####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS221_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS221_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 35 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 81 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 81 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 54 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 72 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 107 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 39 55 91 108 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 11 89 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 38 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 71 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 50 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 82 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 54 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 20 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 30 107 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 10 35 123 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 18 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 38 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 71 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 15 69 97 122 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 118 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 114 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 84.44 90.37 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.48 0.58 0.76 0.84 0.91 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.01 1.02 1.01 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.209 0 0.028 0.028 0.274 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.413 0 0.000 0.169 0.710 100.000 97.980 0.710 LGA W 167 W 167 0.438 0 0.191 0.136 0.732 95.455 94.805 0.636 LGA I 168 I 168 0.147 0 0.086 0.126 1.352 90.909 82.273 1.352 LGA S 169 S 169 0.682 0 0.581 0.601 2.881 68.182 70.000 1.458 LGA G 170 G 170 0.824 0 0.089 0.089 1.258 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.771 0 0.040 1.329 5.485 73.636 51.591 3.074 LGA A 172 A 172 0.850 0 0.030 0.034 0.948 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.712 0 0.011 0.198 0.803 81.818 81.818 0.572 LGA Y 174 Y 174 0.674 0 0.035 0.194 1.340 86.364 76.515 1.340 LGA G 175 G 175 0.192 0 0.045 0.045 0.223 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.225 0 0.000 0.172 0.551 100.000 95.455 0.443 LGA Q 177 Q 177 0.455 0 0.077 0.117 0.570 100.000 91.919 0.570 LGA L 178 L 178 0.447 0 0.104 0.143 1.589 90.909 82.500 1.589 LGA N 179 N 179 1.541 0 0.184 0.734 5.382 52.273 31.591 5.382 LGA K 180 K 180 4.469 0 0.247 0.925 13.539 13.182 5.859 13.539 LGA K 181 K 181 1.657 0 0.361 0.943 9.464 58.182 28.485 9.464 LGA T 182 T 182 1.147 0 0.000 1.123 3.558 69.545 62.857 3.558 LGA S 183 S 183 0.842 0 0.215 0.186 1.125 81.818 76.364 1.112 LGA K 184 K 184 1.118 0 0.040 0.842 2.763 73.636 63.232 2.763 LGA L 185 L 185 0.568 0 0.053 0.094 0.934 81.818 81.818 0.749 LGA D 186 D 186 0.338 0 0.046 0.177 0.948 100.000 95.455 0.364 LGA P 187 P 187 0.342 0 0.000 0.361 0.735 95.455 92.208 0.735 LGA V 188 V 188 0.487 0 0.002 0.036 0.842 90.909 87.013 0.636 LGA E 189 E 189 0.357 0 0.031 0.220 1.378 100.000 86.263 0.719 LGA D 190 D 190 0.106 0 0.053 0.086 0.378 100.000 100.000 0.378 LGA E 191 E 191 0.211 0 0.014 0.059 0.263 100.000 100.000 0.253 LGA A 192 A 192 0.238 0 0.034 0.035 0.288 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.174 0 0.055 0.116 0.737 100.000 97.980 0.737 LGA V 194 V 194 0.262 0 0.000 0.043 0.480 100.000 100.000 0.480 LGA V 195 V 195 0.261 0 0.023 0.048 0.290 100.000 100.000 0.251 LGA Q 196 Q 196 0.249 0 0.023 0.227 0.892 100.000 93.939 0.815 LGA L 197 L 197 0.283 0 0.026 0.068 0.399 100.000 100.000 0.399 LGA I 198 I 198 0.202 0 0.053 0.086 