####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS264_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS264_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 74 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 117 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 79 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 62 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 112 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 51 118 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 108 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 15 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 84 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 71 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 85 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 86 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 89 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 76 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 76 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 61 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 109 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 19 34 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 13 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 32 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 89 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 89 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 88 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 87 125 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 65 95 117 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 91 120 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 67.41 88.89 94.07 97.78 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.45 0.56 0.66 0.66 0.74 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 GDT RMS_ALL_AT 0.88 0.86 0.85 0.85 0.85 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.529 0 0.030 0.030 0.529 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.331 0 0.036 0.128 0.906 100.000 95.960 0.906 LGA W 167 W 167 0.162 0 0.219 0.228 0.664 95.455 98.701 0.323 LGA I 168 I 168 0.773 0 0.026 0.763 1.781 81.818 71.818 1.373 LGA S 169 S 169 1.261 0 0.328 0.551 1.945 77.727 71.212 1.364 LGA G 170 G 170 1.555 0 0.063 0.063 1.555 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.835 0 0.056 1.397 5.650 77.727 52.727 2.871 LGA A 172 A 172 0.432 0 0.000 0.017 0.620 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.280 0 0.007 0.101 0.326 100.000 100.000 0.185 LGA Y 174 Y 174 0.404 0 0.026 0.223 1.316 100.000 86.667 1.316 LGA G 175 G 175 0.327 0 0.064 0.064 0.346 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.376 0 0.011 0.170 0.575 100.000 96.970 0.310 LGA Q 177 Q 177 0.615 0 0.056 0.266 1.092 86.364 82.020 0.690 LGA L 178 L 178 0.390 0 0.130 0.205 1.629 82.273 78.182 1.629 LGA N 179 N 179 1.322 0 0.166 0.632 4.871 62.273 37.500 4.871 LGA K 180 K 180 3.915 0 0.286 0.967 13.486 20.455 9.091 13.486 LGA K 181 K 181 1.814 0 0.458 0.966 10.465 65.909 