####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS267_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS267_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 72 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 3 32 80 97 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 16 51 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 79 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 72 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 28 100 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 85 105 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 92 123 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 57 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 65 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 65 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 76 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 76 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 78 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 42 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 23 103 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 102 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 102 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 18 94 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 7 72 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 14 19 36 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 54 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 64 106 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 74 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 34 112 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 9 16 95 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 108 127 132 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 80.00 94.07 97.78 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.71 0.81 0.81 0.91 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.12 1.00 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.704 0 0.035 0.035 0.704 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.625 0 0.055 0.094 1.119 86.364 78.384 1.119 LGA W 167 W 167 0.262 0 0.229 0.208 0.588 95.455 96.104 0.392 LGA I 168 I 168 0.933 0 0.608 1.067 1.927 70.000 65.909 1.230 LGA S 169 S 169 3.582 0 0.097 0.588 5.843 23.636 15.758 5.636 LGA G 170 G 170 1.528 0 0.231 0.231 1.528 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.820 0 0.153 1.382 5.858 77.727 51.591 3.436 LGA A 172 A 172 0.678 0 0.028 0.051 0.770 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.457 0 0.000 0.021 0.517 95.455 94.805 0.416 LGA Y 174 Y 174 0.442 0 0.028 0.202 1.285 95.455 89.545 1.285 LGA G 175 G 175 0.492 0 0.079 0.079 0.510 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.700 0 0.052 0.141 0.821 81.818 87.879 0.247 LGA Q 177 Q 177 1.022 0 0.064 0.353 2.047 78.182 69.899 0.893 LGA L 178 L 178 0.677 0 0.144 0.251 1.684 73.636 73.864 1.684 LGA N 179 N 179 1.308 0 0.170 0.749 5.129 65.909 39.091 5.129 LGA K 180 K 180 3.340 0 0.270 0.937 12.754 29.545 13.131 12.754 LGA K 181 K 181 2.112 0 0.471 0.992 11.432 62.727 28.485 11.432 LGA T 182 T 182 0.921 0 0.033 1.111 3.376 82.273 68.571 3.376 LGA S 183 S 183 0.806 0 0.103 0.093 1.220 82.273 76.667 1.220 LGA K 184 K 184 0.675 0 0.077 0.919 3.397 81.818 71.111 3.397 LGA L 185 L 185 0.452 0 0.073 0.082 0.675 95.455 97.727 0.195 LGA D 186 D 186 0.402 0 0.041 0.223 0.785 90.909 93.182 0.208 LGA P 187 P 187 0.593 0 0.000 0.047 1.305 82.273 82.078 0.636 LGA V 188 V 188 0.956 0 0.016 0.041 1.130 81.818 77.143 1.056 LGA E 189 E 189 0.956 0 0.026 0.215 1.435 81.818 76.364 1.435 LGA D 190 D 190 0.935 0 0.026 0.089 1.351 81.818 73.636 1.351 LGA E 191 E 191 0.642 0 0.000 0.085 0.756 90.909 85.859 0.720 LGA A 192 A 192 0.354 0 0.031 0.030 0.434 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.477 0 0.048 0.143 1.133 100.000 86.263 1.133 LGA V 194 V 194 0.362 0 0.031 0.048 0.582 100.000 94.805 0.522 LGA V 195 V 195 0.182 0 0.000 0.000 0.272 100.000 100.000 