####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS274_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS274_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 27 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 98 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 24 104 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 46 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 67 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 20 105 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 10 16 111 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 13 110 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 69 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 53 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 27 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 66 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 78 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 64 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 65 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 37 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 37 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 30 105 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 14 107 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 20 58 123 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 62 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 16 111 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 38 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 10 98 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 49 120 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 117 128 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 86.67 94.81 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.50 0.62 0.67 0.72 0.81 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: D 262 D 262 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.594 0 0.080 0.080 0.686 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.385 0 0.041 0.105 0.940 90.909 89.899 0.940 LGA W 167 W 167 0.217 0 0.219 0.172 1.281 95.455 86.104 1.281 LGA I 168 I 168 0.981 0 0.196 1.526 3.792 81.818 62.273 2.740 LGA S 169 S 169 1.353 0 0.593 0.630 2.596 60.000 54.848 2.392 LGA G 170 G 170 1.466 0 0.150 0.150 1.806 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.927 0 0.087 1.334 5.399 77.727 51.591 3.006 LGA A 172 A 172 0.606 0 0.036 0.039 0.851 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.284 0 0.048 0.227 0.596 100.000 97.403 0.596 LGA Y 174 Y 174 0.566 0 0.018 0.158 1.405 86.364 79.242 1.405 LGA G 175 G 175 0.441 0 0.080 0.080 0.583 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.284 0 0.093 0.130 0.570 95.455 98.485 0.314 LGA Q 177 Q 177 0.456 0 0.069 0.332 1.705 95.455 81.212 1.684 LGA L 178 L 178 0.352 0 0.096 0.159 1.573 90.909 82.500 1.573 LGA N 179 N 179 1.331 0 0.165 0.733 5.129 59.091 35.682 5.129 LGA K 180 K 180 3.965 0 0.279 1.267 10.239 17.273 7.677 9.629 LGA K 181 K 181 1.255 0 0.463 1.162 11.503 73.636 