####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS212_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS212_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 42 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 98 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 34 106 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 61 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 80 119 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 5 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 6 84 121 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 40 109 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 79 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 63 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 30 108 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 16 107 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 5 99 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 3 53 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 62 120 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 7 42 126 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 23 49 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 42 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 79 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 16 107 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 112 122 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 82.96 90.37 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.46 0.61 0.77 0.80 0.84 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.91 0.90 0.89 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.354 0 0.152 0.152 0.588 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.343 0 0.038 0.090 1.109 100.000 90.101 1.109 LGA W 167 W 167 0.418 0 0.269 0.352 1.821 95.455 76.753 1.518 LGA I 168 I 168 1.082 0 0.214 1.459 3.313 69.545 53.864 3.037 LGA S 169 S 169 1.616 0 0.522 0.482 3.702 44.545 46.667 1.947 LGA G 170 G 170 1.380 0 0.073 0.073 1.647 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.880 0 0.099 1.409 5.445 77.727 57.273 2.311 LGA A 172 A 172 0.430 0 0.045 0.127 0.533 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.108 0 0.089 0.270 1.021 86.818 89.870 0.228 LGA Y 174 Y 174 0.386 0 0.170 0.311 1.638 95.455 81.212 1.638 LGA G 175 G 175 0.378 0 0.078 0.078 0.458 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.353 0 0.063 0.155 0.582 100.000 96.970 0.312 LGA Q 177 Q 177 0.445 0 0.062 0.238 0.981 100.000 93.939 0.981 LGA L 178 L 178 0.146 0 0.129 0.333 1.731 86.818 82.727 1.731 LGA N 179 N 179 1.805 0 0.226 0.800 5.482 54.545 31.591 5.482 LGA K 180 K 180 3.309 0 0.263 1.146 7.314 26.364 12.323 6.137 LGA K 181 K 181 1.714 0 0.460 0.955 11.002 65.909 30.505 11.002 LGA T 182 T 182 1.088 0 0.018 1.119 3.378 69.545 61.299 3.378 LGA S 183 S 183 0.561 0 0.093 0.660 2.239 82.273 74.848 2.239 LGA K 184 K 184 0.796 0 0.162 1.024 3.589 74.091 66.869 3.589 LGA L 185 L 185 0.293 0 0.092 0.164 0.666 95.455 95.455 0.439 LGA D 186 D 186 0.330 0 0.049 0.365 1.771 100.000 83.409 1.716 LGA P 187 P 187 0.349 0 0.038 0.352 1.106 100.000 95.065 1.106 LGA V 188 V 188 0.536 0 0.073 0.061 0.565 90.909 87.013 0.543 LGA E 189 E 189 0.598 0 0.043 0.940 3.483 90.909 71.111 2.297 LGA D 190 D 190 0.406 0 0.056 0.891 2.440 100.000 76.136 2.440 LGA E 191 E 191 0.203 0 0.074 0.173 0.626 100.000 97.980 0.626 LGA A 192 A 192 0.233 0 0.041 