####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS294_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS294_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 80 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 21 95 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 41 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 101 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 11 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 101 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 62 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 54 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 41 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 80 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 58 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 53 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 31 77 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 31 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 119 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 88.15 93.33 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.47 0.57 0.65 0.72 0.84 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.94 0.93 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.500 0 0.029 0.029 0.518 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.404 0 0.027 0.119 0.887 100.000 93.939 0.887 LGA W 167 W 167 0.292 0 0.195 0.199 0.487 100.000 100.000 0.380 LGA I 168 I 168 0.661 0 0.012 0.173 1.517 81.818 75.909 1.236 LGA S 169 S 169 1.374 0 0.560 0.593 2.803 55.909 52.121 2.230 LGA G 170 G 170 1.516 0 0.074 0.074 1.763 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.974 0 0.040 1.393 5.830 73.636 49.545 3.074 LGA A 172 A 172 0.446 0 0.007 0.024 0.659 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.231 0 0.017 0.103 0.301 100.000 100.000 0.288 LGA Y 174 Y 174 0.416 0 0.021 0.219 1.431 100.000 85.303 1.431 LGA G 175 G 175 0.347 0 0.067 0.067 0.404 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.378 0 0.000 0.169 0.508 100.000 96.970 0.233 LGA Q 177 Q 177 0.564 0 0.060 0.259 1.149 90.909 84.040 0.583 LGA L 178 L 178 0.314 0 0.128 0.207 1.673 82.273 78.182 1.673 LGA N 179 N 179 1.404 0 0.165 0.666 5.073 59.091 35.000 5.073 LGA K 180 K 180 3.947 0 0.290 0.968 13.335 20.455 9.091 13.335 LGA K 181 K 181 1.728 0 0.456 1.173 12.085 65.909 30.505 12.085 LGA T 182 T 182 0.897 0 0.023 1.120 3.426 77.727 65.974 3.426 LGA S 183 S 183 0.733 0 0.106 0.095 1.128 86.364 79.394 1.033 LGA K 184 K 184 0.787 0 0.075 0.872 2.766 81.818 72.121 2.766 LGA L 185 L 185 0.280 0 0.067 0.076 0.562 95.455 97.727 0.423 LGA D 186 D 186 0.272 0 0.035 0.148 0.872 100.000 95.455 0.393 LGA P 187 P 187 0.585 0 0.031 0.068 1.170 82.273 82.078 0.737 LGA V 188 V 188 0.815 0 0.000 0.021 0.918 81.818 81.818 0.918 LGA E 189 E 189 0.784 0 0.036 0.224 0.880 81.818 81.818 0.880 LGA D 190 D 190 0.724 0 0.033 0.052 1.095 81.818 79.773 1.095 LGA E 191 E 191 0.503 0 0.000 0.013 0.848 90.909 85.859 0.848 LGA A 192 A 192 0.370 0 0.029 0.027 0.468 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.344 0 0.044 0.094 0.677 100.000 91.919 0.631 LGA V 194 V 194 0.263 0 0.000 0.049 0.407 100.000 100.000 0.407 LGA V 195 V 195 0.146 0 0.000 0.016 0.300 100.000 100.000 0.168 LGA Q 196 Q 196 0.210 0 0.005 0.241 1.248 100.000 90.303 1.125 LGA L 197 L 197 0.260 0 0.000 0.032 0.309 100.000 100.000 0.309 LGA I 198 I 198 0.184 0 0.038 0.071 0.360 100.000 100.000 0.260 LGA F 199 F 199 0.245 0 0.000 0.036 0.356 100.000 100.000 0.115 LGA N 200 N 200 0.416 0 0.028 0.799 2.556 100.000 86.364 2.556 LGA I 201 I 201 0.346 0 0.000 0.037 0.395 100.000 100.000 0.275 LGA F 202 F 202 0.280 0 0.000 0.000 0.387 100.000 100.000 0.286 LGA L 203 L 203 0.414 0 0.018 0.057 0.669 100.000 95.455 0.611 LGA N 204 N 204 0.449 0 0.000 0.100 1.082 100.000 88.864 