####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS269_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS269_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 80 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 82 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 84 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 52 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 106 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 4 89 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 13 70 122 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 72 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 51 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 51 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 21 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 71 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 31 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 40 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 52 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 114 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 101 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 3 77 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 11 75 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 15 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 75 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 74 125 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 60 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 115 124 130 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 85.19 91.85 96.30 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.49 0.58 0.79 0.85 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.04 0.99 0.98 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.521 0 0.027 0.027 0.548 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.455 0 0.000 0.139 1.484 100.000 86.263 1.484 LGA W 167 W 167 0.351 0 0.195 0.220 0.843 95.455 90.909 0.599 LGA I 168 I 168 0.890 0 0.227 1.606 3.746 86.364 65.455 1.826 LGA S 169 S 169 0.483 0 0.206 0.211 1.434 82.273 85.152 0.502 LGA G 170 G 170 0.499 0 0.024 0.024 0.499 100.000 100.000 - LGA L 171 L 171 0.766 0 0.102 1.320 5.868 81.818 52.727 3.451 LGA A 172 A 172 0.720 0 0.030 0.035 0.745 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.572 0 0.028 0.076 0.691 81.818 87.013 0.440 LGA Y 174 Y 174 0.531 0 0.029 0.210 1.415 81.818 79.242 1.415 LGA G 175 G 175 0.458 0 0.049 0.049 0.529 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.723 0 0.000 0.186 0.875 81.818 87.879 0.462 LGA Q 177 Q 177 1.094 0 0.101 0.565 1.869 73.636 71.111 1.483 LGA L 178 L 178 0.903 0 0.049 0.179 1.681 73.636 69.773 1.681 LGA N 179 N 179 1.191 0 0.176 0.808 5.157 65.909 40.000 5.157 LGA K 180 K 180 3.368 0 0.238 0.930 13.054 29.545 13.131 13.054 LGA K 181 K 181 1.881 0 0.367 0.936 10.386 65.909 30.707 10.386 LGA T 182 T 182 0.696 0 0.000 1.119 3.178 81.818 70.390 3.178 LGA S 183 S 183 1.036 0 0.204 0.181 1.637 78.182 71.515 1.637 LGA K 184 K 184 1.018 0 0.050 0.847 2.681 69.545 66.667 2.681 LGA L 185 L 185 0.629 0 0.072 0.120 0.913 81.818 84.091 0.453 LGA D 186 D 186 0.341 0 0.110 0.230 0.985 86.364 90.909 0.461 LGA P 187 P 187 0.649 0 0.016 0.294 1.720 74.545 75.325 0.567 LGA V 188 V 188 1.185 0 0.000 0.039 1.262 65.455 65.455 1.217 LGA E 189 E 189 1.023 0 0.031 0.278 1.145 73.636 70.909 1.065 LGA D 190 D 190 0.677 0 0.053 0.085 1.022 86.364 82.045 1.022 LGA E 191 E 191 0.517 0 0.030 0.072 0.876 90.909 85.859 0.876 LGA A 192 A 192 0.285 0 0.041 0.040 0.411 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.320 0 0.051 0.118 1.487 100.000 84.444 1.487 LGA V 194 V 194 0.284 0 0.000 0.046 0.406 100.000 100.000 0.406 LGA V 195 V 195 0.225 0 0.027 0.042 0.284 100.000 100.000 0.206 LGA Q 196 Q 196 0.307 0 0.031 0.239 1.070 100.000 90.303 1.027 LGA L 197 L 197 0.317 0 0.030 0.064 0.386 100.000 