####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS212_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS212_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 36 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 19 112 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 22 110 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 14 91 122 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 90 115 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 9 79 120 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 32 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 72 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 74 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 60 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 78 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 110 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 114 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 84.44 92.59 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.47 0.61 0.72 0.77 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.89 0.89 0.88 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: D 190 D 190 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.503 0 0.194 0.194 1.132 82.273 82.273 - LGA K 166 K 166 0.386 0 0.055 0.685 1.369 95.455 86.263 1.270 LGA W 167 W 167 0.425 0 0.090 0.153 1.143 90.909 82.078 0.811 LGA I 168 I 168 1.076 0 0.248 1.638 3.821 77.727 56.136 2.323 LGA S 169 S 169 1.149 0 0.470 0.417 3.094 50.000 50.303 1.544 LGA G 170 G 170 1.424 0 0.063 0.063 1.424 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.926 0 0.114 1.398 5.692 77.727 53.636 3.222 LGA A 172 A 172 0.622 0 0.107 0.152 0.899 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.278 0 0.042 0.251 0.806 100.000 97.403 0.806 LGA Y 174 Y 174 0.341 0 0.042 0.251 1.207 100.000 88.030 1.207 LGA G 175 G 175 0.273 0 0.104 0.104 0.357 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.349 0 0.053 0.144 0.469 100.000 100.000 0.231 LGA Q 177 Q 177 0.588 0 0.098 0.141 1.165 90.909 84.040 1.165 LGA L 178 L 178 0.430 0 0.086 0.184 1.849 90.909 74.545 1.798 LGA N 179 N 179 1.554 0 0.259 0.681 5.158 58.636 32.955 5.158 LGA K 180 K 180 3.359 0 0.406 1.138 6.963 19.545 9.293 5.759 LGA K 181 K 181 1.852 0 0.479 1.238 12.440 65.909 30.505 12.440 LGA T 182 T 182 1.008 0 0.040 1.142 3.738 69.545 62.857 3.738 LGA S 183 S 183 0.737 0 0.055 0.718 2.624 82.273 70.303 2.624 LGA K 184 K 184 0.727 0 0.085 0.959 3.324 77.727 67.475 3.324 LGA L 185 L 185 0.283 0 0.063 0.119 0.388 100.000 100.000 0.301 LGA D 186 D 186 0.243 0 0.026 0.340 1.528 100.000 87.273 1.389 LGA P 187 P 187 0.629 0 0.073 0.380 1.161 86.364 84.675 1.161 LGA V 188 V 188 0.581 0 0.037 0.068 0.846 81.818 81.818 0.846 LGA E 189 E 189 0.614 0 0.054 0.980 4.116 81.818 61.818 2.151 LGA D 190 D 190 0.412 0 0.077 0.860 3.008 95.455 70.682 3.008 LGA E 191 E 191 0.278 0 0.079 0.149 0.536 100.000 97.980 0.473 LGA A 192 A 192 0.287 0 0.056 0.052 0.438 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.539 0 0.124 0.904 3.116 86.364 64.242 3.010 LGA V 194 V 194 0.461 0 0.000 0.054 0.861 95.455 89.610 0.611 LGA V 195 V 195 0.169 0 0.038 0.164 0.421 100.000 100.000 0.241 LGA Q 196 Q 196 0.267 0 0.055 0.163 1.094 100.000 92.121 0.612 LGA L 197 L 197 0.250 0 0.082 1.353 3.745 