####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS208_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS208_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.82 0.82 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.82 0.82 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.82 0.82 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 81 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 13 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 20 112 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 35 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 95 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 15 31 51 102 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 104 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 31 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 81 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 72 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 85 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 35 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 4 89 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 117 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 86.67 94.07 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.46 0.60 0.68 0.70 0.75 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 GDT RMS_ALL_AT 0.85 0.84 0.83 0.83 0.83 0.83 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.377 0 0.034 0.034 0.448 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.350 0 0.045 0.120 0.689 95.455 95.960 0.689 LGA W 167 W 167 0.241 0 0.197 0.216 0.557 95.455 97.403 0.471 LGA I 168 I 168 0.843 0 0.158 1.559 3.359 81.818 64.318 2.381 LGA S 169 S 169 1.225 0 0.566 0.620 2.811 60.000 53.030 2.677 LGA G 170 G 170 1.605 0 0.100 0.100 1.835 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.040 0 0.037 1.371 5.489 69.545 48.636 2.680 LGA A 172 A 172 0.551 0 0.000 0.016 0.763 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.223 0 0.000 0.232 0.709 100.000 97.403 0.709 LGA Y 174 Y 174 0.415 0 0.021 0.233 1.497 95.455 83.788 1.497 LGA G 175 G 175 0.384 0 0.062 0.062 0.384 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.396 0 0.004 0.171 0.592 100.000 96.970 0.292 LGA Q 177 Q 177 0.586 0 0.057 0.313 1.310 90.909 84.040 0.672 LGA L 178 L 178 0.339 0 0.130 0.202 1.656 82.273 78.182 1.656 LGA N 179 N 179 1.390 0 0.169 0.655 5.036 62.273 37.273 5.036 LGA K 180 K 180 4.005 0 0.288 0.967 13.409 19.091 8.485 13.409 LGA K 181 K 181 1.749 0 0.452 1.178 12.079 61.818 28.687 12.079 LGA T 182 T 182 0.963 0 0.023 1.116 3.452 73.636 66.234 3.452 LGA S 183 S 183 0.678 0 0.111 0.099 1.070 86.364 82.121 0.958 LGA K 184 K 184 0.757 0 0.071 0.858 2.799 81.818 72.121 2.799 LGA L 185 L 185 0.295 0 0.068 0.073 0.557 95.455 97.727 0.355 LGA D 186 D 186 0.227 0 0.033 0.143 0.813 100.000 97.727 0.363 LGA P 187 P 187 0.511 0 0.024 0.361 1.231 82.273 84.675 0.688 LGA V 188 V 188 0.794 0 0.000 0.015 0.929 81.818 81.818 0.929 LGA E 189 E 189 0.814 0 0.020 0.213 0.940 81.818 81.818 0.940 LGA D 190 D 190 0.827 0 0.038 0.064 1.372 81.818 73.636 1.372 LGA E 191 E 191 0.576 0 0.000 0.007 0.990 90.909 85.859 0.990 LGA A 192 A 192 0.358 0 0.021 0.015 0.419 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.367 0 0.049 0.117 0.589 100.000 93.939 0.498 LGA V 194 V 194 0.348 0 0.000 0.043 0.519 100.000 97.403 0.519 LGA V 195 V 195 0.204 0 0.000 0.000 0.352 100.000 100.000 0.209 LGA Q 196 Q 196 0.162 0 0.017 0.247 1.268 100.000 90.303 1.103 LGA L 197 L 197 0.268 0 0.000 0.037 0.396 100.000 100.000 0.382 LGA I 198 I 198 0.215 0 0.036 0.068 0.427 100.000 100.000 0.370 LGA F 199 F 199 0.209 0 0.012 0.042 0.315 100.000 100.000 0.167 LGA N 200 N 200 0.327 0 0.025 0.779 1.800 100.000 89.545 1.800 LGA I 201 I 201 0.235 0 0.005 0.035 0.300 100.000 100.000 0.137 LGA F 202 F 202 0.222 0 0.000 0.028 0.364 100.000 100.000 0.329 