####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS274_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS274_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 40 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 15 90 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 11 105 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 50 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 106 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 16 37 105 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 16 101 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 42 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 65 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 37 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 49 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 60 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 22 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 22 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 7 109 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 8 17 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 61 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 37 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 44 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 46 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 7 96 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 33 99 122 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 85.19 93.33 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.48 0.60 0.69 0.75 0.83 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.516 0 0.036 0.036 0.622 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.415 0 0.024 0.083 1.578 95.455 84.646 1.578 LGA W 167 W 167 0.345 0 0.229 0.185 1.538 95.455 80.130 1.538 LGA I 168 I 168 0.994 0 0.221 1.479 3.678 81.818 62.273 2.598 LGA S 169 S 169 1.503 0 0.596 0.631 2.831 52.273 45.758 2.550 LGA G 170 G 170 1.542 0 0.126 0.126 1.898 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.992 0 0.092 1.327 5.610 73.636 49.545 3.287 LGA A 172 A 172 0.688 0 0.047 0.050 0.925 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.309 0 0.048 0.227 0.533 100.000 97.403 0.533 LGA Y 174 Y 174 0.515 0 0.020 0.138 1.225 90.909 82.121 1.225 LGA G 175 G 175 0.384 0 0.078 0.078 0.543 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.229 0 0.094 0.122 0.564 95.455 98.485 0.380 LGA Q 177 Q 177 0.427 0 0.071 0.315 1.784 95.455 81.212 1.784 LGA L 178 L 178 0.351 0 0.109 0.161 1.623 90.909 82.500 1.623 LGA N 179 N 179 1.419 0 0.172 0.700 5.069 59.091 35.682 5.069 LGA K 180 K 180 3.917 0 0.280 1.281 10.267 20.455 9.091 9.700 LGA K 181 K 181 1.369 0 0.471 1.088 11.494 73.636 34.747 11.494 LGA T 182 T 182 0.841 0 0.059 1.089 3.560 77.727 67.532 3.560 LGA S 183 S 183 0.814 0 0.074 0.075 1.241 78.182 76.667 0.994 LGA K 184 K 184 0.976 0 0.125 0.905 3.352 73.636 65.657 3.352 LGA L 185 L 185 0.211 0 0.049 0.087 0.537 95.455 95.455 0.537 LGA