####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS269_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS269_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 72 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 69 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 51 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 104 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 4 105 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 15 74 122 129 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 70 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 31 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 27 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 26 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 72 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 78 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 70 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 44 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 114 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 113 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 105 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 32 95 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 42 126 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 26 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 79 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 78 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 71 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 122 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 115 124 130 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 85.19 91.85 96.30 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.48 0.59 0.78 0.84 0.93 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.08 1.03 1.01 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.551 0 0.026 0.026 0.576 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.420 0 0.000 0.136 1.475 100.000 88.081 1.475 LGA W 167 W 167 0.382 0 0.200 0.223 0.893 90.909 85.714 0.677 LGA I 168 I 168 1.133 0 0.099 1.574 3.781 82.273 63.409 1.951 LGA S 169 S 169 0.391 0 0.077 0.083 0.498 100.000 100.000 0.498 LGA G 170 G 170 0.612 0 0.048 0.048 0.630 86.364 86.364 - LGA L 171 L 171 0.709 0 0.091 1.325 5.875 86.364 54.091 3.508 LGA A 172 A 172 0.694 0 0.022 0.031 0.704 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.573 0 0.028 0.074 0.690 81.818 84.416 0.458 LGA Y 174 Y 174 0.509 0 0.031 0.203 1.327 86.364 80.758 1.327 LGA G 175 G 175 0.454 0 0.052 0.052 0.518 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.733 0 0.000 0.184 0.901 81.818 87.879 0.461 LGA Q 177 Q 177 1.173 0 0.105 0.517 2.223 73.636 66.061 1.454 LGA L 178 L 178 0.897 0 0.056 0.163 1.645 73.636 69.773 1.645 LGA N 179 N 179 1.165 0 0.174 0.811 5.092 65.909 40.000 5.092 LGA K 180 K 180 3.270 0 0.240 0.932 13.023 29.545 13.131 13.023 LGA K 181 K 181 1.994 0 0.369 0.937 10.497 65.909 30.505 10.497 LGA T 182 T 182 0.676 0 0.000 1.118 3.148 86.364 72.987 3.148 LGA S 183 S 183 1.027 0 0.206 0.184 1.619 78.182 71.515 1.619 LGA K 184 K 184 0.983 0 0.049 0.854 2.735 77.727 70.303 2.735 LGA L 185 L 185 0.621 0 0.068 0.115 0.868 81.818 84.091 0.463 LGA D 186 D 186 0.401 0 0.101 0.261 0.966 86.364 88.636 0.647 LGA P 187 P 187 0.727 0 0.020 0.293 1.814 70.000 72.727 0.646 LGA V 188 V 188 1.222 0 0.000 0.042 