####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS274_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS274_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 32 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 87 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 14 88 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 43 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 75 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 101 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 8 47 70 113 125 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 65 120 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 23 108 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 36 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 69 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 71 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 71 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 68 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 67 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 55 112 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 12 97 124 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 4 6 105 122 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 27 113 129 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 113 126 130 131 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 83.70 93.33 96.30 97.04 99.26 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.50 0.64 0.71 0.74 0.89 0.89 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 0.99 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.373 0 0.118 0.118 0.646 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.256 0 0.000 0.142 1.239 95.455 90.101 1.239 LGA W 167 W 167 0.172 0 0.240 0.199 1.515 95.455 83.896 1.515 LGA I 168 I 168 1.040 0 0.162 1.255 3.602 77.727 59.545 2.240 LGA S 169 S 169 1.489 0 0.594 0.631 2.912 60.000 54.848 2.403 LGA G 170 G 170 1.423 0 0.118 0.118 1.732 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.871 0 0.098 1.328 5.690 77.727 51.591 3.381 LGA A 172 A 172 0.562 0 0.045 0.054 0.797 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.214 0 0.033 0.231 0.519 100.000 97.403 0.519 LGA Y 174 Y 174 0.508 0 0.048 0.150 1.255 90.909 80.758 1.255 LGA G 175 G 175 0.313 0 0.099 0.099 0.606 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.263 0 0.064 0.116 0.513 95.455 98.485 0.288 LGA Q 177 Q 177 0.536 0 0.090 0.356 0.844 90.909 87.879 0.844 LGA L 178 L 178 0.483 0 0.187 0.210 1.488 82.273 80.000 1.488 LGA N 179 N 179 1.444 0 0.203 0.762 5.264 62.273 37.273 5.264 LGA K 180 K 180 3.661 0 0.285 1.011 13.756 21.818 9.697 13.756 LGA K 181 K 181 2.045 0 0.454 1.215 12.514 51.364 23.434 12.514 LGA T 182 T 182 1.231 0 0.069 1.094 3.676 73.636 62.597 3.676 LGA S 183 S 183 0.438 0 0.079 0.074 0.980 90.909 90.909 0.489 LGA K 184 K 184 0.755 0 0.124 0.952 3.559 81.818 70.303 3.559 LGA L 185 L 185 0.281 0 0.084 0.120 0.893 95.455 95.455 0.511 LGA D 186 D 186 0.341 0 0.022 0.530 1.513 95.455 82.727 1.335 LGA P 187 P 187 0.503 0 0.036 0.051 1.080 82.273 82.078 0.691 LGA V 188 V 188 0.759 0 0.009 0.082 0.832 81.818 81.818 0.802 LGA E 189 E 189 0.643 0 0.061 0.246 0.802 81.818 81.818 0.673 LGA D 190 D 190 0.747 0 0.069 0.649 2.955 86.364 67.500 2.955 LGA E 191 E 191 0.465 0 0.000 0.461 1.844 95.455 86.465 1.844 LGA A 192 A 192 0.414 0 0.024 