####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS294_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS294_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 69 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 111 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 104 126 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 62 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 16 103 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 59 85 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 96 125 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 16 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 62 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 62 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 69 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 73 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 48 116 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 13 59 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 10 27 101 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 61 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 80 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 54 118 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 65 90 119 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 33 59 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 119 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 88.15 94.07 97.78 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.45 0.57 0.68 0.68 0.83 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.89 0.89 0.88 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.505 0 0.029 0.029 0.522 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.414 0 0.026 0.152 1.092 100.000 92.121 1.092 LGA W 167 W 167 0.301 0 0.210 0.206 0.477 100.000 100.000 0.433 LGA I 168 I 168 0.781 0 0.006 0.121 1.490 81.818 75.682 1.490 LGA S 169 S 169 1.383 0 0.546 0.570 2.526 55.909 52.121 2.467 LGA G 170 G 170 1.624 0 0.096 0.096 1.876 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.022 0 0.060 1.390 6.036 69.545 46.591 3.369 LGA A 172 A 172 0.500 0 0.004 0.026 0.699 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.274 0 0.000 0.104 0.322 100.000 100.000 0.273 LGA Y 174 Y 174 0.423 0 0.022 0.217 1.454 100.000 85.303 1.454 LGA G 175 G 175 0.372 0 0.062 0.062 0.397 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.421 0 0.000 0.167 0.558 95.455 95.455 0.232 LGA Q 177 Q 177 0.686 0 0.061 0.279 1.179 86.364 82.020 0.731 LGA L 178 L 178 0.445 0 0.131 0.207 1.679 82.273 78.182 1.679 LGA N 179 N 179 1.355 0 0.173 0.657 4.955 62.273 37.500 4.955 LGA K 180 K 180 3.887 0 0.282 0.971 13.504 20.455 9.091 13.504 LGA K 181 K 181 1.829 0 0.463 1.178 12.203 65.909 30.505 12.203 LGA T 182 T 182 0.956 0 0.022 1.117 3.514 73.636 62.597 3.514 LGA S 183 S 183 0.691 0 0.109 0.096 1.087 86.364 82.121 0.974 LGA K 184 K 184 0.752 0 0.075 0.877 2.898 81.818 72.121 2.898 LGA L 185 L 185 0.332 0 0.062 0.069 0.566 95.455 97.727 0.327 LGA D 186 D 186 0.264 0 0.033 0.151 0.742 95.455 95.455 0.234 LGA P 187 P 187 0.559 0 0.021 0.359 1.303 82.273 84.675 0.702 LGA V 188 V 188 0.851 0 0.010 0.022 0.956 81.818 81.818 0.956 LGA E 189 E 189 0.787 0 0.037 0.210 0.853 81.818 81.818 0.722 LGA D 190 D 190 0.689 0 0.021 0.048 1.091 86.364 82.045 1.091 LGA E 191 E 191 0.495 0 0.021 0.021 0.869 95.455 87.879 0.869 LGA A 192 A 192 0.329 0 0.022 0.017 0.410 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.314 0 0.049 0.089 0.619 100.000 93.939 0.500 LGA V 194 V 194 0.242 0 0.000 0.048 0.398 100.000 100.000 0.398 LGA V 195 V 195 0.114 0 0.000 0.008 0.285 100.000 100.000 0.123 LGA Q 196 Q 196 0.173 0 0.016 0.256 1.262 100.000 90.303 1.067 LGA L 197 L 197 0.223 0 0.000 0.041 0.279 100.000 100.000 0.267 LGA I 198 I 198 0.145 0 0.043 0.074 0.329 100.000 100.000 0.243 LGA F 199 F 199 0.180 0 0.015 0.029 0.281 100.000 100.000 0.065 LGA N 200 N 200 