####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS212_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS212_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 33 103 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 13 106 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 23 106 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 54 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 27 122 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 24 74 122 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 60 122 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 52 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 81 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 75 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 82 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 77 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 40 110 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 20 110 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 103 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 103 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 3 121 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 3 49 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 11 12 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 61 112 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 82 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 81 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 17 106 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 113 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 83.70 91.85 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.47 0.61 0.75 0.78 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.90 0.89 0.88 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: D 190 D 190 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.335 0 0.141 0.141 0.580 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.412 0 0.099 0.680 1.266 86.818 84.242 0.831 LGA W 167 W 167 0.458 0 0.331 0.493 1.138 91.364 89.740 0.766 LGA I 168 I 168 1.419 0 0.304 1.537 3.572 69.545 53.636 1.549 LGA S 169 S 169 1.288 0 0.337 0.298 2.721 52.273 51.818 1.763 LGA G 170 G 170 1.526 0 0.049 0.049 1.526 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.916 0 0.138 1.343 5.297 77.727 57.273 2.480 LGA A 172 A 172 0.467 0 0.085 0.099 0.707 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.128 0 0.045 0.082 0.263 100.000 100.000 0.189 LGA Y 174 Y 174 0.486 0 0.046 0.231 1.904 100.000 80.152 1.904 LGA G 175 G 175 0.393 0 0.181 0.181 0.619 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.267 0 0.000 0.125 0.428 100.000 100.000 0.351 LGA Q 177 Q 177 0.164 0 0.099 0.214 1.190 100.000 92.121 1.190 LGA L 178 L 178 0.469 0 0.147 1.090 2.532 86.818 69.545 2.532 LGA N 179 N 179 1.713 0 0.293 0.657 5.074 58.636 32.955 5.074 LGA K 180 K 180 3.346 0 0.451 1.149 6.900 26.364 12.323 5.710 LGA K 181 K 181 1.805 0 0.268 1.421 11.383 62.273 28.889 11.383 LGA T 182 T 182 0.857 0 0.000 1.164 3.427 77.727 68.052 3.427 LGA S 183 S 183 0.809 0 0.121 0.603 2.693 82.273 70.303 2.693 LGA K 184 K 184 0.583 0 0.098 0.940 3.427 77.727 71.111 3.427 LGA L 185 L 185 0.353 0 0.064 0.109 0.520 100.000 97.727 0.386 LGA D 186 D 186 0.264 0 0.011 0.282 1.380 100.000 89.091 1.380 LGA P 187 P 187 0.612 0 0.006 0.037 0.774 86.364 84.416 0.695 LGA V 