####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS293_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS293_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 69 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 77 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 64 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 64 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 83 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 24 54 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 81 115 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 9 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 43 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 43 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 75 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 77 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 81 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 66 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 47 108 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 108 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 19 108 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 27 82 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 27 63 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 11 49 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 27 108 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 71 106 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 41 107 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 80.74 93.33 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.73 0.86 0.87 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.12 1.04 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.794 0 0.053 0.053 0.874 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.595 0 0.000 0.131 2.006 90.909 77.374 2.006 LGA W 167 W 167 0.291 0 0.199 0.188 0.527 100.000 97.403 0.372 LGA I 168 I 168 0.908 0 0.108 1.208 2.850 81.818 65.455 2.135 LGA S 169 S 169 0.788 0 0.045 0.049 1.026 77.727 79.091 0.873 LGA G 170 G 170 0.788 0 0.050 0.050 0.788 86.364 86.364 - LGA L 171 L 171 0.692 0 0.093 1.443 6.322 81.818 51.818 3.882 LGA A 172 A 172 0.609 0 0.023 0.035 0.792 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.496 0 0.024 0.069 0.693 95.455 92.208 0.648 LGA Y 174 Y 174 0.318 0 0.057 0.248 1.455 95.455 86.667 1.455 LGA G 175 G 175 0.420 0 0.061 0.061 0.457 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.640 0 0.038 0.178 0.940 81.818 84.848 0.606 LGA Q 177 Q 177 0.985 0 0.062 0.718 2.804 81.818 68.485 1.090 LGA L 178 L 178 0.810 0 0.065 0.435 2.276 73.636 70.227 2.276 LGA N 179 N 179 1.296 0 0.160 0.699 4.883 69.545 41.136 4.883 LGA K 180 K 180 3.206 0 0.309 0.965 13.179 29.545 13.333 13.179 LGA K 181 K 181 2.249 0 0.425 0.986 11.484 59.091 26.869 11.484 LGA T 182 T 182 0.899 0 0.000 1.122 3.417 82.273 68.571 3.417 LGA S 183 S 183 1.023 0 0.153 0.147 1.359 74.091 71.212 1.359 LGA K 184 K 184 0.798 0 0.071 0.837 2.588 77.727 70.303 2.588 LGA L 185 L 185 0.468 0 0.047 0.141 0.694 90.909 93.182 0.403 LGA D 186 D 186 0.392 0 0.054 0.109 0.813 90.909 95.455 0.384 LGA P 187 P 187 0.620 0 0.021 0.186 1.578 70.000 77.662 0.535 LGA V 188 V 188 1.058 0 0.042 0.038 1.281 69.545 67.792 1.281 LGA E 189 E 189 0.986 0 0.059 0.544 2.211 77.727 71.515 2.211 LGA D 190 D 190 0.908 0 0.024 0.058 1.265 81.818 73.636 1.265 LGA E 191 E 191 0.723 0 0.000 0.039 1.152 86.364 78.384 1.152 LGA A 192 A 192 0.383 0 0.043 0.050 0.490 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.382 0 0.066 0.206 1.912 100.000 81.212 1.912 LGA V 194 V 194 0.428 0 0.000 0.046 0.527 100.000 94.805 0.518 LGA V 195 V 195 0.225 0 0.000 0.044 0.465 100.000 100.000 0.257 LGA Q 196 Q 196 0.260 0 0.029 0.303 1.524 100.000 86.869 1.524 LGA L 197 L 197 0.322 0 0.015 0.224 0.793 100.000 93.182 0.793 LGA I 198 I 198 0.285 0 0.031 0.105 0.508 100.000 97.727 