####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS204_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS204_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 80 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 67 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 52 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 23 106 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 71 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 96 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 11 104 122 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 69 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 17 113 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 79 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 68 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 68 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 68 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 76 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 115 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 35 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 11 32 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 11 66 122 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 36 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 37 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 36 101 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 79 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 116 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 85.93 93.33 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.46 0.58 0.65 0.71 0.79 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.88 0.88 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.358 0 0.101 0.101 0.581 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.359 0 0.000 0.134 0.874 90.909 91.919 0.874 LGA W 167 W 167 0.559 0 0.337 0.349 1.342 86.818 92.338 0.452 LGA I 168 I 168 0.709 0 0.024 0.705 1.530 77.727 71.818 1.357 LGA S 169 S 169 1.601 0 0.563 0.574 2.924 52.273 49.697 2.231 LGA G 170 G 170 1.380 0 0.045 0.045 1.751 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.812 0 0.014 1.394 5.315 77.727 55.909 2.693 LGA A 172 A 172 0.452 0 0.034 0.044 0.658 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.204 0 0.068 0.077 0.607 95.455 97.403 0.290 LGA Y 174 Y 174 0.313 0 0.081 0.224 0.973 95.455 90.909 0.973 LGA G 175 G 175 0.407 0 0.030 0.030 0.407 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.322 0 0.048 0.122 0.404 100.000 100.000 0.180 LGA Q 177 Q 177 0.428 0 0.028 0.141 0.885 100.000 91.919 0.535 LGA L 178 L 178 0.086 0 0.150 0.168 1.698 82.273 80.455 1.698 LGA N 179 N 179 1.617 0 0.285 0.792 5.446 55.455 33.182 5.446 LGA K 180 K 180 4.182 0 0.028 1.008 14.006 17.727 7.879 14.006 LGA K 181 K 181 1.972 0 0.225 0.964 9.853 51.364 24.646 9.853 LGA T 182 T 182 1.292 0 0.000 1.109 3.565 65.455 60.519 3.565 LGA S 183 S 183 0.702 0 0.177 0.165 1.069 81.818 79.091 0.815 LGA K 184 K 184 0.806 0 0.045 0.951 3.522 81.818 68.485 3.522 LGA L 185 L 185 0.379 0 0.133 0.144 0.822 95.455 97.727 0.407 LGA D 186 D 186 0.189 0 0.067 0.140 0.476 100.000 100.000 0.233 LGA P 187 P 187 0.410 0 0.089 0.118 1.241 86.818 87.273 0.644 LGA V 188 V 188 0.576 0 0.056 0.057 0.684 81.818 81.818 0.586 LGA E 189 E 189 0.724 0 0.075 0.220 1.180 77.727 80.000 0.519 LGA D 