####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS269_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS269_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 67 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 74 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 47 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 7 12 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 14 82 115 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 47 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 66 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 53 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 39 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 26 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 82 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 32 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 44 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 53 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 7 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 105 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 29 67 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 10 54 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 14 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 68 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 70 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 77 124 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 26 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 85.93 93.33 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.48 0.61 0.76 0.78 0.87 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 1.00 0.96 0.93 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.495 0 0.028 0.028 0.518 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.380 0 0.000 0.134 1.352 100.000 90.101 1.352 LGA W 167 W 167 0.352 0 0.202 0.195 0.784 90.909 94.805 0.437 LGA I 168 I 168 1.000 0 0.088 1.571 3.719 86.818 64.091 2.019 LGA S 169 S 169 0.409 0 0.063 0.080 0.665 100.000 96.970 0.665 LGA G 170 G 170 0.540 0 0.053 0.053 0.624 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.658 0 0.091 1.327 5.836 86.364 54.091 3.512 LGA A 172 A 172 0.627 0 0.010 0.032 0.725 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.410 0 0.008 0.131 0.592 95.455 94.805 0.592 LGA Y 174 Y 174 0.418 0 0.035 0.204 1.298 95.455 83.788 1.298 LGA G 175 G 175 0.368 0 0.056 0.056 0.458 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.632 0 0.000 0.238 0.867 81.818 86.364 0.535 LGA Q 177 Q 177 1.075 0 0.097 0.506 2.026 77.727 69.697 1.370 LGA L 178 L 178 0.848 0 0.057 0.168 1.633 73.636 69.773 1.633 LGA N 179 N 179 1.148 0 0.176 0.810 5.060 65.909 40.000 5.060 LGA K 180 K 180 3.382 0 0.239 0.932 13.104 29.545 13.131 13.104 LGA K 181 K 181 1.964 0 0.361 0.937 10.379 65.909 30.707 10.379 LGA T 182 T 182 0.763 0 0.000 1.119 3.236 86.364 72.987 3.236 LGA S 183 S 183 0.972 0 0.207 0.183 1.479 82.273 76.667 1.479 LGA K 184 K 184 1.036 0 0.060 0.856 2.885 69.545 64.848 2.885 LGA L 185 L 185 0.720 0 0.115 0.172 1.323 77.727 82.045 0.465 LGA D 186 D 186 0.398 0 0.091 0.243 0.903 86.364 88.636 0.733 LGA P 187 P 187 0.827 0 0.025 0.083 1.677 70.000 70.390 1.017 LGA V 188 V 188 1.193 0 0.008 0.042 1.285 65.455 65.455 1.182 LGA E 189 E 189 0.978 0 0.034 0.260 1.111 77.727 