0.358 0 0.019 0.937 3.065 100.000 81.136 3.065 LGA I 201 I 201 0.313 0 0.000 0.033 0.422 100.000 100.000 0.307 LGA F 202 F 202 0.244 0 0.000 0.020 0.314 100.000 100.000 0.292 LGA L 203 L 203 0.315 0 0.017 0.066 0.596 100.000 95.455 0.505 LGA N 204 N 204 0.356 0 0.000 0.120 1.002 100.000 91.136 0.842 LGA G 205 G 205 0.084 0 0.039 0.039 0.103 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.146 0 0.025 0.111 0.824 100.000 95.455 0.824 LGA N 207 N 207 0.091 0 0.000 0.176 0.820 100.000 97.727 0.257 LGA G 208 G 208 0.281 0 0.066 0.066 0.908 90.909 90.909 - LGA K 209 K 209 0.736 0 0.057 0.565 2.049 81.818 73.333 1.498 LGA D 210 D 210 0.736 0 0.080 0.654 1.885 81.818 72.045 1.885 LGA Y 211 Y 211 1.206 0 0.115 0.617 1.878 65.455 61.818 1.495 LGA S 212 S 212 1.994 0 0.641 0.776 5.759 48.636 34.242 5.759 LGA Y 213 Y 213 3.079 0 0.164 1.120 14.459 33.636 11.212 14.459 LGA A 215 A 215 0.632 0 0.193 0.211 1.775 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.361 0 0.000 0.148 0.702 100.000 95.455 0.702 LGA A 217 A 217 0.250 0 0.047 0.060 0.344 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.380 0 0.019 0.109 1.037 100.000 91.212 1.037 LGA H 219 H 219 0.258 0 0.000 0.084 0.693 100.000 94.545 0.645 LGA L 220 L 220 0.220 0 0.000 0.080 0.315 100.000 100.000 0.315 LGA T 221 T 221 0.171 0 0.000 0.025 0.324 100.000 100.000 0.174 LGA N 222 N 222 0.478 0 0.043 0.058 0.671 90.909 93.182 0.474 LGA L 223 L 223 0.600 0 0.044 0.065 0.890 81.818 81.818 0.647 LGA Q 224 Q 224 0.553 0 0.046 0.149 0.967 90.909 85.859 0.663 LGA I 225 I 225 0.501 0 0.048 0.103 0.522 86.364 90.909 0.153 LGA P 226 P 226 0.586 0 0.036 0.064 0.873 81.818 81.818 0.873 LGA T 227 T 227 0.617 0 0.029 0.080 0.820 81.818 84.416 0.820 LGA P 228 P 228 0.872 0 0.087 0.093 0.937 81.818 81.818 0.723 LGA S 229 S 229 1.089 0 0.149 0.160 1.152 73.636 76.364 0.802 LGA G 230 G 230 1.081 0 0.060 0.060 1.186 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.552 0 0.032 0.460 1.402 90.909 82.222 0.511 LGA K 232 K 232 0.360 0 0.079 0.246 1.299 95.455 90.101 1.299 LGA R 233 R 233 0.517 0 0.029 1.175 5.967 90.909 56.529 3.669 LGA W 234 W 234 0.489 0 0.034 0.143 0.610 90.909 90.909 0.596 LGA N 235 N 235 0.646 0 0.020 0.456 1.889 81.818 75.909 1.889 LGA Q 236 Q 236 0.666 0 0.000 1.285 5.182 81.818 55.960 5.182 LGA Y 237 Y 237 0.683 0 0.038 1.532 9.419 81.818 38.788 9.419 LGA T 238 T 238 0.406 0 0.011 0.036 0.441 100.000 100.000 0.418 LGA I 239 I 239 0.397 0 0.029 0.102 0.405 100.000 100.000 0.351 LGA K 240 K 240 0.653 0 0.017 0.186 2.860 90.909 68.485 2.860 LGA A 241 A 241 0.459 0 0.082 0.086 0.551 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.103 0 0.036 0.061 0.212 100.000 100.000 0.116 LGA L 243 L 243 0.156 0 0.030 0.050 0.421 100.000 100.000 0.269 LGA Q 244 Q 244 0.114 0 0.042 0.204 0.794 100.000 95.960 0.670 LGA N 245 N 245 0.152 0 0.021 0.093 0.508 100.000 97.727 0.508 LGA E 246 E 246 0.145 0 0.024 0.461 1.447 100.000 92.121 0.966 LGA V 247 V 247 0.154 0 0.000 0.044 0.280 100.000 100.000 0.242 LGA Y 248 Y 248 0.223 0 0.037 0.121 1.029 100.000 91.061 1.029 LGA I 249 I 249 0.126 0 0.020 0.024 0.224 100.000 100.000 0.212 LGA G 250 G 250 0.151 0 0.055 0.055 0.257 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.140 0 0.034 0.040 0.305 100.000 100.000 0.205 LGA V 252 V 252 0.303 0 0.055 0.114 0.661 100.000 97.403 0.661 LGA K 253 K 253 0.506 0 0.058 0.151 0.770 95.455 87.879 0.626 LGA Y 254 Y 254 0.483 0 0.029 0.241 2.321 100.000 72.424 2.321 LGA K 255 K 255 0.555 0 0.000 0.154 1.098 81.818 82.020 1.098 LGA V 256 V 256 0.839 0 0.054 0.061 0.907 81.818 81.818 0.815 LGA R 257 R 257 0.951 0 0.104 1.070 5.659 77.727 49.917 3.217 LGA E 258 E 258 0.821 0 0.046 0.289 1.485 77.727 78.182 1.485 LGA K 259 K 259 1.330 0 0.055 0.181 2.154 65.455 54.545 2.154 LGA T 260 T 260 1.199 0 0.008 0.078 1.647 58.182 65.974 0.966 LGA K 261 K 261 2.156 0 0.020 0.464 4.825 41.364 30.909 4.825 LGA D 262 D 