LGA L 203 L 203 0.387 0 0.016 0.077 0.742 100.000 95.455 0.585 LGA N 204 N 204 0.392 0 0.000 0.087 1.043 100.000 88.864 0.936 LGA G 205 G 205 0.184 0 0.041 0.041 0.256 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.231 0 0.000 0.057 0.631 95.455 93.182 0.631 LGA N 207 N 207 0.553 0 0.000 0.158 1.169 86.364 82.045 0.672 LGA G 208 G 208 0.788 0 0.099 0.099 1.380 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.101 0 0.068 0.542 1.369 69.545 72.727 0.617 LGA D 210 D 210 1.083 0 0.052 0.720 2.060 69.545 62.273 2.060 LGA Y 211 Y 211 1.587 0 0.127 0.603 2.074 58.182 54.697 1.720 LGA S 212 S 212 2.122 0 0.636 0.782 5.837 41.818 29.697 5.837 LGA Y 213 Y 213 2.990 0 0.166 1.102 14.427 41.818 14.091 14.427 LGA A 215 A 215 0.836 0 0.199 0.217 1.863 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.256 0 0.000 0.139 0.492 100.000 100.000 0.492 LGA A 217 A 217 0.149 0 0.050 0.062 0.213 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.340 0 0.028 0.109 1.032 100.000 91.212 1.032 LGA H 219 H 219 0.318 0 0.010 0.076 0.704 100.000 94.545 0.704 LGA L 220 L 220 0.349 0 0.000 0.077 0.404 100.000 100.000 0.404 LGA T 221 T 221 0.312 0 0.000 0.019 0.427 100.000 100.000 0.226 LGA N 222 N 222 0.479 0 0.044 0.056 0.692 90.909 95.455 0.481 LGA L 223 L 223 0.693 0 0.029 0.064 0.985 81.818 81.818 0.825 LGA Q 224 Q 224 0.653 0 0.040 0.174 1.064 81.818 80.000 0.845 LGA I 225 I 225 0.596 0 0.047 0.105 0.660 81.818 84.091 0.323 LGA P 226 P 226 0.640 0 0.033 0.059 0.901 81.818 81.818 0.901 LGA T 227 T 227 0.628 0 0.033 0.070 0.765 81.818 84.416 0.765 LGA P 228 P 228 0.811 0 0.081 0.088 0.826 81.818 81.818 0.707 LGA S 229 S 229 0.914 0 0.145 0.157 1.023 77.727 79.091 0.598 LGA G 230 G 230 0.987 0 0.055 0.055 1.151 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.394 0 0.033 0.496 1.081 95.455 90.101 1.081 LGA K 232 K 232 0.414 0 0.090 0.255 1.015 95.455 92.121 1.015 LGA R 233 R 233 0.324 0 0.036 1.098 5.967 100.000 53.388 3.955 LGA W 234 W 234 0.286 0 0.035 0.135 0.734 100.000 92.208 0.728 LGA N 235 N 235 0.540 0 0.019 0.524 2.256 86.364 76.591 2.256 LGA Q 236 Q 236 0.597 0 0.000 0.933 3.624 86.364 63.232 3.624 LGA Y 237 Y 237 0.732 0 0.064 0.147 1.118 81.818 76.364 1.057 LGA T 238 T 238 0.420 0 0.000 0.038 0.450 100.000 100.000 0.410 LGA I 239 I 239 0.366 0 0.000 0.094 0.400 100.000 100.000 0.327 LGA K 240 K 240 0.712 0 0.023 0.182 2.925 81.818 61.010 2.925 LGA A 241 A 241 0.579 0 0.088 0.093 0.713 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.108 0 0.042 0.070 0.218 100.000 100.000 0.179 LGA L 243 L 243 0.181 0 0.023 0.051 0.429 100.000 100.000 0.316 LGA Q 244 Q 244 0.218 0 0.037 0.235 0.812 100.000 95.960 0.538 LGA N 245 N 245 0.153 0 0.012 0.087 0.421 100.000 100.000 0.421 LGA E 246 E 246 0.112 0 0.029 0.512 1.619 100.000 88.687 1.004 LGA V 247 V 247 0.137 0 0.000 0.038 0.336 100.000 100.000 0.243 LGA Y 248 Y 248 0.203 0 0.037 0.117 1.060 100.000 91.061 1.060 LGA I 249 I 249 0.128 0 0.000 0.027 0.216 100.000 100.000 0.136 LGA G 250 G 250 0.175 0 0.052 0.052 0.180 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.098 0 0.041 0.049 0.290 100.000 100.000 0.111 LGA V 252 V 252 0.324 0 0.054 0.117 0.652 100.000 97.403 0.652 LGA K 253 K 253 0.698 0 0.064 0.149 0.965 81.818 81.818 0.868 LGA Y 254 Y 254 0.569 0 0.029 0.235 1.902 86.364 73.939 1.902 LGA K 255 K 255 0.434 0 0.000 0.161 1.565 90.909 82.424 1.565 LGA V 256 V 256 0.667 0 0.043 0.059 0.818 81.818 81.818 0.595 LGA R 257 R 257 0.791 0 0.096 1.071 5.479 77.727 54.215 3.394 LGA E 258 E 258 0.795 0 0.061 0.368 2.334 81.818 68.283 2.334 LGA K 259 K 259 1.220 0 0.044 0.453 1.632 65.455 73.333 0.385 LGA T 260 T 260 1.332 0 0.019 0.149 1.739 58.182 61.299 1.301 LGA K 261 K 261 2.210 0 0.021 0.208 3.610 38.636 31.717 3.610 LGA D 262 D 262 1.938 0 0.024 0.070 1.969 50.909 56.364 1.301 LGA G 263 G 263 1.792 0 0.017 0.017 1.792 