####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS293_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS293_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 71 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 75 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 72 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 31 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 71 114 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 24 106 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 34 59 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 102 123 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 41 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 32 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 67 114 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 74 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 114 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 76 112 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 6 120 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 115 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 85.19 94.81 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.53 0.67 0.75 0.78 0.82 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 GDT RMS_ALL_AT 1.02 0.89 0.87 0.87 0.87 0.87 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.773 0 0.049 0.049 0.821 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.526 0 0.000 0.127 1.764 90.909 78.788 1.764 LGA W 167 W 167 0.284 0 0.172 0.162 0.575 95.455 94.805 0.409 LGA I 168 I 168 0.844 0 0.189 1.579 3.437 86.364 66.591 2.282 LGA S 169 S 169 0.636 0 0.028 0.074 0.970 81.818 81.818 0.787 LGA G 170 G 170 0.834 0 0.056 0.056 0.834 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.559 0 0.090 1.375 5.972 86.364 54.091 3.647 LGA A 172 A 172 0.539 0 0.032 0.042 0.763 81.818 85.455 - LGA P 173 P 173 0.426 0 0.032 0.102 0.570 95.455 92.208 0.570 LGA Y 174 Y 174 0.292 0 0.057 0.234 1.332 100.000 88.182 1.332 LGA G 175 G 175 0.413 0 0.074 0.074 0.464 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.651 0 0.033 0.166 0.941 81.818 84.848 0.569 LGA Q 177 Q 177 1.017 0 0.057 0.532 2.024 77.727 67.879 1.220 LGA L 178 L 178 0.764 0 0.069 0.233 1.623 73.636 73.864 1.623 LGA N 179 N 179 1.394 0 0.158 0.762 5.100 65.455 38.864 5.100 LGA K 180 K 180 3.262 0 0.300 0.967 12.764 29.545 13.131 12.764 LGA K 181 K 181 2.109 0 0.436 0.940 10.854 62.727 28.485 10.854 LGA T 182 T 182 0.883 0 0.000 1.137 3.399 82.273 68.571 3.399 LGA S 183 S 183 0.990 0 0.172 0.152 1.353 82.273 76.667 1.353 LGA K 184 K 184 0.735 0 0.068 0.813 2.331 81.818 75.354 2.331 LGA L 185 L 185 0.443 0 0.055 0.065 0.693 90.909 95.455 0.338 LGA D 186 D 186 0.394 0 0.060 0.125 0.824 90.909 95.455 0.237 LGA P 187 P 187 0.624 0 0.005 0.094 1.536 70.000 75.065 0.685 LGA V 188 V 188 1.005 0 0.052 0.038 1.225 77.727 72.468 1.225 LGA E 189 E 189 0.925 0 0.066 0.342 1.526 81.818 78.384 1.526 LGA D 190 D 190 0.792 0 0.030 0.059 1.151 81.818 75.682 1.151 LGA E 191 E 191 0.617 0 0.000 0.050 1.251 90.909 82.222 1.251 LGA A 192 A 192 0.264 0 0.033 0.041 0.391 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.268 0 0.061 0.140 1.303 100.000 90.101 1.303 LGA V 194 V 194 0.275 0 0.000 0.052 0.381 100.000 100.000 0.380 LGA V 195 V 195 0.115 0 0.000 0.032 0.391 100.000 100.000 0.183 LGA Q 196 Q 196 0.236 0 0.036 0.256 1.251 100.000 90.303 1.251 LGA L 197 L 197 0.226 0 0.019 0.057 0.347 100.000 100.000 0.346 LGA I 198 I 198 0.127 0 0.033 0.090 0.294 100.000 100.000 0.207 LGA