####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS286_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS286_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 36 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 23 102 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 32 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 104 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 44 61 124 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 86 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 32 109 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 80 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 69 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 85 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 73 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 84 121 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 23 75 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 113 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 83.70 91.11 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.47 0.65 0.73 0.77 0.87 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.238 0 0.030 0.030 0.676 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.757 0 0.000 0.172 0.795 81.818 83.838 0.730 LGA W 167 W 167 0.676 0 0.238 0.183 1.037 86.364 83.377 1.037 LGA I 168 I 168 0.617 0 0.120 0.650 1.787 77.727 75.909 1.787 LGA S 169 S 169 1.600 0 0.589 0.779 4.363 46.364 38.182 4.363 LGA G 170 G 170 1.465 0 0.021 0.021 1.642 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 1.137 0 0.067 1.341 6.283 65.455 41.818 3.781 LGA A 172 A 172 0.591 0 0.043 0.048 0.845 81.818 85.455 - LGA P 173 P 173 0.437 0 0.037 0.072 0.507 90.909 94.805 0.500 LGA Y 174 Y 174 0.477 0 0.029 0.194 1.151 90.909 85.000 1.151 LGA G 175 G 175 0.119 0 0.044 0.044 0.251 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.143 0 0.000 0.142 0.562 100.000 95.455 0.562 LGA Q 177 Q 177 0.409 0 0.090 0.116 0.514 100.000 97.980 0.490 LGA L 178 L 178 0.373 0 0.067 0.158 1.758 82.273 78.182 1.758 LGA N 179 N 179 1.693 0 0.174 0.816 5.681 51.364 30.000 5.681 LGA K 180 K 180 3.973 0 0.239 0.940 13.254 18.182 8.081 13.254 LGA K 181 K 181 1.758 0 0.348 0.924 9.796 58.182 28.485 9.796 LGA T 182 T 182 1.354 0 0.012 1.146 3.833 61.818 58.442 3.833 LGA S 183 S 183 0.896 0 0.110 0.103 1.306 73.636 70.909 1.306 LGA K 184 K 184 1.000 0 0.055 0.759 2.470 73.636 64.444 2.470 LGA L 185 L 185 0.467 0 0.057 0.079 0.828 86.364 86.364 0.555 LGA D 186 D 186 0.363 0 0.033 0.161 0.904 100.000 95.455 0.355 LGA P 187 P 187 0.374 0 0.000 0.364 0.795 95.455 92.208 0.795 LGA V 188 V 188 0.511 0 0.012 0.043 0.783 86.364 84.416 0.618 LGA E 189 E 189 0.301 0 0.033 0.220 1.286 100.000 90.101 0.647 LGA D 190 D 190 0.084 0 0.051 0.087 0.260 100.000 100.000 0.260 LGA E 191 E 191 0.152 0 0.007 0.056 0.247 100.000 100.000 0.118 LGA A 192 A 192 0.242 0 0.039 0.038 0.329 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.224 0 0.051 0.117 0.724 100.000 97.980 0.724 LGA V 194 V 194 0.227 0 0.000 0.045 0.362 100.000 100.000 0.362 LGA V 195 V 195 0.286 0 0.021 0.044 0.314 100.000 100.000 0.178 LGA Q 196 Q 196 0.286 0 0.030 0.231 0.785 100.000 93.939 0.717 LGA L 197 L 197 0.293 0 0.024 0.064 0.403 100.000 100.000 0.403 LGA I 198 I 198 0.224 0 0.049 0.085 0.396 100.000 100.000 0.384 LGA F 199 F 199 0.181 0 0.000 0.101 0.382 100.000 100.000 0.204 LGA N 200 N 200 0.196 0 0.065 0.959 2.318 100.000 86.136 