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.106 0 0.093 0.338 1.652 65.455 65.657 1.274 LGA R 265 R 265 0.998 0 0.060 0.882 3.703 77.727 62.314 3.703 LGA T 266 T 266 0.857 0 0.047 0.073 0.950 81.818 81.818 0.818 LGA I 267 I 267 0.564 0 0.026 0.069 0.927 81.818 81.818 0.927 LGA R 268 R 268 0.185 0 0.022 0.968 2.641 100.000 87.273 2.641 LGA P 269 P 269 0.169 0 0.000 0.025 0.294 100.000 100.000 0.151 LGA E 270 E 270 0.511 0 0.018 0.242 1.187 86.364 80.202 1.178 LGA K 271 K 271 0.796 0 0.078 0.716 4.515 81.818 52.929 4.388 LGA E 272 E 272 0.575 0 0.047 0.078 1.308 90.909 80.404 1.308 LGA Q 273 Q 273 0.160 0 0.046 0.108 0.346 100.000 100.000 0.346 LGA I 274 I 274 0.158 0 0.033 0.100 0.561 100.000 97.727 0.561 LGA V 275 V 275 0.329 0 0.000 0.038 0.578 95.455 97.403 0.456 LGA V 276 V 276 0.235 0 0.061 0.065 0.499 100.000 100.000 0.322 LGA Q 277 Q 277 0.052 0 0.044 0.606 2.960 100.000 79.596 2.960 LGA D 278 D 278 0.130 0 0.024 0.231 0.779 100.000 97.727 0.779 LGA A 279 A 279 0.111 0 0.007 0.022 0.175 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.210 0 0.029 0.209 0.531 100.000 98.182 0.402 LGA A 281 A 281 0.319 0 0.028 0.025 0.394 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.209 0 0.044 0.057 0.286 100.000 100.000 0.269 LGA I 283 I 283 0.388 0 0.047 0.057 0.624 95.455 95.455 0.401 LGA I 284 I 284 0.239 0 0.000 0.069 0.246 100.000 100.000 0.208 LGA D 285 D 285 0.267 0 0.014 0.370 1.024 100.000 93.409 1.024 LGA K 286 K 286 0.272 0 0.000 0.232 1.300 100.000 92.121 1.300 LGA E 287 E 287 0.354 0 0.018 0.292 1.797 100.000 86.869 1.089 LGA Q 288 Q 288 0.254 0 0.022 0.344 2.282 100.000 80.202 1.669 LGA F 289 F 289 0.119 0 0.026 0.109 0.325 100.000 100.000 0.232 LGA Q 290 Q 290 0.263 0 0.026 1.185 3.624 100.000 70.303 3.624 LGA Q 291 Q 291 0.196 0 0.039 0.090 0.464 100.000 100.000 0.361 LGA S 292 S 292 0.071 0 0.048 0.690 2.278 100.000 89.697 2.278 LGA Q 293 Q 293 0.302 0 0.000 0.246 0.786 100.000 95.960 0.786 LGA V 294 V 294 0.426 0 0.034 0.039 0.584 100.000 94.805 0.584 LGA K 295 K 295 0.165 0 0.054 0.180 0.495 100.000 100.000 0.495 LGA I 296 I 296 0.284 0 0.020 0.062 0.625 100.000 95.455 0.535 LGA A 297 A 297 0.727 0 0.068 0.076 1.024 81.818 78.545 - LGA N 298 N 298 0.926 0 0.000 0.228 1.617 77.727 71.818 1.617 LGA K 299 K 299 1.035 0 0.064 0.158 2.231 65.909 59.394 2.231 LGA V 300 V 300 1.566 0 0.120 0.132 2.736 45.000 40.519 2.320 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.824 0.802 1.645 88.037 82.850 69.717 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.82 96.111 98.207 14.614 LGA_LOCAL RMSD: 0.824 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.824 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.824 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.704486 * X + -0.702788 * Y + 0.098938 * Z + 154.386444 Y_new = 0.702784 * X + 0.710231 * Y + 0.040837 * Z + 148.505737 Z_new = -0.098969 * X + 0.040763 * Y + 0.994255 * Z + 140.987152 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.784189 0.099131 0.040976 [DEG: 44.9307 5.6798 2.3477 ] ZXZ: 1.962248 0.107241 -1.180093 [DEG: 112.4285 6.1444 -67.6143 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS208_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS208_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.82 98.207 0.82 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS208_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.014 184.956 153.435 1.00 85.