####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS204_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS204_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 21 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 30 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 10 103 121 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 54 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 21 108 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 15 22 38 124 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 95 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 50 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 72 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 85 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 58 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 58 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 17 108 121 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 17 103 121 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 95 121 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 4 108 121 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 52 121 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 4 11 31 124 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 65 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 65 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 77 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 54 112 121 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 112 122 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 82.96 90.37 95.56 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.44 0.61 0.73 0.83 0.87 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 0.95 0.95 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.262 0 0.101 0.101 0.455 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.291 0 0.023 0.151 1.276 100.000 92.121 1.276 LGA W 167 W 167 0.412 0 0.283 0.303 0.934 95.455 93.506 0.530 LGA I 168 I 168 0.890 0 0.181 1.585 3.586 77.727 59.545 2.029 LGA S 169 S 169 1.375 0 0.577 0.589 2.768 55.909 52.121 2.035 LGA G 170 G 170 1.534 0 0.038 0.038 1.830 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.066 0 0.007 1.385 5.271 65.455 47.727 2.512 LGA A 172 A 172 0.650 0 0.018 0.028 0.875 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.408 0 0.060 0.101 0.738 90.909 94.805 0.211 LGA Y 174 Y 174 0.428 0 0.068 0.286 1.434 95.455 85.152 1.434 LGA G 175 G 175 0.303 0 0.032 0.032 0.303 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.227 0 0.066 0.129 0.314 100.000 100.000 0.052 LGA Q 177 Q 177 0.527 0 0.024 0.197 0.885 90.909 91.919 0.550 LGA L 178 L 178 0.393 0 0.145 0.164 1.807 90.909 80.455 1.807 LGA N 179 N 179 1.303 0 0.288 0.704 4.809 62.273 38.864 4.809 LGA K 180 K 180 4.135 0 0.073 0.986 14.027 17.727 7.879 14.027 LGA K 181 K 181 1.697 0 0.207 0.956 9.616 59.091 28.081 9.616 LGA T 182 T 182 1.075 0 0.000 1.118 3.666 73.636 62.597 3.666 LGA S 183 S 183 0.885 0 0.187 0.176 1.293 77.727 73.636 1.001 LGA K 184 K 184 1.019 0 0.046 0.938 3.443 73.636 65.657 3.443 LGA L 185 L 185 0.591 0 0.135 0.149 0.977 81.818 84.091 0.506 LGA D 186 D 186 0.063 0 0.063 0.141 0.455 100.000 100.000 0.229 LGA P 187 P 187 0.414 0 0.097 0.398 1.597 83.182 87.792 0.417 LGA V 188 V 188 0.626 0 0.057 0.058 0.743 81.818 81.818 0.684 LGA E 189 E 189 0.747 0 0.068 0.196 