188 V 188 0.778 0 0.029 0.107 0.866 81.818 81.818 0.832 LGA E 189 E 189 0.579 0 0.075 0.974 3.613 81.818 67.677 2.130 LGA D 190 D 190 0.519 0 0.066 0.734 3.363 86.364 65.227 3.363 LGA E 191 E 191 0.349 0 0.060 0.142 0.549 95.455 95.960 0.505 LGA A 192 A 192 0.394 0 0.080 0.080 0.394 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.503 0 0.136 0.837 3.155 90.909 68.485 2.384 LGA V 194 V 194 0.471 0 0.061 0.116 0.889 100.000 92.208 0.889 LGA V 195 V 195 0.223 0 0.017 0.061 0.380 100.000 100.000 0.380 LGA Q 196 Q 196 0.208 0 0.063 1.072 4.906 100.000 68.081 4.906 LGA L 197 L 197 0.220 0 0.065 1.387 3.444 100.000 74.545 2.634 LGA I 198 I 198 0.156 0 0.079 0.086 0.562 95.455 97.727 0.133 LGA F 199 F 199 0.235 0 0.087 0.153 0.491 100.000 100.000 0.328 LGA N 200 N 200 0.388 0 0.033 1.124 4.486 100.000 69.091 4.486 LGA I 201 I 201 0.112 0 0.089 0.135 1.049 100.000 93.409 1.049 LGA F 202 F 202 0.310 0 0.061 0.124 0.536 100.000 96.694 0.389 LGA L 203 L 203 0.241 0 0.073 0.141 0.296 100.000 100.000 0.263 LGA N 204 N 204 0.283 0 0.034 1.093 3.333 90.909 76.364 1.168 LGA G 205 G 205 0.396 0 0.104 0.104 0.556 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.599 0 0.033 1.189 3.898 77.727 63.864 1.779 LGA N 207 N 207 1.320 0 0.061 1.100 4.053 65.455 51.136 2.181 LGA G 208 G 208 1.327 0 0.159 0.159 2.393 55.000 55.000 - LGA K 209 K 209 1.549 0 0.050 0.235 2.662 61.818 50.303 2.662 LGA D 210 D 210 1.628 0 0.057 0.768 1.882 58.182 62.045 1.368 LGA Y 211 Y 211 2.029 0 0.245 0.851 2.467 47.727 45.606 1.954 LGA S 212 S 212 2.527 0 0.628 0.572 5.250 30.455 21.212 5.250 LGA Y 213 Y 213 3.065 0 0.142 1.259 14.318 39.545 13.333 14.318 LGA A 215 A 215 1.073 0 0.179 0.193 1.785 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.286 0 0.095 0.260 0.499 100.000 100.000 0.499 LGA A 217 A 217 0.236 0 0.096 0.123 0.621 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.398 0 0.028 0.186 1.223 100.000 91.212 1.223 LGA H 219 H 219 0.313 0 0.105 1.140 2.864 95.455 76.182 2.319 LGA L 220 L 220 0.345 0 0.069 0.209 1.636 100.000 82.955 1.636 LGA T 221 T 221 0.425 0 0.033 0.147 0.621 100.000 97.403 0.199 LGA N 222 N 222 0.415 0 0.081 0.252 1.144 95.455 88.864 0.468 LGA L 223 L 223 0.510 0 0.128 0.139 1.004 95.455 86.591 1.004 LGA Q 224 Q 224 0.869 0 0.277 1.007 2.966 77.727 68.485 2.966 LGA I 225 I 225 0.637 0 0.098 0.676 3.045 86.364 76.136 3.045 LGA P 226 P 226 0.461 0 0.058 0.125 1.051 86.364 84.675 0.770 LGA T 227 T 227 0.308 0 0.103 0.112 0.407 100.000 100.000 0.375 LGA P 228 P 228 0.316 0 0.637 0.867 3.149 70.455 77.922 0.726 LGA S 229 S 229 0.887 0 0.109 0.178 1.249 77.727 73.636 1.008 LGA G 230 G 230 0.643 0 0.343 0.343 2.213 70.909 70.909 - LGA K 231 K 231 0.485 0 0.042 0.818 4.400 95.455 66.667 4.400 LGA K 232 K 232 0.325 0 0.243 1.696 7.106 83.182 55.758 7.106 LGA R 233 R 233 0.271 0 0.052 1.062 3.865 95.455 69.091 3.865 LGA W 234 W 234 0.366 0 0.043 0.234 0.839 100.000 92.208 0.833 LGA N 235 N 235 0.648 0 0.106 0.917 2.866 90.909 77.500 0.629 LGA Q 236 Q 236 0.458 0 0.044 1.196 4.806 100.000 68.081 4.806 LGA Y 237 Y 237 0.590 0 0.041 1.407 9.485 86.364 40.758 9.485 LGA T 238 T 238 0.432 0 0.050 0.093 0.913 100.000 92.208 0.913 LGA I 239 I 239 0.420 0 0.034 0.154 0.731 100.000 95.455 0.403 LGA K 240 K 240 0.807 0 0.030 1.353 4.877 81.818 61.414 4.877 LGA A 241 A 241 0.626 0 0.045 0.065 0.706 