####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS262_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS262_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 66 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 102 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 8 102 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 22 106 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 66 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 84 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 29 50 122 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 39 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 33 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 66 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 16 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 58 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 11 104 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 4 91 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 91 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 19 99 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 22 93 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 9 12 82 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 57 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 68 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 68 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 68 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 33 112 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 4 43 79 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 80.74 89.63 94.07 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.47 0.61 0.70 0.83 0.88 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.02 1.02 1.01 1.00 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.260 0 0.061 0.061 0.478 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.347 0 0.030 0.086 0.499 100.000 100.000 0.499 LGA W 167 W 167 0.269 0 0.252 0.228 0.823 95.455 98.701 0.282 LGA I 168 I 168 0.797 0 0.023 0.698 1.407 81.818 77.727 1.386 LGA S 169 S 169 1.326 0 0.491 0.506 2.721 60.000 56.970 1.957 LGA G 170 G 170 1.498 0 0.167 0.167 1.792 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.228 0 0.020 1.361 5.623 65.455 46.591 2.766 LGA A 172 A 172 0.766 0 0.021 0.026 0.982 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.496 0 0.026 0.223 0.602 86.364 89.610 0.464 LGA Y 174 Y 174 0.628 0 0.108 0.087 0.831 81.818 81.818 0.588 LGA G 175 G 175 0.586 0 0.052 0.052 0.586 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.484 0 0.000 0.082 0.606 86.364 95.455 0.261 LGA Q 177 Q 177 0.591 0 0.091 0.277 1.009 86.364 82.020 0.756 LGA L 178 L 178 0.444 0 0.086 0.115 1.668 90.909 80.455 1.668 LGA N 179 N 179 1.410 0 0.144 0.778 5.180 59.091 36.591 5.180 LGA K 180 K 180 4.177 0 0.361 1.031 13.562 13.182 5.859 13.562 LGA K 181 K 181 1.612 0 0.421 0.948 9.990 61.818 30.101 9.990 LGA T 182 T 182 0.906 0 0.000 1.091 2.958 77.727 69.351 2.958 LGA S 183 S 183 0.757 0 0.200 0.187 1.286 81.818 76.364 1.286 LGA K 184 K 184 1.030 0 0.042 