####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS241_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS241_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 101 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 11 106 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 55 111 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 21 105 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 70 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 27 103 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 68 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 69 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 66 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 80 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 69 111 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 70 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 31 106 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 17 106 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 112 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 82.96 91.85 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.49 0.64 0.73 0.82 0.85 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.96 0.94 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.496 0 0.036 0.036 0.568 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.475 0 0.029 0.136 1.085 95.455 88.081 1.085 LGA W 167 W 167 0.351 0 0.180 0.188 0.455 100.000 100.000 0.447 LGA I 168 I 168 0.674 0 0.049 0.167 1.519 81.818 75.909 1.334 LGA S 169 S 169 1.291 0 0.562 0.731 3.779 60.000 50.303 3.779 LGA G 170 G 170 1.602 0 0.078 0.078 1.839 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.062 0 0.039 1.377 5.594 69.545 48.636 2.870 LGA A 172 A 172 0.642 0 0.000 0.021 0.833 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.299 0 0.000 0.228 0.485 100.000 100.000 0.485 LGA Y 174 Y 174 0.476 0 0.001 0.217 1.348 95.455 85.152 1.348 LGA G 175 G 175 0.193 0 0.056 0.056 0.263 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.209 0 0.000 0.158 0.449 100.000 100.000 0.194 LGA Q 177 Q 177 0.498 0 0.057 0.249 0.861 100.000 95.960 0.681 LGA L 178 L 178 0.426 0 0.135 0.194 1.747 90.909 80.455 1.747 LGA N 179 N 179 1.171 0 0.168 0.648 4.643 62.273 39.773 4.643 LGA K 180 K 180 4.032 0 0.277 0.962 13.650 19.091 8.485 13.650 LGA K 181 K 181 1.614 0 0.463 0.957 10.145 65.909 30.707 10.145 LGA T 182 T 182 0.851 0 0.025 1.114 3.593 77.727 64.935 3.593 LGA S 183 S 183 0.850 0 0.111 0.098 1.217 78.182 73.939 1.126 LGA K 184 K 184 0.920 0 0.076 0.840 2.597 73.636 68.485 2.597 LGA L 185 L 185 0.462 0 0.070 0.077 0.709 90.909 95.455 0.497 LGA D 186 D 186 0.176 0 0.028 0.158 0.867 100.000 97.727 0.344 LGA P 187 P 187 0.487 0 0.036 0.077 1.072 86.818 87.273 0.639 LGA V 188 V 188 0.666 0 0.000 0.012 0.753 81.818 81.818 0.753 LGA E 189 E 189 0.649 0 0.033 0.216 0.739 81.818 81.818 0.633 LGA D 190 D 190 0.591 0 0.030 0.043 0.919 90.909 86.364 0.919 LGA E 191 E 191 0.384 0 0.021 0.023 0.644 100.000 91.919 0.644 LGA A 192 A 192 0.309 0 0.025 0.023 0.390 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.314 0 0.052 0.087 0.593 100.000 91.919 0.525 LGA V 194 V 194 0.282 0 0.000 0.042 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA V 195 V 195 0.190 0 0.000 0.010 0.222 100.000 100.000 0.194 LGA Q 196 Q 196 0.222 0 0.022 0.252 1.219 100.000 90.303 1.018 LGA L 197 L 197 0.309 0 0.000 0.048 0.428 100.000 100.000 0.425 LGA I 198 I 198 0.261 0 0.039 0.071 0.440 100.000 100.000 0.385 LGA F 199 F 199 0.283 0 0.027 0.040 0.341 100.000 100.000 0.200 LGA N 200 N 200 0.344 0 0.017 0.678 1.642 100.000 89.545 1.642 LGA I 201 I 201 0.196 0 0.006 0.035 0.277 100.000 100.000 0.081 LGA F 202 F 202 0.263 0 0.000 0.028 0.449 100.000 100.000 0.443 LGA L 203 L 203 0.433 0 0.024 0.062 0.806 100.000 93.182 0.734 LGA N 204 N 204 0.345 0 0.000 0.108 1.394 100.000 84.773 1.114 LGA G 205 G 205 0.493 0 0.038 0.038 0.571 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.699 0 0.035 0.288 1.187 73.636 82.500 0.296 LGA N 207 N 207 1.483 0 0.020 0.175 2.110 61.818 54.773 1.729 LGA G 208 G 208 1.501 0 0.070 0.070 1.780 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.651 