####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS231_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS231_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 65 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 113 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 12 107 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 55 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 80 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 74 111 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 111 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 17 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 84 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 83 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 84 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 83 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 83 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 17 105 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 16 30 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 24 27 117 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 46 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 80 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 64 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 83 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 1 3 5 6 109 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 20 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 88 120 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.19 88.89 94.81 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.46 0.56 0.63 0.68 0.72 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.95 0.91 0.91 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.407 0 0.033 0.033 0.407 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.282 0 0.036 0.122 0.874 100.000 97.980 0.874 LGA W 167 W 167 0.175 0 0.206 0.229 0.681 95.455 98.701 0.432 LGA I 168 I 168 0.850 0 0.119 0.994 2.695 81.818 70.909 1.481 LGA S 169 S 169 1.372 0 0.568 0.600 3.161 57.727 55.455 1.960 LGA G 170 G 170 1.418 0 0.089 0.089 1.657 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.942 0 0.039 1.384 5.786 77.727 52.727 2.973 LGA A 172 A 172 0.450 0 0.022 0.036 0.652 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.173 0 0.000 0.086 0.292 100.000 100.000 0.292 LGA Y 174 Y 174 0.384 0 0.000 0.215 1.355 100.000 86.667 1.355 LGA G 175 G 175 0.265 0 0.063 0.063 0.368 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.328 0 0.000 0.159 0.459 100.000 100.000 0.239 LGA Q 177 Q 177 0.531 0 0.062 0.267 1.092 90.909 84.040 0.567 LGA L 178 L 178 0.326 0 0.132 0.202 1.589 82.273 78.182 1.589 LGA N 179 N 179 1.468 0 0.177 0.647 5.021 62.273 37.273 5.021 LGA K 180 K 180 3.876 0 0.284 0.965 13.250 20.455 9.091 13.250 LGA K 181 K 181 1.926 0 0.453 1.165 12.171 61.818 28.687 12.171 LGA T 182 T 182 1.049 0 0.024 1.116 3.509 73.636 62.597 3.509 LGA S 183 S 183 0.539 0 0.107 0.096 0.905 86.364 84.848 0.788 LGA K 184 K 184 0.654 0 0.071 0.871 2.981 86.364 74.141 2.981 LGA L 185 L 185 0.364 0 0.066 0.072 0.664 95.455 97.727 0.449 LGA D 186 D 186 0.313 0 0.035 0.152 0.820 100.000 97.727 0.313 LGA P 187 P 187 0.575 0 0.027 0.069 1.162 82.273 82.078 0.719 LGA V 188 V 188 0.772 0 0.000 0.018 0.860 81.818 81.818 0.860 LGA E 189 E 189 0.702 0 0.040 0.214 0.860 81.818 81.818 0.614 LGA D 190 D 190 0.611 0 0.038 0.057 1.045 90.909 84.318 1.045 LGA E 191 E 191 0.395 0 0.000 0.007 0.827 100.000 89.899 0.827 LGA A 192 A 192 0.302 0 0.023 0.020 0.402 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.264 0 0.039 0.083 0.526 100.000 95.960 0.401 LGA V 194 V 194 0.183 0 0.000 0.040 0.300 100.000 100.000 0.300 LGA V 195 V 195 0.103 0 0.000 0.000 0.200 100.000 100.000 0.106 LGA Q 196 Q 196 0.177 0 0.026 0.258 1.255 100.000 92.121 0.997 LGA L 197 L 197 0.211 0 0.000 0.039 0.285 