####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS264_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS264_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.81 0.81 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.81 0.81 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.81 0.81 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 72 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 17 118 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 5 112 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 61 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 107 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 66 100 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 106 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 13 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 86 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 75 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 87 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 70 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 72 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 61 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 60 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 27 104 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 18 67 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 28 97 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 32 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 73 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 4 4 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 89 119 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.93 88.15 93.33 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.46 0.54 0.66 0.68 0.76 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 GDT RMS_ALL_AT 0.83 0.82 0.82 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.515 0 0.036 0.036 0.515 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.352 0 0.037 0.129 0.917 100.000 93.939 0.917 LGA W 167 W 167 0.255 0 0.220 0.228 0.549 95.455 98.701 0.402 LGA I 168 I 168 0.761 0 0.028 0.763 1.665 81.818 73.864 1.416 LGA S 169 S 169 1.246 0 0.315 0.328 1.860 82.273 71.818 1.830 LGA G 170 G 170 1.615 0 0.066 0.066 1.615 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.870 0 0.059 1.396 5.617 77.727 52.727 2.868 LGA A 172 A 172 0.476 0 0.002 0.019 0.663 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.262 0 0.010 0.102 0.315 100.000 100.000 0.238 LGA Y 174 Y 174 0.405 0 0.012 0.223 1.326 100.000 86.667 1.326 LGA G 175 G 175 0.305 0 0.065 0.065 0.317 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.345 0 0.000 0.168 0.554 100.000 96.970 0.265 LGA Q 177 Q 177 0.615 0 0.055 0.266 1.046 86.364 82.020 0.708 LGA L 178 L 178 0.411 0 0.131 0.204 1.688 90.909 82.500 1.688 LGA N 179 N 179 1.294 0 0.169 0.634 4.828 62.273 37.500 4.828 LGA K 180 K 180 3.929 0 0.285 0.967 13.478 20.455 9.091 13.478 LGA K 181 K 181 1.756 0 0.459 0.965 10.418 65.909 30.707 10.418 LGA T 182 T 182 0.948 0 0.022 1.112 3.490 77.727 65.974 3.490 LGA S 183 S 183 0.698 0 0.110 0.098 1.065 86.364 82.121 0.942 LGA K 184 K 184 0.768 0 0.067 0.861 2.850 81.818 72.121 2.850 LGA L 185 L 185 0.400 0 0.073 0.080 0.691 95.455 97.727 0.390 LGA D 186 D 186 0.217 0 0.037 0.154 0.766 100.000 97.727 0.271 LGA P 187 P 187 0.505 0 0.031 0.369 1.290 82.273 84.675 0.629 LGA V 188 V 188 0.755 0 0.000 0.015 0.881 81.818 81.818 0.881 LGA E 189 E 189 0.728 0 