####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS235_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS235_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 61 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 53 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 53 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 105 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 19 88 112 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 79 118 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 39 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 46 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 53 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 62 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 62 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 70 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 74 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 67 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 24 113 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 34 113 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 113 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 4 113 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 89 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 10 32 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 11 82 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 61 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 69 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 61 111 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 67 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 4 49 118 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 4 26 102 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 115 124 129 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 85.19 91.85 95.56 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.51 0.62 0.76 0.80 0.92 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 GDT RMS_ALL_AT 1.12 1.03 0.99 0.97 0.97 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.672 0 0.029 0.029 0.796 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.647 0 0.000 0.116 1.665 86.364 76.768 1.665 LGA W 167 W 167 0.428 0 0.206 0.148 0.638 95.455 90.909 0.570 LGA I 168 I 168 1.064 0 0.111 1.546 3.087 73.636 55.455 3.087 LGA S 169 S 169 0.969 0 0.139 0.165 1.449 77.727 73.636 1.278 LGA G 170 G 170 0.859 0 0.032 0.032 0.859 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.826 0 0.065 1.395 6.083 77.727 50.682 3.474 LGA A 172 A 172 0.657 0 0.018 0.026 0.839 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.459 0 0.019 0.135 0.563 95.455 94.805 0.563 LGA Y 174 Y 174 0.426 0 0.058 0.218 1.339 95.455 85.152 1.339 LGA G 175 G 175 0.538 0 0.091 0.091 0.538 86.364 86.364 - LGA Y 176 Y 176 0.629 0 0.029 0.175 0.918 81.818 86.364 0.591 LGA Q 177 Q 177 0.927 0 0.064 0.611 1.759 81.818 74.949 1.601 LGA L 178 L 178 0.792 0 0.073 0.207 1.440 73.636 71.591 1.440 LGA N 179 N 179 1.340 0 0.174 0.659 4.703 65.455 39.091 4.703 LGA K 180 K 180 3.127 0 0.310 0.973 12.769 29.545 13.333 12.769 LGA K 181 K 181 2.237 0 0.435 0.938 10.876 59.091 26.869 10.876 LGA T 182 T 182 0.917 0 0.015 1.134 3.453 82.273 68.571 3.453 LGA S 183 S 183 1.023 0 0.131 0.125 1.297 74.091 71.212 1.297 LGA K 184 K 184 0.806 0 0.067 0.791 2.510 77.727 70.303 2.510 LGA L 185 L 185 0.544 0 0.050 0.069 0.806 81.818 90.909 0.260 LGA D 186 D 186 0.557 0 0.064 0.105 0.906 81.818 88.636 0.421 LGA P 187 P 187 0.686 0 0.012 0.093 1.591 70.000 75.065 0.631 LGA V 188 V 188 1.100 0 0.041 0.035 1.343 69.545 67.792 1.343 LGA E 189 E 189 1.119 0 0.044 0.837 3.135 65.455 51.919 3.002 LGA D 190 D 190 1.069 0 0.024 0.049 1.639 73.636 67.727 1.639 LGA E 191 E 191 0.836 0 0.000 0.065 1.641 81.818 72.929 1.641 LGA A 192 A 192 0.331 0 0.036 0.040 0.489 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.523 0 0.069 0.155 1.789 95.455 80.808 1.789 LGA V 194 V 194 0.456 0 0.000 0.042 0.556 95.455 94.805 0.491 LGA V 195 V 195 0.191 0 