100.000 100.000 0.270 LGA I 198 I 198 0.151 0 0.039 0.072 0.348 100.000 100.000 0.267 LGA F 199 F 199 0.203 0 0.027 0.040 0.302 100.000 100.000 0.078 LGA N 200 N 200 0.289 0 0.015 0.778 1.657 100.000 87.727 1.657 LGA I 201 I 201 0.237 0 0.002 0.039 0.326 100.000 100.000 0.205 LGA F 202 F 202 0.206 0 0.000 0.014 0.307 100.000 100.000 0.264 LGA L 203 L 203 0.315 0 0.022 0.067 0.615 100.000 97.727 0.498 LGA N 204 N 204 0.325 0 0.000 0.101 1.031 100.000 91.136 0.896 LGA G 205 G 205 0.181 0 0.045 0.045 0.181 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.165 0 0.029 0.058 0.780 100.000 95.455 0.780 LGA N 207 N 207 0.551 0 0.027 0.177 1.198 86.364 82.045 0.712 LGA G 208 G 208 0.648 0 0.092 0.092 1.174 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.934 0 0.042 0.641 1.871 81.818 78.586 1.000 LGA D 210 D 210 0.951 0 0.091 0.626 1.834 81.818 77.955 1.834 LGA Y 211 Y 211 1.455 0 0.114 0.619 1.979 65.455 60.606 1.567 LGA S 212 S 212 2.151 0 0.640 0.780 5.833 41.818 29.697 5.833 LGA Y 213 Y 213 3.006 0 0.163 1.110 14.514 39.545 13.333 14.514 LGA A 215 A 215 0.749 0 0.192 0.210 1.832 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.307 0 0.000 0.142 0.604 100.000 95.455 0.604 LGA A 217 A 217 0.205 0 0.040 0.055 0.346 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.461 0 0.028 0.105 1.110 100.000 91.212 1.110 LGA H 219 H 219 0.297 0 0.000 0.091 0.611 100.000 94.545 0.582 LGA L 220 L 220 0.301 0 0.000 0.089 0.402 100.000 100.000 0.402 LGA T 221 T 221 0.339 0 0.000 0.026 0.496 100.000 100.000 0.311 LGA N 222 N 222 0.592 0 0.045 0.061 0.801 86.364 84.091 0.584 LGA L 223 L 223 0.648 0 0.037 0.064 0.912 81.818 81.818 0.627 LGA Q 224 Q 224 0.517 0 0.048 0.159 0.794 86.364 85.859 0.724 LGA I 225 I 225 0.479 0 0.050 0.105 0.517 100.000 97.727 0.151 LGA P 226 P 226 0.412 0 0.035 0.062 0.671 95.455 89.610 0.671 LGA T 227 T 227 0.365 0 0.041 0.075 0.512 100.000 97.403 0.512 LGA P 228 P 228 0.595 0 0.083 0.087 0.634 81.818 87.013 0.491 LGA S 229 S 229 0.734 0 0.152 0.160 0.821 81.818 84.848 0.448 LGA G 230 G 230 0.810 0 0.066 0.066 1.142 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.352 0 0.030 0.468 1.078 100.000 90.101 0.919 LGA K 232 K 232 0.353 0 0.087 0.260 0.833 95.455 95.960 0.833 LGA R 233 R 233 0.484 0 0.039 1.105 6.460 100.000 51.901 4.240 LGA W 234 W 234 0.502 0 0.035 0.133 0.577 86.364 90.909 0.478 LGA N 235 N 235 0.648 0 0.000 0.483 2.013 81.818 74.318 2.013 LGA Q 236 Q 236 0.662 0 0.000 0.839 3.124 86.364 62.222 3.124 LGA Y 237 Y 237 0.607 0 0.041 1.520 9.098 81.818 39.848 9.098 LGA T 238 T 238 0.442 0 0.000 0.036 0.476 100.000 100.000 0.476 LGA I 239 I 239 0.397 0 0.011 0.107 0.407 100.000 100.000 0.303 LGA K 240 K 240 0.607 0 0.018 0.179 2.682 95.455 71.717 2.682 LGA A 241 A 241 0.421 0 0.083 0.088 0.559 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.122 0 0.041 0.067 0.268 100.000 100.000 0.088 LGA L 243 L 243 0.187 0 0.037 0.055 0.477 100.000 100.000 0.286 LGA Q 244 Q 244 0.140 0 0.045 0.216 0.896 100.000 93.939 0.698 LGA N 245 N 245 0.152 0 0.015 0.081 0.481 100.000 100.000 0.481 LGA E 246 E 246 0.156 0 0.031 0.510 1.619 100.000 88.687 1.000 LGA V 247 V 247 0.156 0 0.007 0.036 0.262 100.000 100.000 0.231 LGA Y 248 Y 248 0.265 0 0.032 0.119 1.018 100.000 91.061 1.018 LGA I 249 I 249 0.177 0 0.007 0.022 0.245 100.000 100.000 0.217 LGA G 250 G 250 0.197 0 0.052 0.052 0.197 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.116 0 0.038 0.047 0.277 100.000 100.000 0.176 LGA V 252 V 252 0.271 0 0.048 0.110 0.608 100.000 97.403 0.608 LGA K 253 K 253 0.469 0 0.066 0.136 0.886 100.000 89.899 0.808 LGA Y 254 Y 254 0.532 0 0.028 0.210 2.321 95.455 70.909 2.321 LGA K 255 K 255 0.639 0 0.000 0.163 1.128 81.818 80.000 1.128 LGA V 256 V 256 0.792 0 0.063 0.064 0.842 81.818 81.818 0.741 LGA R 257 R 257 0.911 0 0.101 1.038 5.263 73.636 52.727 3.313 LGA E 