####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS287_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS287_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 69 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 110 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 76 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 112 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 119 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 94 121 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 62 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 64 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 64 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 76 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 11 112 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 7 103 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 114 127 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 84.44 94.07 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.52 0.68 0.75 0.84 0.88 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.15 1.03 0.95 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.687 0 0.034 0.034 0.758 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.553 0 0.000 0.066 1.292 86.364 78.384 1.292 LGA W 167 W 167 0.310 0 0.193 0.162 0.635 95.455 98.701 0.340 LGA I 168 I 168 0.675 0 0.118 1.563 3.117 86.364 64.318 3.117 LGA S 169 S 169 0.904 0 0.566 0.593 2.754 64.091 62.121 1.565 LGA G 170 G 170 1.293 0 0.070 0.070 1.636 65.909 65.909 - LGA L 171 L 171 1.009 0 0.081 1.353 6.217 73.636 47.727 3.815 LGA A 172 A 172 0.725 0 0.000 0.012 0.807 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.530 0 0.000 0.124 0.613 90.909 89.610 0.610 LGA Y 174 Y 174 0.475 0 0.019 0.199 1.308 90.909 83.636 1.308 LGA G 175 G 175 0.590 0 0.080 0.080 0.590 86.364 86.364 - LGA Y 176 Y 176 0.665 0 0.022 0.151 0.813 81.818 87.879 0.291 LGA Q 177 Q 177 1.025 0 0.054 0.280 1.394 73.636 70.909 1.082 LGA L 178 L 178 0.775 0 0.134 0.193 1.369 73.636 71.591 1.369 LGA N 179 N 179 1.147 0 0.163 0.695 4.780 69.545 42.045 4.780 LGA K 180 K 180 3.336 0 0.296 0.961 13.045 29.545 13.131 13.045 LGA K 181 K 181 2.152 0 0.440 0.948 10.765 62.727 28.485 10.765 LGA T 182 T 182 0.749 0 0.034 1.114 3.270 82.273 70.649 3.270 LGA S 183 S 183 0.943 0 0.125 0.110 1.300 78.182 73.939 1.300 LGA K 184 K 184 0.818 0 0.067 0.890 2.899 77.727 70.303 2.899 LGA L 185 L 185 0.441 0 0.081 0.089 0.722 90.909 95.455 0.209 LGA D 186 D 186 0.368 0 0.041 0.189 0.793 90.909 93.182 0.272 LGA P 187 P 187 0.637 0 0.032 0.060 1.409 78.182 82.338 0.616 LGA V 188 V 188 1.059 0 0.023 0.021 1.202 69.545 67.792 1.202 LGA E 189 E 189 1.133 0 0.028 0.717 2.241 65.455 56.162 1.932 LGA D 190 D 190 1.127 0 0.025 0.065 1.784 73.636 64.091 1.784 LGA E 191 E 191 0.823 0 0.000 0.051 1.316 81.818 76.364 1.316 LGA A 192 A 192 0.461 0 0.026 0.024 0.561 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.574 0 0.049 0.128 0.865 86.364 83.838 0.523 LGA V 194 V 194 0.457 0 0.000 0.036 0.654 95.455 89.610 0.579 LGA V 195 V 195 0.179 0 0.000 0.000 0.377 100.000 100.000 0.147 LGA Q 196 Q 196 0.292 0 0.023 0.253 1.358 100.000 88.485 1.297 LGA L 197 L 197 0.385 0 0.000 0.037 0.551 100.000 93.182 0.539 LGA I 198 I 198 0.177 0 0.043 0.069 0.295 100.000 