####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS267_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS267_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 20 107 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 25 85 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 22 100 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 43 109 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 90 116 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 52 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 34 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 55 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 79 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 62 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 28 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 89 120 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 3 52 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 11 17 50 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 36 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 73 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 71 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 49 105 123 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 70 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 10 27 115 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 44 107 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 107 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 79.26 92.59 95.56 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.49 0.74 0.80 0.88 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 GDT RMS_ALL_AT 1.10 1.06 0.97 0.97 0.97 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.704 0 0.029 0.029 0.753 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.611 0 0.000 0.053 1.145 90.909 82.222 1.145 LGA W 167 W 167 0.360 0 0.178 0.183 0.483 100.000 100.000 0.446 LGA I 168 I 168 0.660 0 0.053 0.178 1.764 73.636 70.000 1.764 LGA S 169 S 169 2.133 0 0.370 0.686 5.335 58.636 40.909 5.335 LGA G 170 G 170 2.239 0 0.212 0.212 2.239 51.364 51.364 - LGA L 171 L 171 0.612 0 0.174 1.329 5.511 77.727 50.682 3.533 LGA A 172 A 172 0.633 0 0.021 0.044 0.688 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.517 0 0.000 0.032 0.554 81.818 87.013 0.470 LGA Y 174 Y 174 0.539 0 0.000 0.144 1.281 81.818 77.727 1.281 LGA G 175 G 175 0.572 0 0.079 0.079 0.572 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.689 0 0.062 0.135 0.786 81.818 87.879 0.230 LGA Q 177 Q 177 1.031 0 0.054 0.159 1.383 78.182 72.929 0.980 LGA L 178 L 178 0.638 0 0.151 0.194 1.578 73.636 71.818 1.578 LGA N 179 N 179 1.271 0 0.166 0.776 5.205 65.909 38.409 5.205 LGA K 180 K 180 3.402 0 0.245 0.933 12.481 29.545 13.131 12.481 LGA K 181 K 181 1.879 0 0.479 0.960 10.855 70.000 32.323 10.855 LGA T 182 T 182 0.742 0 0.031 1.133 3.346 86.364 72.987 3.346 LGA S 183 S 183 0.915 0 0.095 0.086 1.381 78.182 73.939 1.349 LGA K 184 K 184 0.737 0 0.079 0.929 3.433 81.818 69.293 3.433 LGA L 185 L 185 0.399 0 0.076 0.090 0.608 95.455 97.727 0.203 LGA D 186 D 186 0.361 0 0.032 0.269 1.102 90.909 91.136 0.380 LGA P 187 P 187 0.596 0 0.000 0.034 1.113 82.273 82.078 0.595 LGA V 188 V 188 0.940 0 0.000 0.039 1.087 81.818 79.481 0.988 LGA E 189 E 189 0.943 0 0.027 0.149 1.225 81.818 74.545 1.225 LGA D 190 D 190 0.926 0 0.022 0.113 1.517 81.818 71.818 1.517 LGA E 191 E 191 0.634 0 0.000 0.108 0.740 90.909 85.859 0.610 LGA A 192 A 192 0.417 0 0.036 0.034 0.473 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.489 0 0.044 0.178 0.728 100.000 89.899 0.728 LGA V 194 V 194 0.391 0 0.033 0.050 0.605 100.000 