1.166 77.727 80.000 0.546 LGA D 190 D 190 0.797 0 0.070 0.179 2.232 81.818 66.591 2.232 LGA E 191 E 191 0.543 0 0.064 0.265 1.847 86.364 78.586 1.847 LGA A 192 A 192 0.314 0 0.033 0.030 0.344 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.337 0 0.103 0.239 0.733 95.455 95.960 0.733 LGA V 194 V 194 0.300 0 0.021 0.043 0.450 100.000 100.000 0.450 LGA V 195 V 195 0.260 0 0.039 0.068 0.347 100.000 100.000 0.194 LGA Q 196 Q 196 0.224 0 0.122 0.328 1.087 95.455 88.283 1.087 LGA L 197 L 197 0.243 0 0.000 0.022 0.344 100.000 100.000 0.344 LGA I 198 I 198 0.298 0 0.024 0.042 0.356 100.000 100.000 0.332 LGA F 199 F 199 0.315 0 0.016 0.071 0.331 100.000 100.000 0.258 LGA N 200 N 200 0.385 0 0.060 0.756 2.396 100.000 79.545 2.396 LGA I 201 I 201 0.275 0 0.033 0.067 0.354 100.000 100.000 0.136 LGA F 202 F 202 0.402 0 0.033 0.050 0.431 100.000 100.000 0.269 LGA L 203 L 203 0.484 0 0.075 0.114 0.714 95.455 90.909 0.646 LGA N 204 N 204 0.364 0 0.058 0.241 1.126 90.909 86.591 1.126 LGA G 205 G 205 0.709 0 0.051 0.051 0.709 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.863 0 0.000 0.057 1.401 73.636 82.273 0.383 LGA N 207 N 207 1.694 0 0.142 0.207 2.835 45.455 48.182 1.501 LGA G 208 G 208 1.913 0 0.119 0.119 2.319 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.941 0 0.050 0.205 2.970 50.909 40.202 2.726 LGA D 210 D 210 1.775 0 0.020 0.541 3.192 50.909 50.682 3.192 LGA Y 211 Y 211 2.067 0 0.120 0.593 2.266 47.727 45.606 1.852 LGA S 212 S 212 2.500 0 0.638 0.739 6.138 36.364 25.152 6.138 LGA Y 213 Y 213 3.006 0 0.119 1.019 14.507 39.545 13.333 14.507 LGA A 215 A 215 0.994 0 0.174 0.190 1.857 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.394 0 0.058 0.139 0.464 100.000 100.000 0.400 LGA A 217 A 217 0.168 0 0.025 0.027 0.293 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.439 0 0.000 0.077 1.214 100.000 91.212 1.214 LGA H 219 H 219 0.285 0 0.000 0.068 0.563 100.000 94.545 0.563 LGA L 220 L 220 0.283 0 0.049 0.121 0.432 100.000 100.000 0.360 LGA T 221 T 221 0.291 0 0.000 0.012 0.487 100.000 100.000 0.110 LGA N 222 N 222 0.467 0 0.037 0.343 1.248 90.909 91.136 1.248 LGA L 223 L 223 0.688 0 0.045 0.054 0.979 81.818 81.818 0.707 LGA Q 224 Q 224 0.597 0 0.000 0.198 1.191 81.818 80.000 1.191 LGA I 225 I 225 0.526 0 0.043 0.061 0.541 81.818 88.636 0.363 LGA P 226 P 226 0.483 0 0.058 0.072 0.676 90.909 89.610 0.589 LGA T 227 T 227 0.265 0 0.027 0.078 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA P 228 P 228 0.479 0 0.048 0.066 0.731 90.909 92.208 0.433 LGA S 229 S 229 0.396 0 0.122 0.163 0.759 95.455 96.970 0.289 LGA G 230 G 230 0.634 0 0.009 0.009 1.042 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.552 0 0.047 0.468 1.706 81.818 78.384 1.706 LGA K 232 K 232 0.635 0 0.287 0.402 1.869 74.091 78.384 0.927 LGA R 233 R 233 0.223 0 0.080 1.116 6.303 100.000 54.050 4.151 LGA W 234 W 234 0.265 0 0.063 0.165 0.518 100.000 97.403 0.488 LGA N 235 N 235 0.566 0 0.077 0.706 3.354 86.364 70.227 3.354 LGA Q 236 Q 236 0.582 0 0.036 0.990 3.790 90.909 68.283 3.790 LGA Y 237 Y 237 0.299 0 0.024 0.135 1.185 100.000 88.030 1.185 LGA T 238 T 238 0.172 0 0.014 0.031 0.185 100.000 100.000 0.173 LGA I 239 I 239 0.238 0 0.047 0.075 0.390 100.000 100.000 0.238 LGA K 240 K 240 0.463 0 0.054 0.195 2.403 100.000 76.566 2.403 LGA A 241 A 241 0.174 0 0.044 0.047 0.254 