####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS264_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS264_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 111 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 11 114 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 101 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 37 55 125 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 58 123 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 67 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 73 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 82 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 79 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 61 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 73 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 58 122 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 3 3 21 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 115 125 129 132 133 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 85.19 92.59 95.56 97.78 98.52 99.26 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.45 0.57 0.65 0.73 0.77 0.84 0.84 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.97 0.96 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.527 0 0.032 0.032 0.527 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.322 0 0.013 0.152 1.191 100.000 92.121 1.191 LGA W 167 W 167 0.163 0 0.198 0.203 0.618 95.455 98.701 0.313 LGA I 168 I 168 0.569 0 0.078 0.253 1.719 81.818 75.909 1.442 LGA S 169 S 169 1.267 0 0.563 0.601 3.090 57.727 53.333 2.064 LGA G 170 G 170 1.389 0 0.079 0.079 1.621 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.971 0 0.037 1.390 5.708 77.727 52.727 2.907 LGA A 172 A 172 0.533 0 0.000 0.000 0.730 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.156 0 0.000 0.228 0.642 100.000 97.403 0.642 LGA Y 174 Y 174 0.421 0 0.005 0.213 1.401 100.000 86.667 1.401 LGA G 175 G 175 0.302 0 0.071 0.071 0.358 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.352 0 0.000 0.164 0.566 100.000 96.970 0.331 LGA Q 177 Q 177 0.529 0 0.065 0.312 1.335 90.909 84.040 0.604 LGA L 178 L 178 0.330 0 0.127 0.214 1.651 86.818 80.455 1.651 LGA N 179 N 179 1.327 0 0.162 0.638 4.856 62.273 37.500 4.856 LGA K 180 K 180 3.829 0 0.290 0.968 13.394 20.455 9.091 13.394 LGA K 181 K 181 1.885 0 0.457 0.965 10.558 65.909 30.707 10.558 LGA T 182 T 182 0.947 0 0.024 1.117 3.467 77.727 65.974 3.467 LGA S 183 S 183 0.631 0 0.110 0.097 0.982 86.364 84.848 0.900 LGA K 184 K 184 0.704 0 0.074 0.846 2.729 81.818 72.121 2.729 LGA L 185 L 185 0.333 0 0.072 0.078 0.638 95.455 97.727 0.409 LGA D 186 D 186 0.224 0 0.027 0.153 0.783 100.000 97.727 0.239 LGA P 187 P 187 0.535 0 0.035 0.074 1.134 82.273 84.675 0.640 LGA V 188 V 188 0.704 0 0.018 0.025 0.773 81.818 81.818 0.773 LGA E 189 E 189 0.651 0 0.027 0.216 0.761 81.818 81.818 0.645 LGA D 190 D 190 0.543 0 0.015 0.032 0.783 90.909 86.364 0.783 LGA E 191 E 191 0.393 0 