####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS269_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS269_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 80 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 81 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 68 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 53 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 95 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 4 114 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 14 49 118 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 46 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 53 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 66 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 45 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 17 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 64 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 82 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 83 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 21 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 28 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 48 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 7 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 100 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 33 69 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 4 10 53 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 16 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 81 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 62 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 105 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 113 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 117 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 86.67 93.33 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.47 0.61 0.78 0.80 0.88 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 1.01 0.98 0.94 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.555 0 0.028 0.028 0.601 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.473 0 0.000 0.125 1.417 100.000 88.081 1.417 LGA W 167 W 167 0.407 0 0.185 0.210 0.856 95.455 88.312 0.584 LGA I 168 I 168 0.792 0 0.266 1.624 3.714 82.273 65.227 1.921 LGA S 169 S 169 0.462 0 0.038 0.093 0.622 86.364 87.879 0.549 LGA G 170 G 170 0.711 0 0.041 0.041 0.711 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.863 0 0.112 1.320 6.028 81.818 51.818 3.704 LGA A 172 A 172 0.718 0 0.025 0.031 0.776 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.553 0 0.023 0.079 0.680 81.818 89.610 0.374 LGA Y 174 Y 174 0.541 0 0.028 0.206 1.354 81.818 77.727 1.354 LGA G 175 G 175 0.466 0 0.054 0.054 0.554 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.674 0 0.000 0.181 0.846 81.818 89.394 0.400 LGA Q 177 Q 177 1.083 0 0.109 0.508 2.042 77.727 69.697 1.323 LGA L 178 L 178 0.832 0 0.056 0.156 1.784 77.727 71.818 1.784 LGA N 179 N 179 1.224 0 0.175 0.847 5.203 65.909 40.000 5.203 LGA K 180 K 180 3.329 0 0.238 0.930 13.017 29.545 13.131 13.017 LGA K 181 K 181 1.959 0 0.347 0.928 10.400 65.909 30.707 10.400 LGA T 182 T 182 0.839 0 0.019 1.134 3.541 77.727 64.935 3.541 LGA S 183 S 183 1.017 0 0.092 0.089 1.517 74.091 68.788 1.517 LGA K 184 K 184 0.810 0 0.055 0.830 2.880 77.727 70.303 2.880 LGA L 185 L 185 0.557 0 0.055 0.093 0.797 81.818 90.909 0.415 LGA D 186 D 186 0.403 0 0.098 0.252 0.902 86.364 88.636 0.724 LGA P 187 P 187 0.860 0 0.029 0.086 1.723 70.000 70.390 1.043 LGA V 188 V 188 1.233 0 0.000 0.040 1.331 65.455 65.455 1.229 LGA E 189 E 189 1.001 0 0.032 0.260 1.157 73.636 74.545 1.002 LGA D 190 D 190 0.615 0 0.060 0.096 1.024 86.364 82.045 1.024 LGA E 191 