D 186 D 186 0.183 0 0.040 0.542 1.857 95.455 87.045 0.877 LGA P 187 P 187 0.401 0 0.000 0.040 0.655 90.909 89.610 0.592 LGA V 188 V 188 0.672 0 0.021 0.028 0.732 81.818 81.818 0.732 LGA E 189 E 189 0.624 0 0.067 0.201 0.873 81.818 81.818 0.514 LGA D 190 D 190 0.819 0 0.073 0.645 3.044 81.818 64.091 3.044 LGA E 191 E 191 0.482 0 0.022 0.425 2.008 95.455 85.051 2.008 LGA A 192 A 192 0.370 0 0.018 0.027 0.482 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.303 0 0.041 0.295 1.666 100.000 92.525 1.666 LGA V 194 V 194 0.342 0 0.000 0.080 0.500 100.000 100.000 0.500 LGA V 195 V 195 0.319 0 0.013 0.066 0.630 100.000 97.403 0.261 LGA Q 196 Q 196 0.318 0 0.054 0.292 1.573 100.000 86.869 1.143 LGA L 197 L 197 0.266 0 0.000 0.144 0.709 100.000 93.182 0.709 LGA I 198 I 198 0.218 0 0.071 0.171 0.594 100.000 97.727 0.213 LGA F 199 F 199 0.278 0 0.066 0.113 0.555 95.455 98.347 0.394 LGA N 200 N 200 0.438 0 0.029 0.704 1.884 100.000 85.000 1.437 LGA I 201 I 201 0.241 0 0.063 0.092 0.466 100.000 100.000 0.466 LGA F 202 F 202 0.180 0 0.065 0.069 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA L 203 L 203 0.412 0 0.032 0.141 1.180 100.000 88.864 0.959 LGA N 204 N 204 0.445 0 0.069 0.254 1.581 100.000 82.955 1.581 LGA G 205 G 205 0.366 0 0.040 0.040 0.607 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.219 0 0.028 1.360 3.269 95.455 73.636 2.349 LGA N 207 N 207 0.893 0 0.000 0.698 2.918 77.727 66.818 1.129 LGA G 208 G 208 0.994 0 0.026 0.026 1.351 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.114 0 0.065 0.537 2.467 73.636 63.030 2.334 LGA D 210 D 210 1.114 0 0.014 0.662 1.893 65.455 61.818 1.893 LGA Y 211 Y 211 1.654 0 0.174 0.684 2.154 58.182 55.909 1.774 LGA S 212 S 212 2.290 0 0.638 0.799 5.883 36.364 26.061 5.883 LGA Y 213 Y 213 3.029 0 0.176 1.092 14.807 39.545 13.333 14.807 LGA A 215 A 215 0.998 0 0.186 0.194 2.078 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.306 0 0.000 0.227 0.665 100.000 95.455 0.473 LGA A 217 A 217 0.307 0 0.072 0.096 0.379 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.554 0 0.025 0.190 1.529 90.909 82.727 1.529 LGA H 219 H 219 0.305 0 0.041 0.173 0.943 95.455 92.727 0.943 LGA L 220 L 220 0.436 0 0.000 0.106 0.701 100.000 93.182 0.701 LGA T 221 T 221 0.218 0 0.027 0.035 0.283 100.000 100.000 0.181 LGA N 222 N 222 0.346 0 0.058 0.057 0.675 90.909 95.455 0.300 LGA L 223 L 223 0.612 0 0.058 0.188 1.171 86.364 82.045 0.618 LGA Q 224 Q 224 0.529 0 0.119 0.759 2.509 81.818 70.505 2.509 LGA I 225 I 225 0.523 0 0.052 0.114 0.636 81.818 88.636 0.113 LGA P 226 P 226 0.434 0 0.075 0.127 0.867 90.909 89.610 0.567 LGA T 227 T 227 0.334 0 0.048 0.500 1.325 95.455 87.532 1.325 LGA P 228 P 228 0.654 0 0.000 0.063 0.879 81.818 81.818 0.501 LGA S 229 S 229 1.084 0 0.245 0.245 1.407 77.727 73.636 1.274 LGA G 230 G 230 0.899 0 0.115 0.115 1.424 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.285 0 0.044 0.867 3.774 100.000 74.343 3.774 LGA K 232 K 232 0.189 0 0.170 1.098 