258 E 258 0.897 0 0.050 0.291 1.704 73.636 69.293 1.704 LGA K 259 K 259 1.164 0 0.050 0.285 1.407 65.455 71.111 0.511 LGA T 260 T 260 0.982 0 0.016 0.169 1.302 73.636 72.468 1.041 LGA K 261 K 261 1.625 0 0.033 0.203 2.951 54.545 48.485 2.951 LGA D 262 D 262 1.349 0 0.030 0.205 1.385 65.455 71.591 0.722 LGA G 263 G 263 1.455 0 0.000 0.000 1.494 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.052 0 0.096 0.278 1.596 65.455 65.657 1.075 LGA R 265 R 265 1.054 0 0.108 0.818 1.595 69.545 65.620 1.595 LGA T 266 T 266 0.911 0 0.047 0.067 1.000 77.727 79.481 0.786 LGA I 267 I 267 0.603 0 0.026 0.073 0.844 81.818 84.091 0.733 LGA R 268 R 268 0.288 0 0.028 0.966 2.865 100.000 87.273 2.865 LGA P 269 P 269 0.249 0 0.000 0.025 0.303 100.000 100.000 0.197 LGA E 270 E 270 0.501 0 0.018 0.292 1.403 90.909 80.404 1.403 LGA K 271 K 271 0.534 0 0.079 0.743 4.825 95.455 59.192 4.793 LGA E 272 E 272 0.225 0 0.055 0.179 1.245 100.000 90.101 1.245 LGA Q 273 Q 273 0.122 0 0.046 0.107 0.484 100.000 100.000 0.484 LGA I 274 I 274 0.090 0 0.030 0.102 0.689 100.000 97.727 0.689 LGA V 275 V 275 0.285 0 0.000 0.030 0.498 100.000 100.000 0.497 LGA V 276 V 276 0.215 0 0.066 0.073 0.485 100.000 100.000 0.263 LGA Q 277 Q 277 0.044 0 0.045 0.590 2.867 100.000 79.596 2.867 LGA D 278 D 278 0.111 0 0.035 0.223 0.761 100.000 97.727 0.761 LGA A 279 A 279 0.099 0 0.012 0.026 0.169 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.228 0 0.033 0.228 0.636 100.000 96.364 0.516 LGA A 281 A 281 0.358 0 0.028 0.029 0.458 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.228 0 0.046 0.060 0.323 100.000 100.000 0.323 LGA I 283 I 283 0.380 0 0.051 0.060 0.631 95.455 95.455 0.431 LGA I 284 I 284 0.254 0 0.000 0.064 0.254 100.000 100.000 0.191 LGA D 285 D 285 0.352 0 0.023 0.312 1.091 100.000 95.682 1.091 LGA K 286 K 286 0.387 0 0.000 0.243 1.294 100.000 90.101 1.294 LGA E 287 E 287 0.465 0 0.019 0.307 1.901 100.000 86.667 0.922 LGA Q 288 Q 288 0.352 0 0.011 0.304 2.103 100.000 80.202 1.694 LGA F 289 F 289 0.182 0 0.030 0.110 0.413 100.000 100.000 0.362 LGA Q 290 Q 290 0.312 0 0.023 0.104 0.456 100.000 100.000 0.420 LGA Q 291 Q 291 0.272 0 0.034 0.112 0.571 100.000 97.980 0.453 LGA S 292 S 292 0.055 0 0.048 0.689 2.312 100.000 89.697 2.312 LGA Q 293 Q 293 0.281 0 0.000 0.242 0.789 100.000 95.960 0.789 LGA V 294 V 294 0.406 0 0.031 0.056 0.685 100.000 92.208 0.641 LGA K 295 K 295 0.204 0 0.042 0.177 0.592 95.455 95.960 0.423 LGA I 296 I 296 0.558 0 0.026 0.086 1.015 82.273 88.864 0.360 LGA A 297 A 297 1.026 0 0.124 0.142 1.681 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.627 0 0.013 0.072 3.498 61.818 49.091 2.399 LGA K 299 K 299 4.740 0 0.438 0.924 13.246 14.545 6.465 13.246 LGA V 300 V 300 2.841 0 0.049 0.072 4.166 19.091 15.844 3.269 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.896 0.859 1.826 88.865 83.527 71.520 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 96.481 98.291 13.551 LGA_LOCAL RMSD: 0.896 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.896 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.896 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.727403 * X + 0.361743 * Y + -0.583118 * Z + 153.473373 Y_new = -0.562143 * X + -0.801478 * Y + 0.204032 * Z + 150.690994 Z_new = -0.393549 * X + 0.476209 * Y + 0.786349 * Z + 142.144516 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.483654 0.404489 0.544524 [DEG: -142.3029 23.1755 31.1989 ] ZXZ: -1.907380 0.665920 -0.690645 [DEG: -109.2849 38.1544 -39.5710 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS231_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS231_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 98.291 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS231_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.029 185.067 153.375 0.00 0.00 ATOM 1346 CA GLY 165 153.446 185.802 154.504 