0.323 LGA F 199 F 199 0.272 0 0.008 0.053 0.318 100.000 100.000 0.203 LGA N 200 N 200 0.379 0 0.046 0.806 2.560 100.000 88.636 2.560 LGA I 201 I 201 0.194 0 0.021 0.082 0.298 100.000 100.000 0.269 LGA F 202 F 202 0.329 0 0.023 0.091 0.715 100.000 93.388 0.715 LGA L 203 L 203 0.457 0 0.074 0.103 0.891 100.000 90.909 0.873 LGA N 204 N 204 0.236 0 0.026 0.116 1.065 100.000 88.864 0.979 LGA G 205 G 205 0.366 0 0.032 0.032 0.436 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.256 0 0.000 0.556 2.058 95.455 85.455 0.603 LGA N 207 N 207 0.595 0 0.034 0.214 0.980 86.364 86.364 0.529 LGA G 208 G 208 0.971 0 0.082 0.082 1.524 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.125 0 0.089 0.201 2.186 69.545 61.010 2.186 LGA D 210 D 210 1.061 0 0.067 0.330 1.097 69.545 77.955 0.812 LGA Y 211 Y 211 1.693 0 0.062 0.603 2.074 58.182 51.212 1.788 LGA S 212 S 212 2.261 0 0.635 0.768 5.797 36.364 26.061 5.797 LGA Y 213 Y 213 2.938 0 0.136 1.068 14.300 41.818 14.091 14.300 LGA A 215 A 215 1.081 0 0.158 0.168 2.041 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.362 0 0.000 0.137 0.499 100.000 100.000 0.327 LGA A 217 A 217 0.482 0 0.035 0.062 0.525 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.557 0 0.000 0.033 0.940 90.909 87.879 0.940 LGA H 219 H 219 0.466 0 0.020 0.112 0.865 100.000 92.727 0.865 LGA L 220 L 220 0.449 0 0.000 0.204 0.629 100.000 93.182 0.602 LGA T 221 T 221 0.286 0 0.008 0.036 0.345 100.000 100.000 0.274 LGA N 222 N 222 0.233 0 0.029 0.173 0.780 100.000 95.455 0.780 LGA L 223 L 223 0.567 0 0.028 0.148 0.866 86.364 84.091 0.772 LGA Q 224 Q 224 0.460 0 0.050 0.243 1.234 95.455 84.242 1.094 LGA I 225 I 225 0.486 0 0.051 0.098 0.704 100.000 95.455 0.583 LGA P 226 P 226 0.426 0 0.039 0.158 1.105 90.909 84.675 1.105 LGA T 227 T 227 0.539 0 0.024 0.083 0.711 81.818 84.416 0.711 LGA P 228 P 228 0.727 0 0.048 0.115 0.792 81.818 81.818 0.551 LGA S 229 S 229 0.831 0 0.080 0.250 0.960 81.818 81.818 0.907 LGA G 230 G 230 0.787 0 0.000 0.000 0.834 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.466 0 0.023 0.489 1.003 95.455 86.061 0.807 LGA K 232 K 232 0.343 0 0.099 0.340 1.759 95.455 84.646 1.759 LGA R 233 R 233 0.425 0 0.062 1.087 5.521 90.909 54.050 3.291 LGA W 234 W 234 0.175 0 0.029 0.183 0.842 100.000 93.506 0.842 LGA N 235 N 235 0.751 0 0.118 0.645 1.393 81.818 80.000 0.809 LGA Q 236 Q 236 0.697 0 0.000 1.049 3.872 81.818 59.394 3.872 LGA Y 237 Y 237 0.820 0 0.043 0.179 1.464 81.818 75.000 1.464 LGA T 238 T 238 0.500 0 0.043 0.094 0.655 86.364 87.013 0.548 LGA I 239 I 239 0.514 0 0.063 0.193 0.540 86.364 93.182 0.396 LGA K 240 K 240 0.895 0 0.028 0.177 3.728 81.818 56.768 3.728 LGA A 241 A 241 0.744 0 0.076 0.083 0.833 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.251 0 0.039 0.117 0.309 100.000 100.000 0.253 LGA L 243 L 243 0.379 0 0.029 0.070 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA Q 244 Q 244 0.477 0 0.018 0.188 0.618 86.364 89.899 0.609 LGA N 245 N 245 0.558 0 0.041 0.074 0.558 86.364 84.091 0.544 LGA E 246 E 246 0.562 0 0.044 0.622 1.438 90.909 84.242 1.438 LGA V 247 V 247 0.382 0 0.023 0.348 0.817 100.000 94.805 0.817 LGA Y 248 Y 248 0.380 0 0.058 0.184 1.359 95.455 86.818 1.359 LGA I 249 I 249 0.455 0 0.016 0.052 0.897 100.000 90.909 0.897 LGA G 250 G 250 0.436 0 0.018 0.018 0.547 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.599 0 0.097 0.126 0.744 81.818 81.818 0.694 LGA V 252 V 252 0.557 0 0.019 0.122 0.761 81.818 84.416 0.645 LGA K 253 K 253 0.407 0 0.045 0.096 1.192 95.455 86.263 1.192 LGA Y 254 Y 254 0.659 0 0.090 0.209 2.322 86.364 69.091 2.322 LGA K 255 K 255 0.587 0 0.112 0.597 3.733 86.364 58.384 3.733 LGA V 256 V 256 0.870 0 0.054 0.193 1.432 81.818 77.143 1.432 LGA R 257 R 257 0.589 0 0.034 1.050 3.930 86.364 63.306 3.657 LGA E 258 E 258 0.727 0 0.022 0.638 3.190 77.727 55.960 3.190 LGA K 259 K 259 0.826 0 0.030 0.375 2.367 81.818 68.485 