78.182 0.988 LGA D 190 D 190 0.650 0 0.049 0.076 1.123 86.364 82.045 1.123 LGA E 191 E 191 0.447 0 0.027 0.055 0.762 95.455 89.899 0.762 LGA A 192 A 192 0.314 0 0.041 0.040 0.450 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.334 0 0.050 0.114 1.389 100.000 88.283 1.389 LGA V 194 V 194 0.275 0 0.000 0.047 0.345 100.000 100.000 0.345 LGA V 195 V 195 0.274 0 0.020 0.044 0.336 100.000 100.000 0.289 LGA Q 196 Q 196 0.348 0 0.030 0.236 1.070 100.000 90.303 1.020 LGA L 197 L 197 0.376 0 0.033 0.058 0.433 100.000 100.000 0.432 LGA I 198 I 198 0.270 0 0.044 0.086 0.387 100.000 100.000 0.384 LGA F 199 F 199 0.221 0 0.031 0.109 0.364 100.000 100.000 0.167 LGA N 200 N 200 0.261 0 0.047 0.912 2.200 100.000 86.136 1.670 LGA I 201 I 201 0.277 0 0.043 0.048 0.622 100.000 95.455 0.622 LGA F 202 F 202 0.194 0 0.007 0.055 0.230 100.000 100.000 0.115 LGA L 203 L 203 0.295 0 0.094 0.183 0.843 95.455 93.182 0.543 LGA N 204 N 204 0.400 0 0.024 0.166 1.255 100.000 86.818 1.092 LGA G 205 G 205 0.523 0 0.067 0.067 0.523 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.237 0 0.063 1.386 3.495 95.455 72.955 1.973 LGA N 207 N 207 0.875 0 0.000 0.115 1.062 77.727 79.773 0.932 LGA G 208 G 208 0.963 0 0.036 0.036 1.376 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 0.931 0 0.077 0.255 2.582 81.818 65.657 2.582 LGA D 210 D 210 1.079 0 0.158 0.872 1.929 73.636 65.909 1.600 LGA Y 211 Y 211 1.530 0 0.071 0.681 2.249 58.182 57.121 1.703 LGA S 212 S 212 2.086 0 0.642 0.796 5.820 41.818 29.697 5.820 LGA Y 213 Y 213 3.090 0 0.171 1.022 14.427 36.364 12.273 14.427 LGA A 215 A 215 0.916 0 0.149 0.157 1.975 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.460 0 0.000 0.104 0.619 100.000 95.455 0.505 LGA A 217 A 217 0.476 0 0.056 0.072 0.513 100.000 96.364 - LGA S 218 S 218 0.382 0 0.000 0.066 0.920 95.455 90.909 0.920 LGA H 219 H 219 0.301 0 0.022 0.110 0.735 100.000 94.545 0.735 LGA L 220 L 220 0.387 0 0.000 0.097 0.439 100.000 100.000 0.422 LGA T 221 T 221 0.214 0 0.000 0.014 0.315 100.000 100.000 0.240 LGA N 222 N 222 0.338 0 0.033 0.150 0.662 90.909 95.455 0.448 LGA L 223 L 223 0.727 0 0.037 0.106 1.010 81.818 79.773 0.820 LGA Q 224 Q 224 0.482 0 0.038 0.180 1.182 90.909 84.040 0.984 LGA I 225 I 225 0.433 0 0.050 0.080 0.638 100.000 90.909 0.587 LGA P 226 P 226 0.407 0 0.035 0.055 0.723 90.909 87.013 0.723 LGA T 227 T 227 0.470 0 0.041 0.110 0.848 95.455 92.208 0.848 LGA P 228 P 228 0.522 0 0.128 0.154 0.522 90.909 94.805 0.262 LGA S 229 S 229 0.597 0 0.081 0.608 1.929 86.364 79.697 1.929 LGA G 230 G 230 0.683 0 0.056 0.056 0.879 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.481 0 0.037 0.501 0.948 95.455 87.879 0.875 LGA K 232 K 232 0.609 0 0.116 0.222 1.709 81.818 74.747 1.709 LGA R 233 R 233 0.560 0 0.062 1.279 5.738 86.364 56.860 4.755 LGA W 234 W 234 0.292 0 0.074 0.175 0.618 100.000 96.104 0.563 LGA N 235 N 235 0.521 0 0.017 0.457 2.110 90.909 78.864 2.110 LGA Q 236 Q 236 0.436 0 0.000 0.757 2.614 100.000 78.586 2.614 LGA Y 237 Y 237 0.448 0 0.103 0.230 0.852 95.455 92.424 0.852 LGA T 238 T 238 0.196 0 0.035 0.134 0.334 100.000 100.000 0.334 LGA I 239 I 239 0.210 0 0.066 0.149 0.390 100.000 100.000 0.390 LGA K 240 K 240 0.503 0 0.033 0.167 3.257 95.455 69.495 3.257 LGA A 241 A 241 0.479 0 0.073 0.084 0.594 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.277 