0.039 0.553 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.300 0 0.043 0.294 1.656 100.000 90.505 1.656 LGA V 194 V 194 0.261 0 0.020 0.091 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA V 195 V 195 0.239 0 0.000 0.074 0.561 100.000 97.403 0.221 LGA Q 196 Q 196 0.353 0 0.061 0.413 2.182 100.000 81.818 1.798 LGA L 197 L 197 0.246 0 0.011 0.118 0.427 100.000 100.000 0.427 LGA I 198 I 198 0.224 0 0.056 0.160 0.648 100.000 97.727 0.106 LGA F 199 F 199 0.301 0 0.048 0.081 0.579 95.455 98.347 0.345 LGA N 200 N 200 0.480 0 0.049 0.797 2.071 95.455 79.318 1.677 LGA I 201 I 201 0.367 0 0.041 0.068 0.526 95.455 97.727 0.341 LGA F 202 F 202 0.320 0 0.048 0.164 1.206 100.000 87.107 1.173 LGA L 203 L 203 0.345 0 0.037 0.092 0.675 100.000 97.727 0.495 LGA N 204 N 204 0.439 0 0.044 0.195 1.659 100.000 81.136 1.659 LGA G 205 G 205 0.281 0 0.037 0.037 0.447 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.202 0 0.013 0.083 0.934 100.000 93.182 0.934 LGA N 207 N 207 0.520 0 0.000 0.625 3.052 90.909 76.364 0.728 LGA G 208 G 208 0.681 0 0.000 0.000 1.152 82.273 82.273 - LGA K 209 K 209 0.874 0 0.024 0.543 4.011 81.818 63.636 4.011 LGA D 210 D 210 0.983 0 0.090 0.804 2.010 81.818 68.409 1.803 LGA Y 211 Y 211 1.486 0 0.041 0.720 2.287 61.818 58.333 1.856 LGA S 212 S 212 2.445 0 0.643 0.987 6.758 38.636 26.667 6.758 LGA Y 213 Y 213 2.853 0 0.150 1.044 14.717 42.273 14.242 14.717 LGA A 215 A 215 0.647 0 0.177 0.185 1.741 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.198 0 0.000 0.230 0.680 100.000 95.455 0.593 LGA A 217 A 217 0.116 0 0.053 0.075 0.231 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.380 0 0.038 0.203 1.354 100.000 91.212 1.354 LGA H 219 H 219 0.266 0 0.053 0.216 1.098 95.455 87.636 1.043 LGA L 220 L 220 0.355 0 0.015 0.102 0.595 100.000 95.455 0.578 LGA T 221 T 221 0.170 0 0.030 0.035 0.408 100.000 100.000 0.170 LGA N 222 N 222 0.572 0 0.065 0.056 0.963 86.364 86.364 0.534 LGA L 223 L 223 0.736 0 0.066 0.218 1.432 81.818 79.773 0.727 LGA Q 224 Q 224 0.588 0 0.140 0.876 2.949 81.818 72.525 2.949 LGA I 225 I 225 0.627 0 0.052 0.116 0.737 81.818 84.091 0.325 LGA P 226 P 226 0.441 0 0.070 0.122 0.783 90.909 89.610 0.592 LGA T 227 T 227 0.353 0 0.045 0.462 1.194 90.909 84.935 1.194 LGA P 228 P 228 0.659 0 0.000 0.065 0.940 81.818 84.416 0.494 LGA S 229 S 229 1.220 0 0.252 0.243 1.637 73.636 66.061 1.528 LGA G 230 G 230 0.992 0 0.114 0.114 1.543 70.000 70.000 - LGA K 231 K 231 0.460 0 0.029 0.870 4.009 100.000 70.505 4.009 LGA K 232 K 232 0.405 0 0.121 1.107 6.558 90.909 63.232 6.558 LGA R 233 R 233 0.492 0 0.113 1.239 6.382 90.909 51.240 3.266 LGA W 234 W 234 0.642 0 0.044 0.210 1.084 81.818 79.610 1.003 LGA N 235 N 235 0.724 0 0.042 0.352 2.150 81.818 68.409 2.150 LGA Q 236 Q 236 0.737 0 0.000 0.647 2.214 81.818 65.051 2.147 LGA Y 237 Y 237 0.703 0 0.019 1.503 8.050 81.818 42.576 8.050 LGA T 238 T 238 0.365 0 0.026 0.105 0.560 95.455 97.403 0.353 LGA I 239 I 239 0.461 0 0.040 0.114 0.533 100.000 97.727 0.243 LGA K 240 K 240 0.659 0 0.042 0.739 3.654 81.818 68.687 3.654 LGA A 241 A 241 0.479 0 0.033 0.031 0.627 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.255 0 0.035 0.148 0.380 100.000 100.000 0.232 LGA L 243 L 243 0.262 0 0.070 0.131 0.704 95.455 97.727 0.256 LGA Q 244 Q 244 0.124 0 0.251 0.450 3.085 91.364 68.081 2.591 LGA N 245 N 245 0.134 0 0.058 0.090 0.348 100.000 