####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS262_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS262_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 75 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 64 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 25 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 9 93 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 13 101 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 33 108 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 42 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 37 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 80 120 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 77 117 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 30 108 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 71 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 33 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 74 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 5 108 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 108 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 5 108 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 13 94 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 24 68 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 10 13 66 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 25 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 64 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 56 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 59 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 75 121 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 3 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 110 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 81.48 89.63 94.81 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.47 0.60 0.75 0.84 0.92 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.01 1.01 1.01 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: D 262 D 262 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.267 0 0.057 0.057 0.683 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.505 0 0.029 0.086 0.650 86.364 93.939 0.456 LGA W 167 W 167 0.560 0 0.213 0.243 0.783 86.364 96.104 0.484 LGA I 168 I 168 0.933 0 0.056 0.774 1.991 73.636 69.773 1.395 LGA S 169 S 169 1.557 0 0.548 0.730 4.056 46.364 40.303 4.056 LGA G 170 G 170 1.604 0 0.060 0.060 1.791 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.322 0 0.072 1.372 5.768 61.818 44.773 2.990 LGA A 172 A 172 0.881 0 0.025 0.028 1.114 77.727 78.545 - LGA P 173 P 173 0.516 0 0.006 0.208 0.674 86.364 89.610 0.482 LGA Y 174 Y 174 0.631 0 0.082 0.126 0.887 81.818 81.818 0.858 LGA G 175 G 175 0.556 0 0.058 0.058 0.556 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.440 0 0.000 0.060 0.602 90.909 96.970 0.237 LGA Q 177 Q 177 0.565 0 0.097 0.274 1.016 86.364 82.020 0.709 LGA L 178 L 178 0.427 0 0.075 0.114 1.642 82.273 76.136 1.642 LGA N 179 N 179 1.590 0 0.139 0.759 5.331 52.273 30.455 5.331 LGA K 180 K 180 4.247 0 0.367 1.039 13.596 13.182 5.859 13.596 LGA K 181 K 181 1.799 0 0.425 0.945 10.260 61.818 29.697 10.260 LGA T 182 T 182 1.115 0 0.000 1.093 3.009 69.545 61.299 3.009 LGA S 183 S 183 0.751 0 0.185 0.174 1.217 81.818 76.364 1.217 LGA K 184 K 184 1.026 0 0.042 0.812 2.580 73.636 63.232 2.580 LGA L 185 L 185 0.261 0 0.060 0.068 0.376 100.000 100.000 0.291 LGA D 186 D 186 0.192 0 0.000 0.184 0.488 100.000 100.000 0.488 LGA P 187 P 187 0.421 0 0.000 0.379 1.231 86.818 87.273 0.840 LGA V 188 V 188 0.796 0 