F 199 F 199 0.229 0 0.017 0.048 0.331 100.000 100.000 0.114 LGA N 200 N 200 0.397 0 0.037 0.799 2.520 100.000 88.636 2.520 LGA I 201 I 201 0.193 0 0.000 0.066 0.259 100.000 100.000 0.166 LGA F 202 F 202 0.289 0 0.007 0.079 0.546 100.000 96.694 0.546 LGA L 203 L 203 0.499 0 0.065 0.134 1.156 100.000 88.864 0.891 LGA N 204 N 204 0.306 0 0.039 0.074 0.994 100.000 90.909 0.994 LGA G 205 G 205 0.207 0 0.037 0.037 0.239 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.290 0 0.030 1.052 3.249 95.455 78.864 1.174 LGA N 207 N 207 0.637 0 0.049 0.134 0.774 86.364 84.091 0.630 LGA G 208 G 208 0.870 0 0.096 0.096 1.506 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.023 0 0.086 0.232 2.456 77.727 64.646 2.456 LGA D 210 D 210 1.005 0 0.062 0.629 1.738 77.727 70.000 1.738 LGA Y 211 Y 211 1.599 0 0.080 0.590 1.935 58.182 55.758 1.592 LGA S 212 S 212 1.998 0 0.632 0.796 5.565 45.000 33.030 5.565 LGA Y 213 Y 213 3.125 0 0.136 1.065 14.592 36.364 12.273 14.592 LGA A 215 A 215 0.987 0 0.157 0.167 2.099 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.325 0 0.000 0.138 0.500 100.000 100.000 0.500 LGA A 217 A 217 0.257 0 0.037 0.059 0.310 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.423 0 0.000 0.085 1.121 100.000 91.212 1.121 LGA H 219 H 219 0.216 0 0.000 0.080 0.622 100.000 96.364 0.622 LGA L 220 L 220 0.280 0 0.000 0.136 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA T 221 T 221 0.080 0 0.000 0.031 0.212 100.000 100.000 0.059 LGA N 222 N 222 0.278 0 0.021 0.110 0.538 95.455 97.727 0.260 LGA L 223 L 223 0.553 0 0.035 0.073 0.980 86.364 84.091 0.775 LGA Q 224 Q 224 0.367 0 0.044 0.180 0.891 100.000 91.919 0.738 LGA I 225 I 225 0.406 0 0.060 0.093 0.597 100.000 97.727 0.461 LGA P 226 P 226 0.331 0 0.043 0.079 0.752 95.455 92.208 0.752 LGA T 227 T 227 0.379 0 0.033 0.077 0.512 95.455 94.805 0.512 LGA P 228 P 228 0.734 0 0.048 0.077 0.808 81.818 84.416 0.569 LGA S 229 S 229 0.801 0 0.083 0.079 0.906 81.818 81.818 0.619 LGA G 230 G 230 0.774 0 0.016 0.016 0.831 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.379 0 0.012 0.514 1.018 100.000 90.101 1.018 LGA K 232 K 232 0.269 0 0.073 0.217 0.940 100.000 95.960 0.940 LGA R 233 R 233 0.419 0 0.057 1.067 5.730 95.455 50.579 4.038 LGA W 234 W 234 0.279 0 0.043 0.179 0.783 100.000 94.805 0.783 LGA N 235 N 235 0.651 0 0.103 0.690 1.963 81.818 78.182 0.631 LGA Q 236 Q 236 0.683 0 0.000 0.881 3.040 81.818 62.828 3.040 LGA Y 237 Y 237 0.732 0 0.053 0.154 1.280 81.818 76.364 1.280 LGA T 238 T 238 0.455 0 0.036 0.077 0.502 100.000 97.403 0.502 LGA I 239 I 239 0.479 0 0.052 0.136 0.488 100.000 100.000 0.367 LGA K 240 K 240 0.841 0 0.031 0.194 3.813 81.818 56.768 3.813 LGA A 241 A 241 0.723 0 0.071 0.079 0.844 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.212 0 0.025 0.087 0.264 100.000 100.000 0.185 LGA L 243 L 243 0.254 0 0.031 0.067 0.368 100.000 100.000 0.368 LGA Q 244 Q 244 0.349 0 0.029 0.171 0.551 95.455 95.960 0.490 LGA N 245 N 245 0.468 0 0.050 0.082 0.576 100.000 95.455 0.493 LGA E 246 E 246 0.415 0 0.046 0.647 1.755 100.000 86.667 1.407 LGA V 247 V 247 0.295 0 0.020 0.059 0.326 100.000 100.000 0.263 LGA Y 248 Y 248 0.273 0 0.061 0.192 1.307 100.000 91.061 1.307 LGA I 249 I 249 0.315 0 0.027 0.067 0.699 100.000 95.455 0.699 LGA G 250 G 250 0.273 0 0.016 0.016 0.396 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.430 0 0.090 0.110 0.618 95.455 89.610 0.508 LGA V 252 V 252 0.397 0 0.024 0.100 0.697 90.909 94.805 0.429 LGA K 253 K 253 0.274 0 0.049 0.083 0.699 95.455 91.919 0.699 LGA Y 254 