####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS287_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS287_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.83 0.83 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.83 0.83 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.83 0.83 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 77 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 77 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 74 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 111 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 91 117 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 28 120 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 50 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 69 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 79 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 75 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 74 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 87 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 5 52 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 118 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 87.41 94.81 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.61 0.71 0.73 0.78 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 GDT RMS_ALL_AT 0.90 0.84 0.84 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.526 0 0.029 0.029 0.660 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.333 0 0.000 0.064 1.202 100.000 90.101 1.202 LGA W 167 W 167 0.161 0 0.202 0.159 0.771 95.455 98.701 0.225 LGA I 168 I 168 0.591 0 0.157 1.568 3.395 86.364 66.591 2.465 LGA S 169 S 169 0.501 0 0.113 0.137 1.164 82.273 82.121 0.630 LGA G 170 G 170 0.420 0 0.036 0.036 0.427 100.000 100.000 - LGA L 171 L 171 0.645 0 0.076 1.351 5.956 86.364 54.091 3.695 LGA A 172 A 172 0.561 0 0.011 0.018 0.573 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.434 0 0.000 0.119 0.595 95.455 94.805 0.595 LGA Y 174 Y 174 0.273 0 0.026 0.197 0.989 100.000 93.939 0.989 LGA G 175 G 175 0.454 0 0.085 0.085 0.454 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.561 0 0.020 0.151 0.700 86.364 90.909 0.317 LGA Q 177 Q 177 0.889 0 0.055 0.264 1.293 81.818 80.000 0.900 LGA L 178 L 178 0.638 0 0.137 0.192 1.276 73.636 77.955 1.276 LGA N 179 N 179 1.352 0 0.168 0.701 4.956 65.909 40.227 4.956 LGA K 180 K 180 3.325 0 0.297 0.962 12.951 29.545 13.131 12.951 LGA K 181 K 181 2.426 0 0.441 0.948 10.835 51.364 23.434 10.835 LGA T 182 T 182 1.159 0 0.042 1.117 3.427 78.182 63.896 3.427 LGA S 183 S 183 0.611 0 0.122 0.108 0.831 86.364 84.848 0.808 LGA K 184 K 184 0.598 0 0.066 0.892 3.324 81.818 71.515 3.324 LGA L 185 L 185 0.462 0 0.081 0.089 0.855 90.909 95.455 0.245 LGA D 186 D 186 0.371 0 0.044 0.186 0.726 95.455 95.455 0.311 LGA P 187 P 187 0.534 0 0.036 0.065 1.302 82.273 84.675 0.570 LGA V 188 V 188 0.787 0 0.015 0.011 0.886 81.818 81.818 0.886 LGA E 189 E 189 0.816 0 0.033 0.176 0.867 81.818 81.818 0.867 LGA D 190 D 190 0.766 0 0.028 0.053 1.231 81.818 75.682 1.231 LGA E 191 E 191 0.559 0 0.000 0.041 0.962 90.909 85.859 0.962 LGA A 192 A 192 0.265 0 0.029 0.027 0.328 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.340 0 0.045 0.109 0.602 100.000 93.939 0.407 LGA V 194 V 194 0.249 0 0.004 0.040 0.375 100.000 100.000 0.375 LGA V 195 V 195 0.116 0 0.000 0.000 0.237 100.000 100.000 0.088 LGA Q 196 Q 196 0.193 0 0.025 0.258 1.228 100.000 90.303 1.004 LGA L 197 L 197 0.230 0 0.000 0.031 0.324 100.000 100.000 0.317 LGA I 198 I 198 0.159 0 0.042 0.069 0.302 100.000 100.000 0.243 LGA F 199 F 199 0.234 0 0.017 0.051 0.314 100.000 100.000 0.128 LGA N 200 N 200 0.270 0 0.000 0.660 1.421 100.000 91.364 1.385 LGA I 201 I 201 0.211 0 0.016 0.047 0.290 100.000 100.000 0.218 LGA F 202 F 202 0.199 0 0.000 0.034 0.341 100.000 100.000 0.341 LGA L 203 L 203 