100.000 0.348 LGA E 246 E 246 0.308 0 0.030 0.658 2.903 100.000 78.990 2.903 LGA V 247 V 247 0.306 0 0.026 0.065 0.440 100.000 100.000 0.112 LGA Y 248 Y 248 0.412 0 0.038 0.116 0.773 100.000 93.939 0.773 LGA I 249 I 249 0.080 0 0.028 0.062 0.504 100.000 97.727 0.504 LGA G 250 G 250 0.274 0 0.035 0.035 0.413 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.360 0 0.077 0.098 0.452 100.000 100.000 0.086 LGA V 252 V 252 0.354 0 0.137 0.182 0.929 95.455 92.208 0.758 LGA K 253 K 253 0.402 0 0.020 0.142 0.939 100.000 93.939 0.939 LGA Y 254 Y 254 0.480 0 0.000 0.320 3.275 100.000 67.424 3.275 LGA K 255 K 255 0.859 0 0.039 0.642 1.879 77.727 74.747 1.879 LGA V 256 V 256 1.115 0 0.078 0.080 1.153 65.455 67.792 0.995 LGA R 257 R 257 1.064 0 0.083 1.149 4.198 61.818 52.231 4.198 LGA E 258 E 258 1.381 0 0.112 0.305 4.129 58.182 37.576 4.129 LGA K 259 K 259 1.751 0 0.096 0.571 5.780 54.545 32.727 5.780 LGA T 260 T 260 1.244 0 0.043 0.406 1.934 61.818 59.221 1.533 LGA K 261 K 261 1.707 0 0.025 0.309 3.041 54.545 46.061 3.041 LGA D 262 D 262 1.490 0 0.052 0.682 2.507 54.545 55.227 2.507 LGA G 263 G 263 1.703 0 0.030 0.030 1.731 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.384 0 0.138 0.532 1.966 61.818 65.859 1.966 LGA R 265 R 265 1.499 0 0.112 1.096 7.765 61.818 31.901 7.765 LGA T 266 T 266 1.278 0 0.049 0.267 1.456 65.455 67.792 1.412 LGA I 267 I 267 1.049 0 0.081 0.258 1.782 61.818 63.864 1.782 LGA R 268 R 268 0.561 0 0.025 0.975 2.522 90.909 73.223 2.227 LGA P 269 P 269 0.281 0 0.031 0.071 0.324 100.000 100.000 0.255 LGA E 270 E 270 0.484 0 0.086 0.602 3.194 95.455 73.939 3.194 LGA K 271 K 271 0.462 0 0.068 0.818 4.678 95.455 59.192 4.678 LGA E 272 E 272 0.335 0 0.070 0.591 2.196 100.000 85.455 1.497 LGA Q 273 Q 273 0.252 0 0.073 0.149 0.691 100.000 93.939 0.691 LGA I 274 I 274 0.070 0 0.061 0.125 0.451 100.000 100.000 0.451 LGA V 275 V 275 0.382 0 0.055 0.058 0.433 100.000 100.000 0.218 LGA V 276 V 276 0.420 0 0.048 0.040 0.524 95.455 97.403 0.410 LGA Q 277 Q 277 0.362 0 0.089 0.723 2.390 100.000 79.798 1.625 LGA D 278 D 278 0.198 0 0.107 0.615 1.921 95.455 83.182 1.658 LGA A 279 A 279 0.064 0 0.044 0.070 0.165 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.312 0 0.048 0.119 0.486 100.000 100.000 0.292 LGA A 281 A 281 0.410 0 0.036 0.042 0.639 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.175 0 0.033 0.042 0.390 100.000 100.000 0.378 LGA I 283 I 283 0.430 0 0.033 0.094 0.730 90.909 88.636 0.727 LGA I 284 I 284 0.330 0 0.031 0.071 0.399 100.000 100.000 0.399 LGA D 285 D 285 0.289 0 0.057 0.436 1.512 100.000 89.318 0.938 LGA K 286 K 286 0.295 0 0.000 0.338 2.526 95.455 78.586 2.526 LGA E 287 E 287 0.747 0 0.022 0.905 4.719 81.818 52.121 4.719 LGA Q 288 Q 288 0.753 0 0.040 0.593 2.737 81.818 59.596 2.737 LGA F 289 F 289 0.250 0 0.033 0.136 0.504 100.000 98.347 0.448 LGA Q 290 Q 290 0.220 0 0.029 1.221 4.396 100.000 69.091 2.795 LGA Q 291 Q 291 0.404 0 0.052 0.265 1.918 100.000 84.646 0.790 LGA S 292 S 292 0.322 0 0.090 0.685 2.055 100.000 89.697 2.055 LGA Q 293 Q 293 0.285 0 0.043 0.198 0.600 95.455 97.980 0.383 LGA V 294 V 294 0.152 0 0.037 0.075 0.482 100.000 100.000 0.482 LGA K 295 K 295 0.690 0 0.046 0.305 1.183 81.818 80.202 0.438 LGA I 296 I 296 0.768 0 0.030 0.058 1.330 77.727 80.000 0.460 LGA A 297 A 297 1.011 0 0.106 0.113 1.819 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 