####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS241_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS241_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 71 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 10 102 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 8 106 122 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 61 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 30 101 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 19 37 56 112 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 105 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 47 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 74 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 53 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 82 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 82 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 84 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 79 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 79 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 15 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 17 100 120 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 28 65 124 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 23 119 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 53 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 63 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 28 108 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 53 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 6 70 122 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 94 122 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 114 123 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 84.44 91.11 94.81 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.47 0.60 0.69 0.78 0.85 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.01 1.00 0.99 0.98 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.439 0 0.030 0.030 0.522 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.421 0 0.031 0.129 0.924 95.455 93.939 0.924 LGA W 167 W 167 0.334 0 0.219 0.242 0.534 95.455 98.701 0.419 LGA I 168 I 168 0.806 0 0.033 0.790 1.893 81.818 71.818 1.357 LGA S 169 S 169 1.390 0 0.552 0.578 2.630 55.909 52.121 2.199 LGA G 170 G 170 1.577 0 0.111 0.111 1.846 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.040 0 0.043 1.400 5.522 69.545 48.636 2.754 LGA A 172 A 172 0.638 0 0.015 0.029 0.837 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.205 0 0.000 0.078 0.304 100.000 100.000 0.299 LGA Y 174 Y 174 0.377 0 0.000 0.216 1.375 100.000 86.667 1.375 LGA G 175 G 175 0.239 0 0.066 0.066 0.252 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.231 0 0.021 0.157 0.474 100.000 100.000 0.224 LGA Q 177 Q 177 0.490 0 0.059 0.247 0.949 95.455 89.899 0.682 LGA L 178 L 178 0.386 0 0.130 0.208 1.796 90.909 82.500 1.796 LGA N 179 N 179 1.246 0 0.166 0.644 4.787 59.091 35.909 4.787 LGA K 180 K 180 4.119 0 0.288 0.967 13.678 16.364 7.273 13.678 LGA K 181 K 181 1.607 0 0.454 0.972 10.354 65.909 30.707 10.354 LGA T 182 T 182 0.895 0 0.016 1.109 3.509 77.727 64.935 3.509 LGA S 183 S 183 0.877 0 0.119 0.105 1.266 78.182 73.939 1.168 LGA K 184 K 184 0.962 0 0.073 0.856 2.699 73.636 68.485 2.699 LGA L 185 L 185 0.427 0 0.066 0.075 0.640 95.455 97.727 0.478 LGA D 186 D 186 0.098 0 0.035 0.145 0.911 100.000 95.455 0.456 LGA P 187 P 187 0.441 0 0.035 0.368 1.170 86.818 87.273 0.590 LGA V 188 V 188 0.688 0 0.014 0.019 0.809 81.818 81.818 0.809 LGA E 189 E 189 0.719 0 0.032 0.207 0.769 81.818 81.818 0.769 LGA D 190 D 190 0.710 0 0.030 0.046 1.162 81.818 75.682 1.162 LGA E 191 E 191 0.471 0 0.010 0.019 0.797 95.455 87.879 0.797 LGA A 192 A 192 0.306 0 0.022 0.020 0.374 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.337 0 0.044 0.086 0.654 100.000 91.919 0.628 LGA V 194 V 194 0.332 0 0.000 0.042 0.506 100.000 97.403 0.506 LGA V 195 V 195 0.184 0 0.000 0.000 0.269 100.000 100.000 0.168 LGA Q 196 Q 196 0.180 0 0.032 0.252 1.229 100.000 