####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS287_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS287_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 62 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 67 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 104 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 32 58 113 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 7 123 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 65 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 69 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 69 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 77 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 75 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 61 113 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 112 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 112 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 102 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 19 24 124 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 51 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 55 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 73 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 16 106 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 7 32 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 114 127 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 84.44 94.07 95.56 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.68 0.74 0.85 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.14 1.03 0.97 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.691 0 0.033 0.033 0.803 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.522 0 0.005 0.068 1.332 90.909 80.404 1.332 LGA W 167 W 167 0.230 0 0.207 0.166 0.590 95.455 98.701 0.301 LGA I 168 I 168 0.722 0 0.151 1.553 3.146 81.818 61.136 2.646 LGA S 169 S 169 0.705 0 0.147 0.164 1.436 77.727 79.091 0.801 LGA G 170 G 170 0.586 0 0.034 0.034 0.604 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.698 0 0.077 1.362 6.012 81.818 51.818 3.685 LGA A 172 A 172 0.650 0 0.007 0.014 0.680 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.523 0 0.012 0.125 0.637 90.909 92.208 0.637 LGA Y 174 Y 174 0.404 0 0.025 0.200 1.174 95.455 89.545 1.174 LGA G 175 G 175 0.548 0 0.079 0.079 0.548 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.633 0 0.017 0.147 0.775 81.818 87.879 0.339 LGA Q 177 Q 177 1.007 0 0.050 0.260 1.318 77.727 72.727 1.070 LGA L 178 L 178 0.750 0 0.137 0.203 1.376 73.636 71.591 1.376 LGA N 179 N 179 1.176 0 0.162 0.688 4.797 65.909 40.227 4.797 LGA K 180 K 180 3.354 0 0.298 0.962 13.067 29.545 13.131 13.067 LGA K 181 K 181 2.192 0 0.445 0.948 10.759 62.727 28.485 10.759 LGA T 182 T 182 0.806 0 0.037 1.112 3.240 82.273 70.649 3.240 LGA S 183 S 183 0.878 0 0.117 0.103 1.190 82.273 76.667 1.174 LGA K 184 K 184 0.767 0 0.067 0.893 3.017 81.818 71.111 3.017 LGA L 185 L 185 0.437 0 0.087 0.095 0.788 90.909 95.455 0.265 LGA D 186 D 186 0.358 0 0.040 0.179 0.772 90.909 93.182 0.256 LGA P 187 P 187 0.557 0 0.021 0.365 1.477 78.182 82.338 0.792 LGA V 188 V 188 1.026 0 0.022 0.015 1.197 73.636 70.130 1.197 LGA E 189 E 189 1.075 0 0.027 0.709 2.125 65.455 57.576 1.828 LGA D 190 D 190 0.999 0 0.025 0.060 1.538 81.818 71.818 1.538 LGA E 191 E 191 0.760 0 0.000 0.043 1.242 81.818 78.182 1.242 LGA A 192 A 192 0.406 0 0.031 0.029 0.502 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.503 0 0.052 0.100 0.818 95.455 87.879 0.611 LGA V 194 V 194 0.411 0 0.000 0.041 0.601 100.000 94.805 0.567 LGA V 195 V 195 0.184 0 0.000 0.000 0.358 100.000 100.000 0.151 LGA Q 196 Q 196 0.234 0 0.031 0.261 1.373 100.000 90.303 1.187 LGA L 197 L 197 0.336 0 0.000 0.036 0.536 100.000 95.455 0.507 LGA I 198 I 198 0.189 0 0.044 0.073 0.317 100.000 100.000 0.302 LGA F 199 F 199 0.243 0 0.021 0.055 0.348 100.000 100.000 0.157 LGA N 200 N 200 