30.707 10.465 LGA T 182 T 182 0.930 0 0.024 1.113 3.426 77.727 65.974 3.426 LGA S 183 S 183 0.647 0 0.108 0.096 0.996 86.364 84.848 0.879 LGA K 184 K 184 0.709 0 0.068 0.857 2.777 81.818 72.121 2.777 LGA L 185 L 185 0.328 0 0.070 0.078 0.628 95.455 97.727 0.364 LGA D 186 D 186 0.227 0 0.039 0.154 0.767 95.455 95.455 0.266 LGA P 187 P 187 0.505 0 0.033 0.368 1.281 82.273 84.675 0.675 LGA V 188 V 188 0.753 0 0.000 0.000 0.877 81.818 81.818 0.877 LGA E 189 E 189 0.720 0 0.020 0.207 0.773 81.818 81.818 0.687 LGA D 190 D 190 0.621 0 0.031 0.043 1.014 86.364 82.045 1.014 LGA E 191 E 191 0.444 0 0.004 0.044 0.717 95.455 87.879 0.679 LGA A 192 A 192 0.256 0 0.032 0.028 0.317 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.243 0 0.045 0.091 0.467 100.000 100.000 0.382 LGA V 194 V 194 0.217 0 0.000 0.045 0.380 100.000 100.000 0.380 LGA V 195 V 195 0.115 0 0.000 0.008 0.277 100.000 100.000 0.109 LGA Q 196 Q 196 0.082 0 0.012 0.270 1.257 100.000 90.303 1.002 LGA L 197 L 197 0.184 0 0.000 0.056 0.350 100.000 100.000 0.350 LGA I 198 I 198 0.114 0 0.040 0.072 0.305 100.000 100.000 0.259 LGA F 199 F 199 0.092 0 0.021 0.043 0.180 100.000 100.000 0.113 LGA N 200 N 200 0.202 0 0.032 1.049 3.587 100.000 76.591 3.587 LGA I 201 I 201 0.112 0 0.020 0.047 0.263 100.000 100.000 0.099 LGA F 202 F 202 0.085 0 0.000 0.042 0.422 100.000 100.000 0.422 LGA L 203 L 203 0.188 0 0.029 0.069 0.582 100.000 97.727 0.448 LGA N 204 N 204 0.214 0 0.013 0.120 1.025 100.000 91.136 0.727 LGA G 205 G 205 0.332 0 0.038 0.038 0.375 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.355 0 0.036 0.420 1.592 90.909 89.318 0.443 LGA N 207 N 207 0.894 0 0.041 0.215 1.723 81.818 71.818 1.164 LGA G 208 G 208 0.906 0 0.082 0.082 1.021 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.976 0 0.039 0.571 1.257 81.818 82.222 0.451 LGA D 210 D 210 0.921 0 0.099 0.772 1.933 81.818 72.045 1.927 LGA Y 211 Y 211 1.626 0 0.127 0.605 1.939 58.182 55.758 1.518 LGA S 212 S 212 2.066 0 0.642 0.783 5.701 41.818 29.697 5.701 LGA Y 213 Y 213 3.116 0 0.155 1.118 14.529 39.545 13.333 14.529 LGA A 215 A 215 0.973 0 0.199 0.217 2.052 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.390 0 0.000 0.151 0.615 100.000 95.455 0.615 LGA A 217 A 217 0.195 0 0.057 0.068 0.320 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.450 0 0.014 0.136 1.333 100.000 91.212 1.333 LGA H 219 H 219 0.203 0 0.017 0.085 0.654 100.000 94.545 0.654 LGA L 220 L 220 0.188 0 0.000 0.085 0.344 100.000 100.000 0.344 LGA T 221 T 221 0.212 0 0.018 0.036 0.371 100.000 100.000 0.163 LGA N 222 N 222 0.364 0 0.037 0.053 0.574 95.455 97.727 0.442 LGA L 223 L 223 0.509 0 0.043 0.069 0.735 90.909 86.364 0.569 LGA Q 224 Q 224 0.525 0 0.044 0.161 0.999 90.909 87.879 0.797 LGA I 225 I 225 0.475 0 0.044 0.104 0.513 100.000 97.727 0.223 LGA P 226 P 226 0.463 0 0.036 0.067 0.690 90.909 87.013 0.690 LGA T 227 T 227 0.375 0 0.040 0.082 0.532 100.000 97.403 0.532 LGA P 228 P 228 0.481 0 0.079 0.087 0.481 100.000 100.000 0.436 LGA S 229 S 229 0.554 0 0.151 0.160 0.819 81.818 