####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS235_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS235_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.12 1.12 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.12 1.12 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.94 1.17 LCS_AVERAGE: 65.53 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 71 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 70 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 56 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 15 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 4 108 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 13 18 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 4 99 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 9 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 58 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 58 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 70 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 68 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 55 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 33 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 33 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 65 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 5 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 3 109 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 11 30 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 5 11 81 108 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 32 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 74 110 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290 Q 290 70 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 70 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 70 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 70 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 70 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 70 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 70 135 135 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 70 135 135 63 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 70 135 135 71 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 70 135 135 15 57 123 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 38 135 135 3 3 3 3 127 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 88.51 ( 65.53 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 74 110 124 128 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.81 81.48 91.85 94.81 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.68 0.77 0.86 1.01 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 GDT RMS_ALL_AT 1.44 1.31 1.19 1.16 1.14 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 # Checking swapping # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: D 285 D 285 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.511 0 0.043 0.043 0.555 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.547 0 0.031 0.109 1.366 81.818 76.364 1.366 LGA W 167 W 167 0.434 0 0.201 0.160 0.664 95.455 88.312 0.660 LGA I 168 I 168 0.928 0 0.136 1.570 3.725 77.727 58.636 3.725 LGA S 169 S 169 1.401 0 0.508 0.501 2.701 60.000 54.848 2.194 LGA G 170 G 170 1.543 0 0.154 0.154 1.769 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.260 0 0.060 1.321 6.347 65.455 41.818 3.765 LGA A 172 A 172 0.919 0 0.021 0.029 1.022 73.636 75.273 - LGA P 173 P 173 0.738 0 0.014 0.152 0.791 81.818 81.818 0.631 LGA Y 174 Y 174 0.720 0 0.055 0.233 1.586 81.818 76.515 1.586 LGA G 175 G 175 0.752 0 0.089 0.089 0.752 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.873 0 0.029 0.166 1.069 77.727 83.485 0.619 LGA Q 177 Q 177 1.223 0 0.068 0.353 1.680 69.545 65.657 1.207 LGA L 178 L 178 0.888 0 0.139 0.225 1.666 73.636 69.773 1.666 LGA N 179 N 179 1.194 0 0.189 0.744 5.015 69.545 40.909 5.015 LGA K 180 K 180 3.562 0 0.306 0.966 13.098 23.636 10.505 13.098 LGA K 181 K 181 1.868 0 0.426 1.191 12.386 65.909 30.505 12.386 LGA T 182 T 182 0.832 0 0.011 1.115 3.325 86.364 72.987 3.325 LGA S 183 S 183 0.936 0 0.167 0.144 1.260 82.273 76.667 1.251 LGA K 184 K 184 0.836 0 0.076 0.858 3.060 77.727 65.859 3.060 LGA L 185 L 185 0.636 