0 0.017 0.067 0.411 100.000 100.000 0.411 LGA L 243 L 243 0.217 0 0.012 0.043 0.309 100.000 100.000 0.239 LGA Q 244 Q 244 0.135 0 0.094 0.271 1.135 95.455 90.101 0.599 LGA N 245 N 245 0.168 0 0.008 0.105 0.384 100.000 100.000 0.180 LGA E 246 E 246 0.108 0 0.031 0.572 1.673 100.000 88.687 1.154 LGA V 247 V 247 0.273 0 0.022 0.839 1.760 100.000 85.974 1.760 LGA Y 248 Y 248 0.357 0 0.039 0.108 1.218 100.000 89.545 1.218 LGA I 249 I 249 0.198 0 0.019 0.059 0.337 100.000 100.000 0.172 LGA G 250 G 250 0.180 0 0.039 0.039 0.180 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.397 0 0.080 0.110 0.597 95.455 94.805 0.418 LGA V 252 V 252 0.392 0 0.040 0.121 0.861 90.909 92.208 0.753 LGA K 253 K 253 0.240 0 0.032 0.077 0.501 100.000 97.980 0.501 LGA Y 254 Y 254 0.698 0 0.058 0.188 2.381 86.364 69.091 2.381 LGA K 255 K 255 1.074 0 0.097 0.199 1.119 69.545 76.364 0.694 LGA V 256 V 256 1.261 0 0.081 0.083 1.372 69.545 67.792 1.227 LGA R 257 R 257 1.042 0 0.031 1.035 4.536 65.455 52.397 3.051 LGA E 258 E 258 1.017 0 0.036 0.189 1.750 65.455 63.838 1.750 LGA K 259 K 259 1.416 0 0.037 0.153 2.067 65.455 54.545 2.067 LGA T 260 T 260 1.519 0 0.019 0.068 2.103 51.364 53.247 1.544 LGA K 261 K 261 2.814 0 0.031 0.206 4.552 27.727 19.798 4.552 LGA D 262 D 262 2.594 0 0.048 1.046 3.998 32.727 26.136 3.702 LGA G 263 G 263 2.064 0 0.021 0.021 2.119 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.297 0 0.079 0.435 2.141 61.818 60.808 2.141 LGA R 265 R 265 1.195 0 0.033 0.958 5.518 73.636 46.777 5.518 LGA T 266 T 266 0.741 0 0.049 0.046 0.874 81.818 81.818 0.736 LGA I 267 I 267 0.748 0 0.000 0.106 0.883 81.818 81.818 0.883 LGA R 268 R 268 0.603 0 0.020 0.959 2.474 81.818 73.884 2.474 LGA P 269 P 269 0.483 0 0.039 0.047 0.673 95.455 89.610 0.673 LGA E 270 E 270 0.380 0 0.000 0.302 1.087 100.000 92.121 1.087 LGA K 271 K 271 0.446 0 0.087 0.716 4.141 100.000 66.667 4.141 LGA E 272 E 272 0.442 0 0.121 0.230 0.954 95.455 87.879 0.954 LGA Q 273 Q 273 0.720 0 0.047 0.065 0.896 81.818 81.818 0.896 LGA I 274 I 274 0.533 0 0.028 0.081 0.908 81.818 81.818 0.908 LGA V 275 V 275 0.377 0 0.057 0.129 0.684 100.000 97.403 0.490 LGA V 276 V 276 0.260 0 0.041 0.058 0.522 100.000 94.805 0.502 LGA Q 277 Q 277 0.212 0 0.050 0.604 3.076 100.000 78.586 3.076 LGA D 278 D 278 0.282 0 0.079 0.083 0.706 95.455 93.182 0.706 LGA A 279 A 279 0.252 0 0.048 0.046 0.335 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.409 0 0.035 0.167 0.654 100.000 98.182 0.444 LGA A 281 A 281 0.640 0 0.062 0.059 0.867 90.909 89.091 - LGA P 282 P 282 0.211 0 0.046 0.051 0.378 100.000 100.000 0.309 LGA I 283 I 283 0.375 0 0.076 0.094 0.669 95.455 90.909 0.669 LGA I 284 I 284 0.211 0 0.025 0.081 0.318 100.000 100.000 0.056 LGA D 285 D 285 0.359 0 0.069 0.911 3.047 100.000 73.636 3.047 LGA K 286 K 286 0.446 0 0.000 0.235 1.224 95.455 88.081 1.224 LGA E 287 E 287 0.544 0 0.049 0.696 3.957 95.455 64.242 3.957 LGA Q 288 Q 288 0.452 0 0.023 0.364 2.126 95.455 76.768 2.126 LGA F 289 F 289 0.394 0 0.036 0.111 0.518 100.000 98.347 0.419 LGA Q 290 Q 290 0.673 0 0.054 0.891 3.472 81.818 66.465 3.472 LGA Q 291 Q 291 0.589 0 0.053 0.094 0.642 86.364 83.838 0.636 LGA S 292 S 292 0.469 0 0.098 0.722 2.655 86.364 75.758 2.655 LGA Q 293 Q 293 0.608 0 0.039 0.188 0.908 86.364 85.859 0.908 LGA V 294 V 294 0.725 