####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS286_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS286_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 9 33 110 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 4 70 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 33 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 18 109 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 57 93 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 77 115 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 63 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 67 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 45 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 75 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 70 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 29 113 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 113 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 17 112 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 36 107 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 27 85 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 36 118 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 58 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 81 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 68 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 52 113 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 36 113 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 8 100 118 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 37 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 85.19 93.33 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.47 0.62 0.70 0.73 0.85 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.91 0.90 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.372 0 0.028 0.028 0.485 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.534 0 0.000 0.162 1.577 95.455 82.626 1.577 LGA W 167 W 167 0.401 0 0.300 0.223 0.971 95.455 89.610 0.874 LGA I 168 I 168 0.498 0 0.081 0.087 1.109 86.364 82.045 1.109 LGA S 169 S 169 2.252 0 0.449 0.750 4.174 67.273 46.667 4.151 LGA G 170 G 170 1.963 0 0.165 0.165 1.963 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.011 0 0.128 1.321 5.844 69.545 47.500 3.365 LGA A 172 A 172 0.539 0 0.062 0.058 0.775 81.818 85.455 - LGA P 173 P 173 0.472 0 0.030 0.215 0.598 86.364 89.610 0.475 LGA Y 174 Y 174 0.551 0 0.043 0.189 1.363 86.364 77.879 1.363 LGA G 175 G 175 0.276 0 0.033 0.033 0.408 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.225 0 0.000 0.177 0.547 100.000 98.485 0.394 LGA Q 177 Q 177 0.495 0 0.061 0.095 0.726 100.000 89.899 0.710 LGA L 178 L 178 0.469 0 0.080 0.130 1.522 90.909 82.500 1.522 LGA N 179 N 179 1.407 0 0.178 0.794 5.240 62.273 38.182 5.240 LGA K 180 K 180 3.670 0 0.208 0.925 13.198 21.818 9.697 13.198 LGA K 181 K 181 1.833 0 0.348 0.929 9.990 65.909 30.707 9.990 LGA T 182 T 182 0.882 0 0.000 1.148 3.641 77.727 64.935 3.641 LGA S 183 S 183 0.791 0 0.087 0.080 1.161 82.273 76.667 1.125 LGA K 184 K 184 0.868 0 0.059 0.805 2.612 81.818 70.303 2.612 LGA L 185 L 185 0.369 0 0.054 0.098 0.828 90.909 93.182 0.506 LGA D 186 D 186 0.390 0 0.039 0.159 0.702 100.000 97.727 0.348 LGA P 187 P 187 0.507 0 0.015 0.364 0.722 86.364 87.013 0.641 LGA V 188 V 188 0.663 0 0.000 0.042 0.961 81.818 81.818 0.781 LGA E 189 E 189 0.360 0 0.028 0.221 1.289 100.000 90.101 0.648 LGA D 190 D 190 0.156 0 0.057 0.087 0.413 100.000 100.000 0.413 LGA E 191 E 191 0.207 0 0.022 0.058 0.246 100.000 100.000 0.226 LGA A 192 A 192 0.262 0 0.047 0.044 0.329 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.234 