####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS212_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS212_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 50 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 11 105 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 24 107 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 50 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 76 121 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 63 119 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 51 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 77 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 26 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 30 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 42 109 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 17 109 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 51 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 17 85 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 17 85 121 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 6 55 125 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 10 12 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 18 109 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 77 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 4 107 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 112 122 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 82.96 90.37 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.47 0.59 0.75 0.81 0.86 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.91 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: D 190 D 190 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.477 0 0.147 0.147 0.700 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.472 0 0.043 0.131 0.841 90.909 95.960 0.383 LGA W 167 W 167 0.431 0 0.100 0.111 0.916 90.909 87.013 0.818 LGA I 168 I 168 1.150 0 0.222 1.684 3.844 77.727 56.591 2.961 LGA S 169 S 169 1.241 0 0.480 0.423 3.303 50.000 50.303 1.741 LGA G 170 G 170 1.348 0 0.064 0.064 1.510 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 1.012 0 0.125 0.986 5.220 73.636 47.955 4.479 LGA A 172 A 172 0.597 0 0.083 0.139 0.907 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.138 0 0.027 0.039 0.231 100.000 100.000 0.081 LGA Y 174 Y 174 0.361 0 0.039 0.157 0.863 100.000 92.424 0.863 LGA G 175 G 175 0.321 0 0.071 0.071 0.321 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.332 0 0.043 0.107 0.391 100.000 100.000 0.285 LGA Q 177 Q 177 0.646 0 0.032 0.172 1.754 90.909 78.788 1.754 LGA L 178 L 178 0.406 0 0.083 0.167 1.578 82.273 78.182 1.578 LGA N 179 N 179 1.779 0 0.253 0.680 4.868 51.364 30.227 4.868 LGA K 180 K 180 3.332 0 0.391 1.103 6.633 26.364 12.323 5.322 LGA K 181 K 181 1.954 0 0.252 1.123 11.601 59.091 27.475 11.601 LGA T 182 T 182 0.851 0 0.058 1.132 3.307 77.727 68.052 3.307 LGA S 183 S 183 0.583 0 0.045 0.679 2.478 82.273 74.848 2.478 LGA K 184 K 184 0.621 0 0.084 0.999 3.756 81.818 70.303 3.756 LGA L 185 L 185 0.174 0 0.050 0.083 0.351 100.000 100.000 0.208 LGA D 186 D 186 0.271 0 0.050 0.318 1.448 100.000 89.091 1.406 LGA P 187 P 187 0.607 0 0.029 0.080 0.847 81.818 81.818 0.839 LGA V 188 V 188 0.997 0 0.046 0.130 1.160 77.727 72.468 1.160 LGA E 189 E 189 0.894 0 0.136 0.882 2.521 81.818 67.273 2.124 LGA D 190 D 190 0.674 0 0.073 0.154 1.064 81.818 79.773 1.064 LGA E 191 E 191 0.271 0 