0.032 0.205 0.785 81.818 81.818 0.700 LGA D 190 D 190 0.626 0 0.028 0.040 1.025 86.364 82.045 1.025 LGA E 191 E 191 0.450 0 0.000 0.039 0.719 95.455 87.879 0.691 LGA A 192 A 192 0.267 0 0.023 0.022 0.331 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.267 0 0.047 0.089 0.514 100.000 95.960 0.424 LGA V 194 V 194 0.244 0 0.000 0.045 0.412 100.000 100.000 0.412 LGA V 195 V 195 0.136 0 0.000 0.000 0.289 100.000 100.000 0.123 LGA Q 196 Q 196 0.083 0 0.000 0.269 1.273 100.000 90.303 1.011 LGA L 197 L 197 0.190 0 0.000 0.057 0.361 100.000 100.000 0.361 LGA I 198 I 198 0.123 0 0.035 0.071 0.319 100.000 100.000 0.272 LGA F 199 F 199 0.102 0 0.000 0.044 0.195 100.000 100.000 0.139 LGA N 200 N 200 0.222 0 0.030 1.053 3.576 100.000 76.591 3.576 LGA I 201 I 201 0.142 0 0.024 0.047 0.268 100.000 100.000 0.111 LGA F 202 F 202 0.100 0 0.000 0.045 0.425 100.000 100.000 0.425 LGA L 203 L 203 0.196 0 0.022 0.070 0.600 100.000 97.727 0.465 LGA N 204 N 204 0.206 0 0.024 0.122 1.025 100.000 91.136 0.732 LGA G 205 G 205 0.328 0 0.046 0.046 0.364 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.373 0 0.038 0.438 1.642 90.909 89.318 0.484 LGA N 207 N 207 0.942 0 0.013 0.206 1.711 81.818 71.818 1.201 LGA G 208 G 208 0.933 0 0.083 0.083 1.024 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.954 0 0.052 0.612 1.464 81.818 82.222 0.446 LGA D 210 D 210 0.900 0 0.092 0.773 1.925 81.818 72.045 1.907 LGA Y 211 Y 211 1.596 0 0.126 0.597 1.926 61.818 56.970 1.529 LGA S 212 S 212 1.979 0 0.637 0.777 5.615 45.000 31.818 5.615 LGA Y 213 Y 213 3.126 0 0.162 1.113 14.486 36.364 12.273 14.486 LGA A 215 A 215 0.976 0 0.206 0.224 2.060 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.411 0 0.000 0.148 0.643 100.000 95.455 0.643 LGA A 217 A 217 0.218 0 0.060 0.072 0.337 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.441 0 0.025 0.143 1.337 100.000 91.212 1.337 LGA H 219 H 219 0.236 0 0.000 0.083 0.692 100.000 94.545 0.692 LGA L 220 L 220 0.202 0 0.000 0.081 0.341 100.000 100.000 0.341 LGA T 221 T 221 0.187 0 0.000 0.027 0.314 100.000 100.000 0.102 LGA N 222 N 222 0.324 0 0.041 0.051 0.512 95.455 97.727 0.413 LGA L 223 L 223 0.489 0 0.036 0.067 0.723 95.455 88.636 0.592 LGA Q 224 Q 224 0.528 0 0.045 0.163 1.034 90.909 86.061 0.763 LGA I 225 I 225 0.463 0 0.048 0.105 0.530 100.000 97.727 0.221 LGA P 226 P 226 0.506 0 0.034 0.063 0.744 86.364 84.416 0.744 LGA T 227 T 227 0.462 0 0.040 0.084 0.639 100.000 97.403 0.639 LGA P 228 P 228 0.584 0 0.085 0.095 0.584 86.364 87.013 0.509 LGA S 229 S 229 0.698 0 0.149 0.158 0.812 81.818 84.848 0.408 LGA G 230 G 230 0.809 0 0.049 0.049 1.045 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.330 0 0.037 0.468 1.093 100.000 92.121 0.869 LGA K 232 K 232 0.321 0 0.100 0.256 1.005 95.455 92.121 1.005 LGA R 233 R 233 0.255 0 0.038 1.083 5.595 100.000 54.876 3.682 LGA W 234 W 234 0.316 0 0.039 0.136 0.596 100.000 96.104 0.582 LGA N 235 N 235 0.529 0 0.020 0.571 2.296 86.364 76.591 2.296 LGA Q 236 Q 236 0.651 0 0.000 0.897 3.406 86.364 62.222 3.406 LGA Y 237 Y 237 0.732 0 0.065 0.130 1.023 81.818 79.091 0.961 LGA T 238 T 238 0.458 0 0.000 0.035 0.523 95.455 97.403 0.442 LGA I 239 I 239 0.430 0 0.025 0.114 0.453 100.000 100.000 0.342 LGA K 240 K 240 0.738 0 0.029 0.209 3.272 81.818 58.586 3.272 LGA A 241 A 241 0.566 0 0.087 0.092 0.705 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.116 0 0.043 0.068 0.245 100.000 100.000 0.038 LGA L 243 L 243 0.208 0 0.032 