0 0.085 0.100 0.905 81.818 90.909 0.234 LGA D 186 D 186 0.515 0 0.062 0.131 1.003 77.727 88.864 0.174 LGA P 187 P 187 0.670 0 0.033 0.095 1.571 70.000 75.065 0.518 LGA V 188 V 188 1.126 0 0.059 0.045 1.369 69.545 67.792 1.369 LGA E 189 E 189 1.191 0 0.050 0.203 1.470 65.455 65.455 1.470 LGA D 190 D 190 1.326 0 0.033 0.056 2.140 65.455 56.591 2.140 LGA E 191 E 191 0.966 0 0.000 0.000 1.647 77.727 69.293 1.647 LGA A 192 A 192 0.491 0 0.035 0.034 0.628 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.688 0 0.051 0.116 1.181 81.818 76.364 0.975 LGA V 194 V 194 0.544 0 0.019 0.068 0.811 90.909 87.013 0.715 LGA V 195 V 195 0.207 0 0.011 0.038 0.525 100.000 97.403 0.232 LGA Q 196 Q 196 0.325 0 0.029 0.235 1.332 100.000 90.303 1.224 LGA L 197 L 197 0.441 0 0.000 0.050 0.587 100.000 95.455 0.587 LGA I 198 I 198 0.151 0 0.023 0.072 0.316 100.000 100.000 0.216 LGA F 199 F 199 0.262 0 0.033 0.044 0.409 100.000 100.000 0.061 LGA N 200 N 200 0.442 0 0.011 0.847 2.079 100.000 81.591 1.668 LGA I 201 I 201 0.370 0 0.024 0.058 0.469 100.000 100.000 0.247 LGA F 202 F 202 0.400 0 0.000 0.072 0.730 95.455 93.388 0.730 LGA L 203 L 203 0.537 0 0.027 0.127 1.080 86.364 82.045 0.805 LGA N 204 N 204 0.531 0 0.030 0.061 1.041 90.909 82.273 1.041 LGA G 205 G 205 0.237 0 0.037 0.037 0.256 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.533 0 0.085 1.369 3.854 95.455 72.045 1.621 LGA N 207 N 207 0.849 0 0.050 0.131 0.877 81.818 81.818 0.877 LGA G 208 G 208 0.869 0 0.082 0.082 0.869 81.818 81.818 - LGA K 209 K 209 0.685 0 0.036 0.213 2.771 81.818 65.657 2.771 LGA D 210 D 210 0.734 0 0.122 0.253 0.776 81.818 81.818 0.770 LGA Y 211 Y 211 1.228 0 0.080 0.542 1.832 65.455 61.818 1.578 LGA S 212 S 212 1.991 0 0.647 0.787 5.813 48.636 34.242 5.813 LGA Y 213 Y 213 3.002 0 0.176 1.594 14.545 36.364 12.273 14.545 LGA A 215 A 215 0.854 0 0.200 0.212 1.915 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.382 0 0.000 0.169 0.618 100.000 95.455 0.618 LGA A 217 A 217 0.365 0 0.043 0.067 0.403 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.414 0 0.017 0.100 1.046 100.000 91.212 1.046 LGA H 219 H 219 0.316 0 0.024 0.095 0.639 100.000 94.545 0.639 LGA L 220 L 220 0.392 0 0.000 0.089 0.605 100.000 93.182 0.605 LGA T 221 T 221 0.212 0 0.000 0.033 0.267 100.000 100.000 0.254 LGA N 222 N 222 0.256 0 0.042 0.058 0.458 100.000 100.000 0.226 LGA L 223 L 223 0.578 0 0.044 0.109 0.978 86.364 84.091 0.899 LGA Q 224 Q 224 0.576 0 0.000 0.156 1.131 81.818 80.000 0.913 LGA I 225 I 225 0.699 0 0.049 0.088 0.779 81.818 84.091 0.395 LGA P 226 P 226 1.001 0 0.033 0.369 1.789 69.545 65.714 1.789 LGA T 227 T 227 1.085 0 0.037 0.106 1.375 65.455 65.455 1.375 LGA P 228 P 228 1.092 0 0.107 0.125 1.208 69.545 72.468 0.905 LGA S 229 S 229 1.592 0 0.149 0.146 1.617 54.545 53.333 1.516 LGA G 230 G 230 1.558 0 0.010 0.010 1.664 58.182 58.182 - LGA K 231 K 231 1.224 0 0.072 0.538 1.841 69.545 67.879 0.328 LGA K 232 K 232 1.079 0 0.175 0.296 2.910 73.636 60.202 2.910 LGA R 233 R 233 0.988 0 0.000 1.259 6.290 77.727 46.777 4.809 LGA W 234 W 234 0.335 0 0.042 0.128 0.556 100.000 98.701 0.492 LGA N 235 N 235 0.480 0 0.064 0.774 2.948 100.000 82.045 0.972 LGA Q 236 Q 236 0.537 0 0.000 0.768 2.801 86.364 66.465 2.623 LGA Y 237 Y 237 0.959 0 0.039 0.138 1.416 77.727 69.545 1.416 LGA T 238 T 238 0.577 0 0.000 0.055 0.626 81.818 81.818 0.614 LGA I 239 I 239 0.498 0 0.017 0.085 0.547 90.909 93.182 0.497 LGA K 240 K 240 0.979 0 0.029 0.175 4.088 81.818 53.535 4.088 LGA A 241 A 241 0.961 0 0.058 0.065 1.064 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.370 0 0.021 0.075 0.500 95.455 97.727 0.485 LGA L 243 L 243 0.319 0 0.062 0.105 0.580 95.455 97.727 0.358 LGA Q 244 Q 244 0.555 0 0.085 0.275 1.017 77.727 82.020 0.440 LGA N 245 N 245 0.632 0 0.024 0.043 0.760 81.818 81.818 0.603 LGA E 246 E 246 0.476 0 0.044 0.567 1.393 95.455 84.242 1.393 LGA V 247 V 247 0.381 0 0.021 0.050 0.430 100.000 100.000 0.296 LGA Y 248 Y 248 0.356 0 0.048 0.193 1.434 100.000 88.333 1.434 LGA I 249 I 249 0.305 0 0.000 0.057 0.787 100.000 93.182 0.787 LGA G 250 G 250 0.234 0 0.028 0.028 0.492 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.398 0 0.035 0.045 0.527 100.000 