####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS286_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS286_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 109 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 43 109 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 45 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 56 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 58 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 43 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 25 89 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 29 56 84 117 122 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 19 89 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 39 106 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 56 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 43 108 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 73 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 61 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 73 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 16 108 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 49 108 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 36 108 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 36 108 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 14 105 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 4 29 111 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 36 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 48 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 72 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 49 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 27 111 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 85 122 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 110 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 81.48 94.07 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.51 0.68 0.73 0.77 0.80 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.95 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.178 0 0.028 0.028 0.643 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.683 0 0.000 0.173 1.190 86.364 82.020 1.190 LGA W 167 W 167 0.661 0 0.214 0.178 0.753 86.364 89.610 0.753 LGA I 168 I 168 0.606 0 0.084 0.680 1.752 81.818 75.909 1.752 LGA S 169 S 169 1.136 0 0.563 0.590 2.924 60.000 59.394 1.843 LGA G 170 G 170 1.221 0 0.050 0.050 1.500 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.959 0 0.048 1.331 5.667 69.545 47.500 3.166 LGA A 172 A 172 0.932 0 0.038 0.041 1.031 77.727 78.545 - LGA P 173 P 173 0.892 0 0.029 0.223 0.947 81.818 81.818 0.697 LGA Y 174 Y 174 0.830 0 0.049 0.199 1.418 81.818 75.000 1.418 LGA G 175 G 175 0.367 0 0.033 0.033 0.429 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.411 0 0.000 0.216 0.708 100.000 93.939 0.395 LGA Q 177 Q 177 0.476 0 0.077 0.105 0.725 95.455 89.899 0.725 LGA L 178 L 178 0.479 0 0.088 0.151 1.755 90.909 80.455 1.755 LGA N 179 N 179 1.429 0 0.188 0.645 4.761 59.091 36.818 4.761 LGA K 180 K 180 4.305 0 0.255 0.938 13.471 14.091 6.263 13.471 LGA K 181 K 181 1.650 0 0.271 0.926 9.312 58.182 27.677 9.312 LGA T 182 T 182 1.316 0 0.036 1.140 3.931 61.818 58.442 3.931 LGA S 183 S 183 1.077 0 0.225 0.195 1.486 69.545 68.182 1.466 LGA K 184 K 184 1.277 0 0.035 0.818 2.306 73.636 64.444 2.306 LGA L 185 L 185 0.654 0 0.058 0.092 1.089 77.727 79.773 0.874 LGA D 186 D 186 0.613 0 0.039 0.184 0.975 81.818 84.091 0.471 LGA P 187 P 187 0.660 0 0.017 0.361 0.900 81.818 84.416 0.321 LGA V 188 V 188 0.622 0 0.000 0.044 1.042 81.818 79.481 0.764 LGA E 189 E 189 0.197 0 0.032 0.225 1.301 100.000 90.101 0.638 LGA D 190 D 190 0.144 0 0.054 0.088 0.282 100.000 100.000 0.282 LGA E 191 E 191 0.191 0 0.019 0.050 0.361 100.000 100.000 0.261 LGA A 192 A 192 0.269 0 0.045 0.041 0.327 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.150 0 0.053 0.111 0.607 100.000 97.980 0.607 LGA V 194 V 194 0.252 0 0.000 0.037 0.482 