90.303 1.032 LGA L 197 L 197 0.329 0 0.000 0.049 0.507 100.000 95.455 0.507 LGA I 198 I 198 0.257 0 0.041 0.071 0.427 100.000 100.000 0.391 LGA F 199 F 199 0.216 0 0.016 0.041 0.258 100.000 100.000 0.153 LGA N 200 N 200 0.283 0 0.000 0.727 2.054 100.000 87.727 2.054 LGA I 201 I 201 0.171 0 0.000 0.040 0.221 100.000 100.000 0.184 LGA F 202 F 202 0.209 0 0.000 0.014 0.340 100.000 100.000 0.319 LGA L 203 L 203 0.298 0 0.022 0.053 0.572 100.000 95.455 0.552 LGA N 204 N 204 0.342 0 0.000 0.092 1.206 100.000 88.864 0.894 LGA G 205 G 205 0.394 0 0.044 0.044 0.507 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.497 0 0.034 0.119 0.787 86.364 90.909 0.384 LGA N 207 N 207 0.927 0 0.026 0.213 1.920 81.818 71.818 1.262 LGA G 208 G 208 0.949 0 0.063 0.063 1.294 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.121 0 0.046 0.149 1.647 65.455 63.838 1.647 LGA D 210 D 210 1.119 0 0.097 0.807 2.088 69.545 62.273 2.088 LGA Y 211 Y 211 1.843 0 0.122 0.622 2.141 54.545 50.000 1.818 LGA S 212 S 212 2.354 0 0.638 0.783 6.001 36.364 26.061 6.001 LGA Y 213 Y 213 2.964 0 0.167 1.106 14.401 41.818 14.091 14.401 LGA A 215 A 215 1.160 0 0.197 0.216 2.076 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.428 0 0.000 0.145 0.529 95.455 97.727 0.400 LGA A 217 A 217 0.360 0 0.051 0.063 0.411 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.572 0 0.010 0.119 1.268 90.909 85.152 1.268 LGA H 219 H 219 0.476 0 0.012 0.085 0.851 100.000 90.909 0.851 LGA L 220 L 220 0.376 0 0.015 0.085 0.529 100.000 97.727 0.529 LGA T 221 T 221 0.346 0 0.000 0.030 0.389 100.000 100.000 0.291 LGA N 222 N 222 0.381 0 0.039 0.069 0.572 100.000 97.727 0.572 LGA L 223 L 223 0.553 0 0.040 0.062 0.758 86.364 84.091 0.727 LGA Q 224 Q 224 0.605 0 0.047 0.148 1.078 86.364 82.020 0.778 LGA I 225 I 225 0.516 0 0.049 0.097 0.571 86.364 90.909 0.308 LGA P 226 P 226 0.555 0 0.031 0.060 0.768 81.818 81.818 0.768 LGA T 227 T 227 0.495 0 0.037 0.073 0.648 86.364 89.610 0.648 LGA P 228 P 228 0.575 0 0.079 0.088 0.575 86.364 87.013 0.516 LGA S 229 S 229 0.693 0 0.146 0.155 0.914 81.818 84.848 0.412 LGA G 230 G 230 0.829 0 0.055 0.055 1.116 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.298 0 0.036 0.485 1.179 100.000 92.121 1.179 LGA K 232 K 232 0.262 0 0.092 0.269 1.200 95.455 92.121 1.200 LGA R 233 R 233 0.157 0 0.031 1.120 6.201 100.000 52.562 4.244 LGA W 234 W 234 0.305 0 0.038 0.122 0.666 100.000 92.208 0.635 LGA N 235 N 235 0.521 0 0.000 0.548 2.390 95.455 81.136 2.390 LGA Q 236 Q 236 0.485 0 0.000 0.920 3.643 100.000 72.323 3.643 LGA Y 237 Y 237 0.554 0 0.068 0.161 0.765 86.364 83.333 0.622 LGA T 238 T 238 0.383 0 0.000 0.034 0.430 100.000 100.000 0.410 LGA I 239 I 239 0.241 0 0.024 0.118 0.373 100.000 100.000 0.373 LGA K 240 K 240 0.501 0 0.000 0.207 2.654 95.455 71.717 2.654 LGA A 241 A 241 0.394 0 0.079 0.085 0.549 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.046 0 0.046 0.074 0.215 100.000 100.000 0.165 LGA L 243 L 243 0.192 0 0.035 0.054 0.488 100.000 100.000 0.255 LGA Q 244 Q 244 0.189 0 0.031 0.225 0.751 100.000 95.960 0.685 LGA N 245 N 245 0.230 0 0.022 0.089 0.547 100.000 97.727 0.547 LGA E 246 E 246 0.269 0 0.024 0.467 1.369 100.000 94.141 0.834 LGA V 247 V 247 0.248 0 0.000 0.031 0.346 100.000 100.000 0.309 LGA Y 248 Y 248 0.320 0 0.038 0.121 1.167 100.000 91.061 1.167 LGA I 249 I 249 0.255 0 0.013 0.023 0.358 100.000 100.000 0.328 LGA G 250 G 250 0.209 0 0.060 0.060 0.338 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.220 0 0.034 0.039 0.344 100.000 100.000 0.261 LGA V 252 V 252 0.373 0 0.051 0.115 0.682 100.000 97.403 0.682 LGA K 253 K 253 0.542 0 0.058 0.141 0.818 90.909 85.859 0.742 LGA Y 254 Y 254 0.591 0 0.029 0.241 2.371 95.455 70.909 2.371 LGA K 255 K 255 0.711 0 0.000 0.172 1.350 81.818 80.000 1.350 LGA V 256 V 256 0.861 0 0.051 0.058 0.928 81.818 81.818 0.821 LGA R 257 R 257 0.978 0 0.102 1.060 5.284 73.636 50.909 2.971 LGA E 258 E 258 1.154 0 0.046 0.277 1.997 65.455 60.606 1.997 LGA K 259 K 259 1.692 0 0.062 0.209 1.863 