####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS293_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS293_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 61 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 27 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 73 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 18 104 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 4 4 37 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 87 111 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 46 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 60 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 61 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 73 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 68 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 68 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 70 109 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 65 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 5 90 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 122 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 81.48 93.33 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.71 0.79 0.84 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 1.06 0.99 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.666 0 0.048 0.048 0.733 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.438 0 0.000 0.125 1.694 100.000 82.828 1.694 LGA W 167 W 167 0.263 0 0.174 0.162 0.537 100.000 94.805 0.434 LGA I 168 I 168 0.779 0 0.192 1.592 3.433 86.364 66.591 2.295 LGA S 169 S 169 0.666 0 0.027 0.071 1.031 77.727 79.091 0.826 LGA G 170 G 170 0.845 0 0.060 0.060 0.845 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.478 0 0.090 1.378 5.895 90.909 56.364 3.532 LGA A 172 A 172 0.470 0 0.033 0.043 0.648 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.371 0 0.026 0.102 0.612 100.000 94.805 0.612 LGA Y 174 Y 174 0.251 0 0.056 0.235 1.321 100.000 89.545 1.321 LGA G 175 G 175 0.356 0 0.074 0.074 0.424 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.617 0 0.025 0.166 0.912 86.364 86.364 0.603 LGA Q 177 Q 177 0.990 0 0.059 0.523 1.868 81.818 74.747 1.238 LGA L 178 L 178 0.795 0 0.067 0.242 1.690 73.636 73.864 1.690 LGA N 179 N 179 1.444 0 0.157 0.761 5.053 65.455 38.864 5.053 LGA K 180 K 180 3.137 0 0.299 0.968 12.602 29.545 13.333 12.602 LGA K 181 K 181 2.214 0 0.439 0.938 10.954 59.091 26.869 10.954 LGA T 182 T 182 1.054 0 0.005 1.140 3.591 73.636 62.597 3.591 LGA S 183 S 183 0.995 0 0.170 0.150 1.350 82.273 76.667 1.350 LGA K 184 K 184 0.718 0 0.066 0.812 2.506 81.818 72.121 2.506 LGA L 185 L 185 0.525 0 0.056 0.069 0.822 86.364 93.182 0.396 LGA D 186 D 186 0.501 0 0.065 0.126 0.836 81.818 88.636 0.376 LGA P 187 P 187 0.635 0 0.014 0.091 1.557 70.000 75.065 0.743 LGA V 188 V 188 1.048 0 0.049 0.037 1.230 73.636 70.130 1.230 LGA E 189 E 189 0.985 0 0.057 0.329 1.415 77.727 78.182 1.415 LGA D 190 D 190 0.842 0 0.024 0.061 1.211 81.818 75.682 1.211 LGA E 191 E 191 0.682 0 0.000 0.048 1.219 86.364 80.202 1.219 LGA A 192 A 192 0.368 0 0.035 0.040 0.502 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.360 0 0.067 0.136 1.373 100.000 84.444 1.373 LGA V 194 V 194 0.325 0 0.000 0.050 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA V 195 V 195 0.216 0 0.000 0.032 0.428 100.000 100.000 0.279 LGA Q 196 Q 196 0.272 0 0.038 0.257 1.336 100.000 90.303 1.336 LGA L 197 L 197 0.234 0 0.019 0.062 0.372 100.000 100.000 0.356 LGA I 198 I 198 0.216 0 0.025 0.088 0.382 100.000 100.000 0.272 LGA F 199 F 199 0.251 0 0.011 0.050 0.336 100.000 100.000 0.214 LGA N 200 N 200 0.417 0 0.043 0.773 2.330 100.000 90.000 2.330 LGA I 201 I 201 0.230 0 0.027 0.070 0.327 100.000 100.000 0.289 LGA F 202 F 202 0.308 0 0.013 0.082 0.503 100.000 98.347 0.503 LGA L 203 L 203 0.433 