0 0.047 0.051 1.032 81.818 79.481 0.917 LGA K 295 K 295 0.216 0 0.052 0.285 0.776 100.000 95.960 0.776 LGA I 296 I 296 0.615 0 0.023 0.069 1.226 86.364 82.045 0.891 LGA A 297 A 297 1.115 0 0.087 0.090 1.469 69.545 68.727 - LGA N 298 N 298 0.536 0 0.072 0.264 2.205 63.182 60.682 1.818 LGA K 299 K 299 3.104 0 0.408 0.688 12.549 46.364 20.808 12.549 LGA V 300 V 300 1.666 0 0.118 0.102 3.664 48.182 33.247 3.522 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.907 0.863 1.792 86.492 79.988 63.774 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.556 97.940 13.404 LGA_LOCAL RMSD: 0.907 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.907 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.907 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.933784 * X + -0.354057 * Y + 0.051881 * Z + 152.671844 Y_new = -0.335989 * X + -0.817619 * Y + 0.467558 * Z + 174.752213 Z_new = -0.123123 * X + -0.454030 * Y + -0.882439 * Z + 170.776535 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.345391 0.123436 -2.666399 [DEG: -19.7895 7.0724 -152.7734 ] ZXZ: 3.031082 2.651817 -2.876783 [DEG: 173.6682 151.9379 -164.8275 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS269_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS269_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.940 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS269_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.906 185.136 153.446 1.00 96.19 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.378 185.858 154.593 1.00 96.19 C ATOM 2719 C GLY 165 151.868 185.763 154.771 1.00 96.19 C ATOM 2720 O GLY 165 151.279 186.582 155.480 1.00 96.19 O ATOM 2724 N LYS 166 151.218 184.807 154.102 1.00 95.44 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.776 184.678 154.222 1.00 95.44 C ATOM 2726 C LYS 166 149.406 183.957 155.498 1.00 95.44 C ATOM 2727 O LYS 166 150.152 183.108 155.999 1.00 95.44 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.186 183.970 153.005 1.00 95.44 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.296 184.795 151.720 1.00 95.44 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.708 184.083 150.496 1.00 95.44 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.744 185.008 149.275 1.00 95.44 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.178 184.374 148.048 1.00 95.44 N ATOM 2746 N TRP 167 148.252 184.299 156.038 1.00 96.00 N ATOM 2747 CA TRP 167 147.809 183.625 157.227 1.00 96.00 C ATOM 2748 C TRP 167 146.948 182.458 156.826 1.00 96.00 C ATOM 2749 O TRP 167 145.843 182.624 156.313 1.00 96.00 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.020 184.558 158.127 1.00 96.00 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.732 183.956 159.458 1.00 96.00 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.578 183.382 159.940 1.00 96.00 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.687 183.878 160.519 1.00 96.00 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.786 182.968 161.230 1.00 96.00 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 147.063 183.256 161.588 1.00 96.00 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 149.012 184.288 160.645 1.00 96.00 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 147.720 183.024 162.770 1.00 96.00 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