190 D 190 0.735 0 0.062 0.190 2.091 81.818 66.591 2.091 LGA E 191 E 191 0.477 0 0.061 0.269 1.966 90.909 78.788 1.966 LGA A 192 A 192 0.217 0 0.043 0.039 0.290 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.257 0 0.100 0.254 0.918 95.455 95.960 0.918 LGA V 194 V 194 0.189 0 0.031 0.055 0.362 100.000 100.000 0.362 LGA V 195 V 195 0.121 0 0.043 0.069 0.236 100.000 100.000 0.062 LGA Q 196 Q 196 0.144 0 0.072 0.282 1.019 100.000 92.121 1.019 LGA L 197 L 197 0.167 0 0.000 0.023 0.220 100.000 100.000 0.199 LGA I 198 I 198 0.155 0 0.025 0.042 0.231 100.000 100.000 0.231 LGA F 199 F 199 0.147 0 0.018 0.081 0.221 100.000 100.000 0.168 LGA N 200 N 200 0.231 0 0.071 0.936 3.142 100.000 75.909 3.142 LGA I 201 I 201 0.196 0 0.035 0.061 0.252 100.000 100.000 0.189 LGA F 202 F 202 0.168 0 0.000 0.055 0.286 100.000 100.000 0.176 LGA L 203 L 203 0.258 0 0.043 0.070 0.468 100.000 100.000 0.402 LGA N 204 N 204 0.242 0 0.075 0.332 1.004 100.000 93.409 1.004 LGA G 205 G 205 0.234 0 0.043 0.043 0.244 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.218 0 0.000 0.031 0.598 95.455 95.455 0.598 LGA N 207 N 207 0.528 0 0.189 0.262 1.786 78.636 87.045 0.650 LGA G 208 G 208 0.812 0 0.152 0.152 1.871 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.169 0 0.097 0.599 2.649 65.455 58.182 2.163 LGA D 210 D 210 0.988 0 0.013 0.415 1.623 69.545 71.818 1.623 LGA Y 211 Y 211 1.389 0 0.092 0.640 1.914 65.455 61.818 1.481 LGA S 212 S 212 2.286 0 0.640 0.847 6.348 41.818 28.788 6.348 LGA Y 213 Y 213 2.971 0 0.106 1.104 14.543 41.818 14.091 14.543 LGA A 215 A 215 0.869 0 0.163 0.174 1.931 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.320 0 0.024 0.128 0.658 100.000 95.455 0.658 LGA A 217 A 217 0.102 0 0.000 0.000 0.266 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.550 0 0.000 0.091 1.307 90.909 85.152 1.307 LGA H 219 H 219 0.270 0 0.022 0.057 0.500 100.000 100.000 0.481 LGA L 220 L 220 0.290 0 0.049 0.112 0.509 95.455 97.727 0.324 LGA T 221 T 221 0.381 0 0.000 0.025 0.590 90.909 94.805 0.178 LGA N 222 N 222 0.632 0 0.040 0.400 1.346 81.818 79.773 1.346 LGA L 223 L 223 0.729 0 0.049 0.053 1.057 77.727 79.773 0.620 LGA Q 224 Q 224 0.598 0 0.000 0.222 1.038 81.818 80.000 1.038 LGA I 225 I 225 0.562 0 0.038 0.055 0.572 81.818 84.091 0.335 LGA P 226 P 226 0.507 0 0.036 0.049 0.734 86.364 84.416 0.704 LGA T 227 T 227 0.401 0 0.030 0.081 0.656 90.909 92.208 0.656 LGA P 228 P 228 0.729 0 0.056 0.068 1.104 77.727 79.481 0.621 LGA S 229 S 229 0.838 0 0.110 0.144 0.838 81.818 81.818 0.683 LGA G 230 G 230 0.820 0 0.014 0.014 0.899 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.379 0 0.062 0.470 1.105 95.455 88.081 1.105 LGA K 232 K 232 0.509 0 0.267 0.384 1.797 78.636 80.404 0.647 LGA R 233 R 233 0.220 0 0.092 1.120 6.404 100.000 54.050 4.170 LGA W 234 W 234 0.316 0 0.061 0.187 0.611 100.000 94.805 0.569 LGA N 235 N 235 0.627 0 0.095 0.704 3.359 81.818 64.091 3.359 LGA Q 236 Q 236 0.679 0 0.029 0.769 2.545 90.909 67.879 2.545 LGA Y 237 Y 237 0.536 0 0.001 0.206 1.742 95.455 77.121 1.742 LGA T 238 T 238 0.266 0 0.017 0.031 0.334 100.000 100.000 0.287 LGA I 239 I 239 0.301 0 0.059 0.078 0.343 100.000 100.000 0.233 LGA K 240 K 240 0.640 0 0.073 0.215 3.447 95.455 66.465 3.447 LGA A 241 A 241 0.411 0 0.048 0.052 0.486 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.116 0 0.050 0.059 