97.403 0.334 LGA V 252 V 252 0.612 0 0.049 0.148 0.963 86.364 84.416 0.963 LGA K 253 K 253 0.505 0 0.083 0.125 0.891 81.818 83.838 0.859 LGA Y 254 Y 254 0.575 0 0.050 0.268 2.116 95.455 70.758 2.116 LGA K 255 K 255 0.353 0 0.023 0.560 2.501 90.909 72.929 1.923 LGA V 256 V 256 0.632 0 0.074 0.102 0.997 81.818 81.818 0.552 LGA R 257 R 257 0.614 0 0.099 1.041 4.849 81.818 59.008 3.176 LGA E 258 E 258 0.709 0 0.063 0.235 1.017 81.818 80.000 1.017 LGA K 259 K 259 1.593 0 0.061 0.153 3.400 51.364 39.394 3.400 LGA T 260 T 260 2.722 0 0.000 0.113 3.168 25.455 26.234 2.606 LGA K 261 K 261 4.225 0 0.026 0.181 6.887 6.818 3.434 6.887 LGA D 262 D 262 3.654 0 0.033 0.992 4.321 16.818 12.500 4.321 LGA G 263 G 263 2.747 0 0.025 0.025 3.000 30.455 30.455 - LGA K 264 K 264 1.574 0 0.095 0.360 2.585 54.545 56.364 2.585 LGA R 265 R 265 1.080 0 0.112 0.970 5.474 70.000 42.975 5.474 LGA T 266 T 266 0.717 0 0.044 0.081 1.186 86.364 82.078 0.844 LGA I 267 I 267 0.351 0 0.000 0.064 0.871 100.000 95.455 0.871 LGA R 268 R 268 0.364 0 0.018 0.985 2.390 100.000 85.455 2.057 LGA P 269 P 269 0.788 0 0.011 0.064 0.869 81.818 81.818 0.869 LGA E 270 E 270 0.948 0 0.034 0.791 3.072 81.818 63.434 3.072 LGA K 271 K 271 1.153 0 0.079 0.726 4.366 73.636 49.697 4.296 LGA E 272 E 272 0.591 0 0.108 0.128 1.787 90.909 76.970 1.787 LGA Q 273 Q 273 0.344 0 0.023 0.082 0.764 100.000 91.919 0.764 LGA I 274 I 274 0.413 0 0.048 0.108 0.951 90.909 93.182 0.951 LGA V 275 V 275 0.245 0 0.052 0.079 0.381 100.000 100.000 0.381 LGA V 276 V 276 0.419 0 0.046 0.046 0.660 100.000 92.208 0.625 LGA Q 277 Q 277 0.356 0 0.048 0.590 2.783 100.000 79.596 2.783 LGA D 278 D 278 0.438 0 0.072 0.239 0.968 100.000 93.182 0.968 LGA A 279 A 279 0.523 0 0.031 0.054 0.610 90.909 89.091 - LGA H 280 H 280 0.320 0 0.027 0.171 0.636 100.000 94.545 0.174 LGA A 281 A 281 0.383 0 0.024 0.023 0.526 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.166 0 0.033 0.080 0.314 100.000 100.000 0.224 LGA I 283 I 283 0.161 0 0.032 0.074 0.457 100.000 100.000 0.457 LGA I 284 I 284 0.253 0 0.014 0.073 0.505 95.455 97.727 0.318 LGA D 285 D 285 0.725 0 0.059 0.808 3.265 81.818 62.045 3.000 LGA K 286 K 286 0.812 0 0.000 0.267 1.450 81.818 78.182 1.450 LGA E 287 E 287 0.968 0 0.022 0.384 1.906 81.818 76.566 0.862 LGA Q 288 Q 288 0.711 0 0.020 0.316 2.028 81.818 70.101 2.028 LGA F 289 F 289 0.742 0 0.021 0.113 0.983 81.818 81.818 0.898 LGA Q 290 Q 290 1.006 0 0.029 1.268 3.292 77.727 57.172 3.047 LGA Q 291 Q 291 0.847 0 0.033 0.094 0.933 81.818 81.818 0.823 LGA S 292 S 292 0.752 0 0.052 0.706 3.001 81.818 71.212 3.001 LGA Q 293 Q 293 0.964 0 0.025 0.253 1.529 73.636 71.111 1.529 LGA V 294 V 294 1.149 0 0.040 0.067 1.313 69.545 67.792 1.310 LGA K 295 K 295 0.607 0 0.065 0.156 0.818 81.818 91.919 0.376 LGA I 296 I 296 0.836 0 0.027 0.078 1.134 73.636 77.727 0.872 LGA A 297 A 297 1.354 0 0.120 0.127 1.806 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.531 0 0.033 0.199 1.594 81.818 73.864 1.594 LGA K 299 K 299 1.871 0 0.228 0.205 12.870 66.818 30.303 12.870 LGA V 300 V 300 3.929 0 0.086 0.080 7.481 19.545 11.169 7.481 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.121 1.066 1.971 81.000 74.712 61.314 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.12 94.074 97.232 11.056 LGA_LOCAL RMSD: 1.121 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.121 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.121 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.080333 * X + -0.835845 * Y + 0.543055 * Z + 147.603897 Y_new = -0.985142 * X + -0.016392 * Y + -0.170959 * Z + 165.000977 Z_new = 0.151797 * X + -0.548720 * Y + -0.822110 * Z + 171.986298 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.652161 -0.152386 -2.553045 [DEG: -94.6618 -8.7311 -146.2787 ] ZXZ: 1.265809 2.535903 2.871705 [DEG: 72.5255 145.2965 164.5365 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS235_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS235_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.12 97.232 1.12 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS235_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.737 184.866 153.408 1.00 97.88 