6.849 95.455 62.626 6.849 LGA R 233 R 233 0.230 0 0.116 1.223 5.691 95.455 57.851 2.988 LGA W 234 W 234 0.289 0 0.047 0.193 0.926 95.455 88.312 0.907 LGA N 235 N 235 0.436 0 0.029 0.400 2.229 100.000 81.364 2.229 LGA Q 236 Q 236 0.631 0 0.000 1.057 4.101 90.909 64.646 4.101 LGA Y 237 Y 237 0.546 0 0.073 0.250 0.927 81.818 81.818 0.801 LGA T 238 T 238 0.312 0 0.036 0.113 0.535 95.455 94.805 0.505 LGA I 239 I 239 0.341 0 0.019 0.111 0.464 100.000 100.000 0.320 LGA K 240 K 240 0.598 0 0.026 0.726 2.487 86.364 77.172 2.487 LGA A 241 A 241 0.448 0 0.027 0.034 0.626 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.169 0 0.040 0.166 0.431 100.000 100.000 0.203 LGA L 243 L 243 0.130 0 0.096 0.132 0.645 95.455 97.727 0.246 LGA Q 244 Q 244 0.162 0 0.196 0.598 2.348 95.455 78.384 2.170 LGA N 245 N 245 0.062 0 0.033 0.138 0.510 100.000 97.727 0.158 LGA E 246 E 246 0.263 0 0.060 0.307 0.988 100.000 95.960 0.463 LGA V 247 V 247 0.246 0 0.016 0.148 0.486 100.000 100.000 0.429 LGA Y 248 Y 248 0.322 0 0.041 0.097 0.589 100.000 98.485 0.486 LGA I 249 I 249 0.105 0 0.035 0.056 0.509 100.000 97.727 0.509 LGA G 250 G 250 0.250 0 0.095 0.095 0.416 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.191 0 0.081 0.091 0.389 100.000 100.000 0.389 LGA V 252 V 252 0.280 0 0.100 0.163 0.901 95.455 89.610 0.901 LGA K 253 K 253 0.391 0 0.035 0.141 1.557 95.455 82.626 1.557 LGA Y 254 Y 254 0.636 0 0.034 0.364 2.413 86.364 69.242 2.413 LGA K 255 K 255 0.623 0 0.026 0.589 2.304 81.818 73.333 2.304 LGA V 256 V 256 0.772 0 0.066 0.097 0.995 81.818 81.818 0.746 LGA R 257 R 257 0.745 0 0.109 1.337 6.288 74.091 56.694 4.732 LGA E 258 E 258 0.963 0 0.108 0.375 4.309 73.636 45.657 4.309 LGA K 259 K 259 1.464 0 0.073 0.750 5.378 65.455 41.414 5.378 LGA T 260 T 260 1.285 0 0.052 0.205 2.004 55.000 59.481 1.086 LGA K 261 K 261 2.121 0 0.060 0.376 2.748 41.364 41.212 2.748 LGA D 262 D 262 2.061 0 0.043 0.364 2.096 44.545 46.136 1.794 LGA G 263 G 263 1.841 0 0.000 0.000 1.849 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.173 0 0.185 0.427 1.552 65.455 67.475 1.552 LGA R 265 R 265 1.275 0 0.093 0.992 7.068 65.455 36.198 7.068 LGA T 266 T 266 0.879 0 0.054 0.241 1.121 77.727 82.078 0.844 LGA I 267 I 267 0.632 0 0.073 0.131 0.820 81.818 84.091 0.780 LGA R 268 R 268 0.225 0 0.021 0.979 2.433 100.000 82.314 2.147 LGA P 269 P 269 0.295 0 0.039 0.090 0.522 95.455 97.403 0.319 LGA E 270 E 270 0.518 0 0.100 1.334 6.294 86.364 52.929 6.294 LGA K 271 K 271 0.627 0 0.124 0.874 4.122 77.727 57.374 3.879 LGA E 272 E 272 0.474 0 0.022 0.656 2.183 95.455 79.798 1.532 LGA Q 273 Q 273 0.160 0 0.073 0.213 0.969 100.000 95.960 0.969 LGA I 274 I 274 0.203 0 0.039 0.110 0.550 100.000 97.727 0.550 LGA V 275 V 275 0.235 0 0.041 0.077 0.748 100.000 94.805 0.748 LGA V 276 V 276 0.253 0 0.026 0.045 0.523 100.000 97.403 0.404 LGA Q 277 Q 277 0.272 0 0.078 0.668 2.381 100.000 83.434 1.289 LGA D 278 D 278 0.061 0 0.110 0.583 1.870 95.455 83.182 1.597 LGA A 279 A 