0.058 0.221 0.658 100.000 97.980 0.658 LGA A 192 A 192 0.241 0 0.042 0.047 0.416 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.258 0 0.074 0.506 1.571 100.000 88.687 1.571 LGA V 194 V 194 0.278 0 0.043 0.098 0.766 100.000 94.805 0.766 LGA V 195 V 195 0.158 0 0.065 0.099 0.275 100.000 100.000 0.171 LGA Q 196 Q 196 0.209 0 0.077 0.184 0.757 100.000 97.980 0.083 LGA L 197 L 197 0.268 0 0.062 1.370 3.127 100.000 74.545 2.790 LGA I 198 I 198 0.186 0 0.077 0.182 0.804 95.455 95.455 0.804 LGA F 199 F 199 0.195 0 0.037 0.097 0.287 100.000 100.000 0.205 LGA N 200 N 200 0.212 0 0.055 0.888 2.040 100.000 86.136 1.768 LGA I 201 I 201 0.219 0 0.052 0.591 2.729 100.000 88.636 2.729 LGA F 202 F 202 0.178 0 0.097 0.125 0.682 100.000 90.083 0.665 LGA L 203 L 203 0.316 0 0.066 0.186 0.429 100.000 100.000 0.323 LGA N 204 N 204 0.316 0 0.056 1.079 2.559 95.455 82.500 1.810 LGA G 205 G 205 0.430 0 0.083 0.083 0.448 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.399 0 0.160 1.431 3.205 86.818 65.227 3.205 LGA N 207 N 207 1.208 0 0.059 1.117 4.679 69.545 50.909 2.037 LGA G 208 G 208 1.355 0 0.139 0.139 1.408 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.673 0 0.070 0.227 2.469 50.909 46.667 2.469 LGA D 210 D 210 1.703 0 0.061 0.740 1.990 54.545 54.545 1.792 LGA Y 211 Y 211 1.942 0 0.182 0.633 2.485 50.909 46.667 2.047 LGA S 212 S 212 2.462 0 0.656 0.613 4.885 36.364 25.455 4.885 LGA Y 213 Y 213 3.076 0 0.172 1.294 13.980 36.364 12.273 13.980 LGA A 215 A 215 1.244 0 0.220 0.233 2.131 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.459 0 0.000 0.135 0.614 95.455 95.455 0.353 LGA A 217 A 217 0.378 0 0.048 0.060 0.435 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.644 0 0.104 0.201 1.447 95.455 88.182 1.447 LGA H 219 H 219 0.463 0 0.054 0.904 1.945 95.455 81.455 1.372 LGA L 220 L 220 0.489 0 0.076 0.202 2.055 100.000 79.545 2.055 LGA T 221 T 221 0.217 0 0.029 0.043 0.553 100.000 97.403 0.354 LGA N 222 N 222 0.573 0 0.120 0.139 1.143 82.273 84.318 0.555 LGA L 223 L 223 0.879 0 0.158 1.255 4.215 86.364 65.000 4.215 LGA Q 224 Q 224 0.766 0 0.162 0.721 2.811 77.727 65.253 2.811 LGA I 225 I 225 0.608 0 0.094 0.090 0.656 86.364 86.364 0.528 LGA P 226 P 226 0.527 0 0.036 0.094 0.936 81.818 81.818 0.936 LGA T 227 T 227 0.516 0 0.033 0.192 0.696 95.455 94.805 0.696 LGA P 228 P 228 0.391 0 0.602 0.757 3.351 70.909 78.182 0.909 LGA S 229 S 229 0.786 0 0.084 0.132 1.019 77.727 79.091 0.878 LGA G 230 G 230 0.625 0 0.249 0.249 1.870 74.091 74.091 - LGA K 231 K 231 0.467 0 0.055 0.885 5.135 95.455 63.030 5.135 LGA K 232 K 232 0.309 0 0.270 0.900 6.481 83.182 55.960 6.481 LGA R 233 R 233 0.082 0 0.031 1.024 3.696 100.000 68.595 3.696 LGA W 234 W 234 0.351 0 0.071 0.188 0.672 95.455 92.208 0.665 LGA N 235 N 235 0.898 0 0.075 0.810 2.491 81.818 74.318 0.549 LGA Q 236 Q 236 0.567 0 0.066 1.278 4.960 81.818 58.788 4.960 LGA Y 237 Y 237 0.497 0 0.078 0.226 1.932 90.909 78.182 1.932 LGA T 238 T 238 0.374 0 0.038 0.207 0.602 100.000 92.208 0.562 LGA I 239 I 239 0.170 0 0.012 0.181 0.635 100.000 97.727 0.635 LGA K 240 K 240 0.415 0 0.085 1.288 5.116 95.455 72.525 5.116 LGA A 241 A 241 0.371 0 0.096 0.110 0.662 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.144 0 0.058 0.114 0.659 100.000 97.727 0.659 LGA L 243 L 243 0.515 0 0.365 0.448 2.807 68.636 77.500 0.721 LGA Q 244 Q 244 0.344 0 0.128 1.287 3.992 100.000 66.263 2.435 LGA N 245 