34.747 11.503 LGA T 182 T 182 0.758 0 0.045 1.092 3.527 77.727 67.013 3.527 LGA S 183 S 183 0.818 0 0.110 0.098 1.094 78.182 76.667 0.994 LGA K 184 K 184 0.979 0 0.128 0.996 3.517 73.636 64.848 3.517 LGA L 185 L 185 0.215 0 0.064 0.102 0.643 95.455 95.455 0.571 LGA D 186 D 186 0.206 0 0.048 0.511 1.835 95.455 87.045 0.613 LGA P 187 P 187 0.451 0 0.000 0.038 0.772 90.909 89.610 0.596 LGA V 188 V 188 0.733 0 0.038 0.038 0.801 81.818 81.818 0.801 LGA E 189 E 189 0.704 0 0.065 0.194 0.905 81.818 83.838 0.489 LGA D 190 D 190 0.905 0 0.073 0.648 3.125 81.818 64.091 3.125 LGA E 191 E 191 0.546 0 0.010 0.402 2.029 90.909 83.030 2.029 LGA A 192 A 192 0.394 0 0.020 0.026 0.522 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.328 0 0.048 0.302 1.584 100.000 92.525 1.584 LGA V 194 V 194 0.368 0 0.015 0.078 0.492 100.000 100.000 0.492 LGA V 195 V 195 0.302 0 0.013 0.069 0.632 100.000 97.403 0.218 LGA Q 196 Q 196 0.364 0 0.048 0.375 2.045 100.000 81.818 1.654 LGA L 197 L 197 0.302 0 0.000 0.143 0.668 100.000 93.182 0.668 LGA I 198 I 198 0.189 0 0.076 0.169 0.549 100.000 97.727 0.178 LGA F 199 F 199 0.287 0 0.048 0.096 0.563 95.455 98.347 0.296 LGA N 200 N 200 0.435 0 0.024 0.525 1.343 100.000 91.364 1.343 LGA I 201 I 201 0.256 0 0.035 0.073 0.424 100.000 100.000 0.199 LGA F 202 F 202 0.199 0 0.048 0.067 0.636 100.000 93.388 0.627 LGA L 203 L 203 0.523 0 0.046 0.093 1.248 86.364 80.000 1.175 LGA N 204 N 204 0.556 0 0.066 0.278 1.369 90.909 80.227 1.369 LGA G 205 G 205 0.308 0 0.031 0.031 0.615 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.220 0 0.025 0.079 0.854 95.455 90.909 0.854 LGA N 207 N 207 0.860 0 0.000 0.676 3.478 81.818 65.909 1.044 LGA G 208 G 208 0.787 0 0.000 0.000 1.110 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.954 0 0.070 0.270 4.309 81.818 54.949 4.309 LGA D 210 D 210 0.887 0 0.054 0.783 2.182 81.818 68.864 2.182 LGA Y 211 Y 211 1.471 0 0.164 0.695 2.141 65.455 58.333 1.864 LGA S 212 S 212 2.119 0 0.636 0.796 5.682 41.818 29.697 5.682 LGA Y 213 Y 213 3.041 0 0.189 1.078 14.828 36.364 12.121 14.828 LGA A 215 A 215 0.867 0 0.211 0.221 2.014 95.455 84.000 - LGA I 216 I 216 0.278 0 0.000 0.232 0.652 100.000 93.182 0.597 LGA A 217 A 217 0.272 0 0.068 0.092 0.355 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.494 0 0.039 0.203 1.485 95.455 88.182 1.485 LGA H 219 H 219 0.245 0 0.046 0.147 0.587 95.455 92.727 0.587 LGA L 220 L 220 0.369 0 0.023 0.114 0.639 100.000 95.455 0.639 LGA T 221 T 221 0.139 0 0.048 0.051 0.374 100.000 100.000 0.153 LGA N 222 N 222 0.418 0 0.059 0.056 0.773 90.909 95.455 0.493 LGA L 223 L 223 0.670 0 0.050 0.199 1.280 81.818 79.773 0.635 LGA Q 224 Q 224 0.520 0 0.116 0.703 2.652 81.818 72.525 2.652 LGA I 225 I 225 0.536 0 0.055 0.116 0.622 81.818 88.636 0.160 LGA P 226 P 226 0.390 0 0.073 0.123 0.801 90.909 89.610 0.560 LGA T 227 T 227 0.348 0 0.050 0.505 1.287 90.909 84.935 1.287 LGA P 228 P 228 0.746 0 0.000 0.067 1.036 73.636 77.143 0.562 LGA S 229 S 229 1.278 0 0.251 0.243 1.671 73.636 66.061 1.504 