100.000 0.333 LGA I 198 I 198 0.239 0 0.045 0.087 0.388 100.000 100.000 0.329 LGA F 199 F 199 0.227 0 0.038 0.113 0.436 100.000 100.000 0.223 LGA N 200 N 200 0.212 0 0.045 0.843 1.845 100.000 87.727 1.699 LGA I 201 I 201 0.204 0 0.042 0.047 0.512 100.000 97.727 0.512 LGA F 202 F 202 0.166 0 0.000 0.052 0.256 100.000 100.000 0.171 LGA L 203 L 203 0.267 0 0.095 0.169 0.771 95.455 95.455 0.478 LGA N 204 N 204 0.358 0 0.031 0.182 1.229 100.000 86.818 1.108 LGA G 205 G 205 0.462 0 0.075 0.075 0.545 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.290 0 0.053 1.289 3.536 90.909 72.045 1.611 LGA N 207 N 207 0.999 0 0.000 0.111 1.137 77.727 75.682 1.023 LGA G 208 G 208 0.956 0 0.042 0.042 1.319 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.003 0 0.053 0.229 2.880 77.727 62.020 2.880 LGA D 210 D 210 1.099 0 0.156 0.869 1.961 73.636 69.773 1.406 LGA Y 211 Y 211 1.608 0 0.070 0.680 2.063 54.545 55.909 1.432 LGA S 212 S 212 2.287 0 0.651 0.812 6.125 36.364 25.152 6.125 LGA Y 213 Y 213 2.978 0 0.153 1.014 14.364 45.455 15.303 14.364 LGA A 215 A 215 0.968 0 0.151 0.158 1.956 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.472 0 0.000 0.110 0.655 100.000 95.455 0.522 LGA A 217 A 217 0.524 0 0.056 0.071 0.558 90.909 89.091 - LGA S 218 S 218 0.405 0 0.000 0.061 0.841 95.455 90.909 0.841 LGA H 219 H 219 0.370 0 0.021 0.137 0.766 100.000 94.545 0.766 LGA L 220 L 220 0.453 0 0.000 0.084 0.513 100.000 97.727 0.466 LGA T 221 T 221 0.318 0 0.000 0.016 0.394 100.000 100.000 0.343 LGA N 222 N 222 0.287 0 0.035 0.151 0.558 95.455 97.727 0.472 LGA L 223 L 223 0.679 0 0.036 0.103 0.915 81.818 81.818 0.762 LGA Q 224 Q 224 0.554 0 0.041 0.137 1.237 81.818 76.364 1.027 LGA I 225 I 225 0.426 0 0.048 0.078 0.589 100.000 93.182 0.550 LGA P 226 P 226 0.466 0 0.037 0.055 0.760 90.909 87.013 0.760 LGA T 227 T 227 0.552 0 0.028 0.123 0.923 81.818 81.818 0.923 LGA P 228 P 228 0.491 0 0.074 0.091 0.530 95.455 97.403 0.186 LGA S 229 S 229 0.589 0 0.094 0.088 0.767 86.364 84.848 0.767 LGA G 230 G 230 0.667 0 0.059 0.059 0.877 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.532 0 0.031 0.523 1.089 86.364 82.020 0.810 LGA K 232 K 232 0.660 0 0.105 0.213 1.693 81.818 74.747 1.693 LGA R 233 R 233 0.601 0 0.056 1.287 5.963 86.364 55.041 4.951 LGA W 234 W 234 0.183 0 0.069 0.172 0.625 100.000 96.104 0.598 LGA N 235 N 235 0.425 0 0.081 0.533 2.416 90.909 78.864 2.416 LGA Q 236 Q 236 0.482 0 0.000 0.757 2.684 100.000 76.970 2.684 LGA Y 237 Y 237 0.521 0 0.089 0.205 0.751 90.909 89.394 0.751 LGA T 238 T 238 0.257 0 0.018 0.142 0.306 100.000 100.000 0.306 LGA I 239 I 239 0.193 0 0.068 0.168 0.534 100.000 97.727 0.534 LGA K 240 K 240 0.533 0 0.033 0.170 3.353 95.455 69.495 3.353 LGA A 241 A 241 0.464 0 0.071 0.081 0.579 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.299 0 0.021 0.068 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA L 243 L 243 0.308 0 0.032 0.079 0.584 95.455 97.727 0.330 LGA Q 244 Q 244 0.178 0 0.096 0.260 0.924 95.455 93.939 0.509 LGA N 245 N 245 0.143 0 0.013 0.105 0.626 100.000 97.727 0.075 LGA E 246 E 246 0.140 0 0.032 0.593 1.764 100.000 88.687 1.494 LGA V 247 V 247 0.225 0 0.040 0.069 0.445 100.000 100.000 0.267 LGA Y 248 Y 248 0.363 0 0.052 0.110 1.030 100.000 91.061 1.030 LGA I 249 I 249 0.248 0 0.021 0.054 0.364 100.000 100.000 0.218 LGA G 250 G 250 0.142 0 0.043 0.043 0.233 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.465 0 0.077 0.106 0.657 95.455 94.805 0.470 LGA V 252 V 252 0.436 0 0.042 0.129 0.936 90.909 92.208 0.799 LGA K 253 K 253 0.273 0 0.037 0.056 0.907 95.455 91.919 0.907 LGA Y 254 Y 254 0.797 0 0.055 0.177 2.560 81.818 62.121 2.560 LGA K 255 K 255 1.118 0 0.096 0.198 1.152 69.545 72.727 0.729 LGA V 256 V 256 1.269 0 0.082 0.084 1.398 69.545 67.792 1.256 LGA R 257 R 257 1.101 0 0.000 1.030 4.245 65.455 51.736 2.724 LGA E 258 E 258 1.089 0 0.036 0.199 1.746 65.455 63.838 