94.805 0.559 LGA V 195 V 195 0.236 0 0.000 0.000 0.298 100.000 100.000 0.222 LGA Q 196 Q 196 0.250 0 0.024 0.217 1.274 100.000 90.303 1.099 LGA L 197 L 197 0.296 0 0.000 0.058 0.456 100.000 100.000 0.428 LGA I 198 I 198 0.103 0 0.070 0.106 0.372 100.000 100.000 0.293 LGA F 199 F 199 0.249 0 0.007 0.048 0.343 100.000 100.000 0.130 LGA N 200 N 200 0.375 0 0.012 0.556 1.249 100.000 91.364 1.186 LGA I 201 I 201 0.306 0 0.042 0.064 0.513 95.455 97.727 0.401 LGA F 202 F 202 0.248 0 0.051 0.086 0.424 100.000 100.000 0.381 LGA L 203 L 203 0.344 0 0.022 0.104 0.834 100.000 95.455 0.567 LGA N 204 N 204 0.297 0 0.051 0.091 1.079 100.000 88.864 0.949 LGA G 205 G 205 0.229 0 0.071 0.071 0.530 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.267 0 0.000 1.076 3.354 100.000 79.318 1.399 LGA N 207 N 207 0.499 0 0.000 0.281 1.109 90.909 86.591 0.648 LGA G 208 G 208 0.950 0 0.078 0.078 1.568 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.151 0 0.096 0.266 2.960 65.455 53.535 2.960 LGA D 210 D 210 1.130 0 0.156 0.807 1.666 73.636 71.818 1.666 LGA Y 211 Y 211 1.725 0 0.142 0.718 2.263 58.182 53.485 1.982 LGA S 212 S 212 2.376 0 0.637 0.799 6.456 36.364 25.152 6.456 LGA Y 213 Y 213 3.024 0 0.223 1.125 14.076 36.364 12.273 14.076 LGA A 215 A 215 0.903 0 0.218 0.232 1.771 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.393 0 0.000 0.161 0.451 100.000 100.000 0.361 LGA A 217 A 217 0.319 0 0.064 0.077 0.365 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.359 0 0.020 0.129 1.063 100.000 91.212 1.063 LGA H 219 H 219 0.436 0 0.028 0.191 0.744 100.000 90.909 0.733 LGA L 220 L 220 0.448 0 0.000 0.099 0.542 100.000 95.455 0.537 LGA T 221 T 221 0.351 0 0.048 0.183 0.723 95.455 94.805 0.723 LGA N 222 N 222 0.462 0 0.062 0.055 0.655 90.909 95.455 0.378 LGA L 223 L 223 0.692 0 0.037 0.117 1.015 81.818 79.773 0.923 LGA Q 224 Q 224 0.595 0 0.097 0.375 1.390 81.818 78.182 1.040 LGA I 225 I 225 0.604 0 0.056 0.063 0.707 86.364 84.091 0.585 LGA P 226 P 226 0.633 0 0.028 0.049 0.958 81.818 81.818 0.958 LGA T 227 T 227 0.688 0 0.048 0.196 1.048 81.818 79.481 1.048 LGA P 228 P 228 0.793 0 0.268 0.291 0.849 81.818 81.818 0.750 LGA S 229 S 229 1.166 0 0.175 0.159 1.354 65.455 70.909 0.691 LGA G 230 G 230 1.266 0 0.000 0.000 1.316 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.586 0 0.095 0.499 1.221 90.909 82.222 0.736 LGA K 232 K 232 0.445 0 0.096 0.293 2.240 90.909 77.374 2.240 LGA R 233 R 233 0.353 0 0.020 1.086 5.865 95.455 50.744 4.272 LGA W 234 W 234 0.125 0 0.051 0.179 0.667 100.000 94.805 0.667 LGA N 235 N 235 0.484 0 0.059 0.915 2.875 100.000 84.318 0.430 LGA Q 236 Q 236 0.561 0 0.000 1.021 3.606 86.364 65.859 3.606 LGA Y 237 Y 237 0.666 0 0.056 0.127 1.071 81.818 80.455 1.071 LGA T 238 T 238 0.387 0 0.000 0.147 0.709 100.000 97.403 0.709 LGA I 239 I 239 0.347 0 0.021 0.100 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA K 240 K 240 0.632 0 0.002 0.275 2.292 86.364 71.919 1.914 LGA A 241 A 241 0.671 0 0.116 0.129 0.989 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.228 0 0.042 0.057 0.356 100.000 100.000 0.356 LGA L 243 L 243 0.084 0 0.030 0.073 0.332 100.000 100.000 0.233 LGA Q 244 Q 244 0.275 0 0.109 0.409 1.534 95.455 88.485 0.962 LGA N 245 N 245 0.327 0 0.023 0.147 0.630 95.455 95.455 0.630 LGA E 246 E 246 0.227 0 0.026 0.249 0.792 100.000 95.960 0.792 LGA V 247 V 247 0.196 0 0.016 0.098 0.318 100.000 100.000 0.244 LGA Y 248 Y 248 0.286 0 0.040 0.116 0.771 100.000 93.939 0.771 LGA I 249 I 249 0.331 0 0.065 0.085 0.676 95.455 97.727 0.471 LGA G 250 G 250 0.081 0 0.040 0.040 0.509 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.405 