0.016 0.016 0.666 100.000 91.919 0.666 LGA A 192 A 192 0.287 0 0.027 0.025 0.344 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.282 0 0.044 0.090 0.528 100.000 95.960 0.436 LGA V 194 V 194 0.261 0 0.000 0.041 0.408 100.000 100.000 0.408 LGA V 195 V 195 0.139 0 0.000 0.000 0.248 100.000 100.000 0.144 LGA Q 196 Q 196 0.143 0 0.031 0.254 1.221 100.000 90.303 1.063 LGA L 197 L 197 0.272 0 0.000 0.054 0.408 100.000 100.000 0.408 LGA I 198 I 198 0.204 0 0.043 0.072 0.367 100.000 100.000 0.343 LGA F 199 F 199 0.192 0 0.000 0.049 0.243 100.000 100.000 0.093 LGA N 200 N 200 0.259 0 0.035 0.762 2.463 100.000 90.000 2.463 LGA I 201 I 201 0.147 0 0.015 0.041 0.208 100.000 100.000 0.034 LGA F 202 F 202 0.175 0 0.013 0.019 0.360 100.000 100.000 0.360 LGA L 203 L 203 0.324 0 0.015 0.063 0.745 100.000 93.182 0.661 LGA N 204 N 204 0.311 0 0.017 0.097 1.170 100.000 88.864 0.924 LGA G 205 G 205 0.374 0 0.034 0.034 0.468 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.487 0 0.000 0.245 0.968 86.364 90.909 0.329 LGA N 207 N 207 1.034 0 0.049 0.189 1.712 69.545 65.682 1.276 LGA G 208 G 208 1.147 0 0.092 0.092 1.521 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.270 0 0.045 0.439 1.503 65.455 75.152 0.673 LGA D 210 D 210 1.203 0 0.087 0.777 1.860 69.545 65.909 1.860 LGA Y 211 Y 211 1.753 0 0.118 0.581 2.070 54.545 51.061 1.746 LGA S 212 S 212 2.279 0 0.640 0.788 5.862 36.364 26.061 5.862 LGA Y 213 Y 213 3.013 0 0.156 1.103 14.567 39.545 13.333 14.567 LGA A 215 A 215 1.025 0 0.192 0.210 2.029 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.321 0 0.000 0.141 0.499 100.000 100.000 0.482 LGA A 217 A 217 0.241 0 0.051 0.063 0.367 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.560 0 0.009 0.109 1.275 95.455 88.182 1.275 LGA H 219 H 219 0.390 0 0.000 0.092 0.822 100.000 90.909 0.822 LGA L 220 L 220 0.369 0 0.000 0.090 0.539 100.000 97.727 0.539 LGA T 221 T 221 0.361 0 0.000 0.033 0.488 100.000 100.000 0.301 LGA N 222 N 222 0.504 0 0.035 0.059 0.659 86.364 90.909 0.601 LGA L 223 L 223 0.633 0 0.045 0.061 0.877 81.818 81.818 0.715 LGA Q 224 Q 224 0.595 0 0.040 0.146 0.944 81.818 81.818 0.670 LGA I 225 I 225 0.555 0 0.043 0.103 0.568 86.364 88.636 0.254 LGA P 226 P 226 0.499 0 0.039 0.072 0.757 90.909 87.013 0.757 LGA T 227 T 227 0.334 0 0.038 0.077 0.448 100.000 100.000 0.448 LGA P 228 P 228 0.516 0 0.076 0.081 0.516 90.909 92.208 0.451 LGA S 229 S 229 0.576 0 0.147 0.149 0.770 81.818 87.879 0.337 LGA G 230 G 230 0.693 0 0.048 0.048 1.079 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.254 0 0.037 0.464 1.174 100.000 92.121 1.174 LGA K 232 K 232 0.333 0 0.131 0.269 0.944 95.455 95.960 0.736 LGA R 233 R 233 0.156 0 0.029 1.115 5.987 100.000 54.876 3.857 LGA W 234 W 234 0.424 0 0.052 0.133 0.673 100.000 93.506 0.517 LGA N 235 N 235 0.671 0 0.024 0.565 2.591 81.818 72.955 2.591 LGA Q 236 Q 236 0.678 0 0.000 0.837 3.178 81.818 63.232 3.178 LGA Y 237 Y 237 0.638 0 0.063 0.156 0.936 81.818 