0 0.067 0.132 1.034 100.000 88.864 0.711 LGA N 204 N 204 0.296 0 0.029 0.068 0.840 100.000 93.182 0.840 LGA G 205 G 205 0.485 0 0.035 0.035 0.499 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.526 0 0.039 1.011 3.310 81.818 70.227 1.204 LGA N 207 N 207 1.001 0 0.053 0.139 1.172 69.545 73.636 0.920 LGA G 208 G 208 1.344 0 0.097 0.097 1.958 58.182 58.182 - LGA K 209 K 209 1.417 0 0.084 0.223 2.813 65.455 53.333 2.813 LGA D 210 D 210 1.294 0 0.062 0.427 1.309 65.455 67.500 1.103 LGA Y 211 Y 211 1.856 0 0.082 0.591 2.123 50.909 48.788 1.742 LGA S 212 S 212 2.084 0 0.633 0.794 5.631 39.545 28.182 5.631 LGA Y 213 Y 213 3.099 0 0.137 1.058 14.605 39.545 13.333 14.605 LGA A 215 A 215 1.055 0 0.160 0.169 2.096 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.311 0 0.000 0.140 0.464 100.000 100.000 0.388 LGA A 217 A 217 0.328 0 0.031 0.058 0.353 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.446 0 0.000 0.084 1.090 100.000 91.212 1.090 LGA H 219 H 219 0.346 0 0.031 0.083 0.756 100.000 94.545 0.756 LGA L 220 L 220 0.427 0 0.018 0.132 0.584 100.000 93.182 0.584 LGA T 221 T 221 0.175 0 0.000 0.030 0.272 100.000 100.000 0.104 LGA N 222 N 222 0.322 0 0.027 0.109 0.579 95.455 97.727 0.388 LGA L 223 L 223 0.649 0 0.027 0.080 1.105 86.364 82.045 0.939 LGA Q 224 Q 224 0.417 0 0.042 0.181 0.915 95.455 89.899 0.714 LGA I 225 I 225 0.477 0 0.056 0.091 0.641 100.000 95.455 0.483 LGA P 226 P 226 0.377 0 0.045 0.079 0.765 95.455 92.208 0.765 LGA T 227 T 227 0.423 0 0.025 0.078 0.564 90.909 92.208 0.564 LGA P 228 P 228 0.756 0 0.048 0.077 0.845 81.818 84.416 0.536 LGA S 229 S 229 0.881 0 0.086 0.079 0.974 81.818 81.818 0.736 LGA G 230 G 230 0.804 0 0.000 0.000 0.881 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.358 0 0.000 0.514 0.957 100.000 91.919 0.957 LGA K 232 K 232 0.224 0 0.071 0.212 1.060 100.000 92.121 1.060 LGA R 233 R 233 0.404 0 0.061 1.080 5.824 95.455 50.579 4.037 LGA W 234 W 234 0.224 0 0.048 0.185 0.794 100.000 94.805 0.794 LGA N 235 N 235 0.578 0 0.104 0.696 2.002 90.909 78.864 0.683 LGA Q 236 Q 236 0.622 0 0.000 0.864 2.914 81.818 65.657 2.914 LGA Y 237 Y 237 0.724 0 0.053 0.158 1.252 81.818 75.000 1.252 LGA T 238 T 238 0.457 0 0.029 0.072 0.500 100.000 100.000 0.490 LGA I 239 I 239 0.504 0 0.051 0.134 0.516 90.909 93.182 0.385 LGA K 240 K 240 0.908 0 0.026 0.194 3.917 81.818 56.768 3.917 LGA A 241 A 241 0.765 0 0.072 0.079 0.888 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.233 0 0.021 0.089 0.295 100.000 100.000 0.155 LGA L 243 L 243 0.329 0 0.041 0.075 0.431 100.000 100.000 0.429 LGA Q 244 Q 244 0.438 0 0.032 0.170 0.635 86.364 89.899 0.584 LGA N 245 N 245 0.564 0 0.051 0.084 0.677 86.364 84.091 0.586 LGA E 246 E 246 0.509 0 0.045 0.635 1.658 90.909 80.606 1.363 LGA V 247 V 247 0.398 0 0.015 0.058 0.418 100.000 100.000 0.256 LGA Y 248 Y 248 0.379 0 0.065 0.191 1.267 95.455 89.545 1.267 LGA I 249 I 249 0.473 0 0.028 0.067 0.855 95.455 88.636 0.855 LGA G 250 G 250 0.426 0 0.009 0.009 0.558 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.558 0 0.090 0.109 0.705 81.818 81.818 0.665 LGA V 252 V 252 0.530 0 0.024 0.103 0.802 81.818 89.610 0.474 LGA K 253 K 253 0.479 0 0.044 0.079 0.804 86.364 85.859 0.804 LGA Y 254 Y 254 0.836 0 0.097 0.215 2.465 81.818 62.727 2.465 LGA K 255 K 255 0.742 0 0.099 0.898 6.000 77.727 50.101 6.000 LGA V 256 V 256 1.007 0 0.043 0.048 1.229 77.727 72.468 1.229 LGA R 257 R 257 0.572 0 0.038 1.059 4.024 81.818 60.331 3.817 LGA E 258 E 258 0.570 0 0.026 0.476 2.871 77.727 66.869 2.871 LGA K 259 K 259 0.518 0 0.038 0.227 1.974 86.364 75.152 1.974 LGA T 260 T 260 1.022 0 0.014 0.068 1.490 69.545 67.792 1.490 LGA K 261 K 261 1.320 0 0.038 0.460 2.536 58.182 53.333 2.536 LGA D 262 D 262 1.843 0 0.038 1.019 2.805 50.909 43.409 2.805 LGA G 263 G 263 1.213 0 0.034 0.034 