0 0.045 0.179 3.727 54.545 40.404 3.727 LGA D 210 D 210 1.562 0 0.043 0.774 1.861 54.545 54.545 1.771 LGA Y 211 Y 211 1.962 0 0.104 0.570 2.206 50.909 48.788 1.912 LGA S 212 S 212 2.453 0 0.639 0.794 6.174 36.364 25.152 6.174 LGA Y 213 Y 213 2.930 0 0.162 1.103 14.365 41.818 14.091 14.365 LGA A 215 A 215 1.042 0 0.194 0.212 1.889 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.377 0 0.000 0.142 0.466 100.000 100.000 0.290 LGA A 217 A 217 0.338 0 0.039 0.057 0.354 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.461 0 0.018 0.110 1.085 100.000 91.212 1.085 LGA H 219 H 219 0.444 0 0.000 0.083 0.834 100.000 90.909 0.834 LGA L 220 L 220 0.364 0 0.000 0.084 0.488 100.000 100.000 0.488 LGA T 221 T 221 0.337 0 0.000 0.027 0.375 100.000 100.000 0.291 LGA N 222 N 222 0.382 0 0.048 0.071 0.522 95.455 95.455 0.522 LGA L 223 L 223 0.587 0 0.042 0.072 0.801 81.818 81.818 0.759 LGA Q 224 Q 224 0.627 0 0.049 0.159 1.193 86.364 82.020 0.892 LGA I 225 I 225 0.514 0 0.045 0.101 0.550 81.818 88.636 0.260 LGA P 226 P 226 0.557 0 0.034 0.058 0.768 81.818 81.818 0.768 LGA T 227 T 227 0.498 0 0.031 0.075 0.651 90.909 92.208 0.651 LGA P 228 P 228 0.548 0 0.081 0.088 0.548 86.364 87.013 0.513 LGA S 229 S 229 0.664 0 0.148 0.154 0.920 81.818 84.848 0.391 LGA G 230 G 230 0.779 0 0.059 0.059 1.126 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.262 0 0.032 0.494 1.456 100.000 92.121 1.456 LGA K 232 K 232 0.361 0 0.094 0.252 0.901 95.455 93.939 0.850 LGA R 233 R 233 0.209 0 0.025 1.124 5.849 100.000 54.876 3.658 LGA W 234 W 234 0.287 0 0.024 0.123 0.626 100.000 93.506 0.596 LGA N 235 N 235 0.555 0 0.021 0.527 2.473 90.909 78.864 2.473 LGA Q 236 Q 236 0.551 0 0.000 0.935 3.775 86.364 66.263 3.775 LGA Y 237 Y 237 0.631 0 0.053 0.147 1.006 81.818 80.455 1.006 LGA T 238 T 238 0.334 0 0.000 0.039 0.370 100.000 100.000 0.317 LGA I 239 I 239 0.197 0 0.013 0.098 0.335 100.000 100.000 0.335 LGA K 240 K 240 0.492 0 0.023 0.203 2.509 100.000 73.737 2.509 LGA A 241 A 241 0.332 0 0.084 0.089 0.487 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.136 0 0.044 0.065 0.298 100.000 100.000 0.259 LGA L 243 L 243 0.286 0 0.036 0.058 0.585 95.455 97.727 0.312 LGA Q 244 Q 244 0.226 0 0.049 0.260 0.898 100.000 95.960 0.710 LGA N 245 N 245 0.228 0 0.018 0.091 0.555 100.000 97.727 0.555 LGA E 246 E 246 0.299 0 0.029 0.439 1.338 100.000 94.141 0.816 LGA V 247 V 247 0.287 0 0.000 0.041 0.381 100.000 100.000 0.359 LGA Y 248 Y 248 0.384 0 0.032 0.117 1.211 100.000 86.667 1.211 LGA I 249 I 249 0.289 0 0.023 0.030 0.403 100.000 100.000 0.357 LGA G 250 G 250 0.240 0 0.051 0.051 0.294 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.209 0 0.033 0.044 0.332 100.000 100.000 0.298 LGA V 252 V 252 0.334 0 0.055 0.111 0.590 95.455 94.805 0.590 LGA K 253 K 253 0.503 0 0.064 0.140 0.701 90.909 85.859 0.561 LGA Y 254 Y 254 0.672 0 0.033 0.235 2.324 90.909 69.242 2.324 LGA K 255 K 255 0.838 0 0.000 0.172 1.428 81.818 78.182 1.428 LGA V 256 V 256 0.899 0 0.044 0.049 0.935 81.818 81.818 0.863 LGA R 257 R 257 0.925 0 0.104 1.063 4.973 73.636 55.372 2.940 LGA E 258 E 258 1.203 0 0.051 0.332 2.701 65.455 53.535 2.701 LGA K 259 K 259 1.539 0 0.057 0.172 1.853 54.545 52.525 1.769 LGA T 260 T 260 1.742 0 0.010 0.165 2.102 47.727 47.273 1.876 LGA K 261 K 261 2.409 0 0.018 0.206 3.691 35.455 28.081 3.691 LGA D 262 D 262 2.372 0 0.029 0.126 2.407 38.182 38.182 2.197 LGA G 263 G 263 2.007 0 0.000 0.000 2.027 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.319 0 0.101 0.397 1.457 65.455 72.727 0.837 LGA R 265 R 265 1.268 0 0.077 0.890 3.632 65.455 57.851 3.632 LGA T 266 T 266 1.373 0 0.037 0.065 1.499 65.455 65.455 1.430 LGA I 267 I 267 1.062 0 0.029 0.066 1.275 65.455 67.500 1.197 LGA R 268 R 268 0.894 0 0.026 0.960 2.703 81.818 72.562 2.703 LGA P 269 P 269 0.745 0 0.000 0.026 1.003 81.818 79.481 1.003 LGA E 270 E 270 0.380 0 0.020 0.208 0.849 100.000 93.939 0.646 LGA K 271 K 271 0.601 0 0.073 0.727 3.942 81.818 60.808 3.762 LGA E 272 E 272 0.711 0 0.051 0.122 2.031 81.818 68.283 2.031 LGA Q 273 Q 273 0.586 0 0.055 0.113 0.770 81.818 81.818 0.545 LGA I 274 I 274 0.377 0 0.033 0.106 0.927 100.000 97.727 0.927 LGA V 275 V 275 