.93 0.92 0.92 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.513 0 0.029 0.029 0.513 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.323 0 0.027 0.133 1.042 100.000 92.121 1.042 LGA W 167 W 167 0.183 0 0.196 0.200 0.576 95.455 98.701 0.411 LGA I 168 I 168 0.628 0 0.026 0.163 1.621 81.818 75.909 1.438 LGA S 169 S 169 1.353 0 0.553 0.699 3.731 60.000 50.303 3.731 LGA G 170 G 170 1.569 0 0.075 0.075 1.732 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.965 0 0.054 1.393 5.873 73.636 49.545 3.237 LGA A 172 A 172 0.496 0 0.018 0.030 0.694 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.196 0 0.000 0.103 0.303 100.000 100.000 0.303 LGA Y 174 Y 174 0.368 0 0.000 0.217 1.396 100.000 86.667 1.396 LGA G 175 G 175 0.296 0 0.061 0.061 0.331 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.321 0 0.000 0.171 0.521 100.000 96.970 0.236 LGA Q 177 Q 177 0.540 0 0.060 0.282 1.141 90.909 84.040 0.634 LGA L 178 L 178 0.350 0 0.129 0.197 1.646 90.909 82.500 1.646 LGA N 179 N 179 1.327 0 0.168 0.651 4.915 59.091 35.909 4.915 LGA K 180 K 180 4.027 0 0.279 0.965 13.543 19.091 8.485 13.543 LGA K 181 K 181 1.685 0 0.461 0.964 10.302 65.909 30.707 10.302 LGA T 182 T 182 0.897 0 0.029 1.116 3.453 77.727 65.974 3.453 LGA S 183 S 183 0.728 0 0.119 0.105 1.130 86.364 79.394 1.071 LGA K 184 K 184 0.767 0 0.068 0.859 2.698 81.818 72.121 2.698 LGA L 185 L 185 0.344 0 0.070 0.077 0.613 95.455 97.727 0.439 LGA D 186 D 186 0.191 0 0.038 0.154 0.869 100.000 97.727 0.394 LGA P 187 P 187 0.500 0 0.023 0.366 1.205 82.273 84.675 0.654 LGA V 188 V 188 0.762 0 0.023 0.023 0.874 81.818 81.818 0.874 LGA E 189 E 189 0.730 0 0.034 0.202 0.786 81.818 81.818 0.696 LGA D 190 D 190 0.662 0 0.026 0.035 1.036 86.364 82.045 1.036 LGA E 191 E 191 0.451 0 0.009 0.024 0.757 95.455 87.879 0.757 LGA A 192 A 192 0.313 0 0.031 0.029 0.397 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.302 0 0.044 0.084 0.648 100.000 91.919 0.569 LGA V 194 V 194 0.249 0 0.000 0.045 0.405 100.000 100.000 0.405 LGA V 195 V 195 0.124 0 0.000 0.000 0.243 100.000 100.000 0.125 LGA Q 196 Q 196 0.157 0 0.026 0.258 1.295 100.000 90.303 1.028 LGA L 197 L 197 0.244 0 0.000 0.043 0.342 100.000 100.000 0.334 LGA I 198 I 198 0.186 0 0.043 0.073 0.386 100.000 100.000 0.324 LGA F 199 F 199 0.200 0 0.010 0.036 0.274 100.000 100.000 0.118 LGA N 200 N 200 0.285 0 0.028 0.780 2.536 100.000 86.364 2.536 LGA I 201 I 201 0.199 0 0.009 0.043 0.250 100.000 100.000 0.135 LGA F 202 F 202 0.194 0 0.000 0.022 0.355 100.000 100.000 0.339 LGA L 203 L 203 0.295 0 0.015 0.054 0.635 100.000 95.455 0.567 LGA N 204 N 204 0.296 0 0.000 0.109 1.050 100.000 88.864 0.831 LGA G 205 G 205 0.137 0 0.035 0.035 0.272 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.134 0 0.047 0.222 1.077 100.000 93.409 0.785 LGA N 207 N 207 0.538 0 0.030 0.209 1.539 95.455 84.773 0.840 LGA G 208 G 208 0.571 0 0.081 0.081 0.958 81.818 81.818 - LGA K 209 K 209 0.836 0 0.024 0.612 1.869 81.818 78.586 0.992 LGA D 210 D 210 0.823 0 0.098 0.511 1.547 81.818 77.955 1.547 LGA Y 211 Y 211 1.473 0 0.113 0.610 1.999 65.455 60.606 1.680 LGA S 212 S 212 2.125 0 0.642 0.777 5.834 41.818 29.697 5.834 LGA Y 213 Y 213 2.991 0 0.162 1.106 14.432 41.818 14.091 14.432 LGA