N 245 0.560 0 0.028 1.077 3.266 81.818 67.955 1.628 LGA E 246 E 246 0.551 0 0.091 0.570 3.082 95.455 67.677 3.082 LGA V 247 V 247 0.355 0 0.030 0.116 0.565 100.000 97.403 0.565 LGA Y 248 Y 248 0.499 0 0.063 0.145 1.000 95.455 85.000 1.000 LGA I 249 I 249 0.324 0 0.049 0.073 0.487 100.000 100.000 0.487 LGA G 250 G 250 0.194 0 0.150 0.150 0.723 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.109 0 0.055 0.180 0.659 100.000 97.403 0.659 LGA V 252 V 252 0.309 0 0.036 0.127 0.407 100.000 100.000 0.279 LGA K 253 K 253 0.600 0 0.168 0.669 2.642 82.273 69.293 2.024 LGA Y 254 Y 254 0.269 0 0.075 0.384 2.058 100.000 81.970 2.058 LGA K 255 K 255 0.771 0 0.000 0.562 1.710 81.818 76.566 1.710 LGA V 256 V 256 0.924 0 0.108 1.085 3.251 81.818 62.597 2.969 LGA R 257 R 257 0.666 0 0.098 1.376 7.386 70.000 47.603 7.386 LGA E 258 E 258 1.208 0 0.134 1.094 3.668 65.909 49.293 2.569 LGA K 259 K 259 1.656 0 0.077 0.872 6.318 54.545 31.717 6.318 LGA T 260 T 260 1.874 0 0.030 0.312 3.178 50.909 41.039 2.577 LGA K 261 K 261 2.143 0 0.106 1.213 4.792 38.636 31.313 4.792 LGA D 262 D 262 2.211 0 0.144 0.487 3.071 38.182 37.273 3.071 LGA G 263 G 263 2.070 0 0.051 0.051 2.070 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.687 0 0.110 0.985 4.519 50.909 42.020 4.519 LGA R 265 R 265 1.356 0 0.129 1.730 9.681 65.455 32.893 9.681 LGA T 266 T 266 1.141 0 0.096 0.882 1.707 78.182 70.649 1.707 LGA I 267 I 267 0.858 0 0.104 0.590 1.994 74.091 68.182 1.994 LGA R 268 R 268 0.608 0 0.084 1.563 5.367 90.909 54.876 4.849 LGA P 269 P 269 0.247 0 0.037 0.099 0.620 100.000 97.403 0.405 LGA E 270 E 270 0.698 0 0.311 0.701 4.320 66.818 44.848 3.975 LGA K 271 K 271 0.994 0 0.206 1.540 10.327 77.727 41.414 10.327 LGA E 272 E 272 0.680 0 0.045 0.794 1.805 90.909 76.970 1.474 LGA Q 273 Q 273 0.193 0 0.104 0.325 1.425 95.455 90.101 1.425 LGA I 274 I 274 0.100 0 0.093 0.204 0.534 95.455 95.455 0.254 LGA V 275 V 275 0.205 0 0.000 1.133 2.778 95.455 80.000 1.944 LGA V 276 V 276 0.190 0 0.127 0.113 0.433 100.000 100.000 0.413 LGA Q 277 Q 277 0.149 0 0.058 1.054 4.241 100.000 75.152 1.583 LGA D 278 D 278 0.163 0 0.060 0.504 1.743 100.000 83.409 1.743 LGA A 279 A 279 0.210 0 0.011 0.015 0.378 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.094 0 0.048 0.107 0.287 100.000 100.000 0.287 LGA A 281 A 281 0.292 0 0.089 0.117 0.477 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.210 0 0.053 0.132 0.487 100.000 100.000 0.236 LGA I 283 I 283 0.223 0 0.055 0.086 0.419 100.000 100.000 0.274 LGA I 284 I 284 0.319 0 0.050 0.100 0.366 100.000 100.000 0.176 LGA D 285 D 285 0.321 0 0.075 0.510 1.837 95.455 85.000 1.210 LGA K 286 K 286 0.544 0 0.054 0.563 1.668 86.364 76.768 1.668 LGA E 287 E 287 0.676 0 0.053 1.204 5.876 90.909 57.374 3.730 LGA Q 288 Q 288 0.259 0 0.104 1.065 4.659 95.455 63.434 4.225 LGA F 289 F 289 0.251 0 0.056 0.151 0.811 100.000 91.736 0.797 LGA Q 290 Q 290 0.540 0 0.046 1.046 3.487 86.364 67.273 2.815 LGA Q 291 Q 291 0.325 0 0.093 0.976 4.575 95.455 63.434 4.575 LGA S 292 S 292 0.271 0 0.097 0.661 1.989 100.000 88.788 1.989 LGA Q 293 Q 293 0.549 0 0.099 0.325 1.567 86.364 74.949 1.033 LGA V 294 V 294 0.453 0 0.048 0.073 0.556 95.455 94.805 0.245 LGA K 295 K 295 0.194 0 0.052 0.160 0.396 100.000 100.000 0.203 LGA I 296 I 296 0.464 0 0.034 0.109 0.612 100.000 95.455 0.563 LGA A 297 A 297 0.453 0 0.022 0.033 0.681 100.000 96.364 - LGA N 298 N 298 0.188 