0.357 100.000 100.000 0.357 LGA F 199 F 199 0.167 0 0.000 0.102 0.360 100.000 100.000 0.266 LGA N 200 N 200 0.161 0 0.066 0.916 2.120 100.000 86.136 1.694 LGA I 201 I 201 0.185 0 0.044 0.040 0.507 100.000 97.727 0.507 LGA F 202 F 202 0.207 0 0.000 0.056 0.398 100.000 100.000 0.335 LGA L 203 L 203 0.121 0 0.092 0.164 0.563 95.455 97.727 0.243 LGA N 204 N 204 0.193 0 0.037 0.184 1.126 100.000 91.136 0.981 LGA G 205 G 205 0.584 0 0.049 0.049 0.708 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.430 0 0.067 0.137 0.754 86.364 90.909 0.724 LGA N 207 N 207 0.717 0 0.000 0.083 1.144 81.818 75.682 1.064 LGA G 208 G 208 0.674 0 0.012 0.012 1.061 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.937 0 0.083 0.210 2.360 81.818 69.899 2.360 LGA D 210 D 210 1.165 0 0.148 0.863 1.967 73.636 65.909 1.824 LGA Y 211 Y 211 1.408 0 0.095 0.519 1.753 65.455 61.818 1.670 LGA S 212 S 212 2.093 0 0.657 0.800 5.861 41.818 29.697 5.861 LGA Y 213 Y 213 3.060 0 0.161 1.580 14.530 36.364 12.273 14.530 LGA A 215 A 215 1.066 0 0.155 0.165 2.097 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.576 0 0.000 0.117 0.740 81.818 81.818 0.740 LGA A 217 A 217 0.613 0 0.055 0.070 0.627 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.773 0 0.000 0.103 1.540 81.818 73.939 1.540 LGA H 219 H 219 0.608 0 0.025 0.145 0.858 81.818 81.818 0.858 LGA L 220 L 220 0.577 0 0.019 0.074 0.629 81.818 88.636 0.458 LGA T 221 T 221 0.568 0 0.000 0.004 0.627 81.818 84.416 0.495 LGA N 222 N 222 0.577 0 0.027 0.144 0.907 81.818 81.818 0.907 LGA L 223 L 223 0.776 0 0.037 0.106 0.954 81.818 81.818 0.819 LGA Q 224 Q 224 0.664 0 0.038 0.279 1.269 81.818 80.000 0.662 LGA I 225 I 225 0.610 0 0.044 0.079 0.718 86.364 84.091 0.607 LGA P 226 P 226 0.551 0 0.040 0.057 0.917 81.818 81.818 0.917 LGA T 227 T 227 0.480 0 0.048 0.090 0.883 86.364 84.416 0.883 LGA P 228 P 228 0.636 0 0.124 0.160 0.720 86.364 89.610 0.441 LGA S 229 S 229 1.018 0 0.088 0.084 1.110 73.636 76.364 0.891 LGA G 230 G 230 0.979 0 0.073 0.073 1.046 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.653 0 0.019 0.510 1.410 81.818 76.364 1.099 LGA K 232 K 232 0.644 0 0.115 0.193 1.328 81.818 78.182 1.328 LGA R 233 R 233 0.602 0 0.095 1.124 5.741 86.364 44.959 4.170 LGA W 234 W 234 0.278 0 0.075 0.142 0.759 100.000 93.506 0.629 LGA N 235 N 235 0.474 0 0.008 0.409 1.854 95.455 82.727 1.854 LGA Q 236 Q 236 0.422 0 0.000 0.727 2.553 100.000 77.172 2.553 LGA Y 237 Y 237 0.486 0 0.116 0.237 0.784 90.909 90.909 0.545 LGA T 238 T 238 0.216 0 0.042 0.112 0.327 100.000 100.000 0.327 LGA I 239 I 239 0.179 0 0.068 0.162 0.500 100.000 100.000 0.500 LGA K 240 K 240 0.556 0 0.036 0.178 3.653 95.455 64.646 3.653 LGA A 241 A 241 0.520 0 0.075 0.086 0.676 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.370 0 0.019 0.079 0.437 100.000 100.000 0.437 LGA L 243 L 243 0.322 0 0.025 0.071 0.470 100.000 100.000 0.357 LGA Q 244 Q 244 0.298 0 0.100 0.256 1.300 100.000 92.121 0.867 LGA N 245 N 245 0.152 0 0.000 0.132 0.876 100.000 97.727 0.262 LGA E 246 E 246 0.309 0 0.027 0.543 1.937 100.000 85.253 1.592 LGA V 247 V 247 0.332 0 0.029 0.047 0.511 95.455 97.403 0.482 LGA Y 248 Y 248 0.358 0 0.045 0.091 1.196 100.000 88.030 1.196 LGA I 249 I 249 0.419 0 0.023 0.055 0.602 95.455 97.727 0.415 LGA G 250 G 250 0.215 0 0.029 0.029 0.228 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.424 0 0.076 0.093 0.667 95.455 94.805 0.296 LGA V 252 V 252 0.339 0 0.035 0.128 0.807 95.455 94.805 0.807 LGA K 253 K 253 0.138 0 0.044 0.040 1.045 100.000 90.101 1.045 LGA Y 254 Y 254 0.553 0 0.022 0.271 2.636 90.909 66.364 2.636 LGA K 255 K 255 0.933 0 0.074 0.163 1.923 81.818 72.929 1.923 LGA V 256 V 256 1.157 0 0.077 0.077 1.318 65.455 65.455 1.318 LGA R 257 R 257 1.262 0 0.040 1.054 4.866 65.455 48.099 2.884 LGA E 258 E 258 1.284 0 0.082 0.583 3.135 58.182 46.061 2.874 LGA K 259 K 259 