1.319 65.455 65.455 1.252 LGA E 189 E 189 1.025 0 0.030 0.267 1.162 73.636 74.545 1.027 LGA D 190 D 190 0.698 0 0.054 0.085 1.136 86.364 82.045 1.136 LGA E 191 E 191 0.514 0 0.030 0.075 0.865 90.909 85.859 0.865 LGA A 192 A 192 0.254 0 0.042 0.041 0.392 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.289 0 0.051 0.104 1.322 100.000 88.283 1.322 LGA V 194 V 194 0.225 0 0.000 0.052 0.339 100.000 100.000 0.336 LGA V 195 V 195 0.184 0 0.021 0.045 0.269 100.000 100.000 0.151 LGA Q 196 Q 196 0.291 0 0.032 0.241 1.076 100.000 90.303 1.004 LGA L 197 L 197 0.310 0 0.007 0.070 0.392 100.000 100.000 0.342 LGA I 198 I 198 0.223 0 0.049 0.086 0.442 100.000 100.000 0.346 LGA F 199 F 199 0.231 0 0.037 0.109 0.448 100.000 100.000 0.235 LGA N 200 N 200 0.240 0 0.057 0.879 1.922 100.000 87.727 1.726 LGA I 201 I 201 0.176 0 0.046 0.043 0.459 100.000 100.000 0.459 LGA F 202 F 202 0.194 0 0.010 0.061 0.290 100.000 100.000 0.194 LGA L 203 L 203 0.232 0 0.097 0.175 0.797 100.000 95.455 0.539 LGA N 204 N 204 0.207 0 0.036 0.186 1.203 100.000 86.818 1.040 LGA G 205 G 205 0.539 0 0.045 0.045 0.621 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.359 0 0.067 0.129 0.851 86.364 88.636 0.851 LGA N 207 N 207 0.724 0 0.000 0.083 0.854 81.818 81.818 0.793 LGA G 208 G 208 0.886 0 0.033 0.033 1.279 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.012 0 0.082 0.257 2.627 77.727 62.020 2.627 LGA D 210 D 210 1.138 0 0.127 0.841 1.930 73.636 65.909 1.669 LGA Y 211 Y 211 1.473 0 0.087 0.561 1.904 65.455 60.606 1.676 LGA S 212 S 212 2.024 0 0.644 0.796 5.820 41.818 29.697 5.820 LGA Y 213 Y 213 3.063 0 0.166 1.031 14.377 36.364 12.273 14.377 LGA A 215 A 215 0.907 0 0.151 0.160 1.949 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.480 0 0.000 0.107 0.611 95.455 93.182 0.585 LGA A 217 A 217 0.515 0 0.053 0.068 0.555 90.909 89.091 - LGA S 218 S 218 0.457 0 0.000 0.067 0.922 95.455 90.909 0.922 LGA H 219 H 219 0.396 0 0.022 0.147 0.702 100.000 92.727 0.702 LGA L 220 L 220 0.455 0 0.000 0.088 0.504 100.000 97.727 0.428 LGA T 221 T 221 0.373 0 0.000 0.017 0.431 100.000 100.000 0.361 LGA N 222 N 222 0.296 0 0.032 0.149 0.531 95.455 95.455 0.531 LGA L 223 L 223 0.667 0 0.036 0.107 0.871 86.364 84.091 0.764 LGA Q 224 Q 224 0.596 0 0.041 0.142 1.318 81.818 76.364 1.094 LGA I 225 I 225 0.443 0 0.052 0.080 0.579 100.000 93.182 0.534 LGA P 226 P 226 0.495 0 0.033 0.053 0.797 90.909 87.013 0.797 LGA T 227 T 227 0.581 0 0.033 0.115 0.951 81.818 81.818 0.951 LGA P 228 P 228 0.555 0 0.126 0.150 0.581 81.818 89.610 0.300 LGA S 229 S 229 0.617 0 0.098 0.089 0.807 86.364 84.848 0.792 LGA G 230 G 230 0.708 0 0.063 0.063 0.935 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.500 0 0.029 0.522 1.005 95.455 86.061 0.942 LGA K 232 K 232 0.627 0 0.108 0.205 1.515 81.818 74.747 1.515 LGA R 233 R 233 0.619 0 0.080 1.136 6.317 86.364 44.959 4.437 LGA W 234 W 234 0.176 0 0.063 0.167 0.615 100.000 96.104 0.580 LGA N 235 N 235 0.508 0 0.016 0.407 2.042 90.909 78.864 2.042 LGA Q 236 Q 236 0.475 0 0.000 0.754 2.667 100.000 76.970 2.667 LGA Y 237 Y 237 0.560 0 0.102 0.230 0.830 86.364 87.879 0.732 LGA T 238 T 238 0.252 0 0.033 0.129 0.362 100.000 100.000 0.362 LGA I 239 I 239 0.261 0 0.066 0.151 0.396 100.000 100.000 0.396 LGA K 240 K 240 0.575 0 0.033 0.164 3.298 90.909 67.475 3.298 LGA A 241 A 241 0.477 0 0.066 0.077 0.603 