100.000 0.258 LGA F 199 F 199 0.274 0 0.020 0.051 0.369 100.000 100.000 0.101 LGA N 200 N 200 0.400 0 0.000 0.738 1.646 100.000 87.727 1.646 LGA I 201 I 201 0.274 0 0.019 0.045 0.365 100.000 100.000 0.210 LGA F 202 F 202 0.270 0 0.000 0.038 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA L 203 L 203 0.470 0 0.024 0.106 1.053 100.000 88.864 0.849 LGA N 204 N 204 0.487 0 0.020 0.075 1.138 100.000 86.818 1.068 LGA G 205 G 205 0.227 0 0.037 0.037 0.227 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.113 0 0.000 1.202 3.283 100.000 79.318 1.688 LGA N 207 N 207 0.391 0 0.023 0.121 0.542 95.455 97.727 0.496 LGA G 208 G 208 0.763 0 0.091 0.091 1.551 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 0.914 0 0.058 0.177 2.044 81.818 69.899 2.044 LGA D 210 D 210 0.939 0 0.117 0.351 0.962 81.818 86.364 0.565 LGA Y 211 Y 211 1.516 0 0.105 0.588 1.986 61.818 58.182 1.723 LGA S 212 S 212 1.982 0 0.636 0.783 5.762 48.636 34.242 5.762 LGA Y 213 Y 213 3.070 0 0.193 1.076 14.428 36.364 12.273 14.428 LGA A 215 A 215 0.785 0 0.209 0.228 1.829 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.369 0 0.000 0.150 0.529 100.000 97.727 0.529 LGA A 217 A 217 0.310 0 0.060 0.073 0.373 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.236 0 0.045 0.083 0.774 100.000 96.970 0.774 LGA H 219 H 219 0.317 0 0.000 0.095 0.796 100.000 92.727 0.796 LGA L 220 L 220 0.387 0 0.021 0.086 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA T 221 T 221 0.316 0 0.000 0.025 0.363 100.000 100.000 0.293 LGA N 222 N 222 0.428 0 0.059 0.060 0.625 90.909 95.455 0.331 LGA L 223 L 223 0.708 0 0.042 0.087 1.050 81.818 79.773 0.938 LGA Q 224 Q 224 0.705 0 0.043 0.142 1.175 81.818 80.000 0.824 LGA I 225 I 225 0.698 0 0.047 0.100 0.808 81.818 81.818 0.534 LGA P 226 P 226 0.865 0 0.029 0.055 1.114 81.818 77.143 1.114 LGA T 227 T 227 0.895 0 0.039 0.116 1.212 81.818 79.481 1.212 LGA P 228 P 228 0.920 0 0.110 0.119 0.973 81.818 81.818 0.770 LGA S 229 S 229 1.236 0 0.134 0.122 1.307 65.455 65.455 1.016 LGA G 230 G 230 1.297 0 0.000 0.000 1.374 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.848 0 0.055 0.498 1.561 86.364 78.788 0.208 LGA K 232 K 232 0.715 0 0.088 0.226 1.832 81.818 74.747 1.832 LGA R 233 R 233 0.650 0 0.020 1.233 5.474 81.818 53.884 4.507 LGA W 234 W 234 0.210 0 0.028 0.129 0.697 100.000 93.506 0.697 LGA N 235 N 235 0.418 0 0.011 0.498 1.977 100.000 85.000 1.977 LGA Q 236 Q 236 0.586 0 0.000 0.784 2.861 86.364 65.051 2.861 LGA Y 237 Y 237 0.883 0 0.070 0.192 1.177 77.727 75.000 1.152 LGA T 238 T 238 0.532 0 0.002 0.054 0.564 81.818 87.013 0.544 LGA I 239 I 239 0.491 0 0.021 0.083 0.516 95.455 97.727 0.445 LGA K 240 K 240 0.928 0 0.020 0.182 3.461 81.818 57.576 3.461 LGA A 241 A 241 0.827 0 0.081 0.088 0.905 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.232 0 0.047 0.068 0.383 100.000 100.000 0.261 LGA L 243 L 243 0.290 0 0.050 0.075 0.546 95.455 97.727 0.323 LGA Q 244 Q 244 0.467 0 0.067 0.244 0.854 90.909 91.919 0.594 LGA N 245 N 245 0.417 0 0.024 0.124 0.713 100.000 90.909 0.713 LGA E 246 E 246 0.299 0 0.029 0.492 1.283 100.000 92.323 1.169 LGA V 247 V 247 0.275 0 0.006 0.028 0.321 100.000 100.000 0.249 LGA Y 248 Y 248 0.329 0 0.039 0.143 1.003 100.000 92.576 1.003 LGA I 249 I 249 0.284 0 0.000 0.030 0.561 100.000 