####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS231_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS231_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 72 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 13 106 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 8 81 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 54 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 109 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 18 27 116 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 107 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 59 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 86 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 79 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 86 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 86 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 82 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 91 122 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 24 41 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 23 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 47 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 84 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 73 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 67 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 5 80 113 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 70 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 115 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 85.19 92.59 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.43 0.57 0.67 0.73 0.77 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.472 0 0.034 0.034 0.505 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.313 0 0.041 0.148 1.068 100.000 92.121 1.068 LGA W 167 W 167 0.229 0 0.199 0.227 0.627 95.455 96.104 0.512 LGA I 168 I 168 0.879 0 0.163 1.560 3.581 81.818 61.591 2.104 LGA S 169 S 169 1.306 0 0.585 0.622 2.923 60.000 56.970 1.907 LGA G 170 G 170 1.623 0 0.045 0.045 1.797 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.928 0 0.054 1.391 5.794 73.636 49.545 3.153 LGA A 172 A 172 0.492 0 0.000 0.015 0.678 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.157 0 0.011 0.113 0.407 100.000 100.000 0.407 LGA Y 174 Y 174 0.346 0 0.009 0.223 1.333 100.000 88.182 1.333 LGA G 175 G 175 0.212 0 0.060 0.060 0.304 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.265 0 0.009 0.161 0.444 100.000 100.000 0.161 LGA Q 177 Q 177 0.524 0 0.056 0.247 0.986 90.909 85.859 0.571 LGA L 178 L 178 0.335 0 0.132 0.204 1.670 82.273 78.182 1.670 LGA N 179 N 179 1.372 0 0.163 0.672 4.947 62.273 37.500 4.947 LGA K 180 K 180 3.760 0 0.290 0.968 13.219 20.455 9.091 13.219 LGA K 181 K 181 1.939 0 0.460 1.173 12.301 65.909 30.505 12.301 LGA T 182 T 182 1.067 0 0.031 1.120 3.620 73.636 62.597 3.620 LGA S 183 S 183 0.611 0 0.102 0.091 0.987 86.364 84.848 0.879 LGA K 184 K 184 0.718 0 0.074 0.862 3.044 81.818 71.111 3.044 LGA L 185 L 185 0.431 0 0.066 0.077 0.750 90.909 95.455 0.459 LGA D 186 D 186 0.283 0 0.037 0.157 0.799 100.000 97.727 0.254 LGA P 187 P 187 0.547 0 0.036 0.074 1.150 82.273 82.078 0.704 LGA V 188 V 188 0.710 0 0.008 0.024 0.794 81.818 81.818 0.794 LGA E 189 E 189 0.659 0 0.034 0.212 0.733 81.818 81.818 0.654 LGA D 190 D 190 0.601 0 0.038 0.050 1.030 90.909 84.318 1.030 LGA E 191 E 191 0.365 0 0.025 0.020 0.749 100.000 91.919 0.749 LGA A 192 A 192 0.261 0 0.022 0.019 0.350 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.244 0 0.042 0.093 0.468 100.000 100.000 0.387 LGA V 194 V 194 0.181 0 0.000 0.040 0.314 100.000 100.000 0.314 LGA V 195 V 195 0.098 