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.130 0 0.036 0.049 0.330 100.000 100.000 0.071 LGA L 243 L 243 0.321 0 0.024 0.063 0.612 95.455 97.727 0.313 LGA Q 244 Q 244 0.292 0 0.013 0.314 1.210 100.000 92.121 0.939 LGA N 245 N 245 0.277 0 0.011 0.052 0.428 100.000 100.000 0.405 LGA E 246 E 246 0.319 0 0.039 0.521 1.944 100.000 90.505 0.737 LGA V 247 V 247 0.296 0 0.023 0.034 0.310 100.000 100.000 0.258 LGA Y 248 Y 248 0.382 0 0.052 0.119 1.094 100.000 89.545 1.094 LGA I 249 I 249 0.327 0 0.016 0.034 0.386 100.000 100.000 0.340 LGA G 250 G 250 0.224 0 0.000 0.000 0.270 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.168 0 0.050 0.055 0.340 100.000 100.000 0.118 LGA V 252 V 252 0.328 0 0.006 0.107 0.598 100.000 97.403 0.598 LGA K 253 K 253 0.518 0 0.031 0.102 0.849 95.455 87.879 0.849 LGA Y 254 Y 254 0.611 0 0.036 0.268 2.568 81.818 65.455 2.568 LGA K 255 K 255 0.452 0 0.027 0.661 1.779 90.909 78.788 1.479 LGA V 256 V 256 0.630 0 0.042 0.060 0.830 81.818 81.818 0.699 LGA R 257 R 257 0.910 0 0.000 1.106 5.354 81.818 53.884 2.402 LGA E 258 E 258 1.140 0 0.061 0.565 3.272 61.818 44.646 3.272 LGA K 259 K 259 1.735 0 0.053 0.289 1.807 50.909 59.394 0.640 LGA T 260 T 260 1.869 0 0.031 0.093 2.034 44.545 47.273 1.866 LGA K 261 K 261 2.192 0 0.026 0.177 2.571 38.182 36.970 2.404 LGA D 262 D 262 2.524 0 0.022 0.670 4.499 35.455 24.545 4.499 LGA G 263 G 263 2.232 0 0.179 0.179 2.456 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.871 0 0.033 0.499 1.948 50.909 52.525 1.269 LGA R 265 R 265 1.703 0 0.024 0.819 3.548 50.909 46.116 3.548 LGA T 266 T 266 1.609 0 0.059 0.123 1.739 58.182 55.065 1.719 LGA I 267 I 267 0.988 0 0.000 0.072 1.330 73.636 71.591 1.330 LGA R 268 R 268 0.562 0 0.025 0.979 2.791 90.909 75.868 2.791 LGA P 269 P 269 0.130 0 0.000 0.038 0.380 100.000 100.000 0.297 LGA E 270 E 270 0.309 0 0.000 0.394 1.914 100.000 85.253 1.914 LGA K 271 K 271 0.389 0 0.113 0.716 4.972 100.000 60.000 4.972 LGA E 272 E 272 0.392 0 0.018 0.168 1.277 95.455 82.424 1.277 LGA Q 273 Q 273 0.354 0 0.053 0.099 0.672 95.455 97.980 0.263 LGA I 274 I 274 0.177 0 0.025 0.100 0.893 100.000 97.727 0.893 LGA V 275 V 275 0.216 0 0.000 0.025 0.423 100.000 100.000 0.334 LGA V 276 V 276 0.263 0 0.027 0.005 0.329 100.000 100.000 0.298 LGA Q 277 Q 277 0.347 0 0.034 0.573 2.306 100.000 80.808 2.071 LGA D 278 D 278 0.212 0 0.027 0.102 0.852 100.000 93.182 0.852 LGA A 279 A 279 0.113 0 0.024 0.024 0.323 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.133 0 0.041 0.140 0.453 100.000 100.000 0.433 LGA A 281 A 281 0.238 0 0.015 0.018 0.304 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.229 0 0.024 0.029 0.396 100.000 100.000 0.366 LGA I 283 I 283 0.272 0 0.048 0.050 0.464 100.000 100.000 0.411 LGA I 284 I 284 0.253 0 0.013 0.072 0.253 100.000 100.000 0.198 LGA D 285 D 285 0.535 0 0.073 0.829 2.898 95.455 79.773 0.929 LGA K 286 K 286 0.383 0 0.028 0.204 0.802 100.000 91.919 0.802 LGA E 287 E 287 0.327 0 0.019 0.562 2.520 100.000 89.899 0.164 LGA Q 288 Q 288 0.276 0 0.039 0.558 1.630 100.000 81.010 1.327 LGA F 289 F 289 0.082 0 0.034 0.131 0.558 100.000 98.347 0.487 LGA Q 290 Q 290 0.166 0 0.040 0.813 3.257 100.000 77.172 3.257 LGA Q 291 Q 291 0.158 0 0.038 0.163 0.647 100.000 95.960 0.647 LGA S 292 S 292 0.119 0 0.047 0.046 0.186 100.000 100.000 0.186 LGA Q 293 Q 293 0.167 0 0.000 0.104 0.423 100.000 100.000 0.353 LGA