0.279 0 0.017 0.107 0.866 100.000 95.455 0.682 LGA N 204 N 204 0.248 0 0.023 0.070 0.949 100.000 93.182 0.798 LGA G 205 G 205 0.224 0 0.039 0.039 0.224 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.203 0 0.009 1.301 3.278 100.000 75.909 2.038 LGA N 207 N 207 0.721 0 0.030 0.133 0.836 81.818 81.818 0.773 LGA G 208 G 208 1.071 0 0.089 0.089 1.669 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.173 0 0.056 0.219 2.835 65.455 54.949 2.835 LGA D 210 D 210 1.149 0 0.099 0.282 1.149 69.545 78.182 0.174 LGA Y 211 Y 211 1.669 0 0.103 0.592 1.993 54.545 55.758 1.663 LGA S 212 S 212 2.181 0 0.637 0.786 5.896 41.818 29.697 5.896 LGA Y 213 Y 213 3.022 0 0.186 1.084 14.471 39.545 13.333 14.471 LGA A 215 A 215 0.903 0 0.213 0.235 1.971 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.354 0 0.000 0.155 0.504 100.000 97.727 0.504 LGA A 217 A 217 0.183 0 0.063 0.075 0.279 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.336 0 0.045 0.084 0.955 100.000 93.939 0.955 LGA H 219 H 219 0.252 0 0.000 0.093 0.718 100.000 94.545 0.718 LGA L 220 L 220 0.245 0 0.014 0.078 0.381 100.000 100.000 0.381 LGA T 221 T 221 0.214 0 0.000 0.030 0.365 100.000 100.000 0.133 LGA N 222 N 222 0.437 0 0.058 0.052 0.742 90.909 95.455 0.352 LGA L 223 L 223 0.648 0 0.047 0.093 0.969 81.818 81.818 0.807 LGA Q 224 Q 224 0.567 0 0.053 0.143 0.972 81.818 81.818 0.862 LGA I 225 I 225 0.493 0 0.046 0.095 0.551 95.455 93.182 0.353 LGA P 226 P 226 0.397 0 0.030 0.057 0.646 100.000 94.805 0.646 LGA T 227 T 227 0.417 0 0.042 0.118 0.691 100.000 97.403 0.691 LGA P 228 P 228 0.429 0 0.115 0.123 0.443 100.000 100.000 0.387 LGA S 229 S 229 0.671 0 0.141 0.580 1.675 81.818 76.667 1.675 LGA G 230 G 230 0.843 0 0.006 0.006 0.988 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.470 0 0.060 0.493 1.353 95.455 84.242 0.768 LGA K 232 K 232 0.338 0 0.083 0.221 1.443 95.455 90.101 1.443 LGA R 233 R 233 0.392 0 0.000 1.244 5.734 100.000 60.496 4.702 LGA W 234 W 234 0.302 0 0.030 0.133 0.541 100.000 97.403 0.470 LGA N 235 N 235 0.503 0 0.017 0.467 2.216 90.909 78.864 2.216 LGA Q 236 Q 236 0.559 0 0.000 0.802 2.877 86.364 67.677 2.877 LGA Y 237 Y 237 0.678 0 0.066 0.191 1.006 77.727 80.455 0.940 LGA T 238 T 238 0.438 0 0.005 0.049 0.532 95.455 97.403 0.413 LGA I 239 I 239 0.395 0 0.026 0.080 0.428 100.000 100.000 0.300 LGA K 240 K 240 0.770 0 0.018 0.187 3.195 81.818 58.586 3.195 LGA A 241 A 241 0.614 0 0.082 0.089 0.738 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.112 0 0.046 0.065 0.308 100.000 100.000 0.079 LGA L 243 L 243 0.249 0 0.047 0.071 0.538 95.455 97.727 0.252 LGA Q 244 Q 244 0.323 0 0.067 0.236 0.766 95.455 93.939 0.664 LGA N 245 N 245 0.330 0 0.023 0.111 0.664 100.000 95.455 0.664 LGA E 246 E 246 0.233 0 0.029 0.490 1.392 100.000 92.323 1.110 LGA V 247 V 247 0.272 0 0.000 0.028 0.317 100.000 100.000 0.277 LGA Y 248 Y 248 0.384 0 0.034 0.141 1.012 100.000 91.061 1.012 LGA I 249 I 249 0.287 0 0.000 0.027 0.511 100.000 97.727 0.442 LGA G 250 G 250 0.152 0 0.037 0.037 0.381 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.334 0 0.046 0.062 0.444 100.000 100.000 0.364 LGA V 252 V 252 0.360 0 0.047 0.095 0.712 95.455 97.403 0.480 LGA K 253 K 253 0.337 0 0.075 0.120 0.673 95.455 97.980 0.360 LGA Y 254 Y 254 0.922 0 0.064 0.290 2.908 81.818 56.364 2.908 LGA K 255 K 255 0.747 0 0.020 0.197 1.010 77.727 80.000 0.890 LGA V 256 V 256 0.794 0 0.085 0.093 0.910 86.364 84.416 0.757 LGA R 257 R 257 0.575 0 0.086 1.007 3.861 77.727 60.992 3.693 LGA E 258 E 258 0.580 0 0.062 0.303 2.114 86.364 73.535 2.114 LGA K 259 K 259 0.631 0 0.054 0.174 1.270 81.818 80.000 1.270 LGA T 260 T 260 1.039 0 0.000 0.080 1.274 69.545 67.792 1.183 LGA K 261 K 261 1.984 0 0.028 0.186 3.776 47.727 36.970 3.776 LGA D 262 D 262 1.855 0 0.022 0.997 2.966 58.182 45.455 2.518 LGA G 263 G 263 0.911 0 0.000 0.000 1.107 77.727 