0.000 0.018 0.908 81.818 81.818 0.878 LGA E 189 E 189 0.720 0 0.028 0.224 0.901 81.818 81.818 0.901 LGA D 190 D 190 0.669 0 0.032 0.334 1.505 81.818 77.955 1.505 LGA E 191 E 191 0.578 0 0.007 0.070 1.010 86.364 82.020 1.010 LGA A 192 A 192 0.332 0 0.032 0.034 0.361 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.392 0 0.050 0.098 1.207 100.000 88.081 1.207 LGA V 194 V 194 0.422 0 0.000 0.051 0.662 100.000 92.208 0.662 LGA V 195 V 195 0.205 0 0.000 0.043 0.365 100.000 100.000 0.174 LGA Q 196 Q 196 0.165 0 0.035 0.276 1.182 100.000 90.303 1.182 LGA L 197 L 197 0.291 0 0.000 0.056 0.463 100.000 100.000 0.463 LGA I 198 I 198 0.223 0 0.036 0.076 0.350 100.000 100.000 0.350 LGA F 199 F 199 0.224 0 0.017 0.041 0.311 100.000 100.000 0.276 LGA N 200 N 200 0.271 0 0.029 0.693 1.605 100.000 89.545 1.347 LGA I 201 I 201 0.210 0 0.018 0.041 0.241 100.000 100.000 0.241 LGA F 202 F 202 0.261 0 0.000 0.173 0.729 100.000 95.041 0.646 LGA L 203 L 203 0.136 0 0.049 0.094 0.385 100.000 100.000 0.119 LGA N 204 N 204 0.270 0 0.040 0.174 1.157 100.000 86.818 1.050 LGA G 205 G 205 0.488 0 0.050 0.050 0.679 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.406 0 0.044 0.075 0.643 86.364 90.909 0.512 LGA N 207 N 207 0.688 0 0.000 0.187 0.947 81.818 81.818 0.947 LGA G 208 G 208 1.245 0 0.093 0.093 1.924 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.428 0 0.053 0.214 3.135 65.455 49.697 3.135 LGA D 210 D 210 1.389 0 0.042 0.807 2.404 65.455 66.136 2.404 LGA Y 211 Y 211 1.746 0 0.068 0.698 1.939 54.545 56.970 1.423 LGA S 212 S 212 2.291 0 0.628 0.829 6.204 36.364 25.152 6.204 LGA Y 213 Y 213 3.072 0 0.135 1.060 14.222 36.364 12.273 14.222 LGA A 215 A 215 1.085 0 0.163 0.175 2.088 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.539 0 0.000 0.160 0.654 90.909 88.636 0.606 LGA A 217 A 217 0.371 0 0.045 0.058 0.458 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.481 0 0.000 0.071 1.131 100.000 91.212 1.131 LGA H 219 H 219 0.413 0 0.025 0.139 1.017 100.000 89.273 1.017 LGA L 220 L 220 0.431 0 0.004 0.090 0.481 100.000 100.000 0.374 LGA T 221 T 221 0.437 0 0.000 0.045 0.612 90.909 94.805 0.328 LGA N 222 N 222 0.539 0 0.046 0.116 0.806 81.818 84.091 0.806 LGA L 223 L 223 0.853 0 0.050 0.056 1.223 77.727 79.773 0.819 LGA Q 224 Q 224 0.611 0 0.048 0.152 0.978 81.818 81.818 0.978 LGA I 225 I 225 0.628 0 0.039 0.060 0.646 81.818 84.091 0.472 LGA P 226 P 226 0.464 0 0.032 0.047 0.780 90.909 87.013 0.780 LGA T 227 T 227 0.381 0 0.028 0.080 0.420 100.000 100.000 0.420 LGA P 228 P 228 0.293 0 0.075 0.070 0.343 100.000 100.000 0.320 LGA S 229 S 229 0.491 0 0.073 0.108 0.650 86.364 90.909 0.433 LGA G 230 G 230 0.625 0 0.043 0.043 0.974 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.439 0 0.030 0.524 1.288 95.455 86.263 1.288 LGA K 232 K 232 0.630 0 0.127 0.214 1.283 82.273 82.020 0.776 LGA R 233 R 233 0.512 0 0.050 1.067 5.787 95.455 48.264 4.212 LGA W 234 W 234 0.374 0 0.028 0.168 0.714 95.455 92.208 0.705 LGA N 235 N 235 0.787 0 0.092 0.773 3.932 81.818 61.591 3.932 LGA Q 236 Q 236 0.613 0 0.000 1.138 4.281 90.909 68.889 4.281 LGA Y 237 Y 237 0.584 0 0.031 0.091 1.808 90.909 71.667 1.808 LGA T 238 T 238 0.266 0 0.024 0.042 0.437 100.000 100.000 0.437 LGA I 239 I 239 0.090 0 0.045 0.095 0.308 100.000 100.000 0.308 LGA K 240 K 240 0.494 0 0.027 0.190 2.855 90.909 68.485 2.855 LGA A 241 A 241 0.656 0 0.060 0.064 0.768 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.395 0 0.037 0.079 0.563 100.000 97.727 0.563 LGA L 243 L 243 0.222 0 0.028 0.054 0.437 100.000 100.000 