100.000 69.773 2.939 LGA I 198 I 198 0.065 0 0.022 0.112 0.866 100.000 93.182 0.866 LGA F 199 F 199 0.368 0 0.033 0.111 0.441 100.000 100.000 0.205 LGA N 200 N 200 0.371 0 0.018 0.675 1.807 100.000 89.545 1.242 LGA I 201 I 201 0.340 0 0.079 0.114 1.184 100.000 88.864 1.184 LGA F 202 F 202 0.265 0 0.062 0.166 0.424 100.000 100.000 0.174 LGA L 203 L 203 0.344 0 0.095 1.368 3.540 95.455 70.455 3.540 LGA N 204 N 204 0.165 0 0.063 1.012 2.595 100.000 82.500 1.761 LGA G 205 G 205 0.562 0 0.070 0.070 0.679 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.533 0 0.079 1.373 3.926 77.727 63.864 1.952 LGA N 207 N 207 1.377 0 0.059 1.098 4.646 65.455 47.500 2.464 LGA G 208 G 208 1.098 0 0.151 0.151 1.098 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.450 0 0.033 0.147 2.555 65.455 51.919 2.555 LGA D 210 D 210 1.560 0 0.069 0.689 1.735 61.818 58.182 1.640 LGA Y 211 Y 211 1.955 0 0.253 0.872 2.323 50.909 49.091 2.083 LGA S 212 S 212 2.565 0 0.644 0.565 4.938 30.455 21.515 4.938 LGA Y 213 Y 213 3.170 0 0.175 1.330 14.039 36.364 12.121 14.039 LGA A 215 A 215 1.035 0 0.176 0.204 2.029 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.187 0 0.033 0.202 0.642 100.000 97.727 0.341 LGA A 217 A 217 0.228 0 0.106 0.102 0.675 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.578 0 0.069 0.166 1.282 90.909 85.152 1.282 LGA H 219 H 219 0.383 0 0.037 1.054 2.598 95.455 77.455 1.946 LGA L 220 L 220 0.505 0 0.000 0.259 0.990 90.909 90.909 0.990 LGA T 221 T 221 0.405 0 0.055 0.073 0.864 90.909 94.805 0.247 LGA N 222 N 222 0.422 0 0.096 0.090 0.982 90.909 88.636 0.923 LGA L 223 L 223 0.379 0 0.056 0.082 0.767 100.000 93.182 0.727 LGA Q 224 Q 224 0.503 0 0.255 0.862 2.463 82.273 77.374 2.463 LGA I 225 I 225 0.489 0 0.059 0.100 0.599 100.000 97.727 0.480 LGA P 226 P 226 0.361 0 0.048 0.067 0.603 90.909 89.610 0.542 LGA T 227 T 227 0.436 0 0.069 0.213 0.587 95.455 92.208 0.587 LGA P 228 P 228 0.373 0 0.590 0.752 3.084 70.455 78.182 0.222 LGA S 229 S 229 0.813 0 0.122 0.214 1.226 73.636 76.364 0.869 LGA G 230 G 230 0.779 0 0.297 0.297 1.986 74.091 74.091 - LGA K 231 K 231 0.419 0 0.107 0.731 4.576 90.909 61.616 4.576 LGA K 232 K 232 0.254 0 0.329 1.649 7.184 83.182 50.909 7.184 LGA R 233 R 233 0.160 0 0.087 1.044 4.074 100.000 65.620 4.074 LGA W 234 W 234 0.358 0 0.068 0.280 1.043 100.000 86.104 1.016 LGA N 235 N 235 0.746 0 0.075 0.737 2.170 81.818 74.318 0.811 LGA Q 236 Q 236 0.626 0 0.048 1.305 4.917 90.909 63.838 4.917 LGA Y 237 Y 237 0.680 0 0.030 0.087 0.917 81.818 81.818 0.888 LGA T 238 T 238 0.304 0 0.058 0.173 0.664 95.455 94.805 0.213 LGA I 239 I 239 0.065 0 0.077 0.076 0.292 100.000 100.000 0.200 LGA K 240 K 240 0.694 0 0.145 1.344 4.651 78.636 64.444 4.651 LGA A 241 A 241 0.281 0 0.049 0.049 0.423 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.045 0 0.088 0.137 0.514 95.455 95.455 0.504 LGA L 243 L 243 0.604 0 0.450 0.541 3.380 66.364 78.636 0.591 LGA Q 244 Q 244 0.255 0 0.038 1.114 3.994 100.000 66.061 3.008 LGA N 245 N 245 0.416 0 0.054 1.071 3.196 100.000 77.045 1.836 LGA E 246 E 246 0.561 0 0.073 0.531 3.161 95.455 69.293 3.161 LGA V 247 V 247 0.201 0 0.040 0.107 0.374 100.000 100.000 0.041 LGA Y 248 Y 248 0.487 0 0.041 0.149 1.026 95.455 89.545 1.026 LGA I 249 I 249 0.294 0 0.052 0.098 0.627 100.000 95.455 0.627 LGA G 250 G 250 