0.330 0 0.000 0.668 1.516 100.000 89.545 1.516 LGA I 201 I 201 0.222 0 0.022 0.037 0.314 100.000 100.000 0.116 LGA F 202 F 202 0.210 0 0.000 0.032 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA L 203 L 203 0.350 0 0.021 0.105 0.962 100.000 93.182 0.765 LGA N 204 N 204 0.395 0 0.009 0.085 1.068 100.000 88.864 0.917 LGA G 205 G 205 0.252 0 0.039 0.039 0.306 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.194 0 0.013 0.169 0.694 100.000 95.455 0.607 LGA N 207 N 207 0.417 0 0.009 0.128 0.584 95.455 95.455 0.306 LGA G 208 G 208 0.862 0 0.105 0.105 1.462 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.079 0 0.046 0.231 3.041 73.636 54.949 3.041 LGA D 210 D 210 1.016 0 0.118 0.325 1.018 69.545 82.500 0.474 LGA Y 211 Y 211 1.657 0 0.100 0.584 2.056 58.182 53.485 1.803 LGA S 212 S 212 2.343 0 0.641 0.784 6.198 36.364 25.152 6.198 LGA Y 213 Y 213 2.816 0 0.187 1.059 14.256 45.455 15.303 14.256 LGA A 215 A 215 0.886 0 0.201 0.221 1.735 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.342 0 0.000 0.155 0.409 100.000 100.000 0.390 LGA A 217 A 217 0.374 0 0.057 0.066 0.390 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.388 0 0.025 0.084 0.824 100.000 93.939 0.824 LGA H 219 H 219 0.482 0 0.008 0.111 0.909 90.909 87.273 0.909 LGA L 220 L 220 0.478 0 0.000 0.089 0.534 100.000 95.455 0.534 LGA T 221 T 221 0.460 0 0.000 0.034 0.490 100.000 100.000 0.418 LGA N 222 N 222 0.490 0 0.053 0.042 0.608 90.909 95.455 0.497 LGA L 223 L 223 0.719 0 0.041 0.087 0.976 81.818 81.818 0.955 LGA Q 224 Q 224 0.762 0 0.048 0.134 1.306 81.818 76.364 0.936 LGA I 225 I 225 0.687 0 0.047 0.097 0.793 81.818 81.818 0.546 LGA P 226 P 226 0.800 0 0.028 0.056 1.006 81.818 79.481 1.006 LGA T 227 T 227 0.806 0 0.044 0.133 1.184 81.818 79.481 1.184 LGA P 228 P 228 0.767 0 0.109 0.118 0.807 81.818 81.818 0.660 LGA S 229 S 229 1.104 0 0.140 0.583 1.535 65.455 63.030 1.535 LGA G 230 G 230 1.206 0 0.011 0.011 1.246 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.830 0 0.046 0.498 1.636 86.364 78.788 0.251 LGA K 232 K 232 0.703 0 0.107 0.239 1.989 81.818 74.747 1.989 LGA R 233 R 233 0.590 0 0.030 1.116 6.398 86.364 44.959 4.289 LGA W 234 W 234 0.229 0 0.032 0.128 0.691 100.000 93.506 0.684 LGA N 235 N 235 0.499 0 0.015 0.493 2.255 100.000 83.409 2.255 LGA Q 236 Q 236 0.530 0 0.000 0.826 3.165 86.364 64.040 3.165 LGA Y 237 Y 237 0.805 0 0.070 0.185 1.057 77.727 79.091 0.914 LGA T 238 T 238 0.491 0 0.000 0.052 0.537 90.909 94.805 0.491 LGA I 239 I 239 0.419 0 0.023 0.087 0.465 100.000 100.000 0.363 LGA K 240 K 240 0.849 0 0.017 0.183 3.280 81.818 58.586 3.280 LGA A 241 A 241 0.744 0 0.084 0.091 0.872 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.208 0 0.041 0.065 0.333 100.000 100.000 0.211 LGA L 243 L 243 0.315 0 0.048 0.075 0.584 95.455 97.727 0.312 LGA Q 244 Q 244 0.481 0 0.067 0.236 0.892 90.909 89.899 0.618 LGA N 245 N 245 0.428 0 0.025 0.119 0.669 100.000 95.455 0.669 LGA E 246 E 246 0.358 0 0.027 0.499 1.224 100.000 92.323 1.158 LGA V 247 V 247 0.324 0 0.000 0.845 1.996 100.000 85.974 1.819 LGA Y 248 Y 248 0.406 0 0.036 0.139 1.059 100.000 91.061 1.059 LGA I 249 I 249 0.351 0 0.009 0.029 0.619 100.000 95.455 0.602 LGA G 250 G 250 0.201 0 0.039 0.039 0.475 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.429 0 0.044 0.056 0.512 95.455 94.805 0.435 LGA V 252 V 252 0.452 0 0.052 0.105 0.862 90.909 92.208 0.620 LGA K 253 K 253 0.360 0 0.070 0.123 0.732 90.909 95.960 0.347 LGA Y 254 Y 254 0.926 0 0.066 0.313 2.828 81.818 58.333 2.828 LGA K 255 K 255 0.646 0 0.030 0.849 4.926 81.818 54.141 4.926 LGA V 256 V 256 0.743 0 0.085 0.103 0.869 81.818 81.818 0.630 LGA R 257 R 257 0.673 0 0.099 1.098 4.877 77.727 56.860 3.649 LGA E 258 E 258 0.717 0 0.067 0.329 2.137 81.818 68.283 2.137 LGA K 259 K 259 1.314 0 0.045 0.765 1.942 65.455 65.859 1.389 LGA T 260 T 260 1.958 0 0.000 0.114 2.249 44.545 41.818 2.117 LGA