####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS286_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS286_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 23 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 29 118 122 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 55 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 85 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 107 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 45 72 90 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 14 85 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 26 115 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 80 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 52 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 85 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 37 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 34 121 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 10 35 114 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 18 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 78 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 56 93 122 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 121 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 87.41 92.59 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.48 0.62 0.72 0.75 0.83 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.93 0.93 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.192 0 0.055 0.055 0.558 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.546 0 0.000 0.157 0.931 86.364 83.838 0.931 LGA W 167 W 167 0.583 0 0.193 0.177 0.652 90.909 90.909 0.629 LGA I 168 I 168 0.358 0 0.111 0.135 1.285 86.364 80.000 1.285 LGA S 169 S 169 0.782 0 0.565 0.583 2.729 68.182 70.000 1.268 LGA G 170 G 170 1.274 0 0.033 0.033 1.527 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.818 0 0.057 1.354 5.771 73.636 49.545 3.338 LGA A 172 A 172 0.689 0 0.033 0.039 0.828 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.632 0 0.029 0.066 0.661 81.818 84.416 0.608 LGA Y 174 Y 174 0.573 0 0.029 0.195 1.201 86.364 81.970 1.201 LGA G 175 G 175 0.141 0 0.039 0.039 0.247 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.168 0 0.000 0.147 0.521 100.000 98.485 0.454 LGA Q 177 Q 177 0.302 0 0.069 0.267 0.729 100.000 95.960 0.695 LGA L 178 L 178 0.329 0 0.089 0.129 1.743 90.909 80.455 1.743 LGA N 179 N 179 1.586 0 0.177 0.787 5.434 52.273 31.591 5.434 LGA K 180 K 180 4.192 0 0.248 0.948 13.568 14.091 6.263 13.568 LGA K 181 K 181 1.789 0 0.334 0.934 9.759 58.182 27.273 9.759 LGA T 182 T 182 1.225 0 0.019 1.148 3.829 65.455 60.519 3.829 LGA S 183 S 183 0.887 0 0.120 0.108 1.282 73.636 70.909 1.251 LGA K 184 K 184 1.044 0 0.064 0.800 2.728 73.636 63.232 2.728 LGA L 185 L 185 0.511 0 0.057 0.095 0.884 81.818 84.091 0.598 LGA D 186 D 186 0.352 0 0.034 0.150 0.889 100.000 93.182 0.501 LGA P 187 P 187 0.429 0 0.000 0.376 0.744 90.909 89.610 0.687 LGA V 188 V 188 0.571 0 0.000 0.037 0.819 81.818 81.818 0.620 LGA E 189 E 189 0.325 0 0.035 0.222 1.265 100.000 90.101 0.656 LGA D 190 D 190 0.087 0 0.058 0.086 0.263 100.000 100.000 0.263 LGA E 191 E 191 0.197 0 0.006 0.049 0.279 100.000 100.000 0.162 LGA A 192 A 192 0.265 0 0.035 0.033 0.343 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.226 0 0.047 0.115 0.748 100.000 97.980 0.748 LGA V 194 V 194 0.273 0 0.000 0.044 0.423 100.000 100.000 0.423 LGA V 195 V 195 0.309 0 0.012 0.046 0.334 100.000 100.000 0.268 LGA Q 196 Q 196 0.287 0 0.023 0.230 0.840 100.000 93.939 0.772 