0.061 0.323 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.366 0 0.086 0.831 3.246 95.455 69.495 2.770 LGA V 194 V 194 0.390 0 0.046 0.069 1.162 100.000 89.870 0.970 LGA V 195 V 195 0.101 0 0.052 0.154 0.721 100.000 97.403 0.172 LGA Q 196 Q 196 0.146 0 0.068 1.156 4.740 100.000 68.081 4.740 LGA L 197 L 197 0.436 0 0.069 1.344 3.711 100.000 69.773 2.755 LGA I 198 I 198 0.064 0 0.078 0.138 0.513 95.455 97.727 0.171 LGA F 199 F 199 0.261 0 0.035 0.147 0.529 95.455 98.347 0.443 LGA N 200 N 200 0.381 0 0.055 1.071 4.202 100.000 69.091 4.202 LGA I 201 I 201 0.312 0 0.045 0.069 0.691 100.000 97.727 0.691 LGA F 202 F 202 0.377 0 0.090 0.167 0.800 100.000 90.083 0.523 LGA L 203 L 203 0.198 0 0.036 0.256 0.702 100.000 95.455 0.702 LGA N 204 N 204 0.245 0 0.062 1.122 2.759 100.000 84.773 1.730 LGA G 205 G 205 0.335 0 0.054 0.054 0.335 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.380 0 0.061 1.338 3.417 90.909 71.364 2.378 LGA N 207 N 207 1.274 0 0.074 0.768 3.619 61.818 51.364 1.604 LGA G 208 G 208 1.589 0 0.213 0.213 2.476 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.704 0 0.041 0.432 3.020 54.545 43.434 2.405 LGA D 210 D 210 1.735 0 0.026 0.753 1.862 54.545 58.409 1.168 LGA Y 211 Y 211 1.932 0 0.263 0.798 2.061 50.909 52.273 1.628 LGA S 212 S 212 2.467 0 0.650 0.600 5.074 33.182 23.030 5.074 LGA Y 213 Y 213 2.958 0 0.124 1.295 13.646 41.818 14.091 13.646 LGA A 215 A 215 0.976 0 0.091 0.094 1.709 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.451 0 0.071 0.222 0.575 95.455 93.182 0.533 LGA A 217 A 217 0.315 0 0.094 0.128 0.531 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.734 0 0.040 0.136 1.455 90.909 85.152 1.455 LGA H 219 H 219 0.323 0 0.091 0.096 0.984 95.455 89.091 0.984 LGA L 220 L 220 0.285 0 0.065 1.085 2.665 100.000 82.500 2.665 LGA T 221 T 221 0.180 0 0.013 0.070 0.294 100.000 100.000 0.249 LGA N 222 N 222 0.549 0 0.041 0.071 0.787 86.364 84.091 0.573 LGA L 223 L 223 0.772 0 0.054 1.064 3.780 81.818 67.045 3.780 LGA Q 224 Q 224 0.741 0 0.149 0.955 3.192 81.818 67.677 3.192 LGA I 225 I 225 0.718 0 0.083 0.181 0.964 81.818 84.091 0.458 LGA P 226 P 226 0.677 0 0.067 0.343 1.733 81.818 75.065 1.733 LGA T 227 T 227 0.525 0 0.072 0.160 0.654 81.818 89.610 0.325 LGA P 228 P 228 0.642 0 0.632 0.781 2.961 68.182 71.688 0.580 LGA S 229 S 229 0.956 0 0.112 0.176 1.439 77.727 73.636 1.005 LGA G 230 G 230 0.702 0 0.271 0.271 2.104 66.818 66.818 - LGA K 231 K 231 0.288 0 0.053 0.875 4.161 100.000 73.939 4.161 LGA K 232 K 232 0.248 0 0.263 1.781 7.224 83.182 52.929 7.224 LGA R 233 R 233 0.329 0 0.067 1.014 3.827 100.000 69.256 3.827 LGA W 234 W 234 0.578 0 0.063 0.178 1.057 86.364 81.948 0.974 LGA N 235 N 235 0.852 0 0.092 0.777 1.846 81.818 78.636 0.275 LGA Q 236 Q 236 0.533 0 0.017 1.386 4.886 90.909 63.838 4.886 LGA Y 237 Y 237 0.499 0 0.090 0.125 1.090 86.818 82.121 1.090 LGA T 238 T 238 0.447 0 0.007 0.123 0.836 100.000 92.208 0.736 LGA I 239 I 239 0.371 0 0.036 0.236 0.598 100.000 97.727 0.598 LGA K 240 K 240 0.459 0 0.141 1.306 4.802 86.818 68.889 4.802 LGA A 241 A 241 0.237 0 0.057 0.057 0.323 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.226 0 0.062 0.101 0.870 100.000 97.727 0.870 LGA L 243 L 243 0.611 0 0.382 0.388 2.810 68.636 79.773 0.561 LGA Q 244 Q 244 0.525 0 0.065 1.275 3.629 95.455 65.455 2.195 LGA N 245 N 245 0.489 0 0.034 1.074 3.260 100.000 77.045 1.663 LGA E 246 E 246 0.618 