1.672 LGA I 201 I 201 0.227 0 0.040 0.035 0.587 100.000 97.727 0.587 LGA F 202 F 202 0.225 0 0.000 0.071 0.427 100.000 100.000 0.332 LGA L 203 L 203 0.119 0 0.089 0.157 0.571 95.455 97.727 0.150 LGA N 204 N 204 0.161 0 0.043 0.186 1.032 100.000 91.136 0.930 LGA G 205 G 205 0.459 0 0.046 0.046 0.603 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.320 0 0.068 0.126 0.826 90.909 88.636 0.826 LGA N 207 N 207 0.625 0 0.000 0.085 0.967 86.364 84.091 0.902 LGA G 208 G 208 0.728 0 0.029 0.029 1.203 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.985 0 0.087 0.312 2.638 77.727 63.434 2.638 LGA D 210 D 210 1.236 0 0.125 0.837 1.949 73.636 67.727 1.494 LGA Y 211 Y 211 1.381 0 0.091 0.552 1.800 65.455 61.818 1.580 LGA S 212 S 212 2.001 0 0.655 0.809 5.763 41.818 29.697 5.763 LGA Y 213 Y 213 3.250 0 0.164 1.064 14.513 33.636 11.212 14.513 LGA A 215 A 215 1.091 0 0.155 0.165 2.169 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.589 0 0.000 0.112 0.778 81.818 81.818 0.778 LGA A 217 A 217 0.539 0 0.052 0.068 0.570 86.364 85.455 - LGA S 218 S 218 0.724 0 0.023 0.108 1.583 86.364 76.970 1.583 LGA H 219 H 219 0.480 0 0.028 0.152 0.738 95.455 87.273 0.738 LGA L 220 L 220 0.401 0 0.000 0.071 0.423 100.000 100.000 0.334 LGA T 221 T 221 0.386 0 0.000 0.024 0.450 100.000 100.000 0.361 LGA N 222 N 222 0.424 0 0.043 0.147 0.756 95.455 90.909 0.756 LGA L 223 L 223 0.625 0 0.031 0.105 0.815 86.364 84.091 0.677 LGA Q 224 Q 224 0.458 0 0.050 0.288 1.090 90.909 86.061 0.746 LGA I 225 I 225 0.432 0 0.059 0.090 0.577 100.000 97.727 0.454 LGA P 226 P 226 0.329 0 0.036 0.054 0.676 100.000 94.805 0.676 LGA T 227 T 227 0.327 0 0.041 0.073 0.599 100.000 97.403 0.599 LGA P 228 P 228 0.528 0 0.053 0.062 0.634 86.364 89.610 0.480 LGA S 229 S 229 0.849 0 0.070 0.107 0.885 81.818 81.818 0.885 LGA G 230 G 230 0.832 0 0.077 0.077 1.040 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.414 0 0.022 0.487 1.347 95.455 84.444 1.170 LGA K 232 K 232 0.408 0 0.202 0.267 1.321 86.818 88.081 0.731 LGA R 233 R 233 0.402 0 0.099 1.125 5.809 95.455 50.909 4.184 LGA W 234 W 234 0.334 0 0.068 0.137 0.665 100.000 94.805 0.456 LGA N 235 N 235 0.544 0 0.021 0.422 2.022 90.909 78.864 2.022 LGA Q 236 Q 236 0.583 0 0.013 0.753 2.672 86.364 66.465 2.672 LGA Y 237 Y 237 0.387 0 0.105 0.202 1.024 95.455 89.545 1.024 LGA T 238 T 238 0.149 0 0.046 0.106 0.564 100.000 97.403 0.564 LGA I 239 I 239 0.187 0 0.065 0.151 0.395 100.000 100.000 0.395 LGA K 240 K 240 0.403 0 0.012 0.162 2.748 100.000 73.737 2.748 LGA A 241 A 241 0.317 0 0.069 0.080 0.497 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.362 0 0.021 0.072 0.421 100.000 100.000 0.362 LGA L 243 L 243 0.372 0 0.025 0.065 0.618 95.455 97.727 0.338 LGA Q 244 Q 244 0.358 0 0.102 0.260 1.349 100.000 86.263 1.003 LGA N 245 N 245 0.281 0 0.016 0.127 1.040 100.000 93.409 0.419 LGA E 246 E 246 0.293 0 0.032 0.567 2.128 100.000 83.838 1.633 LGA V 247 V 247 0.250 0 0.033 0.053 0.416 100.000 100.000 0.382 LGA Y 248 Y 248 0.331 0 0.050 0.100 1.075 100.000 91.061 1.075 LGA I 249 I 249 0.353 0 0.025 0.055 0.567 95.455 97.727 0.363 LGA G 250 G 250 0.161 0 0.034 0.034 0.199 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.403 0 0.071 0.088 0.582 95.455 94.805 0.333 LGA V 252 V 252 0.356 0 0.039 0.133 0.871 95.455 94.805 0.871 LGA K 253 K 253 0.041 0 0.036 0.035 0.703 100.000 95.960 0.703 LGA Y 254 Y 254 0.679 0 0.013 0.216 2.216 90.909 70.606 2.216 LGA K 255 K 255 