81.818 0.936 LGA T 238 T 238 0.416 0 0.013 0.033 0.457 100.000 100.000 0.434 LGA I 239 I 239 0.319 0 0.033 0.123 0.367 100.000 100.000 0.319 LGA K 240 K 240 0.648 0 0.027 0.187 2.957 86.364 66.465 2.957 LGA A 241 A 241 0.486 0 0.082 0.086 0.626 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.060 0 0.039 0.067 0.223 100.000 100.000 0.144 LGA L 243 L 243 0.199 0 0.035 0.059 0.455 100.000 100.000 0.279 LGA Q 244 Q 244 0.193 0 0.038 0.236 0.923 100.000 95.960 0.607 LGA N 245 N 245 0.144 0 0.028 0.097 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA E 246 E 246 0.134 0 0.027 0.516 1.416 100.000 92.323 1.116 LGA V 247 V 247 0.131 0 0.000 0.026 0.327 100.000 100.000 0.258 LGA Y 248 Y 248 0.229 0 0.033 0.118 1.099 100.000 91.061 1.099 LGA I 249 I 249 0.155 0 0.012 0.028 0.252 100.000 100.000 0.252 LGA G 250 G 250 0.153 0 0.041 0.041 0.194 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.112 0 0.039 0.042 0.248 100.000 100.000 0.148 LGA V 252 V 252 0.235 0 0.045 0.111 0.546 100.000 97.403 0.546 LGA K 253 K 253 0.435 0 0.064 0.169 0.770 100.000 89.899 0.647 LGA Y 254 Y 254 0.608 0 0.024 0.252 2.362 90.909 69.394 2.362 LGA K 255 K 255 0.709 0 0.008 0.166 1.601 81.818 78.384 1.601 LGA V 256 V 256 0.834 0 0.062 0.069 0.877 81.818 81.818 0.830 LGA R 257 R 257 0.973 0 0.104 1.051 5.676 77.727 49.917 3.310 LGA E 258 E 258 0.907 0 0.057 0.279 1.405 73.636 72.727 1.405 LGA K 259 K 259 1.431 0 0.044 0.357 1.866 65.455 64.040 1.037 LGA T 260 T 260 1.382 0 0.000 0.086 1.847 58.182 61.299 1.139 LGA K 261 K 261 2.281 0 0.022 0.424 4.735 41.364 29.697 4.735 LGA D 262 D 262 1.757 0 0.030 0.841 2.956 50.909 43.409 2.637 LGA G 263 G 263 1.827 0 0.007 0.007 1.827 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.145 0 0.080 0.436 1.933 65.455 64.040 1.933 LGA R 265 R 265 1.128 0 0.074 0.909 4.216 73.636 56.529 4.216 LGA T 266 T 266 0.878 0 0.043 0.082 1.018 77.727 79.481 0.753 LGA I 267 I 267 0.586 0 0.031 0.063 0.737 81.818 84.091 0.737 LGA R 268 R 268 0.223 0 0.024 0.954 2.308 100.000 87.107 2.308 LGA P 269 P 269 0.181 0 0.000 0.022 0.321 100.000 100.000 0.200 LGA E 270 E 270 0.537 0 0.000 0.236 1.089 86.364 80.202 1.089 LGA K 271 K 271 0.777 0 0.056 0.714 5.211 81.818 51.717 5.211 LGA E 272 E 272 0.476 0 0.045 0.090 1.092 95.455 84.242 1.092 LGA Q 273 Q 273 0.188 0 0.034 0.097 0.501 100.000 97.980 0.501 LGA I 274 I 274 0.209 0 0.030 0.100 0.773 100.000 97.727 0.773 LGA V 275 V 275 0.215 0 0.014 0.041 0.515 95.455 97.403 0.400 LGA V 276 V 276 0.148 0 0.057 0.066 0.442 100.000 100.000 0.250 LGA Q 277 Q 277 0.083 0 0.042 0.573 2.699 100.000 79.596 2.699 LGA D 278 D 278 0.147 0 0.036 0.219 0.642 100.000 97.727 0.642 LGA A 279 A 279 0.151 0 0.021 0.026 0.231 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.255 0 0.025 0.217 0.579 100.000 98.182 0.438 LGA A 281 A 281 0.367 0 0.026 0.023 0.462 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.249 0 0.045 0.055 0.345 100.000 100.000 0.341 LGA I 283 