0.000 0.051 0.379 100.000 100.000 0.181 LGA Q 196 Q 196 0.345 0 0.034 0.291 1.410 100.000 88.485 1.285 LGA L 197 L 197 0.399 0 0.000 0.044 0.581 100.000 93.182 0.581 LGA I 198 I 198 0.229 0 0.028 0.101 0.316 100.000 100.000 0.286 LGA F 199 F 199 0.288 0 0.016 0.037 0.383 100.000 100.000 0.131 LGA N 200 N 200 0.443 0 0.024 0.320 1.344 100.000 91.136 0.439 LGA I 201 I 201 0.323 0 0.007 0.072 0.365 100.000 100.000 0.283 LGA F 202 F 202 0.315 0 0.009 0.069 0.417 100.000 100.000 0.417 LGA L 203 L 203 0.518 0 0.067 0.148 1.194 95.455 86.591 0.991 LGA N 204 N 204 0.468 0 0.018 0.079 1.237 100.000 84.773 1.143 LGA G 205 G 205 0.188 0 0.040 0.040 0.297 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.461 0 0.044 1.332 3.065 90.909 71.364 2.352 LGA N 207 N 207 1.103 0 0.035 0.125 1.164 69.545 67.500 1.152 LGA G 208 G 208 1.226 0 0.112 0.112 1.713 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.285 0 0.090 0.209 3.242 65.455 51.313 3.242 LGA D 210 D 210 1.195 0 0.033 0.163 1.375 65.455 67.500 0.581 LGA Y 211 Y 211 1.723 0 0.063 0.515 1.913 54.545 52.121 1.694 LGA S 212 S 212 2.332 0 0.633 0.806 6.066 36.364 26.061 6.066 LGA Y 213 Y 213 2.844 0 0.136 1.607 14.413 45.455 15.303 14.413 LGA A 215 A 215 0.800 0 0.160 0.170 1.774 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.313 0 0.000 0.142 0.507 100.000 97.727 0.479 LGA A 217 A 217 0.365 0 0.033 0.056 0.387 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.314 0 0.000 0.074 0.898 100.000 93.939 0.898 LGA H 219 H 219 0.247 0 0.031 0.094 0.670 100.000 94.545 0.670 LGA L 220 L 220 0.251 0 0.000 0.102 0.444 100.000 100.000 0.444 LGA T 221 T 221 0.137 0 0.000 0.030 0.230 100.000 100.000 0.165 LGA N 222 N 222 0.224 0 0.032 0.133 0.476 100.000 100.000 0.370 LGA L 223 L 223 0.549 0 0.042 0.078 0.939 86.364 84.091 0.805 LGA Q 224 Q 224 0.428 0 0.043 0.165 1.092 95.455 88.081 0.793 LGA I 225 I 225 0.417 0 0.048 0.089 0.600 100.000 97.727 0.359 LGA P 226 P 226 0.403 0 0.034 0.077 0.709 95.455 89.610 0.709 LGA T 227 T 227 0.573 0 0.028 0.082 0.647 81.818 81.818 0.647 LGA P 228 P 228 0.543 0 0.050 0.082 0.543 86.364 92.208 0.454 LGA S 229 S 229 0.596 0 0.062 0.058 0.726 86.364 84.848 0.662 LGA G 230 G 230 0.602 0 0.036 0.036 0.786 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.428 0 0.013 0.514 1.148 95.455 90.101 1.148 LGA K 232 K 232 0.393 0 0.107 0.202 0.991 95.455 91.919 0.991 LGA R 233 R 233 0.512 0 0.055 1.103 6.279 86.364 44.959 4.449 LGA W 234 W 234 0.082 0 0.046 0.146 0.692 100.000 93.506 0.692 LGA N 235 N 235 0.379 0 0.067 0.699 2.679 100.000 82.045 2.679 LGA Q 236 Q 236 0.540 0 0.000 0.800 2.781 86.364 67.677 2.781 LGA Y 237 Y 237 0.705 0 0.050 0.150 1.216 81.818 77.727 1.216 LGA T 238 T 238 0.387 0 0.033 0.092 0.442 100.000 100.000 0.377 LGA I 239 I 239 0.449 0 0.044 0.133 0.541 95.455 95.455 0.449 LGA K 240 K 240 0.813 0 0.026 0.166 3.580 81.818 56.768 3.580 LGA A 241 A 241 0.654 0 0.065 0.072 0.728 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.141 0 0.031 0.098 0.252 100.000 100.000 0.250 LGA L 243 L 243 0.299 0 0.028 0.056 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA Q 244 Q 244 0.408 0 0.025 0.188 0.990 95.455 91.919 0.620 LGA N 245 N 245 0.429 0 0.053 0.113 0.578 100.000 97.727 0.330 LGA E 246 E 246 0.323 0 0.043 0.713 2.426 100.000 87.071 0.722 LGA V 247 V 247 0.263 0 0.023 0.055 0.385 100.000 100.000 0.275 LGA Y 248 Y 248 0.291 0 0.065 0.191 1.411 100.000 88.333 1.411 LGA I 249 I 249 0.255 0 0.018 0.062 0.626 100.000 95.455 0.626 LGA G 250 G 250 0.243 0 0.015 0.015 0.361 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.476 0 0.082 0.097 0.602 90.909 92.208 0.432 LGA V 252 V 252 0.613 0 0.002 0.115 0.962 81.818 81.818 0.962 LGA K 253 K 253 0.400 0 0.035 0.063 0.981 90.909 87.879 0.981 LGA Y 254 Y 254 0.642 0 0.067 0.284 2.438 86.364 66.818 2.438 LGA K 255 K 255 0.613 0 0.077 0.904 5.460 86.364 55.354 5.460 LGA V 256 V 256 0.871 0 0.051 0.062 0.968 81.818 81.818 0.772 LGA R 257 R 257 0.820 0 0.039 1.041 4.295 77.727 60.661 2.684 