0.223 0 0.126 0.126 0.803 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.163 0 0.113 0.097 0.333 100.000 100.000 0.173 LGA V 252 V 252 0.220 0 0.090 0.138 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA K 253 K 253 0.710 0 0.044 0.518 2.534 81.818 68.687 1.761 LGA Y 254 Y 254 0.638 0 0.099 0.321 3.201 86.364 59.242 3.201 LGA K 255 K 255 0.840 0 0.146 0.758 2.100 74.091 68.283 1.586 LGA V 256 V 256 0.844 0 0.044 1.075 3.028 81.818 64.935 3.028 LGA R 257 R 257 0.548 0 0.118 1.307 7.621 74.091 47.603 7.621 LGA E 258 E 258 0.870 0 0.160 1.086 3.888 70.000 53.737 2.008 LGA K 259 K 259 1.419 0 0.087 0.850 6.088 65.455 37.374 6.088 LGA T 260 T 260 1.808 0 0.000 0.342 2.680 50.909 45.714 2.216 LGA K 261 K 261 2.063 0 0.063 1.194 5.135 41.364 33.737 5.135 LGA D 262 D 262 2.115 0 0.118 0.536 2.572 41.364 45.000 2.572 LGA G 263 G 263 1.941 0 0.054 0.054 1.941 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.345 0 0.167 0.928 3.986 65.455 55.152 3.986 LGA R 265 R 265 1.089 0 0.146 1.171 9.593 69.545 33.554 9.593 LGA T 266 T 266 1.094 0 0.071 0.752 1.673 73.636 70.390 1.673 LGA I 267 I 267 1.000 0 0.073 1.351 5.265 61.818 45.227 5.265 LGA R 268 R 268 0.655 0 0.079 1.417 5.362 90.909 53.719 4.922 LGA P 269 P 269 0.107 0 0.071 0.084 0.260 100.000 100.000 0.051 LGA E 270 E 270 0.639 0 0.345 0.658 4.437 66.818 44.242 4.136 LGA K 271 K 271 0.890 0 0.191 1.369 10.004 81.818 43.232 10.004 LGA E 272 E 272 0.509 0 0.121 0.887 2.034 86.364 73.535 1.491 LGA Q 273 Q 273 0.520 0 0.089 0.200 1.073 90.909 84.040 1.073 LGA I 274 I 274 0.294 0 0.032 0.106 0.917 100.000 93.182 0.917 LGA V 275 V 275 0.359 0 0.047 1.205 2.473 90.909 74.545 2.281 LGA V 276 V 276 0.327 0 0.040 0.094 0.660 100.000 97.403 0.388 LGA Q 277 Q 277 0.470 0 0.070 1.003 4.531 100.000 66.667 2.357 LGA D 278 D 278 0.408 0 0.145 0.441 2.126 100.000 77.727 1.833 LGA A 279 A 279 0.160 0 0.079 0.079 0.338 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.071 0 0.036 0.190 0.610 100.000 94.545 0.610 LGA A 281 A 281 0.308 0 0.038 0.037 0.462 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.367 0 0.040 0.322 1.159 100.000 92.468 1.159 LGA I 283 I 283 0.449 0 0.036 0.071 0.604 90.909 88.636 0.538 LGA I 284 I 284 0.375 0 0.024 0.169 0.672 100.000 97.727 0.224 LGA D 285 D 285 0.442 0 0.047 0.534 2.102 95.455 79.091 1.275 LGA K 286 K 286 0.513 0 0.052 0.651 2.157 90.909 75.556 2.157 LGA E 287 E 287 0.580 0 0.072 1.206 5.454 86.364 60.606 3.350 LGA Q 288 Q 288 0.314 0 0.079 0.985 4.505 100.000 65.455 4.389 LGA F 289 F 289 0.139 0 0.040 0.109 0.731 100.000 95.041 0.682 LGA Q 290 Q 290 0.377 0 0.057 1.020 4.179 100.000 71.515 3.083 LGA Q 291 Q 291 0.418 0 0.093 0.941 5.154 100.000 62.626 5.154 LGA S 292 S 292 0.210 0 0.062 0.646 1.855 100.000 91.818 1.855 LGA Q 293 Q 293 0.320 0 0.000 0.198 0.726 95.455 93.939 0.517 LGA V 294 V 294 0.461 0 0.045 0.094 1.043 100.000 89.870 1.043 LGA K 295 K 295 0.159 0 0.055 0.143 0.306 100.000 100.000 0.306 LGA I 296 I 296 0.432 0 0.032 0.061 0.684 100.000 93.182 0.668 LGA A 297 A 297 0.874 0 0.027 0.025 1.078 81.818 78.545 - LGA N 298 N 298 0.365 0 0.162 0.714 1.950 90.909 84.773 0.669 LGA K 299 K 299 0.552 0 0.148 1.022 4.760 82.273 56.162 4.760 LGA V 300 V 300 1.458 0 0.080 1.197 3.753 58.182 47.532 3.753 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.867 