0 0.090 0.576 3.055 95.455 69.293 3.055 LGA V 247 V 247 0.212 0 0.043 0.123 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA Y 248 Y 248 0.341 0 0.066 0.113 0.548 100.000 98.485 0.290 LGA I 249 I 249 0.411 0 0.029 0.105 0.634 100.000 93.182 0.522 LGA G 250 G 250 0.329 0 0.050 0.050 0.329 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.099 0 0.057 0.204 0.485 100.000 100.000 0.306 LGA V 252 V 252 0.203 0 0.027 0.095 0.567 95.455 97.403 0.355 LGA K 253 K 253 0.663 0 0.080 0.567 2.523 86.364 72.525 1.868 LGA Y 254 Y 254 0.470 0 0.057 0.344 2.826 100.000 70.455 2.826 LGA K 255 K 255 0.707 0 0.070 0.467 1.525 81.818 78.384 1.525 LGA V 256 V 256 0.867 0 0.050 1.043 3.224 81.818 62.597 2.956 LGA R 257 R 257 0.669 0 0.099 1.284 7.362 77.727 50.413 7.362 LGA E 258 E 258 1.059 0 0.176 1.128 3.738 65.909 48.889 2.069 LGA K 259 K 259 1.594 0 0.113 0.903 6.248 54.545 32.525 6.248 LGA T 260 T 260 1.892 0 0.055 0.319 3.252 50.909 41.039 2.594 LGA K 261 K 261 2.106 0 0.074 1.173 4.860 38.636 32.727 4.860 LGA D 262 D 262 2.054 0 0.076 0.420 2.879 47.727 43.182 2.879 LGA G 263 G 263 1.844 0 0.060 0.060 1.862 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.294 0 0.107 1.166 4.925 61.818 48.485 4.925 LGA R 265 R 265 1.482 0 0.106 1.672 9.887 65.455 32.893 9.887 LGA T 266 T 266 1.182 0 0.066 0.656 1.594 69.545 65.714 1.594 LGA I 267 I 267 1.042 0 0.085 1.244 4.479 61.818 45.909 4.479 LGA R 268 R 268 0.793 0 0.050 1.613 5.785 86.364 50.579 4.866 LGA P 269 P 269 0.317 0 0.072 0.123 1.028 95.455 87.273 1.028 LGA E 270 E 270 0.896 0 0.278 0.683 4.824 70.000 44.444 4.172 LGA K 271 K 271 0.983 0 0.254 1.446 10.144 74.091 39.192 10.144 LGA E 272 E 272 0.750 0 0.145 0.898 1.955 86.364 74.949 1.184 LGA Q 273 Q 273 0.502 0 0.135 0.252 1.401 95.455 86.061 1.401 LGA I 274 I 274 0.128 0 0.036 0.114 0.586 100.000 97.727 0.586 LGA V 275 V 275 0.360 0 0.024 1.068 2.295 100.000 79.740 2.007 LGA V 276 V 276 0.297 0 0.087 0.073 0.380 100.000 100.000 0.303 LGA Q 277 Q 277 0.236 0 0.066 1.175 4.569 100.000 72.929 1.593 LGA D 278 D 278 0.242 0 0.097 0.307 1.790 100.000 81.136 1.750 LGA A 279 A 279 0.182 0 0.064 0.076 0.250 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.248 0 0.033 0.178 0.652 100.000 94.545 0.586 LGA A 281 A 281 0.438 0 0.045 0.083 0.928 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.328 0 0.034 0.330 0.776 100.000 94.805 0.776 LGA I 283 I 283 0.282 0 0.073 0.092 0.346 100.000 100.000 0.346 LGA I 284 I 284 0.212 0 0.000 0.088 0.429 100.000 100.000 0.413 LGA D 285 D 285 0.358 0 0.109 0.239 0.901 95.455 93.182 0.812 LGA K 286 K 286 0.304 0 0.035 0.498 1.648 95.455 82.828 1.648 LGA E 287 E 287 0.658 0 0.041 1.194 5.459 95.455 62.828 3.354 LGA Q 288 Q 288 0.216 0 0.053 0.613 3.440 100.000 68.485 2.724 LGA F 289 F 289 0.224 0 0.079 0.134 0.729 100.000 95.041 0.581 LGA Q 290 Q 290 0.355 0 0.059 1.035 4.483 100.000 70.303 3.474 LGA Q 291 Q 291 0.520 0 0.103 0.921 5.202 95.455 60.606 5.202 LGA S 292 S 292 0.124 0 0.083 0.685 2.621 100.000 87.879 2.621 LGA Q 293 Q 293 0.366 0 0.043 0.307 1.613 100.000 82.828 1.241 LGA V 294 V 294 0.517 0 0.063 0.080 0.611 95.455 92.208 0.611 LGA K 295 K 295 0.166 0 0.066 0.250 0.452 100.000 100.000 0.452 LGA I 296 I 296 0.317 0 0.074 0.097 0.513 100.000 97.727 0.513 LGA A 297 A 297 0.616 0 0.115 0.143 0.923 86.364 85.455 - LGA N 298 N 298 0.318 0 0.076 0.455 1.055 100.000 93.409 0.803 LGA K 299 K 299 0.610 0 0.085 1.111 4.978 82.273 56.162 4.978 LGA V 300 V 300 1.345 0 0.118 1.129 3.734 65.909 51.948 3.734 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.884 0.910 1.951 86.236 75.572 51.184 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.185 97.638 13.720 LGA_LOCAL RMSD: 0.884 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.884 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.884 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.835858 * X + 0.404731 * Y + -0.370857 * Z + 145.652237 Y_new = 0.547418 * X + -0.564169 * Y + 0.618100 * Z + 161.920105 Z_new = 0.040938 * X + -0.719657 * Y + -0.693122 * Z + 183.514023 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.579824 -0.040949 -2.337414 [DEG: 33.2215 -2.3462 -133.9240 ] ZXZ: -2.601176 2.336607 3.084769 [DEG: -149.0364 133.8777 176.7442 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS212_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS212_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.638 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS212_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT new_parent ATOM 1345 N GLY 165 154.012 185.082 153.381 1.00 26.80 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.467 185.737 154.588 1.00 26.80 C ATOM 1347 C GLY 165 151.972 185.854 154.613 1.00 26.80 C ATOM 1348 O GLY 165 151.487 186.960 154.948 1.00 26.80 O ATOM 1349 N LYS 166 151.314 184.769 154.136 1.00 28.40 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.818 184.695 154.216 1.00 28.40 C ATOM 1351 C LYS 166 149.534 183.855 155.486 1.00 28.40 C ATOM 1352 O LYS 166 150.332 182.942 155.868 1.00 28.40 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.279 184.037 152.904 1.00 28.40 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.384 185.108 151.816 1.00 28.40 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.128 184.321 150.500 1.00 28.40 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.927 185.350 149.336 1.00 28.40 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.619 184.649 148.017 1.00 28.40 N ATOM 1358 N TRP 167 148.393 184.107 156.192 1.00 24.40 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.826 183.184 157.263 1.00 24.40 C ATOM 1360 C TRP 167 146.896 182.057 156.724 1.00 24.40 C ATOM 1361 O TRP 167 146.037 182.286 155.850 1.00 24.40 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.165 183.979 158.358 1.00 24.40 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.885 183.292 159.636 1.00 24.40 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.610 183.052 160.109 1.00 24.40 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.768 182.779 160.613 1.00 24.40 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.692 182.514 161.382 1.00 24.40 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 147.052 182.336 161.793 1.00 24.40 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 149.186 182.586 160.661 1.00 24.40 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.652 181.835 162.908 1.00 24.40 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.801 182.198 161.808 1.00 24.40 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 149.105 181.866 162.968 1.00 24.40 C ATOM 1372 N ILE 168 147.163 180.867 157.172 1.00 42.40 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.672 179.539 156.713 1.00 42.40 C ATOM 1374 C ILE 168 146.473 178.489 157.849 1.00 42.40 C