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.273 0 0.016 0.066 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA L 243 L 243 0.307 0 0.034 0.071 0.592 95.455 97.727 0.314 LGA Q 244 Q 244 0.186 0 0.102 0.273 1.010 95.455 92.121 0.588 LGA N 245 N 245 0.174 0 0.012 0.111 0.644 100.000 97.727 0.035 LGA E 246 E 246 0.157 0 0.031 0.565 1.680 100.000 88.687 1.147 LGA V 247 V 247 0.217 0 0.039 0.067 0.423 100.000 100.000 0.257 LGA Y 248 Y 248 0.362 0 0.054 0.111 0.996 100.000 92.424 0.996 LGA I 249 I 249 0.234 0 0.025 0.055 0.395 100.000 100.000 0.268 LGA G 250 G 250 0.154 0 0.041 0.041 0.204 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.447 0 0.076 0.103 0.641 95.455 94.805 0.455 LGA V 252 V 252 0.416 0 0.040 0.120 0.889 90.909 92.208 0.722 LGA K 253 K 253 0.283 0 0.035 0.087 0.509 100.000 97.980 0.509 LGA Y 254 Y 254 0.670 0 0.049 0.193 2.418 86.364 69.091 2.418 LGA K 255 K 255 1.099 0 0.091 0.197 1.150 69.545 76.364 0.660 LGA V 256 V 256 1.280 0 0.083 0.086 1.407 69.545 67.792 1.260 LGA R 257 R 257 1.119 0 0.000 1.083 4.546 65.455 51.405 2.749 LGA E 258 E 258 1.118 0 0.035 0.265 1.958 65.455 63.838 1.958 LGA K 259 K 259 1.631 0 0.037 0.158 2.551 54.545 44.242 2.551 LGA T 260 T 260 1.893 0 0.023 0.071 2.571 41.818 45.714 1.929 LGA K 261 K 261 3.448 0 0.028 0.207 5.433 16.818 10.707 5.433 LGA D 262 D 262 3.219 0 0.048 1.039 4.297 22.727 16.364 4.121 LGA G 263 G 263 2.535 0 0.024 0.024 2.631 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.515 0 0.082 0.436 2.462 50.909 55.960 2.462 LGA R 265 R 265 1.309 0 0.033 0.950 5.508 70.000 45.455 5.508 LGA T 266 T 266 0.742 0 0.048 0.049 0.921 81.818 81.818 0.791 LGA I 267 I 267 0.740 0 0.000 0.108 0.898 81.818 81.818 0.898 LGA R 268 R 268 0.618 0 0.021 0.960 2.497 81.818 73.884 2.497 LGA P 269 P 269 0.565 0 0.050 0.054 0.701 81.818 81.818 0.701 LGA E 270 E 270 0.703 0 0.000 0.280 0.927 81.818 83.838 0.456 LGA K 271 K 271 0.596 0 0.073 0.715 3.692 81.818 60.808 3.692 LGA E 272 E 272 0.571 0 0.123 0.194 1.065 81.818 80.000 0.991 LGA Q 273 Q 273 0.881 0 0.053 0.071 1.055 81.818 80.000 1.055 LGA I 274 I 274 0.674 0 0.030 0.081 0.979 81.818 81.818 0.979 LGA V 275 V 275 0.534 0 0.055 0.128 0.856 90.909 87.013 0.634 LGA V 276 V 276 0.331 0 0.041 0.054 0.556 100.000 97.403 0.479 LGA Q 277 Q 277 0.253 0 0.059 0.610 3.123 100.000 76.566 3.123 LGA D 278 D 278 0.283 0 0.080 0.078 0.774 95.455 93.182 0.774 LGA A 279 A 279 0.194 0 0.041 0.040 0.312 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.337 0 0.029 0.158 0.598 100.000 98.182 0.414 LGA A 281 A 281 0.551 0 0.052 0.050 0.768 90.909 89.091 - LGA P 282 P 282 0.193 0 0.043 0.048 0.341 100.000 100.000 0.279 LGA I 283 I 283 0.405 0 0.077 0.097 0.648 95.455 90.909 0.622 LGA I 284 I 284 0.315 0 0.000 0.077 0.334 100.000 100.000 0.117 LGA D 285 D 285 0.411 0 0.070 0.159 1.069 95.455 88.864 1.069 LGA K 286 K 286 0.549 0 0.000 0.234 1.124 86.364 84.040 1.124 LGA E 287 E 287 0.682 0 0.049 0.348 1.741 81.818 74.747 1.039 LGA Q 288 Q 288 0.512 0 0.028 0.417 2.711 90.909 71.515 2.711 LGA F 289 F 289 0.454 0 0.033 0.103 0.578 95.455 88.430 0.504 LGA Q 290 Q 290 0.723 0 0.056 1.289 3.709 81.818 58.586 3.282 LGA Q 291 Q 291 0.578 0 0.056 0.098 0.670 86.364 83.838 0.670 LGA S 292 S 292 0.516 0 0.098 0.718 2.649 81.818 72.727 2.649 LGA Q 293 Q 293 0.641 0 0.029 0.250 1.067 81.818 80.000 1.067 