####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS264_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS264_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 79 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 106 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 11 112 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 51 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 9 109 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 45 59 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 89 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 40 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 78 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 74 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 74 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 60 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 64 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 4 59 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 113 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 83.70 91.85 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.45 0.59 0.71 0.76 0.81 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.93 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.532 0 0.037 0.037 0.532 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.282 0 0.031 0.153 1.223 100.000 92.121 1.223 LGA W 167 W 167 0.156 0 0.212 0.215 0.675 95.455 98.701 0.467 LGA I 168 I 168 0.773 0 0.133 1.084 2.863 81.818 69.091 1.667 LGA S 169 S 169 1.301 0 0.569 0.609 3.072 57.727 53.333 2.090 LGA G 170 G 170 1.505 0 0.073 0.073 1.721 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.036 0 0.037 1.390 5.755 69.545 48.636 2.988 LGA A 172 A 172 0.590 0 0.000 0.025 0.779 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.189 0 0.010 0.230 0.611 100.000 97.403 0.611 LGA Y 174 Y 174 0.398 0 0.009 0.213 1.351 100.000 86.667 1.351 LGA G 175 G 175 0.258 0 0.065 0.065 0.297 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.308 0 0.015 0.163 0.546 100.000 96.970 0.281 LGA Q 177 Q 177 0.541 0 0.064 0.306 1.259 90.909 84.040 0.643 LGA L 178 L 178 0.372 0 0.129 0.215 1.685 90.909 82.500 1.685 LGA N 179 N 179 1.294 0 0.164 0.639 4.786 62.273 37.500 4.786 LGA K 180 K 180 3.779 0 0.286 0.967 13.349 20.455 9.091 13.349 LGA K 181 K 181 1.901 0 0.458 0.968 10.592 65.909 30.707 10.592 LGA T 182 T 182 0.998 0 0.031 1.116 3.566 77.727 64.935 3.566 LGA S 183 S 183 0.630 0 0.101 0.090 0.972 86.364 84.848 0.878 LGA K 184 K 184 0.722 0 0.074 0.851 2.878 81.818 72.121 2.878 LGA L 185 L 185 0.410 0 0.071 0.078 0.717 95.455 97.727 0.410 LGA D 186 D 186 0.216 0 0.034 0.156 0.758 100.000 97.727 0.220 LGA P 187 P 187 0.512 0 0.034 0.074 1.120 82.273 84.675 0.615 LGA V 188 V 188 0.672 0 0.011 0.018 0.742 81.818 81.818 0.742 LGA E 189 E 189 0.629 0 0.028 0.213 0.753 81.818 81.818 0.605 LGA D 190 D 190 0.511 0 0.028 0.033 0.756 90.909 86.364 0.756 LGA E 191 E 191 0.363 0 0.000 0.018 0.622 100.000 91.919 0.618 LGA A 192 A 192 0.255 0 0.025 0.019 0.318 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.266 0 0.047 0.085 0.546 100.000 93.939 0.504 LGA V 