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.184 0 0.093 0.107 0.334 100.000 100.000 0.250 LGA L 243 L 243 0.604 0 0.337 0.389 2.636 68.636 77.500 0.752 LGA Q 244 Q 244 0.213 0 0.066 0.817 2.556 100.000 77.172 1.982 LGA N 245 N 245 0.659 0 0.105 1.093 3.652 90.909 67.727 1.968 LGA E 246 E 246 0.412 0 0.047 0.477 2.746 100.000 73.737 2.746 LGA V 247 V 247 0.270 0 0.050 0.117 0.387 100.000 100.000 0.134 LGA Y 248 Y 248 0.313 0 0.078 0.135 0.894 100.000 89.394 0.894 LGA I 249 I 249 0.188 0 0.015 0.078 0.291 100.000 100.000 0.291 LGA G 250 G 250 0.073 0 0.077 0.077 0.375 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.189 0 0.054 0.058 0.486 100.000 100.000 0.329 LGA V 252 V 252 0.409 0 0.013 0.102 0.489 100.000 100.000 0.489 LGA K 253 K 253 0.524 0 0.071 0.435 2.187 95.455 77.778 1.967 LGA Y 254 Y 254 0.543 0 0.042 0.177 2.691 90.909 66.212 2.691 LGA K 255 K 255 0.780 0 0.000 0.492 1.484 81.818 78.182 1.484 LGA V 256 V 256 0.852 0 0.101 1.019 2.880 81.818 66.234 2.843 LGA R 257 R 257 0.586 0 0.118 1.093 7.125 70.000 44.959 7.070 LGA E 258 E 258 1.107 0 0.207 1.120 3.911 59.091 47.475 2.120 LGA K 259 K 259 1.343 0 0.025 0.895 5.184 65.455 42.020 5.184 LGA T 260 T 260 1.700 0 0.077 0.393 3.086 50.909 41.039 2.582 LGA K 261 K 261 1.998 0 0.075 1.149 5.114 44.545 34.545 5.114 LGA D 262 D 262 1.978 0 0.059 0.401 2.546 50.909 46.364 2.546 LGA G 263 G 263 1.858 0 0.040 0.040 1.879 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.349 0 0.100 1.012 4.651 65.455 50.101 4.651 LGA R 265 R 265 1.281 0 0.081 1.702 9.106 65.455 36.198 9.106 LGA T 266 T 266 0.989 0 0.066 0.696 1.847 77.727 72.727 1.847 LGA I 267 I 267 1.015 0 0.080 1.282 5.442 61.818 43.864 5.442 LGA R 268 R 268 0.560 0 0.036 1.538 5.647 86.364 55.207 5.024 LGA P 269 P 269 0.219 0 0.028 0.055 0.780 100.000 92.208 0.719 LGA E 270 E 270 0.777 0 0.369 0.613 4.680 66.818 43.030 4.296 LGA K 271 K 271 0.980 0 0.127 1.386 10.045 81.818 43.232 10.045 LGA E 272 E 272 0.568 0 0.066 0.762 1.919 86.364 74.949 1.495 LGA Q 273 Q 273 0.401 0 0.037 0.329 1.794 95.455 82.626 1.794 LGA I 274 I 274 0.274 0 0.052 0.172 0.441 100.000 100.000 0.239 LGA V 275 V 275 0.508 0 0.047 1.251 2.549 86.364 71.429 2.549 LGA V 276 V 276 0.340 0 0.038 0.220 0.840 100.000 94.805 0.705 LGA Q 277 Q 277 0.161 0 0.065 1.261 4.920 95.455 68.081 1.989 LGA D 278 D 278 0.251 0 0.070 0.414 2.033 100.000 79.545 1.695 LGA A 279 A 279 0.034 0 0.045 0.048 0.281 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.365 0 0.041 0.111 0.455 100.000 100.000 0.364 LGA A 281 A 281 0.301 0 0.040 0.049 0.422 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.271 0 0.089 0.363 1.105 100.000 95.065 1.105 LGA I 283 I 283 0.380 0 0.027 0.097 0.661 95.455 93.182 0.661 LGA I 284 I 284 0.304 0 0.025 0.079 0.626 100.000 97.727 0.626 LGA D 285 D 285 0.497 0 0.049 0.238 1.375 100.000 91.136 0.479 LGA K 286 K 286 0.482 0 0.043 0.558 1.976 90.909 80.808 1.976 LGA E 287 E 287 0.694 0 0.043 1.214 5.506 90.909 62.626 3.345 LGA Q 288 Q 288 0.140 0 0.050 0.706 3.334 100.000 68.485 2.774 LGA F 289 F 289 0.025 0 0.037 0.211 0.763 100.000 91.736 0.763 LGA Q 290 Q 290 0.422 0 0.048 1.081 4.128 100.000 71.515 3.121 LGA Q 291 Q 291 0.502 0 0.061 0.996 5.291 95.455 62.424 5.291 LGA S 292 S 292 0.251 0 0.065 0.742 2.337 100.000 89.697 2.337 LGA Q 293 Q 293 0.344 0 0.054 0.376 1.350 100.000 88.283 1.002 LGA V 294 V 294 