0 0.050 0.113 0.869 100.000 93.939 0.869 LGA V 194 V 194 0.278 0 0.014 0.053 0.457 100.000 100.000 0.457 LGA V 195 V 195 0.276 0 0.028 0.047 0.315 100.000 100.000 0.256 LGA Q 196 Q 196 0.319 0 0.030 0.229 0.948 100.000 93.939 0.884 LGA L 197 L 197 0.386 0 0.018 0.075 0.439 100.000 100.000 0.434 LGA I 198 I 198 0.327 0 0.054 0.083 0.498 100.000 100.000 0.431 LGA F 199 F 199 0.304 0 0.029 0.112 0.367 100.000 100.000 0.152 LGA N 200 N 200 0.286 0 0.051 0.952 2.176 100.000 86.136 1.792 LGA I 201 I 201 0.242 0 0.052 0.042 0.599 100.000 97.727 0.599 LGA F 202 F 202 0.361 0 0.023 0.070 0.580 100.000 96.694 0.389 LGA L 203 L 203 0.474 0 0.112 0.183 1.257 95.455 84.545 1.257 LGA N 204 N 204 0.223 0 0.027 0.182 1.098 100.000 89.091 1.032 LGA G 205 G 205 0.675 0 0.051 0.051 0.747 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.500 0 0.062 0.136 0.880 86.364 88.636 0.711 LGA N 207 N 207 0.831 0 0.000 0.093 1.185 77.727 73.636 1.039 LGA G 208 G 208 1.102 0 0.024 0.024 1.552 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.143 0 0.094 0.206 2.152 65.455 60.808 2.152 LGA D 210 D 210 1.192 0 0.036 0.820 2.895 65.455 55.455 2.895 LGA Y 211 Y 211 1.424 0 0.096 0.525 1.732 65.455 63.030 1.732 LGA S 212 S 212 2.225 0 0.659 0.807 6.058 41.818 28.788 6.058 LGA Y 213 Y 213 3.139 0 0.131 1.008 14.626 33.636 11.364 14.626 LGA A 215 A 215 0.860 0 0.146 0.151 1.898 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.537 0 0.000 0.109 0.741 90.909 86.364 0.741 LGA A 217 A 217 0.523 0 0.054 0.071 0.551 90.909 89.091 - LGA S 218 S 218 0.570 0 0.000 0.110 1.414 90.909 85.152 1.414 LGA H 219 H 219 0.324 0 0.028 0.142 0.613 100.000 92.727 0.613 LGA L 220 L 220 0.315 0 0.028 0.071 0.346 100.000 100.000 0.225 LGA T 221 T 221 0.271 0 0.000 0.023 0.331 100.000 100.000 0.260 LGA N 222 N 222 0.230 0 0.038 0.142 0.526 100.000 95.455 0.526 LGA L 223 L 223 0.439 0 0.035 0.108 0.624 100.000 95.455 0.469 LGA Q 224 Q 224 0.387 0 0.049 0.284 1.391 95.455 86.061 0.905 LGA I 225 I 225 0.251 0 0.046 0.071 0.412 100.000 100.000 0.296 LGA P 226 P 226 0.159 0 0.045 0.059 0.457 100.000 100.000 0.457 LGA T 227 T 227 0.262 0 0.038 0.063 0.444 100.000 100.000 0.444 LGA P 228 P 228 0.412 0 0.060 0.070 0.446 100.000 100.000 0.442 LGA S 229 S 229 0.602 0 0.064 0.107 0.872 81.818 81.818 0.872 LGA G 230 G 230 0.716 0 0.067 0.067 0.999 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.474 0 0.026 0.510 1.786 95.455 80.808 1.236 LGA K 232 K 232 0.561 0 0.098 0.175 1.378 81.818 78.182 1.378 LGA R 233 R 233 0.557 0 0.072 1.272 4.907 86.364 60.661 4.433 LGA W 234 W 234 0.263 0 0.078 0.134 0.492 100.000 100.000 0.301 LGA N 235 N 235 0.525 0 0.018 0.384 1.787 90.909 80.455 1.787 LGA Q 236 Q 236 0.459 0 0.010 0.692 2.940 100.000 75.556 2.441 LGA Y 237 Y 237 0.437 0 0.106 0.205 0.805 95.455 96.970 0.487 LGA T 238 T 238 0.309 0 0.049 0.103 0.683 100.000 97.403 0.683 LGA I 239 I 239 0.282 0 0.071 0.163 0.423 100.000 100.000 0.388 LGA K 240 K 240 0.480 0 0.029 0.215 3.414 100.000 71.515 3.414 LGA A 241 A 241 0.350 0 0.076 0.087 0.547 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.337 0 0.009 0.072 0.415 100.000 100.000 0.336 LGA L 243 L 243 0.349 0 0.024 0.061 0.538 95.455 97.727 0.405 LGA Q 244 Q 244 0.340 0 0.096 0.264 1.502 100.000 84.646 1.050 LGA N 245 N 245 0.201 0 0.007 0.130 0.893 100.000 97.727 0.334 LGA E 246 E 246 0.225 0 0.029 0.664 2.540 100.000 84.242 1.271 LGA V 247 V 247 0.221 0 0.031 0.053 0.410 100.000 100.000 0.410 LGA Y 248 Y 248 0.288 0 0.050 0.106 1.274 100.000 86.667 1.274 LGA I 249 I 249 0.229 0 0.027 0.055 0.450 100.000 100.000 0.227 