V 294 V 294 0.253 0 0.056 0.063 0.439 100.000 100.000 0.348 LGA K 295 K 295 0.185 0 0.063 0.217 0.916 100.000 97.980 0.916 LGA I 296 I 296 0.386 0 0.068 0.099 0.651 95.455 95.455 0.298 LGA A 297 A 297 0.457 0 0.040 0.035 0.698 100.000 96.364 - LGA N 298 N 298 0.264 0 0.106 0.169 0.774 95.455 97.727 0.375 LGA K 299 K 299 0.859 0 0.133 0.166 3.055 74.545 59.596 3.055 LGA V 300 V 300 1.243 0 0.066 0.064 2.018 55.000 57.403 1.600 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.936 0.931 1.701 86.259 81.062 68.846 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 94.630 97.482 13.026 LGA_LOCAL RMSD: 0.936 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.936 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.936 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.652869 * X + 0.553395 * Y + -0.517220 * Z + 151.796051 Y_new = -0.631157 * X + 0.019896 * Y + -0.775400 * Z + 148.964554 Z_new = -0.418812 * X + 0.832681 * Y + 0.362268 * Z + 138.022598 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.768490 0.432137 1.160434 [DEG: -44.0313 24.7596 66.4880 ] ZXZ: -0.588258 1.200096 -0.466019 [DEG: -33.7047 68.7604 -26.7009 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS204_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS204_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.482 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS204_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.126 184.989 153.390 1.00 0.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.536 185.672 154.540 1.00 0.00 C ATOM 1347 C GLY 165 152.006 185.671 154.532 1.00 0.00 C ATOM 1348 O GLY 165 151.413 186.662 154.957 1.00 0.00 O ATOM 1349 N LYS 166 151.375 184.689 153.873 1.00 0.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.940 184.416 154.027 1.00 0.00 C ATOM 1351 C LYS 166 149.698 183.595 155.298 1.00 0.00 C ATOM 1352 O LYS 166 150.481 182.703 155.622 1.00 0.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.375 183.683 152.800 1.00 0.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.429 184.522 151.512 1.00 0.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.931 183.693 150.321 1.00 0.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.757 184.546 149.064 1.00 0.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.173 183.745 147.965 1.00 0.00 N ATOM 1358 N TRP 167 148.615 183.899 156.001 1.00 0.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 148.081 183.103 157.098 1.00 0.00 C ATOM 1360 C TRP 167 147.214 181.962 156.556 1.00 0.00 C ATOM 1361 O TRP 167 146.364 182.190 155.695 1.00 0.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.247 184.011 157.997 1.00 0.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.808 183.377 159.275 1.00 0.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.656 182.702 159.501 1.00 0.00 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.559 183.314 160.520 1.00 0.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.628 182.256 160.810 1.00 0.00 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.776 182.618 161.487 1.00 0.00 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.828 183.793 160.914 1.00 0.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.224 182.431 162.799 1.00 0.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 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4437 HIS A 545 END