54.545 55.758 1.469 LGA T 260 T 260 2.021 0 0.000 0.172 2.410 41.364 40.000 2.119 LGA K 261 K 261 2.576 0 0.032 0.171 3.250 30.000 27.475 3.250 LGA D 262 D 262 2.735 0 0.024 0.069 2.741 27.273 31.364 2.365 LGA G 263 G 263 2.397 0 0.000 0.000 2.442 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.806 0 0.086 0.294 1.958 50.909 54.141 1.037 LGA R 265 R 265 1.480 0 0.076 0.907 4.254 61.818 49.587 4.254 LGA T 266 T 266 1.376 0 0.043 0.069 1.532 69.545 65.714 1.391 LGA I 267 I 267 0.974 0 0.023 0.065 1.223 73.636 73.636 1.223 LGA R 268 R 268 0.704 0 0.031 0.968 2.781 86.364 75.702 2.781 LGA P 269 P 269 0.492 0 0.008 0.027 0.800 95.455 89.610 0.800 LGA E 270 E 270 0.090 0 0.000 0.180 1.010 100.000 92.121 1.010 LGA K 271 K 271 0.441 0 0.051 0.738 4.485 100.000 63.232 4.485 LGA E 272 E 272 0.495 0 0.042 0.114 1.645 100.000 81.010 1.645 LGA Q 273 Q 273 0.280 0 0.034 0.080 0.394 100.000 100.000 0.338 LGA I 274 I 274 0.181 0 0.032 0.103 0.766 100.000 97.727 0.766 LGA V 275 V 275 0.225 0 0.000 0.041 0.471 100.000 100.000 0.398 LGA V 276 V 276 0.245 0 0.061 0.066 0.539 100.000 97.403 0.375 LGA Q 277 Q 277 0.112 0 0.043 0.591 2.848 100.000 79.596 2.848 LGA D 278 D 278 0.094 0 0.035 0.208 0.792 100.000 97.727 0.792 LGA A 279 A 279 0.162 0 0.008 0.024 0.225 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.137 0 0.027 0.215 0.513 100.000 98.182 0.437 LGA A 281 A 281 0.227 0 0.026 0.023 0.313 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.223 0 0.043 0.056 0.329 100.000 100.000 0.329 LGA I 283 I 283 0.387 0 0.053 0.071 0.657 95.455 95.455 0.494 LGA I 284 I 284 0.319 0 0.000 0.086 0.338 100.000 100.000 0.264 LGA D 285 D 285 0.616 0 0.070 0.912 3.434 86.364 68.409 1.606 LGA K 286 K 286 0.512 0 0.015 0.257 1.267 81.818 80.000 1.267 LGA E 287 E 287 0.475 0 0.018 0.311 1.995 100.000 82.828 1.393 LGA Q 288 Q 288 0.297 0 0.018 0.241 1.318 100.000 90.303 1.318 LGA F 289 F 289 0.266 0 0.028 0.115 0.530 100.000 98.347 0.471 LGA Q 290 Q 290 0.446 0 0.025 1.192 3.553 100.000 70.707 3.553 LGA Q 291 Q 291 0.221 0 0.038 0.124 0.550 100.000 95.960 0.519 LGA S 292 S 292 0.084 0 0.047 0.057 0.342 100.000 100.000 0.056 LGA Q 293 Q 293 0.447 0 0.000 0.211 0.723 90.909 89.899 0.663 LGA V 294 V 294 0.523 0 0.034 0.049 0.694 90.909 87.013 0.558 LGA K 295 K 295 0.369 0 0.045 0.142 0.915 90.909 87.879 0.827 LGA I 296 I 296 0.858 0 0.011 0.076 1.364 73.636 75.682 0.505 LGA A 297 A 297 1.329 0 0.092 0.107 2.014 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 1.100 0 0.000 0.228 2.319 59.091 70.455 0.964 LGA K 299 K 299 3.593 0 0.319 0.808 14.271 34.545 15.354 14.271 LGA V 300 V 300 1.773 0 0.137 0.138 4.089 44.545 29.610 4.052 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.972 0.932 1.814 86.327 80.822 68.067 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.815 97.459 12.595 LGA_LOCAL RMSD: 0.972 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.972 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.972 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.178999 * X + 0.026356 * Y + -0.983496 * Z + 152.886032 Y_new = 0.178812 * X + 0.983864 * Y + -0.006178 * Z + 151.325241 Z_new = 0.967464 * X + -0.176967 * Y + -0.180824 * Z + 136.870850 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.356718 -1.315006 -2.366974 [DEG: 135.0300 -75.3443 -135.6176 ] ZXZ: -1.564515 1.752620 1.751714 [DEG: -89.6401 100.4177 100.3658 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS241_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS241_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.459 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS241_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 153.940 184.987 153.396 1.00 85.70 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.360 185.707 154.538 1.00 85.78 C ATOM 1347 C GLY 165 151.838 185.592 154.661 1.00 87.17 C ATOM 1348 O GLY 165 151.222 186.356 155.402 1.00 84.54 O ATOM 1349 N LYS 166 151.206 184.652 153.946 1.00 87.05 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.765 