####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS241_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS241_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.85 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.85 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.85 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 12 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 11 104 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 27 112 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 19 35 51 93 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 103 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 60 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 81 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 69 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 87 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 47 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 28 104 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 114 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 19 39 114 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 63 120 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 88 116 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.19 85.93 94.81 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.44 0.58 0.64 0.73 0.77 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 GDT RMS_ALL_AT 0.87 0.87 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.528 0 0.029 0.029 0.554 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.282 0 0.026 0.137 1.114 100.000 92.121 1.114 LGA W 167 W 167 0.170 0 0.211 0.216 0.731 95.455 98.701 0.322 LGA I 168 I 168 0.586 0 0.068 0.886 2.184 81.818 70.455 1.614 LGA S 169 S 169 1.072 0 0.564 0.600 2.795 60.000 59.394 1.833 LGA G 170 G 170 1.433 0 0.061 0.061 1.660 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.853 0 0.044 1.391 5.491 77.727 54.773 2.766 LGA A 172 A 172 0.472 0 0.000 0.016 0.644 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.144 0 0.016 0.227 0.557 100.000 97.403 0.557 LGA Y 174 Y 174 0.357 0 0.000 0.215 1.222 100.000 89.545 1.222 LGA G 175 G 175 0.222 0 0.064 0.064 0.238 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.254 0 0.000 0.160 0.486 100.000 100.000 0.273 LGA Q 177 Q 177 0.501 0 0.051 0.271 1.105 90.909 86.061 0.613 LGA L 178 L 178 0.307 0 0.136 0.194 1.658 90.909 82.500 1.658 LGA N 179 N 179 1.286 0 0.178 0.638 4.789 62.273 37.500 4.789 LGA K 180 K 180 4.145 0 0.284 0.963 13.730 16.364 7.273 13.730 LGA K 181 K 181 1.700 0 0.442 0.949 9.998 65.909 30.707 9.998 LGA T 182 T 182 0.876 0 0.023 1.106 3.429 81.818 70.390 3.429 LGA S 183 S 183 0.641 0 0.127 0.112 0.961 86.364 84.848 0.853 LGA K 184 K 184 0.764 0 0.072 0.876 2.888 81.818 72.121 2.888 LGA L 185 L 185 0.330 0 0.069 0.078 0.617 95.455 97.727 0.443 LGA D 186 D 186 0.110 0 0.035 0.150 0.791 100.000 97.727 0.370 LGA P 187 P 187 0.420 0 0.032 0.372 1.166 86.818 87.273 0.625 LGA V 188 V 188 0.618 0 0.012 0.021 0.714 81.818 81.818 0.714 LGA E 189 E 189 0.604 0 0.029 0.213 0.720 81.818 83.838 0.606 LGA D 190 D 190 0.534 0 0.027 0.041 0.863 90.909 86.364 0.863 LGA E 191 E 191 0.363 0 0.000 0.000 0.703 100.000 91.919 0.703 LGA A 192 A 192 0.245 0 0.017 0.010 0.314 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.235 0 0.046 0.088 0.524 100.000 97.980 0.461 LGA V 194 V 194 0.203 0 0.000 0.044 0.334 100.000 100.000 0.334 LGA V 195 V 195 0.121 0 0.000 0.000 0.226 100.000 100.000 0.121 LGA Q 196 Q 196 0.125 0 0.014 0.259 1.194 100.000 92.121 0.971 LGA L 197 L 197 0.230 0 0.000 0.043 0.339 100.000 100.000 0.339 LGA I 198 I 198 0.210 0 0.048 0.074 0.363 100.000 100.000 0.308 LGA F 199 F 199 0.219 0 0.019 0.042 0.249 100.000 100.000 0.133 LGA N 200 N 200 0.286 0 0.034 1.059 3.562 100.000 76.591 3.562 LGA I 201 I 201 0.138 0 0.026 0.046 0.201 100.000 100.000 0.097 LGA F 202 F 202 0.182 0 0.022 0.037 0.281 