0.820 2.548 73.636 63.232 2.548 LGA L 185 L 185 0.346 0 0.072 0.065 0.420 100.000 100.000 0.363 LGA D 186 D 186 0.129 0 0.018 0.112 0.486 100.000 100.000 0.179 LGA P 187 P 187 0.441 0 0.000 0.374 1.257 86.818 87.273 0.851 LGA V 188 V 188 0.827 0 0.012 0.020 0.920 81.818 81.818 0.896 LGA E 189 E 189 0.746 0 0.032 0.221 0.902 81.818 81.818 0.891 LGA D 190 D 190 0.662 0 0.027 0.337 1.466 81.818 79.773 1.466 LGA E 191 E 191 0.572 0 0.000 0.068 0.957 86.364 83.838 0.957 LGA A 192 A 192 0.342 0 0.026 0.032 0.367 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.411 0 0.050 0.094 1.178 100.000 88.081 1.178 LGA V 194 V 194 0.394 0 0.010 0.065 0.629 100.000 94.805 0.629 LGA V 195 V 195 0.182 0 0.000 0.043 0.326 100.000 100.000 0.141 LGA Q 196 Q 196 0.227 0 0.022 0.275 1.293 100.000 90.303 1.293 LGA L 197 L 197 0.271 0 0.000 0.064 0.372 100.000 100.000 0.365 LGA I 198 I 198 0.249 0 0.036 0.077 0.376 100.000 100.000 0.325 LGA F 199 F 199 0.283 0 0.000 0.056 0.407 100.000 100.000 0.378 LGA N 200 N 200 0.330 0 0.044 1.140 3.681 100.000 75.000 3.681 LGA I 201 I 201 0.268 0 0.036 0.052 0.301 100.000 100.000 0.292 LGA F 202 F 202 0.298 0 0.000 0.082 0.542 100.000 96.694 0.542 LGA L 203 L 203 0.213 0 0.051 0.102 0.319 100.000 100.000 0.168 LGA N 204 N 204 0.260 0 0.027 0.229 0.853 100.000 93.182 0.853 LGA G 205 G 205 0.606 0 0.049 0.049 0.724 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.600 0 0.047 0.086 0.973 81.818 88.636 0.524 LGA N 207 N 207 1.024 0 0.000 0.182 1.312 69.545 67.500 1.275 LGA G 208 G 208 1.537 0 0.089 0.089 2.243 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.680 0 0.052 0.669 1.868 50.909 64.848 0.567 LGA D 210 D 210 1.644 0 0.023 0.700 1.718 54.545 58.409 1.303 LGA Y 211 Y 211 1.702 0 0.080 0.642 1.743 54.545 56.970 1.304 LGA S 212 S 212 2.291 0 0.638 0.824 6.088 36.364 26.061 6.088 LGA Y 213 Y 213 3.194 0 0.132 1.517 14.325 36.364 12.121 14.325 LGA A 215 A 215 0.925 0 0.163 0.173 2.006 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.399 0 0.000 0.157 0.604 100.000 95.455 0.604 LGA A 217 A 217 0.200 0 0.046 0.058 0.333 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.370 0 0.000 0.070 1.026 100.000 91.212 1.026 LGA H 219 H 219 0.232 0 0.020 0.145 0.972 100.000 92.727 0.972 LGA L 220 L 220 0.291 0 0.000 0.071 0.348 100.000 100.000 0.250 LGA T 221 T 221 0.316 0 0.000 0.056 0.494 100.000 100.000 0.240 LGA N 222 N 222 0.435 0 0.048 0.120 0.692 90.909 90.909 0.692 LGA L 223 L 223 0.698 0 0.056 0.062 1.050 77.727 79.773 0.607 LGA Q 224 Q 224 0.450 0 0.034 0.154 0.769 95.455 89.899 0.769 LGA I 225 I 225 0.447 0 0.039 0.063 0.496 100.000 100.000 0.308 LGA P 226 P 226 0.253 0 0.019 0.048 0.587 100.000 94.805 0.587 LGA T 227 T 227 0.268 0 0.045 0.077 0.345 100.000 100.000 0.345 LGA P 228 P 228 0.201 0 0.079 0.074 0.344 100.000 100.000 0.183 LGA S 229 S 229 0.399 0 0.075 0.116 0.537 95.455 96.970 0.429 LGA G 230 G 230 0.498 0 0.038 0.038 0.798 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.388 0 0.035 0.579 1.169 100.000 88.283 1.169 LGA K 232 K 232 0.537 0 0.051 0.166 0.776 