####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS267_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS267_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 23 108 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 14 49 96 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 78 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 35 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 31 91 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 61 120 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 91 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 34 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 56 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 76 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 63 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 16 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 110 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 104 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 18 89 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 8 96 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 19 21 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 21 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 78 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 63 111 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 74 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 8 96 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 5 26 52 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 112 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 82.96 94.07 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.53 0.66 0.73 0.80 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 1.02 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.681 0 0.029 0.029 0.694 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.568 0 0.000 0.068 1.336 90.909 80.404 1.336 LGA W 167 W 167 0.235 0 0.192 0.192 0.531 95.455 98.701 0.376 LGA I 168 I 168 0.686 0 0.024 0.156 1.771 73.636 70.000 1.771 LGA S 169 S 169 2.145 0 0.395 0.698 5.382 58.636 40.909 5.382 LGA G 170 G 170 2.106 0 0.216 0.216 2.106 55.000 55.000 - LGA L 171 L 171 0.657 0 0.161 1.334 5.622 77.727 50.682 3.523 LGA A 172 A 172 0.651 0 0.019 0.039 0.703 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.519 0 0.013 0.042 0.559 81.818 84.416 0.492 LGA Y 174 Y 174 0.525 0 0.000 0.148 1.177 81.818 80.455 1.177 LGA G 175 G 175 0.614 0 0.089 0.089 0.614 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.765 0 0.050 0.149 0.881 81.818 87.879 0.236 LGA Q 177 Q 177 1.126 0 0.039 1.058 4.004 73.636 56.364 1.487 LGA L 178 L 178 0.649 0 0.145 0.222 1.528 73.636 73.864 1.528 LGA N 179 N 179 1.335 0 0.164 0.766 5.231 65.909 38.409 5.231 LGA K 180 K 180 3.403 0 0.260 0.935 12.603 29.545 13.131 12.603 LGA K 181 K 181 1.961 0 0.466 0.958 10.828 65.909 30.505 10.828 LGA T 182 T 182 0.770 0 0.042 1.127 3.259 82.273 70.649 3.259 LGA S 183 S 183 0.857 0 0.103 0.092 1.294 82.273 76.667 1.244 LGA K 184 K 184 0.657 0 0.074 0.930 3.345 81.818 69.293 3.345 LGA L 185 L 185 0.396 0 0.072 0.085 0.576 95.455 97.727 0.092 LGA D 186 D 186 0.450 0 0.042 0.227 0.897 90.909 93.182 0.250 LGA P 187 P 187 0.676 0 0.026 0.056 1.414 73.636 77.143 0.694 LGA V 188 V 188 0.992 0 0.012 0.041 1.159 81.818 74.805 1.054 LGA E 189 E 189 0.947 0 0.033 0.155 1.257 81.818 76.364 1.257 LGA D 190 D 190 0.841 0 0.027 0.075 1.267 81.818 75.682 1.267 LGA E 191 E 191 0.600 0 0.000 0.069 0.726 90.909 85.859 0.713 LGA A 192 A 192 0.332 0 0.029 0.026 0.401 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.401 0 0.040 0.145 0.754 100.000 89.899 