LGA L 197 L 197 0.304 0 0.031 0.067 0.446 100.000 100.000 0.446 LGA I 198 I 198 0.221 0 0.055 0.088 0.384 100.000 100.000 0.384 LGA F 199 F 199 0.170 0 0.000 0.099 0.360 100.000 100.000 0.239 LGA N 200 N 200 0.157 0 0.061 0.915 2.178 100.000 86.136 1.635 LGA I 201 I 201 0.203 0 0.042 0.039 0.597 100.000 97.727 0.597 LGA F 202 F 202 0.218 0 0.010 0.067 0.398 100.000 100.000 0.307 LGA L 203 L 203 0.129 0 0.093 0.167 0.667 95.455 97.727 0.187 LGA N 204 N 204 0.250 0 0.031 0.174 1.098 100.000 88.864 0.915 LGA G 205 G 205 0.559 0 0.045 0.045 0.660 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.360 0 0.067 0.133 0.900 86.364 88.636 0.900 LGA N 207 N 207 0.711 0 0.000 0.085 1.105 81.818 77.727 1.078 LGA G 208 G 208 0.534 0 0.030 0.030 0.769 81.818 81.818 - LGA K 209 K 209 0.772 0 0.087 0.276 2.561 81.818 67.071 2.561 LGA D 210 D 210 1.020 0 0.149 0.862 2.206 77.727 62.955 2.044 LGA Y 211 Y 211 1.266 0 0.088 0.485 1.921 65.455 63.030 1.921 LGA S 212 S 212 1.897 0 0.658 0.806 5.676 48.636 34.242 5.676 LGA Y 213 Y 213 3.252 0 0.156 1.055 14.505 33.636 11.212 14.505 LGA A 215 A 215 0.941 0 0.153 0.164 2.024 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.524 0 0.000 0.106 0.751 86.364 84.091 0.751 LGA A 217 A 217 0.548 0 0.052 0.069 0.571 86.364 85.455 - LGA S 218 S 218 0.666 0 0.029 0.110 1.483 86.364 82.121 1.483 LGA H 219 H 219 0.487 0 0.022 0.155 0.778 95.455 87.273 0.778 LGA L 220 L 220 0.484 0 0.021 0.071 0.544 90.909 95.455 0.379 LGA T 221 T 221 0.450 0 0.000 0.028 0.518 95.455 97.403 0.379 LGA N 222 N 222 0.479 0 0.034 0.143 0.786 90.909 88.636 0.786 LGA L 223 L 223 0.691 0 0.038 0.106 0.862 81.818 81.818 0.701 LGA Q 224 Q 224 0.578 0 0.046 0.276 1.213 81.818 80.000 0.706 LGA I 225 I 225 0.509 0 0.050 0.076 0.617 95.455 90.909 0.484 LGA P 226 P 226 0.413 0 0.045 0.058 0.751 95.455 89.610 0.751 LGA T 227 T 227 0.383 0 0.046 0.071 0.700 95.455 94.805 0.700 LGA P 228 P 228 0.606 0 0.052 0.060 0.741 81.818 84.416 0.580 LGA S 229 S 229 0.985 0 0.071 0.112 1.085 81.818 76.364 1.085 LGA G 230 G 230 0.956 0 0.073 0.073 1.072 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.572 0 0.018 0.502 1.619 90.909 78.788 1.251 LGA K 232 K 232 0.525 0 0.107 0.190 1.100 81.818 80.000 1.100 LGA R 233 R 233 0.500 0 0.088 1.126 5.736 90.909 47.603 4.146 LGA W 234 W 234 0.266 0 0.070 0.139 0.663 100.000 93.506 0.541 LGA N 235 N 235 0.558 0 0.027 0.420 1.984 86.364 76.136 1.984 LGA Q 236 Q 236 0.667 0 0.019 0.775 2.945 81.818 61.212 2.916 LGA Y 237 Y 237 0.584 0 0.101 0.213 1.338 86.364 80.606 1.338 LGA T 238 T 238 0.203 0 0.045 0.109 0.545 100.000 97.403 0.545 LGA I 239 I 239 0.242 0 0.073 0.160 0.444 100.000 100.000 0.444 LGA K 240 K 240 0.553 0 0.030 0.179 3.398 95.455 66.465 3.398 LGA A 241 A 241 0.437 0 0.064 0.075 0.625 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.387 0 0.018 0.070 0.436 100.000 100.000 0.420 LGA L 243 L 243 0.395 0 0.037 0.074 0.672 95.455 97.727 0.352 LGA Q 244 Q 244 0.356 0 0.103 0.273 1.219 100.000 92.121 0.824 LGA N 245 N 245 0.307 0 0.015 0.109 0.703 100.000 97.727 0.372 LGA E 246 E 246 0.362 0 0.033 0.565 2.204 100.000 85.455 1.356 LGA V 247 V 247 0.301 0 0.032 0.058 0.437 100.000 100.000 0.437 LGA Y 248 Y 248 0.321 0 0.045 0.113 1.290 100.000 86.667 1.290 LGA I 249 I 249 0.393 0 0.019 0.054 0.608 95.455 97.727 0.430 LGA G 250 G 250 0.222 0 0.034 0.034 0.222 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.304 0 0.071 0.086 0.483 100.000 100.000 0.193 LGA V 252 V 252 0.300 0 0.036 0.131 0.827 95.455 94.805 0.827 