100.000 100.000 0.281 LGA L 203 L 203 0.264 0 0.027 0.062 0.560 100.000 95.455 0.534 LGA N 204 N 204 0.283 0 0.003 0.114 1.066 100.000 88.864 0.745 LGA G 205 G 205 0.359 0 0.047 0.047 0.439 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.420 0 0.035 0.103 0.728 86.364 90.909 0.447 LGA N 207 N 207 0.827 0 0.000 0.177 1.458 81.818 77.727 0.965 LGA G 208 G 208 1.080 0 0.084 0.084 1.544 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.251 0 0.057 0.134 2.297 65.455 57.576 2.297 LGA D 210 D 210 1.195 0 0.070 0.784 2.149 65.455 60.227 2.149 LGA Y 211 Y 211 1.777 0 0.114 0.604 2.118 54.545 51.061 1.801 LGA S 212 S 212 2.403 0 0.640 0.780 6.021 36.364 26.061 6.021 LGA Y 213 Y 213 2.979 0 0.166 1.102 14.510 41.818 14.091 14.510 LGA A 215 A 215 1.090 0 0.198 0.216 2.056 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.387 0 0.000 0.147 0.484 100.000 100.000 0.466 LGA A 217 A 217 0.296 0 0.042 0.055 0.353 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.529 0 0.017 0.113 1.263 90.909 85.152 1.263 LGA H 219 H 219 0.325 0 0.000 0.089 0.650 100.000 94.545 0.650 LGA L 220 L 220 0.261 0 0.000 0.081 0.449 100.000 100.000 0.449 LGA T 221 T 221 0.263 0 0.000 0.023 0.369 100.000 100.000 0.223 LGA N 222 N 222 0.350 0 0.043 0.067 0.533 95.455 97.727 0.481 LGA L 223 L 223 0.477 0 0.044 0.066 0.709 100.000 93.182 0.593 LGA Q 224 Q 224 0.474 0 0.045 0.178 0.949 95.455 89.899 0.869 LGA I 225 I 225 0.436 0 0.047 0.097 0.450 100.000 100.000 0.211 LGA P 226 P 226 0.434 0 0.034 0.060 0.686 95.455 89.610 0.686 LGA T 227 T 227 0.245 0 0.033 0.081 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA P 228 P 228 0.384 0 0.082 0.088 0.403 100.000 100.000 0.365 LGA S 229 S 229 0.398 0 0.146 0.157 0.899 90.909 93.939 0.203 LGA G 230 G 230 0.690 0 0.061 0.061 1.281 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.379 0 0.040 0.494 1.695 100.000 90.505 1.695 LGA K 232 K 232 0.380 0 0.099 0.269 0.723 95.455 95.960 0.585 LGA R 233 R 233 0.213 0 0.032 1.112 5.870 100.000 54.876 3.735 LGA W 234 W 234 0.402 0 0.035 0.136 0.531 100.000 97.403 0.430 LGA N 235 N 235 0.651 0 0.023 0.523 2.690 81.818 67.045 2.690 LGA Q 236 Q 236 0.559 0 0.000 0.836 3.018 95.455 72.525 3.018 LGA Y 237 Y 237 0.516 0 0.052 0.143 0.816 90.909 84.848 0.816 LGA T 238 T 238 0.325 0 0.012 0.034 0.368 100.000 100.000 0.358 LGA I 239 I 239 0.227 0 0.016 0.113 0.382 100.000 100.000 0.382 LGA K 240 K 240 0.443 0 0.017 0.213 2.636 100.000 73.737 2.636 LGA A 241 A 241 0.344 0 0.087 0.093 0.553 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.073 0 0.040 0.066 0.196 100.000 100.000 0.134 LGA L 243 L 243 0.101 0 0.037 0.053 0.385 100.000 100.000 0.145 LGA Q 244 Q 244 0.060 0 0.043 0.261 1.084 100.000 92.121 0.680 LGA N 245 N 245 0.106 0 0.024 0.085 0.429 100.000 100.000 0.429 LGA E 246 E 246 0.144 0 0.026 0.509 1.577 100.000 88.687 1.126 LGA V 247 V 247 0.106 0 0.016 0.876 2.000 100.000 84.156 1.866 LGA Y 248 Y 248 0.236 0 0.037 0.118 1.058 100.000 91.061 1.058 LGA I 249 I 249 0.146 0 0.013 0.023 0.236 100.000 100.000 0.213 LGA G 250 G 250 0.173 0 0.043 0.043 0.173 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.078 0 0.038 0.038 0.152 100.000 100.000 0.118 LGA V 252 V 252 0.153 0 0.041 0.116 0.510 100.000 97.403 0.510 LGA K 253 K 253 0.311 0 0.055 0.106 0.785 100.000 93.939 0.785 LGA Y 254 Y 254 0.787 0 0.027 0.225 2.435 86.364 64.242 2.435 LGA K 255 K 255 0.835 0 0.003 0.169 1.312 81.818 80.000 1.312 LGA V 256 V 256 0.816 0 0.047 0.053 0.842 81.818 81.818 0.766 LGA R 257 R 257 0.852 0 0.101 1.058 5.389 77.727 54.215 3.286 LGA E 258 E 258 0.938 0 0.054 0.254 1.927 77.727 66.061 1.927 LGA K 259 K 259 1.081 0 0.051 0.259 1.256 73.636 80.404 0.374 LGA T 260 T 260 1.000 0 0.002 0.100 1.216 69.545 67.792 1.066 LGA K 261 K 261 1.430 0 0.020 0.332 2.931 61.818 53.333 2.931 LGA D 262 D 262 1.378 0 0.025 0.390 1.965 65.455 60.000 1.859 LGA G 263 G 263 1.206 0 0.000 