0.059 0.429 100.000 100.000 0.315 LGA Q 244 Q 244 0.218 0 0.040 0.222 0.808 100.000 95.960 0.662 LGA N 245 N 245 0.167 0 0.017 0.102 0.485 100.000 100.000 0.485 LGA E 246 E 246 0.150 0 0.027 0.502 1.553 100.000 90.505 0.961 LGA V 247 V 247 0.179 0 0.000 0.040 0.353 100.000 100.000 0.279 LGA Y 248 Y 248 0.264 0 0.037 0.121 1.083 100.000 91.061 1.083 LGA I 249 I 249 0.172 0 0.021 0.030 0.254 100.000 100.000 0.152 LGA G 250 G 250 0.199 0 0.044 0.044 0.199 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.110 0 0.036 0.042 0.273 100.000 100.000 0.076 LGA V 252 V 252 0.309 0 0.044 0.117 0.703 100.000 97.403 0.703 LGA K 253 K 253 0.574 0 0.064 0.140 0.909 95.455 87.879 0.809 LGA Y 254 Y 254 0.565 0 0.026 0.229 2.200 95.455 72.121 2.200 LGA K 255 K 255 0.509 0 0.000 0.151 1.327 86.364 82.020 1.327 LGA V 256 V 256 0.696 0 0.056 0.064 0.811 81.818 81.818 0.667 LGA R 257 R 257 0.854 0 0.094 1.056 5.661 77.727 52.893 3.405 LGA E 258 E 258 0.764 0 0.048 0.292 1.550 81.818 74.747 1.550 LGA K 259 K 259 1.233 0 0.047 0.184 1.831 65.455 58.990 1.831 LGA T 260 T 260 1.273 0 0.005 0.100 1.687 58.182 61.299 1.161 LGA K 261 K 261 2.119 0 0.022 0.210 3.471 41.364 36.162 3.471 LGA D 262 D 262 1.759 0 0.026 0.792 2.793 50.909 43.409 2.605 LGA G 263 G 263 1.730 0 0.000 0.000 1.730 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.092 0 0.093 0.433 1.852 65.455 64.040 1.852 LGA R 265 R 265 1.010 0 0.072 0.923 4.451 77.727 56.860 4.451 LGA T 266 T 266 0.818 0 0.047 0.072 0.929 81.818 81.818 0.722 LGA I 267 I 267 0.523 0 0.022 0.063 0.771 86.364 86.364 0.771 LGA R 268 R 268 0.153 0 0.030 0.963 2.613 100.000 88.926 2.613 LGA P 269 P 269 0.238 0 0.000 0.020 0.396 100.000 100.000 0.215 LGA E 270 E 270 0.629 0 0.000 0.225 1.183 81.818 78.182 1.027 LGA K 271 K 271 0.840 0 0.062 0.739 5.387 81.818 50.505 5.387 LGA E 272 E 272 0.531 0 0.059 0.126 1.357 90.909 80.404 1.357 LGA Q 273 Q 273 0.243 0 0.036 0.104 0.525 100.000 97.980 0.525 LGA I 274 I 274 0.242 0 0.030 0.100 0.686 100.000 97.727 0.686 LGA V 275 V 275 0.370 0 0.012 0.039 0.635 95.455 94.805 0.519 LGA V 276 V 276 0.269 0 0.065 0.071 0.572 100.000 97.403 0.372 LGA Q 277 Q 277 0.157 0 0.046 0.581 2.733 100.000 79.596 2.733 LGA D 278 D 278 0.126 0 0.037 0.228 0.614 100.000 95.455 0.614 LGA A 279 A 279 0.203 0 0.000 0.016 0.245 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.256 0 0.025 0.230 0.600 100.000 98.182 0.452 LGA A 281 A 281 0.318 0 0.027 0.025 0.406 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.175 0 0.041 0.053 0.278 100.000 100.000 0.267 LGA I 283 I 283 0.371 0 0.044 0.061 0.633 95.455 95.455 0.457 LGA I 284 I 284 0.240 0 0.000 0.066 0.248 100.000 100.000 0.195 LGA D 285 D 285 0.275 0 0.022 0.449 1.160 100.000 93.409 1.160 LGA K 286 K 286 0.244 0 0.000 0.243 1.405 100.000 92.121 1.405 LGA E 287 E 287 0.338 0 0.020 0.671 3.620 100.000 69.697 3.620 LGA Q 288 Q 288 0.215 0 0.032 0.305 1.960 100.000 83.232 1.581 LGA F 289 F 289 0.154 0 0.016 0.117 0.377 100.000 100.000 0.298 LGA Q 290 Q 290 0.336 0 0.028 1.260 3.570 100.000 68.687 3.570 LGA Q 291 Q 291 0.250 0 0.031 0.084 0.425 100.000 100.000 0.404 LGA S 292 S 292 0.158 0 0.054 0.687 2.327 100.000 89.697 2.327 LGA Q 293 Q 293 0.415 0 0.000 0.228 0.808 90.909 89.899 0.808 LGA V 294 V 294 0.539 0 0.033 0.045 0.682 90.909 87.013 0.662 LGA K 295 K 295 0.275 0 0.057 0.168 0.634 95.455 97.980 0.234 LGA I 296 I 296 0.529 0 0.031 0.072 0.784 86.364 86.364 0.573 LGA A 297 A 297 0.831 