Y 254 0.652 0 0.094 0.212 2.302 86.364 69.091 2.302 LGA K 255 K 255 0.529 0 0.097 0.874 5.909 86.364 53.939 5.909 LGA V 256 V 256 0.596 0 0.045 0.065 0.873 90.909 87.013 0.873 LGA R 257 R 257 0.241 0 0.037 1.067 4.572 95.455 63.471 4.157 LGA E 258 E 258 0.284 0 0.025 0.627 3.366 95.455 62.626 3.366 LGA K 259 K 259 0.592 0 0.037 0.227 2.252 86.364 71.919 2.252 LGA T 260 T 260 1.170 0 0.016 0.080 1.665 65.455 63.377 1.665 LGA K 261 K 261 1.578 0 0.037 0.454 2.873 54.545 50.101 2.873 LGA D 262 D 262 2.088 0 0.039 1.016 2.540 44.545 41.591 2.342 LGA G 263 G 263 1.380 0 0.038 0.038 1.531 61.818 61.818 - LGA K 264 K 264 1.293 0 0.076 0.452 3.285 69.545 58.788 3.285 LGA R 265 R 265 1.033 0 0.055 0.942 4.195 61.818 48.926 4.195 LGA T 266 T 266 1.122 0 0.044 0.044 1.167 65.455 67.792 0.929 LGA I 267 I 267 1.083 0 0.000 0.075 1.931 65.455 61.818 1.931 LGA R 268 R 268 0.777 0 0.034 1.000 2.952 81.818 76.198 2.952 LGA P 269 P 269 1.143 0 0.019 0.053 1.379 69.545 67.792 1.379 LGA E 270 E 270 0.955 0 0.011 0.280 1.863 77.727 67.677 1.863 LGA K 271 K 271 1.070 0 0.092 0.874 3.846 69.545 53.535 3.582 LGA E 272 E 272 0.785 0 0.186 0.171 2.352 81.818 66.465 2.352 LGA Q 273 Q 273 0.847 0 0.048 0.089 1.173 81.818 80.000 0.942 LGA I 274 I 274 0.626 0 0.040 0.092 1.093 81.818 79.773 1.093 LGA V 275 V 275 0.306 0 0.035 0.090 0.549 100.000 97.403 0.415 LGA V 276 V 276 0.285 0 0.052 0.050 0.435 100.000 100.000 0.299 LGA Q 277 Q 277 0.272 0 0.045 0.626 3.071 100.000 77.172 3.071 LGA D 278 D 278 0.230 0 0.099 0.237 0.872 100.000 95.455 0.872 LGA A 279 A 279 0.293 0 0.015 0.044 0.399 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.202 0 0.036 0.137 0.423 100.000 100.000 0.106 LGA A 281 A 281 0.353 0 0.026 0.030 0.608 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.345 0 0.054 0.076 0.679 100.000 94.805 0.679 LGA I 283 I 283 0.333 0 0.049 0.076 0.627 95.455 93.182 0.567 LGA I 284 I 284 0.288 0 0.000 0.040 0.450 100.000 100.000 0.290 LGA D 285 D 285 0.624 0 0.049 1.142 4.342 86.364 65.227 1.667 LGA K 286 K 286 0.764 0 0.000 0.238 1.412 81.818 76.364 1.412 LGA E 287 E 287 0.850 0 0.039 0.329 1.915 81.818 76.566 0.975 LGA Q 288 Q 288 0.557 0 0.013 0.299 1.649 86.364 75.152 1.649 LGA F 289 F 289 0.539 0 0.024 0.131 0.778 81.818 81.818 0.696 LGA Q 290 Q 290 0.863 0 0.060 1.242 3.123 81.818 60.808 3.081 LGA Q 291 Q 291 0.751 0 0.039 0.075 0.913 81.818 81.818 0.784 LGA S 292 S 292 0.561 0 0.066 0.688 2.689 81.818 72.727 2.689 LGA Q 293 Q 293 0.781 0 0.000 0.210 1.128 81.818 78.182 1.128 LGA V 294 V 294 1.048 0 0.045 0.065 1.244 77.727 72.468 1.244 LGA K 295 K 295 0.577 0 0.049 0.188 0.852 81.818 87.879 0.852 LGA I 296 I 296 0.715 0 0.031 0.097 1.043 77.727 79.773 0.780 LGA A 297 A 297 1.287 0 0.067 0.068 1.577 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.657 0 0.074 0.222 2.133 77.727 66.591 2.133 LGA K 299 K 299 2.188 0 0.416 0.517 12.414 62.727 28.485 12.414 LGA V 300 V 300 2.325 0 0.111 0.107 5.058 51.364 31.688 5.058 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.864 0.807 1.796 86.303 79.511 63.239 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.86 95.741 98.145 14.007 LGA_LOCAL RMSD: 0.864 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.864 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.864 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.114793 * X + 0.656243 * Y + -0.745767 * Z + 152.815903 Y_new = -0.960915 * X + -0.263739 * Y + -0.084169 * Z + 150.370605 Z_new = -0.251923 * X + 0.706957 * Y + 0.660869 * Z + 141.443314 