86.364 85.859 0.714 LGA R 233 R 233 0.506 0 0.054 1.235 4.974 90.909 60.826 4.021 LGA W 234 W 234 0.508 0 0.030 0.177 0.749 86.364 88.312 0.688 LGA N 235 N 235 0.727 0 0.064 1.042 4.245 81.818 62.727 4.245 LGA Q 236 Q 236 0.595 0 0.000 1.390 5.042 86.364 59.798 5.042 LGA Y 237 Y 237 0.554 0 0.045 0.286 1.298 81.818 77.727 1.193 LGA T 238 T 238 0.266 0 0.025 0.044 0.316 100.000 100.000 0.188 LGA I 239 I 239 0.240 0 0.050 0.108 0.268 100.000 100.000 0.202 LGA K 240 K 240 0.551 0 0.032 0.204 3.376 95.455 65.455 3.376 LGA A 241 A 241 0.456 0 0.061 0.065 0.565 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.292 0 0.034 0.074 0.427 100.000 100.000 0.383 LGA L 243 L 243 0.341 0 0.027 0.061 0.506 100.000 97.727 0.506 LGA Q 244 Q 244 0.329 0 0.065 0.302 1.223 100.000 92.121 0.910 LGA N 245 N 245 0.432 0 0.099 0.193 0.857 95.455 90.909 0.857 LGA E 246 E 246 0.173 0 0.055 0.404 1.851 100.000 85.253 1.567 LGA V 247 V 247 0.136 0 0.025 0.048 0.229 100.000 100.000 0.229 LGA Y 248 Y 248 0.230 0 0.040 0.055 0.760 100.000 92.424 0.760 LGA I 249 I 249 0.198 0 0.068 0.069 0.346 100.000 100.000 0.160 LGA G 250 G 250 0.216 0 0.035 0.035 0.255 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.126 0 0.034 0.045 0.251 100.000 100.000 0.251 LGA V 252 V 252 0.063 0 0.028 0.074 0.447 100.000 100.000 0.392 LGA K 253 K 253 0.113 0 0.048 0.082 0.936 100.000 93.939 0.936 LGA Y 254 Y 254 0.575 0 0.000 0.342 2.805 86.364 63.636 2.805 LGA K 255 K 255 1.026 0 0.080 0.206 1.742 77.727 71.111 1.742 LGA V 256 V 256 1.096 0 0.042 0.083 1.249 65.455 65.455 1.068 LGA R 257 R 257 1.131 0 0.000 1.098 4.057 65.455 51.736 2.690 LGA E 258 E 258 1.382 0 0.077 0.335 2.062 61.818 57.576 2.062 LGA K 259 K 259 1.788 0 0.031 0.164 2.026 50.909 48.081 1.673 LGA T 260 T 260 1.415 0 0.042 0.073 2.025 51.364 57.403 1.329 LGA K 261 K 261 2.291 0 0.102 0.666 3.887 33.636 30.707 3.887 LGA D 262 D 262 2.421 0 0.038 0.080 2.475 38.182 42.955 1.656 LGA G 263 G 263 2.383 0 0.119 0.119 2.559 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.711 0 0.087 0.306 2.202 50.909 54.343 1.263 LGA R 265 R 265 1.592 0 0.043 0.966 4.325 58.182 48.760 4.325 LGA T 266 T 266 1.370 0 0.039 0.074 1.479 65.455 65.455 1.266 LGA I 267 I 267 1.225 0 0.010 0.090 1.353 65.455 65.455 1.353 LGA R 268 R 268 0.950 0 0.018 0.967 2.963 77.727 71.074 2.963 LGA P 269 P 269 0.647 0 0.039 0.324 1.578 86.364 80.000 1.578 LGA E 270 E 270 0.442 0 0.000 0.328 2.691 95.455 74.949 2.691 LGA K 271 K 271 0.328 0 0.039 0.771 4.046 95.455 64.040 4.046 LGA E 272 E 272 0.590 0 0.077 0.271 1.913 81.818 74.747 1.913 LGA Q 273 Q 273 0.541 0 0.039 0.054 0.776 90.909 85.859 0.615 LGA I 274 I 274 0.358 0 0.052 0.110 0.848 95.455 93.182 0.848 LGA V 275 V 275 0.226 0 0.038 0.095 0.552 100.000 97.403 0.408 LGA V 276 V 276 0.126 0 0.029 0.035 0.234 100.000 100.000 0.185 LGA Q 277 Q 277 0.236 0 0.036 0.601 2.775 100.000 79.596 2.775 LGA D 278 D 278 0.273 0 0.055 0.340 1.151 100.000 93.409 1.151 LGA A 279 A 279 0.239 0 0.065 0.064 0.765 95.455 96.364 - LGA H 280 H 280 0.462 0 0.033 0.286 0.839 95.455 90.909 0.318 