0 0.055 0.063 0.973 81.818 81.818 - LGA N 298 N 298 0.287 0 0.000 0.203 1.030 95.455 86.591 1.030 LGA K 299 K 299 1.002 0 0.143 0.214 2.120 69.545 62.626 2.120 LGA V 300 V 300 1.764 0 0.063 0.066 2.673 54.545 45.974 2.322 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.805 0.758 1.626 89.354 83.401 69.549 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.81 96.481 98.268 14.911 LGA_LOCAL RMSD: 0.805 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.805 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.805 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.558777 * X + 0.573304 * Y + 0.599242 * Z + 154.576721 Y_new = 0.776371 * X + 0.615663 * Y + 0.134932 * Z + 151.600327 Z_new = -0.291574 * X + 0.540631 * Y + -0.789115 * Z + 140.499344 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.194641 0.295872 2.540930 [DEG: 125.7437 16.9522 145.5845 ] ZXZ: 1.792274 2.480164 -0.494608 [DEG: 102.6897 142.1029 -28.3389 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS264_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS264_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.81 98.268 0.81 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS264_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.942 185.127 153.410 1.00 84.73 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.355 185.865 154.535 1.00 84.78 C ATOM 1347 C GLY 165 151.834 185.736 154.660 1.00 86.37 C ATOM 1348 O GLY 165 151.206 186.513 155.377 1.00 83.61 O ATOM 1349 N LYS 166 151.219 184.768 153.970 1.00 85.65 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.780 184.503 154.059 1.00 85.41 C ATOM 1351 C LYS 166 149.466 183.712 155.336 1.00 86.27 C ATOM 1352 O LYS 166 150.200 182.803 155.717 1.00 84.20 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.272 183.795 152.788 1.00 83.99 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.413 184.667 151.516 1.00 81.11 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.905 183.991 150.232 1.00 78.27 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.066 184.953 149.040 1.00 72.99 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.646 184.404 147.719 1.00 66.60 N ATOM 1358 N TRP 167 148.349 184.038 155.980 1.00 87.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.873 183.306 157.158 1.00 87.60 C ATOM 1360 C TRP 167 147.062 182.084 156.734 1.00 87.07 C ATOM 1361 O TRP 167 146.032 182.208 156.076 1.00 84.31 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.060 184.232 158.054 1.00 86.93 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.707 183.607 159.364 1.00 87.30 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.575 182.922 159.641 1.00 83.82 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.523 183.558 160.578 1.00 85.73 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.632 182.457 160.951 1.00 83.81 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.806 182.821 161.551 1.00 85.09 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.791 184.070 160.925 1.00 84.68 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.340 182.583 162.838 1.00 84.28 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.315 183.838 162.206 1.00 82.33 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.596 183.097 163.148 1.00 81.82 C ATOM 1372 N ILE 168 147.522 180.905 157.129 1.00 84.04 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.988 179.619 156.663 1.00 82.47 C ATOM 1374 C ILE 168 146.398 178.785 