####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS235_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS235_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 56 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 104 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 59 83 123 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 90 120 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 36 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 78 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 78 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 63 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 63 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 76 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 76 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 65 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 59 116 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 70 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 32 122 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 8 16 68 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 117 126 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 86.67 93.33 94.81 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.50 0.64 0.69 0.82 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 1.07 0.98 0.94 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.517 0 0.031 0.031 0.634 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.448 0 0.000 0.109 1.449 100.000 88.081 1.449 LGA W 167 W 167 0.208 0 0.212 0.152 0.624 95.455 94.805 0.586 LGA I 168 I 168 0.846 0 0.146 1.573 3.147 81.818 61.136 2.767 LGA S 169 S 169 0.832 0 0.132 0.160 1.374 77.727 76.364 1.210 LGA G 170 G 170 0.614 0 0.030 0.030 0.614 86.364 86.364 - LGA L 171 L 171 0.860 0 0.063 0.898 5.534 81.818 50.455 5.519 LGA A 172 A 172 0.730 0 0.019 0.028 0.835 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.529 0 0.019 0.123 0.747 90.909 87.013 0.747 LGA Y 174 Y 174 0.304 0 0.056 0.228 1.239 95.455 89.545 1.239 LGA G 175 G 175 0.499 0 0.095 0.095 0.499 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.572 0 0.029 0.164 0.879 86.364 89.394 0.546 LGA Q 177 Q 177 0.902 0 0.060 0.566 1.790 81.818 76.566 1.411 LGA L 178 L 178 0.736 0 0.072 0.197 1.300 73.636 75.682 1.300 LGA N 179 N 179 1.447 0 0.173 0.633 4.775 65.455 39.091 4.775 LGA K 180 K 180 3.153 0 0.316 0.976 12.801 29.545 13.333 12.801 LGA K 181 K 181 2.333 0 0.433 0.938 10.910 51.364 23.434 10.910 LGA T 182 T 182 1.007 0 0.000 1.131 3.364 78.182 66.234 3.364 LGA S 183 S 183 0.837 0 0.131 0.126 1.021 86.364 82.121 1.021 LGA K 184 K 184 0.668 0 0.060 0.788 2.652 81.818 75.960 2.652 LGA L 185 L 185 0.558 0 0.054 0.070 0.889 81.818 90.909 0.278 LGA D 186 D 186 0.572 0 0.067 0.117 0.934 81.818 88.636 0.497 LGA P 187 P 187 0.676 0 0.000 0.095 1.598 70.000 75.065 0.654 LGA V 188 V 188 1.061 0 0.038 0.036 1.306 73.636 70.130 1.306 LGA E 189 E 189 1.025 0 0.047 0.832 3.061 73.636 60.202 2.928 LGA D 190 D 190 0.969 0 0.021 0.046 1.496 81.818 73.636 1.496 LGA E 191 E 191 0.741 0 0.000 0.056 1.448 86.364 78.384 1.448 LGA A 192 A 192 0.302 0 0.031 0.038 0.442 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.487 0 0.068 0.165 1.792 100.000 82.828 1.792 LGA V 194 V 194 0.399 0 0.000 0.040 0.468 100.000 100.000 0.410 LGA V 195 V 195 0.144 0 0.000 0.046 0.335 100.000 100.000 0.121 LGA Q 196 Q 196 0.342 0 0.033 0.283 1.400 100.000 90.303 1.400 LGA L 197 L 197 0.394 0 0.006 0.042 0.562 100.000 95.455 0.562 LGA I 198 I 198 0.210 0 0.031 0.101 0.328 100.000 100.000 