0.843 0 0.066 0.153 2.086 81.818 69.899 2.086 LGA V 256 V 256 0.934 0 0.045 0.060 1.145 77.727 79.481 0.937 LGA R 257 R 257 0.888 0 0.064 1.039 5.186 77.727 51.405 3.418 LGA E 258 E 258 0.835 0 0.077 0.588 2.899 70.000 52.323 2.745 LGA K 259 K 259 1.769 0 0.039 0.129 2.240 54.545 46.869 2.174 LGA T 260 T 260 1.800 0 0.044 0.068 2.114 47.727 49.091 1.807 LGA K 261 K 261 2.149 0 0.043 0.246 3.167 38.636 34.949 3.167 LGA D 262 D 262 2.187 0 0.030 0.309 2.384 41.364 44.773 2.254 LGA G 263 G 263 2.120 0 0.056 0.056 2.120 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.880 0 0.129 0.460 2.660 50.909 47.071 1.178 LGA R 265 R 265 1.396 0 0.060 0.989 4.994 65.455 47.273 4.994 LGA T 266 T 266 1.074 0 0.049 0.060 1.217 73.636 74.805 0.872 LGA I 267 I 267 0.735 0 0.021 0.089 1.400 90.909 82.273 1.400 LGA R 268 R 268 0.128 0 0.027 0.974 2.690 100.000 83.967 1.896 LGA P 269 P 269 0.736 0 0.046 0.050 0.850 86.364 84.416 0.760 LGA E 270 E 270 0.771 0 0.000 0.301 1.217 81.818 76.364 1.217 LGA K 271 K 271 1.125 0 0.090 0.713 5.193 69.545 44.242 5.193 LGA E 272 E 272 0.886 0 0.124 0.200 1.252 81.818 76.364 1.032 LGA Q 273 Q 273 0.329 0 0.050 0.093 0.542 95.455 97.980 0.363 LGA I 274 I 274 0.251 0 0.034 0.085 0.757 100.000 97.727 0.757 LGA V 275 V 275 0.149 0 0.061 0.139 0.753 95.455 97.403 0.385 LGA V 276 V 276 0.182 0 0.039 0.057 0.292 100.000 100.000 0.292 LGA Q 277 Q 277 0.091 0 0.056 0.669 3.063 100.000 81.616 3.063 LGA D 278 D 278 0.272 0 0.080 0.136 0.715 95.455 93.182 0.715 LGA A 279 A 279 0.100 0 0.039 0.040 0.228 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.268 0 0.038 0.160 0.555 100.000 98.182 0.392 LGA A 281 A 281 0.407 0 0.054 0.050 0.564 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.299 0 0.044 0.048 0.514 100.000 97.403 0.514 LGA I 283 I 283 0.237 0 0.087 0.107 0.552 100.000 97.727 0.552 LGA I 284 I 284 0.160 0 0.024 0.081 0.250 100.000 100.000 0.149 LGA D 285 D 285 0.274 0 0.076 0.207 1.143 95.455 88.864 1.143 LGA K 286 K 286 0.389 0 0.000 0.260 1.598 100.000 90.505 1.598 LGA E 287 E 287 0.397 0 0.048 0.335 1.327 100.000 94.141 0.412 LGA Q 288 Q 288 0.413 0 0.023 0.446 2.955 100.000 72.323 2.955 LGA F 289 F 289 0.259 0 0.032 0.141 0.451 100.000 100.000 0.353 LGA Q 290 Q 290 0.366 0 0.057 1.281 4.150 100.000 64.646 3.679 LGA Q 291 Q 291 0.277 0 0.056 0.100 0.551 100.000 97.980 0.551 LGA S 292 S 292 0.207 0 0.100 0.692 2.228 100.000 89.697 2.228 LGA Q 293 Q 293 0.228 0 0.022 0.240 0.761 100.000 97.980 0.761 LGA V 294 V 294 0.383 0 0.045 0.072 0.830 100.000 92.208 0.830 LGA K 295 K 295 0.366 0 0.053 0.316 0.763 95.455 95.960 0.763 LGA I 296 I 296 0.681 0 0.017 0.074 1.389 86.364 80.000 1.072 LGA A 297 A 297 0.476 0 0.078 0.080 0.695 95.455 92.727 - LGA N 298 N 298 0.793 0 0.125 0.137 2.585 65.000 55.000 1.610 LGA K 299 K 299 3.276 0 0.409 0.680 12.184 39.545 17.778 12.184 LGA V 300 V 300 2.150 0 0.165 0.165 4.154 33.182 22.857 3.837 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.931 0.911 1.798 86.613 80.671 66.417 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.000 97.599 13.088 LGA_LOCAL RMSD: 0.931 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.932 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.931 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.730085 * X + 0.030425 * Y + 0.682679 * Z + 153.949188 Y_new = 0.652753 * X + -0.264568 * Y + 0.709872 * Z + 151.098404 Z_new = 0.202213 * X + 0.963887 * Y + 0.173297 * Z + 138.979996 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.412059 -0.203617 1.392907 [DEG: 138.2008 -11.6664 79.8077 ] ZXZ: 2.375719 1.396620 0.206790 [DEG: 136.1187 80.0204 11.8482 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS286_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS286_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.599 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS286_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 154.326 184.731 153.573 1.00 85.58 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.725 185.403 154.710 1.00 85.58 C ATOM 2719 C GLY 165 152.228 185.180 154.839 1.00 85.58 C ATOM 2720 O GLY 165 151.560 185.925 155.556 1.00 85.58 O ATOM 2724 N LYS 166 151.673 184.188 154.135 1.00 86.31 N ATOM 2725 CA LYS 166 150.244 183.960 154.230 1.00 86.31 C ATOM 2726 C LYS 166 149.882 183.209 155.502 1.00 86.31 C ATOM 2727 O LYS 166 150.654 182.389 156.009 1.00 86.31 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.736 183.251 152.974 1.00 86.31 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.816 184.153 151.712 1.00 86.31 C ATOM 2730 CD LYS 166 149.305 183.475 150.422 1.00 86.31 C ATOM 2731 CE LYS 166 149.274 184.491 149.245 1.00 86.31 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.719 183.904 147.973 1.00 86.31 N ATOM 2746 N TRP 167 148.699 183.512 156.013 1.00 88.10 N ATOM 2747 CA TRP 167 148.144 182.852 157.170 1.00 88.10 C ATOM 2748 C TRP 167 147.414 181.611 156.678 1.00 88.10 C ATOM 2749 O TRP 167 146.461 181.695 155.904 1.00 88.10 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.195 183.803 157.877 1.00 88.10 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.590 183.270 159.112 1.00 88.10 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.333 182.778 159.256 1.00 88.10 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.205 183.177 160.402 1.00 88.10 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.122 182.392 160.535 1.00 88.10 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 146.256 182.622 161.260 1.00 88.10 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 148.470 183.519 160.893 1.00 88.10 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.526 182.387 162.587 1.00 88.10 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 148.745 183.284 162.223 1.00 88.10 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 147.800 182.730 163.048 1.00 88.10 C ATOM 2770 N ILE 168 147.905 180.460 157.107 1.00 83.47 N ATOM 2771 CA ILE 168 147.425 179.159 156.653 1.00 83.47 C ATOM 2772 C ILE 168 146.655 178.387 157.717 1.00 83.47 C ATOM 2773 O ILE 168 146.181 177.273 157.483 1.00 83.47 O ATOM 2774 CB ILE 168 148.653 178.401 156.122 1.00 83.47 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 149.129 179.159 154.884 1.00 83.47 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 148.374 176.911 155.798 1.00 83.47 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 150.432 178.773 154.436 1.00 83.47 C ATOM 2789 N SER 169 146.555 178.972 158.890 1.00 80.76 N ATOM 2790 CA SER 169 145.921 178.308 160.010 1.00 80.76 C ATOM 2791 C SER 169 144.448 178.652 160.167 1.00 80.76 C ATOM 2792 O SER 169 143.715 178.798 159.185 1.00 80.76 O ATOM 2793 CB SER 169 146.675 178.640 161.271 1.00 80.76 C ATOM 2794 OG SER 169 146.178 177.922 162.358 1.00 80.76 O ATOM 2800 N GLY 170 144.004 178.720 161.412 1.00 76.40 N ATOM 2801 CA 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