0 0.000 0.005 0.180 100.000 100.000 0.085 LGA Q 196 Q 196 0.151 0 0.025 0.252 1.169 100.000 92.121 0.976 LGA L 197 L 197 0.190 0 0.016 0.050 0.287 100.000 100.000 0.280 LGA I 198 I 198 0.142 0 0.043 0.074 0.363 100.000 100.000 0.275 LGA F 199 F 199 0.183 0 0.000 0.038 0.269 100.000 100.000 0.113 LGA N 200 N 200 0.235 0 0.021 0.736 1.942 100.000 91.591 1.942 LGA I 201 I 201 0.162 0 0.012 0.037 0.233 100.000 100.000 0.139 LGA F 202 F 202 0.154 0 0.000 0.003 0.286 100.000 100.000 0.274 LGA L 203 L 203 0.242 0 0.031 0.058 0.566 100.000 97.727 0.470 LGA N 204 N 204 0.217 0 0.000 0.116 1.006 100.000 91.136 0.767 LGA G 205 G 205 0.199 0 0.040 0.040 0.255 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.205 0 0.036 0.157 0.798 95.455 93.182 0.644 LGA N 207 N 207 0.617 0 0.006 0.194 1.361 86.364 82.045 0.814 LGA G 208 G 208 0.775 0 0.073 0.073 1.323 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 1.035 0 0.050 0.114 1.417 73.636 69.091 1.417 LGA D 210 D 210 1.063 0 0.074 0.750 1.840 69.545 63.864 1.753 LGA Y 211 Y 211 1.607 0 0.106 0.610 2.040 58.182 55.909 1.675 LGA S 212 S 212 2.249 0 0.639 0.777 5.896 41.818 29.697 5.896 LGA Y 213 Y 213 3.019 0 0.164 1.095 14.545 39.545 13.333 14.545 LGA A 215 A 215 0.886 0 0.195 0.212 1.903 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.312 0 0.000 0.139 0.507 100.000 97.727 0.507 LGA A 217 A 217 0.194 0 0.045 0.060 0.272 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.400 0 0.014 0.107 1.110 100.000 91.212 1.110 LGA H 219 H 219 0.239 0 0.000 0.093 0.680 100.000 94.545 0.680 LGA L 220 L 220 0.224 0 0.000 0.079 0.386 100.000 100.000 0.386 LGA T 221 T 221 0.196 0 0.000 0.023 0.328 100.000 100.000 0.132 LGA N 222 N 222 0.412 0 0.039 0.056 0.625 95.455 97.727 0.428 LGA L 223 L 223 0.545 0 0.040 0.063 0.831 86.364 84.091 0.651 LGA Q 224 Q 224 0.468 0 0.046 0.149 0.974 95.455 89.899 0.749 LGA I 225 I 225 0.415 0 0.048 0.107 0.444 100.000 100.000 0.109 LGA P 226 P 226 0.399 0 0.036 0.061 0.627 100.000 94.805 0.627 LGA T 227 T 227 0.364 0 0.040 0.078 0.525 100.000 97.403 0.525 LGA P 228 P 228 0.540 0 0.084 0.088 0.583 90.909 92.208 0.414 LGA S 229 S 229 0.709 0 0.152 0.161 0.799 81.818 84.848 0.413 LGA G 230 G 230 0.772 0 0.064 0.064 1.094 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.267 0 0.039 0.497 1.318 100.000 92.121 1.318 LGA K 232 K 232 0.319 0 0.094 0.260 0.688 95.455 95.960 0.654 LGA R 233 R 233 0.281 0 0.034 1.114 6.044 100.000 54.876 3.806 LGA W 234 W 234 0.350 0 0.037 0.141 0.509 100.000 98.701 0.448 LGA N 235 N 235 0.574 0 0.015 0.471 2.247 81.818 74.318 2.247 LGA Q 236 Q 236 0.670 0 0.000 0.826 3.072 86.364 62.222 3.072 LGA Y 237 Y 237 0.650 0 0.053 0.158 1.242 81.818 76.364 1.242 LGA T 238 T 238 0.352 0 0.000 0.034 0.407 100.000 100.000 0.337 LGA I 239 I 239 0.320 0 0.011 0.104 0.352 100.000 100.000 0.310 LGA K 240 K 240 0.606 0 0.019 0.198 2.790 90.909 69.697 2.790 LGA A 241 A 241 0.420 0 0.082 0.087 0.555 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.044 0 0.038 0.063 0.243 100.000 100.000 0.081 LGA L 243 L 243 0.207 0 0.030 0.054 0.469 100.000 100.000 0.288 LGA Q 244 Q 244 0.196 0 0.036 0.218 0.793 100.000 95.960 0.680 LGA N 245 N 245 0.205 0 0.022 0.089 0.535 100.000 97.727 0.535 LGA E 246 E 246 0.215 0 0.029 0.486 1.485 100.000 94.141 0.929 LGA V 247 V 247 0.236 0 0.000 0.033 0.340 100.000 100.000 0.307 LGA Y 248 Y 248 0.295 0 0.035 0.120 1.074 100.000 91.061 1.074 LGA I 249 I 249 0.197 0 0.000 0.021 0.287 100.000 100.000 0.260 LGA G 250 G 250 0.188 0 0.052 0.052 0.276 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.232 0 0.041 0.047 0.432 100.000 100.000 0.305 