0.278 LGA F 199 F 199 0.278 0 0.014 0.033 0.398 100.000 100.000 0.095 LGA N 200 N 200 0.463 0 0.026 0.826 2.001 100.000 81.591 1.695 LGA I 201 I 201 0.369 0 0.018 0.077 0.413 100.000 100.000 0.322 LGA F 202 F 202 0.349 0 0.009 0.073 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA L 203 L 203 0.574 0 0.069 0.152 1.261 95.455 84.545 1.059 LGA N 204 N 204 0.488 0 0.015 0.072 1.241 95.455 82.500 1.191 LGA G 205 G 205 0.188 0 0.036 0.036 0.315 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.530 0 0.042 1.336 2.964 86.364 72.045 2.358 LGA N 207 N 207 1.193 0 0.029 0.113 1.344 69.545 67.500 1.324 LGA G 208 G 208 1.304 0 0.117 0.117 1.895 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.421 0 0.086 0.261 3.902 65.455 45.253 3.902 LGA D 210 D 210 1.334 0 0.045 0.143 1.655 65.455 65.682 0.992 LGA Y 211 Y 211 1.794 0 0.057 0.538 1.991 50.909 50.909 1.703 LGA S 212 S 212 2.409 0 0.630 0.812 6.096 36.364 25.152 6.096 LGA Y 213 Y 213 2.782 0 0.137 1.604 14.389 45.455 15.303 14.389 LGA A 215 A 215 0.860 0 0.160 0.169 1.850 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.286 0 0.000 0.146 0.556 100.000 97.727 0.484 LGA A 217 A 217 0.267 0 0.032 0.055 0.338 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.368 0 0.000 0.074 0.945 100.000 93.939 0.945 LGA H 219 H 219 0.257 0 0.031 0.097 0.580 100.000 96.364 0.580 LGA L 220 L 220 0.252 0 0.000 0.109 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA T 221 T 221 0.112 0 0.000 0.027 0.196 100.000 100.000 0.051 LGA N 222 N 222 0.197 0 0.029 0.135 0.414 100.000 100.000 0.361 LGA L 223 L 223 0.474 0 0.034 0.071 0.807 95.455 88.636 0.667 LGA Q 224 Q 224 0.374 0 0.044 0.204 1.088 100.000 90.101 0.683 LGA I 225 I 225 0.428 0 0.054 0.094 0.588 100.000 97.727 0.349 LGA P 226 P 226 0.345 0 0.039 0.092 0.837 95.455 92.208 0.837 LGA T 227 T 227 0.437 0 0.030 0.096 0.568 100.000 97.403 0.568 LGA P 228 P 228 0.475 0 0.044 0.077 0.475 100.000 100.000 0.447 LGA S 229 S 229 0.457 0 0.052 0.050 0.602 95.455 93.939 0.553 LGA G 230 G 230 0.556 0 0.030 0.030 0.860 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.320 0 0.013 0.513 1.180 100.000 92.121 1.180 LGA K 232 K 232 0.298 0 0.106 0.202 0.910 95.455 91.919 0.910 LGA R 233 R 233 0.402 0 0.065 1.238 5.254 95.455 60.496 4.496 LGA W 234 W 234 0.242 0 0.044 0.153 0.571 100.000 97.403 0.571 LGA N 235 N 235 0.642 0 0.104 0.650 1.805 81.818 73.864 1.327 LGA Q 236 Q 236 0.605 0 0.000 0.818 2.862 81.818 66.263 2.862 LGA Y 237 Y 237 0.690 0 0.049 0.148 1.122 81.818 79.091 1.122 LGA T 238 T 238 0.450 0 0.030 0.081 0.502 95.455 97.403 0.411 LGA I 239 I 239 0.457 0 0.046 0.122 0.501 95.455 97.727 0.364 LGA K 240 K 240 0.806 0 0.030 0.170 3.541 81.818 56.768 3.541 LGA A 241 A 241 0.625 0 0.065 0.073 0.683 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.196 0 0.035 0.102 0.295 100.000 100.000 0.116 LGA L 243 L 243 0.323 0 0.033 0.068 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA Q 244 Q 244 0.435 0 0.023 0.168 0.933 90.909 89.899 0.625 LGA N 245 N 245 0.489 0 0.053 0.100 0.577 95.455 95.455 0.411 LGA E 246 E 246 0.407 0 0.046 0.750 1.975 100.000 85.051 1.518 LGA V 247 V 247 0.321 0 0.027 0.057 0.369 100.000 100.000 0.251 LGA Y 248 Y 248 0.338 0 0.061 0.189 1.381 100.000 88.333 1.381 LGA I 249 I 249 0.317 0 0.019 0.060 0.713 100.000 93.182 0.713 LGA G 250 G 250 0.182 0 0.033 0.033 0.317 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.432 0 0.086 0.101 0.561 95.455 97.403 0.364 LGA V 252 V 252 0.567 0 0.009 0.115 0.942 81.818 81.818 0.942 LGA K 253 K 253 0.378 0 0.030 0.065 1.028 