0.000 1.206 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 0.787 0 0.095 0.378 1.226 81.818 78.182 1.094 LGA R 265 R 265 0.819 0 0.068 0.921 4.143 81.818 60.992 4.143 LGA T 266 T 266 0.951 0 0.036 0.077 1.006 81.818 79.481 1.006 LGA I 267 I 267 0.772 0 0.039 0.074 1.041 77.727 79.773 0.841 LGA R 268 R 268 0.655 0 0.027 0.961 2.867 86.364 75.702 2.867 LGA P 269 P 269 0.619 0 0.000 0.023 0.900 90.909 87.013 0.900 LGA E 270 E 270 0.182 0 0.000 0.700 1.930 100.000 83.232 1.930 LGA K 271 K 271 0.406 0 0.053 0.754 4.447 100.000 63.232 4.447 LGA E 272 E 272 0.534 0 0.048 0.143 1.668 95.455 80.808 1.668 LGA Q 273 Q 273 0.453 0 0.026 0.074 0.484 100.000 100.000 0.355 LGA I 274 I 274 0.430 0 0.028 0.109 1.082 100.000 88.864 1.082 LGA V 275 V 275 0.083 0 0.000 0.034 0.400 100.000 100.000 0.347 LGA V 276 V 276 0.089 0 0.072 0.080 0.356 100.000 100.000 0.199 LGA Q 277 Q 277 0.130 0 0.045 0.609 3.005 100.000 78.586 3.005 LGA D 278 D 278 0.118 0 0.044 0.228 0.619 100.000 97.727 0.619 LGA A 279 A 279 0.220 0 0.002 0.022 0.312 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.287 0 0.028 0.221 0.516 100.000 98.182 0.434 LGA A 281 A 281 0.316 0 0.021 0.019 0.380 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.214 0 0.044 0.056 0.289 100.000 100.000 0.289 LGA I 283 I 283 0.367 0 0.046 0.071 0.601 95.455 95.455 0.412 LGA I 284 I 284 0.256 0 0.000 0.076 0.274 100.000 100.000 0.185 LGA D 285 D 285 0.373 0 0.034 0.191 1.128 100.000 91.136 0.904 LGA K 286 K 286 0.375 0 0.000 0.254 1.372 100.000 90.101 1.372 LGA E 287 E 287 0.503 0 0.020 0.309 1.905 95.455 82.626 0.951 LGA Q 288 Q 288 0.315 0 0.014 0.261 1.693 100.000 83.232 1.504 LGA F 289 F 289 0.271 0 0.021 0.103 0.417 100.000 100.000 0.371 LGA Q 290 Q 290 0.433 0 0.024 1.197 3.652 100.000 69.293 3.652 LGA Q 291 Q 291 0.279 0 0.036 0.103 0.535 100.000 97.980 0.535 LGA S 292 S 292 0.101 0 0.047 0.059 0.414 100.000 100.000 0.091 LGA Q 293 Q 293 0.414 0 0.000 0.224 0.817 90.909 89.899 0.817 LGA V 294 V 294 0.662 0 0.030 0.059 0.784 81.818 81.818 0.774 LGA K 295 K 295 0.469 0 0.040 0.139 0.998 90.909 91.919 0.734 LGA I 296 I 296 0.893 0 0.014 0.077 1.405 73.636 77.727 0.515 LGA A 297 A 297 1.444 0 0.089 0.104 2.173 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.289 0 0.000 0.317 2.171 55.000 68.636 1.293 LGA K 299 K 299 3.244 0 0.345 0.913 14.567 39.545 17.576 14.567 LGA V 300 V 300 2.054 0 0.149 0.152 4.745 44.545 28.052 4.745 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.849 0.804 1.766 89.044 83.168 69.427 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.85 95.741 98.151 14.229 LGA_LOCAL RMSD: 0.849 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.849 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.849 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.637069 * X + 0.659976 * Y + 0.398216 * Z + 152.363510 Y_new = -0.734683 * X + -0.676206 * Y + -0.054654 * Z + 152.453186 Z_new = 0.233206 * X + -0.327380 * Y + 0.915662 * Z + 136.158813 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.285154 -0.235373 -0.343371 [DEG: -130.9297 -13.4859 -19.6737 ] ZXZ: 1.434402 0.413644 2.522633 [DEG: 82.1852 23.7001 144.5362 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS241_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS241_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.85 98.151 0.85 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS241_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 154.039 185.176 153.114 1.00 84.80 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.474 185.896 154.263 1.00 84.97 C ATOM 1347 C GLY 165 151.954 185.781 154.407 1.00 86.56 C ATOM 1348 O GLY 165 151.342 186.564 155.134 1.00 84.02 O ATOM 1349 N LYS 166 151.317 184.824 153.730 1.00 86.49 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.878 184.569 153.844 1.00 86.32 C ATOM 1351 C LYS 166 149.580 183.754 155.108 1.00 87.09 C ATOM 