####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS231_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS231_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 69 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 105 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 12 89 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 52 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 101 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 20 40 110 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 110 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 14 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 64 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 52 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 81 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 80 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 103 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 14 55 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 23 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 68 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 77 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 59 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 61 118 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 4 83 115 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 58 118 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 119 127 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 88.15 94.07 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.47 0.58 0.62 0.70 0.74 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.92 0.91 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.490 0 0.031 0.031 0.490 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.337 0 0.030 0.137 1.052 100.000 92.121 1.052 LGA W 167 W 167 0.174 0 0.194 0.209 0.644 95.455 98.701 0.445 LGA I 168 I 168 0.844 0 0.166 1.394 3.459 81.818 66.136 1.908 LGA S 169 S 169 1.240 0 0.579 0.737 3.521 57.727 51.212 3.521 LGA G 170 G 170 1.541 0 0.058 0.058 1.731 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.936 0 0.053 1.386 5.798 73.636 49.545 3.128 LGA A 172 A 172 0.499 0 0.008 0.020 0.683 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.214 0 0.010 0.107 0.336 100.000 100.000 0.336 LGA Y 174 Y 174 0.386 0 0.007 0.224 1.393 100.000 86.667 1.393 LGA G 175 G 175 0.245 0 0.059 0.059 0.289 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.278 0 0.015 0.167 0.504 100.000 98.485 0.223 LGA Q 177 Q 177 0.552 0 0.059 0.256 1.010 90.909 84.040 0.625 LGA L 178 L 178 0.372 0 0.129 0.198 1.706 90.909 82.500 1.706 LGA N 179 N 179 1.315 0 0.162 0.665 4.908 62.273 37.500 4.908 LGA K 180 K 180 3.906 0 0.280 0.963 13.380 20.455 9.091 13.380 LGA K 181 K 181 1.775 0 0.461 0.958 10.363 65.909 30.707 10.363 LGA T 182 T 182 0.960 0 0.025 1.115 3.540 73.636 62.597 3.540 LGA S 183 S 183 0.725 0 0.112 0.100 1.126 86.364 79.394 1.069 LGA K 184 K 184 0.791 0 0.072 0.866 2.888 81.818 72.121 2.888 LGA L 185 L 185 0.413 0 0.066 0.075 0.681 95.455 97.727 0.451 LGA D 186 D 186 0.214 0 0.035 0.155 0.827 100.000 97.727 0.304 LGA P 187 P 187 0.522 0 0.024 0.365 1.239 82.273 84.675 0.565 LGA V 188 V 188 0.737 0 0.000 0.009 0.844 81.818 81.818 0.844 LGA E 189 E 189 0.710 0 0.033 0.195 0.757 81.818 81.818 0.693 LGA D 190 D 190 0.658 0 0.029 0.043 1.073 86.364 82.045 1.073 LGA E 191 E 191 0.421 0 0.003 0.011 0.720 95.455 87.879 0.720 LGA A 192 A 192 0.326 0 0.029 0.024 0.414 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.321 0 0.044 0.094 0.550 100.000 93.939 0.413 LGA V 194 V 194 0.245 0 0.000 0.040 0.360 100.000 100.000 0.360 LGA V 195 V 195 