157.809 1.00 81.42 C ATOM 1375 O ILE 168 145.634 177.849 157.581 1.00 75.66 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.100 178.849 155.915 1.00 79.14 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.760 179.735 154.830 1.00 74.93 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.557 177.569 155.257 1.00 72.46 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.055 179.133 154.302 1.00 68.72 C ATOM 1380 N SER 169 146.735 179.126 159.037 1.00 80.70 N ATOM 1381 CA SER 169 146.398 178.311 160.206 1.00 79.16 C ATOM 1382 C SER 169 145.259 178.892 161.029 1.00 78.05 C ATOM 1383 O SER 169 145.438 179.907 161.691 1.00 72.42 O ATOM 1384 CB SER 169 147.610 178.116 161.117 1.00 76.00 C ATOM 1385 OG SER 169 148.836 178.131 160.460 1.00 71.32 O ATOM 1386 N GLY 170 144.131 178.203 161.048 1.00 76.68 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.053 178.379 162.018 1.00 75.90 C ATOM 1388 C GLY 170 142.525 179.804 162.204 1.00 78.69 C ATOM 1389 O GLY 170 142.413 180.580 161.262 1.00 75.31 O ATOM 1390 N LEU 171 142.166 180.111 163.464 1.00 80.35 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.683 181.431 163.862 1.00 80.08 C ATOM 1392 C LEU 171 142.819 182.453 163.776 1.00 81.23 C ATOM 1393 O LEU 171 143.951 182.161 164.168 1.00 78.81 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.118 181.361 165.291 1.00 77.01 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.796 180.578 165.393 1.00 72.84 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.540 180.140 166.829 1.00 67.46 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.607 181.426 164.930 1.00 66.27 C ATOM 1398 N ALA 172 142.482 183.646 163.305 1.00 83.40 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.400 184.772 163.361 1.00 83.84 C ATOM 1400 C ALA 172 143.779 185.084 164.824 1.00 84.78 C ATOM 1401 O ALA 172 142.950 184.886 165.721 1.00 82.91 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.750 185.973 162.666 1.00 81.79 C ATOM 1403 N PRO 173 145.000 185.559 165.089 1.00 86.05 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.381 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1.00 85.72 O ATOM 1422 N GLY 175 143.402 190.757 167.875 1.00 87.48 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.860 192.011 167.277 1.00 87.42 C ATOM 1424 C GLY 175 143.929 192.001 165.754 1.00 89.05 C ATOM 1425 O GLY 175 144.067 193.059 165.145 1.00 86.13 O ATOM 1426 N TYR 176 143.808 190.840 165.127 1.00 89.56 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.815 190.697 163.679 1.00 90.10 C ATOM 1428 C TYR 176 142.578 189.961 163.159 1.00 90.13 C ATOM 1429 O TYR 176 142.021 189.081 163.810 1.00 88.21 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.084 189.974 163.226 1.00 90.01 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.359 190.757 163.415 1.00 90.81 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.731 191.739 162.486 1.00 84.80 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.200 190.500 164.513 1.00 85.22 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.928 192.454 162.634 1.00 83.74 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.398 191.209 164.676 1.00 84.09 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.762 192.184 163.731 1.00 88.78 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.934 192.877 163.879 1.00 87.54 O ATOM 1438 N GLN 177 142.199 190.279 161.927 1.00 88.82 N ATOM 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