LGA V 294 V 294 0.832 0 0.049 0.076 1.161 81.818 77.143 1.161 LGA K 295 K 295 0.205 0 0.052 0.278 0.770 100.000 95.960 0.770 LGA I 296 I 296 0.684 0 0.021 0.071 1.283 86.364 82.045 0.906 LGA A 297 A 297 1.180 0 0.086 0.090 1.583 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.239 0 0.103 0.163 2.297 74.545 65.000 1.961 LGA K 299 K 299 2.971 0 0.423 0.699 12.602 48.636 21.818 12.602 LGA V 300 V 300 1.685 0 0.117 0.098 3.783 54.545 36.883 3.621 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.967 0.921 1.816 84.347 78.705 65.485 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 95.370 97.723 12.658 LGA_LOCAL RMSD: 0.967 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.967 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.967 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.883101 * X + 0.339588 * Y + 0.323747 * Z + 154.360977 Y_new = 0.387555 * X + 0.139050 * Y + 0.911299 * Z + 174.697754 Z_new = 0.264449 * X + 0.930239 * Y + -0.254404 * Z + 170.677643 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.728044 -0.267633 1.837751 [DEG: 156.3054 -15.3342 105.2954 ] ZXZ: 2.800241 1.828028 0.276974 [DEG: 160.4420 104.7383 15.8694 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS269_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS269_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.723 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS269_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.830 185.135 153.379 1.00 96.00 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.316 185.871 154.524 1.00 96.00 C ATOM 2719 C GLY 165 151.808 185.775 154.713 1.00 96.00 C ATOM 2720 O GLY 165 151.221 186.598 155.420 1.00 96.00 O ATOM 2724 N LYS 166 151.153 184.812 154.058 1.00 95.38 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.711 184.680 154.191 1.00 95.38 C ATOM 2726 C LYS 166 149.352 183.971 155.472 1.00 95.38 C ATOM 2727 O LYS 166 150.100 183.126 155.979 1.00 95.38 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.109 183.963 152.988 1.00 95.38 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.200 184.774 151.694 1.00 95.38 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.594 184.047 150.488 1.00 95.38 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.606 184.956 149.257 1.00 95.38 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.024 184.305 148.047 1.00 95.38 N ATOM 2746 N TRP 167 148.200 184.316 156.012 1.00 95.88 N ATOM 2747 CA TRP 167 147.756 183.665 157.215 1.00 95.88 C ATOM 2748 C TRP 167 146.854 182.519 156.828 1.00 95.88 C ATOM 2749 O TRP 167 145.743 182.713 156.338 1.00 95.88 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.021 184.643 158.114 1.00 95.88 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.741 184.108 159.482 1.00 95.88 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.592 183.565 160.008 1.00 95.88 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.709 184.085 160.537 1.00 95.88 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.812 183.224 161.322 1.00 95.88 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 147.094 183.531 161.649 1.00 95.88 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 149.037 184.493 160.623 1.00 95.88 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 147.763 183.370 162.839 1.00 95.88 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