1.356 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.239 0 0.073 0.459 2.855 65.455 61.212 2.855 LGA R 265 R 265 1.160 0 0.058 0.928 3.977 61.818 47.934 3.977 LGA T 266 T 266 1.467 0 0.038 0.039 1.540 58.182 61.299 1.326 LGA I 267 I 267 1.462 0 0.000 0.088 2.326 61.818 54.773 2.326 LGA R 268 R 268 1.207 0 0.032 0.997 3.055 65.455 61.653 3.055 LGA P 269 P 269 1.642 0 0.025 0.053 1.896 54.545 52.987 1.896 LGA E 270 E 270 1.367 0 0.016 0.287 2.349 61.818 54.545 2.349 LGA K 271 K 271 1.384 0 0.095 0.764 3.756 65.455 49.293 3.370 LGA E 272 E 272 1.164 0 0.182 0.164 2.729 65.455 53.535 2.729 LGA Q 273 Q 273 1.125 0 0.051 0.090 1.614 65.455 63.838 1.334 LGA I 274 I 274 0.751 0 0.043 0.092 1.221 81.818 79.773 1.221 LGA V 275 V 275 0.461 0 0.039 0.090 0.715 100.000 92.208 0.580 LGA V 276 V 276 0.367 0 0.057 0.052 0.463 100.000 100.000 0.319 LGA Q 277 Q 277 0.325 0 0.041 0.628 3.078 100.000 77.172 3.078 LGA D 278 D 278 0.296 0 0.097 0.231 0.920 100.000 97.727 0.920 LGA A 279 A 279 0.349 0 0.023 0.047 0.416 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.252 0 0.036 0.134 0.458 100.000 100.000 0.233 LGA A 281 A 281 0.379 0 0.035 0.033 0.608 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.397 0 0.052 0.075 0.736 95.455 92.208 0.736 LGA I 283 I 283 0.326 0 0.048 0.075 0.645 95.455 93.182 0.645 LGA I 284 I 284 0.301 0 0.000 0.039 0.501 95.455 97.727 0.229 LGA D 285 D 285 0.637 0 0.050 1.093 4.330 86.364 65.227 1.703 LGA K 286 K 286 0.747 0 0.000 0.238 1.373 81.818 76.364 1.373 LGA E 287 E 287 0.835 0 0.026 0.323 1.778 81.818 76.566 0.909 LGA Q 288 Q 288 0.490 0 0.027 0.289 1.508 95.455 84.848 1.508 LGA F 289 F 289 0.520 0 0.016 0.134 0.799 81.818 81.818 0.697 LGA Q 290 Q 290 0.862 0 0.068 1.243 3.063 81.818 60.808 3.063 LGA Q 291 Q 291 0.713 0 0.033 0.073 0.852 81.818 81.818 0.751 LGA S 292 S 292 0.541 0 0.066 0.693 2.636 81.818 72.727 2.636 LGA Q 293 Q 293 0.737 0 0.000 0.210 1.088 81.818 78.182 1.032 LGA V 294 V 294 0.966 0 0.040 0.064 1.139 81.818 77.143 1.139 LGA K 295 K 295 0.446 0 0.053 0.185 0.737 86.364 89.899 0.737 LGA I 296 I 296 0.663 0 0.028 0.097 0.979 86.364 86.364 0.699 LGA A 297 A 297 1.130 0 0.065 0.066 1.451 69.545 68.727 - LGA N 298 N 298 0.483 0 0.069 0.215 1.670 74.545 68.409 1.670 LGA K 299 K 299 2.867 0 0.412 0.517 12.852 52.273 23.434 12.852 LGA V 300 V 300 1.768 0 0.108 0.105 4.430 61.818 39.481 4.430 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.921 0.870 1.817 84.182 77.954 62.628 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 94.630 97.736 13.219 LGA_LOCAL RMSD: 0.921 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.921 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.921 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.178809 * X + 0.533198 * Y + -0.826878 * Z + 153.164963 Y_new = -0.976914 * X + -0.196071 * Y + 0.084820 * Z + 149.009033 Z_new = -0.116901 * X + 0.822956 * Y + 0.555948 * Z + 137.375214 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.751827 0.117169 0.976669 [DEG: -100.3723 6.7133 55.9590 ] ZXZ: -1.673018 0.981294 -0.141106 [DEG: -95.8569 56.2240 -8.0848 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS293_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS293_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.736 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS293_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.659 185.057 153.155 1.00 91.99 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.221 185.840 154.299 1.00 91.99 C ATOM 1347 C GLY 165 151.725 185.756 154.543 1.00 91.99 C ATOM 1348 O GLY 165 151.180 186.505 155.356 1.00 91.99 O ATOM 1349 N LYS 166 151.079 184.879 153.819 1.00 91.87 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.652 184.669 154.047 1.00 91.87 C ATOM 1351 C LYS 166 149.411 183.873 