E 191 0.509 0 0.032 0.066 0.772 90.909 85.859 0.772 LGA A 192 A 192 0.265 0 0.042 0.043 0.397 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.309 0 0.083 0.149 1.393 100.000 88.283 1.393 LGA V 194 V 194 0.282 0 0.013 0.041 0.407 100.000 100.000 0.407 LGA V 195 V 195 0.202 0 0.022 0.037 0.271 100.000 100.000 0.154 LGA Q 196 Q 196 0.299 0 0.026 0.235 1.013 100.000 92.121 0.956 LGA L 197 L 197 0.329 0 0.033 0.061 0.396 100.000 100.000 0.362 LGA I 198 I 198 0.240 0 0.044 0.083 0.388 100.000 100.000 0.335 LGA F 199 F 199 0.202 0 0.035 0.122 0.406 100.000 100.000 0.168 LGA N 200 N 200 0.219 0 0.044 0.910 2.135 100.000 86.136 1.703 LGA I 201 I 201 0.236 0 0.043 0.050 0.557 100.000 97.727 0.557 LGA F 202 F 202 0.175 0 0.000 0.060 0.255 100.000 100.000 0.152 LGA L 203 L 203 0.291 0 0.092 0.178 0.806 95.455 93.182 0.533 LGA N 204 N 204 0.391 0 0.027 0.166 1.247 100.000 86.818 1.065 LGA G 205 G 205 0.498 0 0.065 0.065 0.498 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.322 0 0.063 1.388 3.464 90.909 70.682 1.953 LGA N 207 N 207 0.996 0 0.000 0.115 1.179 73.636 71.591 1.074 LGA G 208 G 208 1.024 0 0.036 0.036 1.399 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 0.952 0 0.074 0.254 2.697 81.818 65.657 2.697 LGA D 210 D 210 1.060 0 0.158 0.873 1.929 73.636 65.909 1.579 LGA Y 211 Y 211 1.516 0 0.070 0.675 2.169 58.182 57.121 1.620 LGA S 212 S 212 2.056 0 0.646 0.799 5.763 41.818 29.697 5.763 LGA Y 213 Y 213 3.139 0 0.170 1.021 14.464 36.364 12.273 14.464 LGA A 215 A 215 0.916 0 0.152 0.159 1.989 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.492 0 0.000 0.104 0.636 95.455 90.909 0.567 LGA A 217 A 217 0.498 0 0.054 0.070 0.540 95.455 92.727 - LGA S 218 S 218 0.380 0 0.000 0.065 0.918 95.455 90.909 0.918 LGA H 219 H 219 0.245 0 0.015 0.106 0.677 100.000 94.545 0.677 LGA L 220 L 220 0.324 0 0.006 0.091 0.387 100.000 100.000 0.358 LGA T 221 T 221 0.165 0 0.000 0.016 0.268 100.000 100.000 0.268 LGA N 222 N 222 0.285 0 0.034 0.151 0.627 95.455 97.727 0.369 LGA L 223 L 223 0.661 0 0.037 0.107 0.928 81.818 81.818 0.757 LGA Q 224 Q 224 0.413 0 0.041 0.169 1.142 90.909 84.242 1.005 LGA I 225 I 225 0.336 0 0.050 0.080 0.539 100.000 97.727 0.482 LGA P 226 P 226 0.327 0 0.038 0.057 0.624 95.455 92.208 0.624 LGA T 227 T 227 0.457 0 0.041 0.109 0.798 95.455 92.208 0.798 LGA P 228 P 228 0.520 0 0.129 0.155 0.536 86.364 92.208 0.258 LGA S 229 S 229 0.527 0 0.081 0.608 2.021 90.909 80.606 2.021 LGA G 230 G 230 0.655 0 0.058 0.058 0.935 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.454 0 0.036 0.502 1.028 100.000 92.121 1.028 LGA K 232 K 232 0.584 0 0.114 0.219 1.535 90.909 78.788 1.535 LGA R 233 R 233 0.578 0 0.062 1.282 5.822 86.364 55.537 4.871 LGA W 234 W 234 0.336 0 0.076 0.174 0.531 100.000 97.403 0.488 LGA N 235 N 235 0.529 0 0.016 0.464 2.048 90.909 78.864 2.048 LGA Q 236 Q 236 0.410 0 0.000 0.750 2.501 100.000 78.586 2.501 LGA Y 237 Y 237 0.418 0 0.102 0.229 0.909 95.455 92.424 0.909 LGA T 238 T 238 0.182 0 0.033 0.133 0.388 100.000 100.000 0.388 LGA I 239 I 239 0.220 0 0.065 0.151 0.420 100.000 100.000 0.420 LGA K 240 K 240 0.498 0 0.036 0.166 3.274 100.000 71.515 3.274 LGA A 241 A 241 0.447 0 0.067 0.079 0.599 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.282 0 0.019 0.070 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA L 243 L 243 0.248 0 0.036 0.073 0.543 95.455 97.727 0.244 LGA Q 244 Q 244 0.097 0 0.102 0.281 1.159 95.455 90.101 0.654 LGA N 245 N 245 0.080 0 0.015 0.107 0.637 100.000 97.727 0.112 LGA E 246 E 246 0.111 0 0.032 0.575 1.919 100.000 88.687 1.216 LGA V 247 V 247 0.173 0 0.040 0.067 0.393 100.000 100.000 0.217 LGA Y 248 Y 248 0.327 0 0.048 0.109 0.984 100.000 92.424 