0.147 LGA Q 196 Q 196 0.222 0 0.032 0.208 1.160 100.000 90.303 1.081 LGA L 197 L 197 0.278 0 0.000 0.079 0.409 100.000 100.000 0.409 LGA I 198 I 198 0.096 0 0.067 0.096 0.353 100.000 100.000 0.290 LGA F 199 F 199 0.223 0 0.000 0.036 0.341 100.000 100.000 0.119 LGA N 200 N 200 0.313 0 0.000 0.514 1.391 100.000 93.409 1.391 LGA I 201 I 201 0.224 0 0.035 0.061 0.398 100.000 100.000 0.280 LGA F 202 F 202 0.238 0 0.051 0.072 0.443 100.000 100.000 0.413 LGA L 203 L 203 0.365 0 0.025 0.087 0.833 100.000 95.455 0.598 LGA N 204 N 204 0.278 0 0.050 0.092 1.154 100.000 88.864 0.989 LGA G 205 G 205 0.286 0 0.060 0.060 0.374 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.259 0 0.000 1.060 3.172 100.000 81.136 1.391 LGA N 207 N 207 0.814 0 0.000 0.205 0.978 81.818 81.818 0.854 LGA G 208 G 208 1.277 0 0.067 0.067 1.795 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.369 0 0.076 0.203 2.803 65.455 51.919 2.803 LGA D 210 D 210 1.347 0 0.056 0.681 1.425 69.545 69.545 1.402 LGA Y 211 Y 211 1.687 0 0.167 0.657 2.092 58.182 53.485 1.655 LGA S 212 S 212 2.209 0 0.638 0.758 5.923 36.364 26.061 5.923 LGA Y 213 Y 213 3.070 0 0.221 1.140 14.157 39.545 13.333 14.157 LGA A 215 A 215 0.973 0 0.222 0.241 1.933 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.387 0 0.000 0.172 0.473 100.000 100.000 0.438 LGA A 217 A 217 0.277 0 0.083 0.095 0.348 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.401 0 0.035 0.147 1.205 100.000 91.212 1.205 LGA H 219 H 219 0.394 0 0.000 0.107 0.724 100.000 90.909 0.724 LGA L 220 L 220 0.360 0 0.014 0.107 0.472 100.000 100.000 0.472 LGA T 221 T 221 0.235 0 0.019 0.044 0.414 100.000 100.000 0.113 LGA N 222 N 222 0.401 0 0.060 0.053 0.667 90.909 95.455 0.354 LGA L 223 L 223 0.613 0 0.039 0.053 0.788 81.818 81.818 0.743 LGA Q 224 Q 224 0.497 0 0.077 0.321 1.335 90.909 86.061 1.335 LGA I 225 I 225 0.474 0 0.048 0.062 0.596 100.000 95.455 0.463 LGA P 226 P 226 0.470 0 0.027 0.061 0.827 86.364 84.416 0.827 LGA T 227 T 227 0.536 0 0.047 0.193 0.933 81.818 84.416 0.933 LGA P 228 P 228 0.724 0 0.236 0.261 0.763 81.818 81.818 0.641 LGA S 229 S 229 1.083 0 0.164 0.148 1.229 65.455 70.909 0.568 LGA G 230 G 230 1.203 0 0.000 0.000 1.237 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.588 0 0.087 0.482 1.235 90.909 84.242 0.484 LGA K 232 K 232 0.416 0 0.114 0.303 2.178 90.909 77.374 2.178 LGA R 233 R 233 0.357 0 0.014 1.081 5.674 100.000 55.041 3.275 LGA W 234 W 234 0.228 0 0.031 0.182 0.569 100.000 97.403 0.569 LGA N 235 N 235 0.593 0 0.071 0.786 1.951 95.455 87.273 0.454 LGA Q 236 Q 236 0.557 0 0.000 0.981 3.507 90.909 67.879 3.507 LGA Y 237 Y 237 0.559 0 0.064 0.112 0.904 86.364 83.333 0.848 LGA T 238 T 238 0.402 0 0.015 0.097 0.532 100.000 97.403 0.532 LGA I 239 I 239 0.368 0 0.000 0.089 0.368 100.000 100.000 0.345 LGA K 240 K 240 0.635 0 0.000 0.234 2.442 86.364 67.273 2.283 LGA A 241 A 241 0.623 0 0.105 0.116 0.891 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.187 0 0.047 0.060 0.269 100.000 100.000 0.269 LGA L 243 L 243 0.105 0 0.013 0.059 0.268 100.000 100.000 0.225 LGA Q 244 Q 244 0.284 0 0.087 0.340 1.211 95.455 92.121 0.701 LGA N 245 N 245 0.358 0 0.026 0.146 0.673 95.455 95.455 0.673 LGA E 246 E 246 0.269 0 0.025 0.316 0.880 100.000 95.960 0.880 LGA V 247 V 247 0.240 0 0.018 0.091 0.334 100.000 100.000 0.251 LGA Y 248 Y 248 0.309 0 0.046 0.121 0.792 100.000 93.939 0.792 LGA I 249 I 249 0.356 0 0.053 0.080 0.648 95.455 93.182 0.530 LGA G 250 G 250 0.150 0 0.036 0.036 0.517 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.443 0 0.051 0.082 0.556 95.455 97.403 0.393 LGA V 252 V 252 0.482 0 0.061 0.089 0.806 90.909 94.805 0.440 LGA K 253 K 253 0.396 0 0.099 0.173 0.848 90.909 95.960 0.275 LGA Y 254 Y 254 0.770 0 0.095 0.252 2.498 81.818 65.303 2.498 LGA K 255 K 255 0.448 0 0.045 0.636 3.971 86.364 58.384 3.971 LGA V 256 V 256 0.619 0 0.061 0.086 0.773 86.364 84.416 0.773 LGA R 257 R 257 0.586 0 0.080 1.186 4.280 86.364 62.479 3.510 LGA E 258 E 258 0.749 0 