0.394 100.000 100.000 0.152 LGA L 243 L 243 0.190 0 0.023 0.056 0.379 100.000 100.000 0.237 LGA Q 244 Q 244 0.102 0 0.021 0.231 1.016 100.000 92.121 0.649 LGA N 245 N 245 0.071 0 0.017 0.070 0.419 100.000 100.000 0.256 LGA E 246 E 246 0.175 0 0.040 0.535 1.982 100.000 88.687 1.029 LGA V 247 V 247 0.158 0 0.021 0.028 0.183 100.000 100.000 0.094 LGA Y 248 Y 248 0.216 0 0.040 0.115 0.977 100.000 93.939 0.977 LGA I 249 I 249 0.165 0 0.012 0.038 0.193 100.000 100.000 0.193 LGA G 250 G 250 0.231 0 0.000 0.000 0.231 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.149 0 0.046 0.054 0.284 100.000 100.000 0.242 LGA V 252 V 252 0.202 0 0.026 0.099 0.391 100.000 100.000 0.391 LGA K 253 K 253 0.500 0 0.029 0.092 0.830 95.455 87.879 0.830 LGA Y 254 Y 254 0.603 0 0.043 0.189 2.842 90.909 63.788 2.842 LGA K 255 K 255 0.678 0 0.096 0.273 1.405 86.364 82.020 1.405 LGA V 256 V 256 0.769 0 0.035 0.032 0.896 81.818 81.818 0.824 LGA R 257 R 257 0.952 0 0.000 1.092 5.757 81.818 50.579 3.382 LGA E 258 E 258 0.733 0 0.080 0.529 2.589 73.636 55.960 2.552 LGA K 259 K 259 1.284 0 0.026 0.312 1.548 65.455 67.475 0.720 LGA T 260 T 260 0.892 0 0.010 0.082 1.351 69.545 74.805 0.825 LGA K 261 K 261 1.475 0 0.023 0.402 3.223 58.182 50.707 3.223 LGA D 262 D 262 1.524 0 0.023 0.669 2.791 61.818 50.227 2.791 LGA G 263 G 263 1.725 0 0.181 0.181 2.101 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.436 0 0.062 0.561 3.189 65.455 51.313 3.189 LGA R 265 R 265 1.251 0 0.036 0.804 2.704 65.455 58.182 2.704 LGA T 266 T 266 1.135 0 0.045 0.058 1.188 73.636 70.130 1.102 LGA I 267 I 267 0.731 0 0.000 0.073 0.895 81.818 81.818 0.794 LGA R 268 R 268 0.504 0 0.026 0.957 3.114 86.364 77.851 3.114 LGA P 269 P 269 0.443 0 0.036 0.048 0.443 100.000 100.000 0.438 LGA E 270 E 270 0.698 0 0.085 0.656 2.464 81.818 68.283 2.464 LGA K 271 K 271 0.791 0 0.163 0.720 5.653 81.818 49.495 5.653 LGA E 272 E 272 0.491 0 0.068 0.109 1.854 95.455 75.758 1.854 LGA Q 273 Q 273 0.043 0 0.040 0.066 0.337 100.000 100.000 0.320 LGA I 274 I 274 0.263 0 0.033 0.115 0.958 100.000 97.727 0.958 LGA V 275 V 275 0.393 0 0.019 0.054 0.775 90.909 92.208 0.512 LGA V 276 V 276 0.387 0 0.032 0.017 0.390 100.000 100.000 0.322 LGA Q 277 Q 277 0.452 0 0.037 0.567 2.077 100.000 80.404 2.077 LGA D 278 D 278 0.230 0 0.030 0.141 0.852 100.000 93.182 0.778 LGA A 279 A 279 0.205 0 0.032 0.033 0.436 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.266 0 0.043 0.136 0.544 95.455 98.182 0.443 LGA A 281 A 281 0.258 0 0.016 0.012 0.327 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.138 0 0.020 0.026 0.252 100.000 100.000 0.209 LGA I 283 I 283 0.207 0 0.029 0.031 0.353 100.000 100.000 0.208 LGA I 284 I 284 0.177 0 0.009 0.048 0.185 100.000 100.000 0.129 LGA D 285 D 285 0.226 0 0.000 0.189 0.942 100.000 97.727 0.942 LGA K 286 K 286 0.243 0 0.000 0.188 1.005 100.000 92.121 1.005 LGA E 287 E 287 0.358 0 0.023 0.225 1.528 100.000 90.505 0.734 LGA Q 288 Q 288 0.434 0 0.024 0.667 1.995 100.000 79.394 1.512 LGA F 289 F 289 0.086 0 0.031 0.084 0.350 100.000 100.000 0.292 LGA Q 290 Q 290 0.109 0 0.015 1.136 3.796 100.000 71.313 3.796 LGA Q 291 Q 291 0.200 0 0.042 0.170 0.752 100.000 95.960 0.523 LGA S 292 S 292 0.192 0 0.063 0.060 0.252 100.000 100.000 0.252 LGA Q 293 Q 293 0.104 0 0.000 0.082 0.258 100.000 100.000 0.235 LGA V 294 V 294 0.184 0 0.092 