0.436 LGA Q 244 Q 244 0.203 0 0.056 0.309 1.388 100.000 90.303 1.093 LGA N 245 N 245 0.278 0 0.100 0.206 0.847 95.455 90.909 0.847 LGA E 246 E 246 0.131 0 0.061 0.421 1.856 100.000 85.253 1.570 LGA V 247 V 247 0.078 0 0.016 0.050 0.191 100.000 100.000 0.180 LGA Y 248 Y 248 0.150 0 0.041 0.057 0.693 100.000 93.939 0.693 LGA I 249 I 249 0.117 0 0.066 0.066 0.359 100.000 100.000 0.146 LGA G 250 G 250 0.121 0 0.034 0.034 0.174 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.107 0 0.038 0.046 0.203 100.000 100.000 0.203 LGA V 252 V 252 0.083 0 0.029 0.078 0.425 100.000 100.000 0.335 LGA K 253 K 253 0.216 0 0.050 0.081 0.698 100.000 95.960 0.698 LGA Y 254 Y 254 0.596 0 0.000 0.291 2.767 86.364 63.636 2.767 LGA K 255 K 255 0.967 0 0.075 0.183 1.260 81.818 80.000 1.260 LGA V 256 V 256 1.028 0 0.042 0.092 1.365 69.545 67.792 1.006 LGA R 257 R 257 0.973 0 0.000 1.136 4.676 81.818 57.190 2.491 LGA E 258 E 258 1.230 0 0.075 0.287 1.731 65.455 62.222 1.731 LGA K 259 K 259 1.737 0 0.032 0.171 1.875 50.909 52.525 1.427 LGA T 260 T 260 1.676 0 0.036 0.088 2.253 47.727 51.169 1.720 LGA K 261 K 261 2.328 0 0.188 0.164 3.648 28.636 28.081 3.061 LGA D 262 D 262 2.422 0 0.063 0.906 4.871 38.182 28.636 4.871 LGA G 263 G 263 2.454 0 0.064 0.064 2.454 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.849 0 0.052 0.451 2.096 50.909 51.111 1.019 LGA R 265 R 265 1.540 0 0.039 0.787 2.977 58.182 54.050 2.977 LGA T 266 T 266 1.249 0 0.033 0.080 1.388 65.455 67.792 1.135 LGA I 267 I 267 0.985 0 0.000 0.089 1.207 77.727 73.636 1.207 LGA R 268 R 268 0.540 0 0.016 0.965 2.731 90.909 71.736 2.114 LGA P 269 P 269 0.081 0 0.039 0.326 1.161 100.000 95.065 1.161 LGA E 270 E 270 0.103 0 0.000 0.284 1.586 100.000 90.505 1.586 LGA K 271 K 271 0.422 0 0.048 0.809 4.518 95.455 60.808 4.518 LGA E 272 E 272 0.411 0 0.068 0.245 1.489 95.455 86.263 1.489 LGA Q 273 Q 273 0.380 0 0.036 0.053 0.506 100.000 97.980 0.473 LGA I 274 I 274 0.338 0 0.046 0.114 0.778 95.455 93.182 0.778 LGA V 275 V 275 0.175 0 0.035 0.091 0.399 100.000 100.000 0.282 LGA V 276 V 276 0.109 0 0.034 0.038 0.214 100.000 100.000 0.162 LGA Q 277 Q 277 0.172 0 0.036 0.599 2.757 100.000 79.596 2.757 LGA D 278 D 278 0.199 0 0.059 0.343 1.044 100.000 93.409 1.044 LGA A 279 A 279 0.221 0 0.064 0.063 0.722 95.455 96.364 - LGA H 280 H 280 0.414 0 0.031 0.283 0.866 100.000 92.727 0.348 LGA A 281 A 281 0.713 0 0.049 0.060 0.949 81.818 81.818 - LGA P 282 P 282 0.467 0 0.081 0.116 1.234 82.273 84.675 0.518 LGA I 283 I 283 0.341 0 0.092 0.119 0.690 95.455 95.455 0.432 LGA I 284 I 284 0.128 0 0.000 0.034 0.206 100.000 100.000 0.104 LGA D 285 D 285 0.292 0 0.032 0.200 0.696 100.000 97.727 0.696 LGA K 286 K 286 0.314 0 0.000 0.281 1.411 100.000 92.121 1.411 LGA E 287 E 287 0.398 0 0.044 0.369 1.980 100.000 88.687 0.621 LGA Q 288 Q 288 0.316 0 0.040 0.414 2.579 100.000 78.990 2.579 LGA F 289 F 289 0.348 0 0.033 0.115 0.783 100.000 93.388 0.739 LGA Q 290 Q 290 0.377 0 0.041 0.342 1.638 100.000 83.232 1.537 LGA Q 291 Q 291 0.333 0 0.040 0.085 0.670 100.000 93.939 0.644 LGA S 292 S 292 0.396 0 0.055 0.632 1.998 100.000 88.788 1.998 LGA Q 293 Q 293 0.464 0 0.000 0.267 0.773 90.909 87.879 0.773 LGA V 294 V 294 0.504 0 0.051 0.054 0.965 90.909 87.013 0.742 LGA K 295 K 295 0.322 0 0.028 0.182 0.596 95.455 95.960 0.211 LGA I 296 I 296 0.762 0 0.029 0.074 1.211 82.273 80.000 0.800 LGA A 297 A 297 0.975 0 0.104 0.114 1.429 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.892 0 0.022 0.124 1.993 66.364 70.000 0.788 LGA K 299 K 299 3.382 0 0.403 