262 1.596 0 0.025 0.797 2.619 58.182 51.818 2.276 LGA G 263 G 263 1.637 0 0.000 0.000 1.654 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.023 0 0.088 0.415 2.003 65.455 62.626 2.003 LGA R 265 R 265 1.055 0 0.088 0.902 4.335 73.636 56.529 4.335 LGA T 266 T 266 0.777 0 0.045 0.075 0.921 81.818 81.818 0.581 LGA I 267 I 267 0.557 0 0.037 0.068 0.798 81.818 84.091 0.692 LGA R 268 R 268 0.242 0 0.026 0.962 2.697 100.000 88.926 2.697 LGA P 269 P 269 0.169 0 0.007 0.026 0.277 100.000 100.000 0.149 LGA E 270 E 270 0.528 0 0.015 0.231 1.105 86.364 82.020 0.896 LGA K 271 K 271 0.624 0 0.080 0.745 4.729 90.909 58.384 4.693 LGA E 272 E 272 0.287 0 0.053 0.097 0.981 100.000 91.919 0.981 LGA Q 273 Q 273 0.111 0 0.046 0.113 0.604 100.000 97.980 0.604 LGA I 274 I 274 0.083 0 0.031 0.100 0.598 100.000 97.727 0.598 LGA V 275 V 275 0.231 0 0.000 0.016 0.392 100.000 100.000 0.392 LGA V 276 V 276 0.214 0 0.056 0.060 0.598 100.000 97.403 0.366 LGA Q 277 Q 277 0.126 0 0.035 0.269 1.017 100.000 90.101 0.922 LGA D 278 D 278 0.098 0 0.042 0.231 0.694 100.000 97.727 0.694 LGA A 279 A 279 0.107 0 0.000 0.015 0.212 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.244 0 0.036 0.209 0.520 100.000 98.182 0.404 LGA A 281 A 281 0.346 0 0.021 0.024 0.427 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.226 0 0.041 0.053 0.301 100.000 100.000 0.297 LGA I 283 I 283 0.369 0 0.050 0.060 0.644 95.455 95.455 0.390 LGA I 284 I 284 0.245 0 0.000 0.074 0.247 100.000 100.000 0.205 LGA D 285 D 285 0.340 0 0.025 0.339 1.170 100.000 93.409 1.170 LGA K 286 K 286 0.395 0 0.000 0.243 1.300 100.000 90.101 1.300 LGA E 287 E 287 0.526 0 0.024 0.303 2.414 95.455 72.929 2.414 LGA Q 288 Q 288 0.470 0 0.027 0.348 1.495 100.000 88.283 1.495 LGA F 289 F 289 0.186 0 0.028 0.126 0.474 100.000 100.000 0.414 LGA Q 290 Q 290 0.244 0 0.035 0.248 0.983 100.000 97.980 0.432 LGA Q 291 Q 291 0.270 0 0.037 0.091 0.606 100.000 97.980 0.417 LGA S 292 S 292 0.137 0 0.053 0.691 2.340 100.000 89.697 2.340 LGA Q 293 Q 293 0.127 0 0.000 0.246 0.804 100.000 95.960 0.804 LGA V 294 V 294 0.217 0 0.032 0.050 0.514 100.000 97.403 0.481 LGA K 295 K 295 0.343 0 0.055 0.205 0.640 95.455 93.939 0.399 LGA I 296 I 296 0.432 0 0.019 0.078 0.800 90.909 93.182 0.302 LGA A 297 A 297 0.680 0 0.123 0.139 1.303 82.273 82.182 - LGA N 298 N 298 0.944 0 0.007 0.301 2.537 65.000 56.364 1.642 LGA K 299 K 299 3.754 0 0.347 0.686 13.143 28.636 12.727 13.143 LGA V 300 V 300 2.090 0 0.043 0.049 4.010 35.909 26.494 3.443 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.866 0.819 1.843 88.276 82.684 69.778 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 96.481 98.275 13.976 LGA_LOCAL RMSD: 0.866 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.866 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.866 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.474547 * X + 0.818652 * Y + -0.323442 * Z + 151.592285 Y_new = -0.598829 * X + 0.569568 * Y + 0.563024 * Z + 149.145966 Z_new = 0.645143 * X + -0.073495 * Y + 0.760519 * Z + 142.651108 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.900671 -0.701211 -0.096339 [DEG: -51.6047 -40.1764 -5.5198 ] ZXZ: -2.620155 0.706685 1.684228 [DEG: -150.1238 40.4900 96.4991 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS294_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS294_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 98.275 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS294_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.899 185.042 153.393 1.00 86.90 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.324 185.793 154.519 1.00 87.07 C ATOM 1347 C GLY 165 151.802 185.687 154.647 1.00 88.46 C ATOM 1348 O GLY 165 151.185 186.483 155.354 1.00 86.01 O ATOM 1349 N LYS 166 151.173 184.717 153.975 1.00 88.39 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.732 184.467 154.076 1.00 88.22 C ATOM 1351 C LYS 166 149.418 183.672 155.349 