0.754 LGA V 194 V 194 0.296 0 0.021 0.046 0.479 100.000 100.000 0.461 LGA V 195 V 195 0.175 0 0.000 0.000 0.295 100.000 100.000 0.181 LGA Q 196 Q 196 0.218 0 0.029 0.222 1.224 100.000 90.303 1.137 LGA L 197 L 197 0.238 0 0.000 0.050 0.298 100.000 100.000 0.298 LGA I 198 I 198 0.104 0 0.062 0.092 0.351 100.000 100.000 0.259 LGA F 199 F 199 0.228 0 0.025 0.043 0.336 100.000 100.000 0.129 LGA N 200 N 200 0.370 0 0.020 0.511 1.242 100.000 93.409 0.995 LGA I 201 I 201 0.320 0 0.037 0.046 0.514 95.455 97.727 0.262 LGA F 202 F 202 0.261 0 0.048 0.058 0.413 100.000 100.000 0.400 LGA L 203 L 203 0.376 0 0.023 0.102 0.872 100.000 95.455 0.592 LGA N 204 N 204 0.268 0 0.038 0.085 0.905 100.000 93.182 0.802 LGA G 205 G 205 0.291 0 0.068 0.068 0.504 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.312 0 0.011 0.546 2.423 100.000 90.000 0.338 LGA N 207 N 207 0.676 0 0.029 0.256 1.134 81.818 79.773 0.716 LGA G 208 G 208 1.099 0 0.070 0.070 1.656 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.250 0 0.088 0.242 2.894 65.455 53.535 2.894 LGA D 210 D 210 1.250 0 0.056 0.668 1.349 69.545 69.545 1.276 LGA Y 211 Y 211 1.536 0 0.167 0.657 2.037 61.818 57.121 1.548 LGA S 212 S 212 2.034 0 0.636 0.770 5.745 41.818 29.697 5.745 LGA Y 213 Y 213 3.116 0 0.215 1.157 14.237 36.364 12.121 14.237 LGA A 215 A 215 0.875 0 0.221 0.240 1.945 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.315 0 0.000 0.173 0.499 100.000 100.000 0.499 LGA A 217 A 217 0.170 0 0.073 0.083 0.287 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.303 0 0.041 0.146 1.141 100.000 91.212 1.141 LGA H 219 H 219 0.250 0 0.018 0.117 0.636 100.000 94.545 0.636 LGA L 220 L 220 0.264 0 0.000 0.094 0.353 100.000 100.000 0.353 LGA T 221 T 221 0.211 0 0.030 0.036 0.528 95.455 97.403 0.176 LGA N 222 N 222 0.513 0 0.058 0.045 0.822 86.364 93.182 0.449 LGA L 223 L 223 0.664 0 0.041 0.107 1.040 81.818 79.773 0.804 LGA Q 224 Q 224 0.508 0 0.077 0.295 1.183 86.364 84.040 1.183 LGA I 225 I 225 0.451 0 0.050 0.063 0.575 100.000 95.455 0.429 LGA P 226 P 226 0.416 0 0.033 0.052 0.782 90.909 87.013 0.782 LGA T 227 T 227 0.566 0 0.048 0.187 0.841 81.818 81.818 0.841 LGA P 228 P 228 0.747 0 0.235 0.262 0.817 81.818 81.818 0.680 LGA S 229 S 229 0.929 0 0.161 0.144 1.123 77.727 79.091 0.575 LGA G 230 G 230 1.064 0 0.000 0.000 1.110 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.524 0 0.084 0.495 1.045 90.909 82.222 1.005 LGA K 232 K 232 0.371 0 0.098 0.287 1.586 95.455 88.485 1.586 LGA R 233 R 233 0.489 0 0.039 1.087 6.030 95.455 49.917 4.690 LGA W 234 W 234 0.372 0 0.031 0.189 0.596 95.455 96.104 0.596 LGA N 235 N 235 0.487 0 0.060 0.783 2.508 95.455 79.773 0.607 LGA Q 236 Q 236 0.723 0 0.000 0.767 2.517 86.364 65.859 2.517 LGA Y 237 Y 237 0.736 0 0.075 0.129 1.140 77.727 76.364 1.140 LGA T 238 T 238 0.435 0 0.000 0.052 0.529 100.000 97.403 0.529 LGA I 239 I 239 0.423 0 0.000 0.072 0.423 100.000 100.000 0.340 LGA K 240 K 240 0.726 0 0.018 0.214 2.814 81.818 62.828 2.814 LGA A 241 A 241 0.707 0 0.126 0.137 1.037 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.219 0 0.056 0.067 0.292 100.000 100.000 0.292 LGA L 243 L 243 0.055 0 0.000 0.057 0.219 100.000 100.000 0.219 LGA Q 244 Q 244 0.256 0 0.089 0.318 1.245 95.455 90.101 0.789 LGA N 245 N 245 0.333 0 0.024 0.124 0.609 100.000 97.727 0.609 LGA E 246 E 246 0.208 0 0.031 0.309 0.946 100.000 95.960 0.946 LGA V 247 V 247 0.189 0 0.046 0.105 0.467 100.000 100.000 0.239 LGA Y 248 Y 248 0.265 0 0.048 0.104 0.888 100.000 93.939 0.888 LGA I 249 I 249 0.253 0 0.051 0.082 0.517 95.455 97.727 0.423 LGA G 250 G 250 0.013 0 0.035 0.035 0.410 