I 283 0.426 0 0.047 0.062 0.678 95.455 95.455 0.444 LGA I 284 I 284 0.294 0 0.000 0.052 0.294 100.000 100.000 0.273 LGA D 285 D 285 0.376 0 0.018 0.824 2.519 100.000 84.318 2.519 LGA K 286 K 286 0.405 0 0.000 0.252 1.374 100.000 90.101 1.374 LGA E 287 E 287 0.636 0 0.030 0.297 2.285 86.364 72.121 1.769 LGA Q 288 Q 288 0.456 0 0.010 0.432 1.402 95.455 84.242 1.402 LGA F 289 F 289 0.145 0 0.023 0.126 0.405 100.000 100.000 0.331 LGA Q 290 Q 290 0.398 0 0.017 0.846 2.797 100.000 77.576 2.797 LGA Q 291 Q 291 0.356 0 0.035 0.114 0.640 100.000 93.939 0.640 LGA S 292 S 292 0.114 0 0.052 0.683 2.328 100.000 89.697 2.328 LGA Q 293 Q 293 0.429 0 0.000 0.224 0.798 90.909 89.899 0.798 LGA V 294 V 294 0.673 0 0.041 0.061 0.862 81.818 81.818 0.862 LGA K 295 K 295 0.321 0 0.074 0.168 0.806 90.909 95.960 0.252 LGA I 296 I 296 0.639 0 0.000 0.064 1.035 82.273 84.318 0.530 LGA A 297 A 297 1.172 0 0.135 0.152 1.945 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.723 0 0.014 0.213 1.125 73.636 80.227 1.108 LGA K 299 K 299 2.099 0 0.253 0.305 14.033 51.818 23.232 14.033 LGA V 300 V 300 5.235 0 0.026 0.070 10.228 6.818 3.896 10.228 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.949 0.912 1.841 87.182 82.070 68.923 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 134 0.84 95.000 97.648 14.237 LGA_LOCAL RMSD: 0.841 Number of atoms: 134 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.952 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.949 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.188358 * X + 0.940777 * Y + 0.281887 * Z + 148.355103 Y_new = -0.581089 * X + -0.124633 * Y + 0.804240 * Z + 144.381088 Z_new = 0.791743 * X + -0.315287 * Y + 0.523199 * Z + 140.287857 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.257336 -0.913657 -0.542339 [DEG: -72.0400 -52.3487 -31.0737 ] ZXZ: 2.804471 1.020196 1.949766 [DEG: 160.6844 58.4529 111.7134 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS264_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS264_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 134 0.84 97.648 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS264_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/AATOM 4437 N MET B 1 -1.285 -19.765 -12.778 1.00 44.63 N ATOM 5781 N GLY 165 153.968 185.148 153.271 1.00 83.81 N ATOM 5782 CA GLY 165 153.391 185.893 154.395 1.00 83.88 C ATOM 5783 C GLY 165 151.869 185.786 154.518 1.00 85.36 C ATOM 5784 O GLY 165 151.253 186.563 155.253 1.00 82.59 O ATOM 5785 N LYS 166 151.235 184.838 153.821 1.00 84.08 N ATOM 5786 CA LYS 166 149.794 184.579 153.909 1.00 83.84 C ATOM 5787 C LYS 166 149.485 183.751 155.165 1.00 84.39 C ATOM 5788 O LYS 166 150.244 182.857 155.536 1.00 82.27 O ATOM 5789 CB LYS 166 149.272 183.915 152.618 1.00 82.51 C ATOM 5790 CG LYS 166 149.450 184.804 151.358 1.00 79.55 C ATOM 5791 CD LYS 166 148.883 184.186 150.066 1.00 77.23 C ATOM 5792 CE LYS 166 149.083 185.164 148.887 1.00 71.88 C ATOM 5793 NZ LYS 166 148.542 184.697 147.578 1.00 66.12 N ATOM 5794 N TRP 167 148.357 184.035 155.803 1.00 83.90 N ATOM 5795 CA TRP 167 147.900 183.280 156.973 1.00 84.21 C ATOM 5796 C TRP 167 147.126 182.031 156.543 1.00 83.29 C ATOM 5797 O TRP 167 146.050 182.128 155.957 1.00 80.81 O ATOM 5798 CB TRP 167 147.056 184.184 157.868 1.00 83.94 C ATOM 5799 CG TRP 167 146.688 183.555 159.173 1.00 84.44 C ATOM 5800 CD1 TRP 167 145.549 182.884 159.441 1.00 80.81 C ATOM 5801 CD2 TRP 167 147.497 183.504 160.392 1.00 82.57 C ATOM 5802 NE1 TRP 167 145.586 182.425 160.755 1.00 80.60 N ATOM 5803 CE2 TRP 167 146.762 182.783 161.368 1.00 81.80 C ATOM 5804 CE3 TRP 167 148.766 184.001 160.752 1.00 81.62 C ATOM 5805 CZ2 TRP 167 147.275 182.556 162.663 1.00 81.46 C ATOM 5806 CZ3 TRP 167 149.269 183.780 162.041 1.00 79.42 C ATOM 5807 CH2 TRP 167 148.532 183.062 162.983 1.00 78.84 C ATOM 5808 N ILE 168 147.661 180.856 156.849 1.00 80.94 N ATOM 5809 CA ILE 168 147.148 179.545 156.412 1.00 79.05 C ATOM 5810 C ILE 168 146.522 178.743 157.567 1.00 77.54 C ATOM 5811 O ILE 168 145.916 177.694 157.368 1.00 72.25 O ATOM 5812 CB ILE 168 148.290 178.756 155.722 1.00 75.92 C ATOM 5813 CG1 ILE 168 149.114 179.593 154.711 1.00 71.71 C ATOM 5814 CG2 ILE 168 147.759 177.504 155.007 1.00 69.61 C ATOM 5815 CD1 ILE 168 148.291 180.189 153.560 1.00 65.98 C ATOM 5816 N SER 169 146.662 179.238 158.793 1.00 77.13 N ATOM 5817 CA SER 169 146.135 178.590 159.992 1.00 75.58 C ATOM 5818 C SER 169 144.632 178.850 160.189 1.00 74.49 C ATOM 5819 O SER 169 143.978 179.438 159.331 1.00 69.13 O ATOM 5820 CB SER 169 146.973 179.009 161.199 1.00 72.21 C ATOM 5821 OG SER 169 148.246 178.417 161.123 1.00 67.61 O ATOM 5822 N GLY 170 144.076 178.374 161.305 1.00 71.38 N ATOM 5823 CA GLY 170 142.654 178.515 161.629 1.00 70.44 C ATOM 5824 C GLY 170 142.269 179.931 162.048 1.00 73.16 C ATOM 5825 O GLY 170 142.317 180.864 161.255 1.00 70.22 O ATOM 5826 N LEU 171 141.888 180.102 163.324 1.00 74.08 N ATOM 5827 CA LEU 171 141.514 181.409 163.868 1.00 73.97 C ATOM 5828 C LEU 171 142.681 182.395 163.769 1.00 75.60 C ATOM 5829 O LEU 171 143.811 182.067 164.132 1.00 74.10 O ATOM 5830 CB LEU 171 141.063 181.254 165.332 1.00 70.50 C ATOM 5831 CG LEU 171 139.695 180.566 165.489 1.00 66.00 C ATOM 5832 CD1 LEU 171 139.503 180.090 166.923 1.00 61.55 C ATOM 5833 CD2 LEU 171 138.542 181.517 165.140 1.00 60.09 C ATOM 5834 N ALA 172 142.374 183.601 163.314 1.00 79.71 N ATOM 5835 CA ALA 172 143.321 184.704 163.358 1.00 80.51 C ATOM 5836 C ALA 172 143.701 185.020 164.820 1.00 81.78 C ATOM 5837 O ALA 172 142.868 184.845 165.718 1.00 80.36 O ATOM 5838 CB ALA 172 142.699 185.913 162.648 1.00 78.69 C ATOM 5839 N PRO 173 144.923 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ATOM 5874 N GLN 177 142.213 190.229 161.873 1.00 88.03 N ATOM 5875 CA GLN 177 141.262 189.447 161.096 1.00 87.59 C ATOM 5876 C GLN 177 141.910 188.974 159.787 1.00 87.73 C ATOM 5877 O GLN 177 142.828 189.602 159.258 