155.327 1.00 91.87 C ATOM 1352 CB LYS 166 149.018 183.948 152.856 1.00 91.87 C ATOM 1353 O LYS 166 150.256 183.072 155.733 1.00 91.87 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.078 184.734 151.555 1.00 91.87 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.380 183.993 150.421 1.00 91.87 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.419 184.788 149.123 1.00 91.87 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.749 184.059 148.005 1.00 91.87 N ATOM 1358 N TRP 167 148.261 184.227 155.984 1.00 92.76 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.917 183.495 157.199 1.00 92.76 C ATOM 1360 C TRP 167 147.085 182.259 156.874 1.00 92.76 C ATOM 1361 CB TRP 167 147.156 184.397 158.173 1.00 92.76 C ATOM 1362 O TRP 167 145.917 182.372 156.496 1.00 92.76 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.868 183.757 159.498 1.00 92.76 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.712 183.136 159.880 1.00 92.76 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.754 183.680 160.619 1.00 92.76 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 147.069 182.996 161.648 1.00 92.76 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 149.063 184.121 160.854 1.00 92.76 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.826 182.676 161.172 1.00 92.76 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.930 183.188 163.097 1.00 92.76 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.648 182.745 162.893 1.00 92.76 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.639 183.871 162.094 1.00 92.76 C ATOM 1372 N ILE 168 147.699 181.039 157.124 1.00 88.72 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.029 179.792 156.774 1.00 88.72 C ATOM 1374 C ILE 168 146.894 178.913 158.016 1.00 88.72 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.788 179.035 155.662 1.00 88.72 C ATOM 1376 O ILE 168 146.598 177.720 157.909 1.00 88.72 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.264 178.866 156.042 1.00 88.72 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.647 179.763 154.321 1.00 88.72 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.952 177.699 155.348 1.00 88.72 C ATOM 1380 N SER 169 147.176 179.436 159.182 1.00 81.23 N ATOM 1381 CA SER 169 147.241 178.665 160.419 1.00 81.23 C ATOM 1382 C SER 169 145.927 178.744 161.191 1.00 81.23 C ATOM 1383 CB SER 169 148.389 179.161 161.301 1.00 81.23 C ATOM 1384 O SER 169 145.928 178.847 162.418 1.00 81.23 O ATOM 1385 OG SER 169 149.630 179.028 160.631 1.00 81.23 O ATOM 1386 N GLY 170 144.813 178.763 160.653 1.00 81.69 N ATOM 1387 CA GLY 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CA GLN 177 141.133 189.901 161.037 1.00 94.39 C ATOM 1440 C GLN 177 141.772 189.484 159.715 1.00 94.39 C ATOM 1441 CB GLN 177 139.905 190.773 160.775 1.00 94.39 C ATOM 1442 O GLN 177 142.701 190.136 159.236 1.00 94.39 O ATOM 1443 CG GLN 177 140.182 191.973 159.881 1.00 94.39 C ATOM 1444 CD GLN 177 138.930 192.772 159.565 1.00 94.39 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 138.969 193.526 158.472 1.00 94.39 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 137.938 192.709 160.297 1.00 94.39 O ATOM 1447 N LEU 178 141.324 188.348 159.225 1.00 92.65 N ATOM 1448 CA LEU 178 141.856 187.861 157.958 1.00 92.65 C ATOM 1449 C LEU 178 141.218 188.592 156.782 1.00 92.65 C ATOM 1450 CB LEU 178 141.625 186.353 157.822 1.00 92.65 C ATOM 1451 O LEU 178 139.991 188.651 156.674 1.00 92.65 O ATOM 1452 CG LEU 178 142.285 185.671 156.623 1.00 92.65 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.802 185.658 156.790 1.00 92.65 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.749 184.254 156.452 1.00 92.65 C ATOM 1455 N ASN 179 142.124 189.238 156.070 1.00 90.35 N ATOM 1456 CA ASN 179 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