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.379 0 0.048 0.075 0.541 95.455 97.403 0.351 LGA V 252 V 252 0.381 0 0.073 0.095 0.743 95.455 97.403 0.394 LGA K 253 K 253 0.320 0 0.112 0.197 0.732 95.455 97.980 0.351 LGA Y 254 Y 254 0.589 0 0.091 0.294 2.350 95.455 73.485 2.350 LGA K 255 K 255 0.469 0 0.130 0.614 4.655 86.818 54.545 4.655 LGA V 256 V 256 0.646 0 0.082 0.086 0.897 86.364 84.416 0.897 LGA R 257 R 257 0.600 0 0.057 1.157 4.304 86.364 58.347 4.304 LGA E 258 E 258 0.465 0 0.031 0.612 4.199 95.455 57.576 4.199 LGA K 259 K 259 0.403 0 0.054 0.149 2.053 100.000 81.818 2.053 LGA T 260 T 260 0.495 0 0.017 0.112 1.329 90.909 82.338 1.008 LGA K 261 K 261 0.601 0 0.062 0.274 1.815 86.364 75.152 1.698 LGA D 262 D 262 0.955 0 0.042 0.908 2.775 81.818 63.636 2.281 LGA G 263 G 263 0.905 0 0.028 0.028 0.920 81.818 81.818 - LGA K 264 K 264 0.967 0 0.078 0.457 2.099 77.727 75.152 2.099 LGA R 265 R 265 1.122 0 0.110 0.909 4.213 61.818 43.471 4.213 LGA T 266 T 266 1.382 0 0.048 0.118 1.513 65.455 63.377 1.121 LGA I 267 I 267 1.451 0 0.073 0.108 2.446 61.818 54.773 2.446 LGA R 268 R 268 1.208 0 0.017 0.950 2.466 65.455 66.116 2.466 LGA P 269 P 269 1.530 0 0.000 0.040 1.690 61.818 59.221 1.690 LGA E 270 E 270 1.174 0 0.040 0.336 2.195 69.545 59.596 2.117 LGA K 271 K 271 1.292 0 0.089 0.778 3.178 65.455 54.949 3.178 LGA E 272 E 272 1.016 0 0.159 0.346 2.826 73.636 57.172 2.128 LGA Q 273 Q 273 0.819 0 0.045 0.137 1.344 81.818 78.182 0.866 LGA I 274 I 274 0.539 0 0.031 0.144 1.291 90.909 86.591 1.291 LGA V 275 V 275 0.259 0 0.000 0.033 0.392 100.000 100.000 0.329 LGA V 276 V 276 0.219 0 0.068 0.061 0.339 100.000 100.000 0.256 LGA Q 277 Q 277 0.168 0 0.054 0.719 3.632 100.000 76.364 3.632 LGA D 278 D 278 0.185 0 0.052 0.208 0.913 100.000 97.727 0.913 LGA A 279 A 279 0.213 0 0.028 0.030 0.270 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.184 0 0.026 0.134 0.433 100.000 100.000 0.180 LGA A 281 A 281 0.414 0 0.032 0.030 0.649 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.157 0 0.057 0.068 0.404 100.000 100.000 0.404 LGA I 283 I 283 0.361 0 0.000 0.053 0.527 100.000 97.727 0.384 LGA I 284 I 284 0.249 0 0.021 0.070 0.318 100.000 100.000 0.166 LGA D 285 D 285 0.541 0 0.052 0.186 1.451 86.364 82.045 0.873 LGA K 286 K 286 0.621 0 0.000 0.287 1.075 81.818 82.020 1.075 LGA E 287 E 287 0.782 0 0.032 0.340 1.929 81.818 74.747 1.100 LGA Q 288 Q 288 0.481 0 0.028 0.302 1.962 95.455 81.212 1.962 LGA F 289 F 289 0.483 0 0.036 0.131 0.751 90.909 85.124 0.697 LGA Q 290 Q 290 0.758 0 0.030 1.258 3.205 81.818 60.808 3.205 LGA Q 291 Q 291 0.591 0 0.051 0.133 0.664 81.818 81.818 0.664 LGA S 292 S 292 0.494 0 0.054 0.667 2.395 86.364 80.606 2.395 LGA Q 293 Q 293 0.725 0 0.000 0.208 0.969 81.818 81.818 0.969 LGA V 294 V 294 0.903 0 0.030 0.054 1.079 81.818 77.143 1.052 LGA K 295 K 295 0.526 0 0.097 0.172 0.952 81.818 91.919 0.289 LGA I 296 I 296 0.723 0 0.101 0.125 1.077 77.727 77.727 0.595 LGA A 297 A 297 1.172 0 0.133 0.149 1.751 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.403 0 0.529 0.561 2.365 75.455 76.818 1.167 LGA K 299 K 299 2.315 0 0.051 0.298 5.627 35.909 21.818 5.627 LGA V 300 V 300 2.445 0 0.093 0.091 2.717 38.182 33.506 2.509 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.889 0.853 1.704 85.367 79.431 65.745 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 94.815 97.856 13.646 LGA_LOCAL RMSD: 0.889 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.889 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.889 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.366656 * X + 0.759903 * Y + -0.536760 * Z + 153.049530 Y_new = -0.822259 * X + -0.005234 * Y + -0.569089 * Z + 150.637131 Z_new = -0.435261 * X + 0.650016 * Y + 0.622918 * Z + 144.049500 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.151346 0.450328 0.806682 [DEG: -65.9673 25.8019 46.2195 ] ZXZ: -0.756172 0.898329 -0.590042 [DEG: -43.3255 51.4704 -33.8069 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS267_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS267_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.856 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS267_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.727 185.114 153.170 1.00 86.09 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.192 185.841 154.326 1.00 86.09 C ATOM 1347 C GLY 165 151.664 185.782 154.464 1.00 86.09 C ATOM 1348 O GLY 165 151.091 186.565 155.215 1.00 86.09 O ATOM 1349 N LYS 166 150.974 184.877 153.753 1.00 85.84 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.526 184.660 153.928 1.00 85.84 C ATOM 1351 C LYS 166 149.264 183.854 155.210 1.00 85.84 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.913 184.001 152.674 1.00 85.84 C ATOM 1353 O LYS 166 150.036 182.963 155.566 1.00 85.84 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.976 184.878 151.411 1.00 85.84 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.477 184.134 150.154 1.00 85.84 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.458 185.092 148.950 1.00 85.84 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.186 184.410 147.657 1.00 85.84 N ATOM 1358 N TRP 167 148.148 184.115 155.890 1.00 87.89 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.733 183.398 157.100 1.00 87.89 C ATOM 1360 C TRP 167 146.902 182.155 156.753 1.00 87.89 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.989 184.348 158.036 1.00 87.89 C ATOM 1362 O TRP 167 145.799 182.239 156.217 1.00 87.89 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.624 183.739 159.354 1.00 87.89 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.437 183.175 159.679 1.00 87.89 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.458 183.631 160.546 1.00 87.89 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.704 182.983 161.568 1.00 87.89 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.772 184.031 160.869 1.00 87.89 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.479 182.735 160.991 1.00 87.89 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.538 183.156 163.137 1.00 87.89 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.225 182.745 162.848 1.00 87.89 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.306 183.798 162.150 1.00 87.89 C ATOM 1372 N ILE 168 147.459 180.968 157.017 1.00 78.56 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.026 179.720 156.354 1.00 78.56 C ATOM 1374 C ILE 168 146.138 178.814 157.210 1.00 78.56 C ATOM 1375 CB ILE 168 148.283 178.941 155.893 1.00 78.56 C ATOM 1376 O ILE 168 145.414 177.964 156.683 1.00 78.56 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.248 179.799 155.059 1.00 78.56 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.936 177.683 155.084 1.00 78.56 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.577 180.593 153.938 1.00 78.56 C ATOM 1380 N SER 169 146.271 178.884 158.533 1.00 69.25 N ATOM 1381 CA SER 169 145.740 177.851 159.417 1.00 69.25 C ATOM 1382 C SER 169 145.480 178.379 160.818 1.00 69.25 C ATOM 1383 CB SER 169 146.738 176.690 159.489 1.00 69.25 C ATOM 1384 O SER 169 146.366 178.954 161.438 1.00 69.25 O ATOM 1385 OG SER 169 146.206 175.603 160.224 1.00 69.25 O ATOM 1386 N GLY 170 144.301 178.052 161.343 1.00 69.74 N ATOM 1387 CA GLY 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