0.00 0.00 ATOM 1347 C GLY 165 151.922 185.700 154.612 0.00 0.00 ATOM 1348 O GLY 165 151.303 186.471 155.345 0.00 0.00 ATOM 1349 N LYS 166 151.292 184.760 153.903 0.00 0.00 ATOM 1350 CA LYS 166 149.849 184.521 153.974 0.00 0.00 ATOM 1351 C LYS 166 149.509 183.705 155.229 0.00 0.00 ATOM 1352 O LYS 166 150.222 182.772 155.591 0.00 0.00 ATOM 1353 CB LYS 166 149.336 183.848 152.681 0.00 0.00 ATOM 1354 CG LYS 166 149.512 184.740 151.429 0.00 0.00 ATOM 1355 CD LYS 166 149.032 184.096 150.120 0.00 0.00 ATOM 1356 CE LYS 166 149.232 185.085 148.956 0.00 0.00 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.863 184.569 147.607 0.00 0.00 ATOM 1358 N TRP 167 148.393 184.036 155.874 0.00 0.00 ATOM 1359 CA TRP 167 147.894 183.292 157.035 0.00 0.00 ATOM 1360 C TRP 167 147.032 182.115 156.584 0.00 0.00 ATOM 1361 O TRP 167 145.974 182.304 155.988 0.00 0.00 ATOM 1362 CB TRP 167 147.128 184.226 157.960 0.00 0.00 ATOM 1363 CG TRP 167 146.738 183.588 159.249 0.00 0.00 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.582 182.937 159.498 0.00 0.00 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.531 183.497 160.474 0.00 0.00 ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.597 182.451 160.801 0.00 0.00 ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.774 182.769 161.429 0.00 0.00 ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.808 183.956 160.853 0.00 0.00 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.272 182.502 162.724 0.00 0.00 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.297 183.694 162.142 0.00 0.00 ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.535 182.969 163.065 0.00 0.00 ATOM 1372 N ILE 168 147.469 180.911 156.885 0.00 0.00 ATOM 1373 CA ILE 168 146.856 179.655 156.419 0.00 0.00 ATOM 1374 C ILE 168 146.335 178.795 157.573 0.00 0.00 ATOM 1375 O ILE 168 145.788 177.712 157.364 0.00 0.00 ATOM 1376 CB ILE 168 147.848 178.838 155.569 0.00 0.00 ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.960 179.675 154.911 0.00 0.00 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.065 178.101 154.456 0.00 0.00 ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.102 178.800 154.420 0.00 0.00 ATOM 1380 N SER 169 146.508 179.259 158.788 0.00 0.00 ATOM 1381 CA SER 169 146.006 178.601 159.993 0.00 0.00 ATOM 1382 C SER 169 144.504 178.859 160.183 0.00 0.00 ATOM 1383 O SER 169 143.854 179.455 159.328 0.00 0.00 ATOM 1384 CB SER 169 146.841 179.042 161.189 0.00 0.00 ATOM 1385 OG SER 169 148.171 178.606 161.031 0.00 0.00 ATOM 1386 N GLY 170 143.942 178.380 161.277 0.00 0.00 ATOM 1387 CA GLY 170 142.524 178.546 161.578 0.00 0.00 ATOM 1388 C GLY 170 142.156 179.978 161.979 0.00 0.00 ATOM 1389 O GLY 170 142.189 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GLN 177 138.985 192.363 159.768 0.00 0.00 ATOM 1445 OE1 GLN 177 137.880 191.940 160.056 0.00 0.00 ATOM 1446 NE2 GLN 177 139.113 193.564 159.251 0.00 0.00 ATOM 1447 N LEU 178 141.499 187.913 159.209 0.00 0.00 ATOM 1448 CA LEU 178 141.995 187.405 157.939 0.00 0.00 ATOM 1449 C LEU 178 141.324 188.140 156.771 0.00 0.00 ATOM 1450 O LEU 178 140.120 187.994 156.542 0.00 0.00 ATOM 1451 CB LEU 178 141.765 185.887 157.874 0.00 0.00 ATOM 1452 CG LEU 178 142.344 185.237 156.600 0.00 0.00 ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.866 185.311 156.565 0.00 0.00 ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.939 183.769 156.541 0.00 0.00 ATOM 1455 N ASN 179 142.113 188.845 155.983 0.00 0.00 ATOM 1456 CA ASN 179 141.660 189.398 154.714 0.00 0.00 ATOM 1457 C ASN 179 141.492 188.264 153.692 0.00 0.00 ATOM 1458 O ASN 179 142.461 187.656 153.238 0.00 0.00 ATOM 1459 CB ASN 179 142.653 190.472 154.257 0.00 0.00 ATOM 1460 CG ASN 179 142.185 191.214 153.019 0.00 0.00 ATOM 1461 OD1 ASN 179 141.571 190.671 152.110 0.00 0.00 ATOM 1462 ND2 ASN 179 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