2.091 0 0.039 0.156 2.862 41.364 34.747 2.862 LGA T 260 T 260 1.949 0 0.028 0.064 2.419 44.545 47.273 1.912 LGA K 261 K 261 2.683 0 0.087 0.242 4.015 27.727 24.040 4.015 LGA D 262 D 262 2.577 0 0.068 1.091 3.836 30.000 24.773 3.815 LGA G 263 G 263 2.718 0 0.042 0.042 2.718 27.273 27.273 - LGA K 264 K 264 2.241 0 0.111 0.466 2.473 38.182 41.212 1.316 LGA R 265 R 265 2.068 0 0.029 0.994 5.559 44.545 34.380 5.559 LGA T 266 T 266 1.382 0 0.045 0.052 1.632 61.818 63.377 1.068 LGA I 267 I 267 0.983 0 0.000 0.097 1.881 77.727 67.955 1.881 LGA R 268 R 268 0.148 0 0.010 0.966 2.757 95.455 82.314 1.847 LGA P 269 P 269 0.814 0 0.047 0.049 0.875 81.818 81.818 0.723 LGA E 270 E 270 0.981 0 0.000 0.307 1.437 81.818 72.727 1.437 LGA K 271 K 271 1.264 0 0.094 0.708 5.227 65.455 39.798 5.227 LGA E 272 E 272 0.854 0 0.120 0.217 1.234 81.818 80.000 0.887 LGA Q 273 Q 273 0.172 0 0.052 0.087 0.660 100.000 93.939 0.660 LGA I 274 I 274 0.181 0 0.027 0.092 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA V 275 V 275 0.353 0 0.062 0.136 0.942 95.455 89.610 0.530 LGA V 276 V 276 0.308 0 0.043 0.051 0.383 100.000 100.000 0.383 LGA Q 277 Q 277 0.150 0 0.056 0.656 2.912 100.000 84.242 2.912 LGA D 278 D 278 0.317 0 0.080 0.131 0.779 95.455 90.909 0.693 LGA A 279 A 279 0.181 0 0.045 0.045 0.274 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.288 0 0.023 0.147 0.510 100.000 98.182 0.335 LGA A 281 A 281 0.417 0 0.044 0.044 0.578 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.360 0 0.051 0.050 0.556 100.000 94.805 0.556 LGA I 283 I 283 0.319 0 0.081 0.103 0.582 95.455 95.455 0.536 LGA I 284 I 284 0.204 0 0.007 0.069 0.311 100.000 100.000 0.152 LGA D 285 D 285 0.321 0 0.096 0.717 2.009 95.455 83.409 2.009 LGA K 286 K 286 0.367 0 0.000 0.255 1.697 100.000 90.505 1.697 LGA E 287 E 287 0.393 0 0.045 0.331 1.394 100.000 94.141 0.400 LGA Q 288 Q 288 0.456 0 0.024 0.439 2.980 100.000 72.323 2.980 LGA F 289 F 289 0.310 0 0.033 0.130 0.340 100.000 100.000 0.206 LGA Q 290 Q 290 0.425 0 0.059 1.283 4.336 100.000 64.646 3.755 LGA Q 291 Q 291 0.350 0 0.052 0.095 0.536 100.000 95.960 0.536 LGA S 292 S 292 0.120 0 0.100 0.691 2.180 100.000 89.697 2.180 LGA Q 293 Q 293 0.301 0 0.026 0.249 0.806 100.000 97.980 0.806 LGA V 294 V 294 0.544 0 0.039 0.072 1.051 95.455 87.273 1.051 LGA K 295 K 295 0.351 0 0.050 0.318 0.777 100.000 97.980 0.777 LGA I 296 I 296 0.501 0 0.013 0.081 1.240 90.909 82.273 1.001 LGA A 297 A 297 0.527 0 0.081 0.083 0.765 90.909 89.091 - LGA N 298 N 298 0.595 0 0.102 0.196 2.428 74.545 59.545 2.010 LGA K 299 K 299 2.845 0 0.411 0.669 12.094 48.636 21.818 12.094 LGA V 300 V 300 1.843 0 0.133 0.126 4.207 54.545 34.286 4.207 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.988 0.956 1.831 85.182 79.192 65.439 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 95.000 97.550 12.406 LGA_LOCAL RMSD: 0.988 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.988 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.988 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.401810 * X + 0.320275 * Y + 0.857889 * Z + 156.684219 Y_new = 0.052649 * X + -0.943373 * Y + 0.327530 * Z + 153.043503 Z_new = 0.914208 * X + -0.086437 * Y + -0.395918 * Z + 139.900513 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.130288 -1.153550 -2.926645 [DEG: 7.4650 -66.0936 -167.6844 ] ZXZ: 1.935503 1.977864 1.665065 [DEG: 110.8961 113.3233 95.4012 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS221_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS221_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.550 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS221_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 154.437 184.982 153.531 1.00 85.18 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.841 185.760 154.597 1.00 85.18 C ATOM 2719 C GLY 165 152.339 185.579 154.695 1.00 