0.451 13.502 40.000 17.778 13.502 LGA V 300 V 300 2.233 0 0.145 0.145 4.854 51.818 31.688 4.536 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.989 0.962 1.821 84.960 79.659 66.769 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.074 97.209 12.394 LGA_LOCAL RMSD: 0.989 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.989 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.989 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.985612 * X + -0.166722 * Y + -0.027798 * Z + 152.892776 Y_new = 0.001586 * X + 0.155333 * Y + -0.987861 * Z + 149.989639 Z_new = 0.169016 * X + -0.973692 * Y + -0.152833 * Z + 137.405502 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 3.139984 -0.169831 -1.726489 [DEG: 179.9078 -9.7306 -98.9205 ] ZXZ: -0.028132 1.724231 2.969723 [DEG: -1.6118 98.7912 170.1526 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS262_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS262_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.209 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS262_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.156 184.746 153.177 1.00 86.67 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.646 185.404 154.381 1.00 86.67 C ATOM 1347 C GLY 165 152.161 185.264 154.601 1.00 86.67 C ATOM 1348 O GLY 165 151.589 185.887 155.494 1.00 86.67 O ATOM 1349 N LYS 166 151.482 184.453 153.775 1.00 87.71 N ATOM 1350 CA LYS 166 150.064 184.174 153.893 1.00 87.71 C ATOM 1351 CB LYS 166 149.518 183.562 152.583 1.00 87.71 C ATOM 1352 CG LYS 166 149.591 184.569 151.423 1.00 87.71 C ATOM 1353 CD LYS 166 149.362 183.933 150.043 1.00 87.71 C ATOM 1354 CE LYS 166 149.347 184.983 148.920 1.00 87.71 C ATOM 1355 NZ LYS 166 149.389 184.333 147.588 1.00 87.71 N ATOM 1356 C LYS 166 149.687 183.335 155.116 1.00 87.71 C ATOM 1357 O LYS 166 150.451 182.501 155.608 1.00 87.71 O ATOM 1358 N TRP 167 148.471 183.564 155.645 1.00 89.50 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.947 182.896 156.819 1.00 89.50 C ATOM 1360 CB TRP 167 147.152 183.894 157.700 1.00 89.50 C ATOM 1361 CG TRP 167 146.620 183.333 159.012 1.00 89.50 C ATOM 1362 CD1 TRP 167 145.435 182.691 159.261 1.00 89.50 C ATOM 1363 NE1 TRP 167 145.364 182.312 160.585 1.00 89.50 N ATOM 1364 CE2 TRP 167 146.525 182.704 161.213 1.00 89.50 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.341 183.352 160.256 1.00 89.50 C ATOM 1366 CE3 TRP 167 148.592 183.861 160.597 1.00 89.50 C ATOM 1367 CZ3 TRP 167 149.017 183.716 161.925 1.00 89.50 C ATOM 1368 CZ2 TRP 167 146.953 182.553 162.526 1.00 89.50 C ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.209 183.071 162.873 1.00 89.50 C ATOM 1370 C TRP 167 147.065 181.714 156.409 1.00 89.50 C ATOM 1371 O TRP 167 146.033 181.866 155.750 1.00 89.50 O ATOM 1372 N ILE 168 147.489 180.491 156.785 1.00 85.17 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.871 179.247 156.336 1.00 85.17 C ATOM 1374 CB ILE 168 147.953 178.343 155.745 1.00 85.17 C ATOM 1375 CG2 ILE 168 147.319 177.151 154.998 1.00 85.17 C ATOM 1376 CG1 ILE 168 148.882 179.148 154.800 1.00 85.17 C ATOM 1377 CD1 ILE 168 149.989 178.297 154.189 1.00 85.17 C ATOM 1378 C ILE 168 146.186 178.534 157.504 1.00 85.17 C ATOM 1379 O ILE 168 145.411 177.585 157.359 1.00 85.17 O ATOM 1380 N SER 169 146.431 179.011 158.737 1.00 82.29 N ATOM 1381 CA SER 169 145.916 178.399 159.952 1.00 82.29 C ATOM 1382 CB SER 169 146.791 178.722 161.189 1.00 82.29 C ATOM 1383 OG SER 169 146.606 177.763 162.232 1.00 82.29 O ATOM 1384 C SER 169 144.454 178.748 160.223 1.00 