95.455 88.081 1.028 LGA Y 254 Y 254 0.743 0 0.067 0.264 2.534 86.364 62.273 2.534 LGA K 255 K 255 0.610 0 0.087 0.922 5.475 86.364 55.354 5.475 LGA V 256 V 256 0.881 0 0.052 0.066 1.023 81.818 79.481 0.759 LGA R 257 R 257 0.807 0 0.047 1.036 4.515 77.727 59.174 2.857 LGA E 258 E 258 0.882 0 0.022 0.617 3.469 73.636 49.899 3.469 LGA K 259 K 259 1.250 0 0.025 0.739 2.039 65.455 59.192 1.670 LGA T 260 T 260 1.546 0 0.028 0.133 1.953 54.545 59.221 1.407 LGA K 261 K 261 2.765 0 0.036 0.191 5.003 30.000 19.798 5.003 LGA D 262 D 262 2.103 0 0.076 1.095 3.337 48.182 38.182 3.013 LGA G 263 G 263 1.554 0 0.044 0.044 1.667 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 0.748 0 0.085 0.461 2.625 77.727 76.162 2.625 LGA R 265 R 265 0.827 0 0.039 0.857 3.905 81.818 62.810 3.905 LGA T 266 T 266 0.709 0 0.039 0.068 1.074 77.727 82.078 0.689 LGA I 267 I 267 0.492 0 0.004 0.089 1.003 86.364 82.045 1.003 LGA R 268 R 268 0.456 0 0.030 1.014 2.729 100.000 81.322 2.729 LGA P 269 P 269 0.550 0 0.030 0.053 0.762 81.818 81.818 0.762 LGA E 270 E 270 0.514 0 0.000 0.278 0.815 81.818 85.859 0.815 LGA K 271 K 271 0.847 0 0.054 0.747 4.266 81.818 54.747 4.266 LGA E 272 E 272 0.480 0 0.094 0.136 1.643 95.455 80.808 1.643 LGA Q 273 Q 273 0.585 0 0.030 0.119 0.722 81.818 81.818 0.525 LGA I 274 I 274 0.415 0 0.039 0.101 1.097 95.455 88.864 1.097 LGA V 275 V 275 0.202 0 0.051 0.095 0.510 95.455 97.403 0.435 LGA V 276 V 276 0.312 0 0.042 0.033 0.410 100.000 100.000 0.340 LGA Q 277 Q 277 0.312 0 0.043 0.598 2.602 100.000 79.596 2.602 LGA D 278 D 278 0.229 0 0.096 0.239 0.870 100.000 95.455 0.870 LGA A 279 A 279 0.282 0 0.031 0.052 0.352 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.212 0 0.039 0.137 0.379 100.000 100.000 0.078 LGA A 281 A 281 0.232 0 0.024 0.024 0.364 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.155 0 0.037 0.061 0.401 100.000 100.000 0.372 LGA I 283 I 283 0.262 0 0.064 0.087 0.745 95.455 93.182 0.745 LGA I 284 I 284 0.338 0 0.012 0.048 0.577 95.455 95.455 0.577 LGA D 285 D 285 0.968 0 0.066 0.830 3.024 81.818 62.500 2.467 LGA K 286 K 286 1.004 0 0.000 0.222 1.566 77.727 69.293 1.566 LGA E 287 E 287 1.032 0 0.034 0.352 2.233 73.636 67.879 1.012 LGA Q 288 Q 288 0.778 0 0.023 0.695 2.792 81.818 64.040 1.773 LGA F 289 F 289 0.667 0 0.034 0.154 1.021 81.818 80.331 0.928 LGA Q 290 Q 290 0.905 0 0.054 0.839 3.037 81.818 66.465 3.037 LGA Q 291 Q 291 0.735 0 0.039 0.110 0.864 81.818 81.818 0.739 LGA S 292 S 292 0.547 0 0.058 0.679 2.860 81.818 72.727 2.860 LGA Q 293 Q 293 0.784 0 0.000 0.308 1.651 81.818 73.131 1.651 LGA V 294 V 294 0.843 0 0.049 0.070 1.035 81.818 77.143 1.003 LGA K 295 K 295 0.308 0 0.047 0.184 0.630 95.455 95.960 0.630 LGA I 296 I 296 0.621 0 0.029 0.101 1.026 82.273 84.318 0.795 LGA A 297 A 297 1.216 0 0.070 0.071 1.540 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.460 0 0.174 0.196 2.522 65.000 62.045 1.565 LGA K 299 K 299 3.169 0 0.413 0.661 11.742 36.364 16.364 11.742 LGA V 300 V 300 2.384 0 0.126 0.127 3.464 27.727 23.636 3.392 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.924 0.891 1.811 85.310 78.948 62.643 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.370 97.940 13.183 LGA_LOCAL RMSD: 0.924 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.924 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.924 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.376531 * X + -0.258932 * Y + -0.889482 * Z + 144.472336 Y_new = 0.046971 * X + 0.953574 * Y + -0.297473 * Z + 174.511459 Z_new = 0.925212 * X + -0.153788 * Y + -0.346888 * Z + 174.090302 