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.266 185.599 154.572 1.00 97.87 C ATOM 1347 C GLY 165 151.755 185.621 154.693 1.00 97.75 C ATOM 1348 O GLY 165 151.190 186.510 155.335 1.00 97.19 O ATOM 1349 N LYS 166 151.024 184.721 154.036 1.00 98.18 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.578 184.560 154.174 1.00 98.14 C ATOM 1351 C LYS 166 149.231 183.779 155.438 1.00 98.03 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.997 183.857 152.946 1.00 97.96 C ATOM 1353 O LYS 166 149.917 182.817 155.787 1.00 97.73 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.042 184.693 151.676 1.00 97.26 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.477 183.929 150.484 1.00 96.64 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.536 184.759 149.208 1.00 94.84 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.079 183.979 148.019 1.00 92.52 N ATOM 1358 N TRP 167 148.142 184.124 156.100 1.00 97.60 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.657 183.451 157.300 1.00 97.54 C ATOM 1360 C TRP 167 146.910 182.170 156.943 1.00 96.66 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.745 184.380 158.107 1.00 97.44 C ATOM 1362 O TRP 167 145.853 182.218 156.308 1.00 94.35 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.326 183.821 159.434 1.00 96.75 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.106 183.294 159.758 1.00 95.17 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.126 183.737 160.616 1.00 94.99 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.328 183.148 161.621 1.00 94.82 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.445 184.102 160.925 1.00 94.23 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.101 182.887 161.072 1.00 94.36 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.096 183.282 163.188 1.00 93.52 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 146.804 182.915 162.914 1.00 93.75 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 148.916 183.870 162.211 1.00 93.62 C ATOM 1372 N ILE 168 147.424 181.006 157.338 1.00 96.19 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.932 179.695 156.926 1.00 95.19 C ATOM 1374 C ILE 168 146.310 178.979 158.123 1.00 92.57 C ATOM 1375 CB ILE 168 148.059 178.836 156.313 1.00 93.38 C ATOM 1376 O ILE 168 145.879 177.829 158.011 1.00 87.69 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.218 178.686 157.307 1.00 82.50 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 148.545 179.443 154.994 1.00 82.36 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.208 177.589 156.942 1.00 78.78 C ATOM 1380 N SER 169 146.512 179.573 159.278 1.00 88.33 N ATOM 1381 CA SER 169 145.872 179.054 160.482 1.00 84.27 C ATOM 1382 C SER 169 144.405 179.466 160.550 1.00 81.09 C ATOM 1383 CB SER 169 146.605 179.542 161.733 1.00 80.97 C ATOM 1384 O SER 169 143.999 180.442 159.916 1.00 73.52 O ATOM 1385 OG SER 169 147.965 179.146 161.704 1.00 73.06 O ATOM 1386 N GLY 170 143.444 178.674 161.119 1.00 84.58 N ATOM 1387 CA GLY 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CA GLN 177 140.855 190.009 161.123 1.00 98.55 C ATOM 1440 C GLN 177 141.532 189.468 159.866 1.00 98.47 C ATOM 1441 CB GLN 177 139.663 190.887 160.740 1.00 98.45 C ATOM 1442 O GLN 177 142.522 190.033 159.395 1.00 98.27 O ATOM 1443 CG GLN 177 140.036 192.096 159.893 1.00 97.77 C ATOM 1444 CD GLN 177 138.838 192.957 159.538 1.00 96.79 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 139.071 194.001 158.751 1.00 96.01 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 137.713 192.684 159.967 1.00 96.02 O ATOM 1447 N LEU 178 141.091 188.348 159.364 1.00 97.86 N ATOM 1448 CA LEU 178 141.602 187.787 158.118 1.00 97.85 C ATOM 1449 C LEU 178 140.985 188.489 156.913 1.00 97.67 C ATOM 1450 CB LEU 178 141.315 186.284 158.050 1.00 97.41 C ATOM 1451 O LEU 178 139.791 188.341 156.647 1.00 97.13 O ATOM 1452 CG LEU 178 141.867 185.543 156.832 1.00 95.76 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.392 185.555 156.850 1.00 93.11 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.338 184.113 156.790 1.00 92.89 C ATOM 1455 N ASN 179 141.755 189.198 156.095 1.00 97.93 N ATOM 1456 CA ASN 179 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