0.358 0 0.040 0.075 0.689 100.000 97.403 0.359 LGA K 295 K 295 0.206 0 0.056 0.146 0.484 100.000 100.000 0.369 LGA I 296 I 296 0.350 0 0.091 0.088 0.775 95.455 88.636 0.566 LGA A 297 A 297 0.763 0 0.113 0.146 0.939 81.818 81.818 - LGA N 298 N 298 0.372 0 0.033 0.792 2.743 95.455 77.727 1.360 LGA K 299 K 299 0.555 0 0.062 1.090 5.226 82.273 52.525 5.226 LGA V 300 V 300 1.416 0 0.126 1.133 3.649 61.818 49.610 3.649 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.871 0.893 2.009 86.273 75.274 51.826 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 95.370 97.853 13.909 LGA_LOCAL RMSD: 0.871 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.871 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.871 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.835982 * X + 0.404598 * Y + -0.370721 * Z + 145.626266 Y_new = 0.547142 * X + -0.562765 * Y + 0.619622 * Z + 161.925812 Z_new = 0.042070 * X + -0.720830 * Y + -0.691834 * Z + 183.472916 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.579525 -0.042082 -2.335672 [DEG: 33.2043 -2.4111 -133.8241 ] ZXZ: -2.602423 2.334822 3.083296 [DEG: -149.1079 133.7755 176.6599 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS212_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS212_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 97.853 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS212_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT new_parent ATOM 1345 N GLY 165 153.955 184.913 153.276 1.00 32.39 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.446 185.565 154.492 1.00 32.39 C ATOM 1347 C GLY 165 151.869 185.692 154.590 1.00 32.39 C ATOM 1348 O GLY 165 151.287 186.760 154.950 1.00 32.39 O ATOM 1349 N LYS 166 151.237 184.594 154.185 1.00 25.50 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.752 184.582 154.230 1.00 25.50 C ATOM 1351 C LYS 166 149.276 183.546 155.248 1.00 25.50 C ATOM 1352 O LYS 166 149.663 182.343 155.170 1.00 25.50 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.144 184.162 152.813 1.00 25.50 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.291 185.283 151.808 1.00 25.50 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.895 184.890 150.401 1.00 25.50 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.974 184.094 149.582 1.00 25.50 C ATOM 1357 NZ LYS 166 149.504 183.355 148.384 1.00 25.50 N ATOM 1358 N TRP 167 148.394 183.893 156.139 1.00 24.29 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.755 183.087 157.194 1.00 24.29 C ATOM 1360 C TRP 167 146.946 181.968 156.506 1.00 24.29 C ATOM 1361 O TRP 167 146.292 182.261 155.475 1.00 24.29 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.747 183.940 157.985 1.00 24.29 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.691 183.569 159.481 1.00 24.29 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.673 182.905 160.069 1.00 24.29 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.694 183.707 160.445 1.00 24.29 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.950 182.772 161.438 1.00 24.29 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 147.232 183.183 161.709 1.00 24.29 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.971 184.256 160.426 1.00 24.29 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 148.009 183.028 162.820 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ATOM 1387 CA GLY 170 