1352 O LYS 166 150.328 182.845 155.468 1.00 85.16 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.338 183.880 152.576 1.00 84.68 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.469 184.747 151.302 1.00 81.43 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.880 184.059 150.061 1.00 78.21 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.986 184.962 148.820 1.00 72.69 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.415 184.355 147.587 1.00 66.13 N ATOM 1358 N TRP 167 148.461 184.048 155.765 1.00 88.11 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.993 183.297 156.933 1.00 88.72 C ATOM 1360 C TRP 167 147.191 182.071 156.492 1.00 88.16 C ATOM 1361 O TRP 167 146.142 182.197 155.867 1.00 85.40 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.173 184.205 157.839 1.00 87.96 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.798 183.564 159.136 1.00 88.18 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.656 182.896 159.394 1.00 85.03 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.603 183.495 160.357 1.00 86.59 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.688 182.422 160.703 1.00 84.67 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.860 182.766 161.321 1.00 85.93 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.872 183.979 160.726 1.00 85.76 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.371 182.519 162.616 1.00 85.47 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.376 183.735 162.010 1.00 83.71 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.632 183.008 162.941 1.00 83.21 C ATOM 1372 N ILE 168 147.675 180.892 156.836 1.00 85.73 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.123 179.602 156.390 1.00 84.07 C ATOM 1374 C ILE 168 146.606 178.759 157.561 1.00 82.84 C ATOM 1375 O ILE 168 145.952 177.736 157.372 1.00 77.00 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.186 178.812 155.591 1.00 81.02 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.089 179.717 154.718 1.00 76.80 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.502 177.778 154.673 1.00 74.04 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.323 178.969 154.224 1.00 70.31 C ATOM 1380 N SER 169 146.901 179.169 158.780 1.00 82.81 N ATOM 1381 CA SER 169 146.462 178.491 159.997 1.00 81.59 C ATOM 1382 C SER 169 144.980 178.753 160.295 1.00 80.66 C ATOM 1383 O SER 169 144.278 179.373 159.502 1.00 74.82 O ATOM 1384 CB SER 169 147.382 178.885 161.151 1.00 78.23 C ATOM 1385 OG SER 169 148.659 178.330 160.956 1.00 73.18 O ATOM 1386 N GLY 170 144.491 178.243 161.425 1.00 78.17 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.085 178.347 161.810 1.00 77.92 C ATOM 1388 C GLY 170 142.628 179.767 162.146 1.00 80.46 C ATOM 1389 O GLY 170 142.676 180.666 161.317 1.00 77.29 O ATOM 1390 N LEU 171 142.174 179.968 163.392 1.00 82.29 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.731 181.282 163.859 1.00 82.25 C ATOM 1392 C LEU 171 142.868 182.300 163.761 1.00 83.22 C ATOM 1393 O LEU 171 144.000 182.009 164.149 1.00 81.07 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.218 181.174 165.305 1.00 79.45 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.879 180.421 165.435 1.00 75.20 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.650 179.993 166.881 1.00 69.39 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.697 181.295 164.995 1.00 68.33 C ATOM 1398 N ALA 172 142.537 183.494 163.269 1.00 85.43 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.447 184.625 163.324 1.00 85.61 C ATOM 1400 C ALA 172 143.796 184.951 164.791 1.00 86.57 C ATOM 1401 O ALA 172 142.946 184.770 165.671 1.00 84.92 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.799 185.816 162.611 1.00 83.63 C ATOM 1403 N PRO 173 145.018 185.406 165.082 1.00 88.06 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.377 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