A 215 A 215 0.754 0 0.188 0.205 1.805 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.254 0 0.000 0.144 0.548 100.000 95.455 0.548 LGA A 217 A 217 0.120 0 0.043 0.055 0.215 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.367 0 0.009 0.095 1.016 100.000 91.212 1.016 LGA H 219 H 219 0.266 0 0.000 0.080 0.635 100.000 96.364 0.635 LGA L 220 L 220 0.275 0 0.000 0.078 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA T 221 T 221 0.252 0 0.000 0.027 0.412 100.000 100.000 0.171 LGA N 222 N 222 0.489 0 0.045 0.074 0.711 90.909 95.455 0.496 LGA L 223 L 223 0.642 0 0.027 0.060 0.937 81.818 81.818 0.732 LGA Q 224 Q 224 0.531 0 0.040 0.258 1.231 90.909 86.061 1.231 LGA I 225 I 225 0.504 0 0.044 0.101 0.531 86.364 88.636 0.181 LGA P 226 P 226 0.551 0 0.030 0.059 0.826 81.818 81.818 0.826 LGA T 227 T 227 0.585 0 0.040 0.079 0.765 81.818 84.416 0.765 LGA P 228 P 228 0.808 0 0.083 0.089 0.867 81.818 81.818 0.675 LGA S 229 S 229 1.010 0 0.147 0.158 1.080 73.636 76.364 0.688 LGA G 230 G 230 1.017 0 0.063 0.063 1.131 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.420 0 0.030 0.446 1.234 95.455 86.263 0.603 LGA K 232 K 232 0.356 0 0.088 0.250 0.837 95.455 95.960 0.837 LGA R 233 R 233 0.344 0 0.031 1.108 6.164 100.000 52.893 3.988 LGA W 234 W 234 0.372 0 0.049 0.135 0.601 100.000 96.104 0.591 LGA N 235 N 235 0.642 0 0.000 0.495 1.948 81.818 75.909 1.948 LGA Q 236 Q 236 0.685 0 0.000 0.811 3.161 81.818 60.202 3.161 LGA Y 237 Y 237 0.647 0 0.049 1.528 9.126 81.818 39.848 9.126 LGA T 238 T 238 0.383 0 0.000 0.037 0.411 100.000 100.000 0.392 LGA I 239 I 239 0.354 0 0.012 0.098 0.369 100.000 100.000 0.261 LGA K 240 K 240 0.650 0 0.031 0.196 2.969 90.909 66.869 2.969 LGA A 241 A 241 0.443 0 0.085 0.090 0.562 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.031 0 0.043 0.062 0.184 100.000 100.000 0.115 LGA L 243 L 243 0.195 0 0.035 0.053 0.464 100.000 100.000 0.302 LGA Q 244 Q 244 0.148 0 0.038 0.206 0.708 100.000 95.960 0.649 LGA N 245 N 245 0.166 0 0.000 0.086 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA E 246 E 246 0.209 0 0.027 0.463 1.409 100.000 94.141 0.888 LGA V 247 V 247 0.202 0 0.000 0.042 0.278 100.000 100.000 0.253 LGA Y 248 Y 248 0.269 0 0.038 0.124 1.071 100.000 91.061 1.071 LGA I 249 I 249 0.191 0 0.021 0.024 0.273 100.000 100.000 0.214 LGA G 250 G 250 0.224 0 0.052 0.052 0.224 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.157 0 0.032 0.042 0.295 100.000 100.000 0.226 LGA V 252 V 252 0.288 0 0.046 0.101 0.565 100.000 97.403 0.565 LGA K 253 K 253 0.470 0 0.063 0.138 0.778 100.000 89.899 0.667 LGA Y 254 Y 254 0.583 0 0.033 0.227 2.459 95.455 70.909 2.459 LGA K 255 K 255 0.723 0 0.000 0.159 1.151 81.818 80.000 1.151 LGA V 256 V 256 0.941 0 0.058 0.062 1.039 73.636 77.143 0.932 LGA R 257 R 257 1.133 0 0.096 1.067 5.936 65.455 45.455 3.434 LGA E 258 E 258 1.055 0 0.059 0.265 1.667 65.455 63.838 1.667 LGA K 259 K 259 1.595 0 0.035 0.685 2.158 58.182 54.343 1.423 LGA T 260 T 260 1.378 0 0.016 0.089 1.871 58.182 61.299 1.139 LGA K 261 K 261 2.213 0 0.025 0.368 4.400 41.364 32.525 4.400 LGA D 262 D 262 1.759 0 0.026 0.422 2.133 50.909 49.318 1.872 LGA G 263 G 263 1.950 0 0.000 0.000 1.950 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.321 