142.641 178.282 161.689 1.00 16.19 C ATOM 1388 C GLY 170 142.183 179.746 162.034 1.00 16.19 C ATOM 1389 O GLY 170 142.102 180.558 161.149 1.00 16.19 O ATOM 1390 N LEU 171 142.005 180.038 163.328 1.00 36.03 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.608 181.374 163.868 1.00 36.03 C ATOM 1392 C LEU 171 142.732 182.266 163.435 1.00 36.03 C ATOM 1393 O LEU 171 143.897 181.874 163.310 1.00 36.03 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.362 181.323 165.392 1.00 36.03 C ATOM 1395 CG LEU 171 140.139 180.516 165.728 1.00 36.03 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.962 180.361 167.230 1.00 36.03 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.838 181.072 165.213 1.00 36.03 C ATOM 1398 N ALA 172 142.393 183.528 163.279 1.00 43.32 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.350 184.693 163.286 1.00 43.32 C ATOM 1400 C ALA 172 143.754 184.910 164.725 1.00 43.32 C ATOM 1401 O ALA 172 143.142 184.405 165.673 1.00 43.32 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.622 186.006 162.797 1.00 43.32 C ATOM 1403 N PRO 173 144.984 185.461 164.979 1.00 34.00 N ATOM 1404 CA PRO 173 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ASN 204 155.653 201.433 180.240 1.00 34.41 C ATOM 1664 OD1 ASN 204 155.217 201.436 179.125 1.00 34.41 O ATOM 1665 ND2 ASN 204 157.003 201.538 180.458 1.00 34.41 N ATOM 1666 N GLY 205 153.462 199.126 183.819 1.00 24.29 N ATOM 1667 CA GLY 205 152.627 198.836 184.929 1.00 24.29 C ATOM 1668 C GLY 205 151.329 199.696 184.913 1.00 24.29 C ATOM 1669 O GLY 205 150.836 199.992 183.841 1.00 24.29 O ATOM 1670 N LEU 206 150.792 200.116 186.084 1.00 35.22 N ATOM 1671 CA LEU 206 149.645 201.002 186.184 1.00 35.22 C ATOM 1672 C LEU 206 149.730 201.742 187.542 1.00 35.22 C ATOM 1673 O LEU 206 149.971 201.082 188.553 1.00 35.22 O ATOM 1674 CB LEU 206 148.314 200.241 186.087 1.00 35.22 C ATOM 1675 CG LEU 206 147.100 201.173 186.160 1.00 35.22 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 146.156 201.069 184.935 1.00 35.22 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 146.272 201.069 187.467 1.00 35.22 C ATOM 1678 N ASN 207 149.527 203.055 187.602 1.00 31.98 N ATOM 1679 CA ASN 207 149.578 203.890 188.860 1.00 31.98 C ATOM 1680 C ASN 207 150.880 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ATOM 1871 CG LYS 232 131.969 188.605 181.538 1.00 23.88 C ATOM 1872 CD LYS 232 131.978 189.845 180.624 1.00 23.88 C ATOM 1873 CE LYS 232 132.403 191.087 181.474 1.00 23.88 C ATOM 1874 NZ LYS 232 133.786 191.076 181.865 1.00 23.88 N ATOM 1875 N ARG 233 135.926 186.189 181.515 1.00 29.96 N ATOM 1876 CA ARG 233 136.984 186.124 182.568 1.00 29.96 C ATOM 1877 C ARG 233 138.230 185.722 181.842 1.00 29.96 C ATOM 1878 O ARG 233 138.480 184.557 181.552 1.00 29.96 O ATOM 1879 CB ARG 233 136.555 185.188 183.660 1.00 29.96 C ATOM 1880 CG ARG 233 137.002 185.466 185.124 1.00 29.96 C ATOM 1881 CD ARG 233 138.522 185.476 185.299 1.00 29.96 C ATOM 1882 NE ARG 233 139.098 186.194 186.512 1.00 29.96 N ATOM 1883 CZ ARG 233 140.314 186.774 186.739 1.00 29.96 C ATOM 1884 NH1 ARG 233 141.323 186.674 185.872 1.00 29.96 N ATOM 1885 NH2 ARG 233 140.534 187.294 187.903 1.00 29.96 N ATOM 1886 N TRP 234 139.051 186.726 181.521 1.00 12.14 N ATOM 1887 CA TRP 234 140.401 186.427 180.928 1.00 12.14 C ATOM 1888 C TRP 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