LGA E 258 E 258 0.928 0 0.046 0.324 1.988 73.636 69.293 1.988 LGA K 259 K 259 1.550 0 0.019 0.800 2.071 54.545 52.929 1.568 LGA T 260 T 260 1.898 0 0.034 0.117 2.373 44.545 47.273 1.695 LGA K 261 K 261 3.206 0 0.032 0.184 5.590 20.455 12.727 5.590 LGA D 262 D 262 2.409 0 0.078 1.106 3.636 38.636 31.136 3.322 LGA G 263 G 263 1.930 0 0.047 0.047 2.049 55.000 55.000 - LGA K 264 K 264 1.003 0 0.082 0.463 2.506 65.455 68.687 2.506 LGA R 265 R 265 0.965 0 0.037 0.951 4.695 77.727 55.868 4.695 LGA T 266 T 266 0.892 0 0.040 0.056 1.132 73.636 77.143 0.897 LGA I 267 I 267 0.741 0 0.002 0.090 1.346 81.818 79.773 1.346 LGA R 268 R 268 0.641 0 0.030 1.015 3.017 81.818 69.587 3.017 LGA P 269 P 269 0.767 0 0.021 0.054 1.070 81.818 79.481 1.070 LGA E 270 E 270 0.410 0 0.015 0.267 1.272 86.364 86.061 1.272 LGA K 271 K 271 0.901 0 0.048 0.754 3.887 81.818 57.374 3.887 LGA E 272 E 272 0.612 0 0.093 0.162 1.943 90.909 76.970 1.943 LGA Q 273 Q 273 0.599 0 0.024 0.143 0.800 81.818 81.818 0.638 LGA I 274 I 274 0.417 0 0.037 0.092 0.939 95.455 93.182 0.939 LGA V 275 V 275 0.280 0 0.048 0.097 0.447 100.000 100.000 0.408 LGA V 276 V 276 0.423 0 0.046 0.036 0.592 100.000 94.805 0.550 LGA Q 277 Q 277 0.411 0 0.048 0.607 2.841 100.000 79.596 2.841 LGA D 278 D 278 0.265 0 0.096 0.245 0.913 100.000 95.455 0.913 LGA A 279 A 279 0.451 0 0.026 0.049 0.544 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.303 0 0.039 0.147 0.500 100.000 98.182 0.102 LGA A 281 A 281 0.301 0 0.023 0.024 0.458 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.130 0 0.033 0.054 0.449 100.000 100.000 0.365 LGA I 283 I 283 0.309 0 0.068 0.086 0.812 95.455 93.182 0.812 LGA I 284 I 284 0.291 0 0.017 0.059 0.659 100.000 97.727 0.659 LGA D 285 D 285 0.829 0 0.064 0.831 3.265 81.818 61.136 2.613 LGA K 286 K 286 0.885 0 0.000 0.225 1.535 81.818 74.747 1.535 LGA E 287 E 287 0.933 0 0.032 0.764 4.420 81.818 56.566 4.420 LGA Q 288 Q 288 0.714 0 0.026 0.361 2.343 81.818 70.101 2.343 LGA F 289 F 289 0.648 0 0.033 0.165 1.049 81.818 80.331 0.930 LGA Q 290 Q 290 0.889 0 0.052 1.271 3.284 81.818 60.808 3.183 LGA Q 291 Q 291 0.734 0 0.040 0.106 0.916 81.818 81.818 0.738 LGA S 292 S 292 0.528 0 0.066 0.676 2.792 81.818 72.727 2.792 LGA Q 293 Q 293 0.774 0 0.000 0.302 1.568 81.818 73.131 1.568 LGA V 294 V 294 0.904 0 0.048 0.070 1.092 81.818 77.143 1.092 LGA K 295 K 295 0.380 0 0.045 0.185 0.721 90.909 93.939 0.721 LGA I 296 I 296 0.679 0 0.028 0.103 1.086 82.273 84.318 0.787 LGA A 297 A 297 1.292 0 0.062 0.062 1.636 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.582 0 0.151 0.177 2.368 63.182 61.136 1.634 LGA K 299 K 299 3.283 0 0.411 0.675 12.237 39.545 17.778 12.237 LGA V 300 V 300 2.087 0 0.093 0.093 3.426 27.727 23.636 3.128 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.961 0.928 1.848 83.882 77.549 61.986 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.96 95.185 97.671 12.728 LGA_LOCAL RMSD: 0.961 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.961 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.961 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.133348 * X + -0.961709 * Y + 0.239444 * Z + 150.692978 Y_new = 0.092285 * X + 0.252601 * Y + 0.963160 * Z + 176.773361 Z_new = -0.986763 * X + -0.106339 * Y + 0.122435 * Z + 172.175446 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.605378 1.407910 -0.715153 [DEG: 34.6856 80.6673 -40.9752 ] ZXZ: 2.897930 1.448053 -1.678147 [DEG: 166.0391 82.9673 -96.1507 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS235_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS235_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.96 97.671 0.96 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS235_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.508 184.927 153.321 1.00 92.54 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.111 185.662 154.510 1.00 92.54 C ATOM 1347 C GLY 165 151.612 185.659 154.741 1.00 92.54 C ATOM 1348 O GLY 165 151.093 186.485 155.495 1.00 92.54 O ATOM 1349 N LYS 166 150.904 