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.689695 0.254666 0.819080 [DEG: -96.8124 14.5913 46.9298 ] ZXZ: -1.458410 0.848821 -0.342319 [DEG: -83.5607 48.6338 -19.6134 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS293_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS293_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.86 98.145 0.86 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS293_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.593 185.084 153.095 1.00 91.46 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.153 185.890 154.222 1.00 91.46 C ATOM 1347 C GLY 165 151.658 185.803 154.472 1.00 91.46 C ATOM 1348 O GLY 165 151.112 186.568 155.269 1.00 91.46 O ATOM 1349 N LYS 166 150.990 184.915 153.761 1.00 91.65 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.564 184.705 153.993 1.00 91.65 C ATOM 1351 C LYS 166 149.324 183.935 155.288 1.00 91.65 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.933 183.960 152.815 1.00 91.65 C ATOM 1353 O LYS 166 150.170 183.143 155.710 1.00 91.65 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.994 184.719 151.498 1.00 91.65 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.301 183.953 150.378 1.00 91.65 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.343 184.721 149.064 1.00 91.65 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.669 183.972 147.962 1.00 91.65 N ATOM 1358 N TRP 167 148.188 184.266 155.964 1.00 92.54 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.844 183.559 157.193 1.00 92.54 C ATOM 1360 C TRP 167 147.013 182.315 156.893 1.00 92.54 C ATOM 1361 CB TRP 167 147.079 184.480 158.148 1.00 92.54 C ATOM 1362 O TRP 167 145.842 182.419 156.520 1.00 92.54 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.808 183.874 159.492 1.00 92.54 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.657 183.260 159.901 1.00 92.54 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.705 183.829 160.607 1.00 92.54 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 147.032 183.172 161.659 1.00 92.54 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 149.015 184.281 160.815 1.00 92.54 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.785 182.834 161.204 1.00 92.54 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.907 183.407 163.083 1.00 92.54 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.625 182.954 162.905 1.00 92.54 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.604 184.064 162.056 1.00 92.54 C ATOM 1372 N ILE 168 147.633 181.093 157.124 1.00 88.15 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.971 179.836 156.790 1.00 88.15 C ATOM 1374 C ILE 168 146.831 178.978 158.045 1.00 88.15 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.742 179.065 155.696 1.00 88.15 C ATOM 1376 O ILE 168 146.532 177.784 157.958 1.00 88.15 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.224 178.944 156.071 1.00 88.15 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.576 179.748 154.335 1.00 88.15 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.941 177.785 155.394 1.00 88.15 C ATOM 1380 N SER 169 147.110 179.491 159.230 1.00 80.59 N ATOM 1381 CA SER 169 147.174 178.737 160.478 1.00 80.59 C ATOM 1382 C SER 169 145.858 178.823 161.244 1.00 80.59 C ATOM 1383 CB SER 169 148.318 179.245 161.355 1.00 80.59 C ATOM 1384 O SER 169 145.854 178.940 162.472 1.00 80.59 O ATOM 1385 OG SER 169 149.563 179.095 160.695 1.00 80.59 O ATOM 1386 N GLY 170 144.741 178.784 160.662 1.00 81.11 N ATOM 1387 CA GLY 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