0.141 0 0.000 0.000 0.218 100.000 100.000 0.142 LGA Q 196 Q 196 0.195 0 0.023 0.242 1.205 100.000 92.121 0.969 LGA L 197 L 197 0.267 0 0.000 0.038 0.366 100.000 100.000 0.351 LGA I 198 I 198 0.188 0 0.037 0.071 0.351 100.000 100.000 0.301 LGA F 199 F 199 0.228 0 0.020 0.044 0.314 100.000 100.000 0.102 LGA N 200 N 200 0.318 0 0.000 0.717 1.591 100.000 89.545 1.591 LGA I 201 I 201 0.226 0 0.019 0.040 0.284 100.000 100.000 0.167 LGA F 202 F 202 0.212 0 0.000 0.000 0.350 100.000 100.000 0.329 LGA L 203 L 203 0.342 0 0.027 0.060 0.622 100.000 95.455 0.567 LGA N 204 N 204 0.371 0 0.000 0.096 1.048 100.000 88.864 0.888 LGA G 205 G 205 0.104 0 0.039 0.039 0.215 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.168 0 0.000 0.056 0.811 100.000 93.182 0.811 LGA N 207 N 207 0.285 0 0.000 0.163 0.927 100.000 97.727 0.340 LGA G 208 G 208 0.593 0 0.081 0.081 1.189 82.273 82.273 - LGA K 209 K 209 0.971 0 0.043 0.631 2.032 81.818 69.899 1.518 LGA D 210 D 210 0.948 0 0.080 0.703 1.987 81.818 72.045 1.987 LGA Y 211 Y 211 1.475 0 0.108 0.608 2.001 65.455 59.545 1.652 LGA S 212 S 212 2.203 0 0.641 0.781 5.952 41.818 29.697 5.952 LGA Y 213 Y 213 2.971 0 0.167 1.118 14.387 41.818 14.091 14.387 LGA A 215 A 215 0.761 0 0.194 0.212 1.796 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.280 0 0.000 0.143 0.524 100.000 95.455 0.524 LGA A 217 A 217 0.163 0 0.046 0.058 0.251 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.313 0 0.017 0.101 0.979 100.000 93.939 0.979 LGA H 219 H 219 0.206 0 0.000 0.074 0.612 100.000 96.364 0.612 LGA L 220 L 220 0.203 0 0.000 0.081 0.352 100.000 100.000 0.352 LGA T 221 T 221 0.158 0 0.000 0.026 0.291 100.000 100.000 0.112 LGA N 222 N 222 0.384 0 0.044 0.049 0.617 95.455 97.727 0.366 LGA L 223 L 223 0.550 0 0.047 0.073 0.859 90.909 86.364 0.670 LGA Q 224 Q 224 0.518 0 0.046 0.145 1.063 90.909 86.061 0.820 LGA I 225 I 225 0.441 0 0.051 0.101 0.475 100.000 100.000 0.168 LGA P 226 P 226 0.466 0 0.040 0.064 0.720 90.909 87.013 0.720 LGA T 227 T 227 0.473 0 0.033 0.076 0.611 90.909 92.208 0.611 LGA P 228 P 228 0.635 0 0.079 0.086 0.663 81.818 84.416 0.524 LGA S 229 S 229 0.762 0 0.149 0.153 0.861 81.818 84.848 0.482 LGA G 230 G 230 0.841 0 0.063 0.063 1.112 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.359 0 0.037 0.487 1.067 95.455 88.081 1.067 LGA K 232 K 232 0.349 0 0.065 0.220 0.827 95.455 95.960 0.827 LGA R 233 R 233 0.368 0 0.018 1.241 5.663 100.000 61.818 4.604 LGA W 234 W 234 0.393 0 0.038 0.135 0.581 100.000 94.805 0.555 LGA N 235 N 235 0.589 0 0.000 0.519 2.174 81.818 74.318 2.174 LGA Q 236 Q 236 0.610 0 0.000 0.998 4.008 86.364 62.626 4.008 LGA Y 237 Y 237 0.588 0 0.037 1.526 8.886 81.818 41.061 8.886 LGA T 238 T 238 0.369 0 0.000 0.033 0.420 100.000 100.000 0.358 LGA I 239 I 239 0.308 0 0.030 0.101 0.333 100.000 100.000 0.293 LGA K 240 K 240 0.562 0 0.020 0.188 2.716 95.455 71.717 2.716 LGA A 241 A 241 0.343 0 0.079 0.085 0.476 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.053 0 0.038 0.059 0.251 100.000 100.000 0.121 LGA L 243 L 243 0.215 0 0.027 0.052 0.516 95.455 97.727 0.294 LGA Q 244 Q 244 0.163 0 0.045 0.233 0.852 100.000 95.960 0.659 LGA N 245 N 245 0.185 0 0.000 0.089 0.526 100.000 97.727 0.526 LGA E 246 E 246 0.199 0 0.028 0.466 1.474 100.000 92.121 0.888 LGA V 247 V 247 0.209 0 0.000 0.034 0.320 100.000 100.000 0.288 LGA Y 248 Y 248 0.271 0 0.034 0.120 1.104 100.000 91.061 1.104 LGA I 249 I 249 0.161 0 0.011 0.029 0.269 100.000 100.000 0.253 LGA G 250 G 250 0.135 0 0.043 0.043 0.250 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.154 0 0.034 0.041 0.283 100.000 100.000 0.188 LGA V 252 V 252 0.262 