LGA A 281 A 281 0.849 0 0.037 0.040 1.195 81.818 78.545 - LGA P 282 P 282 0.357 0 0.031 0.055 0.840 90.909 89.610 0.527 LGA I 283 I 283 0.289 0 0.087 0.117 0.701 95.455 93.182 0.598 LGA I 284 I 284 0.171 0 0.001 0.044 0.277 100.000 100.000 0.102 LGA D 285 D 285 0.296 0 0.027 0.238 0.745 100.000 95.455 0.641 LGA K 286 K 286 0.329 0 0.000 0.278 1.330 100.000 92.121 1.330 LGA E 287 E 287 0.469 0 0.045 0.372 2.032 100.000 85.253 0.694 LGA Q 288 Q 288 0.334 0 0.028 0.417 2.646 100.000 78.990 2.646 LGA F 289 F 289 0.454 0 0.036 0.135 0.970 100.000 90.083 0.909 LGA Q 290 Q 290 0.521 0 0.042 1.333 4.035 86.364 59.596 4.035 LGA Q 291 Q 291 0.368 0 0.039 0.100 0.695 100.000 93.939 0.695 LGA S 292 S 292 0.463 0 0.052 0.633 1.982 100.000 88.788 1.982 LGA Q 293 Q 293 0.508 0 0.000 0.290 0.899 86.364 85.859 0.790 LGA V 294 V 294 0.531 0 0.046 0.054 0.862 90.909 87.013 0.666 LGA K 295 K 295 0.353 0 0.035 0.165 0.608 90.909 95.960 0.394 LGA I 296 I 296 0.779 0 0.036 0.075 1.120 81.818 79.773 0.886 LGA A 297 A 297 0.809 0 0.077 0.088 1.044 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.735 0 0.051 0.301 1.438 78.182 77.955 1.008 LGA K 299 K 299 2.278 0 0.076 0.088 4.258 33.636 24.848 4.258 LGA V 300 V 300 3.094 0 0.623 0.617 4.166 15.455 16.883 3.680 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.982 0.988 1.701 84.673 79.726 66.662 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 93.704 97.053 12.472 LGA_LOCAL RMSD: 0.982 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.982 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.982 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.397197 * X + -0.369657 * Y + -0.839993 * Z + 151.320999 Y_new = -0.627834 * X + 0.558140 * Y + -0.542498 * Z + 149.846481 Z_new = 0.669372 * X + 0.742855 * Y + -0.010391 * Z + 145.112930 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.006717 -0.733363 1.584784 [DEG: -57.6806 -42.0186 90.8014 ] ZXZ: -0.997353 1.581188 0.733412 [DEG: -57.1441 90.5954 42.0214 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS262_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS262_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.053 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS262_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.217 184.841 153.096 1.00 86.37 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.733 185.527 154.293 1.00 86.37 C ATOM 1347 C GLY 165 152.246 185.427 154.517 1.00 86.37 C ATOM 1348 O GLY 165 151.693 186.066 155.409 1.00 86.37 O ATOM 1349 N LYS 166 151.545 184.630 153.694 1.00 87.32 N ATOM 1350 CA LYS 166 150.126 184.367 153.834 1.00 87.32 C ATOM 1351 CB LYS 166 149.551 183.719 152.556 1.00 87.32 C ATOM 1352 CG LYS 166 149.614 184.684 151.360 1.00 87.32 C ATOM 1353 CD LYS 166 149.309 184.009 150.013 1.00 87.32 C ATOM 1354 CE LYS 166 149.244 185.023 148.858 1.00 87.32 C ATOM 1355 NZ LYS 166 149.265 184.332 147.546 1.00 87.32 N ATOM 1356 C LYS 166 149.764 183.576 155.092 1.00 87.32 C ATOM 1357 O LYS 166 150.522 182.741 155.589 1.00 87.32 O ATOM 1358 N TRP 167 148.573 183.854 155.647 