ATOM 1375 O ILE 168 146.388 177.275 157.591 1.00 42.40 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.674 178.958 155.690 1.00 42.40 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.059 178.595 156.343 1.00 42.40 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.767 179.671 154.352 1.00 42.40 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.104 179.761 156.316 1.00 42.40 C ATOM 1380 N SER 169 146.401 178.919 159.115 1.00 20.80 N ATOM 1381 CA SER 169 146.110 178.085 160.315 1.00 20.80 C ATOM 1382 C SER 169 144.620 177.813 160.554 1.00 20.80 C ATOM 1383 O SER 169 144.181 176.632 160.471 1.00 20.80 O ATOM 1384 CB SER 169 146.664 178.863 161.589 1.00 20.80 C ATOM 1385 OG SER 169 148.012 179.211 161.366 1.00 20.80 O ATOM 1386 N GLY 170 143.869 178.806 161.031 1.00 17.60 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.544 178.558 161.547 1.00 17.60 C ATOM 1388 C GLY 170 141.941 179.846 161.974 1.00 17.60 C ATOM 1389 O GLY 170 141.630 180.694 161.107 1.00 17.60 O ATOM 1390 N LEU 171 141.943 180.103 163.282 1.00 36.40 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.582 181.475 163.802 1.00 36.40 C ATOM 1392 C LEU 171 142.682 182.437 163.327 1.00 36.40 C ATOM 1393 O LEU 171 143.881 182.053 163.276 1.00 36.40 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.450 181.537 165.325 1.00 36.40 C ATOM 1395 CG LEU 171 140.128 180.792 165.831 1.00 36.40 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 140.191 180.541 167.411 1.00 36.40 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.952 181.756 165.657 1.00 36.40 C ATOM 1398 N ALA 172 142.350 183.678 163.038 1.00 35.20 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.310 184.772 163.219 1.00 35.20 C ATOM 1400 C ALA 172 143.620 185.038 164.690 1.00 35.20 C ATOM 1401 O ALA 172 142.825 184.700 165.583 1.00 35.20 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.816 185.971 162.307 1.00 35.20 C ATOM 1403 N PRO 173 144.817 185.525 164.976 1.00 34.00 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.215 185.801 166.367 1.00 34.00 C ATOM 1405 C PRO 173 144.752 187.200 166.862 1.00 34.00 C ATOM 1406 O PRO 173 144.817 188.239 166.191 1.00 34.00 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.714 185.642 166.403 1.00 34.00 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.136 186.122 165.002 1.00 34.00 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.011 185.678 164.103 1.00 34.00 C ATOM 1410 N TYR 174 144.159 187.242 168.063 1.00 26.80 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.564 188.470 168.635 1.00 26.80 C ATOM 1412 C TYR 174 144.353 189.766 168.367 1.00 26.80 C ATOM 1413 O TYR 174 145.413 189.904 168.898 1.00 26.80 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.353 188.351 170.123 1.00 26.80 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.740 189.482 170.884 1.00 26.80 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.534 190.491 171.504 1.00 26.80 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.369 189.511 170.963 1.00 26.80 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.894 191.439 172.356 1.00 26.80 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.725 190.453 171.752 1.00 26.80 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.472 191.430 172.439 1.00 26.80 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.757 192.324 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