LGA G 250 G 250 0.215 0 0.044 0.044 0.215 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.417 0 0.074 0.091 0.645 95.455 94.805 0.440 LGA V 252 V 252 0.408 0 0.046 0.140 0.997 90.909 89.610 0.964 LGA K 253 K 253 0.116 0 0.034 0.104 0.329 100.000 100.000 0.196 LGA Y 254 Y 254 0.539 0 0.027 0.228 1.904 90.909 75.758 1.904 LGA K 255 K 255 0.933 0 0.073 0.155 1.353 81.818 78.182 1.353 LGA V 256 V 256 1.105 0 0.053 0.066 1.339 65.455 65.455 1.044 LGA R 257 R 257 0.837 0 0.074 1.061 5.796 77.727 51.736 3.797 LGA E 258 E 258 0.659 0 0.074 0.577 2.811 77.727 57.778 2.721 LGA K 259 K 259 1.141 0 0.035 0.153 1.358 65.455 65.455 1.126 LGA T 260 T 260 1.193 0 0.007 0.033 1.362 65.455 65.455 1.268 LGA K 261 K 261 1.725 0 0.070 0.221 2.463 51.364 46.869 2.463 LGA D 262 D 262 2.068 0 0.027 0.309 2.397 44.545 46.364 2.397 LGA G 263 G 263 1.540 0 0.063 0.063 1.599 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.143 0 0.132 0.367 1.681 69.545 65.657 1.006 LGA R 265 R 265 0.907 0 0.063 0.891 4.412 77.727 53.554 4.412 LGA T 266 T 266 0.823 0 0.047 0.058 0.846 81.818 81.818 0.827 LGA I 267 I 267 0.934 0 0.000 0.085 1.054 81.818 77.727 1.008 LGA R 268 R 268 0.774 0 0.009 0.965 2.480 81.818 72.397 2.480 LGA P 269 P 269 0.577 0 0.043 0.050 0.697 86.364 84.416 0.697 LGA E 270 E 270 0.453 0 0.000 0.900 3.153 100.000 69.091 3.153 LGA K 271 K 271 0.501 0 0.075 0.694 3.163 90.909 68.081 3.060 LGA E 272 E 272 0.455 0 0.115 0.143 1.113 95.455 84.242 1.113 LGA Q 273 Q 273 0.592 0 0.046 0.078 0.672 81.818 81.818 0.658 LGA I 274 I 274 0.403 0 0.038 0.088 0.709 100.000 97.727 0.709 LGA V 275 V 275 0.375 0 0.058 0.137 0.612 100.000 97.403 0.472 LGA V 276 V 276 0.351 0 0.035 0.047 0.462 100.000 100.000 0.386 LGA Q 277 Q 277 0.288 0 0.056 0.679 3.415 100.000 79.596 3.415 LGA D 278 D 278 0.397 0 0.083 0.145 0.862 95.455 88.636 0.862 LGA A 279 A 279 0.053 0 0.046 0.046 0.352 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.376 0 0.033 0.162 0.665 100.000 98.182 0.468 LGA A 281 A 281 0.608 0 0.049 0.047 0.812 90.909 89.091 - LGA P 282 P 282 0.281 0 0.045 0.047 0.448 100.000 100.000 0.422 LGA I 283 I 283 0.338 0 0.083 0.105 0.601 95.455 95.455 0.601 LGA I 284 I 284 0.192 0 0.000 0.046 0.333 100.000 100.000 0.128 LGA D 285 D 285 0.165 0 0.061 0.178 0.789 100.000 97.727 0.789 LGA K 286 K 286 0.309 0 0.000 0.237 1.595 100.000 90.505 1.595 LGA E 287 E 287 0.515 0 0.076 0.473 2.509 95.455 80.000 0.935 LGA Q 288 Q 288 0.433 0 0.036 0.655 2.778 95.455 68.687 2.460 LGA F 289 F 289 0.173 0 0.023 0.094 0.414 100.000 100.000 0.366 LGA Q 290 Q 290 0.289 0 0.062 0.807 3.428 100.000 74.949 3.247 LGA Q 291 Q 291 0.210 0 0.042 0.090 0.474 100.000 100.000 0.474 LGA S 292 S 292 0.128 0 0.050 0.084 0.235 100.000 100.000 0.235 LGA Q 293 Q 293 0.302 0 0.000 0.208 0.623 100.000 95.960 0.623 LGA V 294 V 294 0.224 0 0.048 0.065 0.471 100.000 100.000 0.443 LGA K 295 K 295 0.448 0 0.066 0.230 0.829 90.909 87.879 0.496 LGA I 296 I 296 0.819 0 0.024 0.078 1.271 73.636 75.682 0.565 LGA A 297 A 297 1.076 0 0.087 0.089 1.724 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 1.127 0 0.067 0.157 2.668 53.182 72.045 0.323 LGA K 299 K 299 3.535 0 0.441 0.877 14.193 38.182 16.970 14.193 LGA V 300 V 300 1.919 0 0.165 0.160 4.405 44.545 28.571 4.385 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.893 0.835 1.789 87.845 81.749 68.678 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.370 97.882 13.594 LGA_LOCAL RMSD: 0.893 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.893 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.893 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.359613 * X + -0.683844 * Y + 0.634851 * Z + 153.945786 Y_new = 0.644345 * X + -0.674097 * Y + -0.361128 * Z + 147.560165 Z_new = 0.674906 * X + 0.279196 * Y + 0.683046 * Z + 141.566772 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.079842 -0.740838 0.388029 [DEG: 119.1662 -42.4469 22.2324 ] ZXZ: 1.053604 0.818872 1.178551 [DEG: 60.3671 46.9179 67.5260 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS286_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS286_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.882 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS286_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.964 184.817 153.252 1.00 86.98 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.453 185.598 154.363 1.00 86.98 C ATOM 2719 C GLY 165 151.967 185.401 154.594 1.00 86.98 C ATOM 2720 O GLY 165 151.340 186.203 155.289 1.00 86.98 O ATOM 2724 N LYS 166 151.363 184.382 153.970 1.00 88.40 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.942 184.173 154.147 1.00 88.40 C ATOM 2726 C LYS 166 149.638 183.481 155.451 1.00 88.40 C ATOM 2727 O LYS 166 150.431 182.690 155.971 1.00 88.40 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.352 183.385 152.975 1.00 88.40 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.347 184.160 151.645 1.00 88.40 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.746 183.340 150.485 1.00 88.40 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.587 184.195 149.217 1.00 88.40 C ATOM 2732 NZ LYS 166 147.953 183.430 148.073 1.00 88.40 N ATOM 2746 N TRP 167 148.471 183.784 155.982 1.00 90.34 N ATOM 2747 CA TRP 167 147.999 183.122 157.166 1.00 90.34 C ATOM 2748 C TRP 167 147.461 181.796 156.697 1.00 90.34 C ATOM 2749 O TRP 167 146.647 181.747 155.772 1.00 90.34 O ATOM 2750 CB TRP 167 146.912 183.947 157.817 1.00 90.34 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.394 183.367 159.060 1.00 90.34 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.183 182.771 159.257 1.00 90.34 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.084 183.302 160.307 1.00 90.34 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.074 182.347 160.541 1.00 90.34 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 146.236 182.657 161.205 1.00 90.34 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 148.351 183.731 160.731 1.00 90.34 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.609 182.422 162.503 1.00 90.34 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GLY 170 143.021 178.716 162.453 1.00 81.14 C ATOM 2802 C GLY 170 142.525 180.136 162.451 1.00 81.14 C ATOM 2803 O GLY 170 142.518 180.821 161.421 1.00 81.14 O ATOM 2807 N LEU 171 142.096 180.569 163.617 1.00 84.77 N ATOM 2808 CA LEU 171 141.553 181.889 163.790 1.00 84.77 C ATOM 2809 C LEU 171 142.679 182.871 163.765 1.00 84.77 C ATOM 2810 O LEU 171 143.800 182.536 164.134 1.00 84.77 O ATOM 2811 CB LEU 171 140.851 182.000 165.149 1.00 84.77 C ATOM 2812 CG LEU 171 139.603 181.129 165.381 1.00 84.77 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 139.201 181.228 166.851 1.00 84.77 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 138.462 181.637 164.496 1.00 84.77 C ATOM 2826 N ALA 172 142.412 184.074 163.303 1.00 87.93 N ATOM 2827 CA ALA 172 143.432 185.079 163.402 1.00 87.93 C ATOM 2828 C ALA 172 143.646 185.263 164.902 1.00 87.93 C ATOM 2829 O ALA 172 142.683 185.110 165.655 1.00 87.93 O ATOM 2830 CB ALA 172 142.991 186.357 162.731 1.00 87.93 C ATOM 2836 N PRO 173 144.860 185.563 165.371 1.00 89.92 N ATOM 2837 CA PRO 173 145.178 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