0.984 LGA I 249 I 249 0.209 0 0.022 0.055 0.349 100.000 100.000 0.177 LGA G 250 G 250 0.180 0 0.043 0.043 0.180 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.373 0 0.077 0.104 0.529 100.000 97.403 0.399 LGA V 252 V 252 0.413 0 0.054 0.130 0.866 90.909 92.208 0.793 LGA K 253 K 253 0.305 0 0.122 0.184 0.891 95.455 97.980 0.353 LGA Y 254 Y 254 0.664 0 0.056 0.176 2.594 86.364 63.636 2.594 LGA K 255 K 255 1.006 0 0.095 0.181 1.034 69.545 80.404 0.373 LGA V 256 V 256 1.151 0 0.077 0.080 1.301 69.545 67.792 1.133 LGA R 257 R 257 0.907 0 0.027 1.044 4.530 73.636 56.860 3.090 LGA E 258 E 258 0.874 0 0.039 0.181 1.499 73.636 72.727 1.499 LGA K 259 K 259 1.364 0 0.038 0.151 2.244 65.455 53.131 2.244 LGA T 260 T 260 1.627 0 0.020 0.068 2.247 48.182 51.429 1.723 LGA K 261 K 261 3.079 0 0.036 0.207 4.992 18.636 13.535 4.992 LGA D 262 D 262 2.845 0 0.048 1.046 4.048 32.727 24.091 3.814 LGA G 263 G 263 2.200 0 0.021 0.021 2.284 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.335 0 0.078 0.436 2.345 61.818 60.808 2.345 LGA R 265 R 265 1.170 0 0.030 0.958 5.560 78.182 48.430 5.560 LGA T 266 T 266 0.558 0 0.047 0.044 0.738 81.818 87.013 0.583 LGA I 267 I 267 0.552 0 0.000 0.101 0.683 81.818 81.818 0.683 LGA R 268 R 268 0.512 0 0.023 0.959 2.597 81.818 72.893 2.597 LGA P 269 P 269 0.540 0 0.051 0.054 0.726 81.818 81.818 0.726 LGA E 270 E 270 0.678 0 0.000 0.307 0.800 81.818 83.838 0.765 LGA K 271 K 271 0.856 0 0.085 0.751 4.253 81.818 57.172 4.253 LGA E 272 E 272 0.511 0 0.112 0.188 0.877 81.818 85.859 0.797 LGA Q 273 Q 273 0.866 0 0.067 0.077 1.017 81.818 80.000 1.017 LGA I 274 I 274 0.728 0 0.040 0.096 1.197 77.727 77.727 1.197 LGA V 275 V 275 0.544 0 0.060 0.135 0.887 90.909 87.013 0.636 LGA V 276 V 276 0.307 0 0.046 0.064 0.570 100.000 94.805 0.546 LGA Q 277 Q 277 0.190 0 0.050 0.602 3.064 100.000 78.586 3.064 LGA D 278 D 278 0.249 0 0.080 0.082 0.670 95.455 95.455 0.670 LGA A 279 A 279 0.206 0 0.050 0.049 0.357 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.370 0 0.031 0.163 0.641 100.000 98.182 0.463 LGA A 281 A 281 0.629 0 0.067 0.064 0.872 90.909 89.091 - LGA P 282 P 282 0.191 0 0.044 0.050 0.371 100.000 100.000 0.291 LGA I 283 I 283 0.338 0 0.078 0.096 0.609 95.455 93.182 0.580 LGA I 284 I 284 0.197 0 0.018 0.083 0.311 100.000 100.000 0.018 LGA D 285 D 285 0.350 0 0.064 0.915 3.104 100.000 73.636 3.104 LGA K 286 K 286 0.456 0 0.000 0.241 1.221 95.455 90.101 1.221 LGA E 287 E 287 0.600 0 0.052 0.692 3.981 86.364 60.202 3.981 LGA Q 288 Q 288 0.472 0 0.026 0.369 2.162 95.455 76.768 2.162 LGA F 289 F 289 0.409 0 0.034 0.102 0.531 100.000 96.694 0.448 LGA Q 290 Q 290 0.641 0 0.054 1.282 3.874 81.818 58.586 3.445 LGA Q 291 Q 291 0.557 0 0.059 0.100 0.644 86.364 83.838 0.644 LGA S 292 S 292 0.496 0 0.099 0.719 2.643 86.364 75.758 2.643 LGA Q 293 Q 293 0.596 0 0.030 0.245 1.033 86.364 84.040 1.033 LGA V 294 V 294 0.827 0 0.047 0.072 1.160 81.818 77.143 1.160 LGA K 295 K 295 0.261 0 0.054 0.274 0.787 100.000 95.960 0.787 LGA I 296 I 296 0.620 0 0.023 0.074 1.220 86.364 82.045 0.876 LGA A 297 A 297 1.185 0 0.085 0.088 1.576 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.338 0 0.101 0.166 2.393 78.636 63.409 2.110 LGA K 299 K 299 2.803 0 0.421 0.704 12.409 52.273 23.434 12.409 LGA V 300 V 300 1.704 0 0.115 0.094 3.711 51.364 35.065 3.675 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.917 0.871 1.803 85.576 79.463 63.759 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.741 97.999 13.277 LGA_LOCAL RMSD: 0.917 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.917 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.917 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.944707 * X + -0.326848 * Y + -0.026452 * Z + 152.710052 Y_new = -0.266844 * X + -0.813141 * Y + 0.517298 * Z + 174.504807 Z_new = -0.190587 * X + -0.481636 * Y + -0.855397 * Z + 170.394012 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.275290 0.191760 -2.628781 [DEG: -15.7730 10.9870 -150.6181 ] ZXZ: -3.090501 2.597112 -2.764792 [DEG: -177.0727 148.8036 -158.4109 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS269_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS269_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.999 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS269_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.835 185.182 153.395 1.00 96.31 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.313 185.873 154.568 1.00 96.31 C ATOM 2719 C GLY 165 151.809 185.739 154.790 1.00 96.31 C ATOM 2720 O GLY 165 151.222 186.539 155.523 1.00 96.31 O ATOM 2724 N LYS 166 151.161 184.768 154.141 1.00 95.56 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.724 184.601 154.302 1.00 95.56 C ATOM 2726 C LYS 166 149.403 183.852 155.579 1.00 95.56 C ATOM 2727 O LYS 166 150.178 183.010 156.046 1.00 95.56 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.129 183.890 153.093 1.00 95.56 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.217 184.727 151.816 1.00 95.56 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.648 184.019 150.582 1.00 95.56 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.684 184.957 149.373 1.00 95.56 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.116 184.336 148.141 1.00 95.56 N ATOM 2746 N TRP 167 148.251 184.152 156.153 1.00 96.19 N ATOM 2747 CA TRP 167 147.832 183.463 157.343 1.00 96.19 C ATOM 2748 C TRP 167 146.992 182.275 156.920 1.00 96.19 C ATOM 2749 O TRP 167 145.853 182.402 156.472 1.00 96.19 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.045 184.414 158.229 1.00 96.19 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.749 183.897 159.596 1.00 96.19 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.592 183.363 160.106 1.00 96.19 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.695 183.895 160.669 1.00 96.19 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.781 183.040 161.427 1.00 96.19 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 147.058 183.353 161.779 1.00 96.19 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 149.020 184.309 160.774 1.00 96.19 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 147.704 183.210 162.983 1.00 96.19 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 149.669 184.173 161.980 1.00 96.19 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 149.031 183.637 163.058 1.00 96.19 C ATOM 2770 N ILE 168 147.574 181.104 157.082 1.00 94.31 N ATOM 2771 CA ILE 168 146.983 179.844 156.679 1.00 94.31 C ATOM 2772 C ILE 168 146.948 178.945 157.903 1.00 94.31 C ATOM 2773 O ILE 168 147.012 177.718 157.813 1.00 94.31 O ATOM 2774 CB ILE 168 147.777 179.204 155.527 1.00 94.31 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 149.231 178.996 155.953 1.00 94.31 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 147.706 180.122 154.275 1.00 94.31 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 149.992 178.119 155.045 1.00 94.31 C ATOM 2789 N SER 169 146.880 179.599 159.054 1.00 89.44 N ATOM 2790 CA SER 169 146.936 178.978 160.362 1.00 89.44 C ATOM 2791 C SER 169 145.650 179.129 161.170 1.00 89.44 C ATOM 2792 O SER 169 145.696 179.317 162.386 1.00 89.44 O ATOM 2793 CB SER 169 148.085 179.578 161.151 1.00 89.44 C ATOM 2794 OG SER 169 149.316 179.345 160.521 1.00 89.44 O ATOM 2800 N GLY 170 144.501 179.024 160.504 1.00 92.88 N ATOM 2801 CA 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