1.00 88.32 N ATOM 1359 CA TRP 167 148.080 183.252 156.868 1.00 88.32 C ATOM 1360 CB TRP 167 147.320 184.300 157.719 1.00 88.32 C ATOM 1361 CG TRP 167 146.881 183.807 159.089 1.00 88.32 C ATOM 1362 CD1 TRP 167 145.673 183.295 159.481 1.00 88.32 C ATOM 1363 NE1 TRP 167 145.724 182.909 160.804 1.00 88.32 N ATOM 1364 CE2 TRP 167 146.992 183.160 161.282 1.00 88.32 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.746 183.731 160.233 1.00 88.32 C ATOM 1366 CE3 TRP 167 149.080 184.097 160.416 1.00 88.32 C ATOM 1367 CZ3 TRP 167 149.649 183.883 161.680 1.00 88.32 C ATOM 1368 CZ2 TRP 167 147.562 182.935 162.528 1.00 88.32 C ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.900 183.309 162.718 1.00 88.32 C ATOM 1370 C TRP 167 147.186 182.055 156.539 1.00 88.32 C ATOM 1371 O TRP 167 146.231 182.149 155.764 1.00 88.32 O ATOM 1372 N ILE 168 147.521 180.880 157.110 1.00 83.27 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.956 179.606 156.683 1.00 83.27 C ATOM 1374 CB ILE 168 148.076 178.722 156.131 1.00 83.27 C ATOM 1375 CG2 ILE 168 147.517 177.359 155.679 1.00 83.27 C ATOM 1376 CG1 ILE 168 148.793 179.429 154.952 1.00 83.27 C ATOM 1377 CD1 ILE 168 149.985 178.645 154.407 1.00 83.27 C ATOM 1378 C ILE 168 146.241 178.901 157.836 1.00 83.27 C ATOM 1379 O ILE 168 145.282 178.152 157.641 1.00 83.27 O ATOM 1380 N SER 169 146.671 179.142 159.090 1.00 80.59 N ATOM 1381 CA SER 169 146.010 178.727 160.325 1.00 80.59 C ATOM 1382 CB SER 169 146.774 179.210 161.583 1.00 80.59 C ATOM 1383 OG SER 169 148.169 178.951 161.428 1.00 80.59 O ATOM 1384 C SER 169 144.536 179.115 160.459 1.00 80.59 C ATOM 1385 O SER 169 144.032 179.988 159.750 1.00 80.59 O ATOM 1386 N GLY 170 143.799 178.457 161.389 1.00 75.72 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.351 178.637 161.557 1.00 75.72 C ATOM 1388 C GLY 170 141.936 179.979 162.123 1.00 75.72 C ATOM 1389 O GLY 170 141.795 180.974 161.411 1.00 75.72 O ATOM 1390 N LEU 171 141.695 180.051 163.447 1.00 79.55 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.424 181.316 164.117 1.00 79.55 C ATOM 1392 CB LEU 171 141.112 181.105 165.621 1.00 79.55 C ATOM 1393 CG LEU 171 139.783 180.375 165.906 1.00 79.55 C ATOM 1394 CD1 LEU 171 139.705 179.957 167.382 1.00 79.55 C ATOM 1395 CD2 LEU 171 138.570 181.245 165.543 1.00 79.55 C ATOM 1396 C LEU 171 142.570 182.331 163.999 1.00 79.55 C ATOM 1397 O LEU 171 143.730 182.048 164.308 1.00 79.55 O ATOM 1398 N ALA 172 142.259 183.562 163.537 1.00 84.51 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.193 184.670 163.552 1.00 84.51 C ATOM 1400 CB ALA 172 142.649 185.847 162.718 1.00 84.51 C ATOM 1401 C ALA 172 143.514 185.140 164.983 1.00 84.51 C ATOM 1402 O ALA 172 142.617 185.111 165.836 1.00 84.51 O ATOM 1403 N PRO 173 144.725 185.579 165.317 1.00 87.11 N ATOM 1404 CD PRO 173 145.911 185.480 164.469 1.00 87.11 C ATOM 1405 CA PRO 173 145.042 186.039 166.664 1.00 87.11 C ATOM 1406 CB PRO 173 146.579 186.127 166.683 1.00 87.11 C ATOM 1407 CG PRO 173 146.991 186.258 165.213 1.00 87.11 C ATOM 1408 C PRO 173 144.384 187.377 166.985 1.00 