LGA G 230 G 230 0.950 0 0.111 0.111 1.358 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.329 0 0.031 0.865 4.027 100.000 71.717 4.027 LGA K 232 K 232 0.224 0 0.144 1.094 6.735 95.455 63.434 6.735 LGA R 233 R 233 0.321 0 0.106 1.235 6.134 95.455 56.198 3.044 LGA W 234 W 234 0.382 0 0.045 0.192 0.960 90.909 88.312 0.930 LGA N 235 N 235 0.493 0 0.021 0.407 2.120 90.909 76.818 2.120 LGA Q 236 Q 236 0.671 0 0.000 0.931 3.539 86.364 60.404 3.539 LGA Y 237 Y 237 0.625 0 0.052 1.537 8.601 81.818 41.061 8.601 LGA T 238 T 238 0.364 0 0.020 0.084 0.547 95.455 97.403 0.373 LGA I 239 I 239 0.416 0 0.020 0.117 0.474 100.000 100.000 0.251 LGA K 240 K 240 0.639 0 0.020 0.761 2.690 86.364 75.960 2.690 LGA A 241 A 241 0.440 0 0.028 0.028 0.650 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.233 0 0.035 0.156 0.405 100.000 100.000 0.204 LGA L 243 L 243 0.167 0 0.099 0.134 0.698 95.455 97.727 0.293 LGA Q 244 Q 244 0.226 0 0.202 0.568 2.472 95.455 76.364 2.117 LGA N 245 N 245 0.087 0 0.032 0.076 0.372 100.000 100.000 0.110 LGA E 246 E 246 0.333 0 0.076 0.301 1.032 100.000 88.081 0.817 LGA V 247 V 247 0.177 0 0.020 0.102 0.384 100.000 100.000 0.346 LGA Y 248 Y 248 0.343 0 0.042 0.094 0.663 100.000 93.939 0.608 LGA I 249 I 249 0.102 0 0.047 0.070 0.381 100.000 100.000 0.381 LGA G 250 G 250 0.202 0 0.064 0.064 0.307 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.226 0 0.064 0.090 0.276 100.000 100.000 0.276 LGA V 252 V 252 0.267 0 0.061 0.128 0.813 95.455 92.208 0.813 LGA K 253 K 253 0.279 0 0.036 0.465 1.369 100.000 92.121 0.844 LGA Y 254 Y 254 0.549 0 0.023 0.339 2.175 95.455 71.212 2.175 LGA K 255 K 255 0.661 0 0.036 0.673 2.422 81.818 76.970 2.422 LGA V 256 V 256 0.862 0 0.080 0.099 0.960 81.818 81.818 0.754 LGA R 257 R 257 0.934 0 0.097 1.339 5.405 70.000 57.025 3.283 LGA E 258 E 258 1.014 0 0.088 0.276 2.932 69.545 54.141 2.932 LGA K 259 K 259 1.362 0 0.108 0.830 5.650 65.455 42.828 5.650 LGA T 260 T 260 1.310 0 0.049 0.371 1.959 58.182 57.143 1.793 LGA K 261 K 261 2.114 0 0.099 0.405 4.215 41.364 32.525 4.215 LGA D 262 D 262 1.866 0 0.161 0.648 2.386 50.909 47.727 2.386 LGA G 263 G 263 1.489 0 0.088 0.088 1.535 61.818 61.818 - LGA K 264 K 264 0.830 0 0.122 0.634 2.055 77.727 79.394 2.055 LGA R 265 R 265 1.133 0 0.107 0.999 7.170 65.909 36.198 7.170 LGA T 266 T 266 0.841 0 0.055 0.234 1.040 77.727 82.078 0.822 LGA I 267 I 267 0.756 0 0.068 0.160 0.894 81.818 81.818 0.858 LGA R 268 R 268 0.374 0 0.035 0.973 3.089 95.455 73.719 1.998 LGA P 269 P 269 0.323 0 0.034 0.070 0.495 100.000 100.000 0.376 LGA E 270 E 270 0.660 0 0.000 1.332 5.276 81.818 55.960 5.276 LGA K 271 K 271 0.934 0 0.062 1.293 8.250 81.818 47.879 8.250 LGA E 272 E 272 0.544 0 0.053 0.672 2.447 90.909 79.394 1.299 LGA Q 273 Q 273 0.207 0 0.079 0.169 0.548 100.000 97.980 0.548 LGA I 274 I 274 0.140 0 0.035 0.114 0.510 100.000 97.727 0.510 LGA V 275 V 275 0.052 0 0.044 0.104 0.677 100.000 97.403 0.172 LGA V 276 V 276 0.261 0 0.028 0.049 0.568 100.000 97.403 0.383 LGA Q 277 Q 277 0.288 0 