0.126 0 0.000 0.035 0.325 100.000 100.000 0.325 LGA V 276 V 276 0.204 0 0.064 0.070 0.470 100.000 100.000 0.324 LGA Q 277 Q 277 0.152 0 0.047 0.570 2.693 100.000 79.596 2.693 LGA D 278 D 278 0.128 0 0.036 0.217 0.739 100.000 97.727 0.739 LGA A 279 A 279 0.198 0 0.004 0.021 0.271 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.146 0 0.033 0.218 0.573 100.000 98.182 0.500 LGA A 281 A 281 0.275 0 0.030 0.029 0.395 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.257 0 0.053 0.065 0.374 100.000 100.000 0.374 LGA I 283 I 283 0.465 0 0.036 0.062 0.664 90.909 88.636 0.580 LGA I 284 I 284 0.409 0 0.013 0.076 0.438 100.000 100.000 0.242 LGA D 285 D 285 0.558 0 0.025 0.972 3.249 95.455 72.955 3.249 LGA K 286 K 286 0.540 0 0.000 0.256 1.313 81.818 80.000 1.313 LGA E 287 E 287 0.650 0 0.017 0.316 1.903 86.364 78.586 0.929 LGA Q 288 Q 288 0.426 0 0.018 0.579 1.739 95.455 78.990 1.449 LGA F 289 F 289 0.240 0 0.027 0.142 0.604 100.000 95.041 0.526 LGA Q 290 Q 290 0.495 0 0.023 0.805 2.864 100.000 75.556 2.864 LGA Q 291 Q 291 0.396 0 0.033 0.086 0.588 100.000 93.939 0.581 LGA S 292 S 292 0.202 0 0.050 0.060 0.342 100.000 100.000 0.175 LGA Q 293 Q 293 0.441 0 0.000 0.229 0.811 90.909 89.899 0.811 LGA V 294 V 294 0.698 0 0.029 0.052 0.875 81.818 81.818 0.875 LGA K 295 K 295 0.368 0 0.052 0.159 0.732 90.909 93.939 0.519 LGA I 296 I 296 0.691 0 0.027 0.065 1.025 77.727 82.045 0.507 LGA A 297 A 297 1.108 0 0.086 0.098 1.648 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.796 0 0.040 0.216 0.955 81.818 84.091 0.859 LGA K 299 K 299 1.542 0 0.040 0.183 2.871 54.545 45.859 2.871 LGA V 300 V 300 1.459 0 0.044 0.054 2.163 55.000 57.403 1.524 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.920 0.898 1.658 85.694 80.768 67.960 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 94.815 97.645 13.234 LGA_LOCAL RMSD: 0.920 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.920 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.920 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.274468 * X + 0.197205 * Y + 0.941158 * Z + 151.231613 Y_new = -0.822802 * X + -0.458371 * Y + 0.335996 * Z + 149.375916 Z_new = 0.497659 * X + -0.866606 * Y + 0.036453 * Z + 138.926712 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.248827 -0.520898 -1.528757 [DEG: -71.5525 -29.8452 -87.5913 ] ZXZ: 1.913696 1.534335 2.620313 [DEG: 109.6467 87.9109 150.1329 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS241_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS241_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.645 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS241_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 153.878 184.976 153.325 1.00 87.14 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.305 185.702 154.466 1.00 87.19 C ATOM 1347 C GLY 165 151.785 185.576 154.604 1.00 88.47 C ATOM 1348 O GLY 165 151.171 186.335 155.353 1.00 86.03 O ATOM 1349 N LYS 166 151.152 184.633 153.903 1.00 88.36 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.714 184.374 154.020 1.00 88.31 C ATOM 1351 C LYS 166 149.415 183.570 155.290 1.00 89.07 C ATOM 1352 O LYS 166 150.158 182.659 155.655 1.00 87.36 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.173 183.676 152.755 1.00 87.30 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.325 184.532 151.480 1.00 84.55 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.750 183.861 150.227 1.00 81.42 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.929 184.779 149.011 1.00 76.62 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.385 184.235 147.742 1.00 69.30 N ATOM 1358 N TRP 167 148.299 183.877 155.938 1.00 89.63 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.838 183.145 157.121 1.00 90.33 C ATOM 1360 C TRP 167 147.053 181.897 156.711 1.00 89.87 C ATOM 1361 O TRP 167 145.943 181.991 156.186 1.00 87.06 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.015 184.071 158.008 1.00 89.57 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.671 183.461 159.327 1.00 89.75 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.531 182.806 159.625 1.00 86.85 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.506 