0.023 0.631 3.650 81.818 55.758 3.650 LGA K 259 K 259 0.809 0 0.076 0.312 1.731 81.818 76.566 1.731 LGA T 260 T 260 1.177 0 0.000 0.128 1.686 65.455 63.377 1.425 LGA K 261 K 261 1.113 0 0.049 0.275 1.250 65.455 70.909 1.250 LGA D 262 D 262 1.446 0 0.025 0.945 2.994 65.455 50.682 2.952 LGA G 263 G 263 0.976 0 0.047 0.047 1.031 77.727 77.727 - LGA K 264 K 264 1.062 0 0.047 0.380 1.806 69.545 71.111 1.806 LGA R 265 R 265 1.144 0 0.122 0.898 3.876 65.455 50.083 3.876 LGA T 266 T 266 1.429 0 0.044 0.133 1.610 65.455 63.377 1.238 LGA I 267 I 267 1.399 0 0.067 0.103 2.136 61.818 54.773 2.136 LGA R 268 R 268 1.185 0 0.032 0.943 3.312 65.455 61.488 1.584 LGA P 269 P 269 1.358 0 0.015 0.036 1.513 65.455 63.377 1.513 LGA E 270 E 270 1.000 0 0.039 0.331 1.673 73.636 71.111 1.387 LGA K 271 K 271 1.156 0 0.085 0.832 4.000 65.455 51.111 4.000 LGA E 272 E 272 1.030 0 0.176 0.440 3.385 73.636 51.919 2.284 LGA Q 273 Q 273 0.852 0 0.055 0.140 1.170 81.818 80.000 0.852 LGA I 274 I 274 0.575 0 0.032 0.174 1.539 86.364 80.227 1.539 LGA V 275 V 275 0.285 0 0.000 0.041 0.393 100.000 100.000 0.354 LGA V 276 V 276 0.250 0 0.054 0.046 0.422 100.000 100.000 0.276 LGA Q 277 Q 277 0.242 0 0.050 0.682 3.314 100.000 78.586 3.314 LGA D 278 D 278 0.212 0 0.049 0.199 1.053 100.000 95.682 1.053 LGA A 279 A 279 0.230 0 0.029 0.028 0.300 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.113 0 0.027 0.113 0.445 100.000 100.000 0.099 LGA A 281 A 281 0.234 0 0.021 0.018 0.394 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.273 0 0.053 0.061 0.500 100.000 100.000 0.500 LGA I 283 I 283 0.268 0 0.026 0.046 0.443 100.000 100.000 0.322 LGA I 284 I 284 0.218 0 0.020 0.078 0.429 100.000 100.000 0.096 LGA D 285 D 285 0.681 0 0.061 0.310 1.947 86.364 76.136 1.166 LGA K 286 K 286 0.827 0 0.000 0.314 1.139 81.818 80.000 0.721 LGA E 287 E 287 1.013 0 0.023 0.273 2.072 77.727 64.646 1.633 LGA Q 288 Q 288 0.585 0 0.026 0.248 1.667 81.818 74.747 1.667 LGA F 289 F 289 0.595 0 0.029 0.149 0.882 81.818 81.818 0.811 LGA Q 290 Q 290 0.915 0 0.028 1.109 2.818 81.818 62.222 2.818 LGA Q 291 Q 291 0.734 0 0.045 0.116 0.814 81.818 81.818 0.814 LGA S 292 S 292 0.581 0 0.056 0.675 2.494 81.818 74.545 2.494 LGA Q 293 Q 293 0.833 0 0.000 0.181 1.038 77.727 78.182 1.038 LGA V 294 V 294 1.004 0 0.037 0.053 1.208 77.727 72.468 1.152 LGA K 295 K 295 0.621 0 0.109 0.187 1.086 77.727 90.101 0.292 LGA I 296 I 296 0.804 0 0.101 0.122 1.213 73.636 75.682 0.664 LGA A 297 A 297 1.261 0 0.144 0.162 1.841 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.352 0 0.490 0.532 2.452 75.455 76.818 1.282 LGA K 299 K 299 2.084 0 0.085 0.292 4.564 38.636 27.071 4.564 LGA V 300 V 300 2.176 0 0.080 0.077 2.716 38.182 36.623 2.286 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.942 0.901 1.706 84.263 78.827 66.173 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 94.444 97.632 12.956 LGA_LOCAL RMSD: 0.942 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.942 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.942 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.696604 * X + -0.430140 * Y + 0.574215 * Z + 152.521423 Y_new = -0.684503 * X + -0.158685 * Y + 0.711530 * Z + 149.992905 Z_new = -0.214938 * X + -0.888706 * Y + -0.404973 * Z + 142.846466 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.776636 0.216628 -1.998370 [DEG: -44.4980 12.4119 -114.4982 ] ZXZ: 2.462590 1.987745 -2.904295 [DEG: 141.0960 113.8894 -166.4038 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS267_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS267_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.632 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS267_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.700 185.107 153.222 1.00 83.81 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.131 185.799 154.382 1.00 83.81 C ATOM 1347 C GLY 165 151.599 185.734 154.475 1.00 83.81 C ATOM 1348 O GLY 165 151.007 186.497 155.233 1.00 83.81 O ATOM 1349 N LYS 166 