LGA V 252 V 252 0.361 0 0.049 0.110 0.661 100.000 97.403 0.661 LGA K 253 K 253 0.522 0 0.065 0.138 0.908 95.455 87.879 0.820 LGA Y 254 Y 254 0.524 0 0.032 0.209 2.220 95.455 72.121 2.220 LGA K 255 K 255 0.663 0 0.000 0.191 1.321 81.818 80.000 1.321 LGA V 256 V 256 0.879 0 0.062 0.067 0.946 81.818 81.818 0.847 LGA R 257 R 257 1.054 0 0.095 1.061 5.262 69.545 49.421 2.928 LGA E 258 E 258 1.142 0 0.055 0.292 2.022 65.455 59.192 2.022 LGA K 259 K 259 1.578 0 0.051 0.208 1.963 61.818 55.758 1.737 LGA T 260 T 260 1.393 0 0.003 0.087 1.850 58.182 61.299 1.256 LGA K 261 K 261 2.090 0 0.021 0.273 3.715 41.364 35.354 3.715 LGA D 262 D 262 1.777 0 0.035 0.745 2.862 50.909 43.409 2.626 LGA G 263 G 263 2.010 0 0.000 0.000 2.010 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.473 0 0.088 0.431 1.940 61.818 58.990 1.526 LGA R 265 R 265 1.351 0 0.071 0.932 4.577 65.455 49.752 4.577 LGA T 266 T 266 1.137 0 0.041 0.066 1.260 73.636 70.130 1.040 LGA I 267 I 267 0.784 0 0.031 0.070 1.069 77.727 79.773 0.980 LGA R 268 R 268 0.484 0 0.027 0.963 2.835 95.455 82.314 2.835 LGA P 269 P 269 0.328 0 0.015 0.029 0.473 100.000 100.000 0.473 LGA E 270 E 270 0.431 0 0.000 0.255 1.349 100.000 84.444 1.312 LGA K 271 K 271 0.400 0 0.060 0.750 4.993 100.000 63.232 4.993 LGA E 272 E 272 0.237 0 0.047 0.125 1.274 100.000 88.283 1.274 LGA Q 273 Q 273 0.108 0 0.043 0.102 0.477 100.000 100.000 0.477 LGA I 274 I 274 0.072 0 0.032 0.104 0.704 100.000 97.727 0.704 LGA V 275 V 275 0.350 0 0.000 0.031 0.581 95.455 89.610 0.581 LGA V 276 V 276 0.301 0 0.060 0.067 0.531 95.455 94.805 0.346 LGA Q 277 Q 277 0.158 0 0.049 0.592 2.818 100.000 79.596 2.818 LGA D 278 D 278 0.089 0 0.034 0.223 0.820 100.000 97.727 0.820 LGA A 279 A 279 0.098 0 0.016 0.021 0.145 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.150 0 0.031 0.233 0.605 100.000 98.182 0.485 LGA A 281 A 281 0.300 0 0.031 0.029 0.398 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.207 0 0.043 0.054 0.334 100.000 100.000 0.334 LGA I 283 I 283 0.304 0 0.050 0.059 0.557 95.455 97.727 0.412 LGA I 284 I 284 0.198 0 0.000 0.070 0.219 100.000 100.000 0.158 LGA D 285 D 285 0.384 0 0.038 0.571 1.558 100.000 85.000 1.181 LGA K 286 K 286 0.372 0 0.000 0.251 1.267 100.000 90.101 1.267 LGA E 287 E 287 0.456 0 0.028 0.660 3.955 100.000 66.263 3.955 LGA Q 288 Q 288 0.407 0 0.011 0.478 1.475 100.000 82.626 1.475 LGA F 289 F 289 0.119 0 0.033 0.114 0.456 100.000 100.000 0.400 LGA Q 290 Q 290 0.222 0 0.028 0.968 2.120 100.000 80.202 1.707 LGA Q 291 Q 291 0.119 0 0.041 0.082 0.450 100.000 100.000 0.319 LGA S 292 S 292 0.120 0 0.056 0.686 2.238 100.000 89.697 2.238 LGA Q 293 Q 293 0.268 0 0.000 0.240 0.699 100.000 95.960 0.699 LGA V 294 V 294 0.235 0 0.038 0.051 0.450 100.000 100.000 0.325 LGA K 295 K 295 0.362 0 0.043 0.171 0.758 90.909 89.899 0.492 LGA I 296 I 296 0.606 0 0.024 0.078 1.017 82.273 88.864 0.370 LGA A 297 A 297 0.913 0 0.114 0.131 1.533 74.091 75.636 - LGA N 298 N 298 0.816 0 0.043 0.098 2.792 61.818 55.227 1.675 LGA K 299 K 299 4.222 0 0.347 0.646 14.091 19.545 8.687 14.091 LGA V 300 V 300 2.478 0 0.070 0.066 3.910 28.182 22.857 3.416 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.913 0.877 1.822 88.229 82.563 69.137 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.370 97.781 13.331 LGA_LOCAL RMSD: 0.913 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.913 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.913 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.588313 * X + 0.755871 * Y + -0.287310 * Z + 153.902313 Y_new = -0.758579 * X + -0.392821 * Y + 0.519854 * Z + 150.514557 Z_new = 0.280081 * X + 0.523785 * Y + 0.804490 * Z + 142.223007 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.230447 -0.283879 0.577132 [DEG: -127.7952 -16.2651 33.0672 ] ZXZ: -2.636698 0.635980 0.491041 [DEG: -151.0717 36.4390 28.1346 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS231_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS231_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.781 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS231_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.995 185.113 153.509 0.