100.000 100.000 0.482 LGA V 195 V 195 0.286 0 0.029 0.055 0.330 100.000 100.000 0.330 LGA Q 196 Q 196 0.277 0 0.023 0.226 0.912 100.000 93.939 0.811 LGA L 197 L 197 0.302 0 0.028 0.063 0.416 100.000 100.000 0.416 LGA I 198 I 198 0.225 0 0.059 0.090 0.369 100.000 100.000 0.351 LGA F 199 F 199 0.222 0 0.000 0.101 0.341 100.000 100.000 0.192 LGA N 200 N 200 0.210 0 0.052 0.916 2.186 100.000 86.136 1.600 LGA I 201 I 201 0.176 0 0.043 0.043 0.509 100.000 97.727 0.509 LGA F 202 F 202 0.233 0 0.000 0.058 0.514 100.000 98.347 0.369 LGA L 203 L 203 0.330 0 0.104 0.169 0.904 100.000 93.182 0.786 LGA N 204 N 204 0.206 0 0.010 0.160 1.071 95.455 88.864 0.890 LGA G 205 G 205 0.777 0 0.033 0.033 0.790 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.654 0 0.091 0.131 1.210 77.727 77.955 1.179 LGA N 207 N 207 1.421 0 0.010 0.082 1.907 61.818 56.364 1.724 LGA G 208 G 208 1.216 0 0.027 0.027 1.216 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.321 0 0.051 0.626 1.580 69.545 69.293 1.068 LGA D 210 D 210 1.228 0 0.130 0.853 2.102 69.545 62.273 1.808 LGA Y 211 Y 211 1.585 0 0.108 0.575 2.257 54.545 54.697 1.934 LGA S 212 S 212 2.085 0 0.644 0.791 5.559 41.818 29.697 5.559 LGA Y 213 Y 213 3.334 0 0.146 1.038 14.470 33.636 11.212 14.470 LGA A 215 A 215 0.895 0 0.150 0.158 2.000 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.508 0 0.000 0.118 0.666 81.818 84.091 0.654 LGA A 217 A 217 0.601 0 0.048 0.066 0.635 86.364 85.455 - LGA S 218 S 218 0.652 0 0.000 0.109 1.486 90.909 85.152 1.486 LGA H 219 H 219 0.462 0 0.013 0.126 0.824 100.000 90.909 0.824 LGA L 220 L 220 0.481 0 0.020 0.076 0.517 95.455 97.727 0.416 LGA T 221 T 221 0.417 0 0.000 0.021 0.495 100.000 100.000 0.372 LGA N 222 N 222 0.451 0 0.037 0.140 0.738 90.909 88.636 0.738 LGA L 223 L 223 0.690 0 0.038 0.108 0.869 81.818 81.818 0.721 LGA Q 224 Q 224 0.520 0 0.043 0.271 1.065 81.818 80.000 0.757 LGA I 225 I 225 0.482 0 0.040 0.067 0.608 100.000 95.455 0.476 LGA P 226 P 226 0.364 0 0.044 0.054 0.684 95.455 89.610 0.684 LGA T 227 T 227 0.330 0 0.043 0.078 0.645 100.000 97.403 0.645 LGA P 228 P 228 0.441 0 0.141 0.186 0.441 100.000 100.000 0.370 LGA S 229 S 229 0.617 0 0.075 0.067 0.825 81.818 81.818 0.825 LGA G 230 G 230 0.748 0 0.071 0.071 1.132 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.413 0 0.028 0.513 1.486 100.000 86.465 1.338 LGA K 232 K 232 0.410 0 0.113 0.196 0.937 90.909 87.879 0.937 LGA R 233 R 233 0.415 0 0.088 1.132 5.843 95.455 50.909 4.204 LGA W 234 W 234 0.235 0 0.071 0.143 0.668 100.000 93.506 0.611 LGA N 235 N 235 0.486 0 0.009 0.404 1.752 95.455 84.773 1.752 LGA Q 236 Q 236 0.661 0 0.014 0.752 3.114 81.818 60.202 2.898 LGA Y 237 Y 237 0.602 0 0.092 0.244 1.592 86.364 75.303 1.592 LGA T 238 T 238 0.173 0 0.034 0.105 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA I 239 I 239 0.132 0 0.068 0.163 0.592 100.000 97.727 0.592 LGA K 240 K 240 0.483 0 0.025 0.185 3.386 100.000 71.515 3.386 LGA A 241 A 241 0.457 0 0.065 0.076 0.661 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.448 0 0.025 0.070 0.506 100.000 95.455 0.506 LGA L 243 L 243 0.410 0 0.037 0.070 0.623 95.455 97.727 0.368 LGA Q 244 Q 244 0.407 0 0.104 0.262 1.456 100.000 86.263 1.033 LGA N 245 N 245 0.302 0 0.006 0.095 0.509 100.000 97.727 0.344 LGA E 246 E 246 0.308 0 0.030 0.675 2.594 100.000 84.242 1.226 LGA V 247 V 247 0.334 0 0.028 0.051 0.563 100.000 94.805 0.563 LGA Y 248 Y 248 0.367 0 0.043 0.102 1.404 100.000 85.303 1.404 LGA I 249 I 249 0.318 0 0.026 0.054 0.543 95.455 97.727 0.281 LGA G 250 G 250 0.279 0 0.035 0.035 0.279 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.355 0 0.079 0.098 0.632 95.455 94.805 0.279 LGA V 252 V 252 0.280 0 0.046 0.139 0.853 95.455 94.805 0.809 LGA K 253 K 253 0.059 0 0.034 0.107 0.389 100.000 100.000 0.238 LGA Y 254 Y 254 0.870 0 0.025 0.185 2.853 81.818 59.545 2.853 LGA K 255 K 255 1.178 0 0.066 0.155 2.063 69.545 61.010 2.063 LGA V 256 V 256 1.151 0 0.053 0.064 