1.571 0 0.000 0.280 3.493 44.545 45.000 1.311 LGA K 299 K 299 4.983 0 0.417 0.667 15.155 10.455 4.646 15.155 LGA V 300 V 300 3.190 0 0.089 0.140 4.441 13.182 9.870 4.122 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.984 0.968 2.050 85.687 77.703 59.251 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 95.000 97.674 12.454 LGA_LOCAL RMSD: 0.984 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.984 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.984 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.515660 * X + 0.789409 * Y + -0.333059 * Z + 152.715912 Y_new = -0.854301 * X + -0.503352 * Y + 0.129640 * Z + 148.407089 Z_new = -0.065307 * X + 0.351383 * Y + 0.933951 * Z + 141.302109 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.113862 0.065354 0.359851 [DEG: -121.1154 3.7445 20.6179 ] ZXZ: -1.941992 0.365483 -0.183761 [DEG: -111.2680 20.9406 -10.5287 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS274_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS274_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.674 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS274_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1670 N GLY 165 153.912 184.927 153.326 1.00 85.40 ATOM 1672 CA GLY 165 153.414 185.641 154.495 1.00 85.47 ATOM 1673 C GLY 165 151.913 185.819 154.462 1.00 86.96 ATOM 1674 O GLY 165 151.379 186.858 154.832 1.00 84.39 ATOM 1675 N LYS 166 151.286 184.742 153.972 1.00 86.89 ATOM 1677 CA LYS 166 149.835 184.629 154.005 1.00 86.62 ATOM 1678 CB LYS 166 149.358 184.129 152.625 1.00 85.16 ATOM 1679 CG LYS 166 149.780 185.060 151.465 1.00 82.25 ATOM 1680 CD LYS 166 149.610 184.511 150.031 1.00 79.20 ATOM 1681 CE LYS 166 150.106 185.492 148.942 1.00 74.02 ATOM 1682 NZ LYS 166 150.211 184.861 147.610 1.00 67.15 ATOM 1686 C LYS 166 149.433 183.715 155.165 1.00 87.39 ATOM 1687 O LYS 166 150.096 182.733 155.490 1.00 85.34 ATOM 1688 N TRP 167 148.341 184.107 155.838 1.00 87.61 ATOM 1690 CA TRP 167 147.811 183.294 156.933 1.00 88.02 ATOM 1691 CB TRP 167 147.001 184.171 157.904 1.00 87.38 ATOM 1692 CG TRP 167 146.423 183.385 159.069 1.00 87.53 ATOM 1693 CD2 TRP 167 147.061 183.029 160.316 1.00 86.00 ATOM 1694 CE2 TRP 167 146.100 182.297 161.094 1.00 85.30 ATOM 1695 CE3 TRP 167 148.351 183.268 160.836 1.00 84.85 ATOM 1696 CD1 TRP 167 145.124 182.854 159.165 1.00 84.36 ATOM 1697 NE1 TRP 167 144.926 182.214 160.349 1.00 84.09 ATOM 1699 CZ2 TRP 167 146.452 181.825 162.376 1.00 84.52 ATOM 1700 CZ3 TRP 167 148.688 182.790 162.120 1.00 82.83 ATOM 1701 CH2 TRP 167 147.744 182.072 162.886 1.00 82.34 ATOM 1702 C TRP 167 146.997 182.117 156.423 1.00 87.56 ATOM 1703 O TRP 167 146.070 182.230 155.625 1.00 84.76 ATOM 1704 N ILE 168 147.409 180.950 156.929 1.00 85.03 ATOM 1706 CA ILE 168 146.675 179.765 156.501 1.00 82.97 ATOM 1707 CB ILE 168 147.359 179.010 155.335 1.00 79.66 ATOM 1708 CG2 ILE 168 146.330 178.831 154.217 1.00 73.06 ATOM 1709 CG1 ILE 168 148.656 179.620 154.784 1.00 75.54 ATOM 1710 CD1 ILE 168 149.902 179.327 155.619 1.00 69.31 ATOM 1711 C ILE 168 146.276 178.796 157.604 1.00 81.64 ATOM 1712 O ILE 168 145.776 177.706 157.330 1.00 75.14 ATOM 1713 N SER 169 146.545 179.207 158.848 1.00 81.71 ATOM 1715 CA SER 169 146.011 178.386 159.933 1.00 79.89 ATOM 1716 CB SER 169 146.975 178.422 161.118 1.00 75.92 ATOM 1717 OG SER 169 148.230 177.844 160.729 1.00 