82.29 C ATOM 1385 O SER 169 143.800 179.454 159.450 1.00 82.29 O ATOM 1386 N GLY 170 143.902 178.204 161.329 1.00 77.40 N ATOM 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168.511 1.00 89.70 O ATOM 1422 N GLY 175 143.229 191.027 167.855 1.00 88.62 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.763 192.243 167.250 1.00 88.62 C ATOM 1424 C GLY 175 143.866 192.178 165.752 1.00 88.62 C ATOM 1425 O GLY 175 144.056 193.204 165.104 1.00 88.62 O ATOM 1426 N TYR 176 143.698 190.991 165.152 1.00 91.10 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.773 190.792 163.721 1.00 91.10 C ATOM 1428 CB TYR 176 145.010 189.944 163.318 1.00 91.10 C ATOM 1429 CG TYR 176 146.314 190.666 163.528 1.00 91.10 C ATOM 1430 CD1 TYR 176 146.679 191.734 162.691 1.00 91.10 C ATOM 1431 CE1 TYR 176 147.937 192.342 162.811 1.00 91.10 C ATOM 1432 CZ TYR 176 148.854 191.865 163.754 1.00 91.10 C ATOM 1433 OH TYR 176 150.144 192.425 163.840 1.00 91.10 O ATOM 1434 CD2 TYR 176 147.232 190.222 164.495 1.00 91.10 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.503 190.803 164.593 1.00 91.10 C ATOM 1436 C TYR 176 142.543 190.056 163.195 1.00 91.10 C ATOM 1437 O TYR 176 141.847 189.327 163.905 1.00 91.10 O ATOM 1438 N GLN 177 142.263 190.233 161.892 1.00 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1646 CD2 PHE 202 153.861 191.564 181.564 1.00 89.77 C ATOM 1647 CE2 PHE 202 154.767 190.589 181.999 1.00 89.77 C ATOM 1648 C PHE 202 154.537 195.447 181.224 1.00 89.77 C ATOM 1649 O PHE 202 155.333 195.260 182.145 1.00 89.77 O ATOM 1650 N LEU 203 154.823 196.336 180.255 1.00 86.84 N ATOM 1651 CA LEU 203 156.044 197.122 180.238 1.00 86.84 C ATOM 1652 CB LEU 203 156.187 197.854 178.878 1.00 86.84 C ATOM 1653 CG LEU 203 156.483 196.925 177.683 1.00 86.84 C ATOM 1654 CD1 LEU 203 156.283 197.673 176.358 1.00 86.84 C ATOM 1655 CD2 LEU 203 157.904 196.347 177.746 1.00 86.84 C ATOM 1656 C LEU 203 156.152 198.162 181.353 1.00 86.84 C ATOM 1657 O LEU 203 157.173 198.240 182.039 1.00 86.84 O ATOM 1658 N ASN 204 155.097 198.974 181.580 1.00 82.76 N ATOM 1659 CA ASN 204 155.203 200.173 182.401 1.00 82.76 C ATOM 1660 CB ASN 204 154.712 201.400 181.586 1.00 82.76 C ATOM 1661 CG ASN 204 155.619 201.605 180.378 1.00 82.76 C ATOM 1662 OD1 ASN 204 156.834 201.788 180.507 1.00 82.76 O ATOM 1663 ND2 ASN 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ATOM 2164 C THR 266 157.126 169.581 168.252 1.00 82.31 C ATOM 2165 O THR 266 156.471 169.864 167.250 1.00 82.31 O ATOM 2166 N ILE 267 158.179 170.341 168.613 1.00 84.73 N ATOM 2167 CA ILE 267 158.586 171.530 167.872 1.00 84.73 C ATOM 2168 CB ILE 267 159.027 172.665 168.799 1.00 84.73 C ATOM 2169 CG2 ILE 267 159.362 173.922 167.962 1.00 84.73 C ATOM 2170 CG1 ILE 267 157.918 172.972 169.841 1.00 84.73 C ATOM 2171 CD1 ILE 267 158.307 174.038 170.872 1.00 84.73 C ATOM 2172 C ILE 267 159.696 171.161 166.890 1.00 84.73 C ATOM 2173 O ILE 267 160.679 170.508 167.248 1.00 84.73 O ATOM 2174 N ARG 268 159.556 171.549 165.602 1.00 85.24 N ATOM 2175 CA ARG 268 160.564 171.320 164.579 1.00 85.24 C ATOM 2176 CB ARG 268 160.055 171.737 163.180 1.00 85.24 C ATOM 2177 CG ARG 268 158.897 170.878 162.645 1.00 85.24 C ATOM 2178 CD ARG 268 158.546 171.266 161.211 1.00 85.24 C ATOM 2179 NE ARG 268 157.402 170.416 160.763 1.00 85.24 N ATOM 2180 CZ ARG 268 157.518 169.334 159.986 1.00 85.24 C ATOM 2181 NH1 ARG 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C VAL 300 160.077 185.393 189.006 1.00 61.76 C ATOM 2441 O VAL 300 159.095 186.006 188.567 1.00 61.76 O TER END