95.455 0.561 LGA G 250 G 250 0.153 0 0.036 0.036 0.467 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.426 0 0.043 0.058 0.528 95.455 97.403 0.429 LGA V 252 V 252 0.453 0 0.051 0.104 0.824 90.909 92.208 0.608 LGA K 253 K 253 0.327 0 0.074 0.133 0.700 95.455 97.980 0.247 LGA Y 254 Y 254 0.781 0 0.057 0.309 2.433 81.818 62.727 2.433 LGA K 255 K 255 0.539 0 0.022 0.179 0.899 81.818 81.818 0.899 LGA V 256 V 256 0.628 0 0.084 0.098 0.745 86.364 84.416 0.570 LGA R 257 R 257 0.535 0 0.094 1.084 4.464 81.818 60.331 3.814 LGA E 258 E 258 0.577 0 0.061 0.304 1.936 86.364 76.768 1.936 LGA K 259 K 259 1.152 0 0.041 0.753 2.194 69.545 64.646 1.704 LGA T 260 T 260 1.878 0 0.000 0.085 2.114 44.545 45.455 2.048 LGA K 261 K 261 2.775 0 0.019 0.185 4.234 27.727 21.212 4.234 LGA D 262 D 262 2.767 0 0.022 0.996 3.579 32.727 25.909 3.579 LGA G 263 G 263 1.838 0 0.000 0.000 2.034 51.364 51.364 - LGA K 264 K 264 1.370 0 0.084 0.441 3.017 61.818 58.586 3.017 LGA R 265 R 265 1.097 0 0.089 0.953 4.591 61.818 46.281 4.591 LGA T 266 T 266 1.109 0 0.040 0.100 1.312 69.545 70.130 0.934 LGA I 267 I 267 0.962 0 0.026 0.072 1.639 81.818 71.818 1.639 LGA R 268 R 268 0.751 0 0.023 0.946 2.350 81.818 73.884 2.350 LGA P 269 P 269 1.024 0 0.000 0.025 1.136 77.727 74.805 1.135 LGA E 270 E 270 0.914 0 0.023 0.289 1.736 81.818 69.495 1.736 LGA K 271 K 271 1.080 0 0.062 0.768 3.124 69.545 56.768 3.124 LGA E 272 E 272 0.756 0 0.080 0.193 1.573 81.818 72.929 1.423 LGA Q 273 Q 273 0.702 0 0.029 0.127 1.014 81.818 80.000 0.608 LGA I 274 I 274 0.619 0 0.030 0.120 1.400 86.364 82.045 1.400 LGA V 275 V 275 0.179 0 0.050 0.082 0.364 100.000 100.000 0.311 LGA V 276 V 276 0.281 0 0.054 0.054 0.411 100.000 100.000 0.356 LGA Q 277 Q 277 0.254 0 0.046 0.578 2.475 100.000 80.808 2.475 LGA D 278 D 278 0.180 0 0.044 0.257 0.956 100.000 97.727 0.956 LGA A 279 A 279 0.251 0 0.013 0.022 0.309 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.213 0 0.026 0.114 0.336 100.000 100.000 0.038 LGA A 281 A 281 0.289 0 0.029 0.028 0.446 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.201 0 0.032 0.044 0.407 100.000 100.000 0.407 LGA I 283 I 283 0.274 0 0.029 0.065 0.506 95.455 97.727 0.399 LGA I 284 I 284 0.304 0 0.000 0.049 0.485 100.000 100.000 0.156 LGA D 285 D 285 0.670 0 0.036 0.155 1.410 81.818 77.727 0.881 LGA K 286 K 286 0.812 0 0.000 0.244 0.952 81.818 81.818 0.952 LGA E 287 E 287 0.924 0 0.019 0.383 2.020 81.818 75.152 0.964 LGA Q 288 Q 288 0.651 0 0.026 0.321 2.057 81.818 70.101 1.908 LGA F 289 F 289 0.673 0 0.024 0.113 0.942 81.818 81.818 0.903 LGA Q 290 Q 290 0.917 0 0.026 1.286 3.245 81.818 60.808 3.190 LGA Q 291 Q 291 0.748 0 0.037 0.109 0.828 81.818 81.818 0.818 LGA S 292 S 292 0.612 0 0.053 0.694 2.787 81.818 72.727 2.787 LGA Q 293 Q 293 0.845 0 0.000 0.247 1.297 81.818 76.364 1.297 LGA V 294 V 294 0.992 0 0.034 0.052 1.141 81.818 74.805 1.110 LGA K 295 K 295 0.605 0 0.053 0.133 0.760 81.818 91.919 0.444 LGA I 296 I 296 0.771 0 0.032 0.075 1.047 77.727 79.773 0.827 LGA A 297 A 297 1.214 0 0.118 0.131 1.689 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.460 0 0.000 0.211 1.117 95.455 88.864 1.117 LGA K 299 K 299 1.119 0 0.073 0.210 3.836 69.545 48.485 3.836 LGA V 300 V 300 1.233 0 0.089 0.077 1.485 65.455 65.455 1.370 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.926 