0 0.071 0.670 2.571 100.000 84.318 0.838 LGA K 299 K 299 0.671 0 0.057 1.112 5.536 78.182 56.970 5.536 LGA V 300 V 300 1.405 0 0.129 1.105 3.637 61.818 49.610 3.637 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.895 0.916 1.936 85.620 76.026 52.956 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 94.815 97.534 13.568 LGA_LOCAL RMSD: 0.895 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.895 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.895 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.836078 * X + 0.403057 * Y + -0.372181 * Z + 145.647247 Y_new = 0.547146 * X + -0.563065 * Y + 0.619346 * Z + 161.896179 Z_new = 0.040070 * X + -0.721458 * Y + -0.691297 * Z + 183.433273 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.579476 -0.040080 -2.334849 [DEG: 33.2015 -2.2964 -133.7770 ] ZXZ: -2.600492 2.334079 3.086110 [DEG: -148.9973 133.7329 176.8211 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS212_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS212_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 97.534 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS212_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT new_parent ATOM 1345 N GLY 165 153.802 184.812 153.478 1.00 25.11 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.325 185.552 154.700 1.00 25.11 C ATOM 1347 C GLY 165 151.798 185.666 154.583 1.00 25.11 C ATOM 1348 O GLY 165 151.161 186.700 154.873 1.00 25.11 O ATOM 1349 N LYS 166 151.149 184.613 154.117 1.00 26.45 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.683 184.494 154.175 1.00 26.45 C ATOM 1351 C LYS 166 149.271 183.561 155.345 1.00 26.45 C ATOM 1352 O LYS 166 149.923 182.522 155.501 1.00 26.45 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.291 183.858 152.867 1.00 26.45 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.493 184.768 151.603 1.00 26.45 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.081 184.073 150.335 1.00 26.45 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.149 185.030 149.112 1.00 26.45 C ATOM 1357 NZ LYS 166 149.235 184.254 147.807 1.00 26.45 N ATOM 1358 N TRP 167 148.222 183.839 156.085 1.00 28.70 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.723 183.169 157.225 1.00 28.70 C ATOM 1360 C TRP 167 146.737 182.031 156.886 1.00 28.70 C ATOM 1361 O TRP 167 145.552 182.191 156.635 1.00 28.70 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.042 184.224 158.244 1.00 28.70 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.682 183.703 159.574 1.00 28.70 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.447 183.242 159.928 1.00 28.70 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.572 183.376 160.652 1.00 28.70 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.562 182.699 161.197 1.00 28.70 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.848 182.804 161.673 1.00 28.70 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.964 183.557 160.864 1.00 28.70 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.387 182.318 162.808 1.00 28.70 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.570 183.124 162.084 1.00 28.70 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.758 182.558 163.127 1.00 28.70 C ATOM 1372 N ILE 168 147.246 180.792 156.812 1.00 44.39 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.559 179.574 156.416 1.00 44.39 C ATOM 1374 C ILE 168 146.180 178.645 