1.00 88.99 C ATOM 1352 O LYS 166 150.154 182.764 155.730 1.00 87.12 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.201 183.772 152.805 1.00 87.03 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.377 184.632 151.532 1.00 84.26 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.806 183.991 150.253 1.00 81.26 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.023 184.943 149.063 1.00 76.20 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.477 184.466 147.761 1.00 69.14 N ATOM 1358 N TRP 167 148.299 183.992 155.992 1.00 88.93 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.824 183.267 157.175 1.00 89.44 C ATOM 1360 C TRP 167 147.021 182.033 156.763 1.00 88.86 C ATOM 1361 O TRP 167 145.968 182.151 156.136 1.00 86.08 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.007 184.204 158.056 1.00 88.66 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.646 183.596 159.373 1.00 88.66 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.495 182.954 159.666 1.00 85.85 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.471 183.527 160.578 1.00 87.25 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.732 182.829 161.566 1.00 86.51 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.757 183.994 160.912 1.00 86.34 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.541 182.497 160.979 1.00 85.55 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.266 182.588 162.854 1.00 86.10 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.278 183.759 162.193 1.00 84.66 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.539 183.058 163.150 1.00 84.17 C ATOM 1372 N ILE 168 147.512 180.857 157.119 1.00 86.70 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.976 179.560 156.677 1.00 84.77 C ATOM 1374 C ILE 168 146.326 178.760 157.820 1.00 83.22 C ATOM 1375 O ILE 168 145.523 177.856 157.585 1.00 76.75 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.106 178.769 155.977 1.00 81.33 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.788 179.561 154.833 1.00 76.77 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.616 177.420 155.435 1.00 74.43 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.841 179.996 153.704 1.00 70.34 C ATOM 1380 N SER 169 146.664 179.087 159.059 1.00 83.34 N ATOM 1381 CA SER 169 146.100 178.437 160.245 1.00 81.69 C ATOM 1382 C SER 169 144.677 178.923 160.555 1.00 80.86 C ATOM 1383 O SER 169 144.159 179.804 159.883 1.00 74.46 O ATOM 1384 CB SER 169 147.042 178.630 161.427 1.00 77.72 C ATOM 1385 OG SER 169 148.234 177.911 161.207 1.00 72.50 O ATOM 1386 N GLY 170 144.039 178.310 161.564 1.00 78.27 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.631 178.510 161.902 1.00 77.74 C ATOM 1388 C GLY 170 142.189 179.954 162.156 1.00 80.56 C ATOM 1389 O GLY 170 142.192 180.786 161.262 1.00 77.32 O ATOM 1390 N LEU 171 141.782 180.247 163.398 1.00 82.19 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.375 181.601 163.781 1.00 82.05 C ATOM 1392 C LEU 171 142.563 182.560 163.696 1.00 83.50 C ATOM 1393 O LEU 171 143.677 182.206 164.089 1.00 81.80 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.779 181.588 165.197 1.00 79.07 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.407 180.900 165.283 1.00 74.72 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.062 180.589 166.731 1.00 69.04 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.293 181.777 164.700 1.00 67.85 C ATOM 1398 N ALA 172 142.298 183.772 163.226 1.00 85.54 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.268 184.855 163.290 1.00 85.91 C ATOM 1400 C ALA 172 143.639 185.162 164.758 1.00 86.97 C ATOM 1401 O ALA 172 142.800 184.984 165.646 1.00 85.25 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.686 186.080 162.576 1.00 83.97 C ATOM 1403 N PRO 173 144.866 185.612 165.031 1.00 87.86 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.251 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