0.896 1.690 83.768 78.497 65.332 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.185 97.927 13.157 LGA_LOCAL RMSD: 0.926 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.926 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.926 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.221636 * X + -0.382777 * Y + -0.896861 * Z + 153.088882 Y_new = -0.736260 * X + -0.537364 * Y + 0.411293 * Z + 175.832260 Z_new = -0.639374 * X + 0.751480 * Y + -0.162725 * Z + 174.163849 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.863197 0.693684 1.784043 [DEG: -106.7533 39.7452 102.2181 ] ZXZ: -2.000772 1.734248 -0.704970 [DEG: -114.6358 99.3651 -40.3918 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS287_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS287_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.927 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS287_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.674 185.116 153.116 1.00 92.54 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.194 185.833 154.294 1.00 92.19 C ATOM 1347 C GLY 165 151.673 185.822 154.464 1.00 93.59 C ATOM 1348 O GLY 165 151.117 186.688 155.137 1.00 91.66 O ATOM 1349 N LYS 166 150.980 184.869 153.828 1.00 93.18 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.536 184.696 153.982 1.00 93.40 C ATOM 1351 C LYS 166 149.221 183.923 155.259 1.00 93.88 C ATOM 1352 O LYS 166 149.950 183.011 155.654 1.00 92.36 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.928 184.007 152.754 1.00 93.36 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.018 184.897 151.504 1.00 92.89 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.444 184.176 150.274 1.00 90.14 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.458 185.129 149.085 1.00 86.83 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.230 184.414 147.811 1.00 77.73 N ATOM 1358 N TRP 167 148.094 184.244 155.864 1.00 94.40 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.621 183.525 157.039 1.00 94.42 C ATOM 1360 C TRP 167 146.939 182.219 156.636 1.00 93.96 C ATOM 1361 O TRP 167 145.892 182.205 155.999 1.00 90.94 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.697 184.411 157.861 1.00 93.86 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.350 183.808 159.184 1.00 94.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.187 183.195 159.507 1.00 91.64 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.202 183.699 160.366 1.00 93.35 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.251 182.735 160.797 1.00 91.80 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.470 183.011 161.377 1.00 92.90 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.515 184.113 160.674 1.00 92.78 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.026 182.740 162.641 1.00 92.07 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.069 183.848 161.934 1.00 90.99 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.341 183.161 162.915 1.00 90.41 C ATOM 1372 N ILE 168 147.544 181.099 157.011 1.00 92.80 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.091 179.736 156.681 1.00 90.69 C ATOM 1374 C ILE 168 146.703 178.919 157.913 1.00 88.53 C ATOM 1375 O ILE 168 146.291 177.755 157.799 1.00 78.14 