0.901 1.972 85.896 75.318 52.101 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 95.370 97.914 13.963 LGA_LOCAL RMSD: 0.867 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.867 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.867 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.836069 * X + 0.404992 * Y + -0.370093 * Z + 145.600815 Y_new = 0.547050 * X + -0.564357 * Y + 0.618254 * Z + 161.926926 Z_new = 0.041524 * X + -0.719363 * Y + -0.693392 * Z + 183.504730 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.579400 -0.041535 -2.337814 [DEG: 33.1972 -2.3798 -133.9469 ] ZXZ: -2.602196 2.336983 3.083934 [DEG: -149.0948 133.8992 176.6964 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS212_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS212_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 97.914 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS212_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT new_parent ATOM 1345 N GLY 165 154.042 185.080 153.205 1.00 25.69 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.423 185.828 154.300 1.00 25.69 C ATOM 1347 C GLY 165 151.907 185.724 154.247 1.00 25.69 C ATOM 1348 O GLY 165 151.285 186.812 154.269 1.00 25.69 O ATOM 1349 N LYS 166 151.295 184.571 154.043 1.00 25.29 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.853 184.384 154.124 1.00 25.29 C ATOM 1351 C LYS 166 149.501 183.516 155.369 1.00 25.29 C ATOM 1352 O LYS 166 150.155 182.521 155.597 1.00 25.29 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.314 183.988 152.753 1.00 25.29 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.330 185.160 151.747 1.00 25.29 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.048 184.656 150.290 1.00 25.29 C ATOM 1356 CE LYS 166 150.292 183.933 149.778 1.00 25.29 C ATOM 1357 NZ LYS 166 149.907 183.104 148.625 1.00 25.29 N ATOM 1358 N TRP 167 148.379 183.846 156.085 1.00 29.25 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.831 183.224 157.301 1.00 29.25 C ATOM 1360 C TRP 167 146.820 182.072 156.974 1.00 29.25 C ATOM 1361 O TRP 167 145.597 182.381 156.794 1.00 29.25 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.274 184.227 158.312 1.00 29.25 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.817 183.507 159.537 1.00 29.25 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.528 183.206 159.884 1.00 29.25 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.650 183.243 160.697 1.00 29.25 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.588 182.810 161.299 1.00 29.25 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.807 182.899 161.801 1.00 29.25 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.997 183.249 161.035 1.00 29.25 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.314 182.561 163.029 1.00 29.25 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.538 182.935 162.253 1.00 29.25 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.684 182.663 163.304 1.00 29.25 C ATOM 1372 N ILE 168 147.382 180.844 157.005 1.00 42.68 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.649 179.594 156.605 1.00 42.68 C ATOM 1374 C ILE 168 146.459 178.706 157.844 1.00 42.68 C ATOM 1375 O ILE 168 146.308 177.507 157.637 1.00 42.68 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.135 178.931 