183.407 160.527 1.00 88.25 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.591 182.354 160.939 1.00 86.55 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.784 182.703 161.523 1.00 87.58 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.786 183.891 160.856 1.00 87.41 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.320 182.476 162.810 1.00 87.10 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.317 183.669 162.135 1.00 85.52 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.587 182.964 163.096 1.00 85.02 C ATOM 1372 N ILE 168 147.618 180.728 156.969 1.00 87.41 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.089 179.422 156.553 1.00 85.97 C ATOM 1374 C ILE 168 146.467 178.637 157.720 1.00 84.94 C ATOM 1375 O ILE 168 145.756 177.654 157.520 1.00 79.51 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.220 178.625 155.850 1.00 82.83 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.923 179.428 154.724 1.00 77.89 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.715 177.296 155.272 1.00 75.71 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.993 179.908 153.601 1.00 71.81 C ATOM 1380 N SER 169 146.721 179.070 158.945 1.00 84.52 N ATOM 1381 CA SER 169 146.224 178.419 160.158 1.00 83.15 C ATOM 1382 C SER 169 144.732 178.692 160.409 1.00 82.37 C ATOM 1383 O SER 169 144.050 179.286 159.575 1.00 76.12 O ATOM 1384 CB SER 169 147.117 178.829 161.331 1.00 79.73 C ATOM 1385 OG SER 169 147.001 177.900 162.374 1.00 74.58 O ATOM 1386 N GLY 170 144.215 178.232 161.554 1.00 79.27 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.806 178.366 161.914 1.00 78.61 C ATOM 1388 C GLY 170 142.390 179.794 162.275 1.00 81.38 C ATOM 1389 O GLY 170 142.410 180.690 161.441 1.00 77.97 O ATOM 1390 N LEU 171 142.009 180.005 163.546 1.00 83.39 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.613 181.323 164.039 1.00 83.47 C ATOM 1392 C LEU 171 142.778 182.310 163.939 1.00 84.64 C ATOM 1393 O LEU 171 143.905 181.986 164.319 1.00 82.70 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.120 181.207 165.492 1.00 80.42 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.780 180.459 165.639 1.00 76.28 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.551 180.072 167.093 1.00 69.82 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.598 181.319 165.178 1.00 68.77 C ATOM 1398 N ALA 172 142.475 183.514 163.464 1.00 86.64 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.419 184.616 163.513 1.00 87.00 C ATOM 1400 C ALA 172 143.789 184.938 164.976 1.00 87.99 C ATOM 1401 O ALA 172 142.948 184.768 165.867 1.00 86.21 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.804 185.824 162.796 1.00 85.13 C ATOM 1403 N PRO 173 145.016 185.384 165.255 1.00 89.06 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.393 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1.00 87.85 O ATOM 1422 N GLY 175 143.499 190.675 167.964 1.00 89.58 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.961 191.924 167.359 1.00 89.62 C ATOM 1424 C GLY 175 144.009 191.910 165.832 1.00 90.95 C ATOM 1425 O GLY 175 144.121 192.968 165.217 1.00 88.33 O ATOM 1426 N TYR 176 143.893 190.738 165.212 1.00 91.86 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.881 190.580 163.764 1.00 92.22 C ATOM 1428 C TYR 176 142.649 189.825 163.271 1.00 92.10 C ATOM 1429 O TYR 176 142.114 188.941 163.937 1.00 90.40 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.154 189.868 163.303 1.00 92.16 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.421 190.668 163.471 1.00 92.71 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.758 191.668 162.545 1.00 87.59 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.292 190.409 164.545 1.00 87.73 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.948 192.394 162.673 1.00 86.44 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.486 191.131 164.686 1.00 86.76 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.814 192.121 163.742 1.00 90.79 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.983 192.822 163.868 1.00 89.79 O ATOM 1438 N GLN 177 142.236 190.126 162.042 1.00 91.21 N ATOM 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