77.727 - LGA K 264 K 264 0.389 0 0.103 0.453 2.896 95.455 76.566 2.896 LGA R 265 R 265 0.450 0 0.080 0.947 4.315 82.273 60.000 4.315 LGA T 266 T 266 0.723 0 0.037 0.094 0.758 81.818 81.818 0.603 LGA I 267 I 267 0.829 0 0.026 0.067 1.523 77.727 69.773 1.523 LGA R 268 R 268 0.827 0 0.024 0.945 2.798 81.818 74.050 2.798 LGA P 269 P 269 1.235 0 0.000 0.026 1.386 65.455 65.455 1.361 LGA E 270 E 270 1.181 0 0.020 0.273 2.044 65.455 57.778 2.015 LGA K 271 K 271 1.362 0 0.063 0.767 2.429 65.455 65.455 2.429 LGA E 272 E 272 1.044 0 0.081 0.196 1.792 73.636 64.242 1.525 LGA Q 273 Q 273 0.882 0 0.024 0.135 1.222 77.727 78.182 0.862 LGA I 274 I 274 0.672 0 0.028 0.122 1.699 86.364 78.182 1.699 LGA V 275 V 275 0.117 0 0.046 0.082 0.509 95.455 97.403 0.361 LGA V 276 V 276 0.113 0 0.058 0.061 0.381 100.000 100.000 0.154 LGA Q 277 Q 277 0.150 0 0.045 0.581 2.517 100.000 79.596 2.517 LGA D 278 D 278 0.087 0 0.045 0.258 1.016 100.000 95.682 1.016 LGA A 279 A 279 0.149 0 0.012 0.020 0.168 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.151 0 0.027 0.110 0.252 100.000 100.000 0.094 LGA A 281 A 281 0.235 0 0.026 0.024 0.349 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.157 0 0.032 0.046 0.340 100.000 100.000 0.340 LGA I 283 I 283 0.186 0 0.020 0.064 0.419 100.000 100.000 0.419 LGA I 284 I 284 0.251 0 0.018 0.061 0.526 95.455 97.727 0.109 LGA D 285 D 285 0.658 0 0.026 0.989 3.278 81.818 64.545 3.278 LGA K 286 K 286 0.767 0 0.000 0.251 1.012 81.818 80.000 1.012 LGA E 287 E 287 0.737 0 0.022 0.379 1.789 81.818 78.384 0.616 LGA Q 288 Q 288 0.510 0 0.026 0.313 2.031 90.909 74.141 1.935 LGA F 289 F 289 0.577 0 0.025 0.102 0.940 81.818 81.818 0.904 LGA Q 290 Q 290 0.721 0 0.023 1.286 3.381 81.818 61.010 3.377 LGA Q 291 Q 291 0.502 0 0.037 0.098 0.582 90.909 91.919 0.533 LGA S 292 S 292 0.461 0 0.052 0.694 2.677 90.909 81.818 2.677 LGA Q 293 Q 293 0.690 0 0.000 0.244 1.219 81.818 76.364 1.153 LGA V 294 V 294 0.694 0 0.035 0.052 0.800 81.818 81.818 0.716 LGA K 295 K 295 0.347 0 0.052 0.131 0.634 95.455 97.980 0.288 LGA I 296 I 296 0.647 0 0.030 0.075 0.908 81.818 81.818 0.720 LGA A 297 A 297 0.978 0 0.116 0.130 1.469 77.727 75.273 - LGA N 298 N 298 0.403 0 0.000 0.240 1.095 82.273 88.864 0.718 LGA K 299 K 299 1.658 0 0.074 0.200 4.593 51.364 34.747 4.593 LGA V 300 V 300 2.110 0 0.085 0.083 2.477 41.364 41.818 2.416 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.827 0.792 1.641 86.912 81.850 67.578 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.83 96.296 98.320 14.556 LGA_LOCAL RMSD: 0.827 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.828 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.827 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.095576 * X + -0.982282 * Y + 0.161207 * Z + 155.837051 Y_new = 0.072769 * X + 0.168410 * Y + 0.983027 * Z + 178.590210 Z_new = -0.992759 * X + -0.082223 * Y + 0.087576 * Z + 176.317520 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.650737 1.450380 -0.753888 [DEG: 37.2845 83.1006 -43.1946 ] ZXZ: 2.979049 1.483108 -1.653431 [DEG: 170.6869 84.9759 -94.7346 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS287_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS287_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.83 98.320 0.83 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS287_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.981 185.280 153.107 1.00 92.64 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.497 185.946 154.309 1.00 92.29 C ATOM 1347 C GLY 165 151.977 185.939 154.472 1.00 93.69 C ATOM 1348 O GLY 165 151.426 186.763 155.199 1.00 91.76 O ATOM 1349 N LYS 166 151.280 185.021 153.790 1.00 93.08 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.830 184.858 153.921 1.00 93.30 C ATOM 1351 C LYS 166 149.489 184.033 155.160 1.00 93.78 C ATOM 1352 O LYS 166 150.204 183.104 