0 0.052 0.118 0.572 100.000 97.403 0.572 LGA K 253 K 253 0.446 0 0.062 0.133 0.742 100.000 89.899 0.636 LGA Y 254 Y 254 0.614 0 0.035 0.224 2.243 90.909 70.606 2.243 LGA K 255 K 255 0.716 0 0.000 0.164 1.214 81.818 80.000 1.214 LGA V 256 V 256 0.825 0 0.067 0.069 0.831 81.818 81.818 0.774 LGA R 257 R 257 0.910 0 0.101 1.056 5.038 77.727 55.868 3.132 LGA E 258 E 258 1.005 0 0.057 0.285 1.871 69.545 65.657 1.871 LGA K 259 K 259 1.306 0 0.049 0.259 1.551 65.455 67.475 0.754 LGA T 260 T 260 1.201 0 0.000 0.077 1.526 61.818 63.377 1.081 LGA K 261 K 261 1.755 0 0.020 0.246 2.779 50.909 46.869 2.779 LGA D 262 D 262 1.515 0 0.030 0.864 3.014 58.182 47.727 2.739 LGA G 263 G 263 1.580 0 0.000 0.000 1.580 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.119 0 0.075 0.418 1.680 65.455 65.657 1.489 LGA R 265 R 265 1.062 0 0.078 0.819 2.967 73.636 65.124 2.967 LGA T 266 T 266 1.050 0 0.041 0.068 1.119 73.636 70.130 1.040 LGA I 267 I 267 0.793 0 0.039 0.071 1.098 77.727 79.773 0.981 LGA R 268 R 268 0.596 0 0.015 0.961 2.822 86.364 75.702 2.822 LGA P 269 P 269 0.511 0 0.000 0.021 0.692 90.909 87.013 0.692 LGA E 270 E 270 0.321 0 0.020 0.710 1.394 100.000 86.465 1.199 LGA K 271 K 271 0.261 0 0.063 0.728 4.387 100.000 65.253 4.387 LGA E 272 E 272 0.297 0 0.053 0.102 1.303 100.000 86.465 1.303 LGA Q 273 Q 273 0.258 0 0.040 0.104 0.387 100.000 100.000 0.387 LGA I 274 I 274 0.215 0 0.033 0.101 0.814 100.000 97.727 0.814 LGA V 275 V 275 0.169 0 0.000 0.016 0.419 100.000 100.000 0.419 LGA V 276 V 276 0.154 0 0.067 0.074 0.415 100.000 100.000 0.238 LGA Q 277 Q 277 0.093 0 0.047 0.573 2.661 100.000 79.596 2.661 LGA D 278 D 278 0.070 0 0.035 0.230 0.702 100.000 97.727 0.702 LGA A 279 A 279 0.146 0 0.004 0.017 0.203 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.192 0 0.026 0.218 0.545 100.000 98.182 0.441 LGA A 281 A 281 0.266 0 0.027 0.024 0.337 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.185 0 0.042 0.057 0.279 100.000 100.000 0.279 LGA I 283 I 283 0.357 0 0.050 0.057 0.631 95.455 95.455 0.458 LGA I 284 I 284 0.305 0 0.015 0.088 0.347 100.000 100.000 0.290 LGA D 285 D 285 0.690 0 0.070 0.950 3.430 81.818 67.727 1.359 LGA K 286 K 286 0.561 0 0.000 0.259 1.302 81.818 80.000 1.302 LGA E 287 E 287 0.622 0 0.028 0.343 2.161 81.818 75.152 0.969 LGA Q 288 Q 288 0.483 0 0.024 0.528 1.582 95.455 77.374 1.559 LGA F 289 F 289 0.248 0 0.033 0.110 0.421 100.000 100.000 0.373 LGA Q 290 Q 290 0.392 0 0.030 1.203 3.538 100.000 71.313 3.538 LGA Q 291 Q 291 0.269 0 0.036 0.099 0.691 100.000 91.919 0.545 LGA S 292 S 292 0.091 0 0.044 0.054 0.235 100.000 100.000 0.194 LGA Q 293 Q 293 0.291 0 0.000 0.221 0.666 95.455 93.939 0.666 LGA V 294 V 294 0.339 0 0.040 0.055 0.653 100.000 94.805 0.531 LGA K 295 K 295 0.301 0 0.056 0.201 0.770 95.455 93.939 0.493 LGA I 296 I 296 0.647 0 0.021 0.078 1.139 82.273 86.591 0.388 LGA A 297 A 297 1.060 0 0.129 0.149 1.812 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.839 0 0.089 0.165 3.073 55.000 53.636 1.472 LGA K 299 K 299 4.325 0 0.381 0.731 13.749 15.455 6.869 13.749 LGA V 300 V 300 2.890 0 0.039 0.044 3.893 19.091 16.623 3.246 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.896 0.867 1.817 88.219 82.459 69.244 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 96.111 98.125 13.550 LGA_LOCAL RMSD: 0.896 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.896 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.896 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.783157 * X + -0.550138 * Y + -0.289852 * Z + 153.763123 Y_new = 0.429407 * X + -0.141327 * Y + -0.891984 * Z + 149.579224 Z_new = 0.449750 * X + -0.823028 * Y + 0.346914 * Z + 142.063583 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.640053 -0.466485 -1.171885 [DEG: 151.2639 -26.7276 -67.1441 ] ZXZ: -0.314189 1.216517 2.641473 [DEG: -18.0017 69.7013 151.3453 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS231_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS231_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 98.125 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS231_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.960 185.122 153.379 0.