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 153.393 185.826 154.644 0.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 151.867 185.712 154.733 0.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 151.239 186.466 155.476 0.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 151.250 184.785 153.997 0.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 149.808 184.535 154.059 0.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 149.470 183.713 155.307 0.00 0.00 ATOM 1352 O LYS 166 150.171 182.761 155.651 0.00 0.00 ATOM 1353 CB LYS 166 149.304 183.868 152.761 0.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 149.479 184.764 151.510 0.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.956 184.140 150.207 0.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 149.146 185.126 149.037 0.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.648 184.653 147.712 0.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 148.371 184.057 155.971 0.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 147.870 183.304 157.124 0.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 147.006 182.134 156.657 0.00 0.00 ATOM 1361 O TRP 167 145.934 182.332 156.093 0.00 0.00 ATOM 1362 CB TRP 167 147.108 184.230 158.059 0.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 146.723 183.570 159.343 0.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.575 182.900 159.589 0.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.523 183.469 160.563 0.00 0.00 ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.602 182.398 160.886 0.00 0.00 ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.779 182.722 161.511 0.00 0.00 ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.797 183.940 160.937 0.00 0.00 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.289 182.441 162.797 0.00 0.00 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.300 183.663 162.216 0.00 0.00 ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.552 182.916 163.134 0.00 0.00 ATOM 1372 N ILE 168 147.459 180.926 156.909 0.00 0.00 ATOM 1373 CA ILE 168 146.828 179.684 156.436 0.00 0.00 ATOM 1374 C ILE 168 146.458 178.715 157.567 0.00 0.00 ATOM 1375 O ILE 168 146.063 177.574 157.319 0.00 0.00 ATOM 1376 CB ILE 168 147.726 178.997 155.390 0.00 0.00 ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.126 178.700 155.966 0.00 0.00 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.820 179.858 154.119 0.00 0.00 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.903 177.710 155.112 0.00 0.00 ATOM 1380 N SER 169 146.604 179.152 158.798 0.00 0.00 ATOM 1381 CA SER 169 146.224 178.403 159.996 0.00 0.00 ATOM 1382 C SER 169 144.753 178.658 160.361 0.00 0.00 ATOM 1383 O SER 169 144.001 179.202 159.557 0.00 0.00 ATOM 1384 CB SER 169 147.196 178.730 161.127 0.00 0.00 ATOM 1385 OG SER 169 148.492 178.293 160.796 0.00 0.00 ATOM 1386 N GLY 170 144.328 178.234 161.540 0.00 0.00 ATOM 1387 CA GLY 170 142.937 178.354 161.983 0.00 0.00 ATOM 1388 C GLY 170 142.478 179.796 162.232 0.00 0.00 ATOM 1389 O GLY 170 142.568 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