87.879 0.295 LGA G 230 G 230 0.723 0 0.035 0.035 1.056 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.313 0 0.043 0.450 1.150 100.000 90.303 1.088 LGA K 232 K 232 0.328 0 0.108 0.244 0.763 95.455 95.960 0.763 LGA R 233 R 233 0.236 0 0.009 0.975 4.586 100.000 53.058 4.104 LGA W 234 W 234 0.368 0 0.040 0.135 0.581 100.000 94.805 0.541 LGA N 235 N 235 0.552 0 0.006 0.585 2.321 86.364 76.591 2.321 LGA Q 236 Q 236 0.607 0 0.000 0.914 3.542 86.364 63.232 3.542 LGA Y 237 Y 237 0.575 0 0.066 0.146 0.847 81.818 84.848 0.659 LGA T 238 T 238 0.454 0 0.000 0.026 0.516 95.455 94.805 0.467 LGA I 239 I 239 0.395 0 0.036 0.115 0.408 100.000 100.000 0.339 LGA K 240 K 240 0.676 0 0.033 0.225 3.343 81.818 60.404 3.343 LGA A 241 A 241 0.513 0 0.080 0.086 0.657 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.104 0 0.036 0.068 0.207 100.000 100.000 0.043 LGA L 243 L 243 0.163 0 0.034 0.061 0.387 100.000 100.000 0.271 LGA Q 244 Q 244 0.160 0 0.038 0.226 0.880 100.000 95.960 0.649 LGA N 245 N 245 0.125 0 0.024 0.103 0.441 100.000 100.000 0.441 LGA E 246 E 246 0.106 0 0.025 0.505 1.555 100.000 88.687 1.002 LGA V 247 V 247 0.142 0 0.000 0.036 0.327 100.000 100.000 0.250 LGA Y 248 Y 248 0.236 0 0.038 0.126 1.071 100.000 91.061 1.071 LGA I 249 I 249 0.158 0 0.000 0.029 0.260 100.000 100.000 0.152 LGA G 250 G 250 0.214 0 0.045 0.045 0.214 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.082 0 0.038 0.042 0.270 100.000 100.000 0.059 LGA V 252 V 252 0.256 0 0.044 0.117 0.659 100.000 97.403 0.659 LGA K 253 K 253 0.526 0 0.058 0.142 0.885 95.455 87.879 0.785 LGA Y 254 Y 254 0.594 0 0.029 0.231 2.320 95.455 69.545 2.320 LGA K 255 K 255 0.546 0 0.000 0.162 1.338 90.909 84.040 1.338 LGA V 256 V 256 0.699 0 0.059 0.064 0.803 81.818 81.818 0.671 LGA R 257 R 257 0.848 0 0.091 1.057 5.701 77.727 52.231 3.548 LGA E 258 E 258 0.727 0 0.054 0.280 1.492 81.818 76.364 1.492 LGA K 259 K 259 1.082 0 0.043 0.190 1.677 73.636 65.859 1.677 LGA T 260 T 260 1.106 0 0.019 0.104 1.488 69.545 67.792 1.010 LGA K 261 K 261 1.965 0 0.021 0.275 3.628 47.727 38.182 3.628 LGA D 262 D 262 1.589 0 0.035 0.748 2.501 58.182 50.000 2.409 LGA G 263 G 263 1.468 0 0.005 0.005 1.470 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 0.881 0 0.095 0.456 2.350 81.818 69.899 2.350 LGA R 265 R 265 0.864 0 0.078 0.928 4.410 81.818 58.347 4.410 LGA T 266 T 266 0.728 0 0.047 0.072 0.822 81.818 81.818 0.628 LGA I 267 I 267 0.485 0 0.021 0.060 0.687 90.909 88.636 0.687 LGA R 268 R 268 0.155 0 0.023 0.962 2.628 100.000 88.926 2.628 LGA P 269 P 269 0.257 0 0.005 0.025 0.393 100.000 100.000 0.207 LGA E 270 E 270 0.636 0 0.000 0.223 1.168 81.818 78.182 1.007 LGA K 271 K 271 0.836 0 0.063 0.741 5.423 81.818 50.505 5.423 LGA E 272 E 272 0.525 0 0.059 0.119 1.312 90.909 80.404 1.312 LGA Q 273 Q 273 0.241 0 0.037 0.100 0.525 100.000 97.980 0.525 LGA I 274 I 274 0.246 0 0.031 0.100 0.720 100.000 97.727 0.720 LGA V 275 V 275 0.334 0 0.017 0.043 0.617 95.455 97.403 0.492 LGA V 276 V 276 0.227 0 0.061 0.068 0.536 100.000 97.403 0.331 LGA Q 277 