0 0.084 0.402 1.823 65.455 62.222 1.513 LGA R 265 R 265 1.228 0 0.074 0.932 4.773 65.455 48.595 4.773 LGA T 266 T 266 1.036 0 0.047 0.077 1.147 73.636 77.143 0.908 LGA I 267 I 267 0.762 0 0.034 0.065 0.956 81.818 81.818 0.836 LGA R 268 R 268 0.442 0 0.032 0.962 2.762 95.455 83.967 2.762 LGA P 269 P 269 0.249 0 0.000 0.024 0.377 100.000 100.000 0.377 LGA E 270 E 270 0.452 0 0.013 0.240 1.202 100.000 86.263 1.133 LGA K 271 K 271 0.542 0 0.065 0.723 4.987 95.455 57.980 4.987 LGA E 272 E 272 0.313 0 0.050 0.139 1.418 100.000 86.465 1.418 LGA Q 273 Q 273 0.162 0 0.040 0.098 0.586 100.000 97.980 0.586 LGA I 274 I 274 0.162 0 0.029 0.104 0.763 100.000 97.727 0.763 LGA V 275 V 275 0.228 0 0.005 0.038 0.483 100.000 100.000 0.399 LGA V 276 V 276 0.194 0 0.059 0.064 0.473 100.000 100.000 0.293 LGA Q 277 Q 277 0.024 0 0.042 0.586 2.891 100.000 79.596 2.891 LGA D 278 D 278 0.066 0 0.037 0.227 0.719 100.000 97.727 0.719 LGA A 279 A 279 0.081 0 0.021 0.028 0.124 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.187 0 0.026 0.207 0.617 100.000 96.364 0.502 LGA A 281 A 281 0.317 0 0.017 0.019 0.397 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.231 0 0.043 0.056 0.330 100.000 100.000 0.330 LGA I 283 I 283 0.390 0 0.044 0.058 0.628 95.455 95.455 0.447 LGA I 284 I 284 0.267 0 0.000 0.068 0.267 100.000 100.000 0.177 LGA D 285 D 285 0.356 0 0.025 0.323 1.071 100.000 93.409 1.071 LGA K 286 K 286 0.396 0 0.000 0.250 1.293 100.000 90.101 1.293 LGA E 287 E 287 0.574 0 0.025 0.310 2.419 90.909 69.495 2.385 LGA Q 288 Q 288 0.463 0 0.009 0.531 1.489 95.455 80.606 1.489 LGA F 289 F 289 0.156 0 0.026 0.121 0.480 100.000 100.000 0.407 LGA Q 290 Q 290 0.316 0 0.026 1.169 3.515 100.000 71.313 3.515 LGA Q 291 Q 291 0.209 0 0.037 0.094 0.665 100.000 93.939 0.562 LGA S 292 S 292 0.107 0 0.058 0.687 2.239 100.000 89.697 2.239 LGA Q 293 Q 293 0.300 0 0.013 0.250 0.698 95.455 93.939 0.689 LGA V 294 V 294 0.254 0 0.035 0.048 0.563 100.000 97.403 0.439 LGA K 295 K 295 0.349 0 0.048 0.174 0.802 95.455 87.879 0.719 LGA I 296 I 296 0.650 0 0.028 0.082 1.082 82.273 86.591 0.433 LGA A 297 A 297 0.971 0 0.117 0.134 1.595 74.091 75.636 - LGA N 298 N 298 1.059 0 0.000 0.289 2.639 53.182 50.455 1.589 LGA K 299 K 299 4.207 0 0.365 0.684 14.055 24.545 10.909 14.055 LGA V 300 V 300 2.321 0 0.050 0.057 4.222 32.727 22.597 3.628 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.914 0.868 1.858 87.818 81.800 67.746 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.926 98.012 13.309 LGA_LOCAL RMSD: 0.914 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.914 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.914 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.485741 * X + 0.792630 * Y + -0.368501 * Z + 152.921082 Y_new = -0.606897 * X + 0.609219 * Y + 0.510420 * Z + 149.386383 Z_new = 0.629072 * X + -0.024290 * Y + 0.776967 * Z + 140.939758 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.895831 -0.680359 -0.031252 [DEG: -51.3273 -38.9817 -1.7906 ] ZXZ: -2.516282 0.680963 1.609389 [DEG: -144.1723 39.0163 92.2112 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS294_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS294_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 98.012 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS294_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.954 185.132 153.322 1.00 86.