0.965 LGA G 205 G 205 0.180 0 0.043 0.043 0.227 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.225 0 0.049 0.088 1.016 100.000 91.136 1.016 LGA N 207 N 207 0.598 0 0.033 0.203 1.757 95.455 80.682 1.068 LGA G 208 G 208 0.453 0 0.065 0.065 0.961 90.909 90.909 - LGA K 209 K 209 0.891 0 0.038 0.597 1.750 81.818 78.586 0.855 LGA D 210 D 210 0.895 0 0.077 0.764 2.243 81.818 68.864 2.243 LGA Y 211 Y 211 1.343 0 0.112 0.631 2.091 65.455 59.545 1.668 LGA S 212 S 212 2.111 0 0.639 0.773 5.817 45.455 32.121 5.817 LGA Y 213 Y 213 2.998 0 0.162 1.104 14.470 38.636 13.030 14.470 LGA A 215 A 215 0.651 0 0.189 0.206 1.741 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.291 0 0.000 0.141 0.632 100.000 95.455 0.632 LGA A 217 A 217 0.162 0 0.042 0.057 0.260 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.348 0 0.013 0.098 0.987 100.000 93.939 0.987 LGA H 219 H 219 0.266 0 0.000 0.082 0.678 100.000 94.545 0.657 LGA L 220 L 220 0.258 0 0.000 0.080 0.354 100.000 100.000 0.354 LGA T 221 T 221 0.202 0 0.002 0.023 0.351 100.000 100.000 0.147 LGA N 222 N 222 0.467 0 0.038 0.068 0.664 90.909 95.455 0.464 LGA L 223 L 223 0.625 0 0.043 0.070 0.934 81.818 81.818 0.707 LGA Q 224 Q 224 0.605 0 0.042 0.136 1.020 86.364 82.020 0.677 LGA I 225 I 225 0.542 0 0.049 0.102 0.562 86.364 88.636 0.173 LGA P 226 P 226 0.621 0 0.033 0.063 0.915 81.818 81.818 0.915 LGA T 227 T 227 0.607 0 0.034 0.074 0.766 81.818 84.416 0.766 LGA P 228 P 228 0.887 0 0.079 0.084 0.950 81.818 81.818 0.756 LGA S 229 S 229 1.058 0 0.147 0.158 1.139 73.636 76.364 0.711 LGA G 230 G 230 1.055 0 0.084 0.084 1.249 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.344 0 0.029 0.642 2.887 95.455 74.949 2.887 LGA K 232 K 232 0.351 0 0.075 0.250 0.958 95.455 93.939 0.958 LGA R 233 R 233 0.347 0 0.046 1.115 6.308 100.000 50.909 4.163 LGA W 234 W 234 0.468 0 0.044 0.139 0.640 95.455 90.909 0.614 LGA N 235 N 235 0.729 0 0.000 0.481 1.881 81.818 73.864 1.881 LGA Q 236 Q 236 0.697 0 0.000 0.501 2.553 81.818 63.838 2.030 LGA Y 237 Y 237 0.713 0 0.036 1.534 9.329 81.818 38.939 9.329 LGA T 238 T 238 0.438 0 0.000 0.033 0.459 100.000 100.000 0.454 LGA I 239 I 239 0.423 0 0.022 0.103 0.436 100.000 100.000 0.319 LGA K 240 K 240 0.695 0 0.024 0.182 2.824 81.818 62.828 2.824 LGA A 241 A 241 0.501 0 0.084 0.089 0.591 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.097 0 0.040 0.061 0.211 100.000 100.000 0.112 LGA L 243 L 243 0.177 0 0.036 0.057 0.466 100.000 100.000 0.304 LGA Q 244 Q 244 0.135 0 0.039 0.211 0.815 100.000 95.960 0.705 LGA N 245 N 245 0.158 0 0.029 0.083 0.454 100.000 100.000 0.454 LGA E 246 E 246 0.127 0 0.031 0.503 1.581 100.000 88.687 1.024 LGA V 247 V 247 0.131 0 0.000 0.042 0.274 100.000 100.000 0.217 LGA Y 248 Y 248 0.226 0 0.037 0.122 1.039 100.000 91.061 1.039 LGA I 249 I 249 0.129 0 0.023 0.032 0.209 100.000 100.000 0.167 LGA G 250 G 250 0.175 0 0.054 0.054 0.215 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.111 0 0.035 0.043 0.271 100.000 100.000 0.185 LGA V 252 V 252 0.251 0 0.043 0.100 0.560 100.000 97.403 0.560 LGA K 253 K 253 0.417 0 0.058 0.122 0.797 100.000 89.899 0.749 LGA Y 254 Y 254 0.595 0 0.027 0.231 2.479 95.455 70.909 2.479 LGA K 255 K 255 0.704 0 0.000 0.182 1.225 81.818 80.000 1.225 LGA V 256 V 256 0.920 0 0.057 0.059 1.044 77.727 79.481 0.914 LGA R 257 R 257 1.129 0 0.107 1.050 6.228 65.455 42.314 3.845 LGA E 258 E 258 0.896 0 0.054 0.268 1.308 73.636 76.364 1.308 LGA K 259 K 259 1.423 0 0.048 0.188 2.386 65.455 54.545 2.386 LGA T 260 T 260 1.271 0 0.000 0.074 1.831 58.182 63.636 1.010 LGA K 261 K 261 2.382 0 0.022 0.357 5.397 38.636 25.657 5.397 LGA D 262 D 262 1.691 0 0.023 0.917 2.959 54.545 48.409 2.443 LGA G 263 G 263 1.846 0 0.000 0.000 1.860 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.168 0 0.088 0.423 2.072 65.455 59.596 2.072 LGA