1.746 LGA K 259 K 259 1.561 0 0.037 0.153 2.369 54.545 46.869 2.369 LGA T 260 T 260 1.722 0 0.023 0.066 2.372 44.545 49.351 1.713 LGA K 261 K 261 3.205 0 0.031 0.208 5.219 18.636 12.525 5.219 LGA D 262 D 262 2.940 0 0.048 1.046 4.102 27.273 21.364 3.892 LGA G 263 G 263 2.318 0 0.021 0.021 2.390 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.341 0 0.083 0.435 2.248 61.818 64.444 2.248 LGA R 265 R 265 1.242 0 0.032 0.956 5.489 73.636 47.438 5.489 LGA T 266 T 266 0.730 0 0.049 0.051 0.899 81.818 81.818 0.728 LGA I 267 I 267 0.728 0 0.000 0.103 0.825 81.818 81.818 0.825 LGA R 268 R 268 0.577 0 0.018 0.960 2.483 81.818 75.537 2.483 LGA P 269 P 269 0.484 0 0.039 0.047 0.630 95.455 89.610 0.630 LGA E 270 E 270 0.482 0 0.000 0.285 0.761 100.000 91.919 0.761 LGA K 271 K 271 0.422 0 0.081 0.722 4.161 95.455 64.646 4.161 LGA E 272 E 272 0.495 0 0.123 0.214 0.958 90.909 85.859 0.944 LGA Q 273 Q 273 0.815 0 0.044 0.066 0.995 81.818 81.818 0.995 LGA I 274 I 274 0.637 0 0.027 0.083 1.076 81.818 79.773 1.076 LGA V 275 V 275 0.475 0 0.053 0.128 0.810 100.000 92.208 0.617 LGA V 276 V 276 0.318 0 0.040 0.060 0.552 100.000 94.805 0.538 LGA Q 277 Q 277 0.219 0 0.050 0.608 3.116 100.000 75.152 3.116 LGA D 278 D 278 0.213 0 0.080 0.078 0.625 100.000 97.727 0.625 LGA A 279 A 279 0.207 0 0.043 0.042 0.328 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.314 0 0.031 0.159 0.584 100.000 98.182 0.393 LGA A 281 A 281 0.514 0 0.054 0.050 0.730 95.455 92.727 - LGA P 282 P 282 0.208 0 0.045 0.048 0.343 100.000 100.000 0.282 LGA I 283 I 283 0.380 0 0.079 0.097 0.606 95.455 93.182 0.606 LGA I 284 I 284 0.287 0 0.019 0.083 0.335 100.000 100.000 0.099 LGA D 285 D 285 0.408 0 0.076 0.242 1.446 95.455 86.591 0.665 LGA K 286 K 286 0.469 0 0.000 0.225 1.150 100.000 90.101 1.150 LGA E 287 E 287 0.592 0 0.052 0.453 1.997 90.909 82.424 0.799 LGA Q 288 Q 288 0.473 0 0.023 0.412 2.685 95.455 73.535 2.685 LGA F 289 F 289 0.427 0 0.032 0.112 0.572 100.000 93.388 0.481 LGA Q 290 Q 290 0.672 0 0.056 1.291 3.798 81.818 58.586 3.349 LGA Q 291 Q 291 0.556 0 0.058 0.098 0.654 90.909 85.859 0.654 LGA S 292 S 292 0.492 0 0.098 0.717 2.638 86.364 75.758 2.638 LGA Q 293 Q 293 0.618 0 0.029 0.245 1.035 86.364 82.020 1.035 LGA V 294 V 294 0.808 0 0.048 0.078 1.136 81.818 77.143 1.136 LGA K 295 K 295 0.198 0 0.047 0.280 0.795 100.000 95.960 0.795 LGA I 296 I 296 0.693 0 0.023 0.066 1.286 86.364 82.045 0.910 LGA A 297 A 297 1.153 0 0.081 0.084 1.541 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.198 0 0.085 0.145 2.259 74.545 65.000 1.964 LGA K 299 K 299 2.876 0 0.431 0.692 12.538 48.636 21.818 12.538 LGA V 300 V 300 1.902 0 0.108 0.093 4.166 54.545 34.286 4.152 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.942 0.894 1.803 85.407 79.314 65.302 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.370 97.817 12.959 LGA_LOCAL RMSD: 0.942 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.942 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.942 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.573336 * X + -0.100721 * Y + -0.813106 * Z + 153.782059 Y_new = 0.546431 * X + -0.692460 * Y + 0.471075 * Z + 174.954437 Z_new = -0.610491 * X + -0.714391 * Y + -0.341975 * Z + 169.094543 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.761376 0.656680 -2.017255 [DEG: 43.6236 37.6250 -115.5802 ] ZXZ: -2.095895 1.919814 -2.434456 [DEG: -120.0859 109.9973 -139.4841 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS269_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS269_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.817 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS269_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.830 185.088 153.390 1.00 96.12 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.308 185.796 154.551 1.00 96.12 C ATOM 2719 C GLY 165 151.801 185.680 154.752 1.00 96.12 C ATOM 2720 O GLY 