LGA K 253 K 253 0.282 0 0.045 0.107 0.447 100.000 100.000 0.348 LGA Y 254 Y 254 0.409 0 0.024 0.267 2.530 100.000 72.879 2.530 LGA K 255 K 255 0.648 0 0.078 0.174 1.651 81.818 74.747 1.651 LGA V 256 V 256 0.875 0 0.027 0.041 0.981 81.818 81.818 0.883 LGA R 257 R 257 0.816 0 0.046 1.049 5.177 81.818 53.554 3.020 LGA E 258 E 258 0.931 0 0.091 0.587 2.885 70.000 52.323 2.660 LGA K 259 K 259 1.894 0 0.051 0.131 2.756 50.909 40.202 2.756 LGA T 260 T 260 1.747 0 0.026 0.072 2.066 47.727 49.091 1.729 LGA K 261 K 261 2.254 0 0.054 0.177 3.483 38.636 33.737 3.483 LGA D 262 D 262 2.135 0 0.057 1.043 3.500 38.182 33.409 3.307 LGA G 263 G 263 2.200 0 0.030 0.030 2.224 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.855 0 0.113 0.465 2.296 50.909 51.111 1.421 LGA R 265 R 265 1.658 0 0.051 1.024 5.407 58.182 41.653 5.407 LGA T 266 T 266 1.173 0 0.049 0.068 1.374 73.636 74.805 0.863 LGA I 267 I 267 0.817 0 0.022 0.092 1.397 81.818 77.727 1.397 LGA R 268 R 268 0.225 0 0.022 0.975 2.389 100.000 85.455 2.150 LGA P 269 P 269 0.482 0 0.054 0.057 0.563 90.909 92.208 0.333 LGA E 270 E 270 0.635 0 0.000 0.303 1.301 81.818 78.182 1.301 LGA K 271 K 271 0.889 0 0.095 0.723 5.084 81.818 49.697 5.084 LGA E 272 E 272 0.668 0 0.128 0.235 0.950 86.364 83.838 0.619 LGA Q 273 Q 273 0.195 0 0.049 0.085 0.381 100.000 100.000 0.294 LGA I 274 I 274 0.150 0 0.034 0.097 0.347 100.000 100.000 0.315 LGA V 275 V 275 0.257 0 0.064 0.141 0.745 95.455 97.403 0.284 LGA V 276 V 276 0.262 0 0.035 0.051 0.498 100.000 100.000 0.398 LGA Q 277 Q 277 0.129 0 0.052 0.677 3.190 100.000 81.616 3.190 LGA D 278 D 278 0.369 0 0.082 0.145 0.796 95.455 88.636 0.778 LGA A 279 A 279 0.180 0 0.048 0.046 0.335 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.348 0 0.028 0.148 0.577 100.000 98.182 0.415 LGA A 281 A 281 0.452 0 0.046 0.044 0.602 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.357 0 0.047 0.049 0.572 100.000 92.208 0.572 LGA I 283 I 283 0.294 0 0.083 0.101 0.536 95.455 95.455 0.518 LGA I 284 I 284 0.206 0 0.028 0.079 0.299 100.000 100.000 0.153 LGA D 285 D 285 0.316 0 0.097 0.714 2.026 95.455 83.409 2.026 LGA K 286 K 286 0.350 0 0.000 0.256 1.700 100.000 90.505 1.700 LGA E 287 E 287 0.376 0 0.048 0.333 1.414 100.000 94.141 0.371 LGA Q 288 Q 288 0.425 0 0.022 0.438 2.975 100.000 72.323 2.975 LGA F 289 F 289 0.260 0 0.033 0.127 0.310 100.000 100.000 0.214 LGA Q 290 Q 290 0.375 0 0.056 1.281 4.335 100.000 64.646 3.784 LGA Q 291 Q 291 0.307 0 0.049 0.090 0.497 100.000 100.000 0.489 LGA S 292 S 292 0.123 0 0.102 0.694 2.176 100.000 89.697 2.176 LGA Q 293 Q 293 0.229 0 0.023 0.256 0.759 100.000 97.980 0.759 LGA V 294 V 294 0.494 0 0.042 0.074 1.019 100.000 89.870 1.019 LGA K 295 K 295 0.356 0 0.049 0.328 0.853 100.000 97.980 0.853 LGA I 296 I 296 0.491 0 0.026 0.082 1.219 95.455 86.591 0.982 LGA A 297 A 297 0.513 0 0.082 0.085 0.774 90.909 89.091 - LGA N 298 N 298 0.581 0 0.109 0.212 2.502 71.364 56.591 2.039 LGA K 299 K 299 2.959 0 0.405 0.714 12.052 45.000 20.202 12.052 LGA V 300 V 300 1.691 0 0.156 0.135 4.085 51.364 34.286 3.906 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.909 0.879 1.800 86.774 80.545 66.356 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 96.111 98.054 13.383 LGA_LOCAL RMSD: 0.909 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.909 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.909 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.408482 * X + 0.323036 * Y + 0.853692 * Z + 156.733643 Y_new = 0.060868 * X + -0.942839 * Y + 0.327644 * Z + 152.636353 Z_new = 0.910735 * X + -0.081874 * Y + -0.404795 * Z + 140.102005 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.147922 -1.145059 -2.942025 [DEG: 8.4753 -65.6071 -168.5656 ] ZXZ: 1.937257 1.987551 1.660454 [DEG: 110.9966 113.8783 95.1370 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS286_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS286_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 98.054 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS286_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 154.243 184.870 153.593 1.00 85.18 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.647 185.642 154.668 1.00 85.18 C ATOM 2719 C GLY 165 152.157 185.401 154.805 1.00 85.18 C ATOM 2720 O GLY 165 151.485 186.098 155.568 1.00 85.18 O ATOM 2724 N LYS 166 151.613 184.427 154.071 1.00 85.72 N ATOM 2725 CA LYS 166 150.194 184.157 154.172 1.00 85.72 C ATOM 2726 C LYS 166 149.883 183.413 155.452 1.00 85.72 C ATOM 2727 O LYS 166 150.690 182.629 155.963 1.00 85.72 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.691 183.404 152.942 1.00 85.72 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.712 184.254 151.659 1.00 85.72 C ATOM 2730 CD LYS 166 149.219 183.488 150.421 1.00 85.72 C ATOM 2731 CE LYS 166 149.087 184.418 149.199 1.00 85.72 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.543 183.706 147.996 1.00 85.72 N ATOM 2746 N TRP 167 148.708 183.680 155.981 1.00 87.64 N ATOM 2747 CA TRP 167 148.229 183.008 157.157 1.00 87.64 C ATOM 2748 C TRP 167 147.455 181.784 156.694 1.00 87.64 C ATOM 2749 O TRP 167 146.356 181.883 156.150 1.00 87.64 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.358 183.976 157.949 1.00 87.64 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.817 183.442 159.215 1.00 87.64 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.599 182.876 159.404 1.00 87.64 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.472 183.411 160.490 1.00 87.64 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.452 182.505 160.690 1.00 87.64 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 146.581 182.819 161.381 1.00 87.64 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 148.728 183.828 160.942 1.00 87.64 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.896 182.615 162.700 1.00 87.64 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 149.053 183.629 162.270 1.00 87.64 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 148.161 183.034 163.127 1.00 87.64 C ATOM 2770 N ILE 168 148.061 180.623 156.906 1.00 82.79 N ATOM 2771 CA ILE 168 147.534 179.342 156.443 1.00 82.79 C ATOM 2772 C ILE 168 146.948 178.561 157.621 1.00 82.79 C ATOM 2773 O ILE 168 146.409 177.459 157.484 1.00 82.79 O ATOM 2774 CB ILE 168 148.664 178.609 155.689 1.00 82.79 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 149.144 179.494 154.461 1.00 82.79 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 148.275 177.249 155.221 1.00 82.79 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 148.075 179.863 153.408 1.00 82.79 C ATOM 2789 N SER 169 147.092 179.168 158.771 1.00 80.07 N ATOM 2790 CA SER 169 146.661 178.696 160.065 1.00 80.07 C ATOM 2791 C SER 169 145.181 179.011 160.292 1.00 80.07 C ATOM 2792 O SER 169 144.534 179.593 159.422 1.00 80.07 O ATOM 2793 CB SER 169 147.539 179.312 161.104 1.00 80.07 C ATOM 2794 OG SER 169 148.851 178.911 160.902 1.00 80.07 O ATOM 2800 N GLY 170 144.644 178.581 161.440 1.00 75.74 N ATOM 2801 CA 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