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.177 178.998 155.884 1.00 87.72 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.500 178.999 156.667 1.00 77.77 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 148.360 179.615 154.492 1.00 75.47 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.405 177.890 156.224 1.00 70.29 C ATOM 1380 N SER 169 146.882 179.492 159.085 1.00 87.40 N ATOM 1381 CA SER 169 146.393 178.937 160.342 1.00 83.68 C ATOM 1382 C SER 169 144.872 179.124 160.434 1.00 82.65 C ATOM 1383 O SER 169 144.263 179.693 159.535 1.00 73.71 O ATOM 1384 CB SER 169 147.167 179.553 161.515 1.00 79.29 C ATOM 1385 OG SER 169 148.541 179.242 161.396 1.00 70.49 O ATOM 1386 N GLY 170 144.251 178.595 161.479 1.00 86.16 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.795 178.672 161.648 1.00 87.20 C ATOM 1388 C GLY 170 142.271 180.099 161.852 1.00 90.79 C ATOM 1389 O GLY 170 142.390 180.947 160.986 1.00 88.71 O ATOM 1390 N LEU 171 141.694 180.366 163.025 1.00 90.47 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.190 181.696 163.364 1.00 92.35 C ATOM 1392 C LEU 171 142.333 182.732 163.376 1.00 94.21 C ATOM 1393 O LEU 171 143.459 182.400 163.766 1.00 92.97 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.472 181.646 164.723 1.00 90.93 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.194 180.782 164.727 1.00 83.50 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 138.677 180.617 166.158 1.00 76.46 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.075 181.382 163.874 1.00 76.56 C ATOM 1398 N ALA 172 142.037 183.959 162.952 1.00 93.82 N ATOM 1399 CA ALA 172 142.962 185.075 163.077 1.00 94.62 C ATOM 1400 C ALA 172 143.286 185.331 164.563 1.00 95.38 C ATOM 1401 O ALA 172 142.410 185.152 165.416 1.00 93.55 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.361 186.308 162.397 1.00 93.90 C ATOM 1403 N PRO 173 144.524 185.720 164.896 1.00 95.18 N ATOM 1404 CA PRO 173 144.880 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1.00 93.05 O ATOM 1422 N GLY 175 143.073 190.965 167.794 1.00 93.57 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.619 192.202 167.233 1.00 94.00 C ATOM 1424 C GLY 175 143.723 192.210 165.711 1.00 95.66 C ATOM 1425 O GLY 175 143.989 193.252 165.118 1.00 94.03 O ATOM 1426 N TYR 176 143.523 191.056 165.066 1.00 95.75 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.556 190.921 163.612 1.00 95.94 C ATOM 1428 C TYR 176 142.300 190.236 163.069 1.00 95.91 C ATOM 1429 O TYR 176 141.726 189.348 163.692 1.00 94.72 O ATOM 1430 CB TYR 176 144.790 190.142 163.172 1.00 95.97 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.110 190.844 163.403 1.00 96.56 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.534 191.852 162.518 1.00 93.96 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 146.929 190.476 164.483 1.00 93.79 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.774 192.488 162.703 1.00 93.55 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.167 191.105 164.674 1.00 93.82 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.599 192.116 163.784 1.00 95.94 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.795 192.721 163.962 1.00 95.11 O ATOM 1438 N GLN 177 141.961 190.576 161.831 1.00 95.91 N ATOM 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