0 0.050 0.083 0.499 100.000 100.000 0.361 LGA V 252 V 252 0.433 0 0.067 0.091 0.772 95.455 97.403 0.423 LGA K 253 K 253 0.374 0 0.103 0.189 0.846 95.455 95.960 0.518 LGA Y 254 Y 254 0.629 0 0.101 0.289 2.292 86.364 70.455 2.292 LGA K 255 K 255 0.463 0 0.130 0.587 4.770 86.818 55.758 4.770 LGA V 256 V 256 0.836 0 0.095 0.108 1.075 81.818 79.481 1.075 LGA R 257 R 257 0.812 0 0.077 1.144 4.431 86.364 54.050 4.431 LGA E 258 E 258 0.521 0 0.065 0.613 3.131 81.818 64.646 3.131 LGA K 259 K 259 0.805 0 0.060 0.331 2.211 81.818 71.717 2.211 LGA T 260 T 260 1.101 0 0.008 0.110 1.620 73.636 68.052 1.282 LGA K 261 K 261 0.952 0 0.078 0.262 1.454 73.636 74.545 1.454 LGA D 262 D 262 1.469 0 0.030 0.844 3.115 65.455 49.545 3.115 LGA G 263 G 263 1.167 0 0.069 0.069 1.227 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.357 0 0.052 0.440 2.130 65.455 64.242 2.130 LGA R 265 R 265 1.457 0 0.114 0.906 3.984 54.545 43.140 3.984 LGA T 266 T 266 1.795 0 0.048 0.152 2.097 54.545 51.169 1.530 LGA I 267 I 267 1.716 0 0.070 0.102 2.716 50.909 43.182 2.716 LGA R 268 R 268 1.332 0 0.031 0.955 3.690 58.182 49.587 1.219 LGA P 269 P 269 1.794 0 0.012 0.037 1.883 50.909 50.909 1.805 LGA E 270 E 270 1.468 0 0.048 0.331 2.345 61.818 54.545 2.159 LGA K 271 K 271 1.633 0 0.103 0.786 3.347 50.909 46.869 3.347 LGA E 272 E 272 1.461 0 0.147 0.242 2.879 65.909 50.707 2.879 LGA Q 273 Q 273 1.078 0 0.064 0.142 1.567 65.455 63.838 1.097 LGA I 274 I 274 0.652 0 0.030 0.150 1.379 81.818 79.773 1.379 LGA V 275 V 275 0.344 0 0.000 0.032 0.427 100.000 100.000 0.374 LGA V 276 V 276 0.281 0 0.052 0.045 0.379 100.000 100.000 0.328 LGA Q 277 Q 277 0.219 0 0.049 0.771 3.804 100.000 76.364 3.804 LGA D 278 D 278 0.216 0 0.041 0.236 1.024 100.000 95.682 1.024 LGA A 279 A 279 0.254 0 0.032 0.033 0.303 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.112 0 0.025 0.115 0.446 100.000 100.000 0.140 LGA A 281 A 281 0.279 0 0.021 0.027 0.462 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.233 0 0.070 0.080 0.397 100.000 100.000 0.397 LGA I 283 I 283 0.368 0 0.000 0.039 0.497 100.000 100.000 0.379 LGA I 284 I 284 0.282 0 0.022 0.074 0.359 100.000 100.000 0.139 LGA D 285 D 285 0.666 0 0.059 0.219 1.723 81.818 73.864 1.034 LGA K 286 K 286 0.769 0 0.000 0.287 1.072 81.818 84.040 1.072 LGA E 287 E 287 0.976 0 0.014 0.422 2.133 81.818 69.697 1.382 LGA Q 288 Q 288 0.613 0 0.030 0.305 1.987 81.818 71.515 1.987 LGA F 289 F 289 0.643 0 0.064 0.128 0.862 81.818 81.818 0.741 LGA Q 290 Q 290 0.938 0 0.025 1.265 3.104 81.818 60.000 3.104 LGA Q 291 Q 291 0.734 0 0.041 0.148 0.824 81.818 81.818 0.746 LGA S 292 S 292 0.609 0 0.061 0.673 2.425 81.818 74.545 2.425 LGA Q 293 Q 293 0.915 0 0.000 0.197 1.148 73.636 76.364 1.012 LGA V 294 V 294 1.138 0 0.031 0.056 1.319 69.545 67.792 1.276 LGA K 295 K 295 0.696 0 0.054 0.136 1.006 77.727 90.101 0.179 LGA I 296 I 296 0.971 0 0.067 0.098 1.344 73.636 75.682 0.716 LGA A 297 A 297 1.492 0 0.120 0.134 2.139 55.000 54.182 - LGA N 298 N 298 0.752 0 0.000 0.277 1.175 69.545 75.909 1.175 LGA K 299 K 299 2.135 0 0.092 0.320 7.107 42.273 23.030 7.107 LGA V 300 V 300 2.361 0 0.109 0.104 2.863 38.636 38.701 2.793 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.963 0.928 1.737 83.125 77.475 64.064 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.96 93.704 97.401 12.696 LGA_LOCAL RMSD: 0.963 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.963 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.963 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.717973 * X + 0.034146 * Y + -0.695233 * Z + 151.672104 Y_new = 0.647354 * X + 0.399843 * Y + -0.648890 * Z + 