155.535 1.00 92.21 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.233 184.239 152.651 1.00 93.30 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.382 185.173 151.436 1.00 92.90 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.793 184.518 150.177 1.00 90.16 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.921 185.480 148.993 1.00 86.82 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.612 184.806 147.711 1.00 77.69 N ATOM 1358 N TRP 167 148.346 184.330 155.763 1.00 94.40 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.881 183.599 156.934 1.00 94.42 C ATOM 1360 C TRP 167 147.169 182.308 156.538 1.00 93.96 C ATOM 1361 O TRP 167 146.128 182.322 155.887 1.00 90.85 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.977 184.493 157.776 1.00 93.83 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.596 183.862 159.080 1.00 93.99 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.420 183.255 159.357 1.00 91.63 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.419 183.718 160.276 1.00 93.41 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.453 182.762 160.643 1.00 91.80 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.664 183.010 161.255 1.00 92.91 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.729 184.115 160.620 1.00 92.78 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.184 182.711 162.521 1.00 92.10 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.256 183.823 161.889 1.00 91.03 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.496 183.121 162.836 1.00 90.42 C ATOM 1372 N ILE 168 147.723 181.171 156.977 1.00 92.70 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.204 179.827 156.674 1.00 90.49 C ATOM 1374 C ILE 168 146.985 178.965 157.927 1.00 88.63 C ATOM 1375 O ILE 168 146.677 177.773 157.826 1.00 78.84 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.121 179.117 155.659 1.00 87.54 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.551 178.969 156.213 1.00 77.59 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 148.126 179.856 154.309 1.00 75.34 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.360 177.969 155.420 1.00 70.19 C ATOM 1380 N SER 169 147.149 179.550 159.104 1.00 87.70 N ATOM 1381 CA SER 169 147.187 178.839 160.391 1.00 83.78 C ATOM 1382 C SER 169 145.832 178.782 161.117 1.00 82.65 C ATOM 1383 O SER 169 145.791 178.628 162.331 1.00 73.55 O ATOM 1384 CB SER 169 148.305 179.407 161.275 1.00 79.68 C ATOM 1385 OG SER 169 149.559 179.237 160.629 1.00 70.90 O ATOM 1386 N GLY 170 144.724 178.858 160.375 1.00 85.96 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.366 178.793 160.937 1.00 87.10 C ATOM 1388 C GLY 170 142.782 180.168 161.262 1.00 90.59 C ATOM 1389 O GLY 170 142.883 181.079 160.450 1.00 88.33 O ATOM 1390 N LEU 171 142.144 180.291 162.436 1.00 90.57 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.539 181.553 162.875 1.00 92.35 C ATOM 1392 C LEU 171 142.612 182.646 163.034 1.00 94.21 C ATOM 1393 O LEU 171 143.735 182.359 163.458 1.00 92.90 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.778 181.350 164.202 1.00 90.73 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.536 180.437 164.092 1.00 83.04 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 138.970 180.163 165.491 1.00 75.71 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.429 181.053 163.237 1.00 75.87 C ATOM 1398 N ALA 172 142.250 183.885 162.684 1.00 93.52 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.115 185.036 162.907 1.00 94.42 C ATOM 1400 C ALA 172 143.391 185.219 164.408 1.00 95.18 C ATOM 1401 O ALA 172 142.494 184.977 165.225 1.00 93.28 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.466 186.272 162.278 1.00 93.68 C ATOM 1403 N PRO 173 144.611 185.620 164.804 1.00 95.08 N ATOM 1404 CA PRO 173 144.921 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