0.095 0.663 95.455 92.208 0.520 LGA K 295 K 295 0.406 0 0.048 0.203 0.682 95.455 89.899 0.306 LGA I 296 I 296 0.319 0 0.107 0.106 0.874 95.455 97.727 0.138 LGA A 297 A 297 0.330 0 0.060 0.055 0.668 95.455 92.727 - LGA N 298 N 298 1.115 0 0.000 0.291 2.433 55.909 57.500 0.982 LGA K 299 K 299 2.954 0 0.308 0.265 12.701 41.818 18.788 12.701 LGA V 300 V 300 2.522 0 0.158 0.146 5.259 38.636 22.857 5.259 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.870 0.837 1.791 87.374 81.898 68.159 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 95.556 97.940 13.914 LGA_LOCAL RMSD: 0.870 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.870 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.870 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.695658 * X + 0.671880 * Y + -0.254238 * Z + 156.471680 Y_new = -0.687386 * X + -0.725392 * Y + -0.036152 * Z + 152.502457 Z_new = -0.208713 * X + 0.149610 * Y + 0.966466 * Z + 137.082367 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.362175 0.210258 0.153582 [DEG: -135.3427 12.0469 8.7996 ] ZXZ: -1.429545 0.259705 -0.948868 [DEG: -81.9069 14.8800 -54.3661 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS204_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS204_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 97.940 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS204_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.255 185.229 153.246 1.00 0.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.605 185.847 154.400 1.00 0.00 C ATOM 1347 C GLY 165 152.076 185.745 154.370 1.00 0.00 C ATOM 1348 O GLY 165 151.423 186.695 154.801 1.00 0.00 O ATOM 1349 N LYS 166 151.512 184.753 153.663 1.00 0.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 150.084 184.401 153.763 1.00 0.00 C ATOM 1351 C LYS 166 149.845 183.547 155.026 1.00 0.00 C ATOM 1352 O LYS 166 150.689 182.727 155.380 1.00 0.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.596 183.675 152.488 1.00 0.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.626 184.520 151.192 1.00 0.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.161 183.720 149.950 1.00 0.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.988 184.591 148.687 1.00 0.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.613 183.796 147.478 1.00 0.00 N ATOM 1358 N TRP 167 148.732 183.779 155.718 1.00 0.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 148.217 182.989 156.845 1.00 0.00 C ATOM 1360 C TRP 167 147.323 181.836 156.354 1.00 0.00 C ATOM 1361 O TRP 167 146.656 181.972 155.329 1.00 0.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.427 183.912 157.773 1.00 0.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.980 183.296 159.063 1.00 0.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.825 182.623 159.282 1.00 0.00 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.707 183.255 160.327 1.00 0.00 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.776 182.188 160.594 1.00 0.00 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.911 182.557 161.286 1.00 0.00 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.960 183.752 160.752 1.00 0.00 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.336 182.375 162.608 1.00 0.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 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4437 HIS A 545 END