R 265 R 265 1.144 0 0.073 0.939 4.839 65.455 48.595 4.839 LGA T 266 T 266 0.887 0 0.054 0.080 1.006 77.727 79.481 0.650 LGA I 267 I 267 0.644 0 0.031 0.071 0.843 81.818 81.818 0.653 LGA R 268 R 268 0.328 0 0.028 0.965 2.841 100.000 85.620 2.841 LGA P 269 P 269 0.231 0 0.000 0.026 0.305 100.000 100.000 0.305 LGA E 270 E 270 0.484 0 0.014 0.250 1.169 100.000 86.263 1.169 LGA K 271 K 271 0.566 0 0.057 0.732 5.018 90.909 55.758 5.018 LGA E 272 E 272 0.288 0 0.049 0.104 1.110 100.000 90.101 1.110 LGA Q 273 Q 273 0.165 0 0.038 0.104 0.603 100.000 97.980 0.603 LGA I 274 I 274 0.171 0 0.035 0.099 0.730 100.000 97.727 0.730 LGA V 275 V 275 0.207 0 0.017 0.037 0.436 100.000 100.000 0.418 LGA V 276 V 276 0.172 0 0.060 0.066 0.462 100.000 100.000 0.260 LGA Q 277 Q 277 0.026 0 0.041 0.576 2.816 100.000 79.596 2.816 LGA D 278 D 278 0.075 0 0.035 0.232 0.720 100.000 97.727 0.720 LGA A 279 A 279 0.084 0 0.006 0.024 0.171 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.220 0 0.031 0.216 0.579 100.000 98.182 0.463 LGA A 281 A 281 0.359 0 0.027 0.024 0.450 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.252 0 0.043 0.056 0.340 100.000 100.000 0.328 LGA I 283 I 283 0.413 0 0.051 0.057 0.689 95.455 95.455 0.427 LGA I 284 I 284 0.276 0 0.000 0.063 0.276 100.000 100.000 0.221 LGA D 285 D 285 0.353 0 0.036 0.036 0.537 100.000 93.182 0.537 LGA K 286 K 286 0.382 0 0.000 0.234 1.300 100.000 90.101 1.300 LGA E 287 E 287 0.627 0 0.022 0.304 2.493 86.364 70.707 2.040 LGA Q 288 Q 288 0.493 0 0.027 0.565 1.711 95.455 77.374 1.579 LGA F 289 F 289 0.109 0 0.037 0.125 0.403 100.000 100.000 0.327 LGA Q 290 Q 290 0.317 0 0.029 0.842 3.016 100.000 76.566 3.016 LGA Q 291 Q 291 0.312 0 0.033 0.103 0.745 100.000 91.919 0.583 LGA S 292 S 292 0.105 0 0.047 0.055 0.207 100.000 100.000 0.207 LGA Q 293 Q 293 0.244 0 0.013 0.221 0.720 100.000 95.960 0.720 LGA V 294 V 294 0.303 0 0.035 0.050 0.626 100.000 94.805 0.527 LGA K 295 K 295 0.267 0 0.051 0.218 0.649 95.455 93.939 0.289 LGA I 296 I 296 0.552 0 0.008 0.086 0.985 86.364 90.909 0.398 LGA A 297 A 297 0.944 0 0.162 0.182 1.768 70.000 72.364 - LGA N 298 N 298 0.933 0 0.000 0.235 2.629 61.818 54.773 1.584 LGA K 299 K 299 4.145 0 0.343 0.755 13.560 24.545 10.909 13.560 LGA V 300 V 300 2.374 0 0.044 0.048 4.146 28.182 20.000 3.552 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.909 0.869 1.886 87.815 81.637 67.823 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 96.111 98.116 13.385 LGA_LOCAL RMSD: 0.909 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.909 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.909 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.523355 * X + 0.777596 * Y + -0.348487 * Z + 152.747452 Y_new = -0.582302 * X + 0.624944 * Y + 0.519971 * Z + 149.001740 Z_new = 0.622113 * X + -0.069205 * Y + 0.779863 * Z + 141.964645 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.838662 -0.671438 -0.088508 [DEG: -48.0518 -38.4706 -5.0711 ] ZXZ: -2.551144 0.676349 1.681582 [DEG: -146.1698 38.7519 96.3476 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS294_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS294_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 98.116 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS294_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.919 185.066 153.326 1.00 86.64 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.337 185.793 154.466 1.00 86.79 C ATOM 1347 C GLY 165 151.815 185.668 154.588 1.00 88.17 C ATOM 1348 O GLY 165 151.188 186.453 155.300 1.00 85.62 O ATOM 1349 N LYS 166 151.198 184.700 153.908 1.00 87.96 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.759 184.432 154.005 1.00 87.81 C ATOM 1351 C LYS 166 149.451 183.631 155.276 1.00 88.47 C ATOM 1352 O LYS 166 150.201 182.740 155.668 1.00 86.57 