184.795 153.985 1.00 93.71 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.463 184.646 154.173 1.00 93.71 C ATOM 1351 C LYS 166 149.153 183.839 155.430 1.00 93.71 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.829 183.978 152.951 1.00 93.71 C ATOM 1353 O LYS 166 149.961 183.011 155.857 1.00 93.71 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.981 184.772 151.663 1.00 93.71 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.299 184.076 150.492 1.00 93.71 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.440 184.876 149.205 1.00 93.71 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.800 184.181 148.047 1.00 93.71 N ATOM 1358 N TRP 167 148.042 184.154 156.039 1.00 93.72 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.642 183.494 157.278 1.00 93.72 C ATOM 1360 C TRP 167 146.890 182.200 156.986 1.00 93.72 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.771 184.424 158.128 1.00 93.72 C ATOM 1362 O TRP 167 145.803 182.223 156.404 1.00 93.72 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.367 183.842 159.448 1.00 93.72 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.144 183.331 159.785 1.00 93.72 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.188 183.717 160.613 1.00 93.72 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.398 183.119 161.620 1.00 93.72 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.517 184.050 160.904 1.00 93.72 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.156 182.894 161.089 1.00 93.72 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.197 183.186 163.155 1.00 93.72 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 146.894 182.849 162.898 1.00 93.72 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.010 183.781 162.175 1.00 93.72 C ATOM 1372 N ILE 168 147.461 181.000 157.464 1.00 87.92 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.904 179.698 157.114 1.00 87.92 C ATOM 1374 C ILE 168 146.574 178.919 158.385 1.00 87.92 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.875 178.888 156.226 1.00 87.92 C ATOM 1376 O ILE 168 146.060 177.800 158.319 1.00 87.92 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.245 178.771 156.902 1.00 87.92 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 148.001 179.529 154.840 1.00 87.92 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.163 177.734 156.266 1.00 87.92 C ATOM 1380 N SER 169 146.894 179.457 159.581 1.00 83.83 N ATOM 1381 CA SER 169 146.861 178.723 160.842 1.00 83.83 C ATOM 1382 C SER 169 145.483 178.800 161.490 1.00 83.83 C ATOM 1383 CB SER 169 147.917 179.265 161.806 1.00 83.83 C ATOM 1384 O SER 169 145.337 178.536 162.686 1.00 83.83 O ATOM 1385 OG SER 169 149.222 179.025 161.309 1.00 83.83 O ATOM 1386 N GLY 170 144.332 178.939 160.713 1.00 84.83 N ATOM 1387 CA GLY 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CA GLN 177 141.185 189.856 161.081 1.00 95.66 C ATOM 1440 C GLN 177 141.776 189.430 159.741 1.00 95.66 C ATOM 1441 CB GLN 177 139.948 190.728 160.858 1.00 95.66 C ATOM 1442 O GLN 177 142.705 190.065 159.236 1.00 95.66 O ATOM 1443 CG GLN 177 140.211 191.961 160.003 1.00 95.66 C ATOM 1444 CD GLN 177 138.972 192.814 159.807 1.00 95.66 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 138.844 193.410 158.626 1.00 95.66 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 138.137 192.935 160.709 1.00 95.66 O ATOM 1447 N LEU 178 141.251 188.287 159.296 1.00 95.79 N ATOM 1448 CA LEU 178 141.733 187.790 158.011 1.00 95.79 C ATOM 1449 C LEU 178 141.104 188.566 156.858 1.00 95.79 C ATOM 1450 CB LEU 178 141.426 186.297 157.864 1.00 95.79 C ATOM 1451 O LEU 178 139.878 188.666 156.767 1.00 95.79 O ATOM 1452 CG LEU 178 141.944 185.621 156.594 1.00 95.79 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.468 185.564 156.608 1.00 95.79 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.353 184.222 156.454 1.00 95.79 C ATOM 1455 N ASN 179 141.986 189.188 156.051 1.00 94.27 N ATOM 1456 CA ASN 179 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