155.245 1.00 42.68 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.456 178.071 155.331 1.00 42.68 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.341 179.990 154.123 1.00 42.68 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.713 178.771 155.865 1.00 42.68 C ATOM 1380 N SER 169 146.349 179.212 159.059 1.00 20.55 N ATOM 1381 CA SER 169 146.384 178.495 160.369 1.00 20.55 C ATOM 1382 C SER 169 145.061 177.923 160.839 1.00 20.55 C ATOM 1383 O SER 169 145.033 176.768 161.159 1.00 20.55 O ATOM 1384 CB SER 169 146.930 179.382 161.442 1.00 20.55 C ATOM 1385 OG SER 169 148.165 179.982 160.980 1.00 20.55 O ATOM 1386 N GLY 170 143.931 178.727 160.954 1.00 17.39 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.733 178.467 161.705 1.00 17.39 C ATOM 1388 C GLY 170 142.063 179.791 161.952 1.00 17.39 C ATOM 1389 O GLY 170 141.943 180.695 161.151 1.00 17.39 O ATOM 1390 N LEU 171 141.749 180.058 163.238 1.00 34.38 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.429 181.403 163.724 1.00 34.38 C ATOM 1392 C LEU 171 142.674 182.398 163.541 1.00 34.38 C ATOM 1393 O LEU 171 143.800 181.994 163.461 1.00 34.38 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.162 181.257 165.253 1.00 34.38 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.664 180.984 165.571 1.00 34.38 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.341 181.180 167.028 1.00 34.38 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.743 181.985 164.853 1.00 34.38 C ATOM 1398 N ALA 172 142.260 183.661 163.451 1.00 39.13 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.315 184.692 163.462 1.00 39.13 C ATOM 1400 C ALA 172 143.920 184.827 164.917 1.00 39.13 C ATOM 1401 O ALA 172 143.306 184.229 165.777 1.00 39.13 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.833 186.007 162.947 1.00 39.13 C ATOM 1403 N PRO 173 145.154 185.299 165.199 1.00 33.20 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.472 185.791 166.520 1.00 33.20 C ATOM 1405 C PRO 173 144.418 186.881 166.862 1.00 33.20 C ATOM 1406 O PRO 173 143.808 187.546 165.977 1.00 33.20 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.890 186.341 166.477 1.00 33.20 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.071 186.809 165.011 1.00 33.20 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.272 185.715 164.285 1.00 33.20 C ATOM 1410 N TYR 174 144.165 187.045 168.161 1.00 27.27 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.612 188.299 168.671 1.00 27.27 C ATOM 1412 C TYR 174 144.321 189.540 168.185 1.00 27.27 C ATOM 1413 O TYR 174 145.518 189.539 167.831 1.00 27.27 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.506 188.151 170.171 1.00 27.27 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.706 189.223 170.908 1.00 27.27 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.217 189.982 171.929 1.00 27.27 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.337 189.376 170.555 1.00 27.27 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.429 191.020 172.490 1.00 27.27 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.491 190.258 171.305 1.00 27.27 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.087 191.121 172.232 1.00 27.27 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.370 192.066 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