Q 277 0.150 0 0.041 0.578 2.736 100.000 79.596 2.736 LGA D 278 D 278 0.144 0 0.031 0.228 0.600 100.000 95.455 0.600 LGA A 279 A 279 0.204 0 0.003 0.018 0.260 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.274 0 0.027 0.224 0.595 100.000 98.182 0.454 LGA A 281 A 281 0.345 0 0.025 0.023 0.427 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.208 0 0.040 0.052 0.306 100.000 100.000 0.271 LGA I 283 I 283 0.391 0 0.044 0.063 0.656 95.455 95.455 0.437 LGA I 284 I 284 0.258 0 0.000 0.066 0.266 100.000 100.000 0.221 LGA D 285 D 285 0.294 0 0.024 0.375 1.030 100.000 93.409 1.030 LGA K 286 K 286 0.257 0 0.000 0.241 1.426 100.000 92.121 1.426 LGA E 287 E 287 0.360 0 0.018 0.666 3.628 100.000 69.697 3.628 LGA Q 288 Q 288 0.241 0 0.026 0.301 2.000 100.000 81.818 1.598 LGA F 289 F 289 0.160 0 0.031 0.117 0.350 100.000 100.000 0.280 LGA Q 290 Q 290 0.335 0 0.027 1.259 3.556 100.000 68.687 3.556 LGA Q 291 Q 291 0.239 0 0.033 0.093 0.457 100.000 100.000 0.429 LGA S 292 S 292 0.136 0 0.047 0.687 2.336 100.000 89.697 2.336 LGA Q 293 Q 293 0.400 0 0.016 0.221 0.780 90.909 89.899 0.780 LGA V 294 V 294 0.518 0 0.031 0.048 0.687 95.455 89.610 0.637 LGA K 295 K 295 0.259 0 0.073 0.198 0.762 95.455 97.980 0.231 LGA I 296 I 296 0.542 0 0.018 0.061 0.861 86.364 86.364 0.517 LGA A 297 A 297 0.900 0 0.094 0.108 1.325 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.461 0 0.000 0.232 1.224 86.818 82.273 1.150 LGA K 299 K 299 1.936 0 0.364 0.298 12.678 66.818 30.909 12.678 LGA V 300 V 300 3.629 0 0.079 0.071 7.004 17.727 10.130 7.004 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.843 0.785 1.759 89.488 83.327 69.076 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.84 96.667 98.288 14.323 LGA_LOCAL RMSD: 0.843 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.843 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.843 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.660719 * X + -0.749333 * Y + -0.044169 * Z + 153.398071 Y_new = 0.532010 * X + -0.425962 * Y + -0.731794 * Z + 149.507401 Z_new = 0.529543 * X + -0.507008 * Y + 0.680093 * Z + 144.130798 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.463690 -0.558061 -0.640614 [DEG: 141.1590 -31.9746 -36.7045 ] ZXZ: -0.060283 0.822906 2.334458 [DEG: -3.4540 47.1491 133.7546 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS264_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS264_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.84 98.288 0.84 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS264_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 5781 N GLY 165 153.952 185.156 153.364 1.00 85.34 N ATOM 5782 CA GLY 165 153.361 185.891 154.489 1.00 85.48 C ATOM 5783 C GLY 165 151.837 185.766 154.601 1.00 86.96 C ATOM 5784 O GLY 165 151.209 186.535 155.330 1.00 84.24 O ATOM 5785 N LYS 166 151.220 184.814 153.899 1.00 86.28 N ATOM 5786 CA LYS 166 149.780 184.549 153.980 1.00 86.02 C ATOM 5787 C LYS 166 149.459 183.758 155.253 1.00 86.89 C ATOM 5788 O LYS 166 150.189 182.846 155.639 1.00 84.84 O ATOM 