194 V 194 0.251 0 0.013 0.044 0.410 100.000 100.000 0.410 LGA V 195 V 195 0.134 0 0.000 0.000 0.216 100.000 100.000 0.119 LGA Q 196 Q 196 0.124 0 0.028 0.253 1.167 100.000 92.121 0.997 LGA L 197 L 197 0.250 0 0.000 0.052 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA I 198 I 198 0.177 0 0.043 0.073 0.369 100.000 100.000 0.339 LGA F 199 F 199 0.162 0 0.000 0.045 0.261 100.000 100.000 0.144 LGA N 200 N 200 0.216 0 0.031 0.768 2.558 100.000 88.636 2.558 LGA I 201 I 201 0.094 0 0.000 0.031 0.148 100.000 100.000 0.034 LGA F 202 F 202 0.121 0 0.000 0.017 0.319 100.000 100.000 0.319 LGA L 203 L 203 0.266 0 0.018 0.057 0.724 100.000 95.455 0.649 LGA N 204 N 204 0.317 0 0.005 0.097 1.184 100.000 88.864 0.916 LGA G 205 G 205 0.454 0 0.034 0.034 0.559 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.632 0 0.021 0.247 0.999 81.818 88.636 0.313 LGA N 207 N 207 1.302 0 0.016 0.183 1.960 65.455 60.000 1.577 LGA G 208 G 208 1.298 0 0.079 0.079 1.463 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.284 0 0.056 0.149 1.646 65.455 62.222 1.646 LGA D 210 D 210 1.189 0 0.083 0.785 1.968 69.545 63.864 1.968 LGA Y 211 Y 211 1.790 0 0.120 0.585 1.980 54.545 52.121 1.706 LGA S 212 S 212 2.218 0 0.637 0.782 5.783 36.364 26.061 5.783 LGA Y 213 Y 213 3.097 0 0.167 1.087 14.629 39.545 13.333 14.629 LGA A 215 A 215 1.111 0 0.195 0.213 2.121 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.397 0 0.000 0.137 0.507 100.000 97.727 0.507 LGA A 217 A 217 0.277 0 0.041 0.056 0.363 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.577 0 0.023 0.102 1.285 90.909 85.152 1.285 LGA H 219 H 219 0.388 0 0.000 0.098 0.774 100.000 92.727 0.774 LGA L 220 L 220 0.344 0 0.000 0.089 0.504 100.000 97.727 0.504 LGA T 221 T 221 0.352 0 0.000 0.012 0.448 100.000 100.000 0.278 LGA N 222 N 222 0.462 0 0.045 0.068 0.597 90.909 93.182 0.585 LGA L 223 L 223 0.593 0 0.036 0.062 0.820 81.818 81.818 0.693 LGA Q 224 Q 224 0.599 0 0.040 0.152 0.916 81.818 81.818 0.652 LGA I 225 I 225 0.548 0 0.048 0.105 0.565 86.364 88.636 0.237 LGA P 226 P 226 0.535 0 0.040 0.069 0.806 86.364 84.416 0.806 LGA T 227 T 227 0.396 0 0.042 0.081 0.538 100.000 97.403 0.538 LGA P 228 P 228 0.557 0 0.076 0.082 0.557 86.364 89.610 0.486 LGA S 229 S 229 0.636 0 0.142 0.146 0.775 81.818 87.879 0.349 LGA G 230 G 230 0.756 0 0.059 0.059 1.120 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.271 0 0.041 0.473 1.183 100.000 92.121 1.183 LGA K 232 K 232 0.345 0 0.124 0.274 0.940 95.455 95.960 0.747 LGA R 233 R 233 0.155 0 0.036 1.114 5.825 100.000 54.876 3.687 LGA W 234 W 234 0.346 0 0.039 0.130 0.644 100.000 93.506 0.538 LGA N 235 N 235 0.598 0 0.015 0.559 2.491 81.818 74.318 2.491 LGA Q 236 Q 236 0.615 0 0.000 0.819 3.079 86.364 64.040 3.079 LGA Y 237 Y 237 0.715 0 0.058 0.136 1.083 81.818 77.727 1.083 LGA T 238 T 238 0.425 0 0.000 0.033 0.481 100.000 100.000 0.423 LGA I 239 I 239 0.341 0 0.030 0.121 0.400 100.000 100.000 0.340 LGA K 240 K 240 0.690 0 0.016 0.183 2.804 81.818 62.828 2.804 LGA A 241 A 241 0.536 0 0.088 0.093 0.705 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.103 0 0.039 0.067 0.286 100.000 100.000 