87.11 C ATOM 1409 O PRO 173 144.262 188.235 166.107 1.00 87.11 O ATOM 1410 N TYR 174 143.905 187.555 168.232 1.00 89.50 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.335 188.777 168.783 1.00 89.50 C ATOM 1412 CB TYR 174 143.359 188.678 170.326 1.00 89.50 C ATOM 1413 CG TYR 174 142.365 189.575 171.013 1.00 89.50 C ATOM 1414 CD1 TYR 174 142.799 190.632 171.828 1.00 89.50 C ATOM 1415 CE1 TYR 174 141.878 191.373 172.581 1.00 89.50 C ATOM 1416 CZ TYR 174 140.517 191.043 172.551 1.00 89.50 C ATOM 1417 OH TYR 174 139.605 191.724 173.383 1.00 89.50 O ATOM 1418 CD2 TYR 174 140.990 189.289 170.945 1.00 89.50 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.070 190.005 171.725 1.00 89.50 C ATOM 1420 C TYR 174 144.006 190.084 168.338 1.00 89.50 C ATOM 1421 O TYR 174 145.223 190.246 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1646 CD2 PHE 202 153.962 191.728 181.716 1.00 88.67 C ATOM 1647 CE2 PHE 202 154.931 190.803 182.116 1.00 88.67 C ATOM 1648 C PHE 202 154.434 195.470 181.330 1.00 88.67 C ATOM 1649 O PHE 202 155.223 195.266 182.252 1.00 88.67 O ATOM 1650 N LEU 203 154.731 196.368 180.373 1.00 86.62 N ATOM 1651 CA LEU 203 155.949 197.156 180.385 1.00 86.62 C ATOM 1652 CB LEU 203 156.128 197.882 179.027 1.00 86.62 C ATOM 1653 CG LEU 203 156.443 196.946 177.841 1.00 86.62 C ATOM 1654 CD1 LEU 203 156.293 197.691 176.507 1.00 86.62 C ATOM 1655 CD2 LEU 203 157.849 196.341 177.943 1.00 86.62 C ATOM 1656 C LEU 203 156.030 198.192 181.509 1.00 86.62 C ATOM 1657 O LEU 203 157.046 198.288 182.201 1.00 86.62 O ATOM 1658 N ASN 204 154.960 198.985 181.733 1.00 82.56 N ATOM 1659 CA ASN 204 155.046 200.186 182.558 1.00 82.56 C ATOM 1660 CB ASN 204 154.478 201.398 181.773 1.00 82.56 C ATOM 1661 CG ASN 204 155.277 201.614 180.494 1.00 82.56 C ATOM 1662 OD1 ASN 204 156.448 202.004 180.517 1.00 82.56 O ATOM 1663 ND2 ASN 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ATOM 2164 C THR 266 157.030 169.486 168.130 1.00 81.71 C ATOM 2165 O THR 266 156.430 169.746 167.089 1.00 81.71 O ATOM 2166 N ILE 267 158.117 170.201 168.481 1.00 84.14 N ATOM 2167 CA ILE 267 158.595 171.342 167.706 1.00 84.14 C ATOM 2168 CB ILE 267 159.146 172.451 168.608 1.00 84.14 C ATOM 2169 CG2 ILE 267 159.544 173.673 167.749 1.00 84.14 C ATOM 2170 CG1 ILE 267 158.099 172.851 169.682 1.00 84.14 C ATOM 2171 CD1 ILE 267 158.611 173.880 170.699 1.00 84.14 C ATOM 2172 C ILE 267 159.636 170.890 166.680 1.00 84.14 C ATOM 2173 O ILE 267 160.593 170.181 167.000 1.00 84.14 O ATOM 2174 N ARG 268 159.462 171.277 165.397 1.00 84.54 N ATOM 2175 CA ARG 268 160.397 171.008 164.314 1.00 84.54 C ATOM 2176 CB ARG 268 159.803 171.464 162.958 1.00 84.54 C ATOM 2177 CG ARG 268 158.542 170.691 162.524 1.00 84.54 C ATOM 2178 CD ARG 268 157.884 171.341 161.306 1.00 84.54 C ATOM 2179 NE ARG 268 156.660 170.568 160.921 1.00 84.54 N ATOM 2180 CZ ARG 268 156.618 169.648 159.953 1.00 84.54 C ATOM 2181 NH1 ARG 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C VAL 300 159.245 189.840 187.763 1.00 47.36 C ATOM 2441 O VAL 300 158.992 189.952 188.967 1.00 47.36 O TER END