149.853775 Z_new = 0.255827 * X + -0.915947 * Y + -0.309181 * Z + 141.474945 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.407871 -0.258703 -1.896340 [DEG: 137.9609 -14.8226 -108.6523 ] ZXZ: -0.819863 1.885128 2.869230 [DEG: -46.9747 108.0099 164.3948 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS267_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS267_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.96 97.401 0.96 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS267_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.652 185.128 153.199 1.00 86.82 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.145 185.832 154.381 1.00 86.82 C ATOM 1347 C GLY 165 151.621 185.767 154.552 1.00 86.82 C ATOM 1348 O GLY 165 151.053 186.567 155.288 1.00 86.82 O ATOM 1349 N LYS 166 150.927 184.844 153.870 1.00 87.17 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.480 184.630 154.049 1.00 87.17 C ATOM 1351 C LYS 166 149.215 183.784 155.302 1.00 87.17 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.865 184.017 152.779 1.00 87.17 C ATOM 1353 O LYS 166 150.010 182.911 155.655 1.00 87.17 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.930 184.953 151.563 1.00 87.17 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.515 184.228 150.273 1.00 87.17 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.554 185.214 149.100 1.00 87.17 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.457 184.535 147.788 1.00 87.17 N ATOM 1358 N TRP 167 148.077 183.993 155.960 1.00 88.81 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.685 183.276 157.177 1.00 88.81 C ATOM 1360 C TRP 167 146.870 182.013 156.850 1.00 88.81 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.942 184.231 158.109 1.00 88.81 C ATOM 1362 O TRP 167 145.741 182.075 156.369 1.00 88.81 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.612 183.645 159.445 1.00 88.81 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.426 183.104 159.806 1.00 88.81 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.473 183.548 160.621 1.00 88.81 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.734 182.928 161.669 1.00 88.81 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.797 183.939 160.913 1.00 88.81 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.495 182.684 161.121 1.00 88.81 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.595 183.108 163.204 1.00 88.81 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.273 182.707 162.945 1.00 88.81 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.353 183.722 162.190 1.00 88.81 C ATOM 1372 N ILE 168 147.471 180.837 157.069 1.00 80.40 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.051 179.582 156.404 1.00 80.40 C ATOM 1374 C ILE 168 146.229 178.629 157.284 1.00 80.40 C ATOM 1375 CB ILE 168 148.312 178.862 155.861 1.00 80.40 C ATOM 1376 O ILE 168 145.591 177.695 156.781 1.00 80.40 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.222 179.777 155.024 1.00 80.40 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.981 177.625 155.013 1.00 80.40 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.496 180.575 153.939 1.00 80.40 C ATOM 1380 N SER 169 146.322 178.757 158.608 1.00 72.89 N ATOM 1381 CA SER 169 145.854 177.713 159.520 1.00 72.89 C ATOM 1382 C SER 169 145.602 178.236 160.928 1.00 72.89 C ATOM 1383 CB SER 169 146.913 176.607 159.579 1.00 72.89 C ATOM 1384 O SER 169 146.509 178.763 161.560 1.00 72.89 O ATOM 1385 OG SER 169 146.445 175.479 160.292 1.00 72.89 O ATOM 1386 N GLY 170 144.406 177.960 161.447 1.00 73.01 N ATOM 1387 CA GLY 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