0.074 0.674 2.397 100.000 81.414 1.255 LGA D 278 D 278 0.143 0 0.093 0.582 2.062 95.455 79.545 1.531 LGA A 279 A 279 0.158 0 0.036 0.068 0.311 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.389 0 0.050 0.320 0.795 100.000 92.727 0.777 LGA A 281 A 281 0.304 0 0.046 0.049 0.487 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.150 0 0.060 0.074 0.290 100.000 100.000 0.252 LGA I 283 I 283 0.532 0 0.017 0.104 0.721 86.364 84.091 0.685 LGA I 284 I 284 0.426 0 0.021 0.036 0.457 100.000 100.000 0.438 LGA D 285 D 285 0.404 0 0.034 1.046 3.877 100.000 72.727 3.877 LGA K 286 K 286 0.291 0 0.000 0.382 2.539 100.000 82.626 2.539 LGA E 287 E 287 0.688 0 0.081 1.327 6.608 86.364 50.909 6.608 LGA Q 288 Q 288 0.605 0 0.034 0.815 3.256 90.909 71.717 1.286 LGA F 289 F 289 0.270 0 0.030 0.146 0.401 100.000 100.000 0.308 LGA Q 290 Q 290 0.279 0 0.042 1.499 5.273 100.000 63.838 4.230 LGA Q 291 Q 291 0.188 0 0.046 0.494 1.744 100.000 86.667 1.307 LGA S 292 S 292 0.265 0 0.098 0.438 0.998 100.000 93.939 0.998 LGA Q 293 Q 293 0.327 0 0.021 0.225 0.709 90.909 93.939 0.690 LGA V 294 V 294 0.558 0 0.062 0.149 0.839 86.364 84.416 0.839 LGA K 295 K 295 0.217 0 0.093 0.306 0.850 95.455 93.939 0.351 LGA I 296 I 296 0.549 0 0.054 0.141 1.173 82.273 91.136 0.228 LGA A 297 A 297 1.300 0 0.039 0.032 1.544 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.891 0 0.182 0.349 1.691 77.727 75.909 1.691 LGA K 299 K 299 3.198 0 0.435 0.880 15.176 46.818 20.808 15.176 LGA V 300 V 300 2.319 0 0.240 0.988 5.317 44.545 26.494 5.317 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.880 0.835 1.992 86.936 78.579 59.236 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.741 98.109 13.771 LGA_LOCAL RMSD: 0.880 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.880 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.880 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.625301 * X + -0.724523 * Y + -0.289939 * Z + 154.643112 Y_new = -0.712331 * X + 0.378175 * Y + 0.591243 * Z + 149.894653 Z_new = -0.318722 * X + 0.576237 * Y + -0.752574 * Z + 136.246384 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.291223 0.324380 2.488127 [DEG: -131.2774 18.5856 142.5591 ] ZXZ: -2.685663 2.422758 -0.505227 [DEG: -153.8772 138.8138 -28.9473 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS274_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS274_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 98.109 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS274_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1670 N GLY 165 153.729 184.908 153.037 1.00 86.74 ATOM 1672 CA GLY 165 153.307 185.682 154.200 1.00 86.75 ATOM 1673 C GLY 165 151.805 185.685 154.353 1.00 88.17 ATOM 1674 O GLY 165 151.203 186.637 154.828 1.00 85.69 ATOM 1675 N LYS 166 151.224 184.571 153.892 1.00 87.88 ATOM 1677 CA LYS 166 149.779 184.437 154.001 1.00 87.71 ATOM 1678 CB LYS 166 149.205 183.946 152.669 1.00 86.35 ATOM 1679 CG LYS 166 149.472 184.954 151.549 1.00 83.57 ATOM 1680 CD LYS 166 149.143 