0.136 LGA L 243 L 243 0.242 0 0.032 0.056 0.489 100.000 100.000 0.296 LGA Q 244 Q 244 0.281 0 0.048 0.233 0.838 95.455 93.939 0.609 LGA N 245 N 245 0.227 0 0.020 0.096 0.502 100.000 97.727 0.502 LGA E 246 E 246 0.214 0 0.028 0.512 1.387 100.000 92.323 1.058 LGA V 247 V 247 0.190 0 0.000 0.035 0.347 100.000 100.000 0.272 LGA Y 248 Y 248 0.277 0 0.036 0.117 1.107 100.000 91.061 1.107 LGA I 249 I 249 0.195 0 0.013 0.024 0.316 100.000 100.000 0.305 LGA G 250 G 250 0.161 0 0.049 0.049 0.256 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.177 0 0.040 0.044 0.327 100.000 100.000 0.222 LGA V 252 V 252 0.291 0 0.050 0.115 0.584 100.000 97.403 0.584 LGA K 253 K 253 0.485 0 0.063 0.170 0.819 100.000 89.899 0.706 LGA Y 254 Y 254 0.593 0 0.029 0.241 2.331 90.909 69.394 2.331 LGA K 255 K 255 0.709 0 0.000 0.173 1.649 81.818 74.747 1.649 LGA V 256 V 256 0.868 0 0.064 0.070 0.921 81.818 81.818 0.861 LGA R 257 R 257 1.038 0 0.105 1.052 5.588 69.545 46.942 3.157 LGA E 258 E 258 1.027 0 0.059 0.286 1.563 69.545 67.475 1.563 LGA K 259 K 259 1.635 0 0.043 0.373 2.063 54.545 56.162 1.174 LGA T 260 T 260 1.576 0 0.000 0.085 2.077 47.727 55.325 1.344 LGA K 261 K 261 2.477 0 0.021 0.417 4.796 35.455 26.061 4.796 LGA D 262 D 262 2.036 0 0.025 0.836 3.210 44.545 37.727 2.915 LGA G 263 G 263 2.137 0 0.000 0.000 2.137 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.404 0 0.083 0.425 1.788 61.818 60.606 1.508 LGA R 265 R 265 1.312 0 0.070 0.906 4.281 65.455 52.231 4.281 LGA T 266 T 266 1.002 0 0.043 0.080 1.163 73.636 77.143 0.883 LGA I 267 I 267 0.664 0 0.035 0.069 0.871 81.818 81.818 0.871 LGA R 268 R 268 0.267 0 0.023 0.955 2.283 100.000 85.455 2.283 LGA P 269 P 269 0.132 0 0.000 0.021 0.282 100.000 100.000 0.181 LGA E 270 E 270 0.535 0 0.009 0.234 1.177 86.364 78.384 1.176 LGA K 271 K 271 0.799 0 0.059 0.719 5.322 81.818 51.515 5.322 LGA E 272 E 272 0.520 0 0.052 0.100 1.118 90.909 80.404 1.118 LGA Q 273 Q 273 0.186 0 0.039 0.100 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA I 274 I 274 0.222 0 0.034 0.103 0.813 100.000 97.727 0.813 LGA V 275 V 275 0.297 0 0.013 0.037 0.592 95.455 97.403 0.472 LGA V 276 V 276 0.231 0 0.065 0.070 0.471 100.000 100.000 0.314 LGA Q 277 Q 277 0.130 0 0.049 0.570 2.602 100.000 79.596 2.602 LGA D 278 D 278 0.073 0 0.035 0.222 0.649 100.000 97.727 0.649 LGA A 279 A 279 0.146 0 0.000 0.017 0.181 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.235 0 0.029 0.216 0.550 100.000 98.182 0.397 LGA A 281 A 281 0.336 0 0.022 0.021 0.436 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.210 0 0.042 0.057 0.333 100.000 100.000 0.333 LGA I 283 I 283 0.371 0 0.043 0.056 0.609 95.455 95.455 0.453 LGA I 284 I 284 0.265 0 0.012 0.061 0.279 100.000 100.000 0.195 LGA D 285 D 285 0.387 0 0.030 0.802 2.444 100.000 85.682 2.444 LGA K 286 K 286 0.449 0 0.000 0.253 1.305 90.909 86.061 1.305 LGA E 287 E 287 0.678 0 0.018 0.297 2.282 86.364 72.121 1.761 LGA Q 288 Q 288 0.456 0 0.025 0.430 1.414 95.455 84.242 1.414 LGA F 289 F 289 0.180 0 0.036 0.126 0.457 100.000 100.000 0.385 LGA Q 290 Q 290 0.446 0 0.030 0.791 2.552 100.000 78.586 2.552 LGA Q 291 Q 291 0.361 