150.927 184.847 153.724 1.00 84.94 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.478 184.616 153.880 1.00 84.94 C ATOM 1351 C LYS 166 149.227 183.837 155.177 1.00 84.94 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.878 183.897 152.653 1.00 84.94 C ATOM 1353 O LYS 166 149.920 182.859 155.466 1.00 84.94 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.984 184.709 151.347 1.00 84.94 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.464 183.948 150.109 1.00 84.94 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.525 184.860 148.870 1.00 84.94 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.343 184.134 147.581 1.00 84.94 N ATOM 1358 N TRP 167 148.210 184.223 155.946 1.00 86.05 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.824 183.528 157.176 1.00 86.05 C ATOM 1360 C TRP 167 147.004 182.277 156.856 1.00 86.05 C ATOM 1361 CB TRP 167 147.070 184.472 158.109 1.00 86.05 C ATOM 1362 O TRP 167 145.954 182.344 156.216 1.00 86.05 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.744 183.884 159.450 1.00 86.05 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.552 183.383 159.853 1.00 86.05 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.635 183.757 160.596 1.00 86.05 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.910 183.171 161.675 1.00 86.05 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.979 184.105 160.835 1.00 86.05 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.642 182.973 161.173 1.00 86.05 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.834 183.301 163.137 1.00 86.05 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.490 182.941 162.931 1.00 86.05 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.575 183.881 162.091 1.00 86.05 C ATOM 1372 N ILE 168 147.475 181.107 157.298 1.00 76.09 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.911 179.816 156.877 1.00 76.09 C ATOM 1374 C ILE 168 146.329 179.027 158.037 1.00 76.09 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.933 178.918 156.157 1.00 76.09 C ATOM 1376 O ILE 168 147.031 178.658 158.974 1.00 76.09 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.853 179.715 155.230 1.00 76.09 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.192 177.812 155.367 1.00 76.09 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.777 178.786 154.467 1.00 76.09 C ATOM 1380 N SER 169 145.087 178.573 157.853 1.00 64.21 N ATOM 1381 CA SER 169 144.455 177.500 158.633 1.00 64.21 C ATOM 1382 C SER 169 144.599 177.655 160.149 1.00 64.21 C ATOM 1383 CB SER 169 144.849 176.099 158.139 1.00 64.21 C ATOM 1384 O SER 169 145.251 176.859 160.821 1.00 64.21 O ATOM 1385 OG SER 169 146.246 175.859 158.083 1.00 64.21 O ATOM 1386 N GLY 170 143.906 178.662 160.655 1.00 68.69 N ATOM 1387 CA GLY 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CA GLN 177 140.967 189.837 160.970 1.00 89.72 C ATOM 1440 C GLN 177 141.687 189.289 159.734 1.00 89.72 C ATOM 1441 CB GLN 177 139.714 190.650 160.609 1.00 89.72 C ATOM 1442 O GLN 177 142.689 189.834 159.275 1.00 89.72 O ATOM 1443 CG GLN 177 139.978 191.876 159.717 1.00 89.72 C ATOM 1444 CD GLN 177 138.689 192.519 159.210 1.00 89.72 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 138.784 193.500 158.343 1.00 89.72 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 137.578 192.126 159.531 1.00 89.72 O ATOM 1447 N LEU 178 141.168 188.200 159.161 1.00 88.45 N ATOM 1448 CA LEU 178 141.696 187.642 157.915 1.00 88.45 C ATOM 1449 C LEU 178 141.060 188.336 156.704 1.00 88.45 C ATOM 1450 CB LEU 178 141.470 186.121 157.885 1.00 88.45 C ATOM 1451 O LEU 178 139.872 188.147 156.424 1.00 88.45 O ATOM 1452 CG LEU 178 142.126 185.442 156.666 1.00 88.45 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.646 185.419 156.790 1.00 88.45 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.650 183.992 156.560 1.00 88.45 C ATOM 1455 N ASN 179 141.866 189.057 155.930 1.00 83.11 N ATOM 1456 CA ASN 179 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