184.439 150.147 1.00 80.27 ATOM 1681 CE LYS 166 149.506 185.475 149.079 1.00 75.39 ATOM 1682 NZ LYS 166 149.481 184.859 147.746 1.00 68.48 ATOM 1686 C LYS 166 149.392 183.530 155.152 1.00 88.36 ATOM 1687 O LYS 166 149.995 182.495 155.424 1.00 86.44 ATOM 1688 N TRP 167 148.359 183.993 155.863 1.00 89.23 ATOM 1690 CA TRP 167 147.855 183.237 157.004 1.00 89.73 ATOM 1691 CB TRP 167 147.094 184.171 157.956 1.00 88.96 ATOM 1692 CG TRP 167 146.546 183.435 159.164 1.00 89.24 ATOM 1693 CD2 TRP 167 147.227 183.102 160.392 1.00 87.69 ATOM 1694 CE2 TRP 167 146.287 182.402 161.224 1.00 87.09 ATOM 1695 CE3 TRP 167 148.540 183.334 160.855 1.00 86.79 ATOM 1696 CD1 TRP 167 145.245 182.926 159.320 1.00 86.08 ATOM 1697 NE1 TRP 167 145.086 182.318 160.526 1.00 85.84 ATOM 1699 CZ2 TRP 167 146.683 181.955 162.502 1.00 86.47 ATOM 1700 CZ3 TRP 167 148.921 182.881 162.135 1.00 84.61 ATOM 1701 CH2 TRP 167 147.997 182.195 162.954 1.00 84.17 ATOM 1702 C TRP 167 146.995 182.071 156.559 1.00 89.25 ATOM 1703 O TRP 167 145.979 182.220 155.890 1.00 86.35 ATOM 1704 N ILE 168 147.472 180.894 156.974 1.00 86.71 ATOM 1706 CA ILE 168 146.741 179.692 156.589 1.00 85.06 ATOM 1707 CB ILE 168 147.378 178.999 155.363 1.00 81.73 ATOM 1708 CG2 ILE 168 146.632 179.422 154.096 1.00 74.78 ATOM 1709 CG1 ILE 168 148.890 179.222 155.202 1.00 77.30 ATOM 1710 CD1 ILE 168 149.759 178.585 156.284 1.00 71.09 ATOM 1711 C ILE 168 146.475 178.699 157.710 1.00 84.04 ATOM 1712 O ILE 168 146.116 177.547 157.463 1.00 77.66 ATOM 1713 N SER 169 146.687 179.177 158.944 1.00 83.42 ATOM 1715 CA SER 169 146.192 178.361 160.051 1.00 82.25 ATOM 1716 CB SER 169 147.214 178.360 161.190 1.00 78.83 ATOM 1717 OG SER 169 148.421 177.737 160.723 1.00 74.08 ATOM 1719 C SER 169 144.795 178.821 160.444 1.00 81.37 ATOM 1720 O SER 169 144.232 179.648 159.743 1.00 75.24 ATOM 1721 N GLY 170 144.250 178.244 161.533 1.00 79.15 ATOM 1723 CA GLY 170 142.821 178.441 161.792 1.00 78.61 ATOM 1724 C GLY 170 142.386 179.841 162.188 1.00 81.08 ATOM 1725 O GLY 170 142.255 180.745 161.371 1.00 77.33 ATOM 1726 N LEU 171 142.136 179.980 163.498 1.00 82.85 ATOM 1728 CA LEU 171 141.721 181.308 163.942 1.00 82.69 ATOM 1729 CB LEU 171 141.167 181.283 165.368 1.00 79.71 ATOM 1730 CG LEU 171 139.853 180.510 165.505 1.00 75.58 ATOM 1731 CD1 LEU 171 139.411 180.416 166.967 1.00 69.42 ATOM 1732 CD2 LEU 171 138.747 181.083 164.615 1.00 68.58 ATOM 1733 C LEU 171 142.863 182.287 163.844 1.00 83.74 ATOM 1734 O LEU 171 144.019 181.933 164.050 1.00 81.37 ATOM 1735 N ALA 172 142.456 183.500 163.472 1.00 85.84 ATOM 1737 CA ALA 172 143.422 184.588 163.457 1.00 86.10 ATOM 1738 CB ALA 172 142.845 185.730 162.621 1.00 84.05 ATOM 1739 C ALA 172 143.656 185.018 164.896 1.00 87.08 ATOM 1740 O ALA 172 142.767 184.872 165.732 1.00 84.97 ATOM 1741 N PRO 173 144.892 185.489 165.179 1.00 88.28 ATOM 1742 CD PRO 173 146.018 185.623 164.260 1.00 86.62 ATOM 1743 CA PRO 173 145.201 185.926 166.545 1.00 88.50 ATOM 1744 CB PRO 173 146.712 186.170 166.468 1.00 86.89 ATOM 1745 CG PRO 