71.12 ATOM 1719 C SER 169 144.590 178.816 160.269 1.00 78.86 ATOM 1720 O SER 169 144.012 179.584 159.513 1.00 72.32 ATOM 1721 N GLY 170 144.050 178.284 161.382 1.00 76.97 ATOM 1723 CA GLY 170 142.632 178.518 161.658 1.00 76.22 ATOM 1724 C GLY 170 142.256 179.939 162.037 1.00 78.86 ATOM 1725 O GLY 170 142.251 180.853 161.219 1.00 75.53 ATOM 1726 N LEU 171 141.913 180.079 163.326 1.00 80.29 ATOM 1728 CA LEU 171 141.538 181.422 163.756 1.00 80.05 ATOM 1729 CB LEU 171 140.909 181.407 165.151 1.00 77.18 ATOM 1730 CG LEU 171 139.574 180.661 165.217 1.00 72.94 ATOM 1731 CD1 LEU 171 139.052 180.575 166.652 1.00 67.80 ATOM 1732 CD2 LEU 171 138.529 181.256 164.268 1.00 66.41 ATOM 1733 C LEU 171 142.727 182.346 163.727 1.00 81.52 ATOM 1734 O LEU 171 143.860 181.924 163.940 1.00 79.53 ATOM 1735 N ALA 172 142.389 183.595 163.402 1.00 84.23 ATOM 1737 CA ALA 172 143.407 184.633 163.420 1.00 84.61 ATOM 1738 CB ALA 172 142.880 185.829 162.626 1.00 82.68 ATOM 1739 C ALA 172 143.690 184.998 164.870 1.00 85.57 ATOM 1740 O ALA 172 142.840 184.814 165.740 1.00 83.80 ATOM 1741 N PRO 173 144.936 185.453 165.139 1.00 86.76 ATOM 1742 CD PRO 173 146.047 185.616 164.207 1.00 85.12 ATOM 1743 CA PRO 173 145.266 185.845 166.512 1.00 86.91 ATOM 1744 CB PRO 173 146.780 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144.116 191.784 165.560 1.00 89.48 ATOM 1766 O GLY 175 144.447 192.771 164.911 1.00 86.91 ATOM 1767 N TYR 176 143.901 190.586 165.009 1.00 90.09 ATOM 1769 CA TYR 176 144.031 190.484 163.564 1.00 90.52 ATOM 1770 CB TYR 176 145.337 189.782 163.174 1.00 90.47 ATOM 1771 CG TYR 176 146.559 190.642 163.423 1.00 91.26 ATOM 1772 CD1 TYR 176 146.787 191.768 162.606 1.00 85.71 ATOM 1773 CE1 TYR 176 147.950 192.531 162.804 1.00 84.73 ATOM 1774 CD2 TYR 176 147.457 190.279 164.451 1.00 86.07 ATOM 1775 CE2 TYR 176 148.624 191.040 164.644 1.00 84.96 ATOM 1776 CZ TYR 176 148.862 192.155 163.813 1.00 89.39 ATOM 1777 OH TYR 176 150.015 192.906 163.987 1.00 88.35 ATOM 1779 C TYR 176 142.862 189.737 162.970 1.00 90.43 ATOM 1780 O TYR 176 142.415 188.719 163.484 1.00 88.60 ATOM 1781 N GLN 177 142.406 190.282 161.842 1.00 89.51 ATOM 1783 CA GLN 177 141.433 189.527 161.068 1.00 89.29 ATOM 1784 CB GLN 177 140.164 190.347 160.814 1.00 87.23 ATOM 1785 CG GLN 177 140.389 191.702 160.138 1.00 79.21 ATOM 1786 CD GLN 177 139.042 192.300 159.805 1.00 78.79 ATOM 1787 OE1 GLN 177 138.316 191.782 158.961 1.00 69.70 ATOM 1788 NE2 GLN 177 138.737 193.402 160.492 1.00 68.54 ATOM 1791 C GLN 177 142.022 189.003 159.775 1.00 89.60 ATOM 1792 O GLN 177 143.046 189.455 159.274 1.00 87.67 ATOM 1793 N LEU 178 141.319 187.997 159.241 1.00 87.96 ATOM 1795 CA LEU 178 141.802 187.458 157.976 1.00 87.48 ATOM 1796 CB LEU 178 141.614 185.936 157.922 1.00 85.35 ATOM 1797 CG LEU 178 142.213 185.266 156.676 1.00 82.30 ATOM 1798 CD1 LEU 178 143.723 185.468 156.564 1.00 73.99 ATOM 1799 CD2 LEU 178 141.844 183.786 156.596 1.00 74.89 ATOM 1800 C LEU 178 141.192 188.135 156.764 1.00 87.41 ATOM 1801 O LEU 178 140.044 187.922 156.384 1.00 85.28 ATOM 1802 N ASN 179 142.065 188.921 156.131 1.00 86.38 ATOM 1804 CA ASN 179 141.700 189.489 154.838 1.00 85.61 ATOM 1805 CB ASN 179 142.728 190.551 154.467 1.00 83.89 ATOM 1806 CG ASN 179 142.362 191.282 153.192 1.00 81.44 ATOM 1807 OD1 ASN 179 142.009 190.697 152.166 1.00 72.23 ATOM 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