1.372 65.455 65.455 1.140 LGA R 257 R 257 0.863 0 0.050 1.048 5.039 77.727 54.876 3.492 LGA E 258 E 258 1.042 0 0.029 0.312 2.048 69.545 64.242 2.048 LGA K 259 K 259 1.504 0 0.024 0.143 1.836 61.818 55.758 1.752 LGA T 260 T 260 1.350 0 0.000 0.040 1.535 61.818 63.377 1.339 LGA K 261 K 261 1.525 0 0.088 0.179 2.060 51.364 52.727 1.789 LGA D 262 D 262 1.591 0 0.032 0.322 1.697 54.545 58.409 1.619 LGA G 263 G 263 1.468 0 0.000 0.000 1.491 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.281 0 0.129 0.458 1.816 65.455 63.838 1.085 LGA R 265 R 265 1.210 0 0.033 0.991 4.992 65.455 51.240 4.992 LGA T 266 T 266 1.035 0 0.055 0.079 1.138 69.545 74.805 0.877 LGA I 267 I 267 1.054 0 0.027 0.093 1.145 73.636 71.591 1.136 LGA R 268 R 268 0.849 0 0.037 0.969 2.661 81.818 72.893 2.661 LGA P 269 P 269 0.368 0 0.028 0.042 0.759 95.455 92.208 0.701 LGA E 270 E 270 0.241 0 0.000 0.314 1.394 100.000 90.303 1.394 LGA K 271 K 271 0.848 0 0.096 0.754 6.042 81.818 48.687 6.042 LGA E 272 E 272 0.892 0 0.134 0.157 2.003 81.818 64.848 2.003 LGA Q 273 Q 273 0.652 0 0.060 0.097 0.780 81.818 81.818 0.602 LGA I 274 I 274 0.483 0 0.035 0.090 1.167 90.909 84.318 1.167 LGA V 275 V 275 0.138 0 0.056 0.133 0.642 95.455 97.403 0.337 LGA V 276 V 276 0.107 0 0.038 0.050 0.342 100.000 100.000 0.342 LGA Q 277 Q 277 0.092 0 0.056 0.676 3.205 100.000 79.596 3.205 LGA D 278 D 278 0.372 0 0.081 0.134 0.775 95.455 88.636 0.775 LGA A 279 A 279 0.215 0 0.045 0.044 0.434 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.434 0 0.032 0.163 0.692 100.000 98.182 0.484 LGA A 281 A 281 0.581 0 0.045 0.043 0.748 90.909 89.091 - LGA P 282 P 282 0.376 0 0.045 0.046 0.551 100.000 92.208 0.551 LGA I 283 I 283 0.369 0 0.081 0.103 0.608 95.455 93.182 0.602 LGA I 284 I 284 0.228 0 0.024 0.076 0.308 100.000 100.000 0.116 LGA D 285 D 285 0.290 0 0.098 0.730 2.013 95.455 81.136 2.013 LGA K 286 K 286 0.248 0 0.000 0.261 1.614 100.000 90.505 1.614 LGA E 287 E 287 0.327 0 0.053 0.336 1.457 100.000 94.141 0.351 LGA Q 288 Q 288 0.387 0 0.021 0.433 3.022 100.000 71.313 3.022 LGA F 289 F 289 0.179 0 0.032 0.131 0.358 100.000 100.000 0.293 LGA Q 290 Q 290 0.327 0 0.061 1.259 3.702 100.000 67.879 3.702 LGA Q 291 Q 291 0.223 0 0.055 0.077 0.484 100.000 100.000 0.484 LGA S 292 S 292 0.241 0 0.102 0.685 2.098 100.000 89.697 2.098 LGA Q 293 Q 293 0.320 0 0.027 0.245 0.684 100.000 97.980 0.684 LGA V 294 V 294 0.422 0 0.039 0.073 0.754 100.000 92.208 0.732 LGA K 295 K 295 0.260 0 0.043 0.287 0.710 95.455 95.960 0.710 LGA I 296 I 296 0.775 0 0.021 0.094 1.382 86.364 80.000 1.110 LGA A 297 A 297 0.776 0 0.076 0.077 1.072 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.321 0 0.058 0.166 1.578 79.091 74.318 1.291 LGA K 299 K 299 2.586 0 0.443 0.365 13.478 60.000 26.869 13.478 LGA V 300 V 300 2.934 0 0.115 0.131 6.257 38.636 22.338 6.257 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.927 0.881 1.810 86.061 80.023 66.005 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.630 97.651 13.140 LGA_LOCAL RMSD: 0.927 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.927 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.927 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.022401 * X + 0.614193 * Y + -0.788838 * Z + 158.240479 Y_new = 0.306738 * X + 0.746758 * Y + 0.590140 * Z + 152.035156 Z_new = 0.951530 * X + -0.255186 * Y + -0.171668 * Z + 135.651657 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.497897 -1.258174 -2.162977 [DEG: 85.8232 -72.0881 -123.9295 ] ZXZ: -2.213089 1.743319 1.832815 [DEG: -126.8006 99.8848 105.0126 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS286_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS286_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.651 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS286_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 154.194 184.969 153.391 1.00 85.28 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.601 185.600 154.554 