184.399 154.047 1.00 86.82 C ATOM 1351 C LYS 166 149.457 183.596 155.317 1.00 87.57 C ATOM 1352 O LYS 166 150.194 182.686 155.689 1.00 85.68 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.232 183.708 152.775 1.00 85.47 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.395 184.578 151.507 1.00 82.47 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.851 183.927 150.227 1.00 79.46 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.056 184.885 149.040 1.00 74.37 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.608 184.353 147.721 1.00 67.62 N ATOM 1358 N TRP 167 148.338 183.910 155.961 1.00 88.31 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.856 183.168 157.131 1.00 88.82 C ATOM 1360 C TRP 167 147.032 181.961 156.689 1.00 88.37 C ATOM 1361 O TRP 167 145.994 182.111 156.044 1.00 85.61 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.059 184.096 158.038 1.00 88.17 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.729 183.479 159.357 1.00 88.35 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.604 182.795 159.659 1.00 85.25 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.567 183.444 160.554 1.00 86.89 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.676 182.346 160.973 1.00 85.07 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.860 182.723 161.549 1.00 86.22 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.836 183.959 160.878 1.00 85.83 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.413 182.509 162.832 1.00 85.40 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.377 183.750 162.154 1.00 83.84 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.670 183.028 163.120 1.00 83.35 C ATOM 1372 N ILE 168 147.489 180.769 157.042 1.00 85.63 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.928 179.497 156.555 1.00 83.87 C ATOM 1374 C ILE 168 146.345 178.648 157.694 1.00 82.94 C ATOM 1375 O ILE 168 145.578 177.717 157.467 1.00 76.97 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.017 178.718 155.783 1.00 80.30 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.738 179.631 154.757 1.00 75.73 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.429 177.507 155.047 1.00 72.92 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.032 179.008 154.259 1.00 69.31 C ATOM 1380 N SER 169 146.703 178.973 158.921 1.00 82.51 N ATOM 1381 CA SER 169 146.199 178.297 160.114 1.00 80.96 C ATOM 1382 C SER 169 144.757 178.712 160.438 1.00 80.25 C ATOM 1383 O SER 169 144.170 179.536 159.750 1.00 74.47 O ATOM 1384 CB SER 169 147.159 178.550 161.270 1.00 77.49 C ATOM 1385 OG SER 169 148.428 178.022 160.958 1.00 72.44 O ATOM 1386 N GLY 170 144.177 178.113 161.482 1.00 77.98 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.764 178.285 161.828 1.00 76.82 C ATOM 1388 C GLY 170 142.360 179.707 162.226 1.00 79.29 C ATOM 1389 O GLY 170 142.299 180.606 161.400 1.00 75.65 O ATOM 1390 N LEU 171 142.066 179.907 163.513 1.00 81.55 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.654 181.219 164.021 1.00 80.98 C ATOM 1392 C LEU 171 142.791 182.235 163.887 1.00 81.92 C ATOM 1393 O LEU 171 143.937 181.931 164.228 1.00 79.62 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.196 181.087 165.485 1.00 77.79 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.849 180.364 165.648 1.00 73.43 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.684 179.863 167.077 1.00 67.74 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.671 181.290 165.324 1.00 66.69 C ATOM 1398 N ALA 172 142.447 183.437 163.430 1.00 84.03 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.361 184.567 163.456 1.00 84.41 C ATOM 1400 C ALA 172 143.744 184.914 164.912 1.00 85.58 C ATOM 1401 O ALA 172 142.930 184.714 165.819 1.00 83.73 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.708 185.747 162.730 1.00 82.46 C ATOM 1403 N PRO 173 144.954 185.426 165.153 1.00 86.95 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.339 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