1.00 85.99 O ATOM 5878 CB GLN 177 139.973 190.247 160.854 1.00 85.54 C ATOM 5879 CG GLN 177 140.180 191.463 159.927 1.00 76.88 C ATOM 5880 CD GLN 177 138.896 192.264 159.689 1.00 76.51 C ATOM 5881 OE1 GLN 177 137.806 191.883 160.078 1.00 67.20 O ATOM 5882 NE2 GLN 177 138.994 193.390 159.022 1.00 66.39 N ATOM 5883 N LEU 178 141.427 187.855 159.239 1.00 86.15 N ATOM 5884 CA LEU 178 141.909 187.344 157.961 1.00 85.48 C ATOM 5885 C LEU 178 141.219 188.076 156.803 1.00 85.41 C ATOM 5886 O LEU 178 140.010 187.936 156.601 1.00 83.59 O ATOM 5887 CB LEU 178 141.686 185.826 157.905 1.00 83.08 C ATOM 5888 CG LEU 178 142.278 185.175 156.641 1.00 79.26 C ATOM 5889 CD1 LEU 178 143.803 185.230 156.633 1.00 71.33 C ATOM 5890 CD2 LEU 178 141.859 183.710 156.565 1.00 72.11 C ATOM 5891 N ASN 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ATOM 6202 CB SER 218 142.523 190.430 187.789 1.00 80.02 C ATOM 6203 OG SER 218 142.813 189.109 188.198 1.00 69.59 O ATOM 6204 N HIS 219 142.540 192.726 185.593 1.00 87.14 N ATOM 6205 CA HIS 219 142.272 194.100 185.180 1.00 87.37 C ATOM 6206 C HIS 219 141.390 194.167 183.930 1.00 88.03 C ATOM 6207 O HIS 219 140.367 194.847 183.935 1.00 86.20 O ATOM 6208 CB HIS 219 143.604 194.828 184.965 1.00 86.87 C ATOM 6209 CG HIS 219 143.427 196.293 184.685 1.00 86.02 C ATOM 6210 ND1 HIS 219 142.960 197.237 185.578 1.00 76.43 N ATOM 6211 CD2 HIS 219 143.677 196.950 183.509 1.00 77.23 C ATOM 6212 CE1 HIS 219 142.937 198.421 184.948 1.00 78.44 C ATOM 6213 NE2 HIS 219 143.370 198.286 183.699 1.00 79.96 N ATOM 6214 N LEU 220 141.717 193.389 182.886 1.00 87.36 N ATOM 6215 CA LEU 220 140.891 193.303 181.674 1.00 87.11 C ATOM 6216 C LEU 220 139.496 192.731 181.957 1.00 87.28 C ATOM 6217 O LEU 220 138.513 193.184 181.376 1.00 85.40 O ATOM 6218 CB LEU 220 141.606 192.435 180.631 1.00 86.70 C ATOM 6219 CG LEU 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ATOM 6858 CB ASN 298 164.118 188.959 183.615 1.00 70.07 C ATOM 6859 CG ASN 298 165.372 189.342 182.838 1.00 64.97 C ATOM 6860 OD1 ASN 298 166.197 188.529 182.481 1.00 58.74 O ATOM 6861 ND2 ASN 298 165.563 190.623 182.586 1.00 58.55 N ATOM 6862 N LYS 299 161.526 186.740 184.221 1.00 66.55 N ATOM 6863 CA LYS 299 160.466 186.311 185.147 1.00 63.62 C ATOM 6864 C LYS 299 160.299 184.794 185.252 1.00 61.89 C ATOM 6865 O LYS 299 159.456 184.352 186.027 1.00 57.21 O ATOM 6866 CB LYS 299 159.129 186.975 184.782 1.00 59.81 C ATOM 6867 CG LYS 299 159.024 188.407 185.325 1.00 54.97 C ATOM 6868 CD LYS 299 157.598 188.935 185.145 1.00 52.65 C ATOM 6869 CE LYS 299 157.467 190.304 185.819 1.00 46.82 C ATOM 6870 NZ LYS 299 156.062 190.770 185.885 1.00 42.26 N ATOM 6871 N VAL 300 161.033 183.995 184.486 1.00 56.13 N ATOM 6872 CA VAL 300 160.899 182.529 184.529 1.00 53.56 C ATOM 6873 C VAL 300 161.559 181.996 185.802 1.00 52.90 C ATOM 6874 O VAL 300 162.787 182.024 185.893 1.00 47.77 O ATOM 6875 CB VAL 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