2.367 LGA T 260 T 260 1.354 0 0.000 0.200 2.065 61.818 55.325 2.065 LGA K 261 K 261 1.339 0 0.043 0.307 1.878 58.182 69.697 1.084 LGA D 262 D 262 2.143 0 0.057 1.060 3.284 47.727 39.091 3.284 LGA G 263 G 263 1.634 0 0.029 0.029 1.712 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.617 0 0.060 0.461 3.046 54.545 52.121 3.046 LGA R 265 R 265 1.498 0 0.053 0.916 4.057 54.545 42.645 4.057 LGA T 266 T 266 1.600 0 0.041 0.134 1.773 50.909 52.987 1.320 LGA I 267 I 267 1.426 0 0.011 0.140 2.214 58.182 52.955 2.214 LGA R 268 R 268 1.095 0 0.028 1.027 2.799 65.455 63.967 2.799 LGA P 269 P 269 1.436 0 0.011 0.128 1.941 65.455 61.299 1.941 LGA E 270 E 270 1.100 0 0.000 0.348 1.809 69.545 64.040 1.655 LGA K 271 K 271 1.202 0 0.072 0.872 3.361 65.455 54.949 3.361 LGA E 272 E 272 1.049 0 0.129 0.150 2.754 73.636 57.172 2.754 LGA Q 273 Q 273 0.987 0 0.052 0.081 1.334 73.636 70.909 1.129 LGA I 274 I 274 0.625 0 0.044 0.105 1.131 81.818 79.773 1.131 LGA V 275 V 275 0.344 0 0.038 0.093 0.610 100.000 94.805 0.531 LGA V 276 V 276 0.370 0 0.060 0.062 0.550 100.000 97.403 0.398 LGA Q 277 Q 277 0.387 0 0.045 0.570 2.653 100.000 79.596 2.653 LGA D 278 D 278 0.380 0 0.094 0.202 0.705 100.000 95.455 0.705 LGA A 279 A 279 0.389 0 0.018 0.045 0.493 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.216 0 0.033 0.115 0.448 100.000 100.000 0.238 LGA A 281 A 281 0.316 0 0.023 0.020 0.550 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.355 0 0.048 0.091 0.900 100.000 94.805 0.900 LGA I 283 I 283 0.355 0 0.057 0.104 0.663 95.455 93.182 0.614 LGA I 284 I 284 0.331 0 0.000 0.064 0.523 100.000 97.727 0.523 LGA D 285 D 285 0.753 0 0.042 0.417 2.218 81.818 68.636 1.999 LGA K 286 K 286 0.898 0 0.000 0.365 2.346 81.818 66.869 2.124 LGA E 287 E 287 1.034 0 0.044 0.409 2.835 73.636 57.172 2.835 LGA Q 288 Q 288 0.674 0 0.014 0.301 1.561 81.818 76.566 1.561 LGA F 289 F 289 0.659 0 0.035 0.136 0.891 81.818 81.818 0.801 LGA Q 290 Q 290 1.057 0 0.068 1.091 2.780 73.636 60.202 2.780 LGA Q 291 Q 291 0.957 0 0.042 0.140 1.406 77.727 72.727 1.098 LGA S 292 S 292 0.662 0 0.063 0.695 2.782 81.818 72.727 2.782 LGA Q 293 Q 293 0.960 0 0.000 0.260 1.553 73.636 71.111 1.364 LGA V 294 V 294 1.277 0 0.049 0.081 1.521 65.455 63.377 1.521 LGA K 295 K 295 0.708 0 0.055 0.175 0.891 81.818 89.899 0.436 LGA I 296 I 296 0.891 0 0.031 0.107 1.269 73.636 75.682 0.872 LGA A 297 A 297 1.535 0 0.075 0.077 1.881 54.545 53.818 - LGA N 298 N 298 0.711 0 0.046 0.185 2.256 77.727 62.955 2.256 LGA K 299 K 299 2.497 0 0.413 0.471 13.176 58.636 26.263 13.176 LGA V 300 V 300 1.742 0 0.104 0.107 4.211 70.000 44.156 4.211 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.939 0.887 1.832 83.377 76.724 59.878 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 94.630 97.729 12.988 LGA_LOCAL RMSD: 0.939 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.994532 * X + 0.006896 * Y + 0.104206 * Z + 152.478195 Y_new = -0.081976 * X + 0.566646 * Y + -0.819873 * Z + 151.117691 Z_new = -0.064701 * X + -0.823932 * Y + -0.562982 * Z + 140.748489 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -3.059352 0.064747 -2.170217 [DEG: -175.2879 3.7097 -124.3443 ] ZXZ: 0.126422 2.168786 -3.063226 [DEG: 7.2434 124.2623 -175.5099 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS293_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS293_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.729 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS293_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.506 185.060 153.136 1.00 89.40 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.089 185.861 154.276 1.00 89.40 C ATOM 1347 C GLY 165 151.599 185.780 154.549 1.00 89.40 C ATOM 1348 O GLY 165 151.073 186.528 155.375 1.00 89.40 O ATOM 1349 N LYS 166 150.926 184.889 153.843 1.00 90.12 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.499 184.697 154.081 1.00 90.12 