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.377 185.876 154.450 1.00 86.68 C ATOM 1347 C GLY 165 151.853 185.769 154.567 1.00 88.17 C ATOM 1348 O GLY 165 151.232 186.565 155.271 1.00 85.65 O ATOM 1349 N LYS 166 151.225 184.802 153.887 1.00 87.95 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.788 184.549 153.983 1.00 87.92 C ATOM 1351 C LYS 166 149.474 183.736 155.247 1.00 88.57 C ATOM 1352 O LYS 166 150.216 182.830 155.618 1.00 86.73 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.262 183.865 152.700 1.00 86.63 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.421 184.746 151.436 1.00 83.79 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.883 184.096 150.151 1.00 80.79 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.064 185.057 148.962 1.00 75.64 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.590 184.533 147.648 1.00 68.68 N ATOM 1358 N TRP 167 148.353 184.044 155.885 1.00 88.51 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.878 183.296 157.053 1.00 88.92 C ATOM 1360 C TRP 167 147.083 182.066 156.613 1.00 88.27 C ATOM 1361 O TRP 167 146.004 182.186 156.033 1.00 85.47 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.055 184.216 157.951 1.00 88.16 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.679 183.584 159.250 1.00 88.18 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.522 182.938 159.512 1.00 85.35 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.485 183.500 160.470 1.00 86.78 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.728 182.784 161.434 1.00 86.04 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.764 183.966 160.835 1.00 85.88 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.548 182.460 160.819 1.00 85.07 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.237 182.528 162.726 1.00 85.62 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.259 183.716 162.122 1.00 84.17 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.504 183.000 163.056 1.00 83.66 C ATOM 1372 N ILE 168 147.610 180.888 156.893 1.00 86.23 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.081 179.597 156.423 1.00 84.17 C ATOM 1374 C ILE 168 146.386 178.794 157.535 1.00 82.44 C ATOM 1375 O ILE 168 145.614 177.873 157.270 1.00 75.85 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.238 178.798 155.773 1.00 80.60 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.029 179.610 154.720 1.00 76.13 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.744 177.489 155.137 1.00 73.68 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.184 180.138 153.554 1.00 69.69 C ATOM 1380 N SER 169 146.661 179.141 158.774 1.00 82.71 N ATOM 1381 CA SER 169 146.159 178.415 159.941 1.00 80.96 C ATOM 1382 C SER 169 144.760 178.870 160.374 1.00 80.15 C ATOM 1383 O SER 169 144.165 179.731 159.742 1.00 73.69 O ATOM 1384 CB SER 169 147.197 178.515 161.056 1.00 76.86 C ATOM 1385 OG SER 169 147.171 177.356 161.834 1.00 71.71 O ATOM 1386 N GLY 170 144.227 178.256 161.445 1.00 77.38 N ATOM 1387 CA 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