279 0.199 0 0.014 0.035 0.419 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.330 0 0.041 0.264 0.723 100.000 92.727 0.723 LGA A 281 A 281 0.257 0 0.029 0.032 0.458 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.110 0 0.050 0.057 0.279 100.000 100.000 0.249 LGA I 283 I 283 0.416 0 0.050 0.102 0.773 90.909 88.636 0.694 LGA I 284 I 284 0.284 0 0.063 0.084 0.345 100.000 100.000 0.345 LGA D 285 D 285 0.544 0 0.105 0.949 3.181 95.455 76.591 0.861 LGA K 286 K 286 0.232 0 0.058 0.396 2.301 100.000 85.455 2.301 LGA E 287 E 287 0.480 0 0.028 0.881 4.625 100.000 61.818 2.954 LGA Q 288 Q 288 0.456 0 0.034 0.807 3.331 100.000 75.758 1.381 LGA F 289 F 289 0.286 0 0.042 0.130 0.416 100.000 100.000 0.389 LGA Q 290 Q 290 0.316 0 0.030 1.389 4.874 100.000 66.465 3.171 LGA Q 291 Q 291 0.123 0 0.057 0.190 1.238 100.000 92.121 0.730 LGA S 292 S 292 0.197 0 0.038 0.047 0.341 100.000 100.000 0.341 LGA Q 293 Q 293 0.272 0 0.000 0.225 0.671 95.455 95.960 0.646 LGA V 294 V 294 0.479 0 0.044 0.124 0.689 95.455 92.208 0.689 LGA K 295 K 295 0.231 0 0.057 0.281 0.750 95.455 93.939 0.307 LGA I 296 I 296 0.598 0 0.048 0.116 1.189 82.273 88.864 0.383 LGA A 297 A 297 1.254 0 0.049 0.040 1.443 69.545 68.727 - LGA N 298 N 298 0.842 0 0.040 0.857 2.646 73.636 65.000 1.569 LGA K 299 K 299 2.603 0 0.390 0.825 14.384 52.727 23.434 14.384 LGA V 300 V 300 3.082 0 0.147 0.151 6.760 33.636 19.221 6.760 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.895 0.857 1.916 87.071 79.019 60.947 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.370 97.882 13.564 LGA_LOCAL RMSD: 0.895 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.895 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.895 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.861066 * X + 0.387094 * Y + -0.329733 * Z + 153.890427 Y_new = -0.202089 * X + 0.855550 * Y + 0.476649 * Z + 151.612335 Z_new = 0.466611 * X + -0.343791 * Y + 0.814912 * Z + 137.932083 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.230524 -0.485455 -0.399221 [DEG: -13.2080 -27.8145 -22.8737 ] ZXZ: -2.536410 0.618219 2.205785 [DEG: -145.3256 35.4213 126.3822 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS274_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS274_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 97.882 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS274_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1670 N GLY 165 153.702 184.944 153.276 1.00 86.40 ATOM 1672 CA GLY 165 153.294 185.720 154.443 1.00 86.47 ATOM 1673 C GLY 165 151.797 185.689 154.668 1.00 87.86 ATOM 1674 O GLY 165 151.226 186.522 155.356 1.00 85.46 ATOM 1675 N LYS 166 151.192 184.672 154.040 1.00 87.69 ATOM 1677 CA LYS 166 149.754 184.510 154.196 1.00 87.62 ATOM 1678 CB LYS 166 149.147 184.060 152.865 1.00 86.21 ATOM 1679 CG LYS 166 149.329 185.144 151.800 1.00 83.43 ATOM 1680 CD LYS 166 148.906 184.735 150.389 1.00 80.16 ATOM 1681 CE LYS 166 149.111 185.887 149.396 1.00 75.27 ATOM 