1.00 85.28 C ATOM 2719 C GLY 165 152.117 185.298 154.702 1.00 85.28 C ATOM 2720 O GLY 165 151.425 185.975 155.464 1.00 85.28 O ATOM 2724 N LYS 166 151.596 184.304 153.968 1.00 86.52 N ATOM 2725 CA LYS 166 150.183 183.993 154.076 1.00 86.52 C ATOM 2726 C LYS 166 149.860 183.238 155.352 1.00 86.52 C ATOM 2727 O LYS 166 150.667 182.461 155.875 1.00 86.52 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.685 183.235 152.842 1.00 86.52 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.647 184.092 151.538 1.00 86.52 C ATOM 2730 CD LYS 166 149.126 183.283 150.328 1.00 86.52 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.898 184.159 149.079 1.00 86.52 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.392 183.342 147.915 1.00 86.52 N ATOM 2746 N TRP 167 148.663 183.490 155.853 1.00 87.52 N ATOM 2747 CA TRP 167 148.135 182.827 157.022 1.00 87.52 C ATOM 2748 C TRP 167 147.385 181.592 156.548 1.00 87.52 C ATOM 2749 O TRP 167 146.354 181.691 155.886 1.00 87.52 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.208 183.784 157.761 1.00 87.52 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.658 183.271 159.035 1.00 87.52 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.422 182.749 159.242 1.00 87.52 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.324 183.227 160.303 1.00 87.52 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.271 182.394 160.538 1.00 87.52 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 146.422 182.676 161.212 1.00 87.52 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 148.601 183.606 160.736 1.00 87.52 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.747 182.485 162.531 1.00 87.52 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 148.932 183.413 162.062 1.00 87.52 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 148.030 182.865 162.935 1.00 87.52 C ATOM 2770 N ILE 168 147.917 180.425 156.890 1.00 83.37 N ATOM 2771 CA ILE 168 147.384 179.142 156.434 1.00 83.37 C ATOM 2772 C ILE 168 146.685 178.420 157.575 1.00 83.37 C ATOM 2773 O ILE 168 146.045 177.381 157.391 1.00 83.37 O ATOM 2774 CB ILE 168 148.574 178.332 155.906 1.00 83.37 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 149.116 179.052 154.681 1.00 83.37 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 148.197 176.851 155.574 1.00 83.37 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 150.431 178.582 154.287 1.00 83.37 C ATOM 2789 N SER 169 146.846 179.001 158.738 1.00 80.06 N ATOM 2790 CA SER 169 146.337 178.531 160.002 1.00 80.06 C ATOM 2791 C SER 169 144.891 178.943 160.204 1.00 80.06 C ATOM 2792 O SER 169 144.286 179.568 159.331 1.00 80.06 O ATOM 2793 CB SER 169 147.239 179.005 161.110 1.00 80.06 C ATOM 2794 OG SER 169 148.502 178.429 160.964 1.00 80.06 O ATOM 2800 N GLY 170 144.323 178.512 161.325 1.00 74.62 N ATOM 2801 CA GLY 170 142.916 178.729 161.639 1.00 74.62 C ATOM 2802 C GLY 170 142.622 180.110 162.217 1.00 74.62 C ATOM 2803 O GLY 170 142.911 181.140 161.602 1.00 74.62 O ATOM 2807 N LEU 171 142.036 180.158 163.400 1.00 78.98 N ATOM 2808 CA LEU 171 141.641 181.447 163.940 1.00 78.98 C ATOM 2809 C LEU 171 142.829 182.373 164.115 1.00 78.98 C ATOM 2810 O LEU 171 143.892 181.962 164.580 1.00 78.98 O ATOM 2811 CB LEU 171 140.978 181.258 165.307 1.00 78.98 C ATOM 2812 CG LEU 171 139.627 180.504 165.336 1.00 78.98 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 139.242 180.250 166.786 1.00 78.98 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 138.535 181.326 164.630 1.00 78.98 C ATOM 2826 N ALA 172 142.630 183.628 163.731 1.00 84.41 N ATOM 2827 CA ALA 172 143.637 184.657 163.871 1.00 84.41 C ATOM 2828 C ALA 172 143.851 184.888 165.364 1.00 84.41 C ATOM 2829 O ALA 172 142.912 184.685 166.135 1.00 84.41 O ATOM 2830 CB ALA 172 143.181 185.935 163.179 1.00 84.41 C ATOM 2836 N PRO 173 145.057 185.279 165.803 1.00 87.11 N ATOM 2837 CA PRO 173 145.384 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