K 261 K 261 2.907 0 0.022 0.185 4.261 22.727 17.980 4.261 LGA D 262 D 262 2.909 0 0.022 0.996 3.982 30.000 22.273 3.982 LGA G 263 G 263 2.056 0 0.000 0.000 2.225 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.462 0 0.084 0.445 2.670 61.818 59.596 2.670 LGA R 265 R 265 1.128 0 0.092 0.979 5.269 61.818 42.314 5.269 LGA T 266 T 266 1.172 0 0.040 0.103 1.401 69.545 67.792 1.062 LGA I 267 I 267 0.892 0 0.027 0.073 1.390 77.727 73.636 1.390 LGA R 268 R 268 0.791 0 0.022 0.896 2.417 81.818 73.884 2.039 LGA P 269 P 269 0.978 0 0.000 0.025 1.137 81.818 77.143 1.137 LGA E 270 E 270 0.816 0 0.005 0.280 1.348 81.818 76.364 1.348 LGA K 271 K 271 0.986 0 0.053 0.771 3.430 81.818 62.222 3.430 LGA E 272 E 272 0.790 0 0.076 0.132 1.408 81.818 76.364 1.408 LGA Q 273 Q 273 0.783 0 0.029 0.135 0.958 81.818 81.818 0.741 LGA I 274 I 274 0.706 0 0.031 0.128 1.726 81.818 75.909 1.726 LGA V 275 V 275 0.167 0 0.051 0.081 0.409 100.000 100.000 0.333 LGA V 276 V 276 0.248 0 0.054 0.053 0.362 100.000 100.000 0.318 LGA Q 277 Q 277 0.216 0 0.042 0.582 2.575 100.000 79.596 2.575 LGA D 278 D 278 0.157 0 0.042 0.257 0.985 100.000 97.727 0.985 LGA A 279 A 279 0.235 0 0.012 0.021 0.292 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.203 0 0.026 0.113 0.302 100.000 100.000 0.061 LGA A 281 A 281 0.253 0 0.027 0.024 0.381 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.191 0 0.034 0.046 0.398 100.000 100.000 0.398 LGA I 283 I 283 0.269 0 0.004 0.077 0.493 100.000 100.000 0.445 LGA I 284 I 284 0.310 0 0.013 0.060 0.565 95.455 97.727 0.163 LGA D 285 D 285 0.753 0 0.026 0.991 3.112 81.818 67.955 3.112 LGA K 286 K 286 0.884 0 0.000 0.255 0.990 81.818 81.818 0.951 LGA E 287 E 287 0.928 0 0.022 0.774 4.191 81.818 57.576 4.191 LGA Q 288 Q 288 0.646 0 0.025 0.343 2.251 81.818 70.101 1.815 LGA F 289 F 289 0.678 0 0.025 0.111 0.952 81.818 81.818 0.907 LGA Q 290 Q 290 0.922 0 0.027 1.290 3.221 81.818 60.808 3.181 LGA Q 291 Q 291 0.731 0 0.036 0.090 0.819 81.818 81.818 0.789 LGA S 292 S 292 0.597 0 0.050 0.690 2.749 81.818 72.727 2.749 LGA Q 293 Q 293 0.860 0 0.000 0.242 1.318 81.818 76.364 1.284 LGA V 294 V 294 0.983 0 0.035 0.053 1.139 81.818 74.805 1.076 LGA K 295 K 295 0.561 0 0.048 0.116 0.750 81.818 91.919 0.240 LGA I 296 I 296 0.804 0 0.030 0.073 1.090 73.636 75.682 0.867 LGA A 297 A 297 1.247 0 0.114 0.129 1.731 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.478 0 0.000 0.189 0.929 86.364 88.636 0.929 LGA K 299 K 299 1.366 0 0.075 0.223 3.905 65.909 45.455 3.905 LGA V 300 V 300 1.610 0 0.096 0.095 2.012 51.364 51.169 1.917 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.939 0.907 1.732 83.855 78.172 63.621 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.000 97.872 12.995 LGA_LOCAL RMSD: 0.939 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.116321 * X + -0.592238 * Y + -0.797323 * Z + 155.299393 Y_new = -0.350879 * X + -0.726505 * Y + 0.590826 * Z + 174.096695 Z_new = -0.929168 * X + 0.348489 * Y + -0.123296 * Z + 172.536713 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.890908 1.192157 1.910855 [DEG: -108.3410 68.3055 109.4839 ] ZXZ: -2.208520 1.694407 -1.211978 [DEG: -126.5389 97.0824 -69.4412 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS287_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS287_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.872 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS287_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.707 185.230 153.084 1.00 92.54 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.222 185.893 154.291 1.00 92.19 C ATOM 1347 C GLY 165 151.700 185.845 154.465 1.00 93.59 C ATOM 1348 O GLY 165 151.132 186.671 155.180 1.00 91.65 O ATOM 1349 N LYS 166 151.012 184.901 153.799 1.00 93.08 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.571 184.706 153.949 1.00 93.30 C ATOM 1351 C LYS 166 149.266 183.901 155.207 1.00 93.78 