0 0.032 0.110 0.673 100.000 91.919 0.591 LGA S 292 S 292 0.105 0 0.058 0.688 2.349 100.000 89.697 2.349 LGA Q 293 Q 293 0.429 0 0.003 0.230 0.812 90.909 89.899 0.812 LGA V 294 V 294 0.603 0 0.035 0.060 0.807 86.364 84.416 0.780 LGA K 295 K 295 0.273 0 0.055 0.168 0.770 95.455 97.980 0.399 LGA I 296 I 296 0.633 0 0.020 0.075 1.052 82.273 84.318 0.527 LGA A 297 A 297 1.121 0 0.126 0.143 1.813 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.600 0 0.000 0.171 1.708 70.000 71.818 1.235 LGA K 299 K 299 2.945 0 0.317 0.638 13.487 48.636 21.616 13.487 LGA V 300 V 300 1.668 0 0.120 0.144 4.556 61.818 39.740 4.556 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.905 0.859 1.785 86.646 81.315 67.884 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.000 97.609 13.431 LGA_LOCAL RMSD: 0.905 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.905 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.905 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.169011 * X + -0.942829 * Y + -0.287243 * Z + 160.555649 Y_new = 0.202126 * X + 0.252086 * Y + -0.946360 * Z + 157.233734 Z_new = 0.964666 * X + -0.218004 * Y + 0.147965 * Z + 142.284088 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.267203 -1.304173 -0.974491 [DEG: 129.9012 -74.7236 -55.8342 ] ZXZ: -0.294686 1.422286 1.793052 [DEG: -16.8843 81.4910 102.7343 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS264_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS264_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.609 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS264_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 10217 N GLY 165 153.986 185.217 153.391 1.00 82.81 N ATOM 10218 CA GLY 165 153.397 185.941 154.527 1.00 82.77 C ATOM 10219 C GLY 165 151.874 185.828 154.642 1.00 84.39 C ATOM 10220 O GLY 165 151.255 186.590 155.382 1.00 82.03 O ATOM 10221 N LYS 166 151.248 184.888 153.926 1.00 83.08 N ATOM 10222 CA LYS 166 149.808 184.637 154.006 1.00 82.71 C ATOM 10223 C LYS 166 149.483 183.801 155.251 1.00 83.58 C ATOM 10224 O LYS 166 150.216 182.883 155.609 1.00 81.99 O ATOM 10225 CB LYS 166 149.284 183.987 152.701 1.00 81.44 C ATOM 10226 CG LYS 166 149.476 184.883 151.454 1.00 78.77 C ATOM 10227 CD LYS 166 148.914 184.289 150.148 1.00 76.22 C ATOM 10228 CE LYS 166 149.136 185.271 148.983 1.00 71.11 C ATOM 10229 NZ LYS 166 148.617 184.832 147.655 1.00 65.42 N ATOM 10230 N TRP 167 148.356 184.096 155.898 1.00 83.33 N ATOM 10231 CA TRP 167 147.873 183.340 157.059 1.00 83.41 C ATOM 10232 C TRP 167 147.048 182.137 156.607 1.00 82.45 C ATOM 10233 O TRP 167 145.999 182.287 155.980 1.00 80.37 O ATOM 10234 CB TRP 167 147.074 184.257 157.976 1.00 83.41 C ATOM 10235 CG TRP 167 146.688 183.608 159.267 1.00 84.15 C ATOM 10236 CD1 TRP 167 145.522 182.971 159.522 1.00 80.61 C ATOM 10237 CD2 TRP 167 147.487 183.498 160.490 1.00 82.32 C ATOM 10238 NE1 TRP 167 145.535 182.481 160.820 1.00 80.31 N ATOM 10239 CE2 TRP 167 146.720 182.784 161.445 1.00 81.74 C ATOM 10240 CE3 TRP 167 148.769 183.937 160.864 1.00 81.47 C ATOM 10241 CZ2 TRP 167 147.216 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