157.604 1.00 44.39 C ATOM 1375 O ILE 168 145.920 177.407 157.460 1.00 44.39 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.215 178.778 155.241 1.00 44.39 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.786 178.683 155.294 1.00 44.39 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.883 179.556 153.934 1.00 44.39 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.313 177.904 156.492 1.00 44.39 C ATOM 1380 N SER 169 146.236 179.183 158.847 1.00 24.66 N ATOM 1381 CA SER 169 146.223 178.499 160.136 1.00 24.66 C ATOM 1382 C SER 169 144.940 177.860 160.529 1.00 24.66 C ATOM 1383 O SER 169 144.968 176.641 160.882 1.00 24.66 O ATOM 1384 CB SER 169 146.707 179.385 161.236 1.00 24.66 C ATOM 1385 OG SER 169 147.934 180.043 160.913 1.00 24.66 O ATOM 1386 N GLY 170 143.829 178.641 160.599 1.00 22.87 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.735 178.368 161.563 1.00 22.87 C ATOM 1388 C GLY 170 142.066 179.711 161.977 1.00 22.87 C ATOM 1389 O GLY 170 141.858 180.575 161.098 1.00 22.87 O ATOM 1390 N LEU 171 141.812 179.945 163.238 1.00 35.42 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.365 181.206 163.753 1.00 35.42 C ATOM 1392 C LEU 171 142.619 182.189 163.528 1.00 35.42 C ATOM 1393 O LEU 171 143.760 181.716 163.636 1.00 35.42 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.030 181.122 165.238 1.00 35.42 C ATOM 1395 CG LEU 171 140.034 182.244 165.656 1.00 35.42 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 138.607 182.022 165.319 1.00 35.42 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 140.073 182.463 167.142 1.00 35.42 C ATOM 1398 N ALA 172 142.434 183.474 163.320 1.00 43.49 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.468 184.515 163.420 1.00 43.49 C ATOM 1400 C ALA 172 144.082 184.656 164.786 1.00 43.49 C ATOM 1401 O ALA 172 143.513 184.111 165.723 1.00 43.49 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.902 185.859 162.817 1.00 43.49 C ATOM 1403 N PRO 173 145.119 185.491 164.987 1.00 36.32 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.385 185.917 166.345 1.00 36.32 C ATOM 1405 C PRO 173 144.506 187.099 166.730 1.00 36.32 C ATOM 1406 O PRO 173 144.055 187.835 165.882 1.00 36.32 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.863 186.327 166.343 1.00 36.32 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.402 186.073 164.946 1.00 36.32 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.203 185.738 164.062 1.00 36.32 C ATOM 1410 N TYR 174 144.275 187.274 168.024 1.00 28.70 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.555 188.422 168.688 1.00 28.70 C ATOM 1412 C TYR 174 144.268 189.732 168.235 1.00 28.70 C ATOM 1413 O TYR 174 145.494 189.810 168.226 1.00 28.70 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.557 188.269 170.207 1.00 28.70 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.615 189.230 170.885 1.00 28.70 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.132 190.155 171.787 1.00 28.70 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.240 188.969 170.984 1.00 28.70 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.349 191.074 172.582 1.00 28.70 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.377 189.779 171.791 1.00 28.70 C ATOM 1420 CZ TYR 174 140.940 190.894 172.479 1.00 28.70 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.170 191.816 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