C ATOM 1352 O LYS 166 150.008 182.996 155.592 1.00 92.16 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.977 184.027 152.702 1.00 93.38 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.049 184.949 151.473 1.00 93.06 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.482 184.246 150.233 1.00 90.36 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.486 185.214 149.052 1.00 87.05 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.233 184.519 147.774 1.00 77.89 N ATOM 1358 N TRP 167 148.129 184.195 155.831 1.00 94.40 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.691 183.476 157.024 1.00 94.42 C ATOM 1360 C TRP 167 147.011 182.152 156.654 1.00 94.06 C ATOM 1361 O TRP 167 145.982 182.126 155.991 1.00 90.93 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.767 184.363 157.844 1.00 93.81 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.423 183.762 159.173 1.00 93.93 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.260 183.149 159.498 1.00 91.55 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.276 183.652 160.350 1.00 93.31 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.324 182.687 160.787 1.00 91.68 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.548 182.958 161.368 1.00 92.79 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.585 184.069 160.664 1.00 92.64 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.100 182.693 162.631 1.00 91.97 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.142 183.806 161.927 1.00 90.92 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.412 183.119 162.905 1.00 90.30 C ATOM 1372 N ILE 168 147.592 181.039 157.125 1.00 92.90 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.124 179.672 156.843 1.00 90.79 C ATOM 1374 C ILE 168 146.911 178.830 158.111 1.00 88.83 C ATOM 1375 O ILE 168 146.620 177.629 158.030 1.00 78.68 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.081 178.969 155.858 1.00 87.78 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.503 178.900 156.433 1.00 77.90 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 148.065 179.654 154.481 1.00 75.59 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.390 177.961 155.646 1.00 70.43 C ATOM 1380 N SER 169 147.065 179.434 159.282 1.00 88.10 N ATOM 1381 CA SER 169 147.096 178.737 160.577 1.00 84.08 C ATOM 1382 C SER 169 145.729 178.655 161.281 1.00 82.85 C ATOM 1383 O SER 169 145.678 178.388 162.477 1.00 73.50 O ATOM 1384 CB SER 169 148.178 179.340 161.477 1.00 79.97 C ATOM 1385 OG SER 169 149.449 179.198 160.867 1.00 71.10 O ATOM 1386 N GLY 170 144.633 178.827 160.541 1.00 86.46 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.267 178.768 161.086 1.00 87.40 C ATOM 1388 C GLY 170 142.681 180.143 161.398 1.00 90.89 C ATOM 1389 O GLY 170 142.776 181.046 160.576 1.00 88.54 O ATOM 1390 N LEU 171 142.046 180.283 162.574 1.00 90.77 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.447 181.551 163.005 1.00 92.55 C ATOM 1392 C LEU 171 142.516 182.650 163.137 1.00 94.31 C ATOM 1393 O LEU 171 143.644 182.365 163.555 1.00 93.01 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.701 181.357 164.336 1.00 91.08 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.447 180.455 164.247 1.00 83.64 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 138.921 180.148 165.654 1.00 76.38 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.320 181.103 163.442 1.00 76.59 C ATOM 1398 N ALA 172 142.152 183.885 162.776 1.00 93.62 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.020 185.039 162.968 1.00 94.52 C ATOM 1400 C ALA 172 143.298 185.260 164.475 1.00 95.18 C ATOM 1401 O ALA 172 142.401 185.032 165.293 1.00 93.34 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.372 186.263 162.319 1.00 93.76 C ATOM 1403 N PRO 173 144.518 185.665 164.859 1.00 95.08 N ATOM 1404 CA PRO 173 144.837 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