85.18 C ATOM 2720 O GLY 165 151.666 186.389 155.337 1.00 85.18 O ATOM 2724 N LYS 166 151.779 184.573 154.012 1.00 85.72 N ATOM 2725 CA LYS 166 150.350 184.358 154.087 1.00 85.72 C ATOM 2726 C LYS 166 149.979 183.599 155.348 1.00 85.72 C ATOM 2727 O LYS 166 150.754 182.794 155.877 1.00 85.72 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.849 183.659 152.826 1.00 85.72 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.926 184.554 151.571 1.00 85.72 C ATOM 2730 CD LYS 166 149.419 183.853 150.302 1.00 85.72 C ATOM 2731 CE LYS 166 149.324 184.849 149.119 1.00 85.72 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.780 184.207 147.876 1.00 85.72 N ATOM 2746 N TRP 167 148.786 183.875 155.841 1.00 87.64 N ATOM 2747 CA TRP 167 148.268 183.211 157.010 1.00 87.64 C ATOM 2748 C TRP 167 147.589 181.941 156.564 1.00 87.64 C ATOM 2749 O TRP 167 146.517 181.969 155.961 1.00 87.64 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.284 184.126 157.721 1.00 87.64 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.726 183.556 158.964 1.00 87.64 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.510 182.966 159.125 1.00 87.64 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.367 183.501 160.240 1.00 87.64 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.348 182.569 160.405 1.00 87.64 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 146.470 182.883 161.111 1.00 87.64 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 148.616 183.920 160.710 1.00 87.64 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.775 182.668 162.425 1.00 87.64 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 148.930 183.702 162.032 1.00 87.64 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 148.033 183.091 162.870 1.00 87.64 C ATOM 2770 N ILE 168 148.231 180.821 156.864 1.00 82.79 N ATOM 2771 CA ILE 168 147.767 179.522 156.413 1.00 82.79 C ATOM 2772 C ILE 168 147.155 178.728 157.566 1.00 82.79 C ATOM 2773 O ILE 168 146.594 177.645 157.385 1.00 82.79 O ATOM 2774 CB ILE 168 148.937 178.824 155.703 1.00 82.79 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 149.426 179.724 154.510 1.00 82.79 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 148.586 177.479 155.209 1.00 82.79 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 148.388 180.106 153.451 1.00 82.79 C ATOM 2789 N SER 169 147.288 179.290 158.748 1.00 80.07 N ATOM 2790 CA SER 169 146.771 178.744 159.987 1.00 80.07 C ATOM 2791 C SER 169 145.288 179.088 160.100 1.00 80.07 C ATOM 2792 O SER 169 144.712 179.676 159.183 1.00 80.07 O ATOM 2793 CB SER 169 147.573 179.239 161.171 1.00 80.07 C ATOM 2794 OG SER 169 148.891 178.760 161.116 1.00 80.07 O ATOM 2800 N GLY 170 144.641 178.640 161.175 1.00 75.74 N ATOM 2801 CA GLY 170 143.201 178.831 161.331 1.00 75.74 C ATOM 2802 C GLY 170 142.809 180.152 161.993 1.00 75.74 C ATOM 2803 O GLY 170 142.998 181.233 161.425 1.00 75.74 O ATOM 2807 N LEU 171 142.243 180.092 163.191 1.00 79.55 N ATOM 2808 CA LEU 171 141.757 181.328 163.785 1.00 79.55 C ATOM 2809 C LEU 171 142.878 182.324 164.000 1.00 79.55 C ATOM 2810 O LEU 171 143.958 181.976 164.481 1.00 79.55 O ATOM 2811 CB LEU 171 141.085 181.050 165.135 1.00 79.55 C ATOM 2812 CG LEU 171 139.767 180.225 165.122 1.00 79.55 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 139.358 179.941 166.562 1.00 79.55 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 138.657 180.996 164.397 1.00 79.55 C ATOM 2826 N ALA 172 142.596 183.573 163.633 1.00 84.31 N ATOM 2827 CA ALA 172 143.534 184.664 163.781 1.00 84.31 C ATOM 2828 C ALA 172 143.744 184.940 165.268 1.00 84.31 C ATOM 2829 O ALA 172 142.825 184.713 166.059 1.00 84.31 O ATOM 2830 CB ALA 172 143.014 185.919 163.085 1.00 84.31 C ATOM 2836 N PRO 173 144.933 185.396 165.678 1.00 87.24 N ATOM 2837 CA PRO 173 145.260 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