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 3.017488 -1.181595 -2.724296 [DEG: 172.8893 -67.7004 -156.0906 ] ZXZ: -1.248055 1.925048 1.735509 [DEG: -71.5083 110.2971 99.4373 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS235_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS235_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.940 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS235_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.738 184.995 153.178 1.00 91.21 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.338 185.760 154.348 1.00 91.21 C ATOM 1347 C GLY 165 151.838 185.771 154.570 1.00 91.21 C ATOM 1348 O GLY 165 151.321 186.608 155.312 1.00 91.21 O ATOM 1349 N LYS 166 151.091 184.871 153.835 1.00 92.94 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.647 184.744 154.002 1.00 92.94 C ATOM 1351 C LYS 166 149.307 183.911 155.234 1.00 92.94 C ATOM 1352 CB LYS 166 149.015 184.121 152.756 1.00 92.94 C ATOM 1353 O LYS 166 150.092 183.056 155.648 1.00 92.94 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.189 184.950 151.492 1.00 92.94 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.527 184.285 150.292 1.00 92.94 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.691 185.120 149.029 1.00 92.94 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.077 184.455 147.842 1.00 92.94 N ATOM 1358 N TRP 167 148.180 184.209 155.846 1.00 92.93 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.744 183.516 157.054 1.00 92.93 C ATOM 1360 C TRP 167 146.973 182.247 156.706 1.00 92.93 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.875 184.434 157.917 1.00 92.93 C ATOM 1362 O TRP 167 145.911 182.310 156.083 1.00 92.93 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.426 183.813 159.206 1.00 92.93 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.191 183.297 159.485 1.00 92.93 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.208 183.647 160.393 1.00 92.93 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.381 183.022 161.353 1.00 92.93 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.527 183.966 160.737 1.00 92.93 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.158 182.820 160.774 1.00 92.93 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.130 183.032 162.948 1.00 92.93 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 146.834 182.708 162.637 1.00 92.93 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 148.976 183.653 162.016 1.00 92.93 C ATOM 1372 N ILE 168 147.522 180.999 157.138 1.00 87.38 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.931 179.724 156.747 1.00 87.38 C ATOM 1374 C ILE 168 146.598 178.906 157.992 1.00 87.38 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.873 178.926 155.818 1.00 87.38 C ATOM 1376 O ILE 168 146.174 177.753 157.890 1.00 87.38 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.245 178.744 156.477 1.00 87.38 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 148.005 179.619 154.458 1.00 87.38 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.086 177.635 155.859 1.00 87.38 C ATOM 1380 N SER 169 146.814 179.446 159.230 1.00 83.00 N ATOM 1381 CA SER 169 146.730 178.673 160.465 1.00 83.00 C ATOM 1382 C SER 169 145.336 178.761 161.078 1.00 83.00 C ATOM 1383 CB SER 169 147.770 179.159 161.474 1.00 83.00 C ATOM 1384 O SER 169 145.155 178.486 162.265 1.00 83.00 O ATOM 1385 OG SER 169 149.084 178.904 161.005 1.00 83.00 O ATOM 1386 N GLY 170 144.226 178.967 160.287 1.00 84.14 N ATOM 1387 CA GLY 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