1682 NZ LYS 166 148.966 185.413 148.014 1.00 68.39 ATOM 1686 C LYS 166 149.408 183.570 155.332 1.00 88.29 ATOM 1687 O LYS 166 150.087 182.588 155.626 1.00 86.38 ATOM 1688 N TRP 167 148.314 183.951 156.000 1.00 89.13 ATOM 1690 CA TRP 167 147.813 183.154 157.113 1.00 89.74 ATOM 1691 CB TRP 167 146.981 184.047 158.042 1.00 88.90 ATOM 1692 CG TRP 167 146.400 183.276 159.211 1.00 89.15 ATOM 1693 CD2 TRP 167 147.020 182.983 160.479 1.00 87.58 ATOM 1694 CE2 TRP 167 146.073 182.228 161.251 1.00 86.96 ATOM 1695 CE3 TRP 167 148.285 183.295 161.023 1.00 86.61 ATOM 1696 CD1 TRP 167 145.124 182.692 159.283 1.00 85.94 ATOM 1697 NE1 TRP 167 144.923 182.072 160.477 1.00 85.70 ATOM 1699 CZ2 TRP 167 146.414 181.803 162.551 1.00 86.30 ATOM 1700 CZ3 TRP 167 148.611 182.862 162.326 1.00 84.41 ATOM 1701 CH2 TRP 167 147.681 182.122 163.086 1.00 83.97 ATOM 1702 C TRP 167 147.019 181.959 156.623 1.00 89.26 ATOM 1703 O TRP 167 146.043 182.073 155.891 1.00 86.34 ATOM 1704 N ILE 168 147.491 180.795 157.080 1.00 86.70 ATOM 1706 CA ILE 168 146.760 179.587 156.713 1.00 85.07 ATOM 1707 CB ILE 168 147.350 178.899 155.461 1.00 81.68 ATOM 1708 CG2 ILE 168 146.452 179.200 154.259 1.00 74.62 ATOM 1709 CG1 ILE 168 148.812 179.249 155.141 1.00 77.14 ATOM 1710 CD1 ILE 168 149.844 178.666 156.103 1.00 70.97 ATOM 1711 C ILE 168 146.506 178.597 157.841 1.00 83.82 ATOM 1712 O ILE 168 146.240 177.418 157.608 1.00 77.46 ATOM 1713 N SER 169 146.597 179.119 159.073 1.00 83.14 ATOM 1715 CA SER 169 146.039 178.309 160.156 1.00 81.99 ATOM 1716 CB SER 169 146.930 178.393 161.391 1.00 78.42 ATOM 1717 OG SER 169 148.186 177.787 161.081 1.00 73.58 ATOM 1719 C SER 169 144.595 178.703 160.418 1.00 81.06 ATOM 1720 O SER 169 144.031 179.431 159.612 1.00 74.89 ATOM 1721 N GLY 170 144.028 178.195 161.529 1.00 78.57 ATOM 1723 CA GLY 170 142.598 178.412 161.745 1.00 78.04 ATOM 1724 C GLY 170 142.224 179.824 162.149 1.00 80.46 ATOM 1725 O GLY 170 142.207 180.749 161.345 1.00 76.70 ATOM 1726 N LEU 171 141.905 179.953 163.447 1.00 82.59 ATOM 1728 CA LEU 171 141.534 181.291 163.902 1.00 82.25 ATOM 1729 CB LEU 171 140.950 181.263 165.316 1.00 79.24 ATOM 1730 CG LEU 171 139.614 180.523 165.412 1.00 75.04 ATOM 1731 CD1 LEU 171 139.128 180.437 166.859 1.00 69.07 ATOM 1732 CD2 LEU 171 138.550 181.126 164.491 1.00 68.20 ATOM 1733 C LEU 171 142.716 182.223 163.849 1.00 83.40 ATOM 1734 O LEU 171 143.851 181.810 164.055 1.00 81.05 ATOM 1735 N ALA 172 142.372 183.465 163.508 1.00 85.44 ATOM 1737 CA ALA 172 143.392 184.503 163.496 1.00 85.81 ATOM 1738 CB ALA 172 142.885 185.662 162.639 1.00 83.73 ATOM 1739 C ALA 172 143.634 184.938 164.932 1.00 86.67 ATOM 1740 O ALA 172 142.740 184.810 165.767 1.00 84.68 ATOM 1741 N PRO 173 144.875 185.396 165.219 1.00 87.96 ATOM 1742 CD PRO 173 146.010 185.522 164.311 1.00 86.36 ATOM 1743 CA PRO 173 145.174 185.841 166.584 1.00 88.24 ATOM 1744 CB PRO 173 146.688 186.083 166.519 1.00 86.63 ATOM 1745 CG PRO 173 146.976 186.427 165.059 1.00 83.39 ATOM 