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 153.367 185.836 154.515 0.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 151.843 185.728 154.615 0.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 151.220 186.484 155.359 0.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 151.218 184.802 153.885 0.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 149.777 184.547 153.958 0.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 149.450 183.726 155.212 0.00 0.00 ATOM 1352 O LYS 166 150.174 182.798 155.568 0.00 0.00 ATOM 1353 CB LYS 166 149.266 183.874 152.664 0.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 149.430 184.760 151.406 0.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 148.907 184.114 150.109 0.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 149.078 185.082 148.925 0.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.613 184.569 147.604 0.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 148.333 184.048 155.865 0.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 147.848 183.300 157.029 0.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 146.999 182.114 156.585 0.00 0.00 ATOM 1361 O TRP 167 145.911 182.282 156.034 0.00 0.00 ATOM 1362 CB TRP 167 147.077 184.229 157.956 0.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 146.691 183.583 159.246 0.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.529 182.944 159.506 0.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.498 183.475 160.461 0.00 0.00 ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.554 182.452 160.806 0.00 0.00 ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.740 182.757 161.421 0.00 0.00 ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.780 183.923 160.828 0.00 0.00 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.250 182.483 162.711 0.00 0.00 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.281 183.653 162.108 0.00 0.00 ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.523 182.935 163.036 0.00 0.00 ATOM 1372 N ILE 168 147.474 180.920 156.850 0.00 0.00 ATOM 1373 CA ILE 168 146.862 179.651 156.415 0.00 0.00 ATOM 1374 C ILE 168 146.497 178.724 157.581 0.00 0.00 ATOM 1375 O ILE 168 146.133 177.565 157.384 0.00 0.00 ATOM 1376 CB ILE 168 147.764 178.930 155.396 0.00 0.00 ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.272 179.180 155.638 0.00 0.00 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.362 179.303 153.974 0.00 0.00 ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.142 178.174 154.900 0.00 0.00 ATOM 1380 N SER 169 146.597 179.228 158.790 0.00 0.00 ATOM 1381 CA SER 169 146.201 178.536 160.013 0.00 0.00 ATOM 1382 C SER 169 144.705 178.721 160.301 0.00 0.00 ATOM 1383 O SER 169 143.950 179.175 159.445 0.00 0.00 ATOM 1384 CB SER 169 147.104 179.007 161.150 0.00 0.00 ATOM 1385 OG SER 169 147.109 178.065 162.182 0.00 0.00 ATOM 1386 N GLY 170 144.258 178.337 161.492 0.00 0.00 ATOM 1387 CA GLY 170 142.857 178.447 161.897 0.00 0.00 ATOM 1388 C GLY 170 142.406 179.881 162.178 0.00 0.00 ATOM 1389 O GLY 170 142.468 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