5789 CB LYS 166 149.279 183.843 152.702 1.00 84.62 C ATOM 5790 CG LYS 166 149.430 184.716 151.431 1.00 81.79 C ATOM 5791 CD LYS 166 148.938 184.038 150.140 1.00 78.83 C ATOM 5792 CE LYS 166 149.107 185.002 148.950 1.00 73.78 C ATOM 5793 NZ LYS 166 148.709 184.455 147.623 1.00 67.15 N ATOM 5794 N TRP 167 148.338 184.089 155.897 1.00 86.93 N ATOM 5795 CA TRP 167 147.855 183.355 157.071 1.00 87.41 C ATOM 5796 C TRP 167 147.038 182.140 156.641 1.00 86.89 C ATOM 5797 O TRP 167 146.007 182.276 155.985 1.00 84.08 O ATOM 5798 CB TRP 167 147.046 184.283 157.965 1.00 86.74 C ATOM 5799 CG TRP 167 146.681 183.659 159.272 1.00 87.14 C ATOM 5800 CD1 TRP 167 145.545 182.978 159.542 1.00 83.75 C ATOM 5801 CD2 TRP 167 147.494 183.605 160.488 1.00 85.55 C ATOM 5802 NE1 TRP 167 145.590 182.511 160.851 1.00 83.52 N ATOM 5803 CE2 TRP 167 146.766 182.868 161.458 1.00 84.79 C ATOM 5804 CE3 TRP 167 148.759 184.108 160.844 1.00 84.51 C ATOM 5805 CZ2 TRP 167 147.291 182.628 162.750 1.00 84.26 C ATOM 5806 CZ3 TRP 167 149.273 183.872 162.128 1.00 82.40 C ATOM 5807 CH2 TRP 167 148.547 183.137 163.069 1.00 81.87 C ATOM 5808 N ILE 168 147.489 180.959 157.023 1.00 84.73 N ATOM 5809 CA ILE 168 146.944 179.676 156.545 1.00 82.95 C ATOM 5810 C ILE 168 146.344 178.841 157.681 1.00 82.03 C ATOM 5811 O ILE 168 145.568 177.916 157.444 1.00 76.33 O ATOM 5812 CB ILE 168 148.058 178.901 155.805 1.00 79.82 C ATOM 5813 CG1 ILE 168 148.735 179.783 154.724 1.00 76.08 C ATOM 5814 CG2 ILE 168 147.518 177.624 155.145 1.00 73.23 C ATOM 5815 CD1 ILE 168 150.034 179.172 154.217 1.00 69.52 C ATOM 5816 N SER 169 146.685 179.162 158.921 1.00 81.10 N ATOM 5817 CA SER 169 146.335 178.344 160.075 1.00 79.28 C ATOM 5818 C SER 169 145.216 178.945 160.925 1.00 77.89 C ATOM 5819 O SER 169 145.402 179.980 161.552 1.00 71.90 O ATOM 5820 CB SER 169 147.576 178.036 160.911 1.00 75.99 C ATOM 5821 OG SER 169 148.573 179.015 160.854 1.00 71.28 O ATOM 5822 N GLY 170 144.087 178.244 160.985 1.00 75.78 N ATOM 5823 CA GLY 170 143.016 178.426 161.960 1.00 74.72 C ATOM 5824 C GLY 170 142.491 179.850 162.147 1.00 77.36 C ATOM 5825 O GLY 170 142.365 180.628 161.207 1.00 74.06 O ATOM 5826 N LEU 171 142.145 180.158 163.407 1.00 79.58 N ATOM 5827 CA LEU 171 141.671 181.476 163.810 1.00 78.77 C ATOM 5828 C LEU 171 142.805 182.497 163.722 1.00 80.14 C ATOM 5829 O LEU 171 143.936 182.202 164.113 1.00 77.77 O ATOM 5830 CB LEU 171 141.110 181.406 165.243 1.00 75.57 C ATOM 5831 CG LEU 171 139.782 180.630 165.347 1.00 71.50 C ATOM 5832 CD1 LEU 171 139.537 180.192 166.784 1.00 66.22 C ATOM 5833 CD2 LEU 171 138.594 181.490 164.899 1.00 64.70 C ATOM 5834 N ALA 172 142.473 183.691 163.256 1.00 83.02 N ATOM 5835 CA ALA 172 143.394 184.816 163.311 1.00 83.44 C ATOM 5836 C ALA 172 143.779 185.127 164.772 1.00 84.58 C ATOM 5837 O ALA 172 142.958 184.929 165.674 1.00 82.89 O ATOM 5838 CB ALA 172 142.746 186.018 162.617 1.00 81.40 C ATOM 5839 N PRO 173 144.997 185.600 165.027 1.00 85.47 N ATOM 5840 CA PRO 173 145.380 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