1746 C PRO 173 144.383 187.084 166.954 1.00 88.71 ATOM 1747 O PRO 173 143.865 187.788 166.098 1.00 87.18 ATOM 1748 N TYR 174 144.327 187.332 168.273 1.00 89.66 ATOM 1750 CA TYR 174 143.643 188.543 168.731 1.00 89.92 ATOM 1751 CB TYR 174 143.710 188.571 170.265 1.00 89.56 ATOM 1752 CG TYR 174 142.765 189.571 170.899 1.00 90.41 ATOM 1753 CD1 TYR 174 143.306 190.647 171.632 1.00 84.13 ATOM 1754 CE1 TYR 174 142.436 191.541 172.280 1.00 83.59 ATOM 1755 CD2 TYR 174 141.373 189.386 170.777 1.00 84.73 ATOM 1756 CE2 TYR 174 140.502 190.278 171.424 1.00 83.73 ATOM 1757 CZ TYR 174 141.044 191.342 172.173 1.00 87.99 ATOM 1758 OH TYR 174 140.183 192.204 172.823 1.00 86.92 ATOM 1760 C TYR 174 144.279 189.782 168.121 1.00 89.93 ATOM 1761 O TYR 174 145.500 189.863 168.036 1.00 87.81 ATOM 1762 N GLY 175 143.422 190.706 167.686 1.00 88.38 ATOM 1764 CA GLY 175 143.963 191.877 167.004 1.00 88.40 ATOM 1765 C GLY 175 143.987 191.776 165.489 1.00 89.98 ATOM 1766 O GLY 175 144.238 192.747 164.782 1.00 87.27 ATOM 1767 N TYR 176 143.750 190.557 164.989 1.00 90.49 ATOM 1769 CA TYR 176 143.846 190.417 163.544 1.00 90.90 ATOM 1770 CB TYR 176 145.156 189.728 163.145 1.00 90.83 ATOM 1771 CG TYR 176 146.366 190.610 163.374 1.00 91.58 ATOM 1772 CD1 TYR 176 146.528 191.773 162.592 1.00 85.85 ATOM 1773 CE1 TYR 176 147.678 192.557 162.767 1.00 84.80 ATOM 1774 CD2 TYR 176 147.314 190.230 164.345 1.00 86.25 ATOM 1775 CE2 TYR 176 148.470 191.010 164.515 1.00 85.07 ATOM 1776 CZ TYR 176 148.646 192.156 163.713 1.00 89.65 ATOM 1777 OH TYR 176 149.795 192.915 163.853 1.00 88.61 ATOM 1779 C TYR 176 142.689 189.648 162.952 1.00 90.84 ATOM 1780 O TYR 176 142.319 188.568 163.399 1.00 89.03 ATOM 1781 N GLN 177 142.154 190.228 161.873 1.00 89.82 ATOM 1783 CA GLN 177 141.306 189.354 161.079 1.00 89.69 ATOM 1784 CB GLN 177 139.991 190.017 160.649 1.00 87.69 ATOM 1785 CG GLN 177 140.102 191.113 159.584 1.00 79.84 ATOM 1786 CD GLN 177 138.720 191.395 159.030 1.00 79.09 ATOM 1787 OE1 GLN 177 138.091 190.561 158.374 1.00 69.98 ATOM 1788 NE2 GLN 177 138.251 192.605 159.332 1.00 68.73 ATOM 1791 C GLN 177 142.035 188.780 159.884 1.00 90.01 ATOM 1792 O GLN 177 143.014 189.311 159.373 1.00 88.07 ATOM 1793 N LEU 178 141.474 187.661 159.427 1.00 88.66 ATOM 1795 CA LEU 178 141.935 187.179 158.136 1.00 88.38 ATOM 1796 CB LEU 178 141.666 185.674 158.032 1.00 86.36 ATOM 1797 CG LEU 178 142.189 184.997 156.760 1.00 83.56 ATOM 1798 CD1 LEU 178 143.700 185.141 156.600 1.00 75.15 ATOM 1799 CD2 LEU 178 141.770 183.529 156.693 1.00 76.14 ATOM 1800 C LEU 178 141.272 187.948 157.010 1.00 88.31 ATOM 1801 O LEU 178 140.057 187.919 156.841 1.00 86.15 ATOM 1802 N ASN 179 142.123 188.614 156.231 1.00 86.78 ATOM 1804 CA ASN 179 141.678 189.152 154.948 1.00 86.01 ATOM 1805 CB ASN 179 142.718 190.134 154.430 1.00 84.43 ATOM 1806 CG ASN 179 142.262 190.862 153.180 1.00 82.09 ATOM 1807 OD1 ASN 179 141.689 190.305 152.248 1.00 72.88 ATOM 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