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.244 183.724 152.732 1.00 86.63 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.385 184.599 151.467 1.00 83.86 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.878 183.917 150.186 1.00 80.90 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.037 184.880 148.997 1.00 75.84 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.634 184.314 147.682 1.00 68.85 N ATOM 1358 N TRP 167 148.315 183.927 155.906 1.00 88.73 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.841 183.191 157.081 1.00 89.13 C ATOM 1360 C TRP 167 147.060 181.949 156.659 1.00 88.57 C ATOM 1361 O TRP 167 145.983 182.049 156.074 1.00 85.71 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.005 184.113 157.960 1.00 88.34 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.659 183.506 159.279 1.00 88.29 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.513 182.854 159.576 1.00 85.39 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.490 183.459 160.484 1.00 86.84 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.763 182.759 161.477 1.00 86.08 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.774 183.939 160.808 1.00 85.86 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.570 182.412 160.894 1.00 85.11 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.298 182.537 162.765 1.00 85.64 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.298 183.721 162.089 1.00 84.15 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.568 183.022 163.054 1.00 83.66 C ATOM 1372 N ILE 168 147.601 180.773 156.959 1.00 86.31 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.078 179.472 156.517 1.00 84.27 C ATOM 1374 C ILE 168 146.389 178.694 157.648 1.00 82.64 C ATOM 1375 O ILE 168 145.601 177.778 157.408 1.00 75.93 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.233 178.651 155.889 1.00 80.86 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.043 179.437 154.829 1.00 76.38 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.725 177.339 155.267 1.00 73.96 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.219 179.938 153.637 1.00 69.95 C ATOM 1380 N SER 169 146.678 179.051 158.883 1.00 82.82 N ATOM 1381 CA SER 169 146.138 178.392 160.072 1.00 81.25 C ATOM 1382 C SER 169 144.689 178.807 160.364 1.00 80.57 C ATOM 1383 O SER 169 144.087 179.548 159.597 1.00 74.28 O ATOM 1384 CB SER 169 147.073 178.642 161.251 1.00 77.22 C ATOM 1385 OG SER 169 148.330 178.062 160.993 1.00 72.06 O ATOM 1386 N GLY 170 144.114 178.295 161.456 1.00 77.87 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.707 178.491 161.810 1.00 77.41 C ATOM 1388 C GLY 170 142.328 179.936 162.148 1.00 80.18 C ATOM 1389 O GLY 170 142.413 180.825 161.314 1.00 76.98 O ATOM 1390 N LEU 171 141.891 180.165 163.396 1.00 81.89 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.506 181.500 163.858 1.00 81.77 C ATOM 1392 C LEU 171 142.684 182.471 163.758 1.00 83.14 C ATOM 1393 O LEU 171 143.801 182.137 164.158 1.00 81.37 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.989 181.423 165.304 1.00 78.96 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.602 180.768 165.432 1.00 74.74 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.337 180.372 166.879 1.00 69.18 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.482 181.717 164.985 1.00 67.99 C ATOM 1398 N ALA 172 142.402 183.673 163.258 1.00 85.34 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.358 184.765 163.292 1.00 85.70 C ATOM 1400 C ALA 172 143.736 185.103 164.751 1.00 86.69 C ATOM 1401 O ALA 172 142.900 184.943 165.647 1.00 84.89 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.753 185.971 162.563 1.00 83.77 C ATOM 1403 N PRO 173 144.963 185.553 165.012 1.00 87.56 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.355 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