165 151.211 186.496 155.464 1.00 96.12 O ATOM 2724 N LYS 166 151.154 184.709 154.100 1.00 95.69 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.713 184.557 154.239 1.00 95.69 C ATOM 2726 C LYS 166 149.362 183.834 155.521 1.00 95.69 C ATOM 2727 O LYS 166 150.122 183.000 156.023 1.00 95.69 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.116 183.838 153.034 1.00 95.69 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.187 184.660 151.746 1.00 95.69 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.590 183.931 150.534 1.00 95.69 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.570 184.856 149.312 1.00 95.69 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.000 184.204 148.095 1.00 95.69 N ATOM 2746 N TRP 167 148.200 184.155 156.059 1.00 96.06 N ATOM 2747 CA TRP 167 147.759 183.491 157.259 1.00 96.06 C ATOM 2748 C TRP 167 146.914 182.301 156.853 1.00 96.06 C ATOM 2749 O TRP 167 145.799 182.446 156.358 1.00 96.06 O ATOM 2750 CB TRP 167 146.963 184.460 158.122 1.00 96.06 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.680 183.967 159.494 1.00 96.06 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.529 183.445 160.025 1.00 96.06 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.642 183.975 160.557 1.00 96.06 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.733 183.143 161.348 1.00 96.06 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 147.018 183.455 161.680 1.00 96.06 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 148.970 184.385 160.641 1.00 96.06 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 147.677 183.326 162.879 1.00 96.06 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 149.631 184.263 161.843 1.00 96.06 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 149.004 183.748 162.935 1.00 96.06 C ATOM 2770 N ILE 168 147.483 181.121 157.040 1.00 94.44 N ATOM 2771 CA ILE 168 146.873 179.855 156.658 1.00 94.44 C ATOM 2772 C ILE 168 146.816 178.936 157.870 1.00 94.44 C ATOM 2773 O ILE 168 146.718 177.715 157.753 1.00 94.44 O ATOM 2774 CB ILE 168 147.649 179.198 155.503 1.00 94.44 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 149.105 178.964 155.926 1.00 94.44 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 147.577 180.093 154.245 1.00 94.44 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 149.850 178.082 155.010 1.00 94.44 C ATOM 2789 N SER 169 146.911 179.556 159.035 1.00 92.38 N ATOM 2790 CA SER 169 146.970 178.897 160.332 1.00 92.38 C ATOM 2791 C SER 169 145.620 178.758 161.035 1.00 92.38 C ATOM 2792 O SER 169 145.552 178.302 162.178 1.00 92.38 O ATOM 2793 CB SER 169 147.934 179.650 161.223 1.00 92.38 C ATOM 2794 OG SER 169 149.230 179.626 160.684 1.00 92.38 O ATOM 2800 N GLY 170 144.547 179.161 160.368 1.00 93.88 N ATOM 2801 CA GLY 170 143.222 179.109 160.963 1.00 93.88 C ATOM 2802 C GLY 170 142.688 180.497 161.262 1.00 93.88 C ATOM 2803 O GLY 170 142.654 181.365 160.387 1.00 93.88 O ATOM 2807 N LEU 171 142.231 180.687 162.485 1.00 95.25 N ATOM 2808 CA LEU 171 141.617 181.938 162.897 1.00 95.25 C ATOM 2809 C LEU 171 142.662 183.020 163.080 1.00 95.25 C ATOM 2810 O LEU 171 143.809 182.731 163.428 1.00 95.25 O ATOM 2811 CB LEU 171 140.873 181.741 164.223 1.00 95.25 C ATOM 2812 CG LEU 171 139.682 180.739 164.226 1.00 95.25 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 139.187 180.565 165.659 1.00 95.25 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 138.548 181.257 163.335 1.00 95.25 C ATOM 2826 N ALA 172 142.276 184.268 162.822 1.00 96.19 N ATOM 2827 CA ALA 172 143.171 185.391 163.044 1.00 96.19 C ATOM 2828 C ALA 172 143.433 185.517 164.556 1.00 96.19 C ATOM 2829 O ALA 172 142.551 185.149 165.338 1.00 96.19 O ATOM 2830 CB ALA 172 142.565 186.677 162.504 1.00 96.19 C ATOM 2836 N PRO 173 144.622 185.967 165.003 1.00 95.94 N ATOM 2837 CA PRO 173 144.965 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