173 146.987 186.524 165.005 1.00 83.69 ATOM 1746 C PRO 173 144.410 187.165 166.929 1.00 89.00 ATOM 1747 O PRO 173 143.879 187.869 166.080 1.00 87.38 ATOM 1748 N TYR 174 144.364 187.411 168.247 1.00 89.87 ATOM 1750 CA TYR 174 143.658 188.614 168.698 1.00 90.12 ATOM 1751 CB TYR 174 143.680 188.641 170.234 1.00 89.71 ATOM 1752 CG TYR 174 142.708 189.641 170.828 1.00 90.54 ATOM 1753 CD1 TYR 174 143.214 190.769 171.504 1.00 84.25 ATOM 1754 CE1 TYR 174 142.314 191.683 172.081 1.00 83.73 ATOM 1755 CD2 TYR 174 141.322 189.407 170.715 1.00 84.86 ATOM 1756 CE2 TYR 174 140.423 190.318 171.293 1.00 83.86 ATOM 1757 CZ TYR 174 140.929 191.449 171.963 1.00 88.11 ATOM 1758 OH TYR 174 140.036 192.353 172.505 1.00 87.05 ATOM 1760 C TYR 174 144.290 189.866 168.106 1.00 90.12 ATOM 1761 O TYR 174 145.510 189.970 168.057 1.00 88.01 ATOM 1762 N GLY 175 143.430 190.775 167.647 1.00 88.76 ATOM 1764 CA GLY 175 143.975 191.952 166.978 1.00 88.72 ATOM 1765 C GLY 175 144.019 191.854 165.463 1.00 90.28 ATOM 1766 O GLY 175 144.278 192.827 164.763 1.00 87.54 ATOM 1767 N TYR 176 143.788 190.637 164.957 1.00 90.67 ATOM 1769 CA TYR 176 143.872 190.498 163.509 1.00 91.12 ATOM 1770 CB TYR 176 145.174 189.806 163.094 1.00 90.99 ATOM 1771 CG TYR 176 146.395 190.667 163.327 1.00 91.70 ATOM 1772 CD1 TYR 176 146.583 191.826 162.545 1.00 86.03 ATOM 1773 CE1 TYR 176 147.753 192.582 162.720 1.00 84.94 ATOM 1774 CD2 TYR 176 147.332 190.269 164.303 1.00 86.39 ATOM 1775 CE2 TYR 176 148.505 191.022 164.473 1.00 85.21 ATOM 1776 CZ TYR 176 148.708 192.162 163.670 1.00 89.79 ATOM 1777 OH TYR 176 149.875 192.889 163.814 1.00 88.78 ATOM 1779 C TYR 176 142.715 189.715 162.936 1.00 91.00 ATOM 1780 O TYR 176 142.366 188.633 163.395 1.00 89.21 ATOM 1781 N GLN 177 142.158 190.281 161.861 1.00 89.91 ATOM 1783 CA GLN 177 141.309 189.391 161.086 1.00 89.78 ATOM 1784 CB GLN 177 139.967 190.026 160.698 1.00 87.76 ATOM 1785 CG GLN 177 140.031 191.143 159.652 1.00 79.90 ATOM 1786 CD GLN 177 138.625 191.434 159.167 1.00 79.19 ATOM 1787 OE1 GLN 177 137.999 190.646 158.453 1.00 70.05 ATOM 1788 NE2 GLN 177 138.144 192.604 159.586 1.00 68.82 ATOM 1791 C GLN 177 142.020 188.843 159.869 1.00 90.10 ATOM 1792 O GLN 177 142.978 189.397 159.345 1.00 88.16 ATOM 1793 N LEU 178 141.476 187.716 159.412 1.00 88.77 ATOM 1795 CA LEU 178 141.930 187.249 158.111 1.00 88.48 ATOM 1796 CB LEU 178 141.696 185.738 158.016 1.00 86.50 ATOM 1797 CG LEU 178 142.217 185.056 156.746 1.00 83.71 ATOM 1798 CD1 LEU 178 143.724 185.216 156.568 1.00 75.32 ATOM 1799 CD2 LEU 178 141.818 183.582 156.704 1.00 76.28 ATOM 1800 C LEU 178 141.229 188.007 156.999 1.00 88.42 ATOM 1801 O LEU 178 140.006 187.975 156.884 1.00 86.26 ATOM 1802 N ASN 179 142.049 188.673 156.186 1.00 86.87 ATOM 1804 CA ASN 179 141.568 189.179 154.905 1.00 86.14 ATOM 1805 CB ASN 179 142.531 190.240 154.380 1.00 84.55 ATOM 1806 CG ASN 179 142.065 190.878 153.082 1.00 82.22 ATOM 1807 OD1 ASN 179 141.624 190.226 152.136 1.00 72.99 ATOM 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