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.428 185.715 154.547 1.00 85.48 C ATOM 1347 C GLY 165 151.904 185.613 154.655 1.00 86.97 C ATOM 1348 O GLY 165 151.281 186.398 155.370 1.00 84.37 O ATOM 1349 N LYS 166 151.277 184.666 153.955 1.00 86.26 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.835 184.426 154.029 1.00 86.22 C ATOM 1351 C LYS 166 149.494 183.639 155.302 1.00 86.97 C ATOM 1352 O LYS 166 150.191 182.695 155.667 1.00 85.04 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.328 183.719 152.750 1.00 84.89 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.502 184.581 151.475 1.00 81.99 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.024 183.889 150.185 1.00 79.09 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.209 184.827 148.980 1.00 74.03 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.828 184.246 147.658 1.00 67.37 N ATOM 1358 N TRP 167 148.402 184.011 155.958 1.00 87.43 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.900 183.293 157.133 1.00 87.94 C ATOM 1360 C TRP 167 147.045 182.103 156.701 1.00 87.48 C ATOM 1361 O TRP 167 145.971 182.276 156.128 1.00 84.78 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.123 184.243 158.035 1.00 87.35 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.719 183.615 159.332 1.00 87.71 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.560 182.968 159.578 1.00 84.62 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.507 183.528 160.562 1.00 86.08 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.566 182.493 160.884 1.00 84.28 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.737 182.816 161.516 1.00 85.42 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.782 183.990 160.942 1.00 85.30 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.225 182.561 162.815 1.00 84.92 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.262 183.738 162.233 1.00 83.36 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.489 183.027 163.160 1.00 82.78 C ATOM 1372 N ILE 168 147.506 180.911 156.992 1.00 84.50 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.877 179.650 156.571 1.00 82.99 C ATOM 1374 C ILE 168 146.486 178.740 157.743 1.00 81.82 C ATOM 1375 O ILE 168 146.073 177.597 157.549 1.00 76.03 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.784 178.910 155.576 1.00 79.54 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.173 178.641 156.183 1.00 75.37 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.898 179.704 154.262 1.00 73.03 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.954 177.597 155.395 1.00 69.20 C ATOM 1380 N SER 169 146.638 179.234 158.958 1.00 80.84 N ATOM 1381 CA SER 169 146.203 178.555 160.176 1.00 79.57 C ATOM 1382 C SER 169 144.713 178.788 160.443 1.00 78.79 C ATOM 1383 O SER 169 144.025 179.412 159.643 1.00 73.25 O ATOM 1384 CB SER 169 147.085 178.986 161.350 1.00 76.24 C ATOM 1385 OG SER 169 148.044 178.005 161.624 1.00 71.56 O ATOM 1386 N GLY 170 144.204 178.267 161.561 1.00 75.05 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.788 178.370 161.911 1.00 74.74 C ATOM 1388 C GLY 170 142.344 179.791 162.267 1.00 77.55 C ATOM 1389 O GLY 170 142.253 180.661 161.411 1.00 74.24 O ATOM 1390 N LEU 171 142.065 180.026 163.553 1.00 79.27 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.654 181.343 164.037 1.00 79.25 C ATOM 1392 C LEU 171 142.793 182.351 163.879 1.00 80.50 C ATOM 1393 O LEU 171 143.937 182.061 164.233 1.00 78.75 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.214 181.240 165.508 1.00 76.33 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.918 180.429 165.711 1.00 72.39 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.752 180.058 167.180 1.00 67.25 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.683 181.222 165.270 1.00 65.71 C ATOM 1398 N ALA 172 142.448 183.537 163.380 1.00 83.74 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.365 184.667 163.397 1.00 84.21 C ATOM 1400 C ALA 172 143.727 185.033 164.852 1.00 85.19 C ATOM 1401 O ALA 172 142.890 184.858 165.746 1.00 83.53 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.716 185.841 162.654 1.00 82.36 C ATOM 1403 N PRO 173 144.944 185.509 165.125 1.00 86.66 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.314 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