C ATOM 1351 C LYS 166 149.257 183.932 155.379 1.00 90.12 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.854 183.956 152.909 1.00 90.12 C ATOM 1353 O LYS 166 150.123 183.183 155.835 1.00 90.12 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.871 184.733 151.600 1.00 90.12 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.150 183.977 150.492 1.00 90.12 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.118 184.778 149.197 1.00 90.12 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.445 184.026 148.097 1.00 90.12 N ATOM 1358 N TRP 167 148.129 184.194 155.975 1.00 90.97 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.778 183.487 157.202 1.00 90.97 C ATOM 1360 C TRP 167 146.975 182.228 156.893 1.00 90.97 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.983 184.399 158.140 1.00 90.97 C ATOM 1362 O TRP 167 145.847 182.309 156.401 1.00 90.97 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.718 183.800 159.490 1.00 90.97 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.582 183.157 159.897 1.00 90.97 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.606 183.796 160.611 1.00 90.97 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.943 183.131 161.666 1.00 90.97 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.900 184.289 160.827 1.00 90.97 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.711 182.752 161.205 1.00 90.97 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.798 183.439 163.104 1.00 90.97 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.532 182.947 162.920 1.00 90.97 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.484 184.104 162.074 1.00 90.97 C ATOM 1372 N ILE 168 147.570 181.095 157.241 1.00 85.36 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.938 179.834 156.866 1.00 85.36 C ATOM 1374 C ILE 168 146.603 179.032 158.121 1.00 85.36 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.843 179.007 155.926 1.00 85.36 C ATOM 1376 O ILE 168 146.022 177.947 158.036 1.00 85.36 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.197 179.699 155.741 1.00 85.36 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.155 178.780 154.576 1.00 85.36 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.301 178.777 155.241 1.00 85.36 C ATOM 1380 N SER 169 146.907 179.442 159.280 1.00 70.37 N ATOM 1381 CA SER 169 146.874 178.665 160.514 1.00 70.37 C ATOM 1382 C SER 169 145.540 178.824 161.234 1.00 70.37 C ATOM 1383 CB SER 169 148.016 179.083 161.442 1.00 70.37 C ATOM 1384 O SER 169 145.494 178.868 162.466 1.00 70.37 O ATOM 1385 OG SER 169 149.252 179.090 160.747 1.00 70.37 O ATOM 1386 N GLY 170 144.444 178.786 160.554 1.00 75.84 N ATOM 1387 CA GLY 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CA GLN 177 141.082 189.866 160.990 1.00 94.28 C ATOM 1440 C GLN 177 141.711 189.410 159.676 1.00 94.28 C ATOM 1441 CB GLN 177 139.858 190.741 160.710 1.00 94.28 C ATOM 1442 O GLN 177 142.645 190.040 159.177 1.00 94.28 O ATOM 1443 CG GLN 177 139.879 191.408 159.342 1.00 94.28 C ATOM 1444 CD GLN 177 138.650 192.261 159.086 1.00 94.28 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 138.393 192.564 157.819 1.00 94.28 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 137.938 192.642 160.020 1.00 94.28 O ATOM 1447 N LEU 178 141.196 188.336 159.188 1.00 92.63 N ATOM 1448 CA LEU 178 141.712 187.814 157.928 1.00 92.63 C ATOM 1449 C LEU 178 141.072 188.529 156.742 1.00 92.63 C ATOM 1450 CB LEU 178 141.458 186.307 157.826 1.00 92.63 C ATOM 1451 O LEU 178 139.845